IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
|
|
- Lanny Susman
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 24 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Hasil Perhitungan Kepadatan Artemia dan Kutu Air serta Jumlah Koloni Bakteri Sebanyak 1,2 x 10 8 sel bakteri hasil kultur yang membawa konstruksi gen keratin-gfp ditambahkan ke dalam media perendaman Artemia dengan kepadatan ekor (202,17±0,12 mg berat basah) atau sekitar 100 ekor/ml (Tabel 4). Karena ukuran naupli Artemia dan kutu air berbeda, maka jumlah individu kutu air yang dimasukkan ke dalam media perendaman disesuaikan berdasarkan persamaan berat basah. Dengan berat basah yang sama, dalam 202,57±0,10 mg kutu air terdapat sebanyak ekor. Hasil ini menunjukkan bahwa dengan berat yang sama, perbandingan jumlah individu antara Artemia dan kutu air adalah sekitar 1:3. Tabel 4. Jumlah sel bakteri, kepadatan Artemia dan kutu air No Perlakuan Bobot Basah Jumlah Artemia (mg) (ekor) 1 Artemia 202,17 ± 0,12 a Kutu Air 202,57 ± 0,10 a Jumlah Sel Bakteri (cfu/ml) 1,2 x 10 8 Keterangan: huruf yang sama di belakang nilai bobot basah Artemia dan kutu air menunjukkan tidak berbeda nyata (p>0,05) Produk Isolasi DNA Genom Artemia dan Kutu Air Isolasi DNA genom dari Artemia dan kutu air telah berhasil dilakukan dengan kualitas (kemurnian) dan kuantitas berdasarkan spektrofotometer ditunjukkan pada Tabel 5. Analisis kualitas berdasarkan elektroforesis pada gel agarosa 0,7% ditunjukkan pada Gambar 5. DNA hasil isolasi genom Artemia dengan rasio berkisar antara 1,778-1,949 menunjukan bahwa DNA pada masingmasing perlakuan adalah bersih atau bebas kontaminan. Hal ini seperti dikatakan oleh Muladno (2002), bahwa DNA dikatakan murni apabila nilai rasio (λ 260 /λ 280 ) berkisar antara 1,8-2,0. Dengan demikian, DNA hasil isolasi tersebut layak digunakan untuk proses amplifikasi PCR. Konsentrasi DNA hasil isolasi berkisar antara ng/µl.
2 25 Tabel 5. Konsentrasi dan kemurnian DNA genom hasil isolasi dari Artemia Perlakuan [DNA] (ng/µl) Rasio (λ 260 /λ 280 ) Kemurnian (%) A1 96 1, A , A , A , A , A , NA 92 1, M A1 A2 A3 A4 A5 A6 NA 10 kb 8 kb 5 kb 3 kb 2 kb 1,2 kb Gambar 5. Elektroforesis hasil isolasi DNA Artemia. A1: perlakuan perendaman Artemia selama 30 menit, A2: selama 1 jam, A3: selama 1,5 jam, A4: selama 2 jam, A5: selama 2,5 jam, dan A6: selama 3 jam. NA: DNA Artemia tanpa perlakuan perendaman. M: Marker DNA 1 kb ladder. Angka di sebelah kiri gambar menunjukkan ukuran fragmen DNA marker. Seperti halnya Artemia, isolasi DNA genom dari kutu air pun telah berhasil dilakukan dengan kualitas (kemurnian) dan kuantitas berdasarkan spektrofotometer ditunjukkan pada Tabel 6, dan pengecekan kualitas berdasarkan elektroforesis pada gel agarosa 0,7% ditunjukkan pada Gambar 6. Rasio (1,722-1,925) dan kemurnian (95-100%) yang baik pun ditunjukan pada DNA genom hasil isolasi dari kutu air (Tabel 6). Kualitas DNA tersebut layak digunakan untuk proses amplifikasi PCR. Konsentrasi DNA hasil isolasi berkisar antara ng/µl, lebih tinggi dibandingkan dengan DNA genom dari Artemia.
3 26 Tabel 6. Konsentrasi dan kemurnian DNA genom hasil isolasi dari kutu air Perlakuan [DNA] (ng/µl) Rasio (λ 260 /λ 280 ) Kemurnian (%) D , D , D , D , D , ND 156 1, M D1 D2 D3 D4 D5 ND 10 kb 8 kb 6 kb 5 kb Gambar 6. Elektroforesis hasil isolasi DNA kutu air. D1: perlakuan perendaman kutu air selama 2 jam, D2: selama 4 jam, D3: selama 6 jam, D4: selama 8 jam, dan D5: selama 10 jam. NA: DNA kutu air tanpa perlakuan perendaman. M: Marker DNA 1 kb ladder. Angka di sebelah kiri gambar menunjukkan ukuran fragmen DNA marker Perancangan Primer β-aktin Artemia dan Kutu Air Primer β-aktin Artemia dan kutu air dirancang sebagai kontrol internal loading DNA dalam amplifikasi PCR. Baik primer β-aktin Artemia maupun kutu air dirancang dengan memilih lokasi potensial primer hasil penyejajaran basa nukloetida yang memiliki tingkat homologi paling tinggi (Gambar 7). Panjang sekuen berkisar basa nukleotida. Sekuen basa nukleotida untuk primer β- aktin Artemia adalah BAr-F (5 -GCCATGTATGTTGCCATCCARG-3 ) dan BAr-R (5 -TCAGCAGTGTGGTGGTRAARGA-3 ), sedangkan sekuen primer β- aktin kutu air adalah BDa-F (5 -GACATCAAGGAGAARYTBTGCTAY-3 ) dan BDa-R (5 -GTACAGATCCTTACGGATGTCGAC-3 ). Primer forward dan reverse untuk Artemia, dan forward untuk kutu air merupakan primer mix, dengan R=A+G; Y=C+T; dan B=C+G+T.
4 27 Artemia franciscana.txt 361 ACTCAGATTATGTTTGAGACCTTCAACAGCCCAGCCATGTATGTTGCCATCCAAGCCGTA CAGAT ATGTT TTCAACA CC GCCATGTATGTTGCCATCCA GC GT 420 Artemia sp.txt 360 ACTCAGATCATGTTCGAAACATTCAACACCCCTGCCATGTATGTTGCCATCCAAGCCGTG CAGAT ATGTT TTCAACA CC GCCATGTATGTTGCCATCCA GC GT 419 Calanus.txt 124 ACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAACATGCCCGCCATGTATGTTGCCATCCAGGCTGTC CAGAT ATGTT TTCAACA GCCATGTATGTTGCCATCCA GC GT 183 Artemia franciscana.txt 421 CTTTCACTCTACGCTTCCGGTCGTACAACTGGTATTGTCCTCGACTCTGGTGATGGTGTT TC CTCTA TC GG G ACTGGTAT GT T GA TC GG GATGGTGT 480 Artemia sp.txt 420 CTTTCCCTCTACGCATCTGGTAGAACTACTGGTATCGTTCTTGATTCAGGCGATGGTGTC TC CTCTA TC GG G ACTGGTAT GT T GA TC GG GATGGTGT 479 Calanus.txt 184 CTCTCCCTCTATGCTTCCGGCCGTACCACTGGTATCGTCATGGACTCTGGAGATGGTGTC CTCTA GG G AC ACTGGTAT GT T GA GG GATGGTGT 243 Artemia franciscana.txt 481 TCTCACACCGTTCCCATCTATGAAGGTTATGCCCTTCCTCATGCCATTCTCCGTCTTGAC CA CCC TCTA GAAGG TA GC CTTCC CA GC ATT T G T GA 540 Artemia sp.txt 480 TCACATACCGTACCCATCTACGAAGGCTACGCTCTTCCACACGCAATTTTGAGATTGGAT CCC TCTA GAAGG TA GC CTTCC GC ATT T G T GA 539 Calanus.txt 244 TCCCACGGTGTCCCCGTCTATGAAGGTTATGCCCTTCCCCATGCCATTGTCCGTCTTGAT CA GT TCTA GAAGG TA GC CTTCC CA GC ATT T G T GA 303 Artemia franciscana.txt 541 CTTGCTGGCCGTGACTTGACTGATTATTTGATGAAAATCTTGACTGAACGAGGTTACTCT CG GA T A TA TGATGAA ATC T GA CG GG TA TC 600 Artemia sp.txt 540 CTTGCTGGTCGAGATTTAACCGATTATTTGATGAAAATCCTAACCGAGCGAGGATATTCC CG GA T AC A TA TGATGAA ATC T AC GA CG GG TA TC 599 Calanus.txt 304 CTTGCTGGACGTGAGCTCACCAACTACCTGATGAAGATCCTCACTGAGCGTGGCTACTCT CG GA T A TA TGATGAA ATC T GA CG GG TA TC 363 Artemia franciscana.txt 601 TTCACCACCACTGCTGAGCGTGAAATTGTCCGTGACATAAAGGAAAAACTTTGCTATGTC G GA ATTGT CGTGA AT AA GA AA CTTTG TATG 660 Artemia sp.txt 600 TTTACCACCACTGCTGAAAGAGAAATTGTTCGTGATATCAAAGAAAAACTTTGTTATGTC G GA ATTGT CGTGA AT AA GA AA CTTTG TATG 659 Calanus.txt 364 TTCACCACCACTGCTGAGCGCGAGATTGTCCGTGACATCAAGGAGAAGCTTTGCTATGAA G GA ATTGT CGTGA AT AA GA AA CTTTG TATG 423 BAr R BAr F Gambar 7. Alignment sekuen parsial β-aktin Artemia fransciscana (no. Aksesi Bank Gen: AM ), β-aktin Artemia sp. (no. Aksesi Bank Gen: X ), dan β-aktin Calanus finmarchicus (no. Aksesi Bank Gen: U ). Posisi primer forward BAr-F (5 -GCCATGTATGT- TGCCATCCARG-3 ) dan primer reverse BAr-R (5 -TCAGCA- GTGTGGTGGTRAARG-A-3 ) ditunjukan dengan tanda panah.
5 28 BDa F Daphnia magna Daphnia magna Daphnia magna Daphnia magna Daphnia magna 601 TTCACCACCACCGCTGAGCGTGAAATCGTCCGTGACATCAAGGAGAAATTGTGCTATGTC GAGCGTGAAATCGT CG GACATCAAGGAGAA T TGCTA GTC TTCACCACCACTGCCGAGCGTGAAATCGTTCGTGACATCAAGGAGAAACTTTGCTATGTC GAGCGTGAAATCGT CG GACATCAAGGAGAA T TGCTA GTC TTAACCACCACCGCCGAGCGTGAAATCGTTCGTGACATCAAGGAGAAATTGTGCTACGTCACCACCAC GAGCGTGAAATCGT CG GACATCAAGGAGAA T TGCTA GTC TTCACCACCACCGCTGAGCGTGAAATCGTCCGTGACATCAAGGAGAAATTGTGCTATGTC GAGCGTGAAATCGT CG GACATCAAGGAGAA T TGCTA GTC TTCACCACCACCGCCGAGCGTGAAATCGTTCGCGACATCAAGGAGAAGCTCTGCTATGTC GAGCGTGAAATCGT CG GACATCAAGGAGAA T TGCTA GTC GCCCTTGACTTTGAACAGGAAATGGCCACTGCTGCTGCCTCCACCTCTTTGGAGAAATCC GACTT GAACA GA ATG CCAC G CCTCCAC TC TGGA AA TC GCTTTGGACTTCGAACAAGAGATGGCCACTGCTGCCTCCTCCACTTCATTGGAGAAGTCTT GACTT GAACA GA ATG CCAC G CCTCCAC TC TGGA AA TC GCCCTAGACTTCGAACAGGAAATGGCCACCGCCGATGCCTCCACCTCCTTGGAGAAATCC GACTT GAACA GA ATG CCAC G CCTCCAC TC TGGA AA TC GCCCTGGACTTTGAACAGGAAATGGCCACTGCTGCTGCCTCCACCTCTTTGGAGAAATCC GACTT GAACA GA ATG CCAC G CCTCCAC TC AA TC GCCCTCGACTTTGAACAGGAGATGCCCACCGCCGCCTCCTCCACCTCCCTGGAAAAGTCG GACTT GAACA GA ATG CCAC G CCTCCAC TGGA AA TATGAATTGCCCGATGGTCAGGTCATCACCATTGGCAACGAGCGATTCCGCTGCCCCGAG T GG CAGGTCATCACCAT GG AA CG TT CG TGCCC TACGAACTCCCCGACGGTCAGGTCATCACCATTGGCAATGAGCGATTCCGTTGCCCAGAG T CCCGA GG CAGGTCATCACCAT GG AA TT TGCCC TACGAATTGCCCGATGGCCAGGTCATCACCATCGGTAACGAACGTTTCCGTTGCCCCGAA T CCCGA GG CAGGTCATCACCAT GG AA TT TGCCC TATGAATTGCCCGATGGTCAGGTCATCACCATTGGCAACGAGCGATTTCGCTGCCCCGAG T GG CAGGTCATCACCAT GG AA CG TT CG TGCCC TACGAGCTTCCCGACGGTCAGGTCATCACCATCGGCAATGAGCGATTCCGTTGCCCCGAG T CCCGA GG CAGGTCATCACCAT GG AA TT TGCCC GCCCTCTTCCAGCCCTCATTCTTGGGTATGGAATCTTGCGGTATCCACGAGACCGTCTACCTCTTCCA TTCTTGGGTATGGA TCTTGCGG T CA GAGAC CTAC GCCCTCTTCCAGCCTTCATTCTTGGGTATGGAGTCTTGCGGTCTGCATGAGACTACCTACCTCTTCCA TTCTTGGGTATGGA TCTTGCGG T CA GAGAC CTAC GCCCTCTTCCAACCCTCATTCTTGGGTATGGAATCTTGCGGCATACACGAGACGGTCTACCTCTTCCA TTCTTGGGTATGGA TCTTGCGG T CA GAGAC CTAC GCCCTCTTCCAGCCCTCATTCTTGGGTATGGAATCTTGCGGTATCCACGAGACCGTCTACCTCTTCCA TTCTTGGGTATGGA TCTTGCGG T CA GAGAC CTAC GCTCTCTTCCAGCCCAGCTTCTTGGGTATGGAGTCTTGCGGCATCCACGAGACCACCTACCTCTTCCA CC TTCTTGGGTATGGA TCTTGCGG T CA GAGAC CTAC AACTCGATCATGAAGTGCGACGTCGACATCCGTAAGGATCTGTACGCCAACACTGTCTTG GTCGACATCCGTAAGGATCTGTACGC A TGTC T AACTCGATCATGAAGTGCGATGTCGACATCCGTAAGGATCTGTACGCCAACACTGTCCTT GTCGACATCCGTAAGGATCTGTACGC A TGTC T AGCTCGATCATGAAGTGTGACGTCGACATCCGTAAGGATCTGTACGCCAACAATGTCCTC GA GTCGACATCCGTAAGGATCTGTACGC A TGTC T AACTCGATCATGAAGTGCGACGTCGACATCCGTAAGGATCTGTACGC---AACTGTCTTG GTCGACATCCGTAAGGATCTGTACGC A TGTC T AACTCGATCATGAAGTGCGACGTCGACATCCGTAAGGATCTGTACGCCAACACTGTCCTG GTCGACATCCGTAAGGATCTGTACGC A TGTC T 900 BDa R Gambar 8. Alignment sekuen parsial β-aktin Daphnia magna (no. Aksesi Bank Gen: AJ ) dan beberapan sekuen β-aktin (no. Aksesi Bank Gen: AJ ; AJ ; AJ ; AJ Posisi primer forward BDa-F (5 -GACATCAAGGA- GAARYTBTGCTAY-3 ) dan primer reverse BDa-R (5 - GTACAGATCCTTACGGATGTCGAC-3 ) ditunjukan dengan tanda panah Visualisasi Produk PCR DNA Artemia dan Kutu Air Produk PCR yang dihasilkan dengan menggunakan primer GFP berukuran 600 bp (Gambar 9). Secara umum pada Artemia, produk ini terlihat di setiap perlakuan. Sementara pada kutu air, produk PCR hanya terlihat pada 6 jam setelah pemberian bakteri. Produk PCR menggunakan primer β-aktin diperoleh pada semua perlakuan Artemia dan kutu air. Hal ini menunjukkan bahwa terdapat DNA genom sebagai cetakan dalam proses amplifikasi PCR.
6 29 0,7 kb 0,5 kb M A1 A2 A3 A4 A5 A6 P NA R (i) GFP pada perlakuan Artemia 0,5 kb 0,2 kb 0,1 kb M A1 A2 A3 A4 A5 A6 NA R (ii) β-aktin pada perlakuan Artemia 0,8 kb 0,5 kb 0,4 kb M D1 D2 D3 D4 D5 P ND R (iii) GFP pada perlakuan kutu air 0,4 kb M D1 D2 D3 D4 D5 R ND 0,3 kb 0,2 kb (iv) β-aktin pada perlakuan kutu air Gambar 9. Visualisasi hasil PCR dengan target gen GFP pada Artemia (i) dan pada kutu air (iii) serta dengan target β-aktin pada Artemia (ii) dan pada kutu air (iv). M = Marker DNA; A1 = Perlakuan perendaman Artemia 30 menit; A2 = Perlakuan perendaman Artemia 1 jam; A3 = Perlakuan perendaman Artemia 1,5 jam; A4 = Perlakuan perendaman Artemia 2 jam; A5 = Perlakuan perendaman Artemia 2,5 jam; A6 = Perlakuan perendaman Artemia 3 jam; NA = Artemia tanpa perlakuan perendaman; D1 = Perlakuan perendaman kutu air 2 jam; D2 = Perlakuan perendaman kutu air 4 jam; D3 = Perlakuan perendaman kutu air 6 jam; D4 = Perlakuan perendaman kutu air 8 jam; D5 = Perlakuan perendaman kutu air 10 jam; P= Kontrol positif (plasmid pkrt-gfp); R= Hanya mengandung reagen PCR, dan ND= Kutu air tanpa perlakuan perendaman.
7 Jumlah Copy DNA Asing dalam Artemia dan Kutu Air Seperti ditunjukkan pada Gambar 10 bahwa jumlah copy DNA asing yang terdapat dalam Artemia yaitu berkisar antara 1,43 x s.d. 2,37 x 10 12, sedangkan dalam pada kutu air hanya dapat terdeteksi pada jam ke-6 setelah perendaman yaitu berjumlah 0,02x10 12 (Gambar 11). Detil perhitungan jumlah copy DNA asing dalam Artemia dan kutu air ditampilkan pada Lampiran 6. Gambar 10. Jumlah copy DNA asing yang terdapat dalam Artemia. Gambar 11. Jumlah copy DNA asing dalam kutu air.
8 Pembahasan Aplikasi protein rekombinan seperti rekombinan growth hormone (rgh) dan DNA rekombinan seperti halnya DNA vaksin, membutuhkan metode pemberian yang tepat. Dalam penelitian ini digunakan pakan alami sebagai vektor penyampaian DNA asing dalam bentuk konstruksi gen keratin-gfp sebagai model bagi vaksin DNA. Metode ini juga telah dibuktikan oleh Lin et al. (2005) bahwa Artemia mampu mengkonsumsi bakteri E. coli yang membawa konstruksi pet24a-gfp. Lebih lanjut Lin et al. (2005) melaporkan bahwa terdapat 10 5 bakteri yang terkandung dalam 1 ekor Artemia dan sekitar 80-90% mengandung antigen setelah 2 jam diberikan bakteri terkonstruksi pet24a-nnv VP. Penelitian ini mengacu kepada penelitian Lin et al. (2005). Pada penelitian ini digunakan ekor naupli Artemia diberi bakteri sebanyak 15 x 10 8 cfu/ml yang membawa konstruksi gen pkrt-gfp (keratin-gfp). Selain itu, pada penelitian ini juga digunakan kutu air (Daphnia dan Moina) yang mewakili pakan alami untuk komoditas ikan air tawar. Jumlah kutu air dalam penelitian ini adalah sebanyak ekor dengan cara menyamakan bobot basah dari ekor Artemia yaitu 202,17 ± 12 mg, sehingga dapat dikatakan bahwa bobot Artemia berbanding kutu air adalah 1:3. Hasil isolasi DNA genom dari Artemia dan kutu air termasuk bersih atau kontaminasi dari protein atau fenol sangat rendah, karena rasio λ 260 /λ 280 adalah mendekati 1,800 (Muladno, 2002) dan kemurniannya lebih dari 95%. Selanjutnya, dengan menggunakan DNA genom hasil isolasi tersebut, produk PCR menggunakan primer β-aktin juga berhasil diperoleh dengan ukuran fragmen DNA sesuai dengan yang diprediksi yaitu sekitar 240 bp pada Artemia. Namun demikian pada kutu air terdapat tiga pita DNA yaitu sekitar 240 bp, 300 bp, dan antara bp. Jumlah pita DNA lebih dari 1 ini diduga disebabkan karena primer didisain dari penyejajaran sekuen β-aktin dari Daphnia magna dan, sementara DNA yang digunakan berasal dari kutu air yang merupakan campuran antara Daphnia dan Moina. Diduga bahwa primer β-aktin yang digunakan mempunyai situs annealing berbeda antara Daphnia dan Moina. Semua perlakuan waktu perendaman pada Artemia mengandung bakteri yang membawa DNA asing, sedangkan pada kutu air hanya terdapat pada
9 32 perlakuan 6 jam (Gambar 9i dan Gambar 9iii). Selain itu, waktu yang diperlukan oleh Artemia untuk memakan bakteri dalam jumlah tinggi lebih cepat dibandingkan dengan kutu air. Perbedaan ini diduga berhubungan dengan perilaku makan dari kedua spesies tersebut. Artemia bersifat non selective filter feeder sehingga mampu memakan apapun yang terdapat disekitarnya yang berukuran <50 mikron (Isnansetyo & Kurniastuty, 1995), sedangkan kutu air bersifat selective filter feeder artinya ukuran suspensi bahan organik yang dilalui dan masuk ke dalam tubuhnya adalah sama dengan ukuran mulutnya atau organ penyaringnya (Djarijah, 1996). Dengan demikian, dari segi jumlah bakteri atau dengan kata lain jumlah copy DNA asing yang dapat dimakan, maka Artemia lebih potensial digunakan sebagai pembawa DNA vaksin dibandingkan dengan kutu air. Jumlah copy DNA asing yang terdapat dalam Artemia mencapai nilai tertinggi pada perendaman 1,5 jam (2,37x10 12 copy DNA dalam 100 ekor Artemia). Jumlah copy DNA ini sebanding dengan 22,19 µg DNA (Lampiran 6). Zheng et al. (2006), melaporkan dosis yang digunakan pada uji ekspresi vaksin DNA terhadap ikan Japanese flounder Paralichthys olivaceus adalah 15µg. Begitu pula dengan penelitian Zahro (2010), mengatakan bahwa dosis vaksin DNA terbaik yang digunakan pada uji tantang terhadap sintasan ikan mas yang diinfeksi koi herpes virus (KHV) adalah 12,5 µg (dengan jumlah copy DNA yaitu 13 x ). Jika dikaitkan dengan hasil penelitian Zahro (2010) tersebut, dapat dikatakan jumlah copy DNA pada 100 ekor Artemia belum cukup dibanding dengan injeksi vaksin KHV sebesar 12,5 µg per ekor ikan mas dengan bobot ratarata gram. Hasil yang sebanding diperoleh jika 1 ekor ikan mas dengan umur dan ukuran yang sama, memakan 500 ekor Artemia atau sekitar 5 kali lipat dari jumlah copy DNA yang ada. Namun, dalam penelitian ini penyampaian konstrusksi DNA pkrt-gfp cukup efektif mengingat pakan alami dapat diberikan pada larva yang berumur lebih dari 2 minggu. Hal ini sesuai dengan Kordi (2004), menyatakan bahwa vaksin DNA kurang efektif diberikan pada ikan yang digunakan kurang dari 2 minggu dan berat badannya kurang dari 1 gram. Hal ini karena organ tubuh yang merespon kekebalan belum sempurna memproduksi
10 33 antibodi. Organ tubuh ikan yang berfungsi merespon kekebalan, akan tercapai sempurna setelah 2 minggu. Kordi (2004), juga menganjurkan melakukan vaksinasi pada umur tersebut dan kemudian dapat diulangi pada saat ikan berumur 2 bulan. Lin et al. (2005) melakukan pemberian vaksin VNN VP pada larva ikan kerapu melalui Artemia. Artemia yang telah disisipkan vaksin VNN VP diberikan pada larva kerapu yang berumur 18 hari. Pemberian Artemia tersebut dilakukan selama 17 hari sampai terbentuk sistem imun. Sehingga penelitian menggunakan konstruksi pkrt-gfp ini dengan perendaman 1,5 jam bisa dikatakan cukup sebanding untuk menginduksi sistem imun ikan mas. Selanjutnya, Artemia diduga berhenti sementara untuk makan setelah 1,5 jam. Sebagian dari bakteri dilisis dan plasmid DNA dirusak oleh enzim restriksi endogenus sehingga jumlah copy DNA menurun menjadi 1,67 x copy pada perlakuan 2 jam perendaman. Dugaan tersebut diperkuat dengan munculnya pola yang sama apabila perendaman dilanjutkan, meskipun rentang waktunya lebih singkat dibandingkan dengan perlakuan 30 menit - 1,5 jam. Jumlah copy DNA meningkat kembali pada perlakuan 2,5 jam (2,27 x copy DNA) dan menurun pada perlakuan 3 jam (2,16 x copy DNA). Dalam hubungannya dengan vaksinasi melalui Artemia, lama waktu perendaman dan tingkat pemberian pakan yang efektif dalam arti memberikan induksi imunitas terbaik masih perlu diteliti. Pada kutu air, keberhasilan dalam uptake bakteri yang mengandung DNA dengan konstruksi pkrt-gfp muncul pada 2 jam ketiga atau pada 6 jam setelah perendaman yaitu sebanyak 0,02 x copy DNA dengan konsentrasi 0,15 µl. Hal ini karena kutu air memiliki proses pencernaan internal yang mampu melisiskan sel bakteri (Hadas, 1983) dan diduga memotong DNA pkrt-gfp.
III. BAHAN DAN METODE
15 III. BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November 2009 hingga Februari 2010. Tempat penelitian adalah di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi Fragmen DNA Penyandi CcGH Mature Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna GH ikan mas telah berhasil diisolasi. Hal ini ditunjukkan dengan adanya pita DNA pada ukuran
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Isolasi Promoter -Aktin Ikan Mas Promoter -Aktin dari ikan mas diisolasi dengan menggunakan metode PCR dengan primer yang dibuat berdasarkan data yang ada di Bank Gen. Panjang
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
19 HASIL DAN PEMBAHASAN Vektor Kloning Protein rgh Isolasi Plasmid cdna GH. Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna; El-mGH, Og-mGH dan Cc-mGH berhasil diisolasi dari bakteri konstruksi E. coli DH5α dengan
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Pemotongan Parsial dan Penyisipan Nukleotida pada Ujung Fragmen DNA Konstruksi pustaka genom membutuhkan potongan DNA yang besar. Untuk mendapatkan fragmen-fragmen dengan ukuran relatif
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN
III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan November 2007 hingga Juli 2009, bertempat di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik Departemen
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
Lebih terperinciTUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA
TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA Oleh: Gregorius Widodo Adhi Prasetyo A2A015009 KEMENTERIAN RISET TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS PERTANIAN PROGRAM
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%.
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen FSHR Alu-1 Amplifikasi fragmen gen FSHR Alu-1 dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dilakukan dengan kondisi annealing 60 C selama 45 detik dan diperoleh produk
Lebih terperinciBAB II. BAHAN DAN METODE
BAB II. BAHAN DAN METODE 2.1 Kultur Bakteri Pembawa Vaksin Bakteri Escherichia coli pembawa vaksin DNA (Nuryati, 2010) dikultur dengan cara menginokulasi satu koloni bakteri media LB tripton dengan penambahan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Total Tumbuhan Isolasi DNA total merupakan tahap awal dari pembuatan pustaka genom. DNA dipisahkan dari bahan-bahan lain yang ada dalam sel. DNA total yang diperlukan untuk
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE,
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE, NIPPONBARE, DAN BATUTEGI Isolasi DNA genom padi dari organ daun padi (Oryza sativa L.) kultivar Rojolele, Nipponbare,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan
Lebih terperinciBAB V HASIL DAN PEMBAHASAN
21 BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN Pada penelitian sebelumnya diperoleh kerangka baca terbuka gen IFNα2b yang mengandung tiga mutasi dengan lokasi mutasi yang letaknya berjauhan, sehingga mutagenesis terarah
Lebih terperinciIII. HASIL DAN PEMBAHASAN
III. HASIL DAN PEMBAHASAN 3.1 HASIL 3.1.1 Isolasi Vibrio harveyi Sebanyak delapan isolat terpilih dikulturkan pada media TCBS yaitu V-U5, V-U7, V-U8, V-U9, V-U24, V-U27, V-U41NL, dan V-V44. (a) (b) Gambar
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Virus Hepatitis B Gibbon Regio Pre-S1 Amplifikasi Virus Hepatitis B Regio Pre-S1 Hasil amplifikasi dari 9 sampel DNA owa jawa yang telah berstatus serologis positif terhadap antigen
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal.
HASIL DAN PEMBAHASAN Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal. Dalam perkembangannya, organ reproduktif mengalami perubahan yang mengakibatkan terjadinya perbedaan fenotipe antara kelapa
Lebih terperinci4. HASIL DAN PEMBAHASAN
29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Uji Kuantitas DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan Spektrofotometer Pengujian kualitas DNA udang jari (Metapenaeus
Lebih terperinciDETEKSI KEMAMPUAN ARTEMIA DAN KUTU AIR DALAM UPTAKE BAKTERI MENGANDUNG DNA ASING MENGGUNAKAN PCR MUHAMMAD FUADI
DETEKSI KEMAMPUAN ARTEMIA DAN KUTU AIR DALAM UPTAKE BAKTERI MENGANDUNG DNA ASING MENGGUNAKAN PCR MUHAMMAD FUADI PROGRAM STUDI TEKNOLOGI DAN MANAJEMEN PERIKANAN BUDIDAYA FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Isolasi DNA genom tanaman padi T0 telah dilakukan pada 118
45 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. HASIL Isolasi DNA genom tanaman padi T0 telah dilakukan pada 118 sampel. Berdasarkan hasil digesti DNA dengan enzim EcoRI, diperoleh sebanyak 74 sampel tanaman dari 118
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3 Amplifikasi gen Pit1 exon 3 pada sapi FH yang berasal dari BIB Lembang, BBIB Singosari, BPPT Cikole,
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dipaparkan hasil dari tahap-tahap penelitian yang telah dilakukan. Melalui tahapan tersebut diperoleh urutan nukleotida sampel yang positif diabetes dan sampel
Lebih terperinciSINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI
SINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI 0304040257 UNIVERSITAS INDONESIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI TEKNIK PCR OVERLAPPING 1. Sintesis dan amplifikasi fragmen ekson 1 dan 2 gen tat HIV-1 Visualisasi gel elektroforesis
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan dari bulan April 2006 sampai dengan bulan April 2007. Penelitian dilakukan di rumah kaca, laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan
Lebih terperinciKloning Domain KS dan Domain A ke dalam Sel E. coli DH5α. Analisis Bioinformatika. HASIL Penapisan Bakteri Penghasil Senyawa Antibakteri
3 selama 1 menit, dan elongasi pada suhu 72 0 C selama 1 menit. Tahap terakhir dilakukan pada suhu 72 0 C selama 10 menit. Produk PCR dielektroforesis pada gel agarosa 1 % (b/v) menggunakan tegangan 70
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Produksi Protein Rekombinan Hormon Pertumbuhan (rgh)
11 BAHAN DAN METODE Penelitian ini terdiri atas 2 tahapan utama, yaitu produksi protein rekombinan hormon pertumbuhan (rgh) dari ikan kerapu kertang, ikan gurame, dan ikan mas, dan uji bioaktivitas protein
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN. Tabel 1.2 Hasil Pengamatan Bentuk Sel dan Pewarnaan Gram Nama. Pewarnaan Nama
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Pada pengujian awal, terhadap 29 bakteri dilakukan pewarnaan Gram dan pengamatan bentuk sel bakteri. Tujuan dilakukan pengujian awal adalah untuk memperkecil kemungkinan
Lebih terperinciIII. HASIL DAN PEMBAHASAN
III. HASIL DAN PEMBAHASAN 3.1 Hasil 3.1.1 Pertumbuhan Panjang Benih Ikan Betok Pertumbuhan panjang benih ikan betok yang diberi perendaman rhp dengan dosis 12 mg/l melalui pakan alami rotifera air tawar
Lebih terperinciSINTESIS cdna DAN DETEKSI FRAGMEN GEN EF1-a1 PADA BUNGA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.)
SINTESIS cdna DAN DETEKSI FRAGMEN GEN EF1-a1 PADA BUNGA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.) SKRIPSI Diajukan untuk memenuhi salah satu syarat mencapai derajat Sarjana Sains (S.Si) pada Jurusan Biologi
Lebih terperinciBIO306. Prinsip Bioteknologi
BIO306 Prinsip Bioteknologi KULIAH 6. TEKNIK DASAR KLONING Percobaan pertama penggabungan fragmen DNA secara in vitro dilakukan sekitar 30 tahun yang lalu oleh Jackson et al. (1972). Melakukan penyisipan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Kualitas DNA
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Sumber DNA pada Aves biasanya berasal dari darah. Selain itu bulu juga dapat dijadikan sebagai alternatif sumber DNA. Hal ini karena pada sebagian jenis Aves memiliki pembuluh
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan
30 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan menggunakan primer NA. Primer NA dipilih karena protein neuraminidase,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif
Lebih terperinciPENDAHULUAN Latar Belakang
PENDAHULUAN Latar Belakang Koi herpesvirus (KHV) adalah virus yang menginfeksi ikan mas dan koi dan bersosiasi dengan kematian massal (Hedrick et al. 2000). Virus ini pertama kali teridentifikasi pada
Lebih terperinciBab IV Hasil dan Pembahasan
32 Bab IV Hasil dan Pembahasan Penggunaan α-amilase dalam beberapa sektor industri mengalami peningkatan dan sekarang ini banyak diperlukan α-amilase dengan sifat yang khas dan mempunyai kemampuan untuk
Lebih terperinciIII. HASIL DAN PEMBAHASAN
III. HASIL DAN PEMBAHASAN 3.1 Hasil 3.1.1 Disosiasi Sel Testikular Ikan Gurame Berdasarkan kriteria ukuran sel spermatogonia ikan gurame (5-15 µm) menurut Mauluddin (2009), jumlah dan persentase sel spermatogonia
Lebih terperinciGambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.]
Gambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.] Gambar 2. Struktur organisasi promoter pada organisme eukariot [Sumber: Gilbert 1997: 1.] Gambar 3.
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
17 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Hasil 4.1. 1 Pertumbuhan, Konversi Pakan, dan Kelangsungan Hidup Pada pemeliharaan 4 minggu pertama, biomassa ikan yang diberi pakan mengandung rgh belum terlihat berbeda
Lebih terperinciBIO306. Prinsip Bioteknologi
BIO306 Prinsip Bioteknologi KULIAH 7. PUSTAKA GENOM DAN ANALISIS JENIS DNA Konstruksi Pustaka DNA Pustaka gen merupakan sumber utama isolasi gen spesifik atau fragmen gen. Koleksi klon rekombinan dari
Lebih terperinciMetodologi Penelitian. Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini.
Bab III Metodologi Penelitian Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini. III.1 Rancangan Penelitian Secara garis besar tahapan penelitian dijelaskan pada diagram
Lebih terperinciBAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN Pada bab ini akan disajikan hasil dan pembahasan berdasarkan langkah-langkah penelitian yang telah diuraikan dalam bab sebelumnya dalam empat bagian yang meliputi; sampel mtdna,
Lebih terperinciBAB XIII. SEKUENSING DNA
BAB XIII. SEKUENSING DNA Pokok bahasan di dalam Bab XIII ini meliputi prinsip kerja sekuensing DNA, khususnya pada metode Sanger, pangkalan data sekuens DNA, dan proyek-proyek sekuensing genom yang ada
Lebih terperinciMETODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian
14 METODOLOGI PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Tempat penelitian dilakukan di Laboratorium Unit Pelayanan Mikrobiologi Terpadu, Bagian Mikrobiologi Kesehatan, Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur
20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension
Lebih terperinciKolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria
Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria Ria Maria (G34090088), Achmad Farajallah, Maria Ulfah. 2012. Karakterisasi Single Nucleotide Polymorphism Gen CAST pada Ras Ayam Lokal. Makalah Kolokium
Lebih terperinciPotensi Artemia sp. sebagai vektor pembawa vaksin DNA untuk benih ikan mas Cyprinus carpio
Jurnal Akuakultur Indonesia 12 (1), 59 67 (2013) Potensi Artemia sp. sebagai vektor pembawa vaksin DNA untuk benih ikan mas Cyprinus carpio The potential of Artemia sp. as a DNA vaccine vector for common
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. (a)
8 tampak diskor secara manual. Kriteria penskoran berdasarkan muncul tidaknya lokus, lokus yang muncul diberi skor 1 dan yang tidak muncul diberi skor 0. Data biner yang diperoleh selanjutnya diolah menjadi
Lebih terperinciIII. BAHAN DAN METODE
III. BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilakukan di Laboratorium BIORIN (Biotechnology Research Indonesian - The Netherlands) Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi IPB. Penelitian
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Pengujian Kuantitas dan Kualitas DNA
HASIL DAN PEMBAHASAN Gen sitokrom b digunakan sebagai pembawa kode genetik seperti halnya gen yang terdapat dalam nukleus. Primer tikus yang dikembangkan dari gen sitokrom b, terbukti dapat mengamplifikasi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian murni yang dilakukan dengan metode deskriptif, yaitu suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi, gambaran atau lukisan
Lebih terperinciHasil dan Pembahasan
Bab IV Hasil dan Pembahasan Lumbrokinase merupakan enzim fibrinolitik yang berasal dari cacing tanah L. rubellus. Enzim ini dapat digunakan dalam pengobatan penyakit stroke. Penelitian mengenai lumbrokinase,
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. 1. Waktu dan Tempat penelitian
BAHAN DAN METODE 1. Waktu dan Tempat penelitian Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler dan Rumah Kaca Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Calpastatin (CAST MspI) Amplifikasi fragmen gen calpastatin (CAST MspI) pada setiap bangsa sapi dilakukan dengan menggunakan mesin thermal cycler (AB Bio System) pada
Lebih terperinciKATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis
KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA ( VEKTOR PLASMID )
MAKALAH REKAYASA GENETIKA ( VEKTOR PLASMID ) Disusun oleh: NAMA : LASINRANG ADITIA NIM : 60300112034 KELAS : BIOLOGI A TUGAS : REKAYASA GENETIKA JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI UNIVERSITAS
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Derajat Kelangsungan Hidup Embrio dan Derajat Penetasan Berdasarkan hasil pengamatan terhadap derajat kelangsungan hidup
HASIL DAN PEMBAHASAN Derajat Kelangsungan Hidup Embrio dan Derajat Penetasan Berdasarkan hasil pengamatan terhadap derajat kelangsungan hidup (DKH-e) dan derajat penetasan (DP) tiap promoter (perlakuan)
Lebih terperinciSeminar Nasional Biologi 2010 SB/P/BF/08 GREEN FLUORESCENT PROTEIN PADA UBUR-UBUR LOKAL SEBAGAI ALTERNATIF MARKA DNA Cahya Kurnia Fusianto 1, Zulfikar Achmad Tanjung 1,Nugroho Aminjoyo 1, dan Endang Semiarti
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. AMPLIFIKASI DAN PURIFIKASI GEN NS1 VIRUS DENGUE. Proses amplifikasi gen NS1 virus dengue merupakan tahap awal
38 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. AMPLIFIKASI DAN PURIFIKASI GEN NS1 VIRUS DENGUE Proses amplifikasi gen NS1 virus dengue merupakan tahap awal dalam penelitian. Fragmen gen NS1 virus dengue diamplifikasi
Lebih terperinciEFEKTIVITAS VAKSIN DNA DALAM MENINGKATKAN KELANGSUNGAN HIDUP IKAN MAS YANG TERINFEKSI KOI HERPESVIRUS (KHV) ISWI HAYATI FITRIA SKRIPSI
EFEKTIVITAS VAKSIN DNA DALAM MENINGKATKAN KELANGSUNGAN HIDUP IKAN MAS YANG TERINFEKSI KOI HERPESVIRUS (KHV) ISWI HAYATI FITRIA SKRIPSI PROGRAM STUDI TEKNOLOGI MANAJEMEN PERIKANAN BUDIDAYA FAKULTAS PERIKANAN
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
17 4 HASIL DAN PEMBAHASAN Konstruksi plasmid biner pmsh1-lisozim Konstruksi plasmid biner dilakukan dengan meligasi gen lisozim ayam dan pmsh1. Plasmid hasil ligasi berukuran 13.449 pb (Gambar 5A kolom
Lebih terperinciTeknologi DNA Rekombinan
Teknologi DNA Rekombinan Kapas biasa Kapas-Bt 1 Tomat biasa Tidak tahan hama Tomat-Bt Tahan hama Tanaman kapas-bt dan tomat-bt tahan terhadap serangan hama karena menghasilkan toksin yang dapat membunuh
Lebih terperinciPengertian TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN. Cloning DNA. Proses rekayasa genetik pada prokariot. Pemuliaan tanaman konvensional: TeknologiDNA rekombinan:
Materi Kuliah Bioteknologi Pertanian Prodi Agroteknologi Pertemuan Ke 9-10 TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Ir. Sri Sumarsih, MP. Email: Sumarsih_03@yahoo.com Weblog: Sumarsih07.wordpress.com Website: agriculture.upnyk.ac.id
Lebih terperinciPembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri. Isolasi DNA kromosom bakteri. Kloning DNA
LAMPIRAN 15 15 Lampiran 1 Tahapan penelitian Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri Isolasi DNA kromosom bakteri Pemotongan DNA dengan enzim restriksi Kloning DNA Isolasi DNA plasmid hasil
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Amplifikasi Gen Mx Amplifikasi gen Mx telah berhasil dilakukan. Hasil amplifikasi gen Mx divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita yang
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan
Lebih terperinciGambar 4 Diagram batang titer antibodi terhadap IBD pada hari ke-7 dan 28.
19 HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil pengamatan terhadap semua kelompok ayam sebelum vaksinasi menunjukan bahwa ayam yang digunakan memiliki antibodi terhadap IBD cukup tinggi dan seragam dengan titer antara
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. pb M 1 2. pb M 1 2. pb M 1 2. (a) (b) pb M 1 2. pb M pb M 1 2. pb M (d) (e) (c)
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi dan Visualisasi DNA Endo-β- 1,4- glukanase C. curvignathus Amplifikasi DNA ekson 1 dan 5 CcEG menggunakan pasangan primer eksternal (Tabel 2) dan masing-masing menunjukkan
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. A. Latar Belakang. Pasar pangan yang semakin global membawa pengaruh baik, namun
I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Pasar pangan yang semakin global membawa pengaruh baik, namun masyarakat patut berhati-hati dengan bahan makanan dalam bentuk olahan atau mentah yang sangat mudah didapat
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Exon 4 Amplifikasi gen GH exon 4 pada kambing Peranakan Etawah (PE), Saanen dan PESA (Persilangan PE-Saanen) diperoleh panjang fragmen 200 bp (Gambar 8). M 1 2 3
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Daerah D-loop M B1 B2 B3 M1 M2 P1 P2 (-)
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Daerah D-loop Amplifikasi daerah D-loop DNA mitokondria (mtdna) pada sampel DNA sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO dilakukan dengan menggunakan mesin PCR Applied
Lebih terperinciLAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM)
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DNA GENOM TUJUAN 16s rrna. Praktikum
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN 1. Konstruksi vektor over-ekspresi gen OsWRKY 1.1 Amplifikasi dan purifikasi fragmen gen OsWRKY76
HASIL DAN PEMBAHASAN Kegiatan rekayasa genetik tanaman keberhasilannya tergantung pada beberapa hal, diantaranya adalah gen yang akan diintroduksikan, metode transformasi, sistem regenerasi tanaman dan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN bp bp bp
HASIL DAN PEBAHASAN Purifikasi dan Pengujian Produk PCR (Stilbena Sintase) Purifikasi ini menggunakan high pure plasmid isolation kit dari Invitrogen. Percobaan dilakukan sesuai dengan prosedur yang terdapat
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Ekstraksi dan Purifikasi DNA Total DNA total yang diperoleh dalam penelitian bersumber dari darah dan bulu. Ekstraksi DNA yang bersumber dari darah dilakukan dengan metode phenolchloroform,
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
ISOLASI TOTAL DNA TUMBUHAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA PHYTOPURE Halaman : 1 dari 5 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan tumbuhan, dapat dari daun, akar, batang,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Tahap I: Pembuatan Konstruksi Vaksin Isolasi DNA Glikoprotein Koi Herpers Virus Hasil yang diperoleh dari tahap pertama penelitian ini adalah fragmen DNA GP25 yang diisolasi dari isolat
Lebih terperinciPETUNJUK PRAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER Oleh: Ixora Sartika M ISOLASI DNA PLASMID
PETUNJUK PRAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER Oleh: Ixora Sartika M ixomerc@uny.ac.id ISOLASI DNA PLASMID Plasmid adalah DNA ekstrakromosom yang berbentuk sirkuler dan berukuran kecil (1 200 kb). Sebagian
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
Halaman : 1 dari 5 ISOLASI TOTAL DNA HEWAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan hewan, dapat dari insang, otot, darah atau jaringan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Deteksi Fi F top lasma p ada Tanaman Sumb m er e I r nokulum
HASIL DAN PEMBAHASAN Deteksi Fitoplasma pada Tanaman Sumber Inokulum Sumber inokulum yang digunakan dalam uji penularan adalah tanaman kacang tanah yang menunjukkan gejala penyakit sapu yang berasal dari
Lebih terperinciJurnal Akuakultur Indonesia 12 (1), (2013) Sri Nuryati*, Sekar Sulistyaning Hadiwibowo, Alimuddin
Jurnal Akuakultur Indonesia 12 (1), 54 61 (2013) Artemia sp. sebagai vektor pembawa vaksin DNA untuk benih ikan mas Cyprinus carpio Artemia sp. as a DNA vaccine vector for common carp Cyprinus carpio larvae
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Pewarnaan Gram
46 HASIL DAN PEMBAHASAN Pewarnaan Gram Hasil pewarnaan Gram menunjukkan bahwa 14 isolat lokal yang diduga sebagai S. aureus (AS, NU1, NU2, NU3, NU4, NU5, NU6, NU7, NU8, NU9, NU10, NU11, NU13 dan NU14)
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Hasil
11 secara perlahan beberapa kali kemudian segera ditambah dengan 400 μl larutan buffer netralisasi (1.32 M natrium asetat ph 4.8), divorteks dan disentrifugasi pada suhu 4 0 C dengan kecepatan 10 000 rpm
Lebih terperinciSaintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf
Saintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf Staf Pengajar Jurusan Kesehatan Masyarakat FIKK Universitas Negeri Gorontalo Abstrak (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA. Genetika. Rekayasa. Sukarti Moeljopawiro. Laboratorium Biokimia Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada
REKAYASA GENETIKA Sukarti Moeljopawiro Laboratorium Biokimia Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada Rekayasa Genetika REKAYASA GENETIKA Teknik untuk menghasilkan molekul DNA yang berisi gen baru yang
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Gen GH exon 3 pada kambing PE, Saanen, dan PESA (Persilangan PE dan Saanen) berhasil diamplifikasi menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Panjang fragmen
Lebih terperinciOUTLINE PENDAHULUAN CIRI-CIRI VIRUS STRUKTUR SEL VIRUS BENTUK VIRUS SISTEM REPRODUKSI VIRUS PERANAN VIRUS
VIRUS FIRMAN JAYA OUTLINE PENDAHULUAN CIRI-CIRI VIRUS STRUKTUR SEL VIRUS BENTUK VIRUS SISTEM REPRODUKSI VIRUS PERANAN VIRUS PENDAHULUAN Metaorganisme (antara benda hidup atau benda mati) Ukuran kecil :
Lebih terperinciDr. Tri Asmira Damayanti (Institut Pertanian Bogor ) Dr. Giyanto (Institut Pertanian Bogor )
Dr. Tri Asmira Damayanti (Institut Pertanian Bogor ) Dr. Giyanto (Institut Pertanian Bogor ) Ir. Lilik Koesmihartono Putra, M.AgSt (Pusat Penelitian dan Pengembangan Gula Indonesia) Tahun-3 1. Konstruksi
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
15 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Analisis DNA 4.1.1 Ekstraksi DNA Ekstraksi DNA merupakan langkah awal dalam analisis molekuler. Masalah-masalah yang timbul dalam ekstraksi DNA merupakan hal yang penting
Lebih terperinciGambar 2 Vektor pengklonan pgem T Easy
BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan dari bulan September 2007 sampai dengan bulan April 2008. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan Laboratorium
Lebih terperinciPengujian DNA, Prinsip Umum
Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian berbasis DNA dalam pengujian mutu benih memang saat ini belum diregulasikan sebagai salah satu standar kelulusan benih dalam proses sertifikasi. Dalam ISTA Rules,
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Uji Kuantitas DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan Spektrofotometer Hasil pengujian kualitas
Lebih terperinci