HASIL DAN PEMBAHASAN

Ukuran: px
Mulai penontonan dengan halaman:

Download "HASIL DAN PEMBAHASAN"

Transkripsi

1 HASIL DAN PEMBAHASAN Virus Hepatitis B Gibbon Regio Pre-S1 Amplifikasi Virus Hepatitis B Regio Pre-S1 Hasil amplifikasi dari 9 sampel DNA owa jawa yang telah berstatus serologis positif terhadap antigen virus hepatitis B menggunakan pasangan primer hepsf-1 dan hepsr-out menghasilkan fragmen pita DNA sekitar 459 pasang basa (Tabel 3). Hal ini menunjukkan bahwa ke-9 individu owa jawa tersebut terinfeksi dengan virus hepatitis B (VHB). Tabel 3 Hasil pemeriksaan serologis HbsAg (data sekunder) dan hasil PCR atas regio Pre-S1 dari virus hepatitis B pada owa jawa No. ID HBsAg Hasil PCR VHB regio pre-s1 Tempat Asal Satwa 1 A1 Positif Positif A 2 A2 Positif Positif A 3 A3 Positif Positif A 4 A5 Positif Positif A 5 A6 Positif Positif A 6 A8 Positif Positif A 7 A9 Positif Positif A 8 C1 Positif Positif B 9 C2 Positif Positif B Sebagai pembanding dalam amplifikasi digunakan kontrol positif yang berasal dari pasien manusia dan orangutan penderita hepatitis B. Gambar 4 dan 5 menunjukkan hasil amplifikasi virus hepatitis B gibbon yang dilalukan pada gel agarosa menggunakan elektroforesis horizontal. Pada kontrol positif pasien manusia, terlihat bahwa pita DNA isolat VHB manusia berada di atas pita DNA dari isolat kontrol positif DNA VHB orangutan maupun sampel penelitian. Posisi pita isolat kontrol positif VHB orangutan berada di antara pita isolat VHB sampel dan kontrol positif VHB manusia. Hasil PCR memperlihatkan bahwa ketujuh (Gambar 4) dan kedua (Gambar 5) sampel DNA owa jawa teramplifikasi dengan baik menggunakan pasangan primer untuk regio pre-s1 VHB dengan ukuran sekitar 459 pasang basa.

2 pb 459 pb Gambar 4 Visualisasi PCR VHB Regio Pre-S1 yang menginfeksi spesies owa jawa pada lokasi A. (1)Penanda DNA 1kpb, (2) isolat A1, (3) A2, (4) A3, (5) A5, (6) A6, (7) A8, (8) A9, (9) kontrol positif VHBGi, (10) kontrol positif VHBHu, (11) kontrol positif VHBOu 500 pb 400 pb 300 pb 459 pb 200 pb 100 pb Gambar 5 Visualisasi PCR VHB Regio Pre-S1 yang menginfeksi spesies owa jawa pada lokasi B.(1) marker DNA 1kbp, (2) isolat C1, (3) C2, (4) kontrol positif VHBHu, (5) kontrol positif VHBOu1 dan (6) kontrol positif VHBOu2. Menurut Warren et.al (1999), dengan menggunakan pasangan primer hepsf-1 dan hepsr-out, akan menghasilkan amplikon VHB Regio Pre-S1 sebesar 455 pasang basa. Jika mengacu pada hasil sekuensing beberapa sampel yang

3 dilakukan di Macrogen (Korea), didapatkan bahwa besar masing-masing amplikon berbeda-beda (Tabel 4). Dengan melakukan pensejajaran sekuens terhadap semua sekuens isolat sampel VHB menggunakan program ClustalW2 (Larkin MA, et al. 2007) terlihat adanya keragaman pada besar amplikon, hal ini mungkin disebabkan adanya insersi ataupun delesi nukleotida dari masing-masing produk PCR. Data sekuen isolat VHB bervariasi antara 457pb, 458pb dan 459 pb, berbeda dengan target produk yang diharapkan sebesar 455pb. ID Tabel 4 Data sekuens produk PCR VHBGi regio Pre-S1 dan situs pemotongan dari enzim restriksi BSt2UI Besar amplikon Hasil Pemotongan Situs Pemotongan Posisi Situs Pemotongan (nukleotida ke-) Besar Fragmen A situs CCAGG pb 261pb A situs CCAGG pb 261pb C situs CCAGG pb 261pb C situs CCTGG CCAGG A situs CCTGG CCAGG A situs CCTGG CCAGG A situs CCTGG CCAGG A situs CCTGG CCAGG A situs CCTGG CCAGG pb 130pb 261pb 157pb 41pb 208pb 53pb 157pb 41pb 208pb 52pb 157pb 41pb 208pb 52pb 157pb 41pb 208pb 51pb 157pb 41pb 208pb 51pb Restriction Fragment Length Polymorphism Pemotongan produk PCR regio Pre-S1 dari VHB menggunakan enzim restriksi Bst2UI menghasilkan fragmentasi produk PCR dengan situs pemotongan tertentu (CCA/TGG) sehingga dapat diidentifikasi isolat virus hepatitis B dari

4 spesies tertentu. Hasil potongan enzim restriksi (Gambar 6 dan 7) memperlihatkan bahwa pada 9 isolat owa jawa terjadi fragmentasi DNA, demikian pula pada kontrol positif VHB gibbon dan orangutan. Namun pada kontrol VHB manusia tidak terjadi pemotongan regio Pre-S pb 300 pb 200 pb 261 pb 208 pb 198 pb 157 pb 100 pb (a) 6 (b) 8 (c) Gambar 6 Visualisasi produk DNA menggunakan enzim restriksi BSt2UI. (a). Baris 1(penanda DNA 1kpb Invitrogen, USA), Baris 2-8 (isolat hasil studi), Baris 9 kontrol positif VHBGi, Baris 10 kontrol positif VHBHu, Baris 11 kontrol positif VHBOu1, Baris 12 kontrol positif VHBOu2. (b). Isolat A6. (c). Isolat A9 Gambar 6a memperlihatkan adanya keragaman posisi pemotongan produk PCR regio Pre-S1 VHB yang diisolasi. Sampel A1 dan A6, selanjutnya dikelompokkan sebagai kelompok I, memperlihatkan posisi pemotongan yang hampir sama dengan kontrol positif VHB regio Pre-S1orangutan. Sedangkan sampel A2, A3, A5, A8 dan A9, selanjutnya dikelompokkan sebagai kelompok II, mempunyai posisi pemotongan yang berbeda dengan kontrol positif VHB regio pre-s1gibbon maupun orangutan. Kelompok I terlihat terpotong menjadi 2 fragmen yaitu 198 pb dan 261 (Gambar 6b), pada kelompok II juga terlihat

5 terpotong menjadi 2 fragmen namun dengan besar fragmen yang berbeda dengan kelompok I yaitu 208 pb dan 157 pb (Gambar 6c). Dengan menggunakan enzim restriksi yang sama untuk isolat C1 dan C2, terlihat pula pola pemotongan yang berbeda untuk kedua isolat tersebut (Gambar 7). Isolat C2 mempunyai gambaran pemotongan yang mirip dengan isolat kontrol positif VHBOu dengan besar 261 pb dan 198 pb. Isolat C1 pada hasil elektroforesis RFLP hanya terlihat satu pita tebal (261 pb) dan satu pita tipis (130 pb). 500 pb 400 pb 300 pb 200 pb 100 pb 261 pb 198 pb 130 pb Gambar 7 Visualisasi pemotongan produk DNA menggunakan enzim restriksi BSt2UI. (1) Penanda DNA sebesar 100pb, (2) isolat C1, (3) C2, (4) kontrol positif VHBOu1, (5) kontrol positif VHBOu2, (6) kontrol positif VHBHu Data sekuen nukleotida VHBGi regio Pre-S1 yang ditampilkan pada tabel 3 juga memperlihatkan bahwa ke-9 isolat VHBGi hasil studi mempunyai jumlah dan posisi situs pemotongan yang berbeda, sehingga dapat dikelompokkan menjadi dua kelompok. Isolat A1, A6 dan C2, hanya mempunyai satu situs pemotongan yaitu pada nukleotida ke 198 sehingga produk PCR ketiga isolat tersebut terfragmentasi menjadi dua fragmen. Besar fragmen yang dihasilkan

6 adalah 198 pb dan 261 pb. Isolat C1 mempunyai 2 situs pemotongan yaitu pada nukleotida ke 68 dan 198, dengan besar fragmen 68 pb, 130 pb dan 261 pb. Produk PCR isolat A2, A3, A5, A8 dan A9 mempunyai 3 situs pemotongan dan terfragmentasi menjadi 4 fragmen. Hasil pemotongan pada kelima isolat tersebut berada pada situs nukleotida ke 157, 198 dan 406. Besar fragmen yang terbentuk adalah 157 pb, 41 pb, 208 pb dan 53 pb. Hasil elektroforesis RFLP (Gambar 6a) tidak terlihat dua fragmen terkecil dari kelompok ini (41 pb dan 53 pb). Hal ini disebabkan karena dua fragmen tersebut mempunyai ukuran di bawah 100 pb, sehingga dengan menggunakan elektroforesis agarosa diduga mungkin bermigrasi melewati batas bawah gel. Pembuatan Pohon Filogenetik Pensejajaran sekuens nukleotida VHBGi regio Pre-S1 untuk membangun pohon filogenetik menggunakan perangkat lunak ClustalW dan Mega (versi 5) dengan menyandingkan data sekuens nukleotida HBVGi Pre-S1 isolat hasil studi. Menggunakan data sekuens nukleotida VHBGi Pre-S1 isolat hasil studi (459 nukleotida) dan hasil pemotongan sekuens menggunakan enzim restriksi BSt2UI dapat dibentuk dua pohon filogenetik. (a) Gambar 8 Pohon filogenetik VHB Hylobatidae berdasarkan (a) sekuens nukleotida VHB regio Pre-S1 (459 pb) (b) situs pemotongan sekuens nukleotida VHBregio Pre-S1 menggunakan enzim restriksi BsT2UI. (b)

7 Hubungan kekerabatan virus hepatitis B regio Pre-S1 pada isolat owa jawa hasil studi diperlihatkan pada Gambar 8a. Menggunakan metode rekonstruksi filogeni neighbour-joining dengan model substitusi kimura 2-paramater (MEGA 5, 2011) terbentuk dua cluster besar yang memisahkan isolat-isolat VHBGi Pre- S1 hasil studi. Isolat VHBGi Pre-S1 owa jawa C2 dan A1 bersama-sama dengan isolat VHBGi Pre-S1 owa jawa C1 serta A6 membentuk kelompok besar terpisah dari isolat VHBGi Pre-S1 owa jawa A5, A3, A9, A8 dan A2. Dari 459 urutan basa nukleotida didapatkan situs conserved sebanyak 375 (81,6%), situs variable 85 (18,4%), situs singleton 7,2 % dan situs parsim-info sebanyak 11,2%. Menggunakan situs-situs restriksi yang dihasilkan oleh enzim restriksi BsT2UI pada sekuens nukleotida isolat VHBGi hasil studi (lampiran 2) dapat dibentuk pohon filogeni menggunakan konstruksi unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA, metode tanpa pembobotan). Pada pohon filogenetik yang terbentuk (Gambar 8 b), isolat VHBGi Pre-S1 owa jawa A1, C2, A6, C1 dan A2 membentuk cluster tersendiri, diikuti oleh percabangan yang dibentuk oleh isolat VHBGi Pre-S1 owa jawa A3 dan A5. Cabang terluar dibentuk oleh isolat VHBGi Pre-S1 owa jawa A8 dan A9. Terdapat perbedaan antara gambar 8a dan 8b yaitu pada gambar 8a isolat VHBGi Pre-S1 owa jawa A2 berada pada cluster yang sama dengan A8 sementara pada gambar 8b isolat VHBGi Pre-S1 owa jawa A2 berada pada percabangan bersama isolat VHBGi Pre-S1 owa jawa C1, A6, C2 dan A1 terpisah dari isolat VHBGi Pre-S1 owa jawa A8. Gambar 9 memperlihatkan pohon filogenetik yang menunjukkan hubungan kekerabatan berdasarkan sekuens nukleotida antara isolat VHBGi regio Pre-S1 owa jawa di Indonesia dengan data isolat satwa primata lainnya dari GeneBank. Isolat owa jawa hasil studi membentuk cluster besar tersendiri, terpisah dari cluster isolat Hylobates lar (no. akses HQ603076), orangutan (no. akses AF193864) dan H. pileatus (no. akses AY781187). Hal ini memperlihatkan bahwa virus hepatitis B yang menginfeksi owa jawa berbeda dengan orangutan dan spesies Hylobates lainnya. Di dalam kelompok isolat hasil studi juga terbentuk pengelompokan, kelompok isolat C1, A6, C2 dan A1 berada pada percabangan yang berbeda dengan kelompok isolat A2, A8, A9, A5 dan A3. Isolat

8 C1 dan A6 mempunyai kekerabatan sekitar 100% demikian pula antara isolat C2 dan A1. Isolat Hylobates agilis terpisah membentuk cluster terluar pada phon filogentik tersebut. Gambar 9 Pohon filogenetik VHB Hylobatidae dan orangutan berdasarkan sekuens sekuens nukleotida VHB regio Pre-S1(459 nukleotida). Data sekuens nukleotida VHB gibbon region Pre-S1 isolat hasil studi (459 bp) dan data isolat dari genbank di atas ditranlasikan ke dalam bentuk sekuens asam amino menggunakan program MEGA (Kumar, et al. 2011). Gambar 10 Pohon filogenetik VHB Hylobatidae dan orangutan berdasarkan sekuens asam amino VHB regio Pre-S1 (459 nukleotida). Hubungan kekerabatan berdasarkan sekuens asam amino diperlihatkan pada Gambar 10. Pohon filogenetik yang terbentuk sama dengan pohon

9 filogenetik yang dibentuk oleh sekuens nukleotida (Gambar 9). Isolat owa jawa hasil studi tetap berada pada cluster tersendiri seperti pada gambar 9. Namun cluster isolat A6 dan C1 berada pada percabangan yang berbeda dengan kelompok owa jawa hasil studi lainnya. Analisa asam amino menunjukkan bahwa isolat VHBGi owa jawa C1 dan A6 mempunyai kemiripan komposisi asam amino dengan isolat VHBGi dari orangutan, H. lar dan H. agilis. Perbedaan pohon filogenetik dapat terjadi karena perbedaan pembacaan basa nukleotida yang ditranslasikan menjadi asam amino. Perbedaan urutan basa nukleotida akan mempengaruhi komposisi asam amino yang terbentuk. Dari kedua pohon filogenetik yang terbentuk dapat diperlihatkan bahwa isolat virus hepatitis B yang menginfeksi owa jawa hasil studi berbeda dengan virus hepatitis B yang menginfeksi orangutan dan dapat terdeteksi dini menggunakan primer yang mengamplifikasi regio pre-s1 dari VHB. Sekuens Genom Lengkap Virus Hepatitis B Gibbon Amplifikasi Virus Hepatitis B Gibbon Untuk mendapatkan sekuens genom lengkap dari virus hepatitis B Gibbon (VHBGi), dilakukan amplifikasi DNA menggunakan empat pasangan primer. Masing-masing pasangan primer mempunyai daerah overlapped pada ujung 5 dengan ujung 3 pada primer lainnya. Dari kesembilan isolat owa jawa hasil studi yang digunakan adalah isolat C1 dan C2. Mengacu pada sekuens genom lengkap VHBGi (Sa-Nguanmoo et al., 2008), target produk PCR yang diharapkan pasangan primer pertama adalah sebesar 1383 pasang basa, pasangan primer II sebesar 1027 pb, pasangan III sebesar 927 pb dan pasangan primer IV sebesar 1115 pb. Isolat C1 dan C2 diambil untuk mendapatkan data sekuens genom lengkap VHBGi karena seluruh produk PCR dapat teramplifikasi dengan baik menggunakan keempat pasangan primer tersebut (Gambar 11). Hasil sekuens masing-masing produk PCR dari Macrogen Inc. (Korea) menggunakan primer yang sama dengan yang digunakan dalam amplifikasi kemudian dianalisa menggunakan program BioEdit versi 7 (2005) dan MEGA versi 5 (2011).

10 1650 pb 850 pb 1397 pb 1030 pb 1121 pb 921 pb 300 pb 100 pb Gambar 11 Visualisasi hasil amplifikasi genom lengkap VHBGi. Baris1 Ladder DNA1 kb, Baris 2-5 isolat C1 primer set 1, 2, 3, 4. Baris 6-9 isolat C2 primer set 1, 2, 3,4 Data sekuens dari masing-masing primer dipetakan untuk mendapatkan rekonstruksi genom lengkap VHBGi dan dibuat secara linear (Gambar 12). Area hijau menunjukkan posisi hasil amplifikasi set primer I (1397 pb), area tersebut terlihat seperti terpotong dikarenakan rekonstruksi yang dibuat adalah secara linear bukan melingkar yang merupakan bentuk asli genom VHB. Area merah adalah posisi hasil amplifikasi pasangan primer kedua (1030 pb). R1 F6 X102 CORE1 R5 X101 CORE2 PreS1F Gambar 12 Rekonstruksi genom lengkap VHBGi linear berdasarkan posisi primer yang digunakan. Posisi pasangan primer ketiga ditunjukkan oleh area kuning (921 pb). Sekuens nukleotida hasil amplifikasi pasangan primer keempat (1121 pb) ditunjukkan oleh warna biru dan terlihat seperti terpotong. Hal ini karena posisi

11 primer keempat, seperti halnya primer pertama, dimulai dari nukleotida ke 2273 dan melingkar kembali ke posisi ke 201. Hasil rekonstruksi dan pensejajaran keempat pasang primer tersebut didapatkan ukuran VHB owa jawa sebesar 3192 pb (isolat C1) dan 3188 pb (isolat C2). Data sekuens dari masing-masing pasangan primer VHBGi (3192 pb) hasil studi disejarkan dengan data yang didapat dari GenBank yaitu isolat Ttblack (3182 pb) dengan nomor akses GenBank AY (Tabel 5). Pada Tabel 5 terlihat lokasi masing-masing gen VHBGi pada genom linearnya. Gen P dan S mempunyai posisi tumpang tindih pada nukleotida ke-1 sampai 835. Tabel 5 Data lokasi gen VHB pada isolat Ttblack (GenBank, AY330916) Gen Posisi nukleotida Ukuran gen (bp) P S X C Mengacu pada sekuens isolat Ttblack tersebut didapatkan posisi masingmasing pasangan primer dari urutan nukleotidanya dalam mengkode gen-gen VHBGi seperti yang tertera pada Tabel 6. Masing-masing pasangan primer mempunyai daerah yang tumpang tindih (overlapped) dengan pasangan primer lainnya. Pada primer set pertama, dengan membandingkan posisi isolat hasil studi ( ) dengan isolat Ttblack (Tabel 5), dapat terlihat bahwa nukleotida pada posisi tersebut berada pada daerah yang mengkode gen P dan sekaligus gen S. Posisi primer set II mengkode sebagian daerah gen P dan S. Demikian pula primer set 3 dan 4, mempunyai daerah yang tumpang tindih dengan gen lainnya. Potongan-potongan sekuens primer kemudian dirangkaikan untuk mendapatkan daerah-daerah yang mengalami overlapping pada ujung-ujung 5 dan 3. Dengan mengacu pada sekuens genom lengkap VHBGi pada Hylobates pilleatus data GenBank (nomor akses AY781186) dapat dilihat posisi overlapping dan penyambungan dari masing-masing sekuens primer.

12 Tabel 6 Daerah gen VHBGi berdasarkan pasangan primer yang digunakan Primer Set I II III IV Primer PreS1F R5 F6 X102 X101 CORE2 CORE1 R1 Target produk Gen Besar isolat C1 Besar isolat C pb S/P 1397 pb 1317 pb 1030 pb P/S 1030 pb 999 pb 921 pb C/P 921 pb 891 pb X/C 1121 pb P/S 1121 pb 1071 pb Gambar 13 memperlihatkan posisi masing-masing open reading frame (ORF) dari genom lengkap VHBGi berdasarkan data sekuens nukleotida dari isolat C1. Area hijau menunjukkan ORF S yang mengkode gen S (pre-s1, pre-s2 dan S), terbagi menjadi dua bagian karena genom VHB yang sebenarnya berbentuk sirkular dibuat menjadi linear, demikian pula area kuning yang menunjukkan ORF P yang mengkode gen P. Warna merah menunjukkan ORF X yang mengkode gen X. Sedangkan posisi pasangan primer ketiga yang mengkode gen C (Core dan pre- Core) ditunjukkan oleh area biru. 1 1 S X C S P 1623 P Gambar 13 Prediksi genom linier sekuens sampel C1 dibandingkan dengan sekuens H. pileatus dari GenBank (no akses AY781186) berdasarkan posisi open reading frame. Hasil penggabungan empat pasang primer menghasilkan genom lengkap VHBGi isolate C1 yang terdiri dari 3192 nukleotida, sedangkan pada isolat C2 dihasilkan genom lengkap VHBGi yang terdiri dari 3188 nukleotida. Dengan menggunakan sekuens genom lengkap VHBGi, isolat C1 dibandingkan dengan C2 mempunyai perbedaan sebesar 1%. Hal ini disebabkan adanya insersi maupun delesi nukleotida baik pada sekuens isolat C1 maupun isolat C2.

13 Pohon Filogenetik Menggunakan data sekuens VHBGi genom lengkap yang didapatkan dari GeneBank dan perangkat lunak komputer MEGA dapat dikonstruksi pohon filogenetik yang memperlihatkan hubungan kekerabatan VHB antar spesies. Data GeneBank yang digunakan adalah sekuens VHB genom lengkap dari isolat VHB asal manusia (no. akses GQ , HM , GQ , GQ ), orangutan (no. akses AF , AF ), Hylobates pileatus (no. akses AY , AY , AB ), H. agilis (no. akses FM209513), dan gorila (FJ798097) serta isolat HBV dari woolly monkey (AF ). Pohon filogenetik yang digunakan adalah neighbour-joining dengan model substitusi kimura-2 paramater menggunakan bootsrap 1000 kali (MEGA, 2011). Gambar 14 Pohon filogenetik VHB genom lengkap asal satwa primata dan manusia (3129 nukleotida) Gambar 14 memperlihatkan bahwa isolat VHBGi hasil studi (H. moloch C1 dan C2) berada pada satu percabangan dan mempunyai kedekatan genetik sebesar 99% di antara keduanya. Kedua isolat tersebut mempunyai kekerabatan yang lebih dekat dengan isolat dari orangutan karena berada pada percabangan pohon yang sama dibandingkan dengan isolat dari spesies Hylobates lainnya. Isolat

14 orangutan berada pada cluster tersendiri bersama dengan isolat H. agillis. Isolat VHB manusia membentuk cluster tersendiri, terpisah dari cluster VHB pada satwa primata. Hal ini menunjukkan bahwa kekerabatan VHB manusia jauh dari VHB yang berasal dari satwa primata. Isolat Lagothrix lagothrica (woolly monkey) digunakan sebagai outgroup dalam pembentukan pohon filogenetik ini. Lagothrix lagotricha sampai saat ini diketahui sebagai satu-satunya spesies satwa primata dari golongan monyet yang dapat terinfeksi VHB.

ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN KARAKTERISASI MOLEKULAR VIRUS HEPATITIS B PADA OWA JAWA (Hylobates moloch) DI INDONESIA RACHMITASARI NOVIANA

ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN KARAKTERISASI MOLEKULAR VIRUS HEPATITIS B PADA OWA JAWA (Hylobates moloch) DI INDONESIA RACHMITASARI NOVIANA ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN KARAKTERISASI MOLEKULAR VIRUS HEPATITIS B PADA OWA JAWA (Hylobates moloch) DI INDONESIA RACHMITASARI NOVIANA SEKOLAH PASCA SARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2012 PERNYATAAN

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Deteksi Fabavirus pada Tanaman Nilam Deteksi Fabavirus Melalui Uji Serologi Tanaman nilam dari sampel yang telah dikoleksi dari daerah Cicurug dan Gunung Bunder telah berhasil diuji

Lebih terperinci

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Daerah D-loop M B1 B2 B3 M1 M2 P1 P2 (-)

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Daerah D-loop M B1 B2 B3 M1 M2 P1 P2 (-) HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Daerah D-loop Amplifikasi daerah D-loop DNA mitokondria (mtdna) pada sampel DNA sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO dilakukan dengan menggunakan mesin PCR Applied

Lebih terperinci

PRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas

PRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas PRAKATA Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas segala nikmat dan karunia-nya, penulisan Tugas Akhir dengan judul Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok

Lebih terperinci

BIO306. Prinsip Bioteknologi

BIO306. Prinsip Bioteknologi BIO306 Prinsip Bioteknologi KULIAH 7. PUSTAKA GENOM DAN ANALISIS JENIS DNA Konstruksi Pustaka DNA Pustaka gen merupakan sumber utama isolasi gen spesifik atau fragmen gen. Koleksi klon rekombinan dari

Lebih terperinci

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 15 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Analisis DNA 4.1.1 Ekstraksi DNA Ekstraksi DNA merupakan langkah awal dalam analisis molekuler. Masalah-masalah yang timbul dalam ekstraksi DNA merupakan hal yang penting

Lebih terperinci

menggunakan program MEGA versi

menggunakan program MEGA versi DAFTAR ISI COVER... i HALAMAN PENGESAHAN... ii HALAMAN PERSEMBAHAN... iii PRAKATA... iv DAFTAR ISI... vi DAFTAR TABEL... viii DAFTAR GAMBAR... ix DAFTAR LAMPIRAN... x INTISARI... xi ABSTRACT... xii PENDAHULUAN...

Lebih terperinci

TINJAUAN PUSTAKA. Genus Subgenus Spesies Penyebaran Hylobates. Agilis. Lar. Moloch Muelleri Pileatus Klosii Concolor. Leucogenys Gabriellae.

TINJAUAN PUSTAKA. Genus Subgenus Spesies Penyebaran Hylobates. Agilis. Lar. Moloch Muelleri Pileatus Klosii Concolor. Leucogenys Gabriellae. TINJAUAN PUSTAKA Owa jawa Taksonomi Owa jawa (Hylobates moloch), dikenal pula dengan nama Javan gibbon atau Silvery gibbon, menurut Napier dan Napier (1985), diklasifikasikan sebagai berikut: Ordo Subordo

Lebih terperinci

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN 14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4 MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. (a)

HASIL DAN PEMBAHASAN. (a) 8 tampak diskor secara manual. Kriteria penskoran berdasarkan muncul tidaknya lokus, lokus yang muncul diberi skor 1 dan yang tidak muncul diberi skor 0. Data biner yang diperoleh selanjutnya diolah menjadi

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3 HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3 Amplifikasi gen Pit1 exon 3 pada sapi FH yang berasal dari BIB Lembang, BBIB Singosari, BPPT Cikole,

Lebih terperinci

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi Fragmen DNA Penyandi CcGH Mature Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna GH ikan mas telah berhasil diisolasi. Hal ini ditunjukkan dengan adanya pita DNA pada ukuran

Lebih terperinci

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. telah banyak dilakukan sebelumnya menunjukkan bahwa fenomena munculnya

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. telah banyak dilakukan sebelumnya menunjukkan bahwa fenomena munculnya BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN Penelitian terhadap urutan nukleotida daerah HVI mtdna manusia yang telah banyak dilakukan sebelumnya menunjukkan bahwa fenomena munculnya rangkaian poli-c merupakan fenomena

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Calpastatin (CAST MspI) Amplifikasi fragmen gen calpastatin (CAST MspI) pada setiap bangsa sapi dilakukan dengan menggunakan mesin thermal cycler (AB Bio System) pada

Lebih terperinci

4 Hasil dan Pembahasan

4 Hasil dan Pembahasan 4 Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dipaparkan hasil dari tahap-tahap penelitian yang telah dilakukan. Melalui tahapan tersebut diperoleh urutan nukleotida sampel yang positif diabetes dan sampel

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN 19 HASIL DAN PEMBAHASAN Vektor Kloning Protein rgh Isolasi Plasmid cdna GH. Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna; El-mGH, Og-mGH dan Cc-mGH berhasil diisolasi dari bakteri konstruksi E. coli DH5α dengan

Lebih terperinci

BAB XIII. SEKUENSING DNA

BAB XIII. SEKUENSING DNA BAB XIII. SEKUENSING DNA Pokok bahasan di dalam Bab XIII ini meliputi prinsip kerja sekuensing DNA, khususnya pada metode Sanger, pangkalan data sekuens DNA, dan proyek-proyek sekuensing genom yang ada

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom

HASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh

Lebih terperinci

DAFTAR ISI. Halaman HALAMAN PERSETUJUAN... iii PERNYATAAN... PRAKATA... INTISARI... ABSTRACT... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR...

DAFTAR ISI. Halaman HALAMAN PERSETUJUAN... iii PERNYATAAN... PRAKATA... INTISARI... ABSTRACT... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR ISI Halaman HALAMAN PERSETUJUAN... iii PERNYATAAN... PRAKATA... INTISARI... ABSTRACT... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... DAFTAR SINGKATAN... v vi viii ix x xiii

Lebih terperinci

PEMBAHASAN Variasi Gen COI dan Gen COII S. incertulas di Jawa dan Bali

PEMBAHASAN Variasi Gen COI dan Gen COII S. incertulas di Jawa dan Bali 41 PEMBAHASAN Variasi Gen COI dan Gen COII S. incertulas di Jawa dan Bali Sekuen individu S. incertulas untuk masing-masing gen COI dan gen COII dapat dikelompokkan menjadi haplotipe umum dan haplotipe-haplotipe

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%.

HASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%. HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen FSHR Alu-1 Amplifikasi fragmen gen FSHR Alu-1 dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dilakukan dengan kondisi annealing 60 C selama 45 detik dan diperoleh produk

Lebih terperinci

BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN Pada bab ini akan disajikan hasil dan pembahasan berdasarkan langkah-langkah penelitian yang telah diuraikan dalam bab sebelumnya dalam empat bagian yang meliputi; sampel mtdna,

Lebih terperinci

I. PENDAHULUAN. wanita di dunia. Berdasarkan data dari WHO/ICOInformation Centre on. jumlah kasus sebanyak kasus dan jumlah kematian sebanyak

I. PENDAHULUAN. wanita di dunia. Berdasarkan data dari WHO/ICOInformation Centre on. jumlah kasus sebanyak kasus dan jumlah kematian sebanyak 1 I. PENDAHULUAN 1.1. Latar belakang Kanker serviks merupakan kanker yang paling sering menyerang wanita di dunia. Berdasarkan data dari WHO/ICOInformation Centre on HPV and Cancer, kanker serviks menempati

Lebih terperinci

Jumlah Koloni Lombok AcLb11 Kampus lama Univ Mataram, Kec. Selaparang, Mataram. AcLb12 Kelayu, Lombok Timur

Jumlah Koloni Lombok AcLb11 Kampus lama Univ Mataram, Kec. Selaparang, Mataram. AcLb12 Kelayu, Lombok Timur 4 HASIL Koleksi Lebah Lebah madu A. c. indica yang berhasil dikoleksi berjumlah 29 koloni. Koloni diambil dari tujuh kecamatan di Lombok yaitu Kec. Selaparang (satu koloni), Kec. Pamenang (dua koloni),

Lebih terperinci

Tabel 1. Komposisi nukleotida pada gen sitokrom-b parsial DNA mitokondria Cryptopterus spp.

Tabel 1. Komposisi nukleotida pada gen sitokrom-b parsial DNA mitokondria Cryptopterus spp. 12 V. HASIL DAN PEMBAHASAN Ikan Lais Cryptopterus spp. yang didapatkan dari S. Kampar dan Indragiri terdiri dari C. limpok dan C. apogon. Isolasi DNA total dilakukan terhadap cuplikan otot ikan Lais Cryptopterus

Lebih terperinci

4 HASIL DAN PEMBAHASAN

4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik Morfologi Pada penelitian ini digunakan lima sampel koloni karang yang diambil dari tiga lokasi berbeda di sekitar perairan Kepulauan Seribu yaitu di P. Pramuka

Lebih terperinci

Gambar 5. Hasil Amplifikasi Gen Calpastatin pada Gel Agarose 1,5%.

Gambar 5. Hasil Amplifikasi Gen Calpastatin pada Gel Agarose 1,5%. HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Calpastatin (CAST AluI) Amplifikasi fragmen gen CAST AluI dilakukan dengan menggunakan mesin PCR dengan kondisi annealing 60 0 C selama 45 detik, dan diperoleh produk

Lebih terperinci

V. HASIL DAN PEMBAHASAN

V. HASIL DAN PEMBAHASAN V. HASIL DAN PEMBAHASAN 5.1. Hasil 5.1.1. Deteksi Gen Target E6 HPV 18 Penelitian ini dilakukan dalam rangka mengidentifikasi variasi molekuler (polimorfisme) gen E6 HPV 18 yang meliputi variasi urutan

Lebih terperinci

DAFTAR ISI. Halaman ABSTRAK... i ABSTRACT... ii DAFTAR ISI... iii DAFTAR GAMBAR... vi DAFTAR TABEL... vii DAFTAR LAMPIRAN... viii

DAFTAR ISI. Halaman ABSTRAK... i ABSTRACT... ii DAFTAR ISI... iii DAFTAR GAMBAR... vi DAFTAR TABEL... vii DAFTAR LAMPIRAN... viii DAFTAR ISI ABSTRAK... i ABSTRACT... ii DAFTAR ISI... iii DAFTAR GAMBAR... vi DAFTAR TABEL... vii DAFTAR LAMPIRAN... viii BAB I PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang Penelitian... 1 B. Rumusan Masalah Penelitian...

Lebih terperinci

KAJIAN MOLEKULER BAKTERI ASAM LAKTAT ISOLAT 9A HASIL ISOLASI DARI KOLON SAPI BALI MELALUI ANALISIS GEN 16S rrna SKRIPSI

KAJIAN MOLEKULER BAKTERI ASAM LAKTAT ISOLAT 9A HASIL ISOLASI DARI KOLON SAPI BALI MELALUI ANALISIS GEN 16S rrna SKRIPSI KAJIAN MOLEKULER BAKTERI ASAM LAKTAT ISOLAT 9A HASIL ISOLASI DARI KOLON SAPI BALI MELALUI ANALISIS GEN 16S rrna SKRIPSI Diajukan untuk Melengkapi Tugas-Tugas dan Memenuhi Persyaratan untuk Mencapai Gelar

Lebih terperinci

Keanekaragaman Genetika Ikan Lais Cryptopterus spp. dari Propinsi Riau Berdasarkan Sitokrom-b DNA Mitokondria

Keanekaragaman Genetika Ikan Lais Cryptopterus spp. dari Propinsi Riau Berdasarkan Sitokrom-b DNA Mitokondria Ill Keanekaragaman Genetika Ikan Lais Cryptopterus spp. dari Propinsi Riau Berdasarkan Sitokrom-b DNA Mitokondria Yusnarti Yus' dan Roza Elvyra' 'Program Studi Biologi, Fakultas MIPA, Universitas Riau,

Lebih terperinci

Hasil dan Pembahasan

Hasil dan Pembahasan BAB IV Hasil dan Pembahasan Hasil yang diperoleh dari tahapan penelitian akan dijelaskan pada bab ini. Dimulai dengan amplifikasi gen katg, penentuan urutan nukleotida (sequencing), dan diakhiri dengan

Lebih terperinci

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Friesian Holstein

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Friesian Holstein TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Friesian Holstein Sapi Friesian Holstein (FH) merupakan bangsa sapi yang paling banyak terdapat di Amerika Serikat, sekitar 80-90% dari seluruh sapi perah yang berada di sana.

Lebih terperinci

ANALISIS MOLEKULER SEBAGIAN GEN HBsAg VIRUS HEPATITIS B YANG MENGINFEKSI PASIEN HIV DI RUMAH SAKIT UMUM DAERAH Dr. MOEWARDI DI SURAKARTA TESIS

ANALISIS MOLEKULER SEBAGIAN GEN HBsAg VIRUS HEPATITIS B YANG MENGINFEKSI PASIEN HIV DI RUMAH SAKIT UMUM DAERAH Dr. MOEWARDI DI SURAKARTA TESIS ANALISIS MOLEKULER SEBAGIAN GEN HBsAg VIRUS HEPATITIS B YANG MENGINFEKSI PASIEN HIV DI RUMAH SAKIT UMUM DAERAH Dr. MOEWARDI DI SURAKARTA TESIS Disusun untuk Memenuhi Sebagian Persyaratan Mencapai Derajat

Lebih terperinci

TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA

TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA Oleh: Gregorius Widodo Adhi Prasetyo A2A015009 KEMENTERIAN RISET TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS PERTANIAN PROGRAM

Lebih terperinci

Gambar 1. Visualisasi elektroforesis hasil PCR (kiri) dan Sekuen Gen Hf1-exon 1 Petunia x hybrida cv. Picotee Rose yang berhasil diisolasi.

Gambar 1. Visualisasi elektroforesis hasil PCR (kiri) dan Sekuen Gen Hf1-exon 1 Petunia x hybrida cv. Picotee Rose yang berhasil diisolasi. GTGGCCGGTGATCGG-3 ) dan reverse (5 -CCGATATGAGTCGAGAGGGCC-3 ). Hasil PCR dicek dengan elektroforesis pada agarose 1,5%. Sekuensing gen target dilakukan di 1st Base Malaysia. Hasil sekuensing berupa elektroferogram

Lebih terperinci

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Isolasi Promoter -Aktin Ikan Mas Promoter -Aktin dari ikan mas diisolasi dengan menggunakan metode PCR dengan primer yang dibuat berdasarkan data yang ada di Bank Gen. Panjang

Lebih terperinci

BIOMA, Juni 2014 ISSN: Vol. 16, No. 1, Hal

BIOMA, Juni 2014 ISSN: Vol. 16, No. 1, Hal BIOMA, Juni 2014 ISSN: 1410-8801 Vol. 16, No. 1, Hal. 18-25 Karakterisasi Genetik Fragmen Gen Penyandi RNA Polimerase Infectious Myonecrosis Virus (IMNV) yang Menginfeksi Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei

Lebih terperinci

TINJAUAN PUSTAKA. Elaeidobius kamerunicus Faust. (Coleoptera : Curculionidae) Kumbang ini mengalami metamorfosis sempurna (holometabola), yakni

TINJAUAN PUSTAKA. Elaeidobius kamerunicus Faust. (Coleoptera : Curculionidae) Kumbang ini mengalami metamorfosis sempurna (holometabola), yakni TINJAUAN PUSTAKA Elaeidobius kamerunicus Faust. (Coleoptera : Curculionidae) Kumbang ini mengalami metamorfosis sempurna (holometabola), yakni siklus hidupnya terdiri dari telur larva pupa imago. E. kamerunicus

Lebih terperinci

DASAR BIOTEKNOLOGI TANAMAN

DASAR BIOTEKNOLOGI TANAMAN DASAR BIOTEKNOLOGI TANAMAN Darda Efendi, Ph.D Nurul Khumaida, Ph.D Sintho W. Ardie, Ph.D Departemen Agronomi dan Hortikultura, Faperta, IPB 2013 Marka = tanda Marka (marka biologi) adalah sesuatu/penanda

Lebih terperinci

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Ekstraksi dan Amplifikasi Sampel Daun Ekstraksi dalam penelitian ini menggunakan metode CTAB yang telah dilakukan terhadap 30 sampel daun. Hasil elektroforesis rata-rata menunjukkan

Lebih terperinci

KATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis

KATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens

Lebih terperinci

BAB I PENDAHULUAN. menimbulkan wabah dan menyebabkan kematian. Dalam kurun waktu 50 tahun

BAB I PENDAHULUAN. menimbulkan wabah dan menyebabkan kematian. Dalam kurun waktu 50 tahun BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Infeksi virus dengue merupakan salah satu penyakit menular yang sering menimbulkan wabah dan menyebabkan kematian. Dalam kurun waktu 50 tahun kasus dengue di dunia meningkat

Lebih terperinci

DAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...

DAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... DAFTAR ISI HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR...... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... INTISARI... ABSTRACT... PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang...

Lebih terperinci

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Kalimantan Tengah

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Kalimantan Tengah TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Kalimantan Tengah Berdasarkan aspek pewilayahan Kalimantan Tengah mempunyai potensi besar untuk pengembangan peternakan dilihat dari luas lahan 153.564 km 2 yang terdiri atas

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Hormon Pertumbuhan (GH) Amplifikasi gen hormon pertumbuhan pada sapi FH yang berasal dari BIB Lembang, BBIB Singosari, dan BET Cipelang; serta sapi pedaging (sebagai

Lebih terperinci

Skripsi MADE RAI DWITYA WIRADIPUTRA

Skripsi MADE RAI DWITYA WIRADIPUTRA DETEKSI MUTASI DAERAH RRDR GEN rpob PADA ISOLAT DNA SPUTUM PASIEN MULTIDRUG RESISTANTT Mycobacterium tuberculosis (MDR-TB) DENGANN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen GH Exon 2

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen GH Exon 2 HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Exon 2 Gen GH exon 2 pada ternak kambing PE, Saanen, dan persilangannya (PESA) berhasil diamplifikasi menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Pasangan

Lebih terperinci

MACAM-MACAM TIPE PCR DAN TEKNIK PEMOTONGAN PROTEIN DENGAN METODE EDMAN SEBAGAI DASAR KERJA ANALISIS SEKUENSING

MACAM-MACAM TIPE PCR DAN TEKNIK PEMOTONGAN PROTEIN DENGAN METODE EDMAN SEBAGAI DASAR KERJA ANALISIS SEKUENSING TUGAS GENETIKA MOLEKULER MACAM-MACAM TIPE PCR DAN TEKNIK PEMOTONGAN PROTEIN DENGAN METODE EDMAN SEBAGAI DASAR KERJA ANALISIS SEKUENSING Oleh: Laurencius Sihotang 8756130889 Program Studi Magister Pendidikan

Lebih terperinci

BABm METODE PENELITIAN

BABm METODE PENELITIAN BABm METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian analitik dengan desain cross-sectioned, yaitu untuk mengetahui apakah terdapat perbedaan distnbusi genotipe dan subtipe VHB

Lebih terperinci

The Origin of Madura Cattle

The Origin of Madura Cattle The Origin of Madura Cattle Nama Pembimbing Tanggal Lulus Judul Thesis Nirmala Fitria Firdhausi G352080111 Achmad Farajallah RR Dyah Perwitasari 9 Agustus 2010 Asal-usul sapi Madura berdasarkan keragaman

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth

MATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan

Lebih terperinci

BAB I Pendahuluan I.1 Latar Belakang Masalah

BAB I Pendahuluan I.1 Latar Belakang Masalah BAB I Pendahuluan I.1 Latar Belakang Masalah Penelitian mengenai biodiversitas mikroba termofilik telah membuka banyak informasi mengenai interaksi mikroba dengan lingkungannya (Newman dan Banfield, 2002).

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon

HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Gen GH exon 3 pada kambing PE, Saanen, dan PESA (Persilangan PE dan Saanen) berhasil diamplifikasi menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Panjang fragmen

Lebih terperinci

ANALISIS SIDIK DNA (DNA Fingerprinting) RFLP (Restriction Fragmen Length Polymorphism)

ANALISIS SIDIK DNA (DNA Fingerprinting) RFLP (Restriction Fragmen Length Polymorphism) ANALISIS SIDIK DNA (DNA Fingerprinting) RFLP (Restriction Fragmen Length Polymorphism) Laurencius Sihotang I. Tujuan Mempelajari cara teknik RFLP(Restriction Fragmen Length Polymorphism) Menganalisis pola

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Polimorfisme RAPD dan Mikrosatelit Penelitian ini menggunakan primer dari Operon Technology, dimana dari 10 primer acak yang diseleksi, primer yang menghasilkan pita amplifikasi yang

Lebih terperinci

DAFTAR ISI DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...

DAFTAR ISI DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... DAFTAR ISI Bab Halaman DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... ix x xii I II III PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang... 1 1.2 Identifikasi Masalah... 2 1.3 Tujuan Penelitian... 2 1.4 Kegunaan Penelitian...

Lebih terperinci

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Indonesia merupakan salah satu negara yang memiliki kekayaan hasil perikanan yang beranekaragam, sehingga mendatangkan devisa negara yang cukup besar terutama dari

Lebih terperinci

PENGANTAR. Latar Belakang. Itik yang dikenal saat ini adalah hasil penjinakan itik liar (Anas Boscha atau

PENGANTAR. Latar Belakang. Itik yang dikenal saat ini adalah hasil penjinakan itik liar (Anas Boscha atau PENGANTAR Latar Belakang Itik yang dikenal saat ini adalah hasil penjinakan itik liar (Anas Boscha atau Wild Mallard). Proses penjinakan telah terjadi berabad-abad yang lalu dan di Asia Tenggara merupakan

Lebih terperinci

GAMBARAN RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (RFLP) GEN SITOKROM b DNA MITOKONDRIA DARI SEMBILAN SPESIES IKAN AIR TAWAR KONSUMSI DENNY SAPUTRA

GAMBARAN RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (RFLP) GEN SITOKROM b DNA MITOKONDRIA DARI SEMBILAN SPESIES IKAN AIR TAWAR KONSUMSI DENNY SAPUTRA GAMBARAN RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (RFLP) GEN SITOKROM b DNA MITOKONDRIA DARI SEMBILAN SPESIES IKAN AIR TAWAR KONSUMSI DENNY SAPUTRA FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap

BAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi

Lebih terperinci

HASIL. Aktivitas Antimikrob Ekstrak Kasar Senyawa Antimikrob

HASIL. Aktivitas Antimikrob Ekstrak Kasar Senyawa Antimikrob HASIL Aktivitas Antimikrob Ekstrak asar Senyawa Antimikrob Ekstrak kasar yang didapatkan dari isolat HAL13 memiliki aktivitas antimikrob terbaik (Tabel 1). Aktivitas antimikrob spektrum luas ditunjukkan

Lebih terperinci

I. PENDAHULUAN. Iridoviridae yang banyak mendapatkan perhatian karena telah menyebabkan

I. PENDAHULUAN. Iridoviridae yang banyak mendapatkan perhatian karena telah menyebabkan I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Megalocytivirus merupakan salah satu genus terbaru dalam famili Iridoviridae yang banyak mendapatkan perhatian karena telah menyebabkan kerugian ekonomi serta kerugian

Lebih terperinci

Bab IV Hasil dan Pembahasan

Bab IV Hasil dan Pembahasan 32 Bab IV Hasil dan Pembahasan Penggunaan α-amilase dalam beberapa sektor industri mengalami peningkatan dan sekarang ini banyak diperlukan α-amilase dengan sifat yang khas dan mempunyai kemampuan untuk

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita

HASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Amplifikasi Gen Mx Amplifikasi gen Mx telah berhasil dilakukan. Hasil amplifikasi gen Mx divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita yang

Lebih terperinci

4. POLIMORFISME GEN Pituitary Positive Transcription Factor -1 (Pit-1) PADA AYAM LOKAL DI INDONESIA ABSTRAK

4. POLIMORFISME GEN Pituitary Positive Transcription Factor -1 (Pit-1) PADA AYAM LOKAL DI INDONESIA ABSTRAK 26 4. POLIMORFISME GEN Pituitary Positive Transcription Factor -1 (Pit-1) PADA AYAM LOKAL DI INDONESIA ABSTRAK Pituitary Positive Transcription Factor-1 (Pit-1) merupakan salah satu gen yang berkaitan

Lebih terperinci

Identifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information)

Identifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information) Identifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information) Identifikasi bakteri pada saat ini masih dilakukan secara konvensional melalui studi morfologi dan

Lebih terperinci

Kloning Domain KS dan Domain A ke dalam Sel E. coli DH5α. Analisis Bioinformatika. HASIL Penapisan Bakteri Penghasil Senyawa Antibakteri

Kloning Domain KS dan Domain A ke dalam Sel E. coli DH5α. Analisis Bioinformatika. HASIL Penapisan Bakteri Penghasil Senyawa Antibakteri 3 selama 1 menit, dan elongasi pada suhu 72 0 C selama 1 menit. Tahap terakhir dilakukan pada suhu 72 0 C selama 10 menit. Produk PCR dielektroforesis pada gel agarosa 1 % (b/v) menggunakan tegangan 70

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Isolasi Enterobacter sakazakii dari Susu Formula dan Makanan Bayi

HASIL DAN PEMBAHASAN. Isolasi Enterobacter sakazakii dari Susu Formula dan Makanan Bayi HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi Enterobacter sakazakii dari Susu Formula dan Makanan Bayi Isolasi E.sakazakii dilakukan dari beberapa sampel susu formula dan makanan bayi yang ditujukan untuk bayi yang berusia

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Pemotongan Parsial dan Penyisipan Nukleotida pada Ujung Fragmen DNA Konstruksi pustaka genom membutuhkan potongan DNA yang besar. Untuk mendapatkan fragmen-fragmen dengan ukuran relatif

Lebih terperinci

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. dari daun pertama pada pucuk. Genom merupakan seluruh materi DNA

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. dari daun pertama pada pucuk. Genom merupakan seluruh materi DNA BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. ISOLASI GENOM JARAK PAGAR Genom jarak pagar diisolasi dari daun jarak pagar muda yang diambil dari daun pertama pada pucuk. Genom merupakan seluruh materi DNA pada suatu

Lebih terperinci

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Indonesia

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Indonesia TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Indonesia Indonesia merupakan salah satu negara di Asia Tenggara yang memiliki banyak bangsa sapi dan hewan-hewan lainnya. Salah satu jenis sapi yang terdapat di Indonesia adalah

Lebih terperinci

IDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI BANDEALIT JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI. Oleh Dina Fitriyah NIM

IDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI BANDEALIT JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI. Oleh Dina Fitriyah NIM IDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI BANDEALIT JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI Oleh Dina Fitriyah NIM 061810401071 JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. pb M 1 2. pb M 1 2. pb M 1 2. (a) (b) pb M 1 2. pb M pb M 1 2. pb M (d) (e) (c)

HASIL DAN PEMBAHASAN. pb M 1 2. pb M 1 2. pb M 1 2. (a) (b) pb M 1 2. pb M pb M 1 2. pb M (d) (e) (c) HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi dan Visualisasi DNA Endo-β- 1,4- glukanase C. curvignathus Amplifikasi DNA ekson 1 dan 5 CcEG menggunakan pasangan primer eksternal (Tabel 2) dan masing-masing menunjukkan

Lebih terperinci

TINJAUAN PUSTAKA Sumber Daya Genetik Ternak Lokal

TINJAUAN PUSTAKA Sumber Daya Genetik Ternak Lokal TINJAUAN PUSTAKA Sumber Daya Genetik Ternak Lokal Keanekaragaman ternak sapi di Indonesia terbentuk dari sumber daya genetik ternak asli dan impor. Impor ternak sapi Ongole (Bos indicus) atau Zebu yang

Lebih terperinci

M 1 2. ~1,9 kb HASIL DAN PEMBAHASAN

M 1 2. ~1,9 kb HASIL DAN PEMBAHASAN sebanyak 5,0 µl, 10mM dntp mix (konsentrasi akhir 0,3mM) 0,75µl, 10µM primer (konsentrasi akhir 0,3µM) 0,75µl, Template DNA (100ng) 0,5µl, dan 0,5µl. KAPAHifi DNA Polymerase (1U/µl). M 1 2 ~1,9 kb Sekuensing

Lebih terperinci

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 24 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Hasil 4.1.1 Perhitungan Kepadatan Artemia dan Kutu Air serta Jumlah Koloni Bakteri Sebanyak 1,2 x 10 8 sel bakteri hasil kultur yang membawa konstruksi gen keratin-gfp ditambahkan

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal.

HASIL DAN PEMBAHASAN. Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal. HASIL DAN PEMBAHASAN Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal. Dalam perkembangannya, organ reproduktif mengalami perubahan yang mengakibatkan terjadinya perbedaan fenotipe antara kelapa

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN bp bp bp

HASIL DAN PEMBAHASAN bp bp bp HASIL DAN PEBAHASAN Purifikasi dan Pengujian Produk PCR (Stilbena Sintase) Purifikasi ini menggunakan high pure plasmid isolation kit dari Invitrogen. Percobaan dilakukan sesuai dengan prosedur yang terdapat

Lebih terperinci

HASIL Amplifikasi Ruas Target Pemotongan dengan enzim restriksi PCR-RFLP Sekuensing Produk PCR ruas target Analisis Nukleotida

HASIL Amplifikasi Ruas Target Pemotongan dengan enzim restriksi PCR-RFLP Sekuensing Produk PCR ruas target Analisis Nukleotida 2 sampai ke bagian awal gen trna Phe. Komposisi reaksi amplifikasi bervolume 25 µl adalah sampel DNA sebagai cetakan 2 µl (10-100 ng), 2,5nM Primer 2 µl; Taq polimerase (New England Biolabs) 1 unit beserta

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Kisaran Inang Potyvirus Isolat Nilam Bogor Tanaman nilam sakit banyak terdapat di daerah Bogor yang memperlihatkan gejala mosaik dengan ciri-ciri hampir sama dengan yang pernah diutarakan

Lebih terperinci

KERAGAMAN MOLEKULER DALAM SUATU POPULASI

KERAGAMAN MOLEKULER DALAM SUATU POPULASI KERAGAMAN MOLEKULER DALAM SUATU POPULASI EKO HANDIWIRAWAN Pusat Penelitian dan Pengembangan Peternakan Jalan Raya Pajajaran Kav E-59, Bogor 16151 ABSTRAK Variasi di dalam populasi terjadi sebagai akibat

Lebih terperinci

BAB I PENDAHULUAN. A.Latar belakang. orang yang sudah meninggal, kegunaan golongan darah lebih tertuju pada

BAB I PENDAHULUAN. A.Latar belakang. orang yang sudah meninggal, kegunaan golongan darah lebih tertuju pada 1 BAB I PENDAHULUAN A.Latar belakang Golongan darah sistem ABO yang selanjutnya disebut golongan darah merupakan salah satu indikator identitas seseorang. Pada orang hidup, golongan darah sering digunakan

Lebih terperinci

BAB 3 KERAGAMAN GENETIK BAKTERI ANTAGONIS PSEUDOMONAS sp. CRB

BAB 3 KERAGAMAN GENETIK BAKTERI ANTAGONIS PSEUDOMONAS sp. CRB 23 BAB 3 KERAGAMAN GENETIK BAKTERI ANTAGONIS PSEUDOMONAS sp. CRB Pendahuluan Keragaman genetik adalah tingkat keragaman yang mengacu kepada total jumlah karakter genetik yang menyusun genetik suatu spesies.

Lebih terperinci

DNA FINGERPRINT. SPU MPKT B khusus untuk UI

DNA FINGERPRINT. SPU MPKT B khusus untuk UI DNA FINGERPRINT SPU MPKT B khusus untuk UI 1 Pengertian umum Bioteknologi : seperangkat teknik yang memanfaatkan organisme hidup atau bagian dari organisme hidup, untuk menghasilkan atau memodifikasi produk,

Lebih terperinci

BAB II LANDASAN TEORI

BAB II LANDASAN TEORI BAB II LANDASAN TEORI Pada bagian ini akan diuraikan teori-teori dasar yang dijadikan sebagai landasan dalam penulisan tugas akhir ini. 2.1 Ilmu Bioinformatika Bioinformatika merupakan kajian yang mengkombinasikan

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN 32 HASIL DAN PEMBAHASAN Analisis Mutasi Gen KRAS Menggunakan Metode HRM dan RFLP pada DNA Standar Sel Kultur Analisis mutasi gen KRAS menggunakan metode HRM telah dilakukan terhadap DNA standar untuk mengetahui

Lebih terperinci

BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI

BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI Di dalam Bab XII ini akan dibahas pengertian dan kegunaan teknik Reaksi Polimerisasi Berantai atau Polymerase Chain Reaction (PCR) serta komponen-komponen dan tahapan

Lebih terperinci

BAB I PENDAHULUAN. Multidrug resistant tuberculosis (MDR-TB) merupakan salah satu fenomena

BAB I PENDAHULUAN. Multidrug resistant tuberculosis (MDR-TB) merupakan salah satu fenomena BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Multidrug resistant tuberculosis (MDR-TB) merupakan salah satu fenomena resistensi tuberkulosis ( TB). MDR-TB didefinisikan sebagai keadaan resistensi terhadap setidaknya

Lebih terperinci

BAB I PENDAHULUAN. 1.1 Latar Belakang

BAB I PENDAHULUAN. 1.1 Latar Belakang BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Varietas unggul padi telah tersebar di seluruh dunia untuk dijadikan bibit yang digunakan oleh para petani. Pemerintah Republik Indonesia telah mengeluarkan lebih dari

Lebih terperinci

2015 ISOLASI DNA PARSIAL GEN

2015 ISOLASI DNA PARSIAL GEN 1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penelitian Ikan gurame (Osphronemus merupakan salah satu ikan air tawar yang termasuk ke dalam infraclass Teleostei (Integrated Taxonomic Information System, 2012).

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:

BAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut: BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan

Lebih terperinci

3. METODE PENELITIAN

3. METODE PENELITIAN 29 3. METODE PENELITIAN 3.1. Lokasi dan Waktu Penelitian Lokasi penelitian meliputi Laut Sulawesi, Selat Makassar, Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo, Laut Maluku dan Teluk Tomini (Gambar

Lebih terperinci

ISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU

ISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU ISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU Della Rinarta, Roza Elvyra, Dewi Indriyani Roslim Mahasiswa Program

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;

BAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR; BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar, langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah HVI mtdna

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Hasil

HASIL DAN PEMBAHASAN. Hasil 11 secara perlahan beberapa kali kemudian segera ditambah dengan 400 μl larutan buffer netralisasi (1.32 M natrium asetat ph 4.8), divorteks dan disentrifugasi pada suhu 4 0 C dengan kecepatan 10 000 rpm

Lebih terperinci