Gambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.]
|
|
|
- Shinta Sasmita
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1
2 Gambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.] Gambar 2. Struktur organisasi promoter pada organisme eukariot [Sumber: Gilbert 1997: 1.]
3 Gambar 3. Vektor pgem-t Easy dan multiple cloning site (MCS) [Sumber: Promega 2008: 3--4.]
4 1 2 3 Keterangan: 1. Tanaman padi kultivar Rojolele 2. Tanaman Padi kultivar Nipponbare 3. Tanaman padi kultivar Batutegi Gambar 4. Tanaman padi yang digunakan dalam penelitian
5 Skema penempelan primer: F LEAP3 3 Promoter gen lea bp 5 R LEAP3 Penempelan sekuen primer forward dan reverse LEAP3 pada sekuens promoter gen lea3 EcoRI F Plea3:5 ATGAATTCACGAAAGGGCCTCCATAACCTACG3 R PLEA3: 3 CAATTAAAAACTTCGAATCCTAGTTACCATCTAGAAC5 BglII Gambar 5. Sekuen promoter gen lea3 dengan penempelan primer forward dan reverse serta situs restriksi dan start codon [Sumber: NCBI 2008: 1.]
6 Pencarian sekuens promoter dan desain primer Isolasi DNA dari organ daun padi cv. Rojolele, Nipponbare, dan Batutegi PCR gradien dan PCR standar fragmen promoter gen lea3 Ligasi produk PCR dengan vector pgem-t Easy Purifikasi produk PCR Visualisasi pada agarosa 0,8% (b/v), 100 V, 30 menit Transformasi ke dalam E. coli DH5α dengan CaCl 2 heat shock Pengklonaan dan seleksi dalam medium LB + ampisilin + Xgal/IPTG Isolasi pgem-t Easy rekombinan Visualisasi pada agarosa 0,8% (b/v), 100 V, 1 jam Verifikasi hasil isolasi melalui digesti dengan enzim EcoRI BLAST hasil sequencing pada situs sequencing fragmen promoter gen lea3 Gambar 6. Skema alur kerja penelitian
7 bp bp bp bp Gambar 7. Hasil elektroforesis isolasi DNA genom dari kultivar Rojolele, Nipponbare, dan Batutegi
8 88 M ,2 kbp ± bp 564 Gel agarosa 0,8% (b/v), 100 V, 30 menit Keterangan: Lajur M Lajur 1 Lajur 2--5 Lajur 6 Lajur : Penanda λhindiii : Kontrol negatif PCR : Sampel Rojolele : Sampel Nipponbare : Sampel Batutegi Gambar 8. Hasil elektroforesis PCR fragmen promoter gen lea3
9 89 M ± bp Gel agarosa 0,8% (b/v), 100 volt, 30 menit Keterangan: Lajur M : Penanda λhindiii Lajur 1 : Kontrol negatif PCR Lajur 2 : Sampel Rojolele faktor pengenceran 5x Lajur 3 : Sampel Rojolele faktor pengenceran 10x Lajur 4 : Sampel Rojolele faktor pengenceran 100x Lajur 5 : Sampel Rojolele faktor pengenceran 1.000x Gambar 9. Hasil elektroforesis optimasi PCR dengan faktor pengenceran berbeda
10 90 M ± bp 564 Gel agarosa 0,8% (b/v), 100 V, 30 menit Keterangan: Lajur M Lajur 1--2 Lajur 3--4 Lajur 5--6 : Penanda λhindiii : Hasil purifikasi sampel Rojolele : Hasil purifikasi sampel Nipponbare : Hasil purifikasi sampel Batutegi Gambar 10. Hasil elektroforesis purifikasi produk PCR fragmen promoter gen lea3 A B A C
11 91 A B C D E Keterangan: A. Kontrol positif sel kompeten B. Kontrol negatif sel kompeten C. Transforman hasil ligasi sampel Rojolele D. Transforman hasil ligasi sampel Nipponbare E. Transforman hasil ligasi sampel Batutegi Koloni putih Koloni biru Gambar 11. Koloni E. coli DH5α hasil pengklonaan
12 92 Keterangan: Warna hitam : Bagian sekuen vektor pgem-t Easy Warna orange : Sekuen promoter gen lea3 Warna merah : Situs EcoRI Warna biru : Situs BglII Gambar 12. Analisis restriksi sekuen vektor rekombinan
13 93 EcoRI EcoRI BglII EcoRI Potongan 1 12 bp bp Potongan 2 17 bp Potongan bp Gambar 13. Perkiraan hasil digesti dengan EcoRI
14 M ± bp ± bp ± bp M Keterangan: Lajur M : Penanda λhindiii Lajur 1 & 40 : Kontrol fragmen promoter ± bp ± bp Lajur Lajur : Uncut-cut sampel Rojolele R1--R10 : Uncut-cut sampel Batutegi ± bp B1--B10 Lajur : Uncut-cut sampel Nipponbare N1--N10 Gel agarosa 0,8%, 100 V, 1 jam Gambar 14. Hasil elektroforesis verifikasi vektor rekombinan dengan digesti EcoRI
15 Gambar 15. Elektroferogram sampel Rojolele forward
16 Gambar 16. Elektroferogram sampel Rojolele reverse
17 97 Gambar 17. Elektroferogram sampel Nipponbare forward
18 98 Gambar 18. Elektroferogram sampel Nipponbare reverse
19 99 Gambar 19. Elektroferogram sampel Batutegi forward
20 100 Gambar 20. Elektroferogram sampel Batutegi reverse
21 101 Sampel Nipponbare Sampel Batutegi Sampel Rojolele Gambar 21. Perubahan basa A menjadi G pada sampel Rojolele
22 102 Sampel Rojolele Sampel Batutegi Sampel Nipponbare Gambar 22. Perubahan basa T menjadi C pada sampel Nipponbare
23 103 Sampel Nipponbare Sampel Rojolele Sampel Batutegi Gambar 23. Perubahan basa G menjadi A pada sampel Batutegi
24 104 Sampel Nipponbare Sampel Rojolele Sampel Batutegi Gambar 24. Perubahan basa yang terjadi pada sampel Batutegi
25 105 Sampel Nipponbare Sampel Rojolele Sampel Batutegi Gambar 25. Perubahan basa C menjadi T pada sampel Batutegi Gambar 26. Penambahan basa A pada hasil sequencing ketiga kultivar padi
26 106 TABEL
27 107 Tabel 1 Data hasil uji spektrofotometri No Sampel Absorbansi λ 260 λ 280 Kemurnian DNA Konsentrasi DNA (ng/µl) 1 Blanko 0,000 0, Kultivar Rojolele 0,579 0,298 1, ,75 3 Kultivar Nipponbare 0,075 0,034 2,2 468,75 4 Kultivar Batutegi 0,535 0,278 1, ,75
28 108 Tabel 2 Hasil pengamatan transformasi DNA plasmid rekombinan ke dalam sel Escherichia coli DH5α Komponen yang ditransformasi Kontrol positif sel kompeten Kontrol negatif sel kompeten Rojolele Nipponbare Batutegi Warna koloni Kontrol Jumlah koloni Medium - TBUD LB padat - Tidak ada LB padat + kan Sampel Biru 12 Putih 310 Biru 6 Putih 335 Biru 1 Putih 116 LB padat + Amp + X-Gal + IPTG LB padat + Amp + X-Gal + IPTG LB padat + Amp + X-Gal + IPTG Keterangan: Amp : Antibiotik ampisilin IPTG : Isopropil-1-tio-β-galaktosidase LB : Luria Bertani TBUD : Terlalu banyak untuk dihitung X-gal : 5-bromo-4-kloro-3-indolil-β-D-galaktosidase
29 109 LAMPIRAN
30 110 Lampiran 1 Komposisi buffer isolasi metode Cornell University Buffer isolasi digunakan untuk 3 sampel dengan 2 ulangan, sehingga total sampel yang akan diisolsi sebanyak 6 sampel. Masing-masing sampel membutuhkan 10 ml sehingga volume buffer yang dibutuhkan adalah 60 ml. Na-bisulfit yang ditambahkan dalam buffer tersebut sebanyak 0,21 g. Komponen [Stock] [Final] Pengambilan (ml) NaCl 5 M 500 mm 6 Tris Cl ph 8 1 M 0,1 M 6 EDTA ph 8 0,5 M 50 mm 6 SDS 20% 1,25% 3,75 ddh 2 O ,25 Volume total 60 [Sumber: Cornell University 1994: 1.]
31 111 Lampiran 2 Komposisi dan cara pembuatan larutan/buffer yang digunakan dalam penelitian Larutan/buffer Cara pembuatan Daftar Acuan Tris Cl (1M) ph 8 Sebanyak 121,1 g tris base dilarutkan Sambrook dkk. 1989: B.13 dengan akuades sekitar 800 ml, kemudian ditambahkan HCl sebanyak 50 ml dan ditambahkan HCl hingga ph 8. Akuades kemudian ditambahkan hingga volume mencapai ml, lalu di sterilisasi dalam autoklaf (121º C, 2 atm, 20 menit). EDTA (0,5 M) ph 8 NaCl 5 M TE (Tris-EDTA) ph 8 Glukosa 1 M NaOH 10 M Solution I Sebanyak 37,22 g EDTA dilarutkan dengan akuades sekitar 100 ml, ditambahkan NaOH hingga larutan tambak bening dan ditambahkan NaOH hingga ph 8. Akuades kemudian ditambahkan hingga volume mencapai 200 ml, lalu disterilisasi dalam autoklaf (121º C, 2 atm, 20 menit). Sebanyak 292, 2 g NaCl dilarutkan dengan akuades hingga volume mencapai ml, lalu disterilisasi dalam autoklaf (121º C, 2 atm, 20 menit). Sebanyak 0,5 ml Tris-Cl ph 8 (10mM) dilarutkan dengan 0,1 ml EDTA ph 8 (10mM). Akuades ditambahkan hingga volume mencapai 50 ml. Sebanyak 0,9 g glukosa dilarutkan dengan akuades hingga volume mencapai 5 ml. Sebanyak 400 g NaOH dilarutkan dengan akuades hingga volume mencapai ml. Sebanyak 5 ml glukosa 1 M dicampur dengan Tris-Cl ph 8 1 M dan EDTA ph 8 0,5 M kemudian ditambahkan akuades hingga volume mencapai 100 ml kemudian disimpan pada suhu ruang. Sambrook dkk. 1989: B.11 Sambrook dkk. 1989: B.13 Sambrook dkk. 1989: B.13 Sambrook dkk. 1989: B.22 Sambrook dkk. 1989: 9.38 Sambrook dkk. 1989: B.22
32 112 Lampiran 2 (lanjutan) Larutan/buffer Cara pembuatan Daftar Acuan Solution II Sebanyak 2 ml NaOH 10 M dicampur Sambrook dkk. 1989: B.22 dengan 10 ml SDS 10% kemudian ditambahkan akuades hingga volume 100 ml kemudian disimpan pada suhu ruang. Solution III Medium Luria-Bertani Larutan CaCl 2 TBE 5x TBE 0,5x Marker Lambda HindIII Sebanyak 60 ml potasium asetat 5 M dicampurkan dengan 11,5 ml asam asetat glasial kemudian ditambahkan akuades hingga volume 100 ml dan disimpan dalam suhu 4 o C. Sebanyak 10 g triptone, 5 g yeast extract, dan 5 g NaCl ditambahkan akuades hingga volume mencapai ml, lalu disterilisasi dalam autoklaf (121º C, 2 atm, 20 menit). Untuk media Luria-Bertani padat ditambahkan 15 g bacto-agar kemudian ditambahkan akuades hingga volume ml disterilisasi dalam autoklaf (121º C, 2 atm, 20 menit). Sebanyak 2,94 g CaCl 2 dicampur dengan 1,01 MgCl 2 dan 0,15 g Tris-HCl kemudian ditambahkan akuades hingga volume mencapai 200 ml, lalu disterilisasi dalam autoklaf (121º C, 2 atm, 20 menit). Sebanyak 54 g tris base dan 27.5 g boric acid dilarutkan dengan akuades sekitar 500 ml, lalu ditambahkan 20 ml EDTA ph 8 (0,5 M). Akuades kemudian ditambahkan hingga volume mencapai 1000 ml, lalu disterilisasi dalam autoklaf (121º C, 2 atm, 20 menit). Sebanyak 100 ml TBE 5x ditambahkan akuades hingga volume mencapai ml. Sebanyak 15,5 µl akuades ditambah 2 µl dapat [Multicore] dan 0,5 µl HindIII. Sebanyak 2 µl lambda DNA dimasukkan ke dalam campuran tersebut lalu dihomogenkan dengan capsulfuge. Campuran tersebut diinkubasi selama 4 jam, suhu 37º C Sambrook dkk. 1989: B.22 Sambrook dkk. 1989: A.1 Sambrook dkk. 1989: B.10 Sambrook dkk. 1989: B.23 Sambrook dkk. 1989: B.23 Ausubel dkk. 2002: 2.3.1
33 113 Lampiran 2 (lanjutan) Larutan/buffer Cara pembuatan Daftar Acuan Gel Agarosa 0,8% (b/v) Sebanyak 0,8 g bubuk agarosa dilarutkan dengan 100 ml TBE 0,5x lalu Ausubel dkk. 2002: 2.5A.5 dipanaskan hingga mendidih dan homogen. Larutan dituang ke dalam cetakan gel yang telah dipasang comb. Setelah gel mengeras, comb diangkat sehingga terbentuk well. Gel kemudian diletakkan dalam ruang elektroforesis dan direndam dalam larutan TBE 0,5x Etidium Bromida Larutan IPTG stok Larutan X-Gal stok Antibiotik ampisilin 50mg/ml Antibiotik kanamisin 50mg/ml Sebanyak 14 µl etidium bromida (10mg/ml) ditambahkan ke dalam 200 ml akuades. Sebanyak 1,2 g bubuk IPTG ditambahkan akuades steril hingga volumenya mencapai 50 ml, kemudian difilter dan disimpan pada suhu 4 o C. Sebanyak 100 ml 5 bromo-4-cloro-3- indolil β-d-galaktosidase dilarutkan dalam 2 ml N,N-dimetil-formamide, kemudian ditutup dengan alumunium foil dan disimpan pada suhu 20 o C. Sebanyak 0,25 g bubuk ampisilin ditambahkan akuades steril hingga volumenya mencapai 5 ml, kemudian dfilter dan disimpan pada suhu -20 o C. Sebanyak 0,25 g bubuk kanamisin ditambahkan akuades steril hingga volumenya mencapai 5 ml, kemudian dfilter dan disimpan pada suhu -20 o C. Ausubel dkk. 2002: 2.5A.5 Sambrook dkk. 1989: B.11 Sambrook dkk. 1989: B.14 Ausubel dkk. 2002: Ausubel dkk. 2002: 1.4.2
34 114 Lampiran 3 Hasil penyejajaran primer LEAP F dan LEAP R dengan sekuen acuan BAC kromosom 5 kultivar Nipponbare dengan bantuan software DNAman Fast alignment of DNA sequences BAC KROMOSOM 5 LEA3 and LEAP F Upper line: BAC KROMOSOM 5 LEA3, from to Lower line: LEAP F, from 8 to 32 BAC KROMOSOM 5 LEA3:LEAP F identity= 100% CACGAAAGGGCCTCCATAACCTACG 8 CACGAAAGGGCCTCCATAACCTACG Fast alignment of DNA sequences BAC KROMOSOM 5 LEA3 and REVERSE_COMPLEMENT_LEAP R Upper line: BAC KROMOSOM 5 LEA3, from to Lower line: REVERSE_COMPLEMENT_LEAP R, from 1 to 28 BAC KROMOSOM 5 LEA3:REVERSE_COMPLEMENT_LEAP R identity= 100% GTTAATTTTTGAAGCTTAGGATCAATGG 1 GTTAATTTTTGAAGCTTAGGATCAATGG
35 115 Lampiran 4 Perhitungan konsentrasi DNA untuk ligasi secara semikuantitatif 1. Perhitungan konsentrasi fragmen promoter gen lea3 hasil purifikasi PCR Jumlah basa penanda λhindiii = bp Volume penanda yang digunakan = 10 µl Konsentrasi stok penanda = 0,025 µg/µl Jumlah penanda yang digunakan untuk loading = 10 x 0,025 = 0,25 µg/µl Estimasi pita penanda yang sesuai dengan sampel = bp x 0,25 / = 0,11 µg/µl = 110 ng/µl Estimasi intensitas pita fragmen = 1 x penanda DNA = 110 ng/µl Rumus insersi pengklonaan sisipan (ng) = vektor (ng) x DNA sisipan (kb) x rasio DNA sisipan : DNA vektor vektor (kb) 50 x 1,2 x 3 x 3 = 60 ng 3 1 Estimasi fragmen sisipan yang dimasukkan 0,5 µl; volume fragmen sisipan yang dimasukkan dalam reaksi ligasi sebesar 2 µl untuk meningkatkan probabilitas masuknya fragmen sisipan ke dalam vektor [Sumber: Promega 2008: 7.]
36 116 Lampiran 5 Hasil penyejajaran ganda antara sekuen acuan dan sampel kultivar Nipponbare, Rojolele, dan Batutegi dengan software DNAman CLUSTAL multiple sequence alignment lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o AAGGGCCTCCATAACCTACGCCTAGCCCTAGCACGATGGATGGCACAGTGCGTGCCCATC AAGGGCCTCCATAACCTACGCCTAGCCCTAGCACGATGGATGGCACAGTGCGTGCCCATC AAGGGCCTCCATAACCTACGCCTAGCCCTAGCACGGTGGATGGCACAGTGCGTGCCCATC AAGGGCCTCCATAACCTACGCCTAGCCCTAGCACGATGGATGGCACAGTGCGTGCCCATC *********************************** ************************ CTGCATCTGCATGGGTTAGTGCGTGCTACGCTGCGACGGCGACGATCGATGTAGCCTAGC CTGCATCTGCATGGGTTAGTGCGTGCTACGCTGCGACGGCGACGATCGATGTAGCCTAGC CTGCATCTGCATGGGTTAGTGCGTGCTACGCTGCGACGGCGACGATCGATGTAGCCTAGC CTGCATCTGCATGGGTTAGTGCGTGCTACGCTGCGACGGCGACGATCGATGTAGCCTAGC ************************************************************ CGGTGTGTGCAGTGCAGTGCAGGTCAGGATTGCCACTATGACCAAAGGATGCTTGTGTGC CGGTGTGTGCAGTGCAGTGCAGGTCAGGATTGCTACTATGACCAAAGGATGCTTGTGTGC CGGTGTGTGCAGTGCAGTGCAGGTCAGGATTGCCACTATGACCAAAGGATGCTTGTGTGC CGGTGTGTGCAGTGCAGTGCAGGTCAGGATTGCCACTATGACCAAAGGATGCTTGTGTGC ********************************* ************************** GATCAATAATGGCCGCTCAATGTGTCATCGTACGGTGACACACCACTCATCCTTTGTTGA GATCAATAATGGCCGCTCAATGTGTCATCGTACGGTGACACACCACTCATCCTTTGTTGA GATCAATAATGGCCGCTCAATGTGTCATCGTACGGTGACACACCACTCATCCTTTGTTGA GATCAATAATGGCCGCTCAATGTGTCATCGTACGGTGACACACCACTCATCCTTTGTTGA ************************************************************ TCTGTGGTGATCGACTTGAGTTAATCGGCAAGGCCCAGCCCATGGTTTGAGGTCAGGGCC TCTGTGGTGATCGACTTGAGTTAATCGGCAAGGCCCAGCCCATGGTTTGAGGTCAGGGCC TCTGTGGTGATCGACTTGAGTTAATCGGCAAGGCCCAGCCCATGGTTTGAGGTCAGGGCC TCTGTGGTGATCGACTTGAGTTAATCGGCAAGGCCCAGCCCATGGTTTGAGGTCAGGGCC ************************************************************ AGGCTGAATTTGGCCCAGTAATTTTGGTTTGAGAAGCCCACTTCGTCACAGCGTCAGGCC AGGCTGAATTTGGCCCAGTAATTTTGGTTTGAGAAGCCCACTTCGTCACAGCGTCAGGCC AGGCTGAATTTGGCCCAGTAATTTTGGTTTGAGAAGCCCACTTCGTCACAGCGTCAGGCC AGGCTGAATTTGGCCCAGTAATTTTGGTTTGAGAAGCCCACTTCGTCACAGCGTCAGGCC ************************************************************ GAATTACTGGCCCATGGTGAGCCCATGGCATCCATTCCCCATGATTGACCTTGTCTTTCT GAATTACTGGCCCATGGTGAGCCCATGGCATCCATTCCCCATGATTGACCTTGTCTTTCT GAATTACTGGCCCATGGTGAGCCCATGGCATCCATTCCCCATGATTGACCTTGTCTTTCT GAATTACTGGCCCATGGTGAGCCCATGGCATCCATTCCCCATGATTGACCTTGTCTTTCT ************************************************************ CTTTTTCTCTCGATCTCGAAAAGATGAGCAGATACTCGTAATTAAACCGCAAACATCTGC CTTTTTCTCTCGATCTCGAAAAGATGAGCAGATACTCGTAATTAAACCGCAAACATCTGC CTTTTTCTCTCGATCTCGAAAAGATGAGCAGATACTCGTAATTAAACCGCAAACATCTGC CTTTTTCTCTCGATCTCGAAAAGATGAGCAGATACTCGTAATTAAACCGCAAACATCTGC ************************************************************ CACCCATGTAATGATAACAATCGTTAACAATGCCATGCATCTCCCGAAGCTTCTGTGCCT CACCCATGTAATGATAACAATCGTTAACAATGCCATGCATCTCCCGAAGCTTCTGTGCCT CACCCATGTAATGATAACAATCGTTAACAATGCCATGCATCTCCCGAAGCTTCTGTGCCT CACCCATGTAATGATAACAATCGTTAACAATGCCATACATCTCCCGAAGCTTCTGTGCCT ************************************ ***********************
37 117 Lampiran 5 (lanjutan) lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o ACTCATTTGAGTGCGAGACCTTCCTAACATGTGTCCCCTTAACATTGTTTACTCCCTTTG ACTCATTTGAGTGCGAGACCTTCC ACTCATTTGAGTGCGAGACCTTCC ACTCATTTGAGTGCGAGACCTTCC ************************ lea3seqpromoter+atg CCGCCAAAGTGGTTACTACACACTCCAAACTTTTGTGGCAGAAGTACACTCAAAAGCGAA F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg AGGTAGCAGAACACATCAGGCATCCAAATTAACAACAACACCATTTACAATCAGACCTGA F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg ACACGTTGATCGGCGACATCAGGCGCCGCACATGGCAACGACACCCGATCGATCACCAAG F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o TGTAAAAACTAAAGCCGCATCCAACTTGTACTCGCCAAACAGCCACCGATCGATCGACGT -GTAAAAACTAAAGCCGCATCCAACTTGTACTCGCCAAACAGCCACCGATCGATCGACGT -GTAAAAACTAAAGCCGCATCCAACTTGTACTCGCCAAACAGCCACCGATCGATCGACGT -GTAAAAACTAAAGCCGCATCCAACTTGTACTCGCCAAACAGCCACCGATCGATCGACGT *********************************************************** TTCGATCGCCTGTATCGACACACTGATCGATCTGATCATGATCAGTTTCAACTCGCTGTG TTCGATCGCCTGTATCGACACACTGATCGATCTGATCATGATCAGTTTCAACTCGCTGTG TTCGATCGCCTGTATCGACACACTGATCGATCTGATCATGATCAGTTTCAACTCGCTGTG TTCGATCGCCTGTATCGACACACTGATCGATCTGATCATGATCAGTTTCAACTCGCTGTG ************************************************************ CCCACGTGTCGAGAGATCGGCACGTGCCTGAGCTCTCAGCCGCTCATAAATACACTTGTT CCCACGTGTCGAGAGATCGGCACGTGCCTGAGCTCTCAGCCGCTCATAAATACACTTGTT CCCACGTGTCGAGAGATCGGCACGTGCCTGAGCTCTCAGCCGCTCATAAATACACTTGTT CCCACGTGTCGAGAGATCGGCACGTGCCTGAGCTCTCAGCCGCTCATAAATACACTTGTT ************************************************************ TAGTAGCAACAGTATACTATAGTAGTCCTCTCCTGTTTGGCTTTTAGCTTGCATCGATGG TAGTAGCAACAGTATACTATAGTAGTCCTCTCCTGTTTGGCTTTTAGCTTGCATCGATGG TAGTAGCAACAGTATACTATAGTAGTCCTCTCCTGTTTGGCTTTTAGCTTGCATCGATGG TAGTAGCAACAGTATACTATAGTAGTCCTCTCCTGTTTGGCTTTTAGCTTGCATCGATGG ************************************************************ ATGGATGGATGGATCGCATGAGAGGGCTTCGCGAAGGTACGGAACCTTACACAACGCGTG ATGGATGGATGGATCGCATGAGAGGGCTTCGCGAAGGTACGGAACCTTACACAACGCGTG ATGGATGGATGGATCGCATGAGAGGGCTTCGCGAAGGTACGGAACCTTACACAACGCGTG ATGGATGGATGGATCGCATGAGAGGGCTTCGCGAAGGTACGGAACCTTACACAACGCGTG ************************************************************ TCCTTTCTACGTGGCCATCGTGTAGGCGTCTCGCCATGCTACGTGTCCCGGAGGATGTCT TCCTTTCTACGTGGCCATCGTGTAGGCGTCTCGCCATGCTACGTGTCCCGGAGGATGTCT TCCTTTCTACGTGGCCATCGTGTAGGCGTCTCGCCATGCTACGTGTCCCGGAGGATGTCT TCCTTTCTACGTGGCCATCGTGTAGGCGTCTCGCCATGCTACGTGTCCCGGAGGATGTCT ************************************************************ CGATGCCAACCCTTATAAATACTGTTCCATTCCAATCCCATCGCCACAGCCAGTGCAAAT CGATGCCAACCCTTATAAATACTGTTCCATTCCAATCCCATCGCCACAGCCAGTGCAAAT CGATGCCAACCCTTATAAATACTGTTCCATTCCAATCCCATCGCCACAGCCAGTGCAAAT CGATGCCAACCCTTATAAATACTGTTCCATTCCAATCCCATCGCCACAACCAGTGCAAAT ************************************************ ***********
38 118 Lampiran 5 (lanjutan) lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o lea3seqpromoter+atg F+R Nipponbare-edit F+R Rojolele-edit-o F+R Batutegi-edit-o CTGATCGATCAAGAT-ATCGAGCAAAATCCATCAGAGTTCTAACATTCGCGCGTGAATTT CTGATCGATCAAGATAATCGAGCAAAATCCATCAGAGTTCTAACATTCGCGCGTGAATTT CTGATCGATCAAGATAATCGAGCAAAATCCATCAGAGTTCTAACATTCGCGCGTGAATTT CTGATCGATCAAGATAATCGAGCAAAATCCATCAGAGTTCTAACATTCGCGCGTGAATTT *************** ******************************************** CGAGGTTAATTTTTGAAGCTTAGGATCAATGG CGAGGTTAATTTTTGAAGCTTAGGATCAATGG CGAGGTTAATTTTTGAAGCTTAGGATCAATGG CGAGGTTAATTTTTGAAGCTTAGGATAATCAC ************************** * Keterangan: Warna merah : Basa nukleotida yang mengalami perubahan : Sekuen gap
39 119 Lampiran 6 Hasil BLASTN sampel kultivar Rojolele, Nipponbare, dan Batutegi 1. Sekuen forward sampel Rojolele > gb DQ Oryza sativa (japonica cultivar-group) LEA-like gene, promoter region Length=1253 Score = 1037 bits (561), Expect = 0.0 Identities = 563/564 (99%), Gaps = 0/564 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 AAGGGCCTCCATAACCTACGCCTAGCCCTAGCACGGTGGATGGCACAGTGCGTGCCCATC 60 Sbjct 1 AAGGGCCTCCATAACCTACGCCTAGCCCTAGCACGATGGATGGCACAGTGCGTGCCCATC 60 Query 61 CTGCATCTGCATGGGTTAGTGCGTGCTACGCTGCGACGGCGACGATCGATGTAGCCTAGC 120 Sbjct 61 CTGCATCTGCATGGGTTAGTGCGTGCTACGCTGCGACGGCGACGATCGATGTAGCCTAGC 120 Query 121 CGGTGTGTGCAGTGCAGTGCAGGTCAGGATTGCCACTATGACCAAAGGATGCTTGTGTGC 180 Sbjct 121 CGGTGTGTGCAGTGCAGTGCAGGTCAGGATTGCCACTATGACCAAAGGATGCTTGTGTGC 180 Query 181 GATCAATAATGGCCGCTCAATGTGTCATCGTACGGTGACACACCACTCATCCTTTGTTGA 240 Sbjct 181 GATCAATAATGGCCGCTCAATGTGTCATCGTACGGTGACACACCACTCATCCTTTGTTGA 240 Query 241 TCTGTGGTGATCGACTTGAGTTAATCGGCAAGGCCCAGCCCATGGTTTGAGGTCAGGGCC 300 Sbjct 241 TCTGTGGTGATCGACTTGAGTTAATCGGCAAGGCCCAGCCCATGGTTTGAGGTCAGGGCC 300 Query 301 AGGCTGAATTTGGCCCAGTAATTTTGGTTTGAGAAGCCCACTTCGTCACAGCGTCAGGCC 360 Sbjct 301 AGGCTGAATTTGGCCCAGTAATTTTGGTTTGAGAAGCCCACTTCGTCACAGCGTCAGGCC 360 Query 361 GAATTACTGGCCCATGGTGAGCCCATGGCATCCATTCCCCATGATTGACCTTGTCTTTCT 420 Sbjct 361 GAATTACTGGCCCATGGTGAGCCCATGGCATCCATTCCCCATGATTGACCTTGTCTTTCT 420 Query 421 CTTTTTCTCTCGATCTCGAAAAGATGAGCAGATACTCGTAATTAAACCGCAAACATCTGC 480 Sbjct 421 CTTTTTCTCTCGATCTCGAAAAGATGAGCAGATACTCGTAATTAAACCGCAAACATCTGC 480 Query 481 CACCCATGTAATGATAACAATCGTTAACAATGCCATGCATCTCCCGAAGCTTCTGTGCCT 540 Sbjct 481 CACCCATGTAATGATAACAATCGTTAACAATGCCATGCATCTCCCGAAGCTTCTGTGCCT 540 Query 541 ACTCATTTGAGTGCGAGACCTTCC 564 Sbjct 541 ACTCATTTGAGTGCGAGACCTTCC 564
40 120 Lampiran 6 (lanjutan) 2. Sekuen reverse Rojolele > gb DQ Oryza sativa (japonica cultivar-group) LEA-like gene, promoter region Length=1253 Score = 867 bits (469), Expect = 0.0 Identities = 472/473 (99%), Gaps = 1/473 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 GTAAAAACTAAAGCCGCATCCAACTTGTACTCGCCAAACAGCCACCGATCGATCGACGTT 60 Sbjct 782 GTAAAAACTAAAGCCGCATCCAACTTGTACTCGCCAAACAGCCACCGATCGATCGACGTT 841 Query 61 TCGATCGCCTGTATCGACACACTGATCGATCTGATCATGATCAGTTTCAACTCGCTGTGC 120 Sbjct 842 TCGATCGCCTGTATCGACACACTGATCGATCTGATCATGATCAGTTTCAACTCGCTGTGC 901 Query 121 CCACGTGTCGAGAGATCGGCACGTGCCTGAGCTCTCAGCCGCTCATAAATACACTTGTTT 180 Sbjct 902 CCACGTGTCGAGAGATCGGCACGTGCCTGAGCTCTCAGCCGCTCATAAATACACTTGTTT 961 Query 181 AGTAGCAACAGTATACTATAGTAGTCCTCTCCTGTTTGGCTTTTAGCTTGCATCGATGGA 240 Sbjct 962 AGTAGCAACAGTATACTATAGTAGTCCTCTCCTGTTTGGCTTTTAGCTTGCATCGATGGA 1021 Query 241 TGGATGGATGGATCGCATGAGAGGGCTTCGCGAAGGTACGGAACCTTACACAACGCGTGT 300 Sbjct 1022 TGGATGGATGGATCGCATGAGAGGGCTTCGCGAAGGTACGGAACCTTACACAACGCGTGT 1081 Query 301 CCTTTCTACGTGGCCATCGTGTAGGCGTCTCGCCATGCTACGTGTCCCGGAGGATGTCTC 360 Sbjct 1082 CCTTTCTACGTGGCCATCGTGTAGGCGTCTCGCCATGCTACGTGTCCCGGAGGATGTCTC 1141 Query 361 GATGCCAACCCTTATAAATACTGTTCCATTCCAATCCCATCGCCACAGCCAGTGCAAATC 420 Sbjct 1142 GATGCCAACCCTTATAAATACTGTTCCATTCCAATCCCATCGCCACAGCCAGTGCAAATC 1201 Query 421 TGATCGATCAAGATAATCGAGCAAAATCCATCAGAGTTCTAACATTCGCGCGT 473 Sbjct 1202 TGATCGATCAAGATA-TCGAGCAAAATCCATCAGAGTTCTAACATTCGCGCGT 1253
41 121 Lampiran 6 (lanjutan) 3. Sekuen forward sampel Batutegi > gb DQ Oryza sativa (japonica cultivar-group) LEA-like gene, promoter region Length=1253 Score = 1037 bits (561), Expect = 0.0 Identities = 563/564 (99%), Gaps = 0/564 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 AAGGGCCTCCATAACCTACGCCTAGCCCTAGCACGATGGATGGCACAGTGCGTGCCCATC 60 Sbjct 1 AAGGGCCTCCATAACCTACGCCTAGCCCTAGCACGATGGATGGCACAGTGCGTGCCCATC 60 Query 61 CTGCATCTGCATGGGTTAGTGCGTGCTACGCTGCGACGGCGACGATCGATGTAGCCTAGC 120 Sbjct 61 CTGCATCTGCATGGGTTAGTGCGTGCTACGCTGCGACGGCGACGATCGATGTAGCCTAGC 120 Query 121 CGGTGTGTGCAGTGCAGTGCAGGTCAGGATTGCCACTATGACCAAAGGATGCTTGTGTGC 180 Sbjct 121 CGGTGTGTGCAGTGCAGTGCAGGTCAGGATTGCCACTATGACCAAAGGATGCTTGTGTGC 180 Query 181 GATCAATAATGGCCGCTCAATGTGTCATCGTACGGTGACACACCACTCATCCTTTGTTGA 240 Sbjct 181 GATCAATAATGGCCGCTCAATGTGTCATCGTACGGTGACACACCACTCATCCTTTGTTGA 240 Query 241 TCTGTGGTGATCGACTTGAGTTAATCGGCAAGGCCCAGCCCATGGTTTGAGGTCAGGGCC 300 Sbjct 241 TCTGTGGTGATCGACTTGAGTTAATCGGCAAGGCCCAGCCCATGGTTTGAGGTCAGGGCC 300 Query 301 AGGCTGAATTTGGCCCAGTAATTTTGGTTTGAGAAGCCCACTTCGTCACAGCGTCAGGCC 360 Sbjct 301 AGGCTGAATTTGGCCCAGTAATTTTGGTTTGAGAAGCCCACTTCGTCACAGCGTCAGGCC 360 Query 361 GAATTACTGGCCCATGGTGAGCCCATGGCATCCATTCCCCATGATTGACCTTGTCTTTCT 420 Sbjct 361 GAATTACTGGCCCATGGTGAGCCCATGGCATCCATTCCCCATGATTGACCTTGTCTTTCT 420 Query 421 CTTTTTCTCTCGATCTCGAAAAGATGAGCAGATACTCGTAATTAAACCGCAAACATCTGC 480 Sbjct 421 CTTTTTCTCTCGATCTCGAAAAGATGAGCAGATACTCGTAATTAAACCGCAAACATCTGC 480 Query 481 CACCCATGTAATGATAACAATCGTTAACAATGCCATACATCTCCCGAAGCTTCTGTGCCT 540 Sbjct 481 CACCCATGTAATGATAACAATCGTTAACAATGCCATGCATCTCCCGAAGCTTCTGTGCCT 540 Query 541 ACTCATTTGAGTGCGAGACCTTCC 564 Sbjct 541 ACTCATTTGAGTGCGAGACCTTCC 564
42 122 Lampiran 6 (lanjutan) 4. Sekuen reverse sampel Batutegi > gb DQ Oryza sativa (japonica cultivar-group) LEA-like gene, promoter region Length=1253 Score = 861 bits (466), Expect = 0.0 Identities = 471/473 (99%), Gaps = 1/473 (0%) Strand=Plus/Plus Query 5 GTAAAAACTAAAGCCGCATCCAACTTGTACTCGCCAAACAGCCACCGATCGATCGACGTT 64 Sbjct 782 GTAAAAACTAAAGCCGCATCCAACTTGTACTCGCCAAACAGCCACCGATCGATCGACGTT 841 Query 65 TCGATCGCCTGTATCGACACACTGATCGATCTGATCATGATCAGTTTCAACTCGCTGTGC 124 Sbjct 842 TCGATCGCCTGTATCGACACACTGATCGATCTGATCATGATCAGTTTCAACTCGCTGTGC 901 Query 125 CCACGTGTCGAGAGATCGGCACGTGCCTGAGCTCTCAGCCGCTCATAAATACACTTGTTT 184 Sbjct 902 CCACGTGTCGAGAGATCGGCACGTGCCTGAGCTCTCAGCCGCTCATAAATACACTTGTTT 961 Query 185 AGTAGCAACAGTATACTATAGTAGTCCTCTCCTGTTTGGCTTTTAGCTTGCATCGATGGA 244 Sbjct 962 AGTAGCAACAGTATACTATAGTAGTCCTCTCCTGTTTGGCTTTTAGCTTGCATCGATGGA 1021 Query 245 TGGATGGATGGATCGCATGAGAGGGCTTCGCGAAGGTACGGAACCTTACACAACGCGTGT 304 Sbjct 1022 TGGATGGATGGATCGCATGAGAGGGCTTCGCGAAGGTACGGAACCTTACACAACGCGTGT 1081 Query 305 CCTTTCTACGTGGCCATCGTGTAGGCGTCTCGCCATGCTACGTGTCCCGGAGGATGTCTC 364 Sbjct 1082 CCTTTCTACGTGGCCATCGTGTAGGCGTCTCGCCATGCTACGTGTCCCGGAGGATGTCTC 1141 Query 365 GATGCCAACCCTTATAAATACTGTTCCATTCCAATCCCATCGCCACAACCAGTGCAAATC 424 Sbjct 1142 GATGCCAACCCTTATAAATACTGTTCCATTCCAATCCCATCGCCACAGCCAGTGCAAATC 1201 Query 425 TGATCGATCAAGATAATCGAGCAAAATCCATCAGAGTTCTAACATTCGCGCGT 477 Sbjct 1202 TGATCGATCAAGATA-TCGAGCAAAATCCATCAGAGTTCTAACATTCGCGCGT 1253
43 123 Lampiran 6 (lanjutan) 5. Sekuen forward sampel Nipponbare > gb DQ Oryza sativa (japonica cultivar-group) LEA-like gene, promoter region Length=1253 Score = 1037 bits (561), Expect = 0.0 Identities = 563/564 (99%), Gaps = 0/564 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 AAGGGCCTCCATAACCTACGCCTAGCCCTAGCACGATGGATGGCACAGTGCGTGCCCATC 60 Sbjct 1 AAGGGCCTCCATAACCTACGCCTAGCCCTAGCACGATGGATGGCACAGTGCGTGCCCATC 60 Query 61 CTGCATCTGCATGGGTTAGTGCGTGCTACGCTGCGACGGCGACGATCGATGTAGCCTAGC 120 Sbjct 61 CTGCATCTGCATGGGTTAGTGCGTGCTACGCTGCGACGGCGACGATCGATGTAGCCTAGC 120 Query 121 CGGTGTGTGCAGTGCAGTGCAGGTCAGGATTGCTACTATGACCAAAGGATGCTTGTGTGC 180 Sbjct 121 CGGTGTGTGCAGTGCAGTGCAGGTCAGGATTGCCACTATGACCAAAGGATGCTTGTGTGC 180 Query 181 GATCAATAATGGCCGCTCAATGTGTCATCGTACGGTGACACACCACTCATCCTTTGTTGA 240 Sbjct 181 GATCAATAATGGCCGCTCAATGTGTCATCGTACGGTGACACACCACTCATCCTTTGTTGA 240 Query 241 TCTGTGGTGATCGACTTGAGTTAATCGGCAAGGCCCAGCCCATGGTTTGAGGTCAGGGCC 300 Sbjct 241 TCTGTGGTGATCGACTTGAGTTAATCGGCAAGGCCCAGCCCATGGTTTGAGGTCAGGGCC 300 Query 301 AGGCTGAATTTGGCCCAGTAATTTTGGTTTGAGAAGCCCACTTCGTCACAGCGTCAGGCC 360 Sbjct 301 AGGCTGAATTTGGCCCAGTAATTTTGGTTTGAGAAGCCCACTTCGTCACAGCGTCAGGCC 360 Query 361 GAATTACTGGCCCATGGTGAGCCCATGGCATCCATTCCCCATGATTGACCTTGTCTTTCT 420 Sbjct 361 GAATTACTGGCCCATGGTGAGCCCATGGCATCCATTCCCCATGATTGACCTTGTCTTTCT 420 Query 421 CTTTTTCTCTCGATCTCGAAAAGATGAGCAGATACTCGTAATTAAACCGCAAACATCTGC 480 Sbjct 421 CTTTTTCTCTCGATCTCGAAAAGATGAGCAGATACTCGTAATTAAACCGCAAACATCTGC 480 Query 481 CACCCATGTAATGATAACAATCGTTAACAATGCCATGCATCTCCCGAAGCTTCTGTGCCT 540 Sbjct 481 CACCCATGTAATGATAACAATCGTTAACAATGCCATGCATCTCCCGAAGCTTCTGTGCCT 540 Query 541 ACTCATTTGAGTGCGAGACCTTCC 564 Sbjct 541 ACTCATTTGAGTGCGAGACCTTCC 564
44 124 Lampiran 6 (lanjutan) 6. Sekuen reverse sampel Nipponbare > gb DQ Oryza sativa (japonica cultivar-group) LEA-like gene, promoter region Length=1253 Score = 867 bits (469), Expect = 0.0 Identities = 472/473 (99%), Gaps = 1/473 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 GTAAAAACTAAAGCCGCATCCAACTTGTACTCGCCAAACAGCCACCGATCGATCGACGTT 60 Sbjct 782 GTAAAAACTAAAGCCGCATCCAACTTGTACTCGCCAAACAGCCACCGATCGATCGACGTT 841 Query 61 TCGATCGCCTGTATCGACACACTGATCGATCTGATCATGATCAGTTTCAACTCGCTGTGC 120 Sbjct 842 TCGATCGCCTGTATCGACACACTGATCGATCTGATCATGATCAGTTTCAACTCGCTGTGC 901 Query 121 CCACGTGTCGAGAGATCGGCACGTGCCTGAGCTCTCAGCCGCTCATAAATACACTTGTTT 180 Sbjct 902 CCACGTGTCGAGAGATCGGCACGTGCCTGAGCTCTCAGCCGCTCATAAATACACTTGTTT 961 Query 181 AGTAGCAACAGTATACTATAGTAGTCCTCTCCTGTTTGGCTTTTAGCTTGCATCGATGGA 240 Sbjct 962 AGTAGCAACAGTATACTATAGTAGTCCTCTCCTGTTTGGCTTTTAGCTTGCATCGATGGA 1021 Query 241 TGGATGGATGGATCGCATGAGAGGGCTTCGCGAAGGTACGGAACCTTACACAACGCGTGT 300 Sbjct 1022 TGGATGGATGGATCGCATGAGAGGGCTTCGCGAAGGTACGGAACCTTACACAACGCGTGT 1081 Query 301 CCTTTCTACGTGGCCATCGTGTAGGCGTCTCGCCATGCTACGTGTCCCGGAGGATGTCTC 360 Sbjct 1082 CCTTTCTACGTGGCCATCGTGTAGGCGTCTCGCCATGCTACGTGTCCCGGAGGATGTCTC 1141 Query 361 GATGCCAACCCTTATAAATACTGTTCCATTCCAATCCCATCGCCACAGCCAGTGCAAATC 420 Sbjct 1142 GATGCCAACCCTTATAAATACTGTTCCATTCCAATCCCATCGCCACAGCCAGTGCAAATC 1201 Query 421 TGATCGATCAAGATAATCGAGCAAAATCCATCAGAGTTCTAACATTCGCGCGT 473 Sbjct 1202 TGATCGATCAAGATA-TCGAGCAAAATCCATCAGAGTTCTAACATTCGCGCGT 1253
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE,
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE, NIPPONBARE, DAN BATUTEGI Isolasi DNA genom padi dari organ daun padi (Oryza sativa L.) kultivar Rojolele, Nipponbare,
BAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Pusat
BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Pusat Penelitian Bioteknologi, LIPI, Cibinong selama 9 bulan (Maret 2008-- November 2008).
Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri. Isolasi DNA kromosom bakteri. Kloning DNA
LAMPIRAN 15 15 Lampiran 1 Tahapan penelitian Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri Isolasi DNA kromosom bakteri Pemotongan DNA dengan enzim restriksi Kloning DNA Isolasi DNA plasmid hasil
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
BAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang. dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998).
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998). B. Populasi dan Sampel 1. Populasi yang
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI TEKNIK PCR OVERLAPPING 1. Sintesis dan amplifikasi fragmen ekson 1 dan 2 gen tat HIV-1 Visualisasi gel elektroforesis
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi Fragmen DNA Penyandi CcGH Mature Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna GH ikan mas telah berhasil diisolasi. Hal ini ditunjukkan dengan adanya pita DNA pada ukuran
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar
HASIL DAN PEMBAHASAN bp bp bp
HASIL DAN PEBAHASAN Purifikasi dan Pengujian Produk PCR (Stilbena Sintase) Purifikasi ini menggunakan high pure plasmid isolation kit dari Invitrogen. Percobaan dilakukan sesuai dengan prosedur yang terdapat
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
BAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Kloning Domain KS dan Domain A ke dalam Sel E. coli DH5α. Analisis Bioinformatika. HASIL Penapisan Bakteri Penghasil Senyawa Antibakteri
3 selama 1 menit, dan elongasi pada suhu 72 0 C selama 1 menit. Tahap terakhir dilakukan pada suhu 72 0 C selama 10 menit. Produk PCR dielektroforesis pada gel agarosa 1 % (b/v) menggunakan tegangan 70
HASIL DAN PEMBAHASAN 1. Konstruksi vektor over-ekspresi gen OsWRKY 1.1 Amplifikasi dan purifikasi fragmen gen OsWRKY76
HASIL DAN PEMBAHASAN Kegiatan rekayasa genetik tanaman keberhasilannya tergantung pada beberapa hal, diantaranya adalah gen yang akan diintroduksikan, metode transformasi, sistem regenerasi tanaman dan
BAB 3 PERCOBAAN. Alat elektroforesis agarosa (Biorad), autoklaf, cawan Petri, GeneAid High Speed Plasmid
BAB 3 PERCOBAAN 3.1 Alat Alat elektroforesis agarosa (Biorad), autoklaf, cawan Petri, GeneAid High Speed Plasmid Mini kit, inkubator goyang (GSL), jarum Ose bundar, kit GFX (GE Healthcare), kompor listrik
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
HASIL DAN PEMBAHASAN. Hasil
11 secara perlahan beberapa kali kemudian segera ditambah dengan 400 μl larutan buffer netralisasi (1.32 M natrium asetat ph 4.8), divorteks dan disentrifugasi pada suhu 4 0 C dengan kecepatan 10 000 rpm
BAHAN DAN METODE. 1. Waktu dan Tempat penelitian
BAHAN DAN METODE 1. Waktu dan Tempat penelitian Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler dan Rumah Kaca Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian
Bab IV Hasil dan Pembahasan
32 Bab IV Hasil dan Pembahasan Penggunaan α-amilase dalam beberapa sektor industri mengalami peningkatan dan sekarang ini banyak diperlukan α-amilase dengan sifat yang khas dan mempunyai kemampuan untuk
HASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Pemotongan Parsial dan Penyisipan Nukleotida pada Ujung Fragmen DNA Konstruksi pustaka genom membutuhkan potongan DNA yang besar. Untuk mendapatkan fragmen-fragmen dengan ukuran relatif
BAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian. Penelitian ini dapat menerangkan
FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
ISOLASI TOTAL DNA TUMBUHAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA PHYTOPURE Halaman : 1 dari 5 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan tumbuhan, dapat dari daun, akar, batang,
BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
BAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel
16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik
BAB 3 PERCOBAAN 3.1 Bahan 3.2 Alat
BAB 3 PERCOBAAN 3.1 Bahan Bahan yang digunakan memiliki kualitas pro analisis atau pro biologi molekular, yaitu : primer M. tuberculosis forward: 5 GGATCCGATGAGCAAGCTGATCGAA3 (Proligo) dan primer M. tuberculosis
HASIL DAN PEMBAHASAN
19 HASIL DAN PEMBAHASAN Vektor Kloning Protein rgh Isolasi Plasmid cdna GH. Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna; El-mGH, Og-mGH dan Cc-mGH berhasil diisolasi dari bakteri konstruksi E. coli DH5α dengan
BAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode deskriptif (Nazir, 1983). B. Populasi dan Sampel Populasi dalam penelitian ini adalah
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. AMPLIFIKASI DAN PURIFIKASI GEN NS1 VIRUS DENGUE. Proses amplifikasi gen NS1 virus dengue merupakan tahap awal
38 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. AMPLIFIKASI DAN PURIFIKASI GEN NS1 VIRUS DENGUE Proses amplifikasi gen NS1 virus dengue merupakan tahap awal dalam penelitian. Fragmen gen NS1 virus dengue diamplifikasi
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN. Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan dari empat primer yang
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN A. KESIMPULAN Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan dari empat primer yang digunakan hanya primer GE 1.10 dengan suhu annealing sebesar 49,5 o C yang dapat dianalisis
HASIL DAN PEMBAHASAN. Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal.
HASIL DAN PEMBAHASAN Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal. Dalam perkembangannya, organ reproduktif mengalami perubahan yang mengakibatkan terjadinya perbedaan fenotipe antara kelapa
BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.
BAB in. METODE PENELITIAN
BAB in. METODE PENELITIAN Waktu Dan Tempat Penelitian Penelitian ini telah dilakukan dari April sampai November 2009 di laboratorium Biologi Molekular dan Rekayasa Genetika, Balai Penelitian Bioteknologi
BAHAN DAN METODE. ditranskipsi dan produk translasi yang dikode oleh gen (Nasution 1999).
4 ditranskipsi dan produk translasi yang dikode oleh gen (Nasution 1999). Polymerase Chain Reaction (PCR) PCR merupakan suatu reaksi in vitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Isolasi DNA genom tanaman padi T0 telah dilakukan pada 118
45 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. HASIL Isolasi DNA genom tanaman padi T0 telah dilakukan pada 118 sampel. Berdasarkan hasil digesti DNA dengan enzim EcoRI, diperoleh sebanyak 74 sampel tanaman dari 118
BAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian, sehingga dapat menerangkan arti
BAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Metode penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran, atau lukisan secara
FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
Halaman : 1 dari 5 ISOLASI TOTAL DNA HEWAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan hewan, dapat dari insang, otot, darah atau jaringan
BAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar, langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah HVI mtdna
Gambar 1. Skema penggolongan HIV-1 [Sumber: Korber dkk. 2001: ]
![Gambar 1. Skema penggolongan HIV-1 [Sumber: Korber dkk. 2001: ]](/thumbs/71/64388534.jpg "Gambar 1. Skema penggolongan HIV-1 [Sumber: Korber dkk. 2001: ]")
75 Gambar 1. Skema penggolongan HIV-1 [Sumber: Korber dkk. 2001: 22--25.] Gambar 2. Struktur virus HIV-1 [Sumber: Henriksen 2003: 12.] 76 Keterangan: 5 LTR : daerah 5 Long Terminal Region gag : gen gag
BAB III METODE PENELITIAN
39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan
SINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI
SINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI 0304040257 UNIVERSITAS INDONESIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
BAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap
BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi
BAB III METODE A. Jenis Penelitian B. Populasi dan Sampel C. Waktu dan Lokasi Penelitian D. Alat dan Bahan Rizki Indah Permata Sari,2014
34 BAB III METODE A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian murni atau pure research yang dilakukan dengan metode deskriptif, yaitu suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi, gambaran
BAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian dasar dengan metode deskriptif (Nazir, 1988). B. Populasi dan sampel Populasi pada penelitian ini adalah
III. Bahan dan Metode
III. Bahan dan Metode A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan selama 3 bulan dari bulan Mei-Juli 2011 yang dilakukan di LPPT UGM Yogyakarta. B. Bahan Penelitian Sampel yang digunakan
KLONING DAN OVEREKSPRESI GEN celd DARI Clostridium thermocellum ATCC DALAM pet-blue VECTOR 1
PROPOSAL METODOLOGI PENELITIAN (BM-3001) KLONING DAN OVEREKSPRESI GEN celd DARI Clostridium thermocellum ATCC 27405 DALAM pet-blue VECTOR 1 Penyusun: Chandra 10406014 Dosen Narasumber: Dra. Maelita Ramdani
3. METODE PENELITIAN
19 3. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret sampai Juni 2010 di Laboratorium Mikrobiologi, Biokimia dan Bioteknologi Hasil Perairan Departemen Teknologi Hasil
BAB II TINJAUAN PUSTAKA. Menurut Tjitrosoepomo (2002: 440), klasifikasi padi secara umum
BAB II TINJAUAN PUSTAKA A. TANAMAN PADI (Oryza sativa L.) 1. Karakteristik dan klasifikasi tanaman padi Menurut Tjitrosoepomo (2002: 440), klasifikasi padi secara umum adalah sebagai berikut: Divisi Subdivisi
BAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan
LAMPIRAN. Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. LARUTAN STOK CTAB 5 % (100 ml) - Ditimbang NaCl sebanyak 2.0 gram - Ditimbang CTAB sebanyak 5.0 gram. - Dimasukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer
o C 1 menit, penempelan 50 o C 1 menit, polimerisasi 72 o C 1 menit (tiga tahap ini
13 BAB IV PERCOBAAN IV.1 Bahan Air miliq, deoksinukleotida trifosfat (dntp), MgCl 2, (Promega), enzim Pfu DNA polymerase, dapar Pfu (Stratagene), oligonukleotida SR1, SR2, SR3, SR4, SR5, AR6, AR7, AR8,
BAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and
23 BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jl. Salemba
BAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif.
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif adalah metode penelitian yang bertujuan untuk membuat gambaran
BAHAN DAN METODE. Tempat dan Waktu Penelitian
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Penelitian dilakukan di Laboratorium Kerjasama Bioteknologi Indonesia- Belanda (BIORIN) dan Laboratorium Biologi Molekuler dan Seluler Tanaman (BMST), Pusat
BAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah D-loop
III. METODE PENELITIAN
III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan November 2007 hingga Juli 2009, bertempat di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik Departemen
BAHAN DAN METODE. Produksi Protein Rekombinan Hormon Pertumbuhan (rgh)
11 BAHAN DAN METODE Penelitian ini terdiri atas 2 tahapan utama, yaitu produksi protein rekombinan hormon pertumbuhan (rgh) dari ikan kerapu kertang, ikan gurame, dan ikan mas, dan uji bioaktivitas protein
BAHAN DAN METODE. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Juli 2007 sampai bulan Juni 2008 di
BAHAN DAN METODE : Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Juli 2007 sampai bulan Juni 2008 di 1. Laboratorium Bioteknologi Hewan dan Biomedis PPSHB IPB 2. Laboratorium Mikrobiologi
BAB 3 PERCOBAAN Mikroba C. violaceum, Bacillus cereus dan E. coli JM 109
9 BAB 3 PERCOBAAN 3.1 Alat, Bahan dan Miroba 3.1.1 Alat Bunsen, inkubator 37 o C, sentrifuga (Mikro 200R Hettich), Eppendorf 100 ul, 500 ul, 1,5 ml, tabung mikrosentrifuga (Eppendorf), neraca timbang (Mettler
3 Metodologi Penelitian
3 Metodologi Penelitian 3.1 Alat Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Penelitian Biokimia, Program Studi Kimia, Institut Teknologi Bandung. Peralatan yang digunakan pada penelitian ini diantaranya
KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN DIREKTORAT JENDERAL PENDIDIKAN MENENGAH DIREKTORAT PEMBINAAN SEKOLAH MENENGAH ATAS
KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN DIREKTORAT JENDERAL PENDIDIKAN MENENGAH DIREKTORAT PEMBINAAN SEKOLAH MENENGAH ATAS Test Seleksi Calon Peserta International Biology Olympiad (IBO) 2014 2 8 September
BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN
21 BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN Pada penelitian sebelumnya diperoleh kerangka baca terbuka gen IFNα2b yang mengandung tiga mutasi dengan lokasi mutasi yang letaknya berjauhan, sehingga mutagenesis terarah
Gambar 2 Vektor pengklonan pgem T Easy
BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan dari bulan September 2007 sampai dengan bulan April 2008. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan Laboratorium
Bab III Metodologi Penelitian
21 Bab III Metodologi Penelitian III.1 Alat Peralatan gelas yang digunakan terdiri dari labu erlenmeyer, gelas kimia, gelas ukur, cawan petri, tabung reaksi, batang pengaduk, dan spreader (batang L). Peralatan
bio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian
III. METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian 1.1. Peralatan Penelitian Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, beaker glass, cool box, labu
I. PENDAHULUAN. protein dalam jumlah besar (Reece dkk., 2011). kompeten biasanya dibuat dari inokulum awal dengan konsentrasi 2% ( v / v )
I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penelitian Plasmid merupakan molekul DNA berukuran relatif kecil, melingkar, dan beruntai ganda. Plasmid membawa gen-gen yang terpisah dari kromosom bakteri. Plasmid digunakan
Asam Asetat Glacial = 5,7 ml EDTA 0,5 M ph 8.0 = 10 ml Aquades ditambahkan hingga volume larutan 100 ml
36 Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. Pembuatan Larutan Stok Tris HCL 1 M ph 8.0 (100 ml) : Timbang Tris sebanyak 12,114 g. Masukkan Tris ke dalam Erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades.
BAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian murni yang dilakukan dengan metode deskriptif, yaitu suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi, gambaran atau lukisan
BAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil
Gambar Penerapan metode..., Anglia Puspaningrum, FMIPA UI, 2008
Gambar 52 Gambar 1. Hasil elektroforesis Escherichia coli ATCC 25922 yang diisolasi menggunakan CTAB dan diamplifikasi dengan PCR [lajur 1 dan lajur 2]. 650 pb 500 pb Gambar 2. Hasil elektroforesis sampel
METODE PENELITIAN Waktu dan Tempat Penelitian Bahan Metode penelitian Isolasi RNA total
METODE PENELITIAN Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilakukan mulai bulan Februari 2005 hingga bulan Maret 2008 di Laboratorium Biologi Molekuler dan Seluler Tanaman dan Laboratorium BIORIN (Biotechnology
BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
22 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Lokasi dan Waktu Penelitian 1. Lokasi Penelitian Penelitian
BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling
16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi
LAMPIRAN. Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer 1. Pembuatan Larutan Stok a. CTAB 5 % Larutan dibuat dengan melarutkan : - NaCl : 2.0 gr - CTAB : 5.0 gr - Aquades : 100 ml b. Tris HCl
BAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan berdasarkan haplotipe
Metodologi Penelitian. Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini.
Bab III Metodologi Penelitian Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini. III.1 Rancangan Penelitian Secara garis besar tahapan penelitian dijelaskan pada diagram
PETUNJUK PRAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER Oleh: Ixora Sartika M ISOLASI DNA PLASMID
PETUNJUK PRAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER Oleh: Ixora Sartika M ixomerc@uny.ac.id ISOLASI DNA PLASMID Plasmid adalah DNA ekstrakromosom yang berbentuk sirkuler dan berukuran kecil (1 200 kb). Sebagian
BAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian deskriptif. Penelitian deskriptif adalah penelitian yang mendeskripsikan suatu gambaran yang sistematis dengan
Lampiran 1 Ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode GeneAid
LAMPIRAN 9 Lampiran 1 Ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode GeneAid Satu ruas tungkai udang mantis dalam etanol dipotong dan dimasukkan ke dalam tube 1,5 ml. Ruas tungkai yang telah dipotong (otot tungkai)
4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel
7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Bahan dan Alat Metode Penelitian Isolasi Aktinomiset
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor, dari bulan Februari sampai dengan
HASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4 Vektor klon pgemt-easy dan peta restriksi yang dimiliki (Promega 1999).
8 Inkubasi selama 2 hari pada suhu 28 o C dalam kondisi gelap dengan kecepatan 150 rpm. Setelah diinkubasi selama 2 hari, hasilnya adalah terbentuknya koloni berwarna putih. Koloni yang terbentuk kemudian
HASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil
HASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Total Tumbuhan Isolasi DNA total merupakan tahap awal dari pembuatan pustaka genom. DNA dipisahkan dari bahan-bahan lain yang ada dalam sel. DNA total yang diperlukan untuk
Pengambilan sampel tanah dari lahan tambang timah di Belitung. Isolasi bakteri pengoksidasi besi dan sulfur. Pemurnian isolat bakteri
Lampiran 1. Skema Kerja Penelitian Pengambilan sampel tanah dari lahan tambang timah di Belitung Isolasi bakteri pengoksidasi besi dan sulfur Pemurnian isolat bakteri Karakteriasi isolat bakteri pengoksidasi
Transformasi Plasmid Dengan Sel Bakteri Escherichia coli Menggunakan Metode Heat Shock ISSN: Maya Ekaningtias
Transformasi Plasmid Dengan Sel Bakteri Escherichia coli Maya Ekaningtias Abstrak: Transformasi merupakan proses memperkenalkan DNA asing ke dalam sel-sel hidup. Umumnya, transformasi bertujuan mengekspresikan
PRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas
PRAKATA Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas segala nikmat dan karunia-nya, penulisan Tugas Akhir dengan judul Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok
BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu
BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi
BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
24 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Objek Penelitian Empat spesies burung anggota Famili
BAB III METODE PENELITIAN
25 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian telah berlangsung sejak bulan Januari 2012 - Juli 2012 di Laboratorium Mikrobiologi, Lab. Optik, Lab. Genetika dan Lab. Biologi Molekuler Jurusan
BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
20 BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Desain Penelitian Penelitian ini bersifat deskriptif cross sectional molekuler. Data yang diperoleh berasal dari pemeriksaan langsung yang dilakukan peneliti sebanyak
MATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
BAB III BAHAN DAN METODE
BAB III BAHAN DAN METODE 3.1. Tempat dan Waktu Penelitian 3.1.1. Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi PCR Pada penelitian konstruksi gen harus mempertimbangkan dua hal yaitu urutan nukleotida gen yang akan dikonstruksi dan vektor ekspresi yang akan digunakan. Pada
TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA
TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA Oleh: Gregorius Widodo Adhi Prasetyo A2A015009 KEMENTERIAN RISET TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS PERTANIAN PROGRAM
Analisis kadar protein
LAMPIRAN Lampiran 1 Bagan alir penelitian Biawak air bagian duodenum, jejenum, ileum, kolon Cuci dengan akuades dan kerok lapisan atasnya (mukosa Ekstraksi enzim protease Analisis kadar protein Pencirian
ABSTRAK. ISOLASI, OPTIMASI AMPLIFIKASI DAN KLONING GEN phoq PADA Salmonella typhi
ABSTRAK ISOLASI, OPTIMASI AMPLIFIKASI DAN KLONING GEN phoq PADA Salmonella typhi Patrisia Puspapriyanti, 2008. Pembimbing I : Ernawati A.Girirachman, Ph.D. Pembimbing II : Johan Lucianus, dr., M.Si. Salmonella
III. BAHAN DAN METODE
15 III. BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November 2009 hingga Februari 2010. Tempat penelitian adalah di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme
MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Kloning dan Sekuensing Gen Xilanase dengan Produk Gen Berukuran 30 kda dari Bacillus halodurans CM1 pada Escherichia coli DH5α. Abstract.
BIOMA, Desember 2016 ISSN: 1410-8801 Vol. 18, No. 2, Hal. 167-172 Kloning dan Sekuensing Gen Xilanase dengan Produk Gen Berukuran 30 kda dari Bacillus halodurans CM1 pada Escherichia coli DH5α Dearesty
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Autentikasi Bahan Baku Ikan Tuna (Thunnus sp.) dalam Rangka Peningkatan Keamanan Pangan dengan Metode Berbasis DNA dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan