Bab IV Hasil dan Pembahasan
|
|
- Susanti Cahyadi
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 32 Bab IV Hasil dan Pembahasan Penggunaan α-amilase dalam beberapa sektor industri mengalami peningkatan dan sekarang ini banyak diperlukan α-amilase dengan sifat yang khas dan mempunyai kemampuan untuk mendegradasi pati mentah. Salah satu tahap awal untuk menghasilkan α-amilase dalam skala besar dan sifat yang khas adalah dengan mengisolasi gen pengkode α-amilase. Bakteri laut galur lokal Vibrio sp. SFNB3 adalah mikroba yang berpotensi dalam menghasilkan α-amilase dengan sifat yang unik. Strategi penelitian yang digunakan untuk memperoleh gen pengkode α-amilase dari bakteri laut galur lokal Vibrio sp. SFNB3 yaitu melalui kloning gen. Penapisan dengan penambahan iodin pada media agar yang mangandung pati dilakukan untuk memilih transforman yang membawa gen α- amilase. IV.1 Pertumbuhan dan penapisan bakteri laut galur lokal SFNB3 Bakteri laut galur lokal SFNB3 pada media padat marine dengan penambahan 1% pati tumbuh lebih melebar dibandingkan dengan pertumbuhan pada media padat marine tanpa pati, sehingga terbentuk daerah berwarna putih yang diduga sebagai ekstrapolisakarida (Gambar IV.1 B). A B C Gambar IV.1 Pertumbuhan dan penapisan bakteri laut galur lokal SFNB3. A: Pertumbuhan bakteri laut galur lokal SFNB3 pada media marine. B: Pertumbuhan bakteri laut galur lokal SFNB3 pada media marine dengan penambahan 1% pati. C: Hasil penapisan bakteri laut galur lokal SFNB3 dengan KI/I 2.
2 33 Penapisan dilakukan berdasarkan pembentukan kompleks antara pati dan iodin dengan menggunakan KI/I 2 dengan media pertumbuhan ditambah 1% pati. Daerah bening (halo zone) mengindikasikan adanya aktivitas α-amilase yang menyebabkan pati terhidrolisis sehingga tidak terjadi pembentukan komplek antara pati dan iodin. Daerah gelap mengindikasikan tidak adanya aktivitas α- amilase sehingga pati tidak terhidrolisis dan terjadi pembentukan komplek antara pati dan iodin (Gambar IV.2 C). Hasil ini menunjukkan bahwa bakteri laut galur lokal Vibrio sp. SFNB3 menghasilkan α-amilase. IV.2 Penyiapan DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 Penyiapan DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 dilakukan dengan menggunakan metode Wizard Genomic DNA Purification Kit (Promega). Tahap isolasi berdasarkan pada serangkaian proses berikut, tahap pertama adalah lisis sel yang dilakukan secara enzimatik menggunakan lisozim. Tahap kedua adalah proses pemurnian hasil lisis yang dilakukan secara enzimatik dengan menggunakan RNase dan secara kimiawi untuk menghilangkan RNA dan mengendapkan protein dari dalam larutan DNA. Tahap ketiga meliputi pemekatan DNA dan penghilangan garam melalui pengendapan dengan isopropanol. Hasil isolasi DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa 1% b/v (Gambar IV.2).
3 34 pb Gambar IV.2 Elektroforegram hasil isolasi DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 dengan metode Wizard Genomic DNA Purification Kit. Lajur 1. Penanda DNA λ/hindiii; Lajur 2. DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3. Elektroforegram yang diperoleh menunjukkan bahwa pita DNA kromosom mempunyai bentuk yang kompak atau tidak terfragmentasi dengan ukuran lebih dari 23,2 kb (Gambar IV.2 lajur 2). Pita DNA yang kompak menggambarkan bahwa DNA kromosom hasil isolasi mempunyai kualitas yang baik. IV.3 Identifikasi bakteri laut galur lokal SFNB3 dengan sekuensing gen 16S rrna Amplifikasi gen 16S rrna bakteri laut galur lokal SFNB3 melalui proses PCR dilakukan untuk mengidentifikasi jenis bakteri. Hasil PCR dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa 1% b/v (Gambar IV.3). pb ,4 kb Gambar IV.3 Elektroforegram hasil PCR 16s rrna. Lajur 1. Penanda DNA λ/hindiii; lajur 2. DNA kromosom hasil PCR; lajur 3. Kontrol negatif; lajur 4. Kontrol positif.
4 35 Hasil analisis elektroforesis gel agarosa menunjukkan pita DNA kromosom hasil PCR berukuran sekitar 1,4 kb. Penentuan urutan nukleotida gen 16S rrna dilakukan dengan metode dideoxy Sanger menggunakan dye terminator (Gambar IV.4 dan Lampiran A). AACGAGTTATCTGAACCTTCGGGGAACGATAACGGCGTCGAGCGGCGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAAAT TGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGGAAACGATGGCTAATACCGCATGATGCCTACGGGCCAAAGAGGGG ACCTTCGGGCCTCTCGCGTCAGGATATGCCTAGGTGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAGGGCTCACCAAGG CGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGG AGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCC TTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTCGTGAGGAAGGTRGTGTAGTTAATAGCTGCATTATTTGACGTTAGCGAC AGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTA CTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATAGCA TTTGAAACTGGCAGACTAGAGTACTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGAT CTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGATACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAG CAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTTGGAGGTTGTGGCCTTGAGCCGT GGCTTTCGGAGCTAACGCGTTAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAATGAATTG ACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGA CATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTC AGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTGTTTGCCAGCGAGTAAT GTCGGGAACTCCAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCC CTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAGAGGGCGGCCAACTTGCGAAAGTGAGCGAA TCCCAAAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATC GTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACAGCCATGGGAGTGGG CTGCAAAAGAAGTAGGTAGTTTAACCTTCGGGGGGA Gambar IV.4 Urutan Nukleotida gen 16S rrna bakteri laut galur lokal SFNB3. Hasil analisis urutan nukleotida dengan metode blastn dari program BLAST yang terdapat pada situs NCBI menunjukkan bahwa bakteri laut galur lokal yang diteliti termasuk kedalam genus Vibrio, dan mempunyai kesamaan sebesar 99% dengan V. parahaemolyticus. Untuk selanjutnya, bakteri laut galur lokal yang diteliti disebut dengan bakteri laut galur lokal Vibrio sp. SFNB3. IV.4 Pemotongan DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 secara parsial dengan enzim restriksi EcoRI Untuk memperoleh fragmen DNA kromosom dengan ukuran tertentu dilakukan pemotongan secara parsial dengan enzim restriksi EcoRI. Beberapa kondisi dan
5 36 komposisi enzim restriksi EcoRI yang berbeda telah dilakukan untuk memperoleh hasil yang optimal. IV.4.1 Pemotongan DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 secara parsial dengan variasi aktivitas unit enzim restriksi EcoRI Pemotongan DNA kromosom secara parsial dengan variasi aktivitas unit enzim restriksi dilakukan untuk mengetahui pola fragmentasi DNA kromosom, sehingga dapat ditentukan jumlah unit aktivitas enzim yang digunakan untuk mendapatkan fragmen DNA dengan ukuran-ukuran tertentu. pb Gambar IV. 5 Elektroforegram pemotongan secara parsial DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 oleh enzim restriksi EcoRI dengan variasi aktivitas unit enzim restriksi. Lajur 1. Penanda DNAλ/HindIII; lajur 2. DNA kromosom tidak dipotong (1,525 µg); lajur 3. DNA kromosom (1,525 µg)/ecori (2,5U); lajur 4. DNA kromosom (1,525 µg)/ecor1 (5U); lajur 5. DNA kromosom (1,525 µg)/ecor1 (10U). Hasil pemotongan parsial DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 dengan 2,5 U, 5 U, dan 10 U enzim restriksi EcoRI (Gambar IV.5 lajur 3, 4, dan 5) mempunyai pola fragmentasi yang sama, yaitu pita smear pada daerah sekitar 5-9,5 kb. Kondisi dengan ketiga aktivitas unit enzim restriksi ini dapat digunakan untuk fragmentasi DNA kromosom pada tahap selanjutnya.
6 37 IV.4.2 Pemotongan DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 secara parsial oleh enzim restriksi EcoRI dengan variasi waktu inkubasi Pemotongan parsial DNA kromosom oleh enzim restriksi EcoRI dengan variasi waktu inkubasi dilakukan untuk memperoleh waktu optimum aktivitas enzim restriksi. pb Gambar IV. 6 Elektroforegram pemotongan secara parsial DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 oleh enzim restriksi EcoRI dengan variasi waktu inkubasi. Lajur 1. Penanda DNAλ/HindIII; lajur 2. DNA kromosom tidak dipotong (0,7625 µg); lajur 3. DNA kromosom (1,525 µg)/ecori (2,5U), waktu inkubasi 1 jam; lajur 4. DNA kromosom (1,525 µg)/ecori (2,5U), waktu inkubasi 2 jam; lajur 5. DNA kromosom (1,525 µg)/ecori (2,5U), waktu inkubasi 3 jam; lajur 6. DNA kromosom (1,525 µg)/ecori (2,5U), waktu inkubasi 4 jam; lajur 7. DNA kromosom (1,525 µg)/ecori (2,5U), waktu inkubasi 5 jam; lajur 8. DNA kromosom (1,525 µg)/ecori (2,5U), waktu inkubasi 6 jam. Hasil analisis dengan elektroforesis gel agarosa menunjukkan bahwa pemotongan parsial DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 dengan waktu inkubasi selama 1 jam dan 2 jam (Gambar IV.6 lajur 3 dan 4) mempunyai pola fragmentasi yang sama Sedangkan waktu inkubasi selama 3, 4, 5, dan 6 jam (Gambar IV.6 lajur 5, 6, 7, dan 8) menunjukkan pola fragmentasi yang sama, yang mengindikasikan bahwa DNA kromosom telah terpotong oleh enzim restriksi EcoRI.
7 38 Kemudian dilakukan perbandingan waktu inkubasi pemotongan DNA kromosom yaitu selama 3 jam dan satu malam pb Gambar IV.7 Elektroforegram pemotongan secara parsial DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 oleh enzim restriksi EcoRI dengan perbandingan waktu inkubasi. Lajur 1 dan 5. DNA kromosom tidak dipotong (0,7625 µg); lajur 3 dan 4. Penanda DNAλ/HindIII; lajur 2. DNA kromosom (3,05 µg)/ecori (5U), waktu inkubasi 3 jam; lajur 6. DNA kromosom (4,026 µg)/ecori (5U), waktu inkubasi satu malam. Hasil analisis elektroforesis gel agarosa (Gambar IV.7) menunjukkan bahwa hasil pemotongan DNA kromosom oleh enzim restriksi EcoRI dengan waktu inkubasi yang berbeda mempunyai pola fragmentasi yang sama, yaitu pita smear sekitar 2-23 kb. Dari hasil yang diperoleh, untuk fragmentasi DNA kromosom pada tahap selanjutnya digunakan waktu inkubasi selama 3 jam. IV.4.3 Pemotongan dan pemurnian fragmen DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 Ukuran gen α-amilase pada bakteri laut galur lokal galur lokal Vibrio sp. SFNB3 belum diketahui, oleh karena itu fragmen DNA yang akan digunakan berukuran sekitar 4,5-6 kb. Dengan ukuran 4,5-6 kb diharapkan fragmen tersebut mengandung gen α-amilase yang dapat mendegradasi pati mentah.
8 39 pb ,5-6 kb Gambar IV.8 Elektroforegram pemotongan fragmen DNA kromosom dengan enzim restriksi EcoRI. Lajur 1. Penanda DNAλ/HindIII; lajur 2. DNA kromosom tidak dipotong (0,7625 µg); lajur 3. DNA kromosom (6,1 µg)/ecori (10U), waktu inkubasi 3 jam; lajur 4. Penanda 1 kb DNA Ladder. Dari hasil analisis dengan elektroforesis gel agarosa 1% b/v, diperoleh DNA dengan ukuran fragmen yang bervariasi, yang mengindikasikan banyaknya sisi pemotongan enzim restriksi EcoRI pada DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3. Pemotongan gel dilakukan pada fragmen DNA dengan ukuran sekitar 4,5-6 kb. Untuk mengekstraksi fragmen DNA yang terkandung dalam gel agarosa 1% digunakan metode GFX TM PCR DNA and Gel Band Purification Kit. Metode ini terdiri dari dua tahap, yaitu denaturasi protein serta pelarutan agarosa, dan pencucian serta pengeringan melalui sentrifugasi. Pada tahap yang kedua, matriks pengikat DNA diikat dengan buffer etanolik untuk menghilangkan garam dan kontaminasi lain. Hasil pemurnian kemudian dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa 1%. Elektroforegram menunjukkan adanya pita pada ukuran 4,5-6 kb (Gambar IV.9 lajur 2).
9 40 pb pb , 3500, Gambar IV.9 Elektroforegram pemurnian DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 dengan GFX TM PCR DNA and Gel Band Purification Kit. Lajur 1. Penanda DNAλ/HindIII; lajur 2. DNA kromosom hasil pemurnian (6 kb); lajur 3. Penanda 1 kb DNA Ladder. Fragmen DNA dengan ukuran 4,5-6 kb akan digunakan dalam ligasi dengan vektor puc19. IV.5 Isolasi DNA plasmid puc19 dengan QIAprep Spin Miniprep Kit Plasmid puc19 merupakan vektor berukuran kecil yang dapat digunakan untuk kloning fragmen DNA dengan jumlah copy yang tinggi. Selain itu, puc19 mempunyai satu sisi pemotongan enzim restriksi EcoRI dalam daerah LacZ. Metode QIAprep Spin Miniprep Kit berdasarkan pada lisis sel bakteri yang diikuti oleh penyerapan DNA di atas silika dengan adanya garam yang tinggi. Tiga tahap reaksi yang terjadi diantaranya : (i) preparasi dan pembersihan hasil lisis bakteri, (ii) penyerapan DNA di atas membran QIAprep, dan (iii) pencucian serta elusi plasmid DNA. Bufer PB yang digunakan berfungsi untuk menghilangkan endonuklease, sedangkan bufer PE berfungsi untuk menghilangkan garam.
10 41 pb Gambar IV.10 Elektroforegram hasil isolasi DNA puc19. Lajur 1. Penanda DNAλ/HindIII; lajur 2 dan 3. DNA puc19. Hasil isolasi DNA plasmid puc19 dengan QIAprep Spin Miniprep Kit yang dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa 1% b/v pada tegangan 80 volt selama 45 menit ditunjukkan pada Gambar IV.10 lajur 2 dan 3. IV. 6 Pemotongan, defosforilasi dan pemurnian DNA plasmid puc19. Untuk memperoleh DNA plasmid puc19 dalam bentuk linier digunakan enzim restriksi EcoRI agar hasil pemotongannya sesuai dengan fragmen DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3. Hasil pemotongan puc19 dengan enzim restriksi EcoRI selanjutnya didefosforilasi dengan enzim alkalin fosfatase yang berfungsi menghilangkan gugus fosfat yang terletak pada ujung 5 molekul DNA, agar tidak terjadi religasi (self ligation). Untuk menghilangkan pengaruh bufer-bufer yang telah digunakan, dilakukan pemurnian dengan GFX TM PCR DNA and Gel Band Purification Kit.
11 42 pb ,7 kb Gambar IV.11 Elektroforegram hasil pemotongan, defosforilasi, dan pemurnian puc19. Lajur 1. Penanda DNAλ/HindIII; lajur 2. puc19 /EcoRI; lajur 3. puc19 utuh. Dari hasil analisis dengan elektroforesis gel agarosa, pada Gambar IV.11 lajur 2 diperoleh pita yang menunjukkan DNA plasmid puc19 linier dengan ukuran sekitar 2,7 kb. IV.7 Transformasi E. coli TOP10F dengan plasmid rekombinan Proses kloning merupakan pendekatan yang dilakukan untuk memperoleh gen α- amilase dari bakteri laut galur lokal Vibrio sp. SFNB3. Dalam proses kloning dilakukan beberapa tahapan, yaitu ligasi antara fragmen DNA kromosom Vibrio sp. SFNB3 dengan DNA plasmid puc19 sebagai vektor sehingga diperoleh plasmid rekombinan, selanjutnya transformasi E. coli TOP10F dengan plasmid rekombinan. Fragmen DNA kromosom dengan ukuran 4,5-6 kb yang diligasikan dengan DNA plasmid puc19 dikatalisis oleh enzim T4 DNA ligase. Enzim ini membentuk ikatan fosfodiester antara ujung 3 hidroksil dan ujung 5 fosfat DNA yang berdekatan. Kultur sel transforman ditumbuhkan pada media luria bertani dengan penambahan ampisilin, X-gal, dan IPTG, dengan cara disebarkan menggunakan batang L.
12 43 Ampisilin adalah antibiotik yang digunakan untuk mengidentifikasi plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan (puc19-fragmen DNA kromosom) mempunyai gen yang resisten terhadap ampisilin (Amp R ), sehingga akan tumbuh baik pada media yang mengandung ampisilin. IPTG (isopropil-tiogalaktosida) merupakan induser gen lac dan untuk mengindikasikan bahwa ekspresi LacZ tidak direpresi. X-gal (5-bromo-4-kloro-3-indolil-β-D-galaktopiranosida) adalah substrat untuk β- galaktosidase dan dipecah oleh enzim ini menjadi hasil yang berwarna biru. Dari hasil transformasi diperoleh sel transforman yang tumbuh pada media padat LBA yang terdiri dari koloni berwarna putih dan biru (Gambar IV.12). Koloni yang tumbuh ini diperkirakan membawa plasmid rekombinan karena plasmid tersebut membawa gen yang resisten terhadap antibiotik ampisilin dan menunjukkan adanya vektor yang masuk ke dalam E. coli, baik vektor utuh maupun vektor yang telah tersisipi gen α-amilase. Gambar IV.12 Hasil transformasi E. coli TOP10F dengan plasmid rekombinan. Koloni berwarna biru (amp R lacz + ) mengindikasikan bahwa vektor rekombinan tidak tersisipi fragmen DNA. Daerah LacZ yang terdapat pada vektor tetap utuh sehingga enzim β-galaktosidase disintesis dan memecah X-gal sebagai substrat analog dari laktosa menjadi produk yang berwarna biru tua. Jika vektor tersisipi fragmen DNA, daerah LacZ menjadi terpotong sehingga β-galaktosidase tidak bisa disintesis dan tidak terjadi pemecahan X-gal, produk yang dihasilkan berwarna putih (amp R lacz - ).
13 44 Pada tahap selanjutnya dilakukan peremajaan dan penapisan koloni putih untuk memperoleh koloni yang mengandung gen α-amilase, kemudian dilanjutkan dengan isolasi plasmid rekombinan dan analisis restriksi untuk mengetahui ukuran fragmen DNA sisipan pada vektor rekombinan. IV.8 Penapisan sel transforman Koloni-koloni yang berwarna putih ditumbuhkan pada media padat LBA dengan penambahan 1% pati sebagai substrat. Setelah satu hari pertumbuhan, di atas permukaan tempat tumbuhnya transforman diberi penambahan D-sikloserin, kemudian diinkubasi kembali selama lima jam pada 37 C. D-sikloserin akan menginhibisi biosintesis dinding sel E. coli TOP10F sehingga substrat bisa masuk ke dalam periplasma dan dapat dihidrolisis oleh α-amilase yang terdapat pada periplasma. Selanjutnya dilakukan penambahan KI/I 2 untuk mengidentifikasi transforman yang mengandung gen α-amilase. Dari hasil penapisan diperoleh transforman yang diduga mengandung gen α- amilase (Vsp.7), hal ini dapat dilihat dari terbentuknya daerah bening (halo zone) sebagai akibat adanya aktivitas α-amilase yang menghidrolisis pati sehingga kompleks antara pati dan iodin tidak terbentuk dan daerah bening yang ditunjukkan oleh sel transforman Vsp.7 sama dengan daerah bening yang terbentuk pada kontrol positif (BLA) (Gambar IV.13 No. B.1 dan 3). 1 1 Vsp A B Gambar IV.13 Penapisan sel transforman dengan menggunakan D-sikloserin dan KI/I 2. 1,2,5,6: transforman yang diduga mengandung α-amilase dan hasil peremajaan; 3: kontrol positif (BLA); 4: kontrol negatif (koloni biru). A: Sel transforman pada media LBA, B: Penapisan sel transforman dengan KI/I 2.
14 45 IV.9 Isolasi plasmid rekombinan Vsp.7 dengan metode QIAprep Spin Miniprep Kit dan pemotongan dengan enzim restriksi EcoRI Plasmid rekombinan Vsp.7 diduga mengandung gen α-amilase. Hasil isolasi Plasmid rekombinan Vsp.7dengan QIAprep Spin Miniprep Kit selanjutnya dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa 0,8% b/v (Gambar IV.14). pb Gambar IV.14 Elektroforegram hasil isolasi plasmid rekombinan Vsp.7 dengan metode QIAprep Spin Miniprep Kit. Lajur 1. Penanda DNAλ/HindIII; lajur 2 dan 3. Plasmid rekombinan Vsp.7; lajur 4. plasmid puc19. Dari hasil analisis elektroforesis gel agarosa dapat dilihat bahwa plasmid rekombinan Vsp.7 (Gambar IV.14 lajur 2 dan3) mempunyai pola plasmid tersisipi insert dengan ukuran yang lebih besar daripada plasmid puc19 (Gambar IV.14 lajur 4) dan mengindikasikan bahwa pada plasmid rekombinan tersebut terdapat fragmen DNA sisipan. Plasmid rekombinan Vsp.7 mempunyai satu sisi pemotongan enzim EcoRI, yaitu pada urutan nukleotida GAATTC. Selanjutnya, plasmid rekombinan Vsp.7 ini dianalisis dengan menggunakan enzim restriksi EcoRI (Gambar IV.15).
15 46 pb ,7 kb 2,7 kb Gambar IV.15 Elektroforegram hasil pemotongan plasmid rekombinan Vsp.7 dengan enzim restriksi EcoRI. Lajur 1. Penanda DNAλ/HindIII; lajur 2. Plasmid rekombinan Vsp.7/EcoRI; lajur 3. Penanda 1 kb DNA Ladder; lajur 4. Plasmid rekombinan Vsp.7 utuh; lajur 5. Plasmid puc19. Hasil analisis restriksi menunjukkan bahwa pemotongan plasmid rekombinan Vsp.7 dengan enzim restriksi EcoRI menghasilkan dua fragmen DNA (Gambar IV.15 lajur 2), yaitu fragmen DNA dengan ukuran sekitar 4,7 kb yang menunjukkan fragmen DNA sisipan dan fragmen DNA dengan ukuran sekitar 2,7 kb yang menunjukkan fragmen puc19 linier sebagai vektor. Adanya fragmen yang berukuran sekitar 4,7 kb mengindikasikan bahwa plasmid rekombinan yang diperoleh membawa gen yang diharapkan. Selanjutnya untuk mengidentifikasi gen yang terdapat pada fragmen DNA sisipan Vsp.7, dilakukan sequencing dengan menggunakan metode dideoxy Sanger (Macrogen, Korea) (Lampiran B). IV.10 Analisis urutan nukleotida Vsp.7 Untuk menentukan urutan nukleotida Vsp.7 dengan metode dideoxy Sanger digunakan primer universal puc19, yaitu M13F-pUC (forward primer : 5 (GTAAAACGACGGCCAGT)3 ), dan M13R-pUC (reverse primer :
16 47 5 (AACAGCTATGACCATG)3 ), dengan strategi penentuan urutan nukleotida ditunjukkan pada Gambar IV.16. F 5 3 Insert DNA 3 R puc19 5 Gambar IV.16 Strategi penentuan urutan nukleotida fragmen DNA sisipan Vsp.7 dengan metode dideoxy Sanger. Dari hasil sequencing dengan forward primer diperoleh urutan nukleotida sepanjang 849 pb, setelah dilakukan analisis dengan menggunakan metode blastn dari program BLAST yang terdapat pada situs NCBI, diperoleh kesamaan tertinggi dengan Hypothetical protein dari Vibrio harveyi ATCC BAA-1116 (nomor akses CP ) dan flavodoxin 2 dari Vibrio parahaemolyticus RIMD (nomor akses BA ). Pensejajaran urutan nukleotida Vsp.7-M13F-pUC selanjutnya dilakukan dengan menggunakan program komputer Clustal-X dan GeneDoc (Gambar IV.17).
17 48 Gambar IV.17 Hasil pensejajaran urutan nukleotida Vsp.7-M13F-pUC dari Vibrio sp. SFNB3 dengan urutan nukleotida flavodoxin 2 dari V. parahaemolyticus. Vsp.7-M13F, urutan nukleotida fragmen DNA sisipan Vsp.7 dengan menggunakan forward primer;flavodoxin, urutan nukleotida flavodoxin 2 dari V. parahaemolyticus (nomor akses BA ). Dari hasil sequencing dengan reverse primer diperoleh urutan nukleotida sepanjang 847 pb, setelah dilakukan analisis dengan menggunakan metode blastn dari program BLAST yang terdapat pada situs NCBI, diperoleh kesamaan tertinggi dengan Hypothetical protein dari Vibrio harveyi ATCC BAA-1116 (nomor akses CP ) dan single-stranded-dna-specific exonuclease RecJ dari Vibrio parahaemolyticus RIMD (nomor akses BA ). Selanjutnya pensejajaran urutan nukleotida Vsp.7-M13R-pUC dilakukan dengan menggunakan program komputer Clustal-X dan GeneDoc (Gambar IV.18).
18 Gambar IV.18 Hasil pensejajaran urutan nukleotida Vsp.7-M13R-pUC dari Vibrio sp. SFNB3 dengan urutan nukleotida single-stranded-dna-specific exonuclease RecJ dari V. parahaemolyticus. Vsp.7-M13R, urutan nukleotida fragmen DNA sisipan Vsp.7 dengan menggunakan reverse primer; eksonuklease, urutan nukleotida single-stranded- DNA-specific exonuclease RecJ dari V. parahaemolyticus (nomor akses BA ). 49
19 50 Berdasarkan hasil penelusuran terhadap genom V. parahaemolyticus RIMD diketahui bahwa diantara gen pengkode flavodoxin 2 dan single-stranded-dnaspecific exonuclease RecJ pada V. parahaemolyticus RIMD terdapat dua gen pengkode lain, yaitu gen pengkode integrase dan DsbC (disulfide bond). Berdasarkan pada analisis kesaman tertinggi fragmen DNA Vsp.7 dari Vibrio sp. SFNB3 dengan V. parahemolyticus RIMD, maka diasumsikan pada fragmen DNA sisipan Vsp.7 tersebut terdapat pula gen pengkode integrase dan DsbC (disulfide bond). Skema gen-gen pengkode yang diduga terdapat pada fragmen DNA sisipan Vsp.7 dari Vibrio sp. SFNB3 dapat dilihat pada Gambar IV.19. F R Flavodoxin 2 Integrase DsbC Exonuclease : Fragmen DNA sisipan : Gen pengkode Gambar IV.19 Skema gen-gen pengkode yang diduga terdapat pada fragmen DNA sisipan Vsp.7 dari bakteri laut galur lokal Vibrio sp. SFNB3. Dari genom V. parahaemolyticus RIMD juga diperoleh informasi yang sangat penting, yaitu ditemukannya gen pengkode α-amilase dengan urutan nukleotida sepanjang 2085 pb. Besarnya ukuran gen pengkode α-amilase ini memunculkan dugaan bahwa α-amilase dari V. parahemolyticus RIMD mempunyai sifat yang khas dan berbeda dengan α-amilase pada umumnya. Untuk mengidentifikasi kekhasan sifat α-amilase V. parahaemolyticus RIMD, dilakukan pensejajaran urutan nukleotida dan urutan asam amino α-amilase dari V. parahaemolyticus RIMD dengan α-amilase dari beberapa spesies dengan genus yang sama (Gambar IV.20).
20 Gambar IV.20 Pensejajaran urutan asam amino α-amilase dari beberapa spesies dengan genus Vibrio. Amy1, α-amilase V. parahaemolyticus (BAC ); Amy2, Vibrio sp. Ex25 (ZP_ ); Amy3, V. alginolyticus (ZP_ ); Amy4, V. splendidus (ZP_ ); Amy5, V. cholerae (ZP_ ); Amy6, V. harveyi (ZP_ ). Kenaikan intensitas warna menunjukkan asam amino semakin lestari. 51
21 52 Dari hasil pensejajaran asam amino pengkode α-amilase beberapa genus Vibrio terdapat beberapa urutan asam amino yang lestari, yaitu Asp25, Asn218, Asp225, Leu245, Val269, Asp416, dan Ala543. Urutan asam amino α-amilase dari V. parahaemolyticus RIMD selanjutnya dianalisis dengan menggunakan program Conserved Domains pada situs NCBI, untuk melihat domain yang terdapat pada gen tersebut (Gambar IV.21) Alpha-amylase superfamily mals Gambar IV.21 Domain yang terdapat pada α-amilase V. parahaemolyticus RIMD (program Conserved Domains, situs NCBI). Dari hasil analisis menggunakan program Conserved Domains diperoleh informasi bahwa α-amilase dari V. parahaemolyticus RIMD mempunyai dua domain utama, yaitu domain alpha-amylase superfamily dan multi-domains mals. Domain alpha-amylase superfamily merupakan katalitik domain, dimana didalamnya terdapat struktur (β/α) 8 atau TIM barrel yang mengandung residu katalitik, sedangkan multi-domains mals merupakan precursor α-amilase periplasmic. Hasil analisis terhadap domain yang terdapat pada α-amilase dari beberapa spesies dengan genus Vibrio (Lampiran C), diperoleh penampakan domain yang sama dengan domain α-amilase yang terdapat pada V. parahaemolyticus RIMD (Gambar IV.21), yaitu terdiri dari domain alpha-amylase superfamily dan multidomains mals.
22 53 Untuk menemukan keunikan dari α-amilase Vibrio, dilakukan analisis terhadap α- amilase dari genus yang berbeda dengan menggunakan program Conserved domains pada situs NCBI (Lampiran D). Dari hasil analisis diperoleh informasi mengenai keunikan α-amilase dari Vibrio, yaitu terdapatnya multi-domains mals. Domain inilah yang menyebabkan besarnya ukuran gen pengkode α-amilase dari Vibrio. Dengan diketahuinya informasi mengenai keunikan gen pengkode α-amilase dari V. parahaemolyticus RIMD maka isolasi gen pengkode α-amilase dari bakteri laut galur lokal Vibrio sp. SFNB3 untuk penelitian lebih lanjut dapat dilakukan melalui pendekatan PCR. Dari urutan nukleotida gen pengkode α-amilase V. parahaemolyticus RIMD dapat dibuat rancangan primer. Melalui pendekatan PCR ini, diharapkan akan diperolehnya α-amilase dari bakteri laut galur lokal Vibrio sp. SFNB3 yang mempunyai sifat baru dan unik dengan α-amilase pada umumnya sehingga dapat memberikan keuntungan jika digunakan dalam proses industri berbasis pati.
STUDI PENDAHULUAN UNTUK MENDAPATKAN INFORMASI GEN PENGKODE α-amilase DARI BAKTERI LAUT GALUR LOKAL Vibrio sp. SFNB3 TESIS
STUDI PENDAHULUAN UNTUK MENDAPATKAN INFORMASI GEN PENGKODE α-amilase DARI BAKTERI LAUT GALUR LOKAL Vibrio sp. SFNB3 TESIS Karya tulis sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister dari Institut
Lebih terperinciBab III Metodologi Penelitian
21 Bab III Metodologi Penelitian III.1 Alat Peralatan gelas yang digunakan terdiri dari labu erlenmeyer, gelas kimia, gelas ukur, cawan petri, tabung reaksi, batang pengaduk, dan spreader (batang L). Peralatan
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN bp bp bp
HASIL DAN PEBAHASAN Purifikasi dan Pengujian Produk PCR (Stilbena Sintase) Purifikasi ini menggunakan high pure plasmid isolation kit dari Invitrogen. Percobaan dilakukan sesuai dengan prosedur yang terdapat
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Pemotongan Parsial dan Penyisipan Nukleotida pada Ujung Fragmen DNA Konstruksi pustaka genom membutuhkan potongan DNA yang besar. Untuk mendapatkan fragmen-fragmen dengan ukuran relatif
Lebih terperinciKloning Domain KS dan Domain A ke dalam Sel E. coli DH5α. Analisis Bioinformatika. HASIL Penapisan Bakteri Penghasil Senyawa Antibakteri
3 selama 1 menit, dan elongasi pada suhu 72 0 C selama 1 menit. Tahap terakhir dilakukan pada suhu 72 0 C selama 10 menit. Produk PCR dielektroforesis pada gel agarosa 1 % (b/v) menggunakan tegangan 70
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE,
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE, NIPPONBARE, DAN BATUTEGI Isolasi DNA genom padi dari organ daun padi (Oryza sativa L.) kultivar Rojolele, Nipponbare,
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi Fragmen DNA Penyandi CcGH Mature Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna GH ikan mas telah berhasil diisolasi. Hal ini ditunjukkan dengan adanya pita DNA pada ukuran
Lebih terperinciGambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.]
Gambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.] Gambar 2. Struktur organisasi promoter pada organisme eukariot [Sumber: Gilbert 1997: 1.] Gambar 3.
Lebih terperinciTUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA
TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA Oleh: Gregorius Widodo Adhi Prasetyo A2A015009 KEMENTERIAN RISET TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS PERTANIAN PROGRAM
Lebih terperinciPembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri. Isolasi DNA kromosom bakteri. Kloning DNA
LAMPIRAN 15 15 Lampiran 1 Tahapan penelitian Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri Isolasi DNA kromosom bakteri Pemotongan DNA dengan enzim restriksi Kloning DNA Isolasi DNA plasmid hasil
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
19 HASIL DAN PEMBAHASAN Vektor Kloning Protein rgh Isolasi Plasmid cdna GH. Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna; El-mGH, Og-mGH dan Cc-mGH berhasil diisolasi dari bakteri konstruksi E. coli DH5α dengan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Total Tumbuhan Isolasi DNA total merupakan tahap awal dari pembuatan pustaka genom. DNA dipisahkan dari bahan-bahan lain yang ada dalam sel. DNA total yang diperlukan untuk
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan α-amilase merupakan enzim yang mempunyai peranan penting dalam bioteknologi saat ini. Aplikasi teknis enzim ini sangat luas, seperti pada proses likuifaksi pati pada proses produksi
Lebih terperinciBAB 3 PERCOBAAN. Alat elektroforesis agarosa (Biorad), autoklaf, cawan Petri, GeneAid High Speed Plasmid
BAB 3 PERCOBAAN 3.1 Alat Alat elektroforesis agarosa (Biorad), autoklaf, cawan Petri, GeneAid High Speed Plasmid Mini kit, inkubator goyang (GSL), jarum Ose bundar, kit GFX (GE Healthcare), kompor listrik
Lebih terperinciBAB IX. DASAR-DASAR TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN
BAB IX. DASAR-DASAR TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Di dalam bab ini akan dibicarakan pengertian teknologi DNA rekombinan beserta tahapan-tahapan kloning gen, yang secara garis besar meliputi isolasi DNA kromosom
Lebih terperinciDi dalam bab ini akan dibicarakan pengertian teknologi DNA rekombinan. beserta tahapan-tahapan kloning gen, yang secara garis besar meliputi
Di dalam bab ini akan dibicarakan pengertian teknologi DNA rekombinan beserta tahapan-tahapan kloning gen, yang secara garis besar meliputi isolasi DNA kromosom dan DNA vektor, pemotongan DNA menggunakan
Lebih terperinciBAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi PCR Pada penelitian konstruksi gen harus mempertimbangkan dua hal yaitu urutan nukleotida gen yang akan dikonstruksi dan vektor ekspresi yang akan digunakan. Pada
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Hasil
11 secara perlahan beberapa kali kemudian segera ditambah dengan 400 μl larutan buffer netralisasi (1.32 M natrium asetat ph 4.8), divorteks dan disentrifugasi pada suhu 4 0 C dengan kecepatan 10 000 rpm
Lebih terperinciBAB 3 PERCOBAAN 3.1 Bahan 3.2 Alat
BAB 3 PERCOBAAN 3.1 Bahan Bahan yang digunakan memiliki kualitas pro analisis atau pro biologi molekular, yaitu : primer M. tuberculosis forward: 5 GGATCCGATGAGCAAGCTGATCGAA3 (Proligo) dan primer M. tuberculosis
Lebih terperinciPengertian TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN. Cloning DNA. Proses rekayasa genetik pada prokariot. Pemuliaan tanaman konvensional: TeknologiDNA rekombinan:
Materi Kuliah Bioteknologi Pertanian Prodi Agroteknologi Pertemuan Ke 9-10 TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Ir. Sri Sumarsih, MP. Email: Sumarsih_03@yahoo.com Weblog: Sumarsih07.wordpress.com Website: agriculture.upnyk.ac.id
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Skrining Pseudomonas sp. AZM-1 mikroba pelarut fosfat Mikroba yang membawa gen pelarut fosfat adalah Pseudomonas sp. AZM-1. Peremajaan kembali mikroba hasil isolasi dilakukan dengan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN 1. Konstruksi vektor over-ekspresi gen OsWRKY 1.1 Amplifikasi dan purifikasi fragmen gen OsWRKY76
HASIL DAN PEMBAHASAN Kegiatan rekayasa genetik tanaman keberhasilannya tergantung pada beberapa hal, diantaranya adalah gen yang akan diintroduksikan, metode transformasi, sistem regenerasi tanaman dan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang. dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998).
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998). B. Populasi dan Sampel 1. Populasi yang
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dipaparkan hasil dari tahap-tahap penelitian yang telah dilakukan. Melalui tahapan tersebut diperoleh urutan nukleotida sampel yang positif diabetes dan sampel
Lebih terperinciKLONING DAN OVEREKSPRESI GEN celd DARI Clostridium thermocellum ATCC DALAM pet-blue VECTOR 1
PROPOSAL METODOLOGI PENELITIAN (BM-3001) KLONING DAN OVEREKSPRESI GEN celd DARI Clostridium thermocellum ATCC 27405 DALAM pet-blue VECTOR 1 Penyusun: Chandra 10406014 Dosen Narasumber: Dra. Maelita Ramdani
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. AMPLIFIKASI DAN PURIFIKASI GEN NS1 VIRUS DENGUE. Proses amplifikasi gen NS1 virus dengue merupakan tahap awal
38 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. AMPLIFIKASI DAN PURIFIKASI GEN NS1 VIRUS DENGUE Proses amplifikasi gen NS1 virus dengue merupakan tahap awal dalam penelitian. Fragmen gen NS1 virus dengue diamplifikasi
Lebih terperinciDAFTAR ISI DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI Bab Halaman DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... ix x xii I II III PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang... 1 1.2 Identifikasi Masalah... 2 1.3 Tujuan Penelitian... 2 1.4 Kegunaan Penelitian...
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. ditranskipsi dan produk translasi yang dikode oleh gen (Nasution 1999).
4 ditranskipsi dan produk translasi yang dikode oleh gen (Nasution 1999). Polymerase Chain Reaction (PCR) PCR merupakan suatu reaksi in vitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan α-amilase adalah enzim menghidrolisis ikatan α-1,4-glikosidik pada pati. α-amilase disekresikan oleh mikroorganisme, tanaman, dan organisme tingkat tinggi. α-amilase memiliki peranan
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Produksi Protein Rekombinan Hormon Pertumbuhan (rgh)
11 BAHAN DAN METODE Penelitian ini terdiri atas 2 tahapan utama, yaitu produksi protein rekombinan hormon pertumbuhan (rgh) dari ikan kerapu kertang, ikan gurame, dan ikan mas, dan uji bioaktivitas protein
Lebih terperinciKEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN DIREKTORAT JENDERAL PENDIDIKAN MENENGAH DIREKTORAT PEMBINAAN SEKOLAH MENENGAH ATAS
KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN DIREKTORAT JENDERAL PENDIDIKAN MENENGAH DIREKTORAT PEMBINAAN SEKOLAH MENENGAH ATAS Test Seleksi Calon Peserta International Biology Olympiad (IBO) 2014 2 8 September
Lebih terperinciBAB V HASIL DAN PEMBAHASAN
21 BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN Pada penelitian sebelumnya diperoleh kerangka baca terbuka gen IFNα2b yang mengandung tiga mutasi dengan lokasi mutasi yang letaknya berjauhan, sehingga mutagenesis terarah
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN TICV Isolat Indonesia
23 HASIL DAN PEMBAHASAN TICV Isolat Indonesia Penyakit klorosis saat ini sudah ditemukan di Indonesia. Pertama kali ditemukan di sentra pertanaman tomat di Magelang, Jawa Tengah dan Purwakarta, Jawa Barat
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI TEKNIK PCR OVERLAPPING 1. Sintesis dan amplifikasi fragmen ekson 1 dan 2 gen tat HIV-1 Visualisasi gel elektroforesis
Lebih terperinci4. HASIL DAN PEMBAHASAN
29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA ( VEKTOR PLASMID )
MAKALAH REKAYASA GENETIKA ( VEKTOR PLASMID ) Disusun oleh: NAMA : LASINRANG ADITIA NIM : 60300112034 KELAS : BIOLOGI A TUGAS : REKAYASA GENETIKA JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI UNIVERSITAS
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA. By: Ace Baehaki, S.Pi, M.Si
REKAYASA GENETIKA By: Ace Baehaki, S.Pi, M.Si Dalam rekayasa genetika DNA dan RNA DNA (deoxyribonucleic Acid) : penyimpan informasi genetika Informasi melambangkan suatu keteraturan kebalikan dari entropi
Lebih terperinciBAB XIII. SEKUENSING DNA
BAB XIII. SEKUENSING DNA Pokok bahasan di dalam Bab XIII ini meliputi prinsip kerja sekuensing DNA, khususnya pada metode Sanger, pangkalan data sekuens DNA, dan proyek-proyek sekuensing genom yang ada
Lebih terperinciPEMBUATAN DNA REKOMBINAN
PEMBUATAN DNA REKOMBINAN 1 Nama enzim restriksi o Berdasarkan nama organisme dari mana enzim diisolasi, mis.: n Eco dari Escherichia coli n Hin dari Haemophilus influenzae n Hae dari Haemophilus aegyptius
Lebih terperinciABSTRAK. ISOLASI, OPTIMASI AMPLIFIKASI DAN KLONING GEN phoq PADA Salmonella typhi
ABSTRAK ISOLASI, OPTIMASI AMPLIFIKASI DAN KLONING GEN phoq PADA Salmonella typhi Patrisia Puspapriyanti, 2008. Pembimbing I : Ernawati A.Girirachman, Ph.D. Pembimbing II : Johan Lucianus, dr., M.Si. Salmonella
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4 Vektor klon pgemt-easy dan peta restriksi yang dimiliki (Promega 1999).
8 Inkubasi selama 2 hari pada suhu 28 o C dalam kondisi gelap dengan kecepatan 150 rpm. Setelah diinkubasi selama 2 hari, hasilnya adalah terbentuknya koloni berwarna putih. Koloni yang terbentuk kemudian
Lebih terperinciKajian Ekspresi Gen a-amilase untuk Mendapatkan Isolat Bakteri Rekombinan Pembawa Gen a-amilase
Kajian Ekspresi Gen a-amilase untuk Mendapatkan Isolat Bakteri Rekombinan Pembawa Gen a-amilase Nur Richana dan Ahmad Thontowi Balai Penelitian Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian ABSTRAK Penelitian
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Hasil konfirmasi dicek dengan elektroforesis gel agarosa 1%.
reaction mix pada tabung mikro, kemudian program PCR dilanjutkan kembali dengan program PCR biasa: 94 o C selama 30 detik, 55 o C selama 1 menit, dan 72 o C selama 2 menit. Hasil konfirmasi dicek dengan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN 28S 18S
4 (http://www.tools.neb.com/nebcutter2/htm). Analisis kesamaan, filogenetik, dan profil berdasarkan urutan nukleotida dan deduksi asam amino dengan Mt2 dari spesies lain menggunakan program MAFFT ver.6.0.
Lebih terperinciPengertian TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN. Cloning DNA. Proses rekayasa genetik pada prokariot. Pemuliaan tanaman konvensional: TeknologiDNA rekombinan:
Materi Kuliah Bioteknologi Pertanian Prodi Agribisnis Pertemuan Ke 5 TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Ir. Sri Sumarsih, MP. Email: Sumarsih_03@yahoo.com Weblog: Sumarsih07.wordpress.com Website: agriculture.upnyk.ac.id
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN
III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan November 2007 hingga Juli 2009, bertempat di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik Departemen
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling
16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
17 4 HASIL DAN PEMBAHASAN Konstruksi plasmid biner pmsh1-lisozim Konstruksi plasmid biner dilakukan dengan meligasi gen lisozim ayam dan pmsh1. Plasmid hasil ligasi berukuran 13.449 pb (Gambar 5A kolom
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Danau Kakaban menyimpan berbagai organisme yang langka dan unik. Danau ini terbentuk dari air laut yang terperangkap oleh terumbu karang di sekelilingnya akibat adanya aktivitas
Lebih terperinciIdentifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella ( )
Identifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella (10.2011.185) Identifikasi gen abnormal Pemeriksaan kromosom DNA rekombinan PCR Kromosom waldeyer Kromonema : pita spiral yang tampak pada kromatid Kromomer : penebalan
Lebih terperinciGambar 2 Vektor pengklonan pgem T Easy
BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan dari bulan September 2007 sampai dengan bulan April 2008. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan Laboratorium
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh
Lebih terperinciBIO306. Prinsip Bioteknologi
BIO306 Prinsip Bioteknologi KULIAH 6. TEKNIK DASAR KLONING Percobaan pertama penggabungan fragmen DNA secara in vitro dilakukan sekitar 30 tahun yang lalu oleh Jackson et al. (1972). Melakukan penyisipan
Lebih terperinciPRINSIP TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN
PRINSIP TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN DEBBIE S. RETNONINGRUM SEKOLAH FARMASI INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG Prinsip Teknologi DNA Rekombinan 1 PUSTAKA 1. Glick, BR and JJ Pasternak, 2003, Molecular Biotechnology:
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Isolasi RNA Total RNA total sengon diisolasi dengan reagen Trizol dari jaringan xylem batang sengon yang tua (berumur 5-10 tahun) dan bibit sengon yang berumur 3-4 bulan.
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode deskriptif (Nazir, 1983). B. Populasi dan Sampel Populasi dalam penelitian ini adalah
Lebih terperinciURAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan
URAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan sekuen non kode (sekuen yang tidak mengalami sintesis
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal.
HASIL DAN PEMBAHASAN Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal. Dalam perkembangannya, organ reproduktif mengalami perubahan yang mengakibatkan terjadinya perbedaan fenotipe antara kelapa
Lebih terperinciKloning Genα-Amilase Pendegradasi Butir Pati daribacillus aquimaris MKSC 6.2 pada Vektor pgem-t
Kloning Genα-Amilase Pendegradasi Butir Pati daribacillus aquimaris MKSC 6.2 pada Vektor pgem-t Nurul Widya Dosen Kimia Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Muhammadiyah Sumatera Barat nurulwidya@umsb.ac.id
Lebih terperinciBAB 3 PERCOBAAN Mikroba C. violaceum, Bacillus cereus dan E. coli JM 109
9 BAB 3 PERCOBAAN 3.1 Alat, Bahan dan Miroba 3.1.1 Alat Bunsen, inkubator 37 o C, sentrifuga (Mikro 200R Hettich), Eppendorf 100 ul, 500 ul, 1,5 ml, tabung mikrosentrifuga (Eppendorf), neraca timbang (Mettler
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan
Lebih terperinciBAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN Pada bab ini akan disajikan hasil dan pembahasan berdasarkan langkah-langkah penelitian yang telah diuraikan dalam bab sebelumnya dalam empat bagian yang meliputi; sampel mtdna,
Lebih terperinciSINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI
SINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI 0304040257 UNIVERSITAS INDONESIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
Lebih terperinciBAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel
16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik
Lebih terperinciKATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis
KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens
Lebih terperinciPencarian Kultur Baru. Isolasi dan Perbaikan. Kultur. Teknik plating. Kultur Diperkaya 10/14/2014
Isolasi dan Perbaikan Kultur 10/14/2014 Nur Hidayat Materi Kuliah Bioindustri http://nurhidayat.lecture.ub.ac.id http://ptp2007.wordpress.com http://bioindustri.blogspot.com Pencarian Kultur Baru Contoh
Lebih terperinciBAB in. METODE PENELITIAN
BAB in. METODE PENELITIAN Waktu Dan Tempat Penelitian Penelitian ini telah dilakukan dari April sampai November 2009 di laboratorium Biologi Molekular dan Rekayasa Genetika, Balai Penelitian Bioteknologi
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Isolasi DNA genom tanaman padi T0 telah dilakukan pada 118
45 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. HASIL Isolasi DNA genom tanaman padi T0 telah dilakukan pada 118 sampel. Berdasarkan hasil digesti DNA dengan enzim EcoRI, diperoleh sebanyak 74 sampel tanaman dari 118
Lebih terperinciAMPLIFIKASI IN VITRO DAN IN VIVO FRAGMEN 0,4 KB D-LOOP mtdna SAMPEL FORENSIK
AMPLIFIKASI IN VITRO DAN IN VIVO FRAGMEN 0,4 KB D-LOOP mtdna SAMPEL FORENSIK Mukhammad Asy ari *, A. Saifuddin Noer ** * Laboratorium Biokimia jurusan Kimia FMIPA UNDIP Semarang ** Laboratorium Rekayasa
Lebih terperinciSTUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I
STUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I T 572 MUL ABSTRAK DNA polimerase merupakan enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA. Tiga aktivitas yang umumnya
Lebih terperinciAMPLIFIKASI IN VITRO DAN IN VIVO FRAGMEN 0,4 KB D-LOOP mtdna SAMPEL FORENSIK
AMPLIFIKASI IN VITRO DAN IN VIVO FRAGMEN 0,4 KB D-LOOP mtdna SAMPEL FORENSIK Mukhammad Asy ari*, A. Saifuddin Noer** * Laboratorium Biokimia jurusan Kimia FMIPA UNDIP Semarang ** Laboratorium Rekayasa
Lebih terperincio C 1 menit, penempelan 50 o C 1 menit, polimerisasi 72 o C 1 menit (tiga tahap ini
13 BAB IV PERCOBAAN IV.1 Bahan Air miliq, deoksinukleotida trifosfat (dntp), MgCl 2, (Promega), enzim Pfu DNA polymerase, dapar Pfu (Stratagene), oligonukleotida SR1, SR2, SR3, SR4, SR5, AR6, AR7, AR8,
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
BAB III BAHAN DAN METODE 3.1. Tempat dan Waktu Penelitian 3.1.1. Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Tempat dan Waktu Penelitian
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Penelitian dilakukan di Laboratorium Kerjasama Bioteknologi Indonesia- Belanda (BIORIN) dan Laboratorium Biologi Molekuler dan Seluler Tanaman (BMST), Pusat
Lebih terperinciYOHANES NOVI KURNIAWAN KONSTRUKSI DAERAH PENGKODE INTERFERON ALFA-2B (IFNα2B) DAN KLONINGNYA PADA Escherichia coli JM109
YOHANES NOVI KURNIAWAN 10702026 KONSTRUKSI DAERAH PENGKODE INTERFERON ALFA-2B (IFNα2B) DAN KLONINGNYA PADA Escherichia coli JM109 Program Studi Sains dan Teknologi Farmasi INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG 2007
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
Lebih terperinciBab II Tinjauan Pustaka
4 Bab II Tinjauan Pustaka II.1 α-amilase α-amilase (1,4-α-D-glukan-glukanhidrolase, E.C. 3.2.1.1) adalah endoenzim yang mengkatalisis hidrolisis ikatan α-1,4-glikosidik pada amilosa atau amilopektin menghasilkan
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. komunitas mikroba dari sampel tanah yang dapat diisolasi dengan kultivasi sel
BAB I PENDAHULUAN I.1 Latar Belakang Pendekatan klasik untuk memperoleh akses biokatalis baru adalah dengan menumbuhkembangkan mikroorganisme dari sampel lingkungan, seperti tanah dalam media berbeda dan
Lebih terperinciLAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM)
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DNA GENOM TUJUAN 16s rrna. Praktikum
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN IV (ISOLASI RNA DARI TANAMAN) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI RNA DARI TANAMAN TUJUAN Tujuan
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN. Tabel 1.2 Hasil Pengamatan Bentuk Sel dan Pewarnaan Gram Nama. Pewarnaan Nama
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Pada pengujian awal, terhadap 29 bakteri dilakukan pewarnaan Gram dan pengamatan bentuk sel bakteri. Tujuan dilakukan pengujian awal adalah untuk memperkecil kemungkinan
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Preparasi dan Karakteristik Bahan Baku Produk tuna steak dikemas dengan plastik dalam keadaan vakum. Pengemasan dengan bahan pengemas yang cocok sangat bermanfaat untuk mencegah
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian dasar dengan metode deskriptif (Nazir, 1988). B. Populasi dan sampel Populasi pada penelitian ini adalah
Lebih terperinciRATNA ANNISA UTAMI
RATNA ANNISA UTAMI 10703022 AMPLIFIKASI DAN KLONING DNA PENGKODE PROTEIN CHAPERONIN 60.1 MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KE DALAM VEKTOR pgem-t PADA ESCHERICHIA COLI PROGRAM STUDI SAINS DAN TEKNOLOGI FARMASI
Lebih terperinciKloning Gen pcbc dari Penicillium chrysogenum ke dalam Plasmid ppicza untuk Pengembangan Produksi Penisilin G
BIOMA, Juni 2014 ISSN: 1410-8801 Vol. 16, No. 1, Hal. 33-38 Kloning Gen pcbc dari Penicillium chrysogenum ke dalam Plasmid ppicza untuk Pengembangan Produksi Penisilin G Risma Wiharyanti 1, Dudi Hardianto
Lebih terperinciSKRIPSI F Oleh LILY FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR
SKRIPSI EKSPRESI GEN PROTEASE Badlus pumilus Y 1 DALAM Escherichia coli DH5a: ORIENTASPGEN DAN PENGARUH PENAMBAHAN IPTG (Isopropilthiogalaktosida) Oleh LILY F 30.0024 1998 FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN
Lebih terperinciKLONING GEN PDI-LIKE DARI BAKTERI TERMOFILIK Bacillus acidocaldgrius Ry, TESIS. Oleh: RISA NOFIANI
KLONING GEN PDI-LIKE DARI BAKTERI TERMOFILIK Bacillus acidocaldgrius Ry, TESIS F Oleh: RISA NOFIANI BIDANG KI USUS BIOKEMA PROGRAM PASCASARJANA KIMIA PROGRAM PASCASARJANA INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG 2002
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Pusat
BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Pusat Penelitian Bioteknologi, LIPI, Cibinong selama 9 bulan (Maret 2008-- November 2008).
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi RNA total RNA total dari ujung akar G. max kultivar Slamet telah berhasil diisolasi. Kuantifikasi RNA total dengan spektrofotometer menunjukkan bahwa rendemen isolasi RNA total
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Penyebab ketidakberhasilan penentuan urutan daerah HVSI mtdna manusia yang mengandung poli-c melalui direct sequencing dan keberhasilan sekuensing setelah kloning diduga terjadi
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Pewarnaan Gram
46 HASIL DAN PEMBAHASAN Pewarnaan Gram Hasil pewarnaan Gram menunjukkan bahwa 14 isolat lokal yang diduga sebagai S. aureus (AS, NU1, NU2, NU3, NU4, NU5, NU6, NU7, NU8, NU9, NU10, NU11, NU13 dan NU14)
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. 1. Waktu dan Tempat penelitian
BAHAN DAN METODE 1. Waktu dan Tempat penelitian Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler dan Rumah Kaca Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Lebih terperinciKasus Penderita Diabetes
Kasus Penderita Diabetes Recombinant Human Insulin Marlia Singgih Wibowo School of Pharmacy ITB Sejak Banting & Best menemukan hormon Insulin pada tahun 1921, pasien diabetes yang mengalami peningkatan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif.
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif adalah metode penelitian yang bertujuan untuk membuat gambaran
Lebih terperinci