HASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
|
|
- Sri Widjaja
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil isolasi dianalisis kualitatif dan kuantitatif untuk mengetahui konsentrasi dan kemurniannya. Uji kualitatif dilakukan melalui teknik elektroforesis RNA dalam gel agarosa 1% untuk melihat pita hasil elektroforesis, selain itu diukur dengan melihat perbandingan serapan pada panjang gelombang 260 nm dengan 280 nm. Kemurnian RNA yang tinggi dapat dilihat dari perbandingan A260/280 yang berkisar antara 1,8-2,0 ( Sambrook et al 1989). Uji kuantitatif dilakukan dengan cara mengukur absorbansinya dengan menggunakan spektrofotometer UV pada panjang gelombang 260 nm. Konsentrasi RNA dihitung dengan perbandingan bahwa nilai 1 pada serapan 260 nm sama dengan serapan RNA dengan konsentrasi 40 ng/µl. Isolasi Gen Proteinase Inhibitor (PIN) dan Uji Ekspresi dengan RT-PCR Isolasi dan uji ekspresi dilakukan dengan teknik RT-PCR menggunakan primer spesifik yang dirancang berdasarkan urutan basa gen PIN pada kakao yang telah dipublikasikan (bank data gen Primer kemudian digunakan dalam RT-PCR untuk amplifikasi daerah gen PIN. RNA yang didapat dijadikan cdna terlebih dahulu agar dapat digunakan sebagai template dalam reaksi PCR. cdna disintesis dengan menggunakan kit dengan merk dagang Fermentas yang berisi enzim reverse transcriptase (reverd Aid). Sintesis cdna dilakukan dengan cara, yaitu RNA yang didapat diambil sebanyak 1µg, kemudian ditambah 1µl dntps 10 µm, 1µl oligo-dt, ddh 2 O sampai volume akhir 12 µl. Setelah itu diinkubasi 65ºC selama 5 menit. Kemudian ditambah mix (buffer RT 4µl, 1µl DTT 0,1M, 1µl RNase inhibitor) kemudian inkubasi 42ºC selama 2 menit, lalu ditambah enzim reverse transcriptase (reverd Aid), inkubasi dilanjutkan pada suhu 42ºC selama 50 menit dan dilanjutkan dengan 70ºC selama 15 menit. Reaksi PCR dilakukan dengan total volum 25µl yang di dalamnya terdapat 1 µl cdna sebagai template, dntps 1 µl, ddh 2 O 16,75 µl, bufer 10X 2,5 µl, MgCl 2 0,25 µl, pasangan primer spesifik gen PIN, yaitu F21 (forward) dan R11 (reverse) masing-masing sebanyak 1 µl dan enzim taq polimerase 2 µl. Program terdiri dari pre-denaturasi pada suhu 95 C selama 5 menit dilanjutkan dengan 35 siklus yang terdiri dari denaturasi pada suhu 95 C selama 45 detik, annealing pada suhu 58ºC selama 45 detik dan extension 72ºC selama 5 menit. Selanjutnya untuk melihat hasilnya, produk PCR dipisahkan dengan teknik elektroforesis pada gel agarosa 1%. Sekuensing Fragmen Gen PIN Sebelum dilakukan sekuensing, fragmen hasil RT-PCR dimurnikan terlebih dahulu. Pemurnian dilakukan dengan menggunakan kit QIAGEN. Pemurnian dilakukan dengan cara, pita DNA dipotong dari gel agarosa lalu ditambah 3 volum buffer QX1 dan QIAEX II sebanyak 10µl dan diinkubasi 50ºC selama 10 menit untuk melarutkan agarosa dan mengikat DNA. Campuran disentrifus untuk didapatkan pelletnya. Pellet dicuci dengan 500 µl buffer QX1 kemudian disentrifus dan supernatannya dibuang, lalu pellet dikeringkan. Untuk melarutkan DNA ditambahkan 18µl Tris- HCl 10mM ph 8,5 atau ddh 2 O. Campuran disentrifus 4000 g selama 30 detik dan supernatan diambil untuk dilakukan sekuensing. Fragmen gen PIN yang telah dimurnikan kemudian disekuen di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman Jakarta. Hasil sekuensing kemudian dianalisis BLASTN ( HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi RNA Total Biji Kakao RNA diperlukan untuk mengisolasi gen spesifik pada jaringan tertentu. Pada penelitian ini diperlukan RNA total dari biji kakao dengan tujuan untuk mendapatkan gen PIN dari jaringan tersebut. Secara umum isolasi RNA lebih sulit dibanding isolasi DNA karena RNA sangat mudah terdegradasi oleh RNase (ribonuklease) sehingga membutuhkan penanganan khusus
2 7 dalam mengisolasinya, dalam hal ini digunakan denaturan kuat seperti dietil pirokarbonat (DEPC) untuk mencegah degradasi RNA oleh RNase. Isolasi RNA total biji kakao dilakukan dengan metode Chaidamsari (2005). Prinsip dasar isolasi RNA adalah yang pertama, menghancurkan dinding sel untuk membebaskan sitoplasma dan RNA dalam sel. Penggunaan nitrogen cair merupakan cara yang efektif untuk membekukan jaringan sehingga mudah untuk dihancurkan dan kondisi suhu yang dingin dapat menjaga RNAse berada dalam keadaan tidak aktif. Selain itu penggunaan EDTA dimaksudkan untuk mengikat Mg 2+ sehingga mempermudah pemecahan dinding sel dan secara tidak langsung meng- inaktivasi ribonuklease karena EDTA mengkelat ion tersebut yang fungsinya sebagai kofaktor. Kedua, Penggunaan β-merkaptoetanol dan senyawa pengekstrak seperti kloroform: isoamilalkohol (CI) 24:1 dan fenol: kloroform:isoamilalkohol (PCI) 25:24:1, dapat menyebabkan denaturasi senyawa nukleoprotein, dan selanjutnya membuang kontaminan DNA serta protein (Promega 1996). DNase diperlukan untuk mendegradasi DNA sehingga RNA yang diperoleh terbebas dari kontaminan DNA. Isolasi RNA total dari biji kakao berhasil dilakukan dengan baik, dilihat dari hasil analisis elektroforesis gel agarosa 1,2% dalam 0,5X larutan penyangga TBE dengan voltase 25 volt selama 1,5 jam. Pada Gambar 2, terlihat bahwa RNA yang dihasilkan mempunyai integritas yang baik. Pita yang terbentuk dalam gel agarosa merupakan rrna yang berukuran 28S dan 18S, sesuai dengan literatur yang menyebutkan bahwa hasil isolasi RNA dikatakan baik apabila dalam elektroforesis gel agarosa menghasilkan 2 pita RNA ribosom (rrna), yaitu 28S dan 18S yang merupakan rrna sitoplasma utama pada tanaman (Farrel 1993). 28 S 18 S Gambar 2 Hasil elektroforesis RNA total biji kakao Hasil pengukuran secara kuantitatif dengan menggunakan spektrofotometer UV pada panjang gelombang 260 dan 280 nm diperoleh absorban masing-masing sebesar 0,490 dan 0,239. Berdasarkan hasil tersebut maka dengan menggunakan 2 gram sampel biji kakao didapatkan konsentrasi RNA total sebesar 2940 ng/µl dan nisbah absorban (A) 260/280 sebesar 2,050. dapat dikatakan hasil isolasi RNA total biji kakao mempunyai konsentrasi dan kemurnian yang tinggi, seperti yang dijelaskan Sambrook et al (1989) bahwa hasil isolasi RNA dikatakan murni jika mempunyai nilai A260/280 sebesar 1,8-2,0. Tingginya nilai rasio A260/280 menunjukkan bahwa RNA tersebut terbebas dari kontaminan protein. Sehingga RNA yang dihasilkan dapat digunakan untuk percobaan berikutnya. Isolasi Gen PIN dari Biji Kakao RNA total biji kakao yang sudah didapatkan selanjutnya digunakan untuk mengisolasi gen PIN. Biji kakao digunakan pada penelitian ini karena berdasarkan laporan Thai et al (1991) bahwa gen PIN ada pada biji kakao, gen ini mengkode protein yang berukuran 21 kda dengan homologi yang cocok dengan inhibitor tripsin pada kedelai (kumitz) dari proteinase inhibitor. Protein tersebut diakumulasi selama perkembangan biji dan tidak didegradasi selama perkecambahan benih pada kakao. Gen PIN diisolasi menggunakan teknik RT-PCR karena untuk mengisolasi gen-gen yang spesifik dari kromosom eukariot diperlukan cdna (Watson et al 1987). cdna merupakan DNA yang berkomplemen dengan mrna (Dale 1994), sedangkan mrna adalah transkrip dari gengen yang terekspresi yang membawa pesan berupa informasi genetik dari DNA ke dalam bentuk protein (Darnell et al 1990). Sehingga cdna berbeda dengan DNA genom karena cdna mewakili bagian dari suatu gen yang terekspresi (Davis et al 1986). Selanjutnya cdna digunakan sebagai template untuk mengamplifikasi gen PIN dari biji kako. Utas cdna disintesis dari mrna yang besarnya hanya sekitar 1-2% dari RNA total ( rrna, trna, mrna). Hal ini disebabkan oleh mrna tidak berada secara permanen dalam sel hanya diperlukan selama protein yang disandikan masih diproduksi (Watson et al 1987). Dalam penelitian digunakan kit
3 8 dengan merk dagang Fermentas untuk mensintesis cdna. Kit ini berisi enzim reverse transkriptase dan primer oligo-dt. mrna mempunyai ekor poly-a pada ujung 3 maka primer oligo(dt) akan berpasangan dengan ujung poly(a) mrna sehingga cdna dapat disintesis dari mrna (template) dengan menggunakan enzim reverse transkriptase. Selanjutnya cdna digunakan sebagai template dalam reaksi PCR. Reaksi PCR dibutuhkan sepasang primer. Primer yang digunakan pada penelitian ini merupakan primer spesifik yang dibuat untuk mengamplifikasi gen PIN pada biji kakao. Primer ini dibuat berdasarkan sekuen gen PIN yang didapat dari bank data gen ( seperti yang terlihat pada Gambar 3. Berdasarkan sekuen gen PIN yang didapat maka primer dirancang dengan melihat cds (coding segmen) yang dimilki dari gen tesebut. Urutan gen yang akan disandikan menjadi protein disebut juga sebagai cds. Urutan basa gen PIN yang didapat dari bank data gen mempunyai cds yang diawali dari basa ke-31 sampai ke-696. Sehingga dibuat primer F21 sebagai forward dengan urutan basa (5 ATGAAGACCGCAACAGCCGTA 3) yang dimulai dari kodon awal dan primer R11 sebagai reverse dengan urutan basa (5 ATGCTTCGGTTAACAACTTG3 ) yang berada pada kodon akhir. Dengan menggunakan teknik RT-PCR yang dilakukan dengan suhu annealing 58 C dan 35 siklus maka diharapkan dengan pasangan primer tesebut akan didapatkan amplifikasi fragmen gen PIN dengan ukuran sebesar 662 bp. Hasil RT-PCR dielektroforesis dengan gel agarosa 1% kemudian diperoleh pita sesuai dengan prediksi, yaitu menghasilkan pita yang berukuran 662 bp (Gambar 4). Hasil ini menunjukkan bahwa fragmen gen PIN pada biji kakao dapat diisolasi dengan pasangan primer F21 dan R11. Hal ini juga secara tidak langsung menggambarkan adanya ekspresi gen PIN pada biji kakao, namun perlu pembuktian lebih lanjut dengan analisis BLASTN. Analisis Sekuen Fragmen Gen PIN dari Biji Kakao Sekuensing diperlukan untuk menganalisis fragmen gen PIN yang berhasil diisolasi. Sekuensing dapat dilakukan dengan menggunakan produk PCR langsung atau melalui hasil kloning. Pada penelitian ini dilakukan sekuensing menggunakan produk PCR langsung dengan total volume reaksi 100µl. Analisis sekuen meliputi analisis homologi dengan program BLASTN dari bank data gen ( Analisis ini diperlukan untuk mengetahui apakah gen yang berhasil diisolasi sesuai dengan yang diharapkan. Sekuensing dilakukan di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman. Data hasil sekuensing berupa electrophoregraph yang menggambarkan urutan basa fragmen gen PIN berukuran 580 bp (Lampiran 2). Ukuran yang dihasilkan dari sekuensing berbeda dengan yang diprediksikan, hal ini disebabkan oleh sekuensing dilakukan langsung dari produk PCR sehingga primer sekuensing sama dengan primer amplifikasi akibatnya terdapat pengurangan ukuran basa. Hasil electrophoregraph memperlihatkan bahwa tidak semua basa dapat disekuen hal ini mungkin disebabkan oleh proses pemurnian yang kurang sempurna atau ada kesalahan pada sekuensing. Urutan basa yang didapatkan dari hasil sekuensing kemudian dianalisis BLASTN. BLAST merupakan alat pembanding suatu sekuen yang dicari dengan sekuen yang telah diketahui dengan cepat yang dapat menjelaskan apakah sekuen tersebut memiliki similaritas cukup signifikan. Analisis BLASTN yang dilakukan terhadap urutan basa gen PIN dapat dilihat pada Tabel 1. Berdasarkan analisis BLASTN,dengan melihat parameter skor lebih dari 150 dan e- value yang kurang dari 10-4 maka tingkat homologi yang dihasilkan cukup baik (Claveri dan Notredam 2003). Semakin tinggi skor (bits) maka tingkat homologinya semakin baik, semakin rendah e-value maka semakin baik pula tingkat homologinya. Selain nilai skor dan e-value, tingkat homologi juga dapat dilihat dari garis berwarna merah pada grafik hasil BLASTN. Garis warna merah menunjukkan tingkat homologi sangat tinggi, diikuti dengan garis merah muda, hijau, biru, dan hitam. Berdasarkan Tabel 1 dapat diketahui bahwa urutan basa fragmen gen PIN bersesuaian dengan gen penyandi protein 21 kda pada biji kakao yang merupakan proteinase inhibitor (PIN). Sehingga
4 9 CCCACTTATCCAGCAACATTTCACTTAACCATGAAGACCGCAACAGCCGTAGTTTTACTCCTCTT Met CGCCTTCACATCAAAATCATATTTCTTTGGGGTAGCCAACGCTGCAAACTCTCCTGTGCTTGACA CTGATGGTGATGAGCTCCAAACTGGGGTTCAATATTACGTCTTGTCATCGATATCGGGTGCTGGG GGTGGAGGGCTAGCCCTAGGAAGGGCTACAGGTCAAAGCTGCCCAGAAATTGTTGTCCAAAGA CGATCCGACCTTGACAATGGTACTCCTGTAATCTTTTCAAATGCGGATAGCAAAGATGATGTTGT CCGCGTATCTACTGATGTAAACATAGAGTTCGTTCCCATCAGAGACAGACTCTGCTCAACGTCA ACTGTGTGGAGGCTTGACAATTATGACAACTCGGCAGGCAAATGGTGGGTGACAACTGATGGG GTTAAAGGTGAACCTGGTCCTAACACTTTGTGCAGTTGGTTTAAGATTGAGAAGGCCGGAGTAC TCGGTTACAAATTCAGGTTCTGTCCTTCTGTCTGTGATTCGTGCACAACTTTATGCAGCGATATT GGAAGACATTCAGATGATGATGGACAAATACGTTTGGCTCTCAGTGACAATGAATGGGCATGGA TGTTTAAGAAAGCAAGTAAGACAATAAAACAAGTTGTTAACGCGAAGCATTAATTTTAAGTTTA Kodon akhir ATGTACGAAGTGTACGTCCAAAGCAGCAATACTAGCCGGTCGTTACTTTCCACTAAATAAAAGT TAAGTATGTGGTTCCCAGCCCAGTGTTGTAATGCTATGCCTATGTAGTCAGTGTCTTGTTTGAGG GTGGAGATGCTTAAAGGGTGTGTCTTCACAGCCCAGCTTCGTAGTCTTTCNNNNNNTTTATGAA TAAATGACCCTCTTGCCTCTTTTATTACCA Gambar 3 Urutan basa gen PIN, posisi primer F21 (forward) dan primer R11 (reverse) ditandai dengan panah hijau Bj M 600 bp Gambar 4 Hasil RT-PCR cdna biji kakao; (Bj) merupakan fragmen gen PIN yang berukuran 662bp dan (M) marker 100bp. dapat dikatakan hasil isolasi fargmen gen PIN dari biji kakao telah berhasil dilakukan dengan baik karena fragmen hasil amplifikasi merupakan gen PIN penyandi protein berukuran 21 kda pada biji kakao. Selain itu fragmen ini juga mempunyai homologi dengan T. cacao putative 21 kda trypsin, T. cacao clone 34-4 trypsin inhibitor gene partial cds, dan T. bicolor clone 5-2 trypsin inhibitor gene partial cds. Tabel 1 Hasil analisis BLASTN urutan basa fragmen gen PIN Gen yang bersesuaian skor (bit) e- value T.cacao mrna for e -101 kda seed protein homolog to soybean trypsin T. cacao putative 21 kda trypsin inhibitor gene, complete cds 340 3e -90 T. cacao clone e -81 trypsin inhibitor gene partial cds T. bicolor clone e -62 trypsin inhibitor gene partial cds Ekspresi Gen PIN pada Jaringan Kulit Kakao Klon Ary dan Bal Metode RT-PCR dapat digunakan untuk melihat tingkat ekspresi suatu gen dalam jaringan tertentu (Yuwono 2006). Pada penelitian ini dilakukan uji ekspresi pada
5 10 jaringan kulit dari dua klon yang berbeda, yaitu klon yang tahan (Ary 2) dan tidak tahan terhadap hama PBK (Bal 209). Hal ini dilakukan untuk melihat tingkat ekspresi gen PIN dari jaringan kulit pada kedua klon. Reaksi RT-PCR memerlukan RNA sebagai template untuk mendapatkan cdna kemudian cdna digunakan sebagai template dalam reaksi PCR. Sebagai langkah awal dilakukan isolasi RNA dari jaringan kulit klon Ary 2 dan Bal 209. Uji ekspresi memerlukan RNA dengan konsentrasi dan kualitas tinggi, namun isolasi RNA dari jaringan kulit lebih sulit dibandingkan dari biji, karena di kulit banyak mengandung senyawa polifenol dan polisakarida sehingga sangat sulit untuk mendapatkan konsentrasi dan kemurnian RNA yang tinggi. Menurut Couch dan Fritz (1990), tanaman berkayu banyak mengandung senyawa polifenol dan polisakarida. Isolasi RNA dari kulit dilakukan pada kedua klon dengan panjang buah 9 dan 12 cm. Pemilihan panjang buah disesuaikan dengan literatur yang menyatakan bahwa buah kakao dengan panjang 5-7cm dan yang sangat muda tidak pernah terserang PBK (Wardoyo 1994 dalam Depparaba F 2002 ), buah kakao mulai terserang PBK pada panjang 9 cm dan PBK lebih menyukai buah kakao yang panjangnya lebih dari 9 cm (Sulistyowati et al 2003). Oleh karena itu akan dilihat bagaimana ekspresi gen PIN pada buah yang panjangnya 9 cm dan 12 cm. Selain itu digunakan biji sebagai kontrol karena telah dipastikan bahwa gen PIN terekspresi pada biji kakao. Hasil pengukuran absorban RNA jaringan kulit kakao pada kedua klon dapat dilihat di Tabel 2. Berdasarkan masing-masing RNA yang berhasil diisolasi dapat dikatakan bahwa RNA tersebut mempunyai kemurnian Tabel 2 Data hasil pengukuran absorban RNA dengan spektrofotometer UV Sampel A260 [RNA] A260 A (ng/µl) Ary 9cm 0,103 0,051 2, Ary 12cm 0,083 0,042 1, Bal 9cm 0,028 0,017 1, Bal 12cm 0,044 0,021 2, Biji 0,490 0,239 2, yang tinggi, dilihat dari nisbah A260/280 yang mempunyai nilai 1,647-2,050. Namun pada penelitian ini sulit untuk mendapatkan konsentrasi RNA yang besar pada jaringan kulit. Seperti yang dikatakan sebelumnya bahwa jaringan kulit banyak mengandung senyawa polifenol dan polisakarida sehingga menyulitkan dalam isolasi RNA. Konsentrasi RNA yang besar mudah didapatkan dari biji, selain kandungan polifenol dan polisakarida yang lebih sedikit, biji merupakan protein storage sehingga kandungan RNAnya juga besar. RNA dipisahkan dengan elektroforesis gel agarosa guna melihat kualitasnya, selain itu hasil elektroforesis digunakan sebagai kontrol untuk uji ekspresi. Masing-masing RNA di elektroforesis sebanyak 250 ng, untuk mengetahui apakah RNA dari masingmasing sampel mempunyai kualitas dan kuantitas yang sama ketika dielektroforesis. Hal yang perlu diperhatikan dalam uji ekspresi, yaitu pada reaksi RT-PCR, sintesis cdna harus menggunakan konsentrasi RNA yang sama, jika terdapat perbedaan maka bisa mempengaruhi intensitas pita yang terbentuk. Penggunaan konsentrasi RNA yang lebih besar maka dimungkinkan ekspresinya juga akan besar. Hasil elektroforesis dapat di lihat pada Gambar 5. Gambar 5 menunjukkan bahwa RNA dari masing-masing sampel mempunyai intensitas pita yang sama, tetapi hanya RNA kulit klon Ary dengan panjang buah 12 cm yang mempunyai perbedaan intensitas pita. Terlihat bahwa intensitas pita klon tersebut separuh lebih sedikit, sehingga RNA yang diperlukan untuk mensitesis cdna 2 kali lebih besar dibanding dengan yang lainnya. Teknik untuk melihat ekspresi gen dari suatu sel atau jaringan selain dengan RT- PCR dapat dilakukan dengan berbagai macam cara, diantaranya dengan menggunakan teknik Real-Time PCR dan DNA microarray, dengan Real-Time PCR, tingkat ekspresi dapat dilihat secara kuantitatif sedangkan dengan DNA microarray, dalam satu sel dapat terlihat tingkat ekspresi dari berbagai macam gen. Pada penelitian ini tingkat ekspresi gen PIN dapat dilihat dari intensitas pita dalam gel agarosa. Semakin kuat intensitas pita maka semakin kuat pula ekspresi gen tersebut dalam suatu jaringan, jika intensitas pita lemah maka lemah pula ekspresi gen tersebut. Intensitas pita yang terbentuk dapat dikuantifikasi dalam satuan konsentrasi (ng)
6 11 menggunakan program UN-SCAN-IT Gel 6.1. Program ini merupakan alat untuk mengkuantifikasi pita yang terbentuk pada gel agarosa, sehingga dapat diketahui konsentrasinya dengan membandingkan marker sebagai standar yang sudah diketahui konsentrasinya.. Prinsip program ini adalah membandingkan pixel sampel yang terdeteksi dengan pixel standar (marker) lalu dikonversi menjadi satuan konsentrasi dengan persamaan kurva standar. Hasil RT-PCR yang dilakukan dengan menggunakan primer spesifik gen PIN dapat dilihat pada Gambar 5. Pita yang terbentuk kemudian dianalisis dengan program UN- SCAN-IT Gel 6.1. Analisis dengan program ini menghasilkan kurva standar (Lampiran 4) dari marker dengan persamaan y = 9, X + 7,383, dimana y dan X merupakan konsentrasi dan pixel. Selanjutnya Pixel yang dihasilkan dari masing-masing pita sampel dikonversi menjadi konsentrasi dengan menggunakan kurva standar. Konsentrasi yang dihasilkan dari pita hasil elektroforesis berbeda-beda pada tiap sampel. Hasil ini dapat dilihat dalam Tabel 3. Terlihat bahwa jaringan kulit kakao baik dari klon Ary maupun klon Bal keduanya mengekspresikan gen PIN (Gambar 6), namun dilihat dari intensitas pita dan konsentrasi yang berbeda-beda dapat dikatakan bahwa tingkat ekspresi dari kedua klon tidak sama. Ditinjau dari ukuran buah, panjang buah 12 cm mempunyai konsentrasi dan intensitas pita yang lebih kuat dibanding panjang buah 9 cm. Hal ini dapat dikatakan bahwa semakin panjang ukuran buah, ekspresi gen PIN semakin meningkat Gambar 5 Hasil elektroforesis RNA total dari jaringan kulit kakao; Lini 1,3=klon Ary dengan panjang buah 9 dan 12 cm; 2,4=klon Bal dengan panjang buah 9, 12 cm; 5=biji kakao. Tabel 3 Data pixel dan konsentrasi hasil RT-PCR jaringan kulit klon kakao yang dielektroforesis gel agarosa Sampel Pixel Konsentrasi (ng) Ary 9cm 27873,21 267,6002 Bal 12cm 90,00 8,2236 Ary 9cm 47076,49 446,8768 Bal 12cm 11957,86 119,0188 Biji , , M 600bp Gambar 6 Hasil elektroforesis RT-PCR jaringan kulit kakao Lini 1,3=klon Ary dengan panjang buah 9 dan 12 cm; 2,4=klon Bal dengan panjang buah 9, 12 cm; 5=biji kakao, M= marker 100bp. Berdasarkan penelitian ini, ekspresi gen PIN pada klon Ary lebih kuat dibanding klon Bal, dengan kata lain klon kakao yang tahan terhadap PBK mengekspresikan gen PIN yang lebih kuat dibanding klon yang tidak tahan terhadap PBK. Berdasarkan perbedaan ekspresi dari kedua klon, diduga gen PIN mempunyai pengaruh terhadap ketahanan buah kakao yang tahan PBK. SIMPULAN DAN SARAN Gen PIN dari biji kakao telah berhasil diisolasi dibuktikan dengan hasil sekuensing bahwa fragmen gen PIN berukuran 580 bp dan analisis dengan program BLAST ( menandakan bahwa fragmen gen PIN mempunyai homologi yang tinggi dengan gen PIN penyandi protein berukuran 21 kda pada biji kakao. Uji ekspresi gen PIN dari kulit klon kakao tahan dan tidak tahan terhadap PBK dapat disimpulkan bahwa semakin panjang ukuran buah, ekspresi gen PIN semakin meningkat dan secara umum klon kakao
Analisis Sekuen Gen Proteinase Inhibitor (TcPIN) Terkait dengan Ketahanan Terhadap Penggerek Buah Kakao
Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung, 2013 Analisis Sekuen Gen Proteinase Inhibitor (TcPIN) Terkait dengan Ketahanan Terhadap Penggerek Buah Kakao Mayta Novaliza Isda 1 dan Tetty Chaidamsari 2
Lebih terperinciIsolasi Gen Proteinase Inhibitor dari Tanaman Kakao (Theobroma cacao, L.)
Isolasi Gen Proteinase Inhibitor dari Tanaman Kakao (Theobroma cacao, L.) Oleh Mayta Novaliza Isda, Musliar Kasim, Mansyurdin, Tetty Chaidamsari Penggerek Buah Kakao (PBK) merupakan hama utama perkebunan
Lebih terperinciISOLASI DAN UJI EKSPRESI GEN PROTEINASE INHIBITOR (PIN) DARI BUAH KAKAO (Theobroma cacao L.) YUSRON FARIEH
ISOLASI DAN UJI EKSPRESI GEN PROTEINASE INHIBITOR (PIN) DARI BUAH KAKAO (Theobroma cacao L.) YUSRON FARIEH PROGRAM STUDI BIOKIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR
Lebih terperinciIII. BAHAN DAN METODE
III. BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilakukan di Laboratorium BIORIN (Biotechnology Research Indonesian - The Netherlands) Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi IPB. Penelitian
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan dari bulan April 2006 sampai dengan bulan April 2007. Penelitian dilakukan di rumah kaca, laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
ISOLASI TOTAL DNA TUMBUHAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA PHYTOPURE Halaman : 1 dari 5 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan tumbuhan, dapat dari daun, akar, batang,
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
Halaman : 1 dari 5 ISOLASI TOTAL DNA HEWAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan hewan, dapat dari insang, otot, darah atau jaringan
Lebih terperinciPENDAHULUAN TINJAUAN PUSTAKA
PENDAULUAN Asam ribonukleat (RNA) merupakan salah satu biomolekul yang memiliki beberapa fungsi yang berbeda. Salah satu turunan dari RNA adalah ribozim yang mengkatalisis reaksi biokimia sebagaimana kerja
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN IV (ISOLASI RNA DARI TANAMAN) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI RNA DARI TANAMAN TUJUAN Tujuan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap
BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dipaparkan hasil dari tahap-tahap penelitian yang telah dilakukan. Melalui tahapan tersebut diperoleh urutan nukleotida sampel yang positif diabetes dan sampel
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian. Penelitian ini dapat menerangkan
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei penyakit klorosis dan koleksi sampel tanaman tomat sakit dilakukan di sentra produksi tomat di daerah Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Deteksi
Lebih terperinciBab III Bahan dan Metode III.1 Bahan III. 2 Alat
Bab III Bahan dan Metode III.1 Bahan Pada penelitian ini, sampel yang digunakan dalam penelitian, adalah cacing tanah spesies L. rubellus yang berasal dari peternakan cacing tanah lokal di Sekeloa, Bandung.
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar, langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah HVI mtdna
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
Lebih terperinciPengujian DNA, Prinsip Umum
Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian berbasis DNA dalam pengujian mutu benih memang saat ini belum diregulasikan sebagai salah satu standar kelulusan benih dalam proses sertifikasi. Dalam ISTA Rules,
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and
23 BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jl. Salemba
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian, sehingga dapat menerangkan arti
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur
20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling
16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu
BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi
Lebih terperinciBAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel
16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik
Lebih terperinciHasil dan Pembahasan
Bab IV Hasil dan Pembahasan Lumbrokinase merupakan enzim fibrinolitik yang berasal dari cacing tanah L. rubellus. Enzim ini dapat digunakan dalam pengobatan penyakit stroke. Penelitian mengenai lumbrokinase,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah D-loop
Lebih terperinciPembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri. Isolasi DNA kromosom bakteri. Kloning DNA
LAMPIRAN 15 15 Lampiran 1 Tahapan penelitian Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri Isolasi DNA kromosom bakteri Pemotongan DNA dengan enzim restriksi Kloning DNA Isolasi DNA plasmid hasil
Lebih terperinciIII. Bahan dan Metode
III. Bahan dan Metode A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan selama 3 bulan dari bulan Mei-Juli 2011 yang dilakukan di LPPT UGM Yogyakarta. B. Bahan Penelitian Sampel yang digunakan
Lebih terperinciAsam Asetat Glacial = 5,7 ml EDTA 0,5 M ph 8.0 = 10 ml Aquades ditambahkan hingga volume larutan 100 ml
36 Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. Pembuatan Larutan Stok Tris HCL 1 M ph 8.0 (100 ml) : Timbang Tris sebanyak 12,114 g. Masukkan Tris ke dalam Erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades.
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
24 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Objek Penelitian Empat spesies burung anggota Famili
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan berdasarkan haplotipe
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Autentikasi Bahan Baku Ikan Tuna (Thunnus sp.) dalam Rangka Peningkatan Keamanan Pangan dengan Metode Berbasis DNA dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Isolasi DNA dari Daun, Bunga, dan Buah Kelapa Sawit
8 berukuran kurang dari 400 bp maka harus ditambah isopropanol satu volume. Larutan ditransfer ke kolom Axyprep yang ditempatkan dalam tabung mikro 2 ml kemudian disentrifugasi ±13500 g selama 2 menit
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. (a)
8 tampak diskor secara manual. Kriteria penskoran berdasarkan muncul tidaknya lokus, lokus yang muncul diberi skor 1 dan yang tidak muncul diberi skor 0. Data biner yang diperoleh selanjutnya diolah menjadi
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
Lebih terperinci4. HASIL DAN PEMBAHASAN
29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk
Lebih terperinciMETODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian
14 METODOLOGI PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Tempat penelitian dilakukan di Laboratorium Unit Pelayanan Mikrobiologi Terpadu, Bagian Mikrobiologi Kesehatan, Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal.
HASIL DAN PEMBAHASAN Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal. Dalam perkembangannya, organ reproduktif mengalami perubahan yang mengakibatkan terjadinya perbedaan fenotipe antara kelapa
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian dilakukan selama bulan Januari hingga April 2010 bertempat di Laboratorium Karakteristik Bahan Baku, Departemen Teknologi Hasil Perairan, Fakultas Perikanan
Lebih terperinciLAMPIRAN. Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer 1. Pembuatan Larutan Stok a. CTAB 5 % Larutan dibuat dengan melarutkan : - NaCl : 2.0 gr - CTAB : 5.0 gr - Aquades : 100 ml b. Tris HCl
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan
Lebih terperinciLAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM)
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DNA GENOM TUJUAN 16s rrna. Praktikum
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh
Lebih terperinci1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil. Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan
Lampiran 1. Data dan analisis karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah. 1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan
30 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan menggunakan primer NA. Primer NA dipilih karena protein neuraminidase,
Lebih terperinciREVERSE TRANSKRIPSI. RESUME UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH Genetika I Yang dibina oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd. Oleh
REVERSE TRANSKRIPSI RESUME UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH Genetika I Yang dibina oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd Oleh UNIVERSITAS NEGERI MALANG FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM JURUSAN
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciII. MATERI DAN METODE. Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di
II. MATERI DAN METODE 2.1 Waktu dan Tempat Penelitian Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di enam desa yaitu tiga desa di Kecamatan Grokgak dan tiga desa di Kecamatan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Kualitas DNA
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Sumber DNA pada Aves biasanya berasal dari darah. Selain itu bulu juga dapat dijadikan sebagai alternatif sumber DNA. Hal ini karena pada sebagian jenis Aves memiliki pembuluh
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi enzim fibrinolitik Cacing tanah P. excavatus merupakan jenis cacing tanah yang agresif dan tahan akan kondisi pemeliharaan yang ekstrim. Pemeliharaan P. excavatus dilakukan
Lebih terperinci3 Metodologi Penelitian
3 Metodologi Penelitian 3.1 Alat Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Penelitian Biokimia, Program Studi Kimia, Institut Teknologi Bandung. Peralatan yang digunakan pada penelitian ini diantaranya
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
22 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Lokasi dan Waktu Penelitian 1. Lokasi Penelitian Penelitian
Lebih terperinciElektroforesis Hasil Amplifikasi Analisis Segregasi Marka SSR Amplifikasi DNA Kelapa Sawit dengan Primer Mikrosatelit HASIL DAN PEMBAHASAN
11 annealing yang tepat dengan mengatur reaksi pada berbagai suhu dalam satu reaksi sekaligus sehingga lebih efektif dan efisien. Proses optimasi dilakukan menggunakan satu sampel DNA kelapa sawit yaitu
Lebih terperinciGambar 2 Vektor pengklonan pgem T Easy
BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan dari bulan September 2007 sampai dengan bulan April 2008. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan Laboratorium
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
Lebih terperinciEKSTRAKSI DNA. 13 Juni 2016
EKSTRAKSI DNA 13 Juni 2016 Pendahuluan DNA: polimer untai ganda yg tersusun dari deoksiribonukleotida (dari basa purin atau pirimidin, gula pentosa,dan fosfat). Basa purin: A,G Basa pirimidin: C,T DNA
Lebih terperinciVII. UJI EKSPRESI GEN TcAP1 (APETALA1 KAKAO) PADA TANAMAN MODEL. Abstrak
VII. UJI EKSPRESI GEN TcAP1 (APETALA1 KAKAO) PADA TANAMAN MODEL Abstrak Pada berbagai spesies termasuk kakao, gen AP1 (APETALA1) diketahui sebagai gen penanda pembungaan yang mengendalikan terbentuknya
Lebih terperinciKolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria
Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria Ria Maria (G34090088), Achmad Farajallah, Maria Ulfah. 2012. Karakterisasi Single Nucleotide Polymorphism Gen CAST pada Ras Ayam Lokal. Makalah Kolokium
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE,
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE, NIPPONBARE, DAN BATUTEGI Isolasi DNA genom padi dari organ daun padi (Oryza sativa L.) kultivar Rojolele, Nipponbare,
Lebih terperinciIII. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk
27 III. METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen STX1A. 3.2 Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian
Lebih terperinciMetodologi Penelitian. Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini.
Bab III Metodologi Penelitian Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini. III.1 Rancangan Penelitian Secara garis besar tahapan penelitian dijelaskan pada diagram
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif
Lebih terperinciPRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas
PRAKATA Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas segala nikmat dan karunia-nya, penulisan Tugas Akhir dengan judul Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode deskriptif (Nazir, 1983). B. Populasi dan Sampel Populasi dalam penelitian ini adalah
Lebih terperinciSINTESIS cdna DAN DETEKSI FRAGMEN GEN EF1-a1 PADA BUNGA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.)
SINTESIS cdna DAN DETEKSI FRAGMEN GEN EF1-a1 PADA BUNGA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.) SKRIPSI Diajukan untuk memenuhi salah satu syarat mencapai derajat Sarjana Sains (S.Si) pada Jurusan Biologi
Lebih terperinciLAMPIRAN. Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. LARUTAN STOK CTAB 5 % (100 ml) - Ditimbang NaCl sebanyak 2.0 gram - Ditimbang CTAB sebanyak 5.0 gram. - Dimasukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi Fragmen DNA Penyandi CcGH Mature Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna GH ikan mas telah berhasil diisolasi. Hal ini ditunjukkan dengan adanya pita DNA pada ukuran
Lebih terperinciBAB II TINJAUAN PUSTAKA
4 BAB II TINJAUAN PUSTAKA A. Babi Babi adalah sejenis hewan ungulata yang bermoncong panjang dan berhidung leper dan merupakan hewan yang aslinya berasal dari Eurasia. Didalam Al-Qur an tertera dengan
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI TEKNIK PCR OVERLAPPING 1. Sintesis dan amplifikasi fragmen ekson 1 dan 2 gen tat HIV-1 Visualisasi gel elektroforesis
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN
III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan November 2007 hingga Juli 2009, bertempat di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik Departemen
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Uji Kuantitas DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan Spektrofotometer Pengujian kualitas DNA udang jari (Metapenaeus
Lebih terperinciTOPIK HIDAYAT dan ANA RATNA WULAN ABSTRAK ABSTRACT
BEBERAPA MODIFIKASI PERLAKUAN UNTUK MENGEKSTRAKSI DNA DARI BAHAN HERBARIUM (Several modifications of treatment in extracting DNA from herbarium material) TOPIK HIDAYAT dan ANA RATNA WULAN Jurusan Pendidikan
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN Waktu dan Tempat Penelitian Bahan Metode penelitian Isolasi RNA total
METODE PENELITIAN Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilakukan mulai bulan Februari 2005 hingga bulan Maret 2008 di Laboratorium Biologi Molekuler dan Seluler Tanaman dan Laboratorium BIORIN (Biotechnology
Lebih terperinciBAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
20 BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Desain Penelitian Penelitian ini bersifat deskriptif cross sectional molekuler. Data yang diperoleh berasal dari pemeriksaan langsung yang dilakukan peneliti sebanyak
Lebih terperinciSaintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf
Saintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf Staf Pengajar Jurusan Kesehatan Masyarakat FIKK Universitas Negeri Gorontalo Abstrak (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah
Lebih terperincibio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian
III. METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian 1.1. Peralatan Penelitian Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, beaker glass, cool box, labu
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN bp bp bp
HASIL DAN PEBAHASAN Purifikasi dan Pengujian Produk PCR (Stilbena Sintase) Purifikasi ini menggunakan high pure plasmid isolation kit dari Invitrogen. Percobaan dilakukan sesuai dengan prosedur yang terdapat
Lebih terperinciIII. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk
56 III. METODOLOGI PENELITIAN A. Rancangan Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen FNBP1L. B. Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. mengekstraksi DNA dari dari beberapa spesimen herbarium Rafflesia arnoldii
21 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kuantitatif untuk mengekstraksi DNA dari dari beberapa spesimen herbarium Rafflesia arnoldii R.Br dan Rafflesia
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Preparasi dan Karakteristik Bahan Baku Produk tuna steak dikemas dengan plastik dalam keadaan vakum. Pengemasan dengan bahan pengemas yang cocok sangat bermanfaat untuk mencegah
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini adalah penelitian deskriptif kualitatif untuk mengetahui
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini adalah penelitian deskriptif kualitatif untuk mengetahui variasi genetik beberapa varietas mangga berdasarkan RAPD (Random Amplified Polymorphic
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian deskriptif. Penelitian deskriptif adalah penelitian yang mendeskripsikan suatu gambaran yang sistematis dengan
Lebih terperinci4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel
7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan
Lebih terperinciMETODOLOGI. Waktu dan Tempat Penelitian. Bahan dan Alat. Cara Kerja
17 METODOLOGI Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilakukan dari bulan Agustus 2011 sampai Maret 2012 di Laboratorium Biokatalis dan Fermentasi pada Pusat Penelitian Bioteknologi Lembaga Ilmu Pengetahuan
Lebih terperinciSeminar Nasional Biologi 2010 SB/P/BF/08 GREEN FLUORESCENT PROTEIN PADA UBUR-UBUR LOKAL SEBAGAI ALTERNATIF MARKA DNA Cahya Kurnia Fusianto 1, Zulfikar Achmad Tanjung 1,Nugroho Aminjoyo 1, dan Endang Semiarti
Lebih terperinciPengujian Inhibisi RNA Helikase Virus Hepatitis C (Utama et al. 2000) HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil Ekspresi dan Purifikasi RNA
8 kromatografi kemudian diuji aktivitas inhibisinya dengan metode kolorimetri ATPase assay. Beberapa fraksi yang memiliki aktivitas inhibisi yang tinggi digunakan untuk tahapan selanjutnya (Lampiran 3).
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Metode penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran, atau lukisan secara
Lebih terperinciPOLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Disusun oleh: Hanif Wahyuni (1210411003) Prayoga Wibhawa Nu Tursedhi Dina Putri Salim (1210412032) (1210413031) SEJARAH Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1985
Lebih terperinciMetode-metode dalam biologi molekuler : isolasi DNA, PCR, kloning, dan ELISA
Metode-metode dalam biologi molekuler : isolasi DNA, PCR, kloning, dan ELISA Dr. Syazili Mustofa, M.Biomed Lektor mata kuliah ilmu biomedik Departemen Biokimia, Biologi Molekuler, dan Fisiologi Fakultas
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Isolasi Promoter -Aktin Ikan Mas Promoter -Aktin dari ikan mas diisolasi dengan menggunakan metode PCR dengan primer yang dibuat berdasarkan data yang ada di Bank Gen. Panjang
Lebih terperinciGambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.]
Gambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.] Gambar 2. Struktur organisasi promoter pada organisme eukariot [Sumber: Gilbert 1997: 1.] Gambar 3.
Lebih terperinciISOLASI DAN KARAKTERISASI FRAGMEN GEN LEAFY DARI BANTALAN BUNGA KAKAO RATNA DEWI ESKUNDARI
ISOLASI DAN KARAKTERISASI FRAGMEN GEN LEAFY DARI BANTALAN BUNGA KAKAO RATNA DEWI ESKUNDARI DEPARTEMEN BIOKIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2010 ABSTRAK
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Amplifikasi Gen Mx Amplifikasi gen Mx telah berhasil dilakukan. Hasil amplifikasi gen Mx divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita yang
Lebih terperinci