4 Hasil dan Pembahasan

Ukuran: px
Mulai penontonan dengan halaman:

Download "4 Hasil dan Pembahasan"

Transkripsi

1 4 Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dipaparkan hasil dari tahap-tahap penelitian yang telah dilakukan. Melalui tahapan tersebut diperoleh urutan nukleotida sampel yang positif diabetes dan sampel yang negatif dengan panjang fragmen pasang basa. Pembahasan dimulai dengan penyiapan templat DNA, hasil PCR, dan hasil sequencing. Selanjutnya dilakukan analisis terhadap hasil sequencing dengan melakukan perbandingan terhadap urutan nukleotida standar CRS dan data yang sudah dipublikasikan dalam Mitomap. 4.1 Pengambilan sampel Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi mengenai kaitan antara DNA mitokondria pada sampel Diabetes Mellitus (DM) yang ada di laboratorium Biokimia ITB. Secara umum untuk menganalisis mutasi pada DNA mitokondria yang berkaitan dengan penyakit, biasanya dilakukan pengambilan sampel dari sel darah putih, jaringan otot (secara biopsi), plasenta, ataupun jaringan lain yang terlibat dalam penyakit tersebut. Pengambilan sampel DNA mitokondria dari sel darah pun dilaporkan lebih mudah untuk dianalisis mutasinya terutama jika sifat DNA mitokondria individu tersebut bersifat heteroplasmi. Akan tetapi, pengambilan sampel dari sel darah ataupun jaringan dalam tubuh dengan cara biopsi tentu menyakitkan bagi penderita. Oleh karena itu, untuk mempermudah penyiapan templat DNA yang tidak menyakitkan, dapat diterapkan pada setiap orang, serta sampel tersebut cukup stabil pada suhu kamar untuk jangka waktu tertentu, maka dilakukan pengambilan sampel dari sel epitel rongga mulut manusia (Noer et al., 1997). Pengambilan sampel dari sel epitel mulut ini diasumsikan memiliki mutasi mtdna yang sama dengan mutasi mtdna pada jaringan lain terutama sel beta-pankreas, sehingga diharapkan jika ditemukan terdapat mutasi pada sel epitel mulut akan sama mutasinya dengan yang terjadi pada sel beta-pankreas individu tersebut. Selain itu, amplifikasi fragmen-b (daerah ) pada mtdna dari sampel sel epitel mulut juga belum pernah dilaporkan menghasilkan hasil amplifikasi yang berhasil dan konsisten. Adapun keberhasilan amplifikasi sel epitel mulut pada fragmen-b ini jika dilakukan isolasi DNA mitokondria

2 terlebih dahulu. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan amplifikasi fragmen-b mtdna yang diperoleh melalui metode lisis sel epitel mulut (Noer et al., 1997). 4.2 Hasil Lisis Sel Pengambilan sampel dari sel epitel mulut dilakukan menggunakan metode kertas saring, yaitu diharapkan sel epitel mulut akan menempel pada kertas saring yang ditempel dan ditekan ke atas rongga mulut. Perlakuan sampel sel epitel mulut selanjutnya dilakukan dengan metode lisis sel untuk mendapatkan DNA mitokondria. Lisis sel ini bertujuan untuk memecah dinding sel dan mengeluarkan seluruh isi sel termasuk DNA. Pemecahan dinding sel epitel ini dilakukan menggunakan bufer lisis yang di dalamnya mengandung Tween-20 (Merck). Tween-20 merupakan deterjen non-ionik yang akan membentuk micelles di dalam larutannya. Struktur Tween-20 yang berbentuk misel ini berarti memiliki bagian hidrofob yang tersusun dari senyawa hidrokarbon dengan rantai yang cukup panjang, dan bagian hidrofilik yang tersusun oleh senyawa ester atau alkohol. Senyawa fosfolipid yang berada dalam sel akan larut dalam misel Tween-20 ini karena adanya interaksi dari bagian hidrofilik misel dengan senyawa fosfolipid tersebut. Untuk merusak struktur membran sel dilakukan dengan menambahkan enzim proteinase-k yang aktif bekerja pada suhu 54 O C, sehingga waktu inkubasi dilakukan pada suhu ini selama satu jam. Penambahan enzim proteinase-k ini berfungsi untuk mendegradasi enzim-enzim DNAse dan protein lainnya untuk menghindari degradasi DNA terutama DNA mitokondria pada larutan sampel. Deaktivasi enzim proteinase-k dilakukan pada suhu 95 O C selama 15 menit, lalu dilakukan sentrifugasi sehingga ekstrak DNA mitokondria hasil lisis akan berada dalam supernatan dan dapat langsung digunakan sebagai templat untuk amplifikasi (Noer et al., 1994). Templat mtdna yang berada di supernatan dipisahkan ke dalam tabung aliquot baru untuk menghindari bercampurnya kembali DNA dengan molekul lainnya. Templat kemudian dapat disimpan pada freezer suhu -20 O C. 4.3 Fragmen 1,8 kb Hasil Amplifikasi PCR Perbanyakan DNA atau amplifikasi DNA secara in vitro dilakukan dengan metode PCR. Siklus PCR pada penelitian ini meliputi tiga tahap yaitu tahap denaturasi awal (inisiasi), tahap perpanjangan (ekstensi), dan tahap pemantapan. Tahap denaturasi bertujuan untuk melepaskan 37

3 semua ikatan hidrogen yang menghubungkan dua untai DNA sehingga menghasilkan untai DNA tunggal. Tahap annealing yang suhunya lebih rendah dibanding denaturasi ini berbedabeda untuk tiap primer yang digunakan. Pada penelitian kali ini dengan menggunakan primer Bfor dan Brev maka suhu annealing yang digunakan adalah pada suhu 53 O C. Setelah tahap perpanjangan rantai, dilakukan tahap pemantapan untuk meyakinkan bahwa untai tunggal DNA yang tersisa sudah teramplifikasi. Setiap melakukan reaksi PCR maka dibutuhkan komponen atau reagen PCR, dan keberhasilan PCR ini ditentukan dari komposisi komponen atau reagen PCR tersebut. Campuran dari semua reagen PCR yang dibutuhkan dalam setiap kali reaksi PCR seringkali disebut mastermix. Untuk mendapatkan fragmen hasil amplifikasi yang diinginkan yang artinya proses perbanyakan berhasil dilakukan, maka komponen PCR harus dipastikan sudah berada dalam campuran atau master-mix tadi. Masing-masing komponen memiliki komposisi tertentu dalam setiap campuran bahkan komposisi templat yang juga harus sesuai agar hasil amplifikasi yang diperoleh optimal. Pada dasarnya sudah terdapat komposisi tertentu untuk melakukan satu kali reaksi PCR. Akan tetapi, untuk mendapatkan hasil yang optimal dibutuhkan optimasi terhadap masing-masing komponen PCR yang ada. Optimasi komponen PCR pada penelitian ini dirasakan perlu karena pada penelitian sebelumnya amplifikasi DNA mitokondria dari sel epitel mulut yang dilaporkan belum menghasilkan satu pita fragmen yang konsisten. Optimasi yang sempat dilakukan adalah konsentrasi ion Mg 2+ dalam larutan MgCl 2 karena ion Mg 2+ merupakan kofaktor enzim yang dapat meningkatkan kinerja enzim Taq polimerase. Akan tetapi, penggunaan konsentrasi yang terlalu tinggi juga tidak diperoleh satu pita fragmen hasil amplifikasi yang optimal sehingga ditentukan konsentrasi ion Mg 2+ 2,5 mm untuk tiap reaksi PCR yang dilakukan. Selain optimasi konsentrasi Mg 2+ (dalam MgCl 2 ), dilakukan juga optimasi jumlah templat yang diamplifikasi. Penggunaan konsentrasi templat yang berlebih ternyata menimbulkan pita fragmen hasil PCR yang tidak jelas dan mendatar tetapi pita yang smear. Hal ini dapat terjadi dimungkinkan karena templat yang berlebih ketika diamplifikasi maka akan menghasilkan jumlah molekul DNA yang sangat banyak sehingga pita fragmen terlihat menjadi smear. Selain diperoleh pita yang smear, peningkatan jumlah templat juga menyebabkan proses amplifikasi justru tidak berhasil. Hal ini dapat terjadi karena kemungkinan templat yang justru dapat menjadi inhibitor reaksi PCR ketika jumlah DNA pada templatnya terlalu banyak. Komponen penting lain yang juga berbeda untuk tiap reaksi PCR adalah penggunaan primer. Oleh karena penelitian ini adalah untuk mendeteksi adanya mutasi pada posisi 3243, maka amplifikasi dilakukan pada daerah tersebut yaitu daerah menggunakan primer Bfor 38

4 dan Brev. Kedua primer akan menempel pada ujung-ujung fragmen tersebut dengan sisi penempelan mtdna yang berkebalikan dan akan memperpanjang kedua fragmen dengan arah yang berlawanan. Setelah melalui optimasi yang telah dilakukan, termasuk penggunaan primer yang tepat, maka dapat disimpulkan bahwa proses amplifikasi fragmen-b mtdna menggunakan metode PCR berhasil dilakukan dan memiliki peranan penting dalam penelitian selanjutnya terhadap DNA mitokondria. Metode PCR ini memiliki kelebihan dibandingkan metode rekombinan, yaitu hanya membutuhkan sampel dalam jumlah sedikit. Namun perlu diketahui bahwa urutan asam amino pada ujung segmen mtdna akan digunakan sebagai primer dan membutuhkan kriteria khusus untuk primer yang digunakan di antaranya: (1) jumlah G-C lebih besar dibanding jumlah A-T; (2) harus terletak pada arah yang benar; (3) ujung 3 harus G atau C; (5) diusahakan primer tersebut tidak mempunyai komplemen di untai lain selain untai awal; (6) ujung-ujung jangan saling berkomplemen untuk menghindari terbentuknya polindron atau loop. 4.4 Analisis Hasil PCR Hasil PCR kemudian dianalisis menggunakan metode elektroforesis gel agarosa dan visualisasinya dapat dilihat di bawah sinar UV. Metode ini mampu memperlihatkan ukuran fragmen hasil PCR yang diperoleh dalam penelitian. Untuk menentukan ukuran hasil PCR digunakan penanda (marker) puc19/hinfi dengan ukuran pasang basa tertentu. Proses amplifikasi dinyatakan berhasil jika kontrol positif memberikan hasil positif yaitu adanya satu pita fragmen pada ukuran 1,8 kb dan sampel yang juga menghasilkan pita pada ukuran 1,8 kb serta kontrol negatif memberikan hasil negatif yaitu tidak adanya pita pada gel (Gambar 4.1). Gambar 4. 1 Elektroforesis gel agarosa hasil amplifikasi fragmen-b mtdna Sumur sebelum nomor 1 merupakan sumur penanda puc19/hinfi dengan ukuran-ukuran tersebut. Satu pita hasil amplifikasi pada kontrol positif (1) dan sampel (2) dengan ukuran 1,8 kb. Kontrol negatif tidak memberikan pita. 39

5 Gambar 4.1 merupakan foto hasil elektroforesis gel agarosa terhadap satu sampel yang negatif Diabetes Mellitus (DM). Pada gambar tersebut dapat dilihat bahwa baik kontrol positif dan sampel negatif-diabetes menghasilkan satu pita berukuran 1,8 kb dan kontrol negatif yang tidak menghasilkan pita. Kontrol positif ini digunakan sebagai pembanding apabila tidak diperoleh pita pada sampel dengan ukuran yang diinginkan, sementara kontrol negatif yang tidak menghasilkan pita mengindikasikan bahwa pita pada sampel bukan berasal dari kontaminan. Setelah menganalisis hasil elektroforesis ini, maka dapat disimpulkan bahwa penelitian kali ini berhasil melakukan perbanyakan DNA mitokondria pada fragmen-b ( ) dari sampel sel epitel mulut dan menghasilkan satu pita. Selain itu, metode lisis dari sel epitel mulut tanpa adanya isolasi DNA mitokondria juga berhasil dilakukan. Setelah berhasil mendapatkan satu pita fragmen-b mtdna pada sampel negatif-diabetes, maka penelitian selanjutnya adalah untuk mengamplifikasi fragmen-b pada sampel yang positif diabetes. Satu pita fragmen hasil amplifikasi pada sampel tersebut sesuai dengan yang diinginkan, yaitu mengamplifikasi daerah fragmen-b pada DNA mitokondria atau daerah yang diperlukan untuk mengetahui mutasi yang terjadi pada posisi Satu pita pada hasil elektroforesis merupakan visualisasi dari skema fragmen-b pada mitokondria seperti pada Gambar 4.2. Gambar 4. 2 Skema amplifikasi fragmen-b DNA mitokondria Satu pita fragmen yang terlihat dari hasil elektroforesis merupakan visualisasi dari skema amplifikasi fragmen-b mtdna seperti di atas, sehingga berhasil menghasilkan fragmen berukuran 1,8 kb. Fragmen ini merupakan fragmen yang diinginkan untuk menganalisis daerah mutasi pada posisi Sampel positif-diabetes (sampel DM) juga menggunakan metode lisis dan kondisi PCR yang sama dengan sampel negatif-diabetes sebelumnya, dan menghasilkan hasil yang sama dengan sampel sebelumnya. Hasil elektroforesis sampel positif-diabetes (sampel DM) ini dapat dilihat pada Gambar 4.3 yang menunjukkan bahwa hasil amplifikasi fragmen-b mtdna dari sel epitel mulut pada sampel DM telah berhasil dilakukan. Hal ini ditandai dengan munculnya satu pita pada lajur (1) kontrol positif, lajur (2) sampel negatif-diabetes, dan lajur (4) sampel DM serta tidak adanya pita pada lajur (3) yang menandakan bahwa pita tersebut bukanlah berasal dari kontaminan. 40

6 Gambar 4. 3 Elektroforesis hasil amplifikasi fragmen-b mtdna pada sampel diabetes Sumur sebelum nomor 1 merupakan penanda puc19/hinfi, terlihat bahwa kontrol positif (1), sampel negatif-diabetes (2), dan sampel DM (4) menghasilkan satu pita pada posisi 1,8 kb. Sementara pada kontrol negatif (3) tidak menghasilkan pita. 4.5 Hasil Sequencing dan Urutan Nukleotida Sampel Setelah berhasil dilakukan amplifikasi atau perbanyakan sampel DM yang ada di laboratorium Biokimia ITB dan divisualisasikan melalui elektroforesis gel agarosa yang mengindikasikan bahwa hasil PCR berhasil mengamplifikasi fragmen-b berukuran 1,8 kb, maka sampel hasil PCR tersebut kemudian diproses dengan sequencing. Proses sequencing ini bertujuan untuk menganalisis urutan nukleotida sampel DM dan sampel negatif-diabetes yang selanjutnya akan dibandingkan dengan urutan nukleotida standar CRS. Proses sequencing ini dilakukan oleh Macrogen Inc. dan hasil yang diperoleh berupa elektroforegram sampel pada penelitian ini (Gambar 4.4). Pada proses sequencing untuk sampel-sampel kali ini digunakan primer yang berbeda dengan primer yang sebelumnya digunakan untuk amplifikasi. Primer yang digunakan untuk sequencing kali ini adalah 5F dengan posisi ( ). Tujuan dari penggunaan primer 5F ini adalah untuk mempermudah analisis daerah mutasi yang diamplifikasi dengan ukuran fragmen yang disequencing adalah sekitar pb. 41

7 Gambar 4. 4 Elektroforegram hasil sequencing sampel diabetes Elektroforegram yang merupakan representasi urutan nukleotida sampel. Kurva berwarna hijau menunjukkan basa adenin (A), kurva berwarna hitam menunjukkan basa guanin (G), kurva berwarna merah menunjukkan basa timin (T), dan kurva berwarna biru menunjukkan basa sitosin (C). Perbedaan warna puncak-puncak pada elektroforegram di atas menandakan adanya perbedaan jenis basanya. Satu warna puncak elektroforegram mewakili satu basa yang memiliki intensitas berbeda-beda dan dengan notasi yang berbeda-beda, yaitu notasi A untuk basa adenin; C untuk basa sitosin; T untuk basa timin; dan G untuk basa guanin. Sementara untuk notasi N memiliki arti bahwa puncak tersebut tidak jelas akibat bertumpuknya beberapa puncak pada satu posisi atau terlalu rendahnya puncak yang dihasilkan dari nukleotida tersebut. Akan tetapi, dengan melihat puncak elektroforegram untuk notasi N ini dapat diperbaiki dan diganti secara manual dengan notasi yang sesuai. Selain itu, pada Gambar 4.4 dapat dilihat bahwa tinggi puncak untuk setiap nukleotida berbeda-beda karena jumlah molekul DNA mitokondria yang sangat banyak dalam satu sel. Interpretasi dari tinggi atau rendahnya suatu puncak adalah bahwa puncak yang rendah menunjukkan nukleotida dengan jumlah yang sedikit atau minoritas, sedangkan puncak yang tinggi menunjukkan jumlah nukleotida yang banyak atau mayoritas. Elektroforegram sampel pada Gambar 4.4 yang diperoleh merupakan representasi dari urutan nukleotida secara keseluruhan. Urutan nukleotida sampel berukuran 850 pb yang sebenarnya diperoleh adalah dalam bentuk file *.ab1 dan dapat dilihat dengan menggunakan program EditSeq TM pada Gambar

8 Gambar 4. 5 Urutan nukleotida sampel positif-diabetes (sampel DM) Urutan nukleotida sampel berukuran 850 nukleotida berupa teks file *.ab1 dan dilihat menggunakan program EditSeq TM DNASTAR. 4.6 Mutasi pada Sampel Mutasi yang dibahas dalam penelitian ini merupakan mutasi pada daerah pengode, yaitu pengode gen trna yang memiliki kemungkinan diiringi dengan pengubahan sifat dan fungsi mitokondria tersebut. Mutasi yang terjadi pada sampel merupakan mutasi yang berkaitan dengan suatu penyakit mitochondrial disease Diabetes and Deafness. Publikasi mengenai mutasi penyebab penyakit Maternally Inherited Diabetes and Deafness (MIDD) ini sudah ada di Mitomap beserta referensi-referensinya. Untuk menganalisis mutasi yang terjadi pada sampel dilakukan perbandingan dengan urutan nukleotida dan elektroforegram sampel terhadap standar CRS menggunakan program komputer Seqman (DNASTAR). Pada penelitian ini akan dilihat apakah terjadi mutasi pada posisi 3243 dari basa A ke G. Jenis mutasi A ke G ini merupakan jenis mutasi substitusi transisi karena terjadi substitusi basa purin adenin (A) ke basa purin guanin (G). Hasil analisis secara keseluruhan menunjukkan bahwa pada sampel negatif-diabetes tidak terdapat mutasi pada daerah , terutama posisi 3243 yang diduga sebagai mutasi titik penyebab Maternally Inherited Diabetes and Deafness. Setelah itu, dilakukan analisis urutan nukleotida terhadap sampel positif-diabetes (sampel DM) dengan urutan standar CRS dan sampel negatif-diabetes, yang ditunjukkan pada Gambar 4.6. Hasil analisis sampel positif-diabetes (sampel DM) terhadap urutan CRS dan 43

9 terhadap sampel negatif-diabetes menunjukkan bahwa tidak terjadi mutasi pada posisi 3243 dari basa A ke G seperti yang terlihat pada Gambar 4.6 yang dilingkari oleh tanda merah. Oleh karena itu, disimpulkan bahwa pada sampel DM yang ada di laboratorium, penyakit Diabetes Mellitus yang diderita individu tersebut tidak ada kaitannya dengan mutasi A3243G penyebab Maternally Inherited Diabetes and Deafness. Gambar 4. 6 Hasil elektroforegram sampel DM Hasil elektroforegram pada sampel positif-diabetes (sampel DM) menunjukkan bahwa pada posisi 3243 tidak terjadi mutasi dari basa A ke basa G. Analisis tetap dilanjutkan pada daerah untuk sampel DM dan ternyata ditemukan mutasi pada posisi 3606, yaitu mutasi jenis substitusi transisi dari basa A ke basa G. Mutasi ini terjadi pada gen trna Leu, dan asam amino Leusin yang dibawa oleh trna ini merupakan salah satu asam amino penyusun enzim ND1 (NADH Dehidrogenase subunit I). Sehingga jika terjadi perubahan asam amino Leu penyusun enzim ND1, diduga terjadi perubahan struktur enzim dan akhirnya mengubah enzim ND1 tersebut. Mutasi A3606G yang terdeteksi ini dapat dilihat dari elektroforegram pada Gambar

10 Gambar 4. 7 Hasil elektroforegram sampel DM Hasil analisis selanjutnya pada sampel positif-diabetes (sampel DM) ditemukan adanya mutasi pada posisi 3606 dari basa A ke basa G. Mutasi A3606G ini merupakan mutasi yang terjadi pada gen trna Leu. Seperti yang telah dipaparkan bahwa enzim NADH Dehidrogenase subunit 1 ini merupakan enzim yang terlibat pada sistem respirasi sel di mitokondria dan berpengaruh pada sekresi insulin pada sel beta pankreas manusia. Secara keseluruhan bahwa mutasi A3606G pada trna Leu ini yang berhubungan dengan enzim NADH Dehidrogenase subunit 1, diduga memiliki kaitannya dengan sekresi insulin pada sel beta-pankreas. Telah ada laporan atau publikasi sebelumnya di tahun 2007 oleh peneliti China mengenai mutasi A3606G ini. Pada publikasi tersebut dilaporkan bahwa mutasi A3606G telah ditemukan pada populasi Han di China yang juga menderita Diabetes Mellitus tipe-2 (Liu, Song-Mei, et al., 2007). Walaupun mutasi A3606G yang ditemukan pada sampel DM dalam penelitian ini serupa dengan mutasi yang terjadi penderita Diabetes Mellitus tipe-2 di China, akan tetapi mutasi A3606G ini terbilang merupakan mutasi baru yang pernah dilaporkan terjadi pada penderita diabetes di Indonesia. Hal ini karena belum ada laporan mengenai mutasi A3606G pada DNA mitokondria untuk penderita diabetes di Indonesia terutama pada populasi suku Sunda. Oleh karena itu, mutasi A3606G yang ditemukan pada sampel DM di Laboratorium Biokimia ITB ini diduga memiliki kaitan dengan penyakit Diabetes Mellitus yang diderita oleh individu tersebut. Mutasi A3606G yang ditemukan pada populasi di China ini telah dilaporkan di GenBank dengan kode akses DQ092356, DQ473644, dan DQ (Liu, Song-Mei, et al., 2007). Akan tetapi, mutasi ini belum dilaporkan pada basis data Mitomap sebagai mutasi yang berhubungan dengan penyakit Diabetes Mellitus. 45

11 4.7 Perbandingan Mutasi Sampel dengan Data Mitomap Selain dilakukan perbandingan dengan standar CRS, urutan nukleotida sampel DM ini kemudian dibandingkan dengan data Mitomap. Setelah dilakukan pencarian data mutasi substitusi yang berkaitan dengan penyakit pada Mitomap, ternyata tidak terdapat dalam basis data tersebut. Oleh karena mutasi A3606G ini tidak terdapat dalam basis data di Mitomap (Gambar 4.9), sehingga dapat dikatakan bahwa mutasi tersebut belum dilaporkan. Tampilan Mitomap pada situs dengan tanggal akses 7 Juni 2008 mengenai mutasi yang berkaitan dengan penyakit dapat dilihat pada Gambar 4.8 dan Gambar 4.9. Gambar 4. 8 Contoh tampilan Mitomap Contoh tampilan Mitomap tentang mutasi mtdna (substitusi nukleotida) yang berhubungan dengan penyakit dengan perubahan terakhir 2 Juni 2008 dan tanggal akses 7 Juni

12 Gambar 4. 9 Contoh tampilan Mitomap Contoh tampilan Mitomap tentang mutasi mtdna yang berhubungan dengan penyakit, dan dari data di atas pada tanda lingkaran dan tanda panah berwana merah dapat dilihat bahwa mutasi A3606G yang ditemukan di sampel DM pada penelitian kali ini belum dilaporkan pada situs ini (Mitomap). Perubahan data terakhir pada tanggal 2 Juni 2008 dan tanggal akses 7 Juni Setelah melalui hasil analisis mutasi dari data elektroforegram berupa urutan nukleotida dengan panjang fragmen 850 pasang basa pada sampel DM yang ada, maka metode tersebut telah berhasil digunakan untuk mengamplifikasi daerah fragmen-b (daerah ) dalam satu tahap reaksi. Melalui metode amplifikasi DNA mitokondria dari sampel sel epitel mulut pada fragmen ini telah berhasil menghasilkan satu pita fragmen yang belum pernah dilaporkan sebelumnya. Mutasi A3606G yang ditemukan pada sampel DM di laboratorium Biokimia ITB diduga memiliki kaitannya dengan penyakit Diabetes Mellitus yang diderita. Metoda tersebut diharapkan dapat memberikan manfaat bagi penelitian DNA mitokondria selanjutnya dalam menganalisis terjadinya mutasi, baik berupa substitusi transisi, substitusi transversi, delesi, maupun insersi pada genom DNA mitokondria. 47

BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN Pada bab ini akan disajikan hasil dan pembahasan berdasarkan langkah-langkah penelitian yang telah diuraikan dalam bab sebelumnya dalam empat bagian yang meliputi; sampel mtdna,

Lebih terperinci

3 Metodologi Penelitian

3 Metodologi Penelitian 3 Metodologi Penelitian 3.1 Alat Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Penelitian Biokimia, Program Studi Kimia, Institut Teknologi Bandung. Peralatan yang digunakan pada penelitian ini diantaranya

Lebih terperinci

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. telah banyak dilakukan sebelumnya menunjukkan bahwa fenomena munculnya

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. telah banyak dilakukan sebelumnya menunjukkan bahwa fenomena munculnya BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN Penelitian terhadap urutan nukleotida daerah HVI mtdna manusia yang telah banyak dilakukan sebelumnya menunjukkan bahwa fenomena munculnya rangkaian poli-c merupakan fenomena

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini

BAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah D-loop

Lebih terperinci

BAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel

BAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel 16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:

BAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut: BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap

BAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi

Lebih terperinci

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;

BAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR; BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar, langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah HVI mtdna

Lebih terperinci

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling 16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi

Lebih terperinci

Bab IV Hasil dan Pembahasan

Bab IV Hasil dan Pembahasan Bab IV Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dibahas hasil-hasil yang diperoleh dari prosedur kerja yang sesuai dengan tahapan-tahapan yang telah dikemukakan pada Bab III Metodologi Penelitian untuk

Lebih terperinci

4 Hasil dan Pembahasan

4 Hasil dan Pembahasan 4 Hasil dan Pembahasan Penyebab ketidakberhasilan penentuan urutan daerah HVSI mtdna manusia yang mengandung poli-c melalui direct sequencing dan keberhasilan sekuensing setelah kloning diduga terjadi

Lebih terperinci

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,

Lebih terperinci

Bab III Metode Penelitian

Bab III Metode Penelitian Bab III Metode Penelitian Metode yang dilakukan dalam penelitian ini terdiri dari empat tahapan, dimulai dengan pengumpulan sampel, kemudian lysis sel untuk mendapatkan template DNA, amplifikasi DNA secara

Lebih terperinci

Profil Genetik Daerah Hipervariabel I (HVI) DNA Mitokondria pada Populasi Dataran Tinggi. Gun Gun Gumilar, Ridha Indah Lestari, Heli Siti HM.

Profil Genetik Daerah Hipervariabel I (HVI) DNA Mitokondria pada Populasi Dataran Tinggi. Gun Gun Gumilar, Ridha Indah Lestari, Heli Siti HM. Gun Gun Gumilar, Ridha Indah Lestari, Heli Siti HM. J.Si. Tek. Kim Profil Genetik Daerah Hipervariabel I (HVI) DNA Mitokondria pada Populasi Dataran Tinggi Gun Gun Gumilar, Ridha Indah Lestari, Heli Siti

Lebih terperinci

Identifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella ( )

Identifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella ( ) Identifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella (10.2011.185) Identifikasi gen abnormal Pemeriksaan kromosom DNA rekombinan PCR Kromosom waldeyer Kromonema : pita spiral yang tampak pada kromatid Kromomer : penebalan

Lebih terperinci

ANALISIS VARIASI NUKLEOTIDA DAERAH D-LOOP DNA MITOKONDRIA PADA SATU INDIVIDU SUKU BALI NORMAL

ANALISIS VARIASI NUKLEOTIDA DAERAH D-LOOP DNA MITOKONDRIA PADA SATU INDIVIDU SUKU BALI NORMAL ISSN 1907-9850 ANALISIS VARIASI NUKLEOTIDA DAERAH D-LOOP DNA MITOKONDRIA PADA SATU INDIVIDU SUKU BALI NORMAL Ketut Ratnayani, I Nengah Wirajana, dan A. A. I. A. M. Laksmiwati Jurusan Kimia FMIPA Universitas

Lebih terperinci

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Uji Kuantitas DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan Spektrofotometer Pengujian kualitas DNA udang jari (Metapenaeus

Lebih terperinci

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah

Lebih terperinci

Metodologi Penelitian. Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini.

Metodologi Penelitian. Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini. Bab III Metodologi Penelitian Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini. III.1 Rancangan Penelitian Secara garis besar tahapan penelitian dijelaskan pada diagram

Lebih terperinci

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN 14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas

Lebih terperinci

Hasil dan Pembahasan

Hasil dan Pembahasan BAB IV Hasil dan Pembahasan Hasil yang diperoleh dari tahapan penelitian akan dijelaskan pada bab ini. Dimulai dengan amplifikasi gen katg, penentuan urutan nukleotida (sequencing), dan diakhiri dengan

Lebih terperinci

BAB II TINJAUAN PUSTAKA. Mitokondria merupakan organel yang terdapat di dalam sitoplasma.

BAB II TINJAUAN PUSTAKA. Mitokondria merupakan organel yang terdapat di dalam sitoplasma. BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Fungsi dan Struktur Mitokondria Mitokondria merupakan organel yang terdapat di dalam sitoplasma. Mitokondria berfungsi sebagai organ respirasi dan pembangkit energi dengan

Lebih terperinci

BAB II TINJAUAN PUSTAKA. Tubuh manusia tersusun atas sel yang membentuk jaringan, organ, hingga

BAB II TINJAUAN PUSTAKA. Tubuh manusia tersusun atas sel yang membentuk jaringan, organ, hingga 6 BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 DNA Mitokondria Tubuh manusia tersusun atas sel yang membentuk jaringan, organ, hingga sistem organ. Dalam sel mengandung materi genetik yang terdiri dari DNA dan RNA. Molekul

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4 MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini

Lebih terperinci

BAB II TINJAUAN PUSTAKA. bagi sel tersebut. Disebut sebagai penghasil energi bagi sel karena dalam

BAB II TINJAUAN PUSTAKA. bagi sel tersebut. Disebut sebagai penghasil energi bagi sel karena dalam BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Mitokondria Mitokondria merupakan salah satu organel yang mempunyai peranan penting dalam sel berkaitan dengan kemampuannya dalam menghasilkan energi bagi sel tersebut. Disebut

Lebih terperinci

BAB IV Hasil dan Pembahasan

BAB IV Hasil dan Pembahasan BAB IV Hasil dan Pembahasan Pada bab ini ditampilkan hasil dan pembahasan dari penyusunan basis data variasi nukleotida mtdna manusia serta sejumlah analisa variasi nukleotida pada mtdna manusia berdasarkan

Lebih terperinci

JADWAL PRAKTIKUM BIOKIMIA

JADWAL PRAKTIKUM BIOKIMIA JADWAL PRAKTIKUM BIOKIMIA Waktu Kegiatan dan Judul Percobaan 2 Februari 2018 Penjelasan Awal Praktikum di Lab. Biokimia Dasar 9 Februari 2018 23 Februari 2018 2 Maret 2018 9 Maret 2018 16 Maret 2018 23

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3 HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3 Amplifikasi gen Pit1 exon 3 pada sapi FH yang berasal dari BIB Lembang, BBIB Singosari, BPPT Cikole,

Lebih terperinci

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur 20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil

Lebih terperinci

VARIASI MUTASI GEN ATPase 6 mtdna MANUSIA PADA POPULASI DATARAN RENDAH

VARIASI MUTASI GEN ATPase 6 mtdna MANUSIA PADA POPULASI DATARAN RENDAH Jurnal Sains dan Teknologi Kimia, Vol 1, No.1 ISSN 2087-7412 April 2010, Hal 80-87 VARIASI MUTASI GEN ATPase 6 mtdna MANUSIA PADA POPULASI DATARAN RENDAH Tanti Himayanti, Heli Siti H. M., Yoni F. Syukriani,

Lebih terperinci

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Disusun oleh: Hanif Wahyuni (1210411003) Prayoga Wibhawa Nu Tursedhi Dina Putri Salim (1210412032) (1210413031) SEJARAH Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1985

Lebih terperinci

BAB II Tinjauan Pustaka

BAB II Tinjauan Pustaka BAB II Tinjauan Pustaka Pada bab ini dipaparkan penjelasan singkat mengenai beberapa hal yang berkaitan dengan penelitian ini, yaitu mengenai DNA mitokondria manusia, basis data GenBank, basis data MITOMAP,

Lebih terperinci

4. HASIL DAN PEMBAHASAN

4. HASIL DAN PEMBAHASAN 29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk

Lebih terperinci

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE,

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE, BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE, NIPPONBARE, DAN BATUTEGI Isolasi DNA genom padi dari organ daun padi (Oryza sativa L.) kultivar Rojolele, Nipponbare,

Lebih terperinci

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan 30 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan menggunakan primer NA. Primer NA dipilih karena protein neuraminidase,

Lebih terperinci

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Langkah-langkah yang dilakukan pada penelitian ini adalah :

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Langkah-langkah yang dilakukan pada penelitian ini adalah : BAB III METODOLOGI PENELITIAN Langkah-langkah yang dilakukan pada penelitian ini adalah : pengumpulan sampel data urutan nukleotida daerah Hipervariabel II (HVII) DNA mitokondria (mtdna) pada penderita

Lebih terperinci

Pengujian DNA, Prinsip Umum

Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian berbasis DNA dalam pengujian mutu benih memang saat ini belum diregulasikan sebagai salah satu standar kelulusan benih dalam proses sertifikasi. Dalam ISTA Rules,

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth

MATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%.

HASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%. HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen FSHR Alu-1 Amplifikasi fragmen gen FSHR Alu-1 dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dilakukan dengan kondisi annealing 60 C selama 45 detik dan diperoleh produk

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita

HASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Amplifikasi Gen Mx Amplifikasi gen Mx telah berhasil dilakukan. Hasil amplifikasi gen Mx divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita yang

Lebih terperinci

OPTIMASI KONSENTRASI MgCl2 DAN SUHU ANNEALING PADA PROSES AMPLIFIKASI MULTIFRAGMENS mtdna DENGAN METODA PCR

OPTIMASI KONSENTRASI MgCl2 DAN SUHU ANNEALING PADA PROSES AMPLIFIKASI MULTIFRAGMENS mtdna DENGAN METODA PCR OPTIMASI KONSENTRASI MgCl2 DAN SUHU ANNEALING PADA PROSES AMPLIFIKASI MULTIFRAGMENS mtdna DENGAN METODA PCR Mukhammad Asy ari 1) dan A. Saifuddin Noer 2) 1) Laboratorium Biokimia jurusan Kimia FMIPA UNDIP

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.

Lebih terperinci

ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI

ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI 1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN 13 BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah pengumpulan sampel data urutan nukleotida daerah Hipervariabel I (HVI) DNA mitokondria (mtdna)

Lebih terperinci

BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI

BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI Di dalam Bab XII ini akan dibahas pengertian dan kegunaan teknik Reaksi Polimerisasi Berantai atau Polymerase Chain Reaction (PCR) serta komponen-komponen dan tahapan

Lebih terperinci

K. Ratnayani, Sagung Chandra Yowani, dan Liangky Syane S. Jurusan Kimia FMIPA Universitas Udayana, Bukit Jimbaran ABSTRAK

K. Ratnayani, Sagung Chandra Yowani, dan Liangky Syane S. Jurusan Kimia FMIPA Universitas Udayana, Bukit Jimbaran ABSTRAK AMPLIFIKASI FRAGMEN 0,4 KB DAERAH D-LOOP DNA MITOKONDRIA LIMA INDIVIDU SUKU BALI TANPA HUBUNGAN KEKERABATAN DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) K. Ratnayani, Sagung Chandra Yowani, dan Liangky

Lebih terperinci

Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria

Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria Ria Maria (G34090088), Achmad Farajallah, Maria Ulfah. 2012. Karakterisasi Single Nucleotide Polymorphism Gen CAST pada Ras Ayam Lokal. Makalah Kolokium

Lebih terperinci

FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI

FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI Halaman : 1 dari 5 ISOLASI TOTAL DNA HEWAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan hewan, dapat dari insang, otot, darah atau jaringan

Lebih terperinci

4 HASIL DAN PEMBAHASAN

4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Preparasi dan Karakteristik Bahan Baku Produk tuna steak dikemas dengan plastik dalam keadaan vakum. Pengemasan dengan bahan pengemas yang cocok sangat bermanfaat untuk mencegah

Lebih terperinci

Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di Laboratorium Zoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB.

Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di Laboratorium Zoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB. Kolokium Ajeng Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah dan Arif Wibowo. 2009. Karakterisasi Genom Mitokondria Gen 12SrRNA - COIII pada Ikan Belida Batik Anggota Famili Notopteridae. Kolokium disampaikan

Lebih terperinci

Hasil dan Pembahasan

Hasil dan Pembahasan Bab IV Hasil dan Pembahasan Lumbrokinase merupakan enzim fibrinolitik yang berasal dari cacing tanah L. rubellus. Enzim ini dapat digunakan dalam pengobatan penyakit stroke. Penelitian mengenai lumbrokinase,

Lebih terperinci

3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat

3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat 3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian dilakukan selama bulan Januari hingga April 2010 bertempat di Laboratorium Karakteristik Bahan Baku, Departemen Teknologi Hasil Perairan, Fakultas Perikanan

Lebih terperinci

BAB IV Hasil dan Pembahasan

BAB IV Hasil dan Pembahasan BAB IV Hasil dan Pembahasan Bab ini akan membahas hasil PCR, hasil penentuan urutan nukleotida, analisa in silico dan posisi residu yang mengalami mutasi dengan menggunakan program Pymol. IV.1 PCR Multiplek

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian, sehingga dapat menerangkan arti

Lebih terperinci

BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN

BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 20 BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Desain Penelitian Penelitian ini bersifat deskriptif cross sectional molekuler. Data yang diperoleh berasal dari pemeriksaan langsung yang dilakukan peneliti sebanyak

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan berdasarkan haplotipe

Lebih terperinci

FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI

FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI ISOLASI TOTAL DNA TUMBUHAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA PHYTOPURE Halaman : 1 dari 5 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan tumbuhan, dapat dari daun, akar, batang,

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon

HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar

Lebih terperinci

LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA

LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DAN IDENTIFIKASI DNA SEL MUKOSA

Lebih terperinci

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

BAB II TINJAUAN PUSTAKA 4 BAB II TINJAUAN PUSTAKA A. Babi Babi adalah sejenis hewan ungulata yang bermoncong panjang dan berhidung leper dan merupakan hewan yang aslinya berasal dari Eurasia. Didalam Al-Qur an tertera dengan

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Gen GH exon 3 pada kambing PE, Saanen, dan PESA (Persilangan PE dan Saanen) berhasil diamplifikasi menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Panjang fragmen

Lebih terperinci

2 Tinjauan Pustaka. Gambar 2. 1 Struktur mitokondria

2 Tinjauan Pustaka. Gambar 2. 1 Struktur mitokondria 2 Tinjauan Pustaka 2.1 Mitokondria Berdasarkan hipotesis endosimbiosis mitokondria berasal dari sel eukariot yang bersimbiosis dengan prokariot (bakteri) sehingga membentuk organel sel (Marguillis, 1981).

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian. Penelitian ini dapat menerangkan

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Exon 4 Amplifikasi gen GH exon 4 pada kambing Peranakan Etawah (PE), Saanen dan PESA (Persilangan PE-Saanen) diperoleh panjang fragmen 200 bp (Gambar 8). M 1 2 3

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom

HASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh

Lebih terperinci

KATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis

KATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan

Lebih terperinci

III. BAHAN DAN METODE

III. BAHAN DAN METODE III. BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilakukan di Laboratorium BIORIN (Biotechnology Research Indonesian - The Netherlands) Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi IPB. Penelitian

Lebih terperinci

SEMINAR NASIONAL BASIC SCIENCE II

SEMINAR NASIONAL BASIC SCIENCE II ISBN : 978-602-97522-0-5 PROSEDING SEMINAR NASIONAL BASIC SCIENCE II Konstribusi Sains Untuk Pengembangan Pendidikan, Biodiversitas dan Metigasi Bencana Pada Daerah Kepulauan SCIENTIFIC COMMITTEE: Prof.

Lebih terperinci

IDENTIFIKASI FRAGMEN HV1 DNA MITOKONDRIA INDIVIDU DATARAN RENDAH DAN DATARAN TINGGI ABSTRACT

IDENTIFIKASI FRAGMEN HV1 DNA MITOKONDRIA INDIVIDU DATARAN RENDAH DAN DATARAN TINGGI ABSTRACT IDENTIFIKASI FRAGMEN HV1 DNA MITOKONDRIA INDIVIDU DATARAN RENDAH DAN DATARAN TINGGI 1 Rina Budi Satiyarti, 2 Siti Aminah, 3 Tina Dewi Rosahdi 1 UIN Raden Intan Lampung. Jalan Letkol H. Endro Suratmin Bandar

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Virus Hepatitis B Gibbon Regio Pre-S1 Amplifikasi Virus Hepatitis B Regio Pre-S1 Hasil amplifikasi dari 9 sampel DNA owa jawa yang telah berstatus serologis positif terhadap antigen

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA

HASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA 6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil

Lebih terperinci

BAB V STUDI KASUS: HASIL DAN PEMBAHASAN

BAB V STUDI KASUS: HASIL DAN PEMBAHASAN BAB V STUDI KASUS: HASIL DAN PEMBAHASAN 5. Hasil dan Pembahasan Penulis melakukan pembatasan daerah penelitian dari data yang tersedia, yaitu hanya mencari posisi yang mengalami mutasi (misalkan posisi

Lebih terperinci

menggunakan program MEGA versi

menggunakan program MEGA versi DAFTAR ISI COVER... i HALAMAN PENGESAHAN... ii HALAMAN PERSEMBAHAN... iii PRAKATA... iv DAFTAR ISI... vi DAFTAR TABEL... viii DAFTAR GAMBAR... ix DAFTAR LAMPIRAN... x INTISARI... xi ABSTRACT... xii PENDAHULUAN...

Lebih terperinci

Gambar 5. Hasil Amplifikasi Gen Calpastatin pada Gel Agarose 1,5%.

Gambar 5. Hasil Amplifikasi Gen Calpastatin pada Gel Agarose 1,5%. HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Calpastatin (CAST AluI) Amplifikasi fragmen gen CAST AluI dilakukan dengan menggunakan mesin PCR dengan kondisi annealing 60 0 C selama 45 detik, dan diperoleh produk

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. (a)

HASIL DAN PEMBAHASAN. (a) 8 tampak diskor secara manual. Kriteria penskoran berdasarkan muncul tidaknya lokus, lokus yang muncul diberi skor 1 dan yang tidak muncul diberi skor 0. Data biner yang diperoleh selanjutnya diolah menjadi

Lebih terperinci

BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan dan Alat

BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan dan Alat 12 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan dari bulan April 2006 sampai dengan bulan April 2007. Penelitian dilakukan di rumah kaca, laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan

Lebih terperinci

MUTASI C825T GEN katg ISOLAT L5 MULTIDRUG RESISTANT Mycobacterium tuberculosis TESIS RINA BUDI SATIYARTI NIM: Program Studi Kimia

MUTASI C825T GEN katg ISOLAT L5 MULTIDRUG RESISTANT Mycobacterium tuberculosis TESIS RINA BUDI SATIYARTI NIM: Program Studi Kimia MUTASI C825T GEN katg ISOLAT L5 MULTIDRUG RESISTANT Mycobacterium tuberculosis TESIS Karya tulis sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister dari Institut Teknologi Bandung Oleh: RINA BUDI

Lebih terperinci

1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil. Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan

1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil. Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan Lampiran 1. Data dan analisis karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah. 1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus

Lebih terperinci

BAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and

BAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and 23 BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jl. Salemba

Lebih terperinci

BAB II TINJAUAN PUSTAKA. Diabetes diturunkan dari bahasa Yunani yaitu diabêtês yang berarti pipa air

BAB II TINJAUAN PUSTAKA. Diabetes diturunkan dari bahasa Yunani yaitu diabêtês yang berarti pipa air BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Diabetes Mellitus Diabetes diturunkan dari bahasa Yunani yaitu diabêtês yang berarti pipa air melengkung (syphon). Diabetes mellitus (DM) adalah suatu penyakit dimana kadar

Lebih terperinci

VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum

VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum Pendahuluan Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik

Lebih terperinci

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Uji Kuantitas DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan Spektrofotometer Hasil pengujian kualitas

Lebih terperinci

Saintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf

Saintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf Saintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf Staf Pengajar Jurusan Kesehatan Masyarakat FIKK Universitas Negeri Gorontalo Abstrak (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Daerah D-loop M B1 B2 B3 M1 M2 P1 P2 (-)

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Daerah D-loop M B1 B2 B3 M1 M2 P1 P2 (-) HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Daerah D-loop Amplifikasi daerah D-loop DNA mitokondria (mtdna) pada sampel DNA sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO dilakukan dengan menggunakan mesin PCR Applied

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen GH Exon 2

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen GH Exon 2 HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Exon 2 Gen GH exon 2 pada ternak kambing PE, Saanen, dan persilangannya (PESA) berhasil diamplifikasi menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Pasangan

Lebih terperinci

3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat

3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat 3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Autentikasi Bahan Baku Ikan Tuna (Thunnus sp.) dalam Rangka Peningkatan Keamanan Pangan dengan Metode Berbasis DNA dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan

Lebih terperinci

4 HASIL DAN PEMBAHASAN

4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi enzim fibrinolitik Cacing tanah P. excavatus merupakan jenis cacing tanah yang agresif dan tahan akan kondisi pemeliharaan yang ekstrim. Pemeliharaan P. excavatus dilakukan

Lebih terperinci

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk 27 III. METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen STX1A. 3.2 Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian

Lebih terperinci

LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA

LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN IV (ISOLASI RNA DARI TANAMAN) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI RNA DARI TANAMAN TUJUAN Tujuan

Lebih terperinci

TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA

TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA Oleh: Gregorius Widodo Adhi Prasetyo A2A015009 KEMENTERIAN RISET TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS PERTANIAN PROGRAM

Lebih terperinci

STUDI MUTASI TITIK A3243G DNA MITOKONDRIA PENYEBAB MATERNALLY INHERITED DIABETES AND DEAFNESS

STUDI MUTASI TITIK A3243G DNA MITOKONDRIA PENYEBAB MATERNALLY INHERITED DIABETES AND DEAFNESS ISSN : 1693-9883 Majalah Ilmu Kefarmasian, Vol. V, No. 3, Desember 2008, 121-129 STUDI MUTASI TITIK A3243G DNA MITOKONDRIA PENYEBAB MATERNALLY INHERITED DIABETES AND DEAFNESS Sriwidodo *, O Suprijana **,

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Calpastatin (CAST MspI) Amplifikasi fragmen gen calpastatin (CAST MspI) pada setiap bangsa sapi dilakukan dengan menggunakan mesin thermal cycler (AB Bio System) pada

Lebih terperinci

PCR Tanpa Isolasi DNA dari Sel Epitel Rongga Mulut

PCR Tanpa Isolasi DNA dari Sel Epitel Rongga Mulut JMS Vol. 2 No. 1, hal. 35-45, April 1997 PCR Tanpa Isolasi DNA dari Sel Epitel Rongga Mulut A. Saifuddin Noer dan Marsia Gustiananda Kelompok Asam Nukleat dan Genetika Molekul Jurusan Kimia FMIPA - ITB

Lebih terperinci

III. Bahan dan Metode

III. Bahan dan Metode III. Bahan dan Metode A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan selama 3 bulan dari bulan Mei-Juli 2011 yang dilakukan di LPPT UGM Yogyakarta. B. Bahan Penelitian Sampel yang digunakan

Lebih terperinci

4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel

4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel 7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan

Lebih terperinci

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Friesian Holstein

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Friesian Holstein TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Friesian Holstein Sapi Friesian Holstein (FH) merupakan bangsa sapi yang paling banyak terdapat di Amerika Serikat, sekitar 80-90% dari seluruh sapi perah yang berada di sana.

Lebih terperinci