KARAKTERISASI GEN nifd BAKTERI METANOTROF ASAL SAWAH RESTI RACHMAWATI

Transkripsi

1 KARAKTERISASI GEN nifd BAKTERI METANOTROF ASAL SAWAH RESTI RACHMAWATI DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2011

2 ABSTRAK RESTI RACHMAWATI. Karakterisasi gen nifd Bakteri Metanotrof Asal Sawah. Dibimbing oleh IMAN RUSMANA dan ALINA AKHDIYA. Bakteri metanotrof adalah bakteri pengoksidasi CH 4. Beberapa metanotrof mampu memfiksasi nitrogen dengan menggunakan enzim nitrogenase. Enzim nitrogenase tersusun atas dua komponen protein besi. Komponen I mengandung situs aktif untuk mereduksi nitrogen, dikodekan oleh gen nifd dan nifk. Isolat metanotrof BGM 3 dan BGM 9 memiliki akumulasi amonium yang tinggi pada media Nitrat Mineral Salt (NMS) tanpa nitrogen. Fragmen gen nifd dari BGM 3 dan BGM 9 di amplifikasi dan disekuensing. Sekuen yang diperoleh dianalisis dengan menggunakan perangkat bioinformatik seperti BLAST-N, BLAST-X, Expasy Translate Tools, Conserved Domain (CDD) dan Scan PROSITE. Kontruksi filogenetik dibuat dengan menggukan program MEGA 4. Analisis sekuen menunjukkan bahwa sekuen gen nifd dari BGM 3 dan BGM 9 mirip dengan gen nifd pada Xanthobacter autotropicus PY2. Nilai kemiripan dari sekuen gen nifd tersebut cukup tinggi ( 92%-91% ). Gen nifd BGM 3 dan BGM 9 mengkodekan protein FeMo yang didalamnya terdapat klaster 4Fe-4S dan 2Fe-2S. Gen nifd dari BGM 3, BGM 9 diduga dimiliki oleh nenek moyang yang sama dengan Xanthobacter autotropicus PY2 dan Bradyhizobium japonicum USDA 110. Kata kunci: Bakteri metanotrof, fiksasi nitrogen, nitrogenase, nifd ABSTRACT RESTI RACHMAWATI. Characterization nifd gene of Methanotrophic Bacteria from Ricefields. Under supervision of IMAN RUSMANA and ALINA AKHDIYA. Methanotrophic bacteria are methane oxidizing bacteria. Some methanotrophs able of fix nitrogen using nitrogenase enzyme. Nitrogenase is composed of two multisubunit metallo protein. Component I contains the active site to nitrogen reduction, encoded by the nifd and nifk genes. Methanotrophic isolates of BGM 3 and BGM 9 had high ammonium accumulation cultured in Nitrate Mineral Salts (NMS) free nitrogen medium. nifd gene fragmens from BGM 3 and BGM 9 were amplified and sequenced. Sequences analyzed using bioinformatics tools such as Blast-N, Blast-X, Expasy Translate Tools, Conserved Domain (CDD) and Scan PROSITE. Phylogenetic construction made using MEGA 4 software. Sequence analysis showed that the nifd sequences of BGM 3 and BGM 9 most closely related to nifd fragmen of Xanthobacter autotropicus PY2. The Identity values of nifd sequences was 92% and 91% respectively. nifd genes from these isolates encode FeMo protein, which was 4Fe4S and 2Fe2S clusters. The nifd gene of BGM 3 and BGM 9 suspected to have same ancestor with the nifd gene of Xanthobacter autotropicus PY2 and Bradyhizobium japonicum USDA 110. Keyword: Methanotrophic bacteria, nitrogen fixation, nitrogenase, nifd

3 KARAKTERISASI GEN nifd BAKTERI METANOTROF ASAL SAWAH RESTI RACHMAWATI Skripsi sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains pada Departemen Biologi DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2011

4 Judul Skripsi : Karakterisasi Gen nifd Bakteri Metanotrof Asal Sawah Nama : Resti Rachmawati NIM : G Menyetujui : Pembimbing I, Pembimbing II, Dr. Ir. Iman Rusmana, M.Si Alina Akhdiya NIP NIP Mengetahui: Ketua Departemen Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor (Dr. Ir. Ence Darmo Jaya Supena, M.Sc) NIP Tanggal Lulus :

5 PRAKATA Alhamdulillahirobbil alamin, puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah memberi rahmat dan kemudahan dalam menyelesaikan karya ilmiah ini. Tema penelitian penulis yaitu tentang kemampuan fiksasi nitrogen bakteri metanotrof, dengan judul Karakterisasi gen nifd Bakteri Metanotrof Asal Sawah. Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan Februari sampai November 2010 di Laboratorium Mikrobiologi Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor dan Laboratorium Biologi Tanah Departemen Tanah, Institut Pertanian Bogor. Penulis mengucapkan terima kasih kepada Bapak Dr. Ir. Iman Rusmana, M.Si. dan Ibu Alina Akhdiya, M.Si. selaku pembimbing atas saran dan bimbingannya dalam pelaksanaan penelitian dan penyusunan karya ilmiah ini. Di samping itu, penulis sampaikan terima kasih dan syukur kepada keluarga atas segala doa dan kasih sayangnya, kepada Yohan aripin dan teman-teman Biologi angkatan 43 khususnya yang melakukan penelitian di laboratorium Mikrobiologi. Terima kasih penulis ucapkan kepada Bu Ratna, Mba Ari, Ka Fina, Bang Jo, Dana, Tea, Vina, Rio dan Magda Serta pihak-pihak yang secara tidak langsung telah membantu dalam pengumpulan data karya ilmiah ini. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat. Bogor, 23 Desember 2010 Resti Rachmawati

6 RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Bogor Jawa Barat pada tanggal 7 Juli 1988 dari ayahanda Ence Abdurahman dan ibunda Siti Rogayah. Penulis merupakan anak pertama dari tiga bersaudara. Tahun 2006 penulis lulus dari SMU Kornita IPB dan lolos seleksi masuk IPB melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI) pada Departemen Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Selama mengikuti perkuliahan, penulis aktif sebagai Ketua Bidang Biosains Himpunan Mahasiswa Biologi (Himabio) periode , dan asisten praktikum Mikrobiologi Dasar pada tahun , asisten praktikum Biologi Cendawan dan Biologi Dasar pada tahun Selain itu, penulis menjadi pengajar dibimbingan belajar biologi (B expert) pada tahun , bimbingan belajar Katalis dan Primagama pada tahun Pada tahun yang sama, penulis mendapatkan juara 1 berkelompok dalam kegiatan IPB Sosial Fair (ISF) untuk kategori Program Kreativitas Mahasiswa Pengabdian Masyarakat (PKMM) dengan tema Santripreneurship. Penulis telah melaksanakan Praktik Kerja Lapang di Balai Penelitian Tanah dari bulan Juli sampai Agustus 2009 dengan judul Seleksi Mikrob Termofilik Asal Lumpur Lapindo Sebagai Pelarut Fosfat dan Penghasil Indole Acetic Acid (IAA).

7 DAFTAR ISI Halaman DAFTAR TABEL... vii DAFTAR GAMBAR... vii DAFTAR LAMPIRAN... vii PENDAHULUAN... 1 Latar Belakang... 1 Tujuan Penelitian... 1 Waktu dan Tempat... 1 BAHAN DAN METODE... 1 Bahan dan Alat... 1 Metode Penelitian... 1 Pemurnian dan peremajaan isolat Isolasi DNA, Amplifikasi Gen nifd, dan Visualisasi Amplikon... 1 Sekuensing DNA dan Analisis Bioinformatika... 2 HASIL DAN PEMBAHASAN... 2 Hasil Isolasi DNA, Amplifikasi Gen nifd, dan Visualisasi Amplikon... 2 Sekuensing DNA dan Analisis Bioinformatika... 2 Pembahasan... 4 SIMPULAN... 5 DAFTAR PUSTAKA... 6 LAMPIRAN... 7

8 DAFTAR TABEL Halaman 1. Hasil analisis sekuen gen nifd dengan menggunakan program BLAST-N Hasil analisis sekuen gen nifd dengan menggunakan program BLAST-X Analisis bioinformatik protein hasil translasi gen nifd BGM 3 dan BGM 9 dengan menggunakan program SCAN PROSITE... 4 DAFTAR GAMBAR Halaman 1. Amplifikasi gen nifd menghasilkan pita DNA berukuran ~1.9 kb Filogenetik gen nifd bakteri metanotrof BGM 3 dan BGM 9 yang dibandingkan dengan gen nifd dari beberapa spesies bakteri diazotrof menggunakan metode Neighbor Joining (NJ) dan boostrop 100x Analisis bioinformatik protein turunan sekuen gen nifd BGM 3 dan BGM 9 dengan menggunakan program CDD (Conserved Domain) Struktur kuartener nitrogenase MoFe Alpa dengan menggunakan program Cn3D DAFTAR LAMPIRAN Halaman 1. Sekuensing DNA... 9 Urutan nukleotida hasil sekuen gen nifd BGM Urutan nukleotida hasil sekuen gen nifd BGM Protein hasil translasi gen nifd BGM 3 dan BGM Hasil BLAST-N dan BLAST-X Hasil BLAST-N sekuen gen nifd BGM Hasil BLAST-N sekuen gen nifd BGM

9 PENDAHULUAN Latar Belakang Bakteri metanotrof adalah bakteri gram negatif, bersifat aerob dan menggunakan metan sebagai sumber karbon penghasil energi (Hanson & Hanson 1996). Bakteri metanotrof tipe II dan tipe X telah diketahui memiliki kemampuan dalam menambat nitrogen sedangkan hanya beberapa bakteri metanotrof tipe I yang dapat memfiksasi nitrogen (Auman et. al 2001). Kemampuan tersebut terkait dengan keberadaan enzim nitrogenase (Dedysh et al. 2004). Enzim nitrogenase merupakan kompleks enzim yang bertanggung jawab dalam proses fiksasi ntrogen. Nitrogenase terdiri atas dua komponen, yaitu komponen I (dinitrogenase atau protein Fe-Mo) dan komponen II (dinitrogenase reduktase atau protein Fe). Komponen I merupakan heterodimer dengan berat molekul 250 kda yang dikodekan oleh gen nifd dan nifk, dan komponen II merupakan homodimer dengan berat molekul 70kDA yang dikodekan oleh gen nifh (Zehr et al. 1989). Terdapat sekitar 20 gen nif yang mengkodekan nitrogenase yaitu nifa, nifb, nifz, nifh, nifd, nifk, nife, nifn, nifx, nifo, nifu, nifs, nifv, nifw, nift, nify, nife, nifm, niff, nifl (Lee et al. 2000) dan diatara 20 gen tersebut nifh dan nifd merupakan gen terpenting untuk mengenali adanya nitrogenase karena mengkodekan sub unit pembentuk nitrogenase. Gen struktural nifh, D, dan K pada α dan γ proteobakteria terletak berdampingan dalam satu operon sehingga membentuk operon nifhdk, sedangkan diazotrof simbiotik yang tumbuh lambat mempunyai gen nifh, D, dan K yang terpisah membentuk operon nifh dan nifdk (Choo et al. 2003) Diantara 40 isolat bakteri metanotrof yang diisolasi dari sedimen sawah di Bogor dan Sukabumi, tiga diantaranya (BGM 1, BGM 3, dan BGM 9) memiliki aktivitas oksidasi metan dan fiksasi nitrogen yang tinggi (Hapsary 2008, Sagala 2009). Isolat-isolat tersebut belum dikarakterisasi gen pengkode enzim nitrogenasenya. Informasi tentang karakter enzim nitrogenase bakteri metanotrof asal Indonesia masih sangat sedikit, sehingga penelitian tersebut sangat diperlukan. Informasi tersebut bermanfaat untuk mendukung pemanfaatan bakteri tersebut sebagai penambat nitrogen di lahan pertanian. Tujuan Penelitian Penelitian ini bertujuan mengkarakterisasi gen nifd pada isolat bakteri metanotrof BGM 3 dan BGM 9 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan Februari 2010 sampai dengan bulan November 2010 di Laboratorium Mikrobiologi, Departemen Biologi, FMIPA, IPB. BAHAN DAN METODE Bahan dan Alat Bahan-bahan yang digunakan, yaitu dua isolat metanotrof BGM 3 dan BGM 9, medium Nitrate Mineral Salt (NMS), Primer spesifik gen nifd dan komponen PCR kit KAPA Hifi Polimerase, 1 kb Ladder (Promega). Peralatan yang digunakan, yaitu mesin PCR (Perkin Elmer Biosystem, USA), Laminar Air Flow, otoklaf, sentrifuse, elektroforesis mini-gel (BioRad Mini-Sub Cell GT, CA, USA), UV Transluminator (Hoefer Scientific Instruments, San Fransisco, USA), dan peralatan lainnya yang biasanya digunakan di laboratorium mikrobiologi Metode Penelitian Pemurnian dan peremajaan isolat. Pemurnian dan peremajaan isolat dilakukan dengan menggunakan metode cawan gores pada medium NMS, kemudian inkubasi dilakukan selama 14 hari pada suhu ruang (Hanson 1998). Isolasi DNA, Amplifikasi gen nifd, dan Visualisasi Amplikon Isolasi DNA genom dilakukan dengan metode Lazo (Lazo et al. 1987). Amplifikasi gen nifd menggunakan primer spesifik primer spesifik untuk gen nifd yaitu nifhd-f (CAGGAAATCTACATCGTCATGTC) dengan nifd-r (TCCCANGARTGCATC TGRCGGA) (Dedysh et al, 2004). Reaksi PCR dengan menggunakan volume campuran 25 µl. Komposisi reaksi PCR yang digunakan adalah sebagai berikut : 5x KAPAHifi GC Buffer (konsentrasi akhir 1x)

10 sebanyak 5,0 µl, 10mM dntp mix (konsentrasi akhir 0,3mM) 0,75µl, 10µM primer (konsentrasi akhir 0,3µM) 0,75µl, Template DNA (100ng) 0,5µl, dan 0,5µl. KAPAHifi DNA Polymerase (1U/µl). M 1 2 ~1,9 kb Sekuensing DNA dan Analisis Bioinformatika Pengurutan DNA hasil amplifikasi dilakukan dengan memanfaatkan jasa perusahaan sekuensing 1 st Base di Singapura. Sekuen yang diperoleh dijajarkan dengan data pada GenBank menggunakan program Blast- N, Blast-X dari situs NCBI (National Center for Biotechnology Information) melalui untuk mengetahui tingkat kemiripan gen nifd dari isolat yang dianalisa. Penurunan sekuen DNA menjadi protein dilakukan menggunakan Expasy translate tools. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan dengan menggunakan program MEGA 4.0 (Tamura et al. 2007), metode Neighbor Joining (NJ) dengan bootstrap 100x, sedangkan analisis protein dilakukan menggunakan Conserved Domain (CDD) dan SCAN PROSITE. Visualisasi struktur protein menggunakan program Cn3D 4.1. HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil Isolasi, Amplifikasi Gen nifd, dan Visualisasi Amplikon Amplifikasi gen nifd dari kedua isolat Metanotrof dengan menggunakan primer nifhd-f dan nifd-r dapat dilakukan. Hasil visualisasi amplikon pada gel elekroforesis yang diamati di atas UV transluminator memperlihatkan adanya pita DNA berukuran ~1.9 kb (Gambar 1). Sekuensing DNA dan Analisis Bioinformatika Produk amplifikasi gen nifd disekuen untuk mengetahui urutan nukleotidanya. Sekuen yang diperoleh (Lampiran 1) dianalisis kemiripannya dengan data di GenBank menggunakan program BLAST-N dan Blast-X (Tabel 1, Tabel 2, dan Lampiran 2). Berdasarkan analisis program tersebut diketahui homologi nitrogenase dari isolat yang diuji. Isolat BGM 3 BGM 9 Gambar 1 Amplifikasi gen nifd menghasilkan pita DNA berukuran ~1.9 kb (Keterangan : M= 1 kb ladder, Sumur 1=BGM 3, Sumur 2 =BGM 9). Tabel 1 Hasil analisis sekuen gen nifd dengan menggunakan program BLAST-N Sekuen nitrogenase bakteri yang homolog Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain (nifd) pada Xanthobacter autotrophicus Py2 Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain (nifd) pada Xanthobacter autotrophicus Py2 %identitas No. akses 92% CP % CP

11 Tabel 2 Hasil analisis sekuen gen nifd dengan menggunakan program BLAST-X Isolat BGM 3 BGM 9 Sekuen nitrogenase bakteri yang homolog Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain (nifd) pada Xanthobacter autotrophicus Py2 Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain (nifd) pada Xanthobacter autotrophicus Py2 %identitas No. akses 72% YP_ % YP_ Analisis sekuen gen nifd menunjukkan bahwa BGM 3 dan BGM 9 memiliki gen nifd yang homolog dengan gen nifd Xanthobacter autotrophicus Py2 (Lampiran 2). Berdasarkan analisis filogenetik, gen nifd BGM 3 dan BGM 9 berkerabat dekat dengan Xanthobacter autotrophicus Py2 dan Bradyhizobium japonicum USDA 110 (Gambar 2). Gen nifd BGM 3 dan 9 termasuk superfamili protein Oxidoreductase nitrogenase dan sub famili Nitrogenase MoFe (Gambar 3). Pada Nitrogenase MoFe alpa BGM3 dan BGM9 memiliki gugus 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region (4Fe4S_FER_1) dan gugus 2 Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region (Tabel 3). Gambar 2 Filogenetik gen nifd metanotrof BGM 3 dan BGM 9 yang dibandingkan dengan gen nifd beberapa spesies bakteri diazotrof menggunakan metode Neighbor Joining (NJ) dan boostrop 100x

12 Gambar 3 Analisis bioinformatik protein turunan sekuen gen nifd BGM 3 dan BGM 9 dengan menggunakan program CDD (Conserved Domain) Tabel 3 Analisis bioinformatik protein hasil translasi gen nifd BGM 3 dan BGM 9 dengan menggunakan program SCAN PROSITE Klaster pada Motif sekuen Urutan sekuen No. Akses domain 4Fe4S_FER_1 CgGCGgCGtGCG PS FE2S_FER_1 CTGGGCGGC, 75-83, , PS00197 CTGATCTAC, 1244, , CTGGTCGTC, CTGAACGTC, CTGGTCGGC

13 F B C D E A Gambar 4 Struktur kuartener nitrogenase Fe-Mo Alpa dengan menggunakan program Cn3D 4.1 (Keterangan : Warna kuning = Interaksi Fe-Mo sub unit alpa and beta, A = dimer protein Fe-Mo, B = residu FeMoCo terikat, C = residu kluster P sub unit alpa terikat, D = Fe-Mo sub unit alpa/ kontak protein Fe, E = helix alpa, dan F = lembar beta ). 5

14 Pembahasan Amplifikasi gen nifd dengan primer nifhd-f dan nifd-r menghasilkan amplikon berukuran 1,9kb untuk BGM 3 dan BGM 9 (Gambar 1). Primer tersebut didesain dari sekuen nifh ke 436 dan sekuen nifd Bradyrhzobium japonicum USDA 110 sehingga menghasilkan amplikon rata-rata sebesar 1,9 kb. Amplikon ini didapat jika nifd, nifh, dan nifk terletak dalam satu operon (Dedysh et al. 2004). Transkripsi enzim nitrogenase pada α dan γ proteobakteria dikodekan oleh operon nifhdk. Sedangkan pada diazotrof simbiotik yang tumbuh lambat enzim ini dikodekan oleh dua operon yang berbeda yaitu operon nifh dan nifdk (Choo et al. 2003). Analisis Filogenetik menunjukkan bahwa BGM 3, BGM 9 dan Xanthobacter autotrophicus py2 dan Bradyrhizobium japonicum USDA 110 berkerabat dekat bila dilihat dari perkembangan gen nifd nya. (Gambar 2). BGM 3, BGM 9 dan Xanthobacter autotrophicus Py2 merupakan diazotrof yang hidup bebas sedangkan Bradyrhzobium japonicum USDA 110 merupakan diazotrof yang bersimbiosis dan memiliki operon nifh yang terpisah dari nifdk. Berdasarkan analisis gen 16S- rrna isolat BGM 3 memiliki kemiripan terdekat dengan Methylocystisparvus strain 57 (69%), sedangkan BGM 9 memiliki kemiripan dengan Methylococcus capsulatus strain texas (83% dan 85%) (Astuti 2009). Nilai kemiripan sekuen nifd BGM 3 dan BGM 9 lebih tinggi dari analsis 16S-rRNA tersebut. Sehingga kemungkinan BGM 3 dan BGM 9 memiliki nenek moyang bakteri pemfiksasi nitrogen yang sama dengan Xanthobacter autotrophicus py2 dan Bradyrhizobium japonicum USDA 110. Penelitian yang dilakukan Dedysh et al. (2004) juga menunjukkan bahwa nilai kemiripan (identity values) dari sekuen nifh dan nifd pada Methylocapsa acidiphila B2 dan Beijerinckia lebih tinggi (98.5 % dan 96.6 %) dibandingkan dengan hubungan kekerabatannya berdasarkan 16S rrna sehingga kemungkinan dua bakteri tersebut berasal dari nenek moyang bakteri pemfiksasi nitrogen yang sama. Nitrogenase oxidoreduktase merupakan sekelompok famili protein yang mengkatalisis reduksi nitrogen menjadi amonium dengan menggunakan ATP. Selain ATP, proses tersebut membutuhkan feredoksin tereduksi sebagai donor elektron, sitokrom sebagai protein pembawa elektron, dan koenzim. Proses fiksasi satu mol nitrogen ini memerlukan energi sel sebanyak 16 ATP. Oxidoreduktase memiliki sub unit alpa dan sub unit beta dari komponen I yang secara genetik terbagi atas nitrogenase yang tergantung pada atom molibdenum (Monitrogenase), nitrogenase yang tergantung pada atom vanadium (V-nitrogenase), dan nitrogenase besi (Fe-nitrogenase). Nitrogenase alternatif vanadium dan nitrogenase yang hanya mengandung besi saja masing-masing dikodekan oleh gen vnf dan anf dan mempunyai struktur heksamer yang dikodekan oleh operon vnfdgk dan anfdgk. (Caton 2007). Selain itu terdapat beberapa sub unit Protochlorophyllide (Pchlide) reductase and chlorophyllide (chlide) reductase (Gambar 3). Nitrogenase Fe-Mo terdiri dari dua komponen protein terlarut yaitu komponen I atau alpa berupa protein Fe-Mo dan komponen II atau beta yaitu protein Fe (Gambar 3). Fe-Mo alpa mempunyai berat molekul antara kd. Sub unit ini berbentuk tetramer dengan dua metallokomplek heterodimer yang disebut klaster fosfat (P) dan kofaktor besi molibdenum (FeMo- co). Satu subunit memiliki sepasang α-β dan sepasang klaster P dan molekul FeMo-co. Molekul FeMo-co terdiri dari satu gugus homositrat dan MoFe 3 -S 3 (Caton 2007). Selain klaster P pada Nitrogenase MoFe alpa BGM3 dan BGM9 ditemukan juga klaster 4Fe-4S ferredoxin-type ironsulfur binding region (4Fe4S_FER_1) dan klaster 2 Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region (Gambar 4). Klaster tersebut dimiliki oleh protein Fe. Protein Fe memiliki dua subunit α identik yang mempunyai gugus 4Fe-4S ditengah. Protein tersebut juga memiliki dua situs pengikatan Mg-ATP yang terletak di setiap subunit, dimana 4Fe-4S adalah donor elektron untuk komplek Fe-Mo. Oleh karena itu, protein ini sangat esensial untuk proses fiksasi nitrogen (Caton 2007). 2Fe2S feredoksin berperan dalam proses katabolisme NAD + pada kondisi mikroaerofilik dengan mereduksi 6-hydroxynicotinate menjadi 1,4,5,6-tetrahydroxy-6-oxonicotinate. Metabolisme NAD+ dilakukan untuk memenuhi kebutuhan akan nitrogen, karbon, dan energi sel (Alhapel 2006) (Tabel 3).

15 SIMPULAN Amplifikasi gen nifd BGM 3 dan BGM 9 dengan menggunakan primer nifhd-f dan nifd-r menghasilkan amplikon berukuran 1,9kb. Gen nifd, nifh dan gen nifk pada isolat bakteri metanotrof BGM 3 dan BGM 9 terletak dalam satu operon. Sekuen gen nifd BGM 3 dan BGM 9 memiliki kemiripan terdekat dengan sekuen gen nifd Xanthobacter autotrophicus Py2. DAFTAR PUSTAKA Alhapel A et al Molecular and functional analysis of nicotinate catabolism in Eubacterium barkeri. Proc Natl Acad Sci 103: Astuti DD Karakterisasi fisiologi dan identifikasi molekuler isolat-isolat bakteri metanotrof asal sawah wilayah Bogor dan Sukabumi. [Skripsi]. Bogor: Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor. Auman AJ, Speake CC, Lidstrom ME nifh sequences and nitrogen fixation in type I and type II methanotrophs. Appl Environ Microbiol 67(9): Caton IR Abundance of nifh genes in urban, agricultural, and pristine prairie streams exposed to different levels of nitrogen loading [thesis]. Wichita State University. Choo QC, Samian MR, Najimudin N Phylogeny and characterization of three nifh-homologous genes from Paenibacillus azotofixans. Appl Environ Microbiol 69(6): Dedysh SN, Ricke P, Liesack W NifH and NifD phylogenies: an evolutionary basis for understanding nitrogen fixation capabilities of methanotrophic bacteria. Microbiol 150; Burlage RS, Atlas R, Stahl, Geesey G, Dayler G, editor. Techniques in microbial Ecology. Oxford: Oxford University Press Hanson R, Hanson TE Metanotrophic Bacteria. J Microbiol Reviews 60 : Hapsary W Isolasi dan karakterisasi bakteri metanotrof asal sawah di Bogor dan Sukabumi [Skripsi]. Bogor: Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor. Lazo GR, Roffey R, Gabriel DW Conservation of plasmid DNA sequences and pathovar identification of strain Xanthomonas campestris. Pytopathology 77: Lee S, Reth A, Meletzus D, Sevilla M, Kennedy C Characterization of major cluster of nif, fix, and associated genes in sugarcane endophyte, Acetobacter diazotrophicus. J Bacteriol. 182(24): Sagala BT Seleksi dan uji aktivitas fiksasi nitrogen (N 2 ) bakteri metanotrof asal sawah pada konsentrasi oksigen (O 2 ) berbeda [skripsi]. Bogor : Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor. Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S MEGA4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Mol Biol Evol 24: Zehr JP, McReynolds LA Use of degenerate oligonucleotides for amplification Trichodesmium thiebauti. Appl Environ Microbiol. 55; Hanson RS Ecology of methylotrophic bacteria. Di dalam:

16 LAMPIRAN

17 Lampiran 1. Hasil sekuen gen nifd A. Urutan nukleotida hasil sekuen gen nifd BGM 3 CGCGAAGAGGCATGTATGCGGCCAACAACATCTCCAAGGGCATCCTGAAGTATGCGAACTCCGGCGGCGTG CGCCTGGGCGGCCTGGTGTGCAACGAGCGCCAGACCGACAAGGAGTACGAGCTGGCGGAGTCGCTGGCGAA GAAGCTCGGCACGCAGCTGATCTACTTCGTGCCGCGCGACAACATCGTGCAGCACGCCGAACTGCGCCGCAT GACGGTGATCGAGTATGCGCCCGATTCCGCGCAGGCCCAGCACTACCGGAACCTTGCGACCAAGGTGCACGG CAACTCGGGCAACGGCATCATCCCGACCCCGATCACCATGGACGAGCTCGAAGACCTGCTCATGGAGCACGG CATCATGAAGGCCGTGGACGAGAGCATCGTCGGCAAGACCGCCGCAGAGCTGGCCGTCGGCTGAAGCCATC GCGTCGATTGACCTGGGGCCGGCCTCAATTGCGGGGCCGGCCTGCCGAACGGCAACCCAACGAGAGCGAGA TTGCGAAATGAGCTTGGCCCAACCGCAAAACGTTGCTGAAATCAAGGCGCGGAACAAGGAACTCATCGCGG AAGTCCTCAAGGTTTATCCCGAGAAGACCGCGAAGCGCCGCGCGAAGCACCTCAACGTCCATGAGTCCGGCA AGTCCGACTGCGGCGTGAAGTCGAACATCAAGTCCATCCCGGGCGTGATGACGATCCGCGGCTGCGCCTACG CCGGTTCCAAGGGCGTGGTGTGGGGTCCGATCAAGGACATGATCCACATCTCCCACGGCCCCGTCGGCTGCG GCCAGTACAGCTGGGCCGCCCGCCGCAACTACTACATGGGCAGGACCGGAATGGACACCTTGGTGAGGATG CAGTTCACGTCCGACTTCCAGGAAAAGGACATCGTTTTCGGCGGGGACAAGAAGCTCGCCAAGATCATGGAC GAAATCCAGGAGCTCTTCCCGCTCAACAACGGCATCACTGTCCAGTCCGAGTGTCCGATCGGCCTCATCGGC GACGACATCGAGGCCGTGTCCAAGTCGAAGTCCAAGGAATACGACGGCAAGACCATCGTTCCGGTCCGCTGC GAGGGCTTCCGCGGCGTGTCGCAGTCCCTCGGCCACCACATCGCCAACGACGCGGTGCGGGACTGGGTGTTC GACAAGCTGGACCCGAACAAGGCTCCGCCCTTCGAGCCCTCGCCGTATGACGTCGCCATCATCGGCGACTAC AACATCGGCGGCGATGCCTGGTCGTCCCGTATCCTCCTCGAGGAGATGGGCCTGCGCGTCATCGCCCAGTGG TCGGGCGACGGCTCGCTCGCCGAGCTCGAGAACACCCCGCGGGCGAAGCTGAACGTCCTGCACTGCTACCGC TCCATGAACTACATCTCCCGCCACATGGAAGAGAAGTTCGGGATCCCGTGGTGCGAGTACAACTTCTTCGGT CCCTCCAAGATCGCGGAGTCGCTGCGCAAGATCGCCGCTTACTTCGACGACAAGATCAAGGAAGGCGCCGA GCGCGTCATCGCCAAGTACGCGCCCCTCATGGACGCGGTGATCGCCAAGTATCGTCCGCGCCTCGAGGGCAA GACGGTCATGCTGTACGTGGGCGGCCTGCGTCCCCGTCACGTGATCGGCGCGTACGAAGATCTCGGCATGGA AGTGGTGGGCACGGGTTACGAGTTCGCCCACAACGACGACTATCAGCGCACCGCCCAGCACTACGTCAAGG ATGGCACGCTCATCTATGACGACGTGACCGGCTACGAGTTCGAGAAGTTCGTCGAGAAGGTCCAGCCGGATC TGGTCGGCTCGGGCATCAAGGAAAAGTACGTCTCCAGAAGATGCGCT B. Urutan nukleotida hasil sekuen gen nifd BGM9 CCGCGAAGAGGCATGTTGCGGCCAACAACATCTCCAAGGGCATCCTGAAGTATGCGAACTCCGGCGGCGTG CGCCTGGGCGGCCTGGTGTGCAACGAGCGCCAGACCGACAAGGAGTACGAGCTGGCGGAGTCGCTGGCGA AGAAGCTCGGCACGCAGCTGATCTACTTCGTGCCGCGCGACAACATCGTGCAGCACGCCGAACTGCGCCGC ATGACGGTGATCGAGTATGCGCCCGATTCCGCGCAGGCCCAGCACTACCGGAACCTTGCGACCAAGGTGCA CGGCAACTCGGGCAACGGCATCATCCCGACCCCGATCACCATGGACGAGCTCGAAGACCTGCTCATGGAGC AGGCATCATGAAGGCCGTGGACGAGAGCATCGTCGGCAAGACCGCCGCAGAGCTGGCCGTCGGCTGAAGC CATCGCGTCGATTGACCTGGGGCCGGCCTCAATTGCGGGGCCGGCCTGCCGAACGGCAACCCAACGAGAGC GAGATTGCGAAATGAGCTTGGCCCAACCGCAAAACGTTGCTGAAATCAAGGCGCGGAACAAGGAACTCAT CGCGGAAGTCCTCAAGGTTTATCCCGAGAAGACCGCGAAGCGCCGCGCGAAGCACCTCAACGTCCATGAGT CCGGCAAGTCCGACTGCGGCGTGAAGTCGAACATCAAGTCCATCCCGGGCGTGATGACGATCCGCGGCTGC GCCTACGCCGGTTCCAAGGGCGTGGTGTGGGGTCCAATCAAGGACATGATCCACATCTCCCACAAATTTTCC CAAGGGCCCCGTTGGGTGGGGCCAGTAAAGGTGGGCCGCCCGCCGGAAAATTATACATTGGCACGACCGG CATCGACCCCTTCGGGACGATGCAGTTCACGTCCGATTTCCAGGAAAAGGACATCGTTTTCGGCGGCGACA AGAAGCTCGCCAAGATCATGGACGAAATCCAGGAGCTCTTCCCGCTCAACAACGGCATCACTGTCCAGTCC GAGTGCCCGATCGGCCTCATCGGCGACGACATCGAGGCCGTGTCCAAGTCGAAGTCCAAGGAATACGACGG CAAGACCATCGTTCCGGTCCGCTGCGAGGGCTTCCGCGGCGTGTCGCAGTCCCTCGGCCACCACATCGCCA ACGACGCGGTGCGGGACTGGGTGTTCGACAAGCTGGACCCGAACAAGGCTCCGCCCTTCGAGCCCTCGCCG TATGACGTCGCCATCATCGGCGACTACAACATCGGCGGCGATGCCTGGTCGTCCCGTATCCTCCTCGAGGAG ATGGGCCTGCGCGTCATCGCCCAGTGGTCGGGCGACGGCTCGCTCGCCGAGCTCGAGAACACCCCGCGGGC GAAGCTGAACGTCCTGCACTGCTACCGCTCCATGAACTACATCTCCCGCCACATGGAAGAGAAGTTCGGGA TCCCGTGGTGCGAGTACAACTTCTTCGGTCCCTCCAAGATCGCGGAGTCGCTGCGCAAGATCGCCGCTTACT TCGACGACAAGATCAAGGAAGGCGCCGAGCGCGTCATCGCCAAGTACGCGCCCCTCATGGACGCGGTGATC GCCAAGTATCGTCCGCGCCTCGAGGGCAAGACGGTCATGCTGTACGTGGGCGGCCTGCGTCCCCGTCACGT GATCGGCGCGTACGAAGATCTCGGCATGGAAGTGGTGGGCACGGGTTACGAGTTCGCCCACAACGACGACT ATCAGCGCACCGCCCAGCACTACGTCAAGGATGGCACGCTCATCTATGACGACGTGACCGGCTACGAGTTC GAGAAGTTCGTCGAGAAGGTCCAGCCGGACCTGGTCGGCTCGGGCTCAAGGAAAAGTACTCTCCAGAAGAT GCGGGCC C. Protein hasil translasi gen nifd BGM 3 dan BGM 9 >5 3 Frame 2 (BGM3) XREEACMRPTTSPRAS*SMRTPAACAWAAWCATSARPTRSTSWRSRWRRSSARS*STSCRATTSCSTPNCAA*R*S SMRPIPRRPSTTGTLRPRCTATRATASSRPRSPWTSSKTCSWSTAS*RPWTRASSARPPQSWPSAEAIASIDLGPASI AGPACRTATQRERDCEMSLAQPQNVAEIKARNKELIAEVLKVYPEKTAKRRAKHLNVHESGKSDCGVKSNIKSIP GVMTIRGCAYAGSKGVVWGPIKDMIHISHGPVGCGQYSWAARRNYYMGRTGMDTLVRMQFTSDFQEKDIVFGG

18 DKKLAKIMDEIQELFPLNNGITVQSECPIGLIGDDIEAVSKSKSKEYDGKTIVPVRCEGFRGVSQSLGHHIANDAVR DWVFDKLDPNKAPPFEPSPYDVAIIGDYNIGGDAWSSRILLEEMGLRVIAQWSGDGSLAELENTPRAKLNVLHCY RSMNYISRHMEEKFGIPWCEYNFFGPSKIAESLRKIAAYFDDKIKEGAERVIAKYAPLMDAVIAKYRPRLEGKTVM LYVGGLRPRHVIGAYEDLGMEVVGTGYEFAHNDDYQRTAQHYVKDGTLIYDDVTGYEFEKFVEKVQPDLVGSG IKEKYVSRRCA >5 3 Frame 3 (BGM 9) REEACCGQQHLQGHPEVCELRRRAPGRPGVQRAPDRQGVRAGGVAGEEARHAADLLRAARQHRAARRTAPHD GDRVCARFRAGPALPEPCDQGARQLGQRHHPDPDHHGRARRPAHGAGMKAVDESIVGKTAAELAVG*SHRVD* PGAGLNCGAGLPNGNPTRARLRNELGPTAKRC*NQGAEQGTHRGSPQGLSREDREAPREAPQRP*VRQVRLRREV EHQVHPGRDDDPRLRLRRFQGRGVGSNQGHDPHLPQIFPRAPLGGASKGGPPAGKLYIGTTGIDPFGTMQFTSDFQ EKDIVFGGDKKLAKIMDEIQELFPLNNGITVQSECPIGLIGDDIEAVSKSKSKEYDGKTIVPVRCEGFRGVSQSLGH HIANDAVRDWVFDKLDPNKAPPFEPSPYDVAIIGDYNIGGDAWSSRILLEEMGLRVIAQWSGDGSLAELENTPRA KLNVLHCYRSMNYISRHMEEKFGIPWCEYNFFGPSKIAESLRKIAAYFDDKIKEGAERVIAKYAPLMDAVIAKYRP RLEGKTVMLYVGGLRPRHVIGAYEDLGMEVVGTGYEFAHNDDYQRTAQHYVKDGTLIYDDVTGYEFEKFVEKV QPDLVGSGSRKSTLQKMRA Keterangan : A=alanin B=aspartat/asparagin C=cystine D=aspartat E=glutamat F=Fenilalanin G=glysin H=histidin I=isoleusin M=metionin N=asparagin P=prolin Q=glutamin R=arginin S=serin T=threonine V=valin W=tryptophan Y=tyrosin Z=glutamat X=any *=kodon stop Lampiran 2. Hasil BLAST-N A. Hasil BLAST-N sekuen gen nifd BGM3 gb CP Xanthobacter autotrophicus Py2, complete genome Features in this part of subject sequence: nitrogenase iron protein nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain Score = 2529 bits (1369), Expect = 0.0 Identities = 1688/1838 (92%), Gaps = 37/1838 (2%) Query 11 CATGTATGCGGCCAACAACATCTCCAAGGGCATCCTGAAGTATGCGAACTCCGGCGGCGT 70 Sbjct CATGTATGCGGCCAACAACATCTCCAAGGGCATTCTGAAGTATGCCAACTCCGGCGGCGT Query 71 GCGCCTGGGCGGCCTGGTGTGCAACGAGCGCCAGACCGACAAGGAG-TACGAGCTGGCGG 129 Sbjct GCGCCTGGGCGGGCTGGTGTGCAACGAGCGCCAGACCGACAAGGAGCT-GGAGCTGGCCG Query 130 AG-TCGCTGGCGAAGAAGCTCGGCA-CGCAGCTGATCTACTTCGTGCCGCGCGACAACAT 187 Sbjct AGAAC-CTGGCCAAGAAGCTCGGCACCG-AGCTGATCTACTTCGTGCCGCGCGACAACAT Query 188 CGTGCAGCACGCCGAACTGCGCCGCATGACGGTGATCGAGTATGCGCCCGATTCCGCGCA 247 Sbjct CGTGCAGCACGCCGAGCTGCGCCGCATGACCGTGATCGAGTATGCGCCCGATTCGGAACA Query 248 GGCCCAGCACTACCGGAACCTTGCGACCAAGGTGCACGGCAACTCGGGCAACGGCATCAT 307 Sbjct GGCCCAGCACTACCGGAACCTTGCCACCAAGGTTCACGCCAACAAGGGCAACGGCATCAT Query 308 CCCGACCCCGATCACCATGGACGAGCTCGAAGACCTGCTCATGGAGCACGGCATCATGAA 367 Sbjct CCCGACCCCCATCACGATGGACGAGCTCGAGGACATGCTGATGGAGCACGGCATCATGAA Query 368 GGCCGTGGACGAGAG-CATCGTCGGCAAGACCGCCGCAGAGCTGGCCGTCGGCTGAAGCC 426 Sbjct GGCCGTCGACGAGAGCCA-GGTCGGCAAGACCGCCGCCGAGCTCACCG-C--CTG-AGGC Query 427 ATCG-CGTCGATTGACCTGGGGCCGGCCTCAATTGCGGGGCCGGCCTGCCGAAC-GGCAA 484 Sbjct T-GACG-C-A--G--C-GAGGCCGGCCCCAATTGCGGGGTCGGCCT-TC-ATCTGGC-A Query 485 CCC--AACGAGAGCGAGATTGCGAAATGAGCTTGGCCCAACCGCAAAACGTTGCTGAAAT 542 Sbjct CCCAAAACGAGAGCGAGATTGCGAAATGAGCTTGGCCCAACCGCAAAGCGTTGCTGAAAT Query 543 CAAGGCGCGGAACAAGGAACTCATCGCGGAAGTCCTCAAGGTTTATCCCGAGAAGACCGC 602

19 Sbjct CAAGGCGCGTAACAAAGAACTCATCGCGGAAGTTCTCAAGGTTTATCCCGAGAAGACCGC Query 603 GAAGCGCCGCGCGAAGCACCTCAACGTCCATGAGTCCGGCAAGTCCGACTGCGGCGTGAA 662 Sbjct GAAGCGCCGCGCGAAGCACCTCAACGTCCACGAGTCCGGCAAGTCCGATTGCGGCGTGAA Query 663 GTCGAACATCAAGTCCATCCCGGGCGTGATGACGATCCGCGGCTGCGCCTACGCCGGTTC 722 Sbjct GTCGAACATCAAGTCCATCCCGGGCGTGATGACGATCCGCGGCTGCGCGTATGCCGGTTC Query 723 CAAGGGCGTGGTGTGGGGTCCGATCAAGGACATGATCCACATCTCCCACGGCCCCGTCGG 782 Sbjct CAAGGGCGTGGTGTGGGGTCCCATCAAGGACATGATCCACATCTCCCACGGCCCGGTGGG Query 783 CTGCGGCCAGTACAGCTGGGCCGCCCGCCGCAACTACTACATGGGCAGGACCGGAATGGA 842 Sbjct CTGCGGCCAGTACAGCTGGGCCGCCCGCCGCAACTACTACATCGGCACGACGGGCATCGA Query 843 CACCTTGGTGAGGATGCAGTTCACGTCCGACTTCCAGGAAAAGGACATCGTTTTCGGCGG 902 Sbjct CACCTTCGTGACCATGCAGTTCACCTCGGACTTCCAGGAAAAGGACATCGTCTTCGGCGG Query 903 GGACAAGAAGCTCGCCAAGATCATGGACGAAATCCAGGAGCTCTTCCCGCTCAACAACGG 962 Sbjct CGACAAGAAGCTCGCCAAGATCATGGACGAAATCCAGGACCTGTTCCCGCTGAACAACGG Query 963 CATCACTGTCCAGTCCGAGTGTCCGATCGGCCTCATCGGCGACGACATCGAGGCCGTGTC 1022 Sbjct CATCACCGTCCAGTCCGAGTGCCCGATCGGCCTCATCGGCGACGACATCGAGGCCGTGTC Query 1023 CAAGTCGAAGTCCAAGGAATACGACGGCAAGACCATCGTTCCGGTCCGCTGCGAGGGCTT 1082 Sbjct CAAGGCGAAGTCCAAGGAATACGACAACAAGACCATCGTGCCGGTCCGCTGCGAGGGCTT Query 1083 CCGCGGCGTGTCGCAGTCCCTCGGCCACCACATCGCCAACGACGCGGTGCGGGACTGGGT 1142 Sbjct CCGCGGCGTGTCCCAGTCGCTCGGCCATCACATCGCCAACGATGCGATCCGGGACTGGGT Query 1143 GTTCGACAAGCTGGACCCGAACAAGGCTCCGCC-CTTCGAGCCCTCGCCGTATGACGTCG 1201 Sbjct GTTCGACAAGATGGACCCGAATGCGGC-CCCCCGCTTCGAGCCGTCCCCGTATGACGTCG Query 1202 CCATCATCGGCGACTACAACATCGGCGGCGATGCCTGGTCGTCCCGTATCCTCCTCGAGG 1261 Sbjct CCATCATCGGCGACTACAACATCGGTGGCGACGCCTGGTCTTCGCGCATCCTGCTCGAGG Query 1262 AGATGGGCCTGCGCGTCATCGCCCAGTGGTCGGGCGACGGCTCGCTCGCCGAGCTCGAGA 1321 Sbjct AAATGGGCCTGCGCGTGATCGCACAGTGGTCCGGCGACGGCTCGCTTGCCGAGCTCGAG Query 1322 AC-ACCCCGCGGGCGAAGCTGAACGTCCTGCACTGCTACCGCTCCATGAACTACATCTCC 1380 Sbjct GCGACTCCGAAGGCGAAGCTGAACGTCCTGCACTGCTACCGGTCCATGAACTACATCTCC Query 1381 CGCCACATGGAAGAGAAGTTCGGGATCCCGTGGTGCGAGTACAACTTCTTCGGTCCC-TC 1439 Sbjct CGCCACATGGAAGAGAAGTTCGGTATCCCGTGGTGCGAGTACAACTTCTTCGG-CCCGTC Query 1440 CAAGATCGCGGAGTCGCTGCGCAAGATCGCCGCTTACTTCGACGACAAGATCAAGGAAGG 1499 Sbjct CAAGATCGCCGAGTCGCTGCGTAAGATCGCCGCTTACTTCGACGACAAGATCAAGGAAGG Query 1500 CGCCGAGCGCGTCATCGCCAAGTACGC-GCCCCTCATGGACGCGGTGATCGCCAAGTATC 1558 Sbjct CGCCGAGCGCGTCATCGCCAAGTAC-CAGCCCCTCATGGACGCGGTCATTGCCAAGTACC Query 1559 GTCCGCGCCTCGAGGGCAAGACGGTCATGCTGTACGTGGGCGGCCTGCGTCCCCGTCACG 1618 Sbjct GTCCGCGGCTCGAGGGCAAGACCGTCATGCTGTACGTGGGCGGCCTGCGTCCCCGTCACG Query 1619 TGATCGGCGCGTACGAAGATCTCGGCATGGAAGTGGTGGGCACGGGTTACGAGTTCGCCC 1678 Sbjct TGATCGGCGCCTACGAAGACCTCGGCATGGAAGTGGTCGGCACCGGCTACGAGTTCGGCC 98545

20 Query 1679 ACAACGACGACTATCAGCGCACCGCCCAGCACTACGTCAAGGATGGCACGCTCATCTATG 1738 Sbjct ACAACGACGACTATCAGCGCACCGCCCAGCACTACGTCAAGGATGGCACGATCATCTATG Query 1739 ACGACGTGACCGGCTACGAGTTCGAGAAGTTCGTCGAGAAGGTCCAGCCGGATCTGGTCG 1798 Sbjct ACGACGTGACCGGCTATGAGTTCGAGAAGTTCGTCGAGAAGGTCCAGCCCGATCTCGTCG Query 1799 GCTCGGGCATCAAGGAAAAGTACGTCT-CCAGAAGATG 1835 Sbjct GCTCGGGCATCAAGGAAAAGTACGTGTTCCAGAAGATG B. Hasil BLAST-N sekuen gen nifd BGM9 gb CP Xanthobacter autotrophicus Py2, complete genome Length= Features in this part of subject sequence: nitrogenase iron protein nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain Score = 2410 bits (1305), Expect = 0.0 Identities = 1681/1854 (91%), Gaps = 59/1854 (3%) Sbjct CATGTATGCGGCCAACAACATCTCCAAGGGCATTCTGAAGTATGCCAACTCCGGCGGCGT Query 71 GCGCCTGGGCGGCCTGGTGTGCAACGAGCGCCAGACCGACAAGGAG-TACGAGCTGGCGG 129 Sbjct GCGCCTGGGCGGGCTGGTGTGCAACGAGCGCCAGACCGACAAGGAGCT-GGAGCTGGCCG Query 130 AG-TCGCTGGCGAAGAAGCTCGGCA-CGCAGCTGATCTACTTCGTGCCGCGCGACAACAT 187 Sbjct AGAAC-CTGGCCAAGAAGCTCGGCACCG-AGCTGATCTACTTCGTGCCGCGCGACAACAT Query 188 CGTGCAGCACGCCGAACTGCGCCGCATGACGGTGATCGAGTATGCGCCCGATTCCGCGCA 247 Sbjct CGTGCAGCACGCCGAGCTGCGCCGCATGACCGTGATCGAGTATGCGCCCGATTCGGAACA Query 248 GGCCCAGCACTACCGGAACCTTGCGACCAAGGTGCACGGCAACTCGGGCAACGGCATCAT 307 Sbjct GGCCCAGCACTACCGGAACCTTGCCACCAAGGTTCACGCCAACAAGGGCAACGGCATCAT Query 308 CCCGACCCCGATCACCATGGACGAGCTCGAAGACCTGCTCATGGAGCA-GGCATCATGAA 366 Sbjct CCCGACCCCCATCACGATGGACGAGCTCGAGGACATGCTGATGGAGCACGGCATCATGAA Query 367 GGCCGTGGACGAGAG-CATCGTCGGCAAGACCGCCGCAGAGCTGGCCGTCGGCTGAAGCC 425 Sbjct GGCCGTCGACGAGAGCCA-GGTCGGCAAGACCGCCGCCGAGCTCACCG-C--CTG-AGGC Query 426 ATCG-CGTCGATTGACCTGGGGCCGGCCTCAATTGCGGGGCCGGCCTGCCGAAC-GGCAA 483 Sbjct T-GACG-C-A--G--C-GAGGCCGGCCCCAATTGCGGGGTCGGCCT-TC-ATCTGGC-A Query 484 CCC--AACGAGAGCGAGATTGCGAAATGAGCTTGGCCCAACCGCAAAACGTTGCTGAAAT 541 Sbjct CCCAAAACGAGAGCGAGATTGCGAAATGAGCTTGGCCCAACCGCAAAGCGTTGCTGAAAT Query 542 CAAGGCGCGGAACAAGGAACTCATCGCGGAAGTCCTCAAGGTTTATCCCGAGAAGACCGC 601 Sbjct CAAGGCGCGTAACAAAGAACTCATCGCGGAAGTTCTCAAGGTTTATCCCGAGAAGACCGC Query 602 GAAGCGCCGCGCGAAGCACCTCAACGTCCATGAGTCCGGCAAGTCCGACTGCGGCGTGAA 661 Sbjct GAAGCGCCGCGCGAAGCACCTCAACGTCCACGAGTCCGGCAAGTCCGATTGCGGCGTGAA Query 662 GTCGAACATCAAGTCCATCCCGGGCGTGATGACGATCCGCGGCTGCGCCTACGCCGGTTC 721 Sbjct GTCGAACATCAAGTCCATCCCGGGCGTGATGACGATCCGCGGCTGCGCGTATGCCGGTTC Query 722 CAAGGGCGTGGTGTGGGGTCCAATCAAGGACATGATCCACATCTCCCACAAATTTTCCCA 781

21 Sbjct CAAGGGCGTGGTGTGGGGTCCCATCAAGGACATGATCCACATCT-CC-C--A------C Query 782 AGGGCCCCGTTGGG-TGGGGCCAGTAAAGGTGGGCCGCCCGCCGGAAAATTA-TACATTG 839 Sbjct GG-CCCGGTGGGCTGCGGCCAGTACAGCTGGGCCGCCCGCC-G-CAACTACTACATCG Query 840 GCACGACCGGCATCGACCCCTTCGGGACGATGCAGTTCACGTCCGATTTCCAGGAAAAGG 899 Sbjct GCACGACGGGCATCGACACCTTCGTGACCATGCAGTTCACCTCGGACTTCCAGGAAAAGG Query 900 ACATCGTTTTCGGCGGCGACAAGAAGCTCGCCAAGATCATGGACGAAATCCAGGAGCTCT 959 Sbjct ACATCGTCTTCGGCGGCGACAAGAAGCTCGCCAAGATCATGGACGAAATCCAGGACCTGT Query 960 TCCCGCTCAACAACGGCATCACTGTCCAGTCCGAGTGCCCGATCGGCCTCATCGGCGACG 1019 Sbjct TCCCGCTGAACAACGGCATCACCGTCCAGTCCGAGTGCCCGATCGGCCTCATCGGCGACG Query 1020 ACATCGAGGCCGTGTCCAAGTCGAAGTCCAAGGAATACGACGGCAAGACCATCGTTCCGG 1079 Sbjct ACATCGAGGCCGTGTCCAAGGCGAAGTCCAAGGAATACGACAACAAGACCATCGTGCCGG Query 1080 TCCGCTGCGAGGGCTTCCGCGGCGTGTCGCAGTCCCTCGGCCACCACATCGCCAACGACG 1139 Sbjct TCCGCTGCGAGGGCTTCCGCGGCGTGTCCCAGTCGCTCGGCCATCACATCGCCAACGATG Query 1140 CGGTGCGGGACTGGGTGTTCGACAAGCTGGACCCGAACAAGGCTCCGCC-CTTCGAGCCC 1198 Sbjct CGATCCGGGACTGGGTGTTCGACAAGATGGACCCGAATGCGGC-CCCCCGCTTCGAGCCG Query 1199 TCGCCGTATGACGTCGCCATCATCGGCGACTACAACATCGGCGGCGATGCCTGGTCGTCC 1258 Sbjct TCCCCGTATGACGTCGCCATCATCGGCGACTACAACATCGGTGGCGACGCCTGGTCTTCG Query 1259 CGTATCCTCCTCGAGGAGATGGGCCTGCGCGTCATCGCCCAGTGGTCGGGCGACGGCTCG 1318 Sbjct CGCATCCTGCTCGAGGAAATGGGCCTGCGCGTGATCGCACAGTGGTCCGGCGACGGCTCG Query 1319 CTCGCCGAGCTCGAGAAC-ACCCCGCGGGCGAAGCTGAACGTCCTGCACTGCTACCGCTC 1377 Sbjct CTTGCCGAGCTCGAG-GCGACTCCGAAGGCGAAGCTGAACGTCCTGCACTGCTACCGGTC Query 1378 CATGAACTACATCTCCCGCCACATGGAAGAGAAGTTCGGGATCCCGTGGTGCGAGTACAA 1437 Sbjct CATGAACTACATCTCCCGCCACATGGAAGAGAAGTTCGGTATCCCGTGGTGCGAGTACAA Query 1438 CTTCTTCGGTCCC-TCCAAGATCGCGGAGTCGCTGCGCAAGATCGCCGCTTACTTCGACG 1496 Sbjct CTTCTTCGG-CCCGTCCAAGATCGCCGAGTCGCTGCGTAAGATCGCCGCTTACTTCGACG Query 1497 ACAAGATCAAGGAAGGCGCCGAGCGCGTCATCGCCAAGTACGC-GCCCCTCATGGACGCG 1555 Sbjct ACAAGATCAAGGAAGGCGCCGAGCGCGTCATCGCCAAGTAC-CAGCCCCTCATGGACGCG Query 1556 GTGATCGCCAAGTATCGTCCGCGCCTCGAGGGCAAGACGGTCATGCTGTACGTGGGCGGC 1615 Sbjct GTCATTGCCAAGTACCGTCCGCGGCTCGAGGGCAAGACCGTCATGCTGTACGTGGGCGGC Query 1616 CTGCGTCCCCGTCACGTGATCGGCGCGTACGAAGATCTCGGCATGGAAGTGGTGGGCACG 1675 Sbjct CTGCGTCCCCGTCACGTGATCGGCGCCTACGAAGACCTCGGCATGGAAGTGGTCGGCACC Query 1676 GGTTACGAGTTCGCCCACAACGACGACTATCAGCGCACCGCCCAGCACTACGTCAAGGAT 1735 Sbjct GGCTACGAGTTCGGCCACAACGACGACTATCAGCGCACCGCCCAGCACTACGTCAAGGAT Query 1736 GGCACGCTCATCTATGACGACGTGACCGGCTACGAGTTCGAGAAGTTCGTCGAGAAGGTC 1795 Sbjct GGCACGATCATCTATGACGACGTGACCGGCTATGAGTTCGAGAAGTTCGTCGAGAAGGTC Query 1796 CAGCCGGACCTGGTCGGCTCGGGC-TCAAGGAAAAGTAC-TCT-CCAGAAGATG 1846 Sbjct CAGCCCGATCTCGTCGGCTCGGGCATCAAGGAAAAGTACGTGTTCCAGAAGATG 98703