I. PENDAHULUAN. Iridoviridae yang banyak mendapatkan perhatian karena telah menyebabkan

Transkripsi

1 I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Megalocytivirus merupakan salah satu genus terbaru dalam famili Iridoviridae yang banyak mendapatkan perhatian karena telah menyebabkan kerugian ekonomi serta kerugian lingkungan yang luas (Chinchar et al., 2009; Fu et al., 2011; Song et al., 2008). Megalocytivirus dan dua genus lainnya dalam Iridoviridae yakni Lymphocystivirus dan Ranavirus secara umum sering disebut dengan Iridovirus (Shuang et al., 2013) atau iridovirid (Chinchar et al., 2009) menjadi salah satu penyebab utama infeksi yang mengakibatkan kematian massal ikan terutama finfish. Infeksi akibat Megalocytivirus dilaporkan terjadi di Asia Tenggara, Jepang, Korea, dan meluas hingga Australia serta Amerika Utara (Kurita & Nakajima, 2012). Mekanisme infeksi Megalocytivirus pada inang belum banyak diketahui. Infeksi secara umum ditandai dengan pembengkakan dan kerusakan limpa serta ginjal yang kemudian berdampak pada kematian inang (Fu et al., 2011; Shuang et al., 2013). Hingga saat ini belum ditemukan perbedaan spesifik pada gejala klinis dan histopatologis akibat infeksi Megalocytivirus dibanding infeksi akibat virus lainnya. Karakteristik infeksi pada Megalocytivirus sangat identik sehingga pengamatan histopatologis dan gejala klinis sulit untuk membedakan jenis virus yang menginfeksi. Pengamatan histopatoligis dan gejala klinis juga sering kali tidak 1

2 2 dapat menunjukkan adanya perbedaan pada isolat yang terinfeksi dan tidak terinfeksi. Deteksi dan identifikasi merupakan hal penting dalam upaya penanganan infeksi Megalocytivirus. Metode yang digunakan dalam deteksi dan identifikasi umumnya didasarkan pada karakteristik komponen virus seperti genom maupun protein virus. Metode yang umum digunakan dalam deteksi dan identifikasi Megalocytivirus adalah melalui analisis sekuen menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR). Deteksi dan identifikasi virus juga dapat dilakukan melalui pengujian imunohistokimia, yakni suatu teknik pewarnaan khusus imunologis untuk mendeteksi konstituen jaringan secara in situ menggunakan reaksi antara antigen virus dengan antibodi (Schacht & Kern, 2015). Hingga saat ini deteksi dan identifikasi berbasis antigen atau protein Megalocytivirus belum banyak dilakukan. Hal ini dikarenakan masih terbatasnya informasi mengenai karakteristik protein Megalocytivirus yang telah tersedia serta masih sulitnya perbanyakan virus secara in vitro. Metode PCR menjadi salah satu metode yang banyak digunakan karena metode ini dianggap cukup sensitif dan akurat dalam mendeteksi dan mengidentifikasi infeksi Megalocytivirus. Deteksi dan identifikasi menggunakan PCR didasarkan pada beberapa gen yang konservatif. Hingga saat ini setidaknya empat isolat Megalocytivirus telah berhasil diidentifikasi dan diketahui sekuen genomnya secara lengkap. Berdasarkan database sekuen pada NCBI, beberapa gen dalam satu klaster virus menunjukkan tingkat kemiripan yang sangat tinggi atau

3 3 konservatif (highly conserved), namun hingga saat ini deteksi dan identifikasi pada Megalocytivirus masih terbatas mengacu pada gen adenosine triphosphatase (ATPase) dan major capsid protein (MCP) (Huang et al., 2013). Selain untuk deteksi dan identifikasi, analisis terhadap gen virus banyak dilakukan untuk memahami lebih jauh mengenai mekanisme molekuler patogenesis virus. Patogenisitas virus dipengaruhi oleh beberapa protein yang berperan dalam infeksi dan replikasi virus dalam sel inang. Menurut Dong et al. (2010), studi mengenai identifikasi dan karakterisasi struktur protein virus merupakan faktor penting dan menjadi kunci dalam mekanisme infeksi, replikasi, serta ketahanan inang terhadap infeksi yang terjadi. Beberapa protein pada Megalocytivirus telah berhasil diidentifikasi melalui penerapan bioinformatik maupun proteomik, meski demikian fungsi sebagian besar protein lainnya belum banyak diketahui, termasuk beberapa protein yang dikode gen inti (core gene) (Huang et al., 2013). Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari tingkat keragaman genetik Megalocytivirus yang menginfeksi ikan budidaya di Indonesia berdasarkan analisis sekuen pada open reading frame 62 (ORF062L) dari genom infectious spleen and kidney necrosis virus (ISKNV). ORF062L ISKNV dan gen homolognya merupakan salah satu gen yang diduga konservatif dan hanya ditemukan pada kelompok Iridoviridae. ORF062L ISKNV mengkode viral protein 62 (VP62), sebuah protein dengan ukuran paling besar dan jumlah melimpah pada ISKNV (Dong et al., 2011). Berdasarkan database pada National Center for Biotechnology Information (NCBI), VP62 diduga merupakan bagian dari putatif DNA binding protein yang berperan dalam replikasi virus pada inang dan bersifat imunogenik (Xiang et al.,

4 4 2014). Studi mengenai keragaman ORF062L ISKNV menarik dilakukan untuk mengevaluasi potensi gen sebagai penanda (marker) deteksi dan acuan dalam identifikasi Megalocytivirus. Selain itu, pengetahuan mengenai karakteristik VP62 diharapkan dapat memberikan informasi penting dalam upaya penanganan infeksi Megalocytivirus ke depannya. 1.2 Permasalahan Berdasarkan uraian di atas dapat ditarik beberapa permasalahan, yaitu: 1. Bagaimanakah tingkat keragaman genetik isolat Megalocytivirus yang menginfeksi ikan budidaya di Indonesia berdasarkan analisis ORF062L ISKNV? 2. Bagaimana karakteristik imunogenisitas protein yang dikode ORF062L ISKNV pada Megalocytivirus? 3. Apakah ORF062L ISKNV dapat dijadikan sebagai acuan atau penanda (marker) dalam deteksi dan identifikasi Megalocytivirus?

5 5 1.3 Keaslian Penelitian Penelitian ini dilakukan menggunakan isolat Megalocytivirus dari beberapa jenis ikan yang dibudidayakan di Indonesia. Tiga isolat yang digunakan dalam penelitian ini dikoleksi merupakan isolat baru, sedangkan empat isolat lainnya adalah isolat koleksi yang telah digunakan pada penelitian sebelumnya, akan tetapi analisis mengenai gen ORF062L ISKNV terhadap isolat-isolat tersebut belum pernah dilakukan. Selain itu, desain primer yang digunakan untuk mengamplifikasi gen penyandi ORF062L ISKNV dalam penelitian ini dirancang khusus dan belum pernah digunakan pada penelitian lainnya. 1.4 Tujuan Penelitian Adapun tujuan penelitian ini adalah: 1. Mengidentifikasi dan menganalisis tingkat keragaman genetik Megalocytivirus yang menginfeksi ikan budidaya di Indonesia berdasarkan sekuen ORF062L ISKNV. 2. Mempelajari karakteristik imunogenisitas protein yang dikode ORF062L ISKNV pada Megalocytivirus. 3. Mengevaluasi potensi ORF062L ISKNV sebagai penanda (marker) diagnostik pada infeksi Megalocytivirus.

6 6 1.5 Manfaat Penelitian Adapun manfaat yang dapat diperoleh dari penelitian ini di antaranya adalah mendapatkan gambaran mengenai keragaman genetik isolat Megalocytivirus yang menginfeksi beberapa jenis ikan budidaya di Indonesia. Selain itu penelitian ini juga diharapkan dapat memberikan informasi mengenai potensi ORF062L ISKNV sebagai penanda (marker) diagnostik dalam deteksi dan identifikasi serta upaya penanganan infeksi Megalocytivirus ke depannya.