Suraya Chairunisa, Priyo Wahyudi, Supandi Fakultas Farmasi dan Sains Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka
|
|
- Sugiarto Hermawan
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 MOLECULAR IDENTIFICATION USING PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) AND DNA SEQUENCING OF STRAIN DETERMINATION PATHOGENIC BACTERIA CAUSE ACUTE RESPIRATORY INFECTION (Klebsiella pneumoniae) IDENTIFIKASI MOLEKULAR DENGAN TEKNIK PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) DAN SEKUENSING DNA TERHADAP PENENTUAN STRAIN BAKTERI PATOGEN PENYEBAB INFEKSI SALURAN PERNAPASAN AKUT (Klebsiella pneumoniae) Suraya Chairunisa, Priyo Wahyudi, Supandi Fakultas Farmasi dan Sains Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka Abstract Klebsiella pneumoniae is a patogenic bacteria causing acute respiratory infection disease especially for pneumoniae. This research aims at determining the strain of the bacterium Klebsiella pneumoniae. Accurate identification in a short time for the bacteria Klebsiella pneumoniae by Polymerase Chain Reaction (PCR) technique. PCR is an enzymatic process that can double a particular nucleotide sequence in vitro. The process begining by isolating Klebsiella pneumoniae bacteria as a pathogenic bacteria by Gene Purification JET KIT methods. DNA isolates was amplified with primers 16S rrna and processed through the stages of DNA sequencing. Sequencing process was evidenced by uploading results to Genbank sequences using the BLAST program. The results stated that the sequence DNA of Klebsiella pneumoniae isolated from Siloam Hospital Karawaci Tangerang-Banten have a percent similarity of 97% of the bacteria Klebsiella pneumoniae strain DSM Keyword : Klebsiella pneumoniae, DNA, PCR, DNA Sequencing Klebsiella pneumoniae adalah bakteri patogen penyebab penyakit ISPA khususnya pneumonia. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menentukan strain dari bakteri Klebsiella pneumoniae.identifikasi yang akurat dengan waktu singkat untuk bakteri Klebsiella pneumoniae yaitu dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). PCR merupakan suatu proses enzimatik yang dapat melipatgandakan suatu sekuen nukleotida tertentu secara in vitro. Proses diawali dengan mengisolasi DNA genom bakteri Klebsiella pneumoniae sebagai bakteri patogenik dengan metode Gene JET Purification KIT. Isolat DNA diamplifikasi dengan primer 16S rrna dan diproses melalui tahap sekuensing DNA. Proses sekuensing dibuktikan dengan mengupload hasil sekuens ke Genbank menggunakan program BLAST. Hasil menyatakan bahwa sekuens DNA Klebsiella pneumoniae dari isolat Rumah Sakit Siloam Karawaci Tangerang-Banten memiliki persen kemiripan sebesar 97% terhadap bakteri Klebsiella pneumoniae strain DSM Kata Kunci : Klebsiella pneumoniae, DNA, PCR, Sekuensing DNA 1
2 PENDAHULUAN Infeksi Saluran Pernapasan Akut (ISPA) merupakan infeksi yang terdapat pada saluran nafas atas maupun saluran nafas bagian bawah yang dapat berlanjut menjadi penyakit pneumonia. Klebsiella pneumoniae merupakan bakteri Gram negatif penyebab utama pneumonia. Di Indonesia, Klebsiella pneumoniae salah satu penyebab dari pneumonia komunitas dan pneumonia nosokomial. Tercatat sebesar 45.18% sebagai penyebab pneumonia komunitas pada tahun dengan jumlah terbanyak. Sedangkan penyebab pneumonia nosokomial tercatat sekitar 19,51% pada tahun 2002 (PDPI 2003). Karena jumlah kasus yang telah tercatat cukup mengkhawatirkan, identifikasi yang akurat untuk bakteri Klebsiella pneumoniae menjadi peranan yang sangat penting. Metode identifikasi bakteri yang umum dilakukan adalah metode dengan teknik mikrobiologi. Seiring dengan perkembangan teknologi, proses pengidentifikasian bakteri dapat diupayakan lebih cepat dan lebih akurat dengan menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). PCR merupakan suatu proses sintesis enzimatik yang dapat melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu secara in vitro (Yuwono 2006) dengan menggunakan sepasang primer oligonukleotida yang berperan sebagai inisiasi amplifikasi molekul DNA dalam waktu singkat. Gen penanda yang akan digunakan adalah Gen 16S rrna. Penggunaan Gen 16S rrna untuk mengidentifikasi suatu jenis isolat bakteri yang belum dikenali (Clarridge 2004). Identifikasi bakteri uji (Klebsiella pneumoniae) dilakukan dengan menggunakan sekuen Gen 16S rrna untuk mempelajari hubungan filogenetik dari suatu spesies bakteri berdasarkan daerah conserved-nya (Willson et al. 2011). Penentukan analisis sekuen dilakukan dengan proses sekuensing DNA. Proses sekuensing DNA adalah proses penentuan urutan basa suatu DNA dengan prinsip reaksi polimerisasi DNA secara enzimatis. Hasil analisa sekuen gen tersebut menemukan persamaan secara jelas tentang kemungkinan bakteri uji tersebut bersifat spesifik terhadap spesies dari galur Klebsiella pneumoniae atau tidak. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi bakteri penyebab ISPA berdasarkan hasil sekuen Gen 16S rrna dari suatu isolat yang diperoleh dari Rumah Sakit Siloam Karawaci Tangerang-Banten. Penelitian ini diharapkan dapat menentukan strain bakteri Klebsiella pneumoniae. METODOLOGI Alat Penelitian Alat-alat yang digunakan adalah tabung reaksi, gelas ukur, erlenmeyer, mortar, stemper, batang pengaduk, spatel, timbangan analitik, vortex, micropipet, tube sentrifus 2 ml, jarum ose, inkubator, autoklaf, laminar air flow, water bath, microcentrifuge refrigerator (Bio-Lion XC-HR 20), elektroforesis (Mupid EXU), Peltier Thermo Cycler (Tanach RAY MG48), UV-transiluminator (Extra Gene). 2
3 Bahan Penelitian Isolat bakteri dari Rumah Sakit Siloam Karawaci Tangerang-Banten, Aquabides, Ethanol 50% dan 96%, ddh2o, dan GeneJET Genomic DNA Purification Kit (Thermo Scientific) yang terdiri dari lysis solution, digestion solution, proteinase K, RNAse solution, wash buffer I, wash buffer II dan elution buffer, Agarosa, Bufer TBE (Tris Bifosfat EDTA) 1X, Etidium Bromida, loading dye (Thermo Scientific), Gene Ruler 1 kb DNA ladder (Fermentas), Maxima Hot Star Green PCR Master Mix 2x (Thermo Scientific), berupa forward primer 63f (5 -CAG GCC TAA CAC ATG CAA GTC-3 ) dan reverse primer 1387r (5 -GGG CGG WGT GTA CAA GGC-3 ) Isolasi DNA Genom dengan GENEJet Kit Isolat bakteri terlebih dahulu dikultur dalam medium nutrient broth dan diinkubasi selama 24 jam pada suhu 37 o C. Sebanyak 1,5-2,0 ml kultur bakteri dalam tabung mikrosentrifus steril disentrifus pada kecepatan 5000 x g selama 10 menit. Supernatan yang terbentuk dalam tabung dibuang lalu endapan sel bakteri ditambahkan dengan 20 μl larutan Proteinase K dan 180 μl digestion solution, lalu diinkubasi selama 30 menit pada suhu 56 o C sambil sesekali dihomogenkan. Kemudian 20 μl RNAse solution ditambahkan ke dalam tabung, dihomogenkan dan diinkubasi suhu ruang selama 10 menit. Lalu 200 μl lysis solution ditambahkan dan dihomogenkan selama 15 menit. Selanjutnya ditambahkan 400 μl ethanol 50% sampai tercampur. Kemudian campuran tersebut dipindahkan ke kolom GeneJET Genomic DNA Purification yang dilengkapi dengan collection tube dan disentrifus pada kecepatan 6000 x g selama 1 menit. Kemudian larutan dalam collection tube dibuang, diganti dengan collection tube 2 ml yang baru untuk ditambahkan 500 μl wash buffer I yang telah dilarutkan dengan etanol 96% dan disentrifus pada kecepatan 8000 x g selama 1 menit. Larutan dalam collection tube dibuang, diganti dengan collection tube yang baru. Kemudian di tambahkan 500 μl wash buffer II yang sudah dilarutkan dengan etanol 96%, disentrifus dengan kecepatan x g selama 3 menit. Larutan dipindahkan kedalam kolom GeneJET Genomic DNA Purification ke tube mikrosentrifus steril 1,5 ml dan ditambahkan 200 μl elution buffer. Larutan diinkubasi selama 2 menit pada suhu ruang, dan disentrifus pada kecepatan 8000 x g selama 1 menit. Kolom purifikasi di buang, DNA disimpan dalam suhu - 20 o C (Thermo Scientific 2011). Analisis DNA Genom dengan Elektroforesis Gel agarosa 1,4% digunakan untuk elektroforesis DNA genom dilakukan dengan voltase 100 volt selama 30 menit. Agarosa 1,4% dibuat dengan cara mendidihkannya sebanyak 0,7 g dalam 50 ml aquabides steril sampai larut. Setelah larut, agarosa didiamkan sampai agak dingin. Setelah itu larutan dituang dalam cetakan gel, sisir dipasangkan dan didiamkan hingga membeku. Kemudian sisir di angkat dan nampan dipindahkan ke wadah elektroforesis yang terlebih dahulu diberikan larutan bufer TBE 1x hingga menggenangi permukaan agarosa. Hasil isolasi DNA sampel sebanyak 2 μl dicampurkan dengan 10 μl loading dye 6x. Larutan dicampurkan secara pipetting kemudian dimasukkan ke dalam sumur gel sebanyak 10 μl. Sebanyak campuran 2 μl DNA ladder, 2 μl loading dye 6x, dan 8 μl 3
4 ddh2o dimasukkan ke sumur gel yang berbeda. Gel kemudian direndam dalam larutan etidium bromida selama 15 menit dalam ruangan yang gelap. DNA kemudian divisualisasikan di UV-transluminator. Amplifikasi DNA Target 16S rrna dengan PCR Sejumlah 25 μl Maxima Hot Star Green PCR Master Mix 2x (Thermo Scientific), 3 μl hasil isolasi DNA, 2,5 μl primer forward dan reverse dan 17 μl ddh2o ditambahkan dalam mikrotube 0,2 ml. Larutan kemudian divortex dan di spin down. Sepasang primer sebanyak 2 μl ditambahkan ke dalam larutan lalu dihomogenkan. Larutan dipipet sebanyak 22 μl dan dimasukkan ke dalam microtube. Kemudian ditambahkan 3 μl template DNA, dihomogenkan dan spin down kembali lalu dimasukkan ke dalam PCR. Proses PCR diawali dengan proses denaturasi awal pada suhu 94 o C selama 3 menit untuk memisahkan untai DNA secara sempurna. Selanjutnya diikuti dengan 30 siklus yang terdiri atas denaturasi 94 o C selama 1 menit, annealing 55 o C selama 1 menit, ekstensi 72 o C selama 10 menit dan ekstensi akhir dilakukan pada suhu 72 o C selama 10 menit. Amplikon dilakukan elektroforesis selama 30 menit pada gel agarosa 1,4 % dengan tegangan 100 volt. Pada sumur yang berbeda, dimasukkan DNA ladder 1 kb dalam aquabides lalu divisualisasikan di UV-transluminator. (Thermo Scientific 2011). Sekuensing Gen 16S rrna Amplikon dimasukkan ke dalam microtube 0,5 ml kering dan steril. Untuk mencegah kebocoran dan perembesan, microtube diberi label dan disegel dengan parafilm. Sampel dikirim ke First BASE Laboratories, Malaysia untuk selanjutnya dilakukan purifikasi dan sekuensing DNA. Sekuen DNA yang diperoleh kemudian dibandingkan dan dikarakterisasi dengan sekuen database National Centre of Biotecnologi Information (NCBI) pada situs dengan program BLAST. Kemudian dipilih sekuen Gen 16S rrna dari bakteri yang muncul pada database setelah diperoleh kemiripannya dengan bakteri lain. Analisa Data Data hasil deteksi PCR dengan elektroforesis dianalisis berdasarkan ada tidaknya potongan pita DNA yang terbentuk, dan data yang ditampilkan dalam bentuk deskriptif berisi tabel dan gambar. Hasil dan Pembahasan Proses isolasi DNA dilakukan sesuai dengan protokol yang terdapat pada GeneJET Genomic DNA Purification Kit untuk bakteri Gram negatif karena bakteri patogen hasil isolasi merupakan bakteri patogen jenis Gram negatif. Tahap penting dalam isolasi DNA adalah proses perusakan atau penghancuran membran dan dinding sel. Pemecahan sel (lisis) bertujuan untuk mengeluarkan isi sel (Holme et al. 1998). Sentrifus dilakukan untuk memisahkan medium dengan bakteri dan menjamin agar medium tidak ikut terbawa. Penambahan digestion solution dan proteinase K akan membuat sel lisis, sehingga memungkinkan hancurnya struktur protein dan pelepasan 4
5 asam nukleat dari inti sel. Komponen RNA juga harus dihilangkan dengan penambahan RNAase solution, sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh. Pemurnian atau purifikasi DNA dapat dilakukan dengan penambahan lysis solution. Larutan wash buffer I dan wash buffer II digunakan untuk menjaga struktur DNA selama proses penghancuran dan purifikasi sehingga memudahkan dalam menghilangkan protein dan RNA serta mencegah perubahan pada molekul DNA. Elution buffer digunakan untuk menghasilkan DNA dengan tingkat kemurnian yang tinggi dan menjadikan DNA terelusi dengan sempurna. Setelah didapat DNA murni hasil isolasi, DNA dipisahkan menggunakan elektroforesis gel agarose 1,4% dalam bufer TBE 1X dengan voltase 100 volt selama 30 menit. TBE 1x berfungsi sebagai media penghantaran listrik, karena mengandung elektrolit berupa ion-ion yang dapat meningkatkan konduktifitas sehingga laju migrasi DNA akan lebih mudah. Loading dye mengandung xylene cyanol dan bromophenol blue berfungsi sebagai pewarna DNA sehingga mempermudah visualisasi pada saat elektroforesis. Pemisahan ditandai dengan DNA ladder 1 kb yang memiliki rentang pemisahan dari 250 bp hingga bp. Hasil elektroforesis (elektroforegram) direndam dalam etidium bromida dan dibilas dalam aquabides. Proses pembilasan dilakukan dalam waktu 5 menit untuk menghindari kerusakan DNA akibat pengaruh lingkungan. Elektroforegram divisualisasikan di atas UV transluminator untuk melihat fragmen DNA. X Gambar 1. Elektroforegram isolat DNA Klebsiella pneumoniae K6 dari pasien ISPA Rumah Sakit Siloam Karawaci Tangerang-Banten. M: DNA ladder 1 kb, K6: Isolat DNA, X: Pita DNA Klebsiella pneumoniae K6 Gambar 1 memperlihatkan visualisasi dengan UV transiluminator yang menunjukan pita DNA dengan ukuran sekitar 250 pb. Ukuran pita DNA sangat kecil dan terlihat smear, karena pengaruh mekanis saat proses isolasi yang kurang hati hati dan teliti dan penyimpanan yang terlalu lama sehingga kemungkinan berkurangnya jumlah komponen murni DNA bisa terjadi. Proses selanjutnya adalah amplifikasi isolat DNA menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan forward primer 63f (5 - CAG GCC TAA CAC ATG CAA GTC-3 ) dan reverse primer 1387r (5 -GGG CGG WGT GTA CAA GGC-3 ). Primer ini banyak digunakan untuk mengamplifikasi gen 5
6 16S rrna dari bakteri secara umum (Marchesi et al. 1998). Proses PCR dalam penelitian ini menggunakan PCR master mix 2x yang mengandung taq polymerase DNA, bufer, MgCl2, dan dntp. PCR master mix 2x adalah larutan dengan dua kali jumlah konsentrasi dari semua komponen yang dibutuhkan dalam PCR, kecuali primer dan DNA template. PCR master mix 2x memiliki keuntungan yaitu dapat mengurangi kontaminasi karena meminimalisir proses pippeting dan menghemat waktu karena dapat langsung digunakan tanpa harus melakukan proses pencampuran. Proses amplifikasi dilakukan menggunakan PCR dengan denaturasi awal pada suhu 94 C selama 3 menit untuk mempersiapkan untai DNA yang akan didenaturasi. Denaturasi pada suhu 94 C selama 1 menit bertujuan untuk memisahkan untai ganda DNA. Annealing pada suhu 55 C selama 1 menit untuk memberi waktu pada primer menempel pada daerah target tertentu dari target DNA. Ekstensi pada suhu 72 o C selama 5 menit dilakukan dengan tujuan untuk memperpanjang primer. Ekstensi akhir pada suhu 72 o C yang bertujuan untuk menyempurnakan proses penggabungan untai DNA. Proses denaturasi, annealing, dan ekstensi dilakukan sebanyak 30 siklus bertujuan untuk melipatgandakan amplikon. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan Maxima Hot Start Green PCR Master mix (2x) dari Thermo Scientific untuk mempermudah pengerjaan dan ketepatan jumlah komponen PCR yang ditambahkan. Semua proses penambahan komponen PCR dilakukan pada suhu dingin karena enzim DNA polimerase pada master mix akan memulai aktivitasnya pada suhu dingin. Analisis amplikon hasil PCR dipisahkan menggunakan elektroforesis gel agarosa 1,4% pada tegangan 100 volt selama 30 menit dan divisualisasikan di atas UV transluminator. X Gambar 2. Elektroforegram Amplikon Gen 16S rrna bakteri Klebsiella pneumoniae K6 dari pasien ISPA Rumah Sakit Siloam Karawaci Tangerang-Banten. M: DNA ladder 1 kb, K6: Hasil amplifikasi isolat DNA, X: Pita amplikon DNA Klebsiella pneumoniae K6 Gambar 2 memperlihatkan visualisasi dengan UV translluminator menunjukan pita DNA dengan ukuran sekitar 4000 pb. Meskipun pita-pita DNA yang dihasilkan kurang baik, tetapi DNA hasil isolasi dapat teramplifikasi dengan baik, 6
7 sehingga didapatkan produk DNA target yang cukup untuk proses selanjutnya. Hal ini dapat disimpulkan bahwa pada proses amplifikasi dengan PCR tidak harus dibutuhkan DNA dengan kuantitas yang benar-benar murni, karena keuntungan PCR salah satunya adalah dapat mengamplifikasi DNA target hanya dalam jumlah yang relatif kecil dan PCR dapat dikatakan memiliki tingkat sensifitas yang tinggi terhadap DNA genom. Proses selanjutnya adalah proses Sekuensing DNA. Analisa hasil sekuensing dilakukan dengan meng-input data hasil sekuens (query) pada program resmi GenBank. Sebelum meng-input data ke GenBank, data hasil sekuen dilakukan analisa terlebih dahulu untuk melihat bentuk elektroferogram yang didapat. Gambar 3. Elektroforegram Sekuen Gen 16S rrna dari bakteri Klebsiella pneumoniae K6 dari pasien ISPA Rumah Sakit Siloam Karawaci Tangerang-Banten dengan Primer Reverse 1387r Gambar 4. Elektroforegram Sekuen Gen 16S rrna bakteri Klebsiella pneumoniae K6 dari pasien ISPA Rumah Sakit Siloam Karawaci Tangerang-Banten dengan Primer Forward 63f Gambar 3 dan Gambar 4 menunjukkan hasil analisa sekuens yang terdiri dari puncak dan urutan basa nitrogen. Hasil puncak menunjukan data yang kurang baik, karena puncak yang dihasilkan saling berhimpitan satu sama lain. Puncak yang saling berhimpitan ini bisa terjadi akibat penempelan primer yang kurang sempurna pada saat proses amplifikasi, sehingga akan muncul puncak yang saling bertumpuk saat dianalisa dengan mesin sekuenser. Sekuen yang telah diperoleh dianalisis dengan data yang serupa dengan data yang telah dipublikasikan sebelumnya di GenBank menggunakan program situs online yaitu situs Program yang digunakan untuk menentukan similaritas antar sekuens DNA adalah BLAST dan ClustalW. Di dalam 7
8 kedua program tersebut terdapat algoritme yang dapat berfungsi mengukur kemiripan antar sekuens DNA yang diperbandingkan. Perbedaannya, ClustalW mengukur kemiripan di antara beberapa input sekuens, sedangkan BLAST membandingkan satu input sekuens dengan semua sekuens yang ditemukan dalam database. Pengukuran kemiripan menggunakan ClustalW dapat digunakan untuk membuat pohon filogenetik yang menggambarkan hubungan evolusi antar spesies, sedangkan BLAST mengukur semua kemiripan tanpa melihat hubungan evolusi. Gambar 5. Hasil Uji Spesifitas Sekuen Gen 16S rrna bakteri Klebsiella pneumoniae K6 dari pasien ISPA Rumah Sakit Siloam Karawaci Tangerang-Banten terhadap Primer 63f dan 1387r Dengan BLASTN Dari gambar 5 menunjukan hasil BLAST dengan NCBI didapatkan data berupa garis-garis bewarna merah. Hasil ini menunjukkan tingkat kemiripan berdasarkan suatu skala pada sekuens-sekuens yang telah disejajarkan. Warna merah menunjukkan bahwa data hasil BLAST valid, karena jika datanya kurang bagus akan ditunjukkan dengan warna biru sampai hitam. Hasil yang didapat menunjukkan garisgaris bewarna merah yang berarti kedua sekuens memiliki tingkat kemiripan yang sangat mirip yaitu lebih dari 200 nukleotida 8
9 Gambar 6. Hasil Uji Spesifitas Sekuen Gen 16S rrna bakteri Klebsiella pneumoniae K6 dari pasien ISPA Rumah Sakit Siloam Karawaci Tangerang-Banten dengan BLASTN Gambar 6 merupakan kelanjutan dari hasil BLASTN, dari data tersebut didapatkan hasil bahwa sampel isolat memiliki persen kemiripan 97% pada jenis bakteri Klebsiella pneumoniae strain DSM Nilai nol pada E-value menunjukkan sekuens homolog dengan sekuens yang terdapat di GenBank. Dari hasil identifikasi yang dilakukan secara molekular, didapatkan hasil yang sama dengan identifikasi secara mikrobiologi. Namun penelitian secara molekular memiliki hasil yang lebih luas karena bisa terlihat sampai pada tingkatan strain bakteri tersebut sedangkan untuk identifikasi secara mikrobiologi hanya sampai pada pembuktian suatu spesies bakterinya saja. 9
10 Gambar 7. Sekuens Gen 16S rrna bakteri Klebsiella pneumoniae strain DSM dengan BLASTN Dari gambar 7 menunjukan bahwa terdapat garis-garis penghubung antara sekuens yang berada di atas dengan sekuens yang berada di bawah. Garis ini menunjukkan adanya kesesuaian antara kedua sekuens dengan tingkat kesesuaian sebesar 97%. Sedangkan bagian-bagian yang tak terhubung pada garis (gaps) menunjukkan adanya perbedaan dari kedua sekuens tersebut pada saat proses penyejajaran. Data sekuen Gen 16S rrna dari sampel isolat kemudian dibandingkan dengan beberapa data sekuen Gen 16S rrna dari beberapa spesies lainnya. Hasil perbandingan sekuen ini kemudian akan divisualisasikan dalam pohon filogenetik yang dapat menunjukkan hubungan kekerabatan antara satu galur dengan galur yang lainnya. 10
11 Gambar 8. Pohon Filogenetik Sekuen Gen 16S rrna bakteri Klebsiella pneumoniae K6 dari pasien ISPA Rumah Sakit Siloam Karawaci Tangerang-Banten dengan Blast Tree View Pohon filogenetik selain menunjukkan kekerabatan antar spesies yang diperbandingkan, juga menggambarkan perubahan yang terjadi pada gen penanda untuk masing-masing spesies. Gambar 8 merupakan hasil representasi dari sampel. Dari pohon filogenetik diketahui bahwa sampel yang memiliki persentase kemiripan 97% dengan Klebsiella pneumoniae strain DSM memiliki hubungan yang dekat dengan Klebsiella variicola strain At-22. SIMPULAN Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan dengan penyejajaran Gen 16S rrna menggunakan program NCBI, didapatkan hasil akhir yang menunjukkan bahwa sekuens DNA Klebsiella pneumoniae K6 dari isolat bakeri Rumah Sakit Siloam Karawaci Tangerang-Banten memiliki persen kemiripan sebesar 97% terhadap Klebsiella pneumoniae strain DSM DAFTAR PUSTAKA Clarridge JE Impact of 16S rrna Gene Sequence Analysis for Identification of Bacteria on Clinical Microbiology and Infectious Diseases. Journal Clinical Microbiology Reviews. Vol 17 Hlm Edvotek Principles and Practice of Agarose Gel Electrophoresis. The Biotechnology Education Company. diakses 19 feb
12 PDPI (Perhimpunan Dokter Paru Indonesia) Pneumonia Komuniti: Pedoman Diagnosis & Penatalaksanaan di Indonesia. PDPI. Jakarta. Hlm. 8. Promega corporation Wizard Genomic DNA Purification Kit. USA. Thermo Scientific Genomic DNA Purification Protocols. Thermo Fisher Scientific Inc. Thermo Scientific Protocol Maxima Hot Start Green PCR Master Mix (2x). Thermo Fisher Scientific Inc. Wilson BA, Salyers AA, Whitt DD, Winkler ME Bacterial Pathogenesis Third Edition. ASM Press, Washington DC. Hlm. 12, Yuwono T Teori Dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Andy Publisher, Yogyakarta. Hlm. 1-23, ,
BAB III METODE PENELITIAN
39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan
Lebih terperinciMOLECULAR IDENTIFICATION BY USING POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) AND DNA SEQUENCING OF DIARRHEA BACTERIA PATHOGENS
MOLECULAR IDENTIFICATION BY USING POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) AND DNA SEQUENCING OF DIARRHEA BACTERIA PATHOGENS IDENTIFIKASI MOLEKULAR DENGAN TEKNIK POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN SEKUENSING DNA
Lebih terperinciBAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel
16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.
Lebih terperinciBAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
20 BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Desain Penelitian Penelitian ini bersifat deskriptif cross sectional molekuler. Data yang diperoleh berasal dari pemeriksaan langsung yang dilakukan peneliti sebanyak
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
BAB III BAHAN DAN METODE 3.1. Tempat dan Waktu Penelitian 3.1.1. Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei penyakit klorosis dan koleksi sampel tanaman tomat sakit dilakukan di sentra produksi tomat di daerah Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Deteksi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar, langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah HVI mtdna
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Autentikasi Bahan Baku Ikan Tuna (Thunnus sp.) dalam Rangka Peningkatan Keamanan Pangan dengan Metode Berbasis DNA dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling
16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Metode penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran, atau lukisan secara
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah D-loop
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap
BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE PENELITIAN
BAB III BAHAN DAN METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian 3.1.1. Lokasi Penelitian Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan berdasarkan haplotipe
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang. dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998).
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998). B. Populasi dan Sampel 1. Populasi yang
Lebih terperinci4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel
7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan
Lebih terperinciII. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR
II. BAHAN DAN METODE Ikan Uji Ikan uji yang digunakan adalah ikan nila hibrida hasil persilangan resiprok 3 strain BEST, Nirwana dan Red NIFI koleksi Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Sempur, Bogor.
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
Halaman : 1 dari 5 ISOLASI TOTAL DNA HEWAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan hewan, dapat dari insang, otot, darah atau jaringan
Lebih terperinci3. METODE PENELITIAN
29 3. METODE PENELITIAN 3.1. Lokasi dan Waktu Penelitian Lokasi penelitian meliputi Laut Sulawesi, Selat Makassar, Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo, Laut Maluku dan Teluk Tomini (Gambar
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu
BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode deskriptif (Nazir, 1983). B. Populasi dan Sampel Populasi dalam penelitian ini adalah
Lebih terperinciVISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum
VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum Pendahuluan Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
ISOLASI TOTAL DNA TUMBUHAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA PHYTOPURE Halaman : 1 dari 5 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan tumbuhan, dapat dari daun, akar, batang,
Lebih terperinciPengujian DNA, Prinsip Umum
Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian berbasis DNA dalam pengujian mutu benih memang saat ini belum diregulasikan sebagai salah satu standar kelulusan benih dalam proses sertifikasi. Dalam ISTA Rules,
Lebih terperinciBAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian Bentuk desain penelitian yang akan digunakan adalah bentuk deskriptif molekuler potong lintang untuk mengetahui dan membandingkan kekerapan mikrodelesi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
25 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian telah berlangsung sejak bulan Januari 2012 - Juli 2012 di Laboratorium Mikrobiologi, Lab. Optik, Lab. Genetika dan Lab. Biologi Molekuler Jurusan
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian dilakukan selama bulan Januari hingga April 2010 bertempat di Laboratorium Karakteristik Bahan Baku, Departemen Teknologi Hasil Perairan, Fakultas Perikanan
Lebih terperinciII. MATERI DAN METODE. Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di
II. MATERI DAN METODE 2.1 Waktu dan Tempat Penelitian Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di enam desa yaitu tiga desa di Kecamatan Grokgak dan tiga desa di Kecamatan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Data diperoleh dari sikuen DNA daerah ITS untuk merekonstruksi pohon filogenetik dalam menentukan
Lebih terperincibio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian
III. METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian 1.1. Peralatan Penelitian Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, beaker glass, cool box, labu
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dipaparkan hasil dari tahap-tahap penelitian yang telah dilakukan. Melalui tahapan tersebut diperoleh urutan nukleotida sampel yang positif diabetes dan sampel
Lebih terperinci3. METODE PENELITIAN
19 3. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret sampai Juni 2010 di Laboratorium Mikrobiologi, Biokimia dan Bioteknologi Hasil Perairan Departemen Teknologi Hasil
Lebih terperinciAsam Asetat Glacial = 5,7 ml EDTA 0,5 M ph 8.0 = 10 ml Aquades ditambahkan hingga volume larutan 100 ml
36 Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. Pembuatan Larutan Stok Tris HCL 1 M ph 8.0 (100 ml) : Timbang Tris sebanyak 12,114 g. Masukkan Tris ke dalam Erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades.
Lebih terperinciBAB 4. METODE PENELITIAN
BAB 4. METODE PENELITIAN Penelitian penanda genetik spesifik dilakukan terhadap jenis-jenis ikan endemik sungai paparan banjir Riau yaitu dari Genus Kryptopterus dan Ompok. Penelitian ini bertujuan untuk
Lebih terperinci3 Metodologi Penelitian
3 Metodologi Penelitian 3.1 Alat Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Penelitian Biokimia, Program Studi Kimia, Institut Teknologi Bandung. Peralatan yang digunakan pada penelitian ini diantaranya
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan IPB dan Laboratorium Terpadu,
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and
23 BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jl. Salemba
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh
Lebih terperinciIII. MATERI DAN METODE A.
III. MATERI DAN METODE A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September sampai dengan Desember 2015. Proses isolasi DNA, simplex-pcr dan duplex-pcr dilaksanakan di Sub Laboratorium
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Tempat dan Waktu Penelitian Kegiatan penelitan ini meliputi kegiatan kultivasi kandidat bakteri probiotik dari saluran pencernaan ikan sidat (Anguilla bicolor), uji aktivitas
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
BAB III BAHAN DAN METODE 3.1. Tempat dan Waktu Penelitian 3.1.1. Tempat Penelitian Sampling bakteri kitinolitik dilakukan di beberapa lokasi sekitar Pelabuhan Perikanan Nusantara (PPN) Kejawanan Cirebon.
Lebih terperinciLAMPIRAN. Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer 1. Pembuatan Larutan Stok a. CTAB 5 % Larutan dibuat dengan melarutkan : - NaCl : 2.0 gr - CTAB : 5.0 gr - Aquades : 100 ml b. Tris HCl
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari 2012 sampai bulan Juli 2012, yang bertempat di Laboratorium Genetika dan Biologi Molekuler Jurusan Biologi
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
9 BAB III BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2011 sampai dengan Juli 2012. Kegiatan ekstraksi DNA sampai PCR-RFLP dilakukan di laboratorium Analisis
Lebih terperinciIII. Bahan dan Metode
III. Bahan dan Metode A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan selama 3 bulan dari bulan Mei-Juli 2011 yang dilakukan di LPPT UGM Yogyakarta. B. Bahan Penelitian Sampel yang digunakan
Lebih terperinci4. HASIL DAN PEMBAHASAN
29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk
Lebih terperinciKATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis
KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens
Lebih terperinciIII. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk
27 III. METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen STX1A. 3.2 Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian
Lebih terperinciPOLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Disusun oleh: Hanif Wahyuni (1210411003) Prayoga Wibhawa Nu Tursedhi Dina Putri Salim (1210412032) (1210413031) SEJARAH Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1985
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN IV (ISOLASI RNA DARI TANAMAN) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI RNA DARI TANAMAN TUJUAN Tujuan
Lebih terperinciTeknik-teknik Dasar Bioteknologi
Teknik-teknik Dasar Bioteknologi Oleh: TIM PENGAMPU Program Studi Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Jember Tujuan Perkuliahan 1. Mahasiswa mengetahui macam-macam teknik dasar yang digunakan
Lebih terperinciIII. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk
56 III. METODOLOGI PENELITIAN A. Rancangan Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen FNBP1L. B. Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Tempat dan Waktu Penelitian Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Ilmu Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPIK) Universitas Padjadjaran.
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian murni yang dilakukan dengan metode deskriptif, yaitu suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi, gambaran atau lukisan
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan Metode Isolasi C. gloeosporioides dari Buah Avokad
15 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Balai Besar Karantina Pertanian (BBKP) Tanjung Priok Wilayah Kerja Bogor, mulai bulan Oktober 2011 sampai Februari 2012. Bahan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian, sehingga dapat menerangkan arti
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian. Penelitian ini dapat menerangkan
Lebih terperinci1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil. Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan
Lampiran 1. Data dan analisis karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah. 1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus
Lebih terperinciBAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI
BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI Di dalam Bab XII ini akan dibahas pengertian dan kegunaan teknik Reaksi Polimerisasi Berantai atau Polymerase Chain Reaction (PCR) serta komponen-komponen dan tahapan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian dasar dengan metode deskriptif (Nazir, 1988). B. Populasi dan sampel Populasi pada penelitian ini adalah
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil
Lebih terperinciOPTIMASI PCR (Polymerase Chain Reaction) FRAGMEN 724 pb GEN katg MULTI DRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS UNTUK MENINGKATKAN PRODUK AMPLIFIKASI
OPTIMASI PCR (Polymerase Chain Reaction) FRAGMEN 724 pb GEN katg MULTI DRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS UNTUK MENINGKATKAN PRODUK AMPLIFIKASI Deniariasih, N.W. 1, Ratnayani, K. 2, Yowani, S.C. 1 1 Jurusan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur
20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan
30 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan menggunakan primer NA. Primer NA dipilih karena protein neuraminidase,
Lebih terperinciIII. BAHAN DAN METODE
15 III. BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November 2009 hingga Februari 2010. Tempat penelitian adalah di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme
Lebih terperinciBAB 3 PERCOBAAN. Alat elektroforesis agarosa (Biorad), autoklaf, cawan Petri, GeneAid High Speed Plasmid
BAB 3 PERCOBAAN 3.1 Alat Alat elektroforesis agarosa (Biorad), autoklaf, cawan Petri, GeneAid High Speed Plasmid Mini kit, inkubator goyang (GSL), jarum Ose bundar, kit GFX (GE Healthcare), kompor listrik
Lebih terperinciMETODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian
14 METODOLOGI PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Tempat penelitian dilakukan di Laboratorium Unit Pelayanan Mikrobiologi Terpadu, Bagian Mikrobiologi Kesehatan, Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan
Lebih terperincimolekul-molekul agarose. Proses elektroforesis diawali dengan pembuatan gel sebagai medianya yaitu agarose dilarutkan ke dalam TAE 10 X 50 ml yang
Tujuan dari praktikum ini adalah untuk mengisolasi DNA genom yang berasal dari darah sapi segar. Selanjutnya hasil dari isolasi tersebut akan diimplifikasikan dengan teknik in- vitro menggunakan PCR (Polimerase
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan termasuk penelitian deskriptif. Penelitian deskriptif adalah metode penelitian yang bertujuan membuat gambaran secara sistematis,
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
Lebih terperinciMATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Materi Sampel Pengambilan Sampel Ekstraksi DNA Primer
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juni hingga Nopember 2010. Penelitian dilakukan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetik Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak,
Lebih terperinciII. METODE PENELITIAN
II. METODE PENELITIAN 1. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1.1. Materi Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, cawan petri, tabung reaksi, labu Erlenmeyer, beaker glass, object
Lebih terperinciPRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas
PRAKATA Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas segala nikmat dan karunia-nya, penulisan Tugas Akhir dengan judul Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. mengekstraksi DNA dari dari beberapa spesimen herbarium Rafflesia arnoldii
21 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kuantitatif untuk mengekstraksi DNA dari dari beberapa spesimen herbarium Rafflesia arnoldii R.Br dan Rafflesia
Lebih terperinciSaintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf
Saintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf Staf Pengajar Jurusan Kesehatan Masyarakat FIKK Universitas Negeri Gorontalo Abstrak (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
Lebih terperinciBab III Bahan dan Metode III.1 Bahan III. 2 Alat
Bab III Bahan dan Metode III.1 Bahan Pada penelitian ini, sampel yang digunakan dalam penelitian, adalah cacing tanah spesies L. rubellus yang berasal dari peternakan cacing tanah lokal di Sekeloa, Bandung.
Lebih terperinciDeteksi DNA Seara Visual Dengan Teknik Elektroforesis
Deteksi DNA Seara Visual Dengan Teknik Elektroforesis Laurencius Sihotang I. Tujuan 1. Mempelajari 2. Mendeteksi DNA yang telah di isolasi dengan teknik spektrofotometrik 2. mengetahui konsentrasi dan
Lebih terperinciDAFTAR ISI DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI Bab Halaman DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... ix x xii I II III PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang... 1 1.2 Identifikasi Masalah... 2 1.3 Tujuan Penelitian... 2 1.4 Kegunaan Penelitian...
Lebih terperinciTujuan Penelitian. Manfaat Penelitian
2 mikroorganisme patogen pada bahan pangan dan juga memiliki kemampuan probiotik untuk kesehatan konsumen. Berdasarkan latar belakang tersebut, maka perlu dilakukan seleksi yaitu mencari beberapa isolat
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi. Tabel 1. Sampel Darah Sapi Perah dan Sapi Pedaging yang Digunakan No. Bangsa Sapi Jenis Kelamin
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini berlangsung
Lebih terperinciIII. MATERI DAN METODE. Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini akan dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau Pekanbaru
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciBab III Metode Penelitian
Bab III Metode Penelitian Metode yang dilakukan dalam penelitian ini terdiri dari empat tahapan, dimulai dengan pengumpulan sampel, kemudian lysis sel untuk mendapatkan template DNA, amplifikasi DNA secara
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian deskriptif. Penelitian deskriptif adalah penelitian yang mendeskripsikan suatu gambaran yang sistematis dengan
Lebih terperinciIdentifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella ( )
Identifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella (10.2011.185) Identifikasi gen abnormal Pemeriksaan kromosom DNA rekombinan PCR Kromosom waldeyer Kromonema : pita spiral yang tampak pada kromatid Kromomer : penebalan
Lebih terperinciMETODOLOGI. Waktu dan Tempat Penelitian. Bahan dan Alat. Cara Kerja
17 METODOLOGI Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilakukan dari bulan Agustus 2011 sampai Maret 2012 di Laboratorium Biokatalis dan Fermentasi pada Pusat Penelitian Bioteknologi Lembaga Ilmu Pengetahuan
Lebih terperinciGambar Penerapan metode..., Anglia Puspaningrum, FMIPA UI, 2008
Gambar 52 Gambar 1. Hasil elektroforesis Escherichia coli ATCC 25922 yang diisolasi menggunakan CTAB dan diamplifikasi dengan PCR [lajur 1 dan lajur 2]. 650 pb 500 pb Gambar 2. Hasil elektroforesis sampel
Lebih terperinciDAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR...... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... INTISARI... ABSTRACT... PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang...
Lebih terperinciPETUNJUK PRAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER Oleh: Ixora Sartika M ISOLASI DNA PLASMID
PETUNJUK PRAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER Oleh: Ixora Sartika M ixomerc@uny.ac.id ISOLASI DNA PLASMID Plasmid adalah DNA ekstrakromosom yang berbentuk sirkuler dan berukuran kecil (1 200 kb). Sebagian
Lebih terperinci