ANALISIS KERAGAMAN GENETIK KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq) ASAL JAWA BARAT DENGAN PENANDA RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Transkripsi

1 ANALISIS KERAGAMAN GENETIK KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq) ASAL JAWA BARAT DENGAN PENANDA RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) MUHAMMAD IQBAL SYUKRI DEPARTEMEN BIOKIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2012

2 ABSTRAK MUHAMMAD IQBAL SYUKRI. Analisis Keragaman Genetik Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq) Asal Jawa Barat Dengan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Dibimbing oleh LAKSMI AMBARSARI dan TETTY CHAIDAMSARI. Penelitian keragaman genetik merupakan salah satu upaya untuk mengelompokkan individu dalam suatu populasi dengan berbagai tujuan seperti pemuliaan tanaman. Kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq) pada penelitian ini merupakan populasi kelapa sawit yang masih bertahan sejak zaman penjajahan Belanda dan diduga memiliki ketahanan terhadap serangan Ganoderma sp. Penelitian bertujuan untuk mengelompokkan 58 pohon kelapa sawit dengan metode RAPD. Penelitian terdiri atas empat tahap yaitu isolasi DNA, amplifikasi DNA, analisis keragaman genetik, dan konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method Arithmatic Mean) dengan software NTSYS. DNA Kelapa Sawit hasil isolasi memiliki ukuran sekitar bp dengan kualitas pita bagus. Amplifikasi DNA dengan 20 primer acak menghasilkan 1870 pita DNA dari 229 lokus dengan pita polimorfik sebesar 95%. Analisis kemiripan genetik menunjukkan nilai koefisien kemiripan genetik sebesar 69% - 95%. Pengelompokan pada nilai koefisien kemiripan genetik sebesar 76% dapat mengelompokkan populasi kelapa sawit menjadi dua kelompok besar. Semakin tinggi nilai koefisien kemiripan genetik maka semakin banyak pengelompokkan yang terjadi. Informasi yang diperoleh dapat digunakan dalam program pemuliaan tanaman kelapa sawit.

3 ABSTRACT MUHAMMAD IQBAL SYUKRI. Genetic Diversity Analysis of Oil Palm (Elaeis guineensis Jacq) From West Java By RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) Marker. Under the direction of LAKSMI AMBARSARI and TETTY CHAIDAMSARI. Genetic diversity study is the way to clustering an individual in a population for various prospect such as plant improvement. Oil palm (Elaeis guineensis Jacq) in this research are a population of oil palm that still exist since Holland colony and estimate have resistances to Ganoderma sp. Genotype information from those were conducted by RAPD. This research aims to clustering 58 oil palm trees by RAPD method. The research consist of four stages that begin from DNA isolation, DNA amplification, genetic similarity analysis, and construction of phylogenetic tree by UPGMA (Unweighted Pair Group Method Arithmatic Mean) method in NTSYS. The result of DNA isolation were showed good band and bp in size. The DNA amplification with 20 random primer were resulted 1870 DNA band from 229 locus. About 95% among of them are polymorphic band. Similarity analysis was showed the genetic similarity coeficient value about 69% - 95%. The clustering at genetic similarity coeficient value 76% was divided the population into two big group. The increasing of genetic similarity coeficient value will be obtained more cluster. This genotype information can be used as references in oil palm improvement program.

4 ANALISIS KERAGAMAN GENETIK KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq) ASAL JAWA BARAT DENGAN PENANDA RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) MUHAMMAD IQBAL SYUKRI Skripsi sebagai salah satu syarat memperoleh gelar Sarjana Sains pada Departemen Biokimia DEPARTEMEN BIOKIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2012

5 Judul Skripsi Nama NIM : Analisis Keragaman Genetik Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq) Asal Jawa Barat Dengan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) : Muhammad Iqbal Syukri : G Disetujui Komisi Pembimbing Dr. Laksmi Ambarsari, M.S Ketua Dr. Tetty Chaidamsari, M.Si Anggota Diketahui Dr. Ir. I Made Artika, M.App.Sc Ketua Departemen Biokimia Tanggal Lulus:

6 PRAKATA Alhamdulillah, segala puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala karunia-nya. Shalawat dan salam semoga selalu tercurah kepada Nabi Muhammad SAW dan para pengikutnya sampai akhir zaman sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian ini. Penelitian ini berjudul Analisis Keragaman Genetik Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq) Asal Jawa Barat Dengan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Kegiatan penelitian ini dilakukan dari bulan Desember hingga Februari 2012, bertempat di Laboratorium Balai Penelitian Bioteknologi Perkebunan Indonesia, jalan Taman Kencana No. 1, Bogor. Terima kasih penulis ucapkan kepada semua pihak yang telah membantu dalam penyelesaian penelitian ini, terutama kepada Dr. Laksmi Ambarsari, M.S selaku ketua pembimbing dan Dr. Tetty Chaidamsari, M.Si selaku anggota pembimbing dalam memberikan saran, kritik, dan bimbingannya serta orang tua dan keluarga yang selalu memberikan doa, dukungan, motivasi, dan semangat bagi penulis untuk menyelesaikan penelitian ini. Tak lupa pula ucapan terimakasih kepada teh Nina Yuniar, teh Herti Sugiarti, teh Aan, teh Dini, mas Kiki, mas Wahyu, dan segenap staf di Laboratorium Biologi Molekuler dan Rekayasa Genetika, Balai Penelitian Bioteknologi Perkebunan Indonesia atas peran, bantuan, dan kerjasamanya dalam menyelesaikan penelitian ini. Penulis juga menyampaikan terima kasih kepada rekan selama penelitian Azizah, Yusuf, mba Ijah, mba Ratna atas saran dan motivasi yang diberikan. Selain itu kepada rekan Biokimia 45, 46, 44, Aji, Rini, Nina, Iciq, Brenda, Rian, Tia, Pj, kak Iqbal, kak Endah, kak Yoshita, kak Echa, teman-teman B06, Sari, Ana, Asep, Babun, kak Nisful, dan kak Adi yang telah memberikan bantuan, kritik, dan saran bagi penulis. Semoga penelitian ini mampu memberikan informasi dan manfaat bagi yang memerlukan. Bogor, April 2012 Muhammad Iqbal Syukri