STUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I

Ukuran: px

Mulai penontonan dengan halaman:

Download "STUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I"

Utami Hartanto
6 tahun lalu
Tontonan:

1 STUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I

2 T 572 MUL

3 ABSTRAK DNA polimerase merupakan enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA. Tiga aktivitas yang umumnya dimiliki oleh enzim ini yaitu polimerase 5' -43 ', eksonuklease 5' -3' dan eksonuklease 3' - 5 ', masingmasing terletak pada domain yang berbeda. Secara berurut aktivitas polimerase terletak pada domain terminal-c, disusul aktivitas 3'-5' pada domain tengah dan aktivitas 5'--3' pada domain terminal-n. informasi mengenai komposisi (urutan) asam amino pada daerah terminal-c penting untuk studi struktur-fungsi yang berkaitan dengan aktivitas polimerisasi. Untuk mempelajari urutan asam amino di daerah tenninal-c telah dilakukan studi homologi daerah tersebut dan berbagai macam enzim DNA polimerase. Berdasarkan infonnasi urutan asam amino dan " GenBank " terdapat 2 buah daerah urutan lestari, DPNLQNIP dan QVHDELL, yang berjarak asam amino pada daerah terminal-c enzim ini. Sepasang primer telah dirancang dan disintesis untuk mengaplikasikan fragmen DNA pada daerah di atas. Dua belas dari 14 sampel DNA mikroba telah berhasil diamplifikasi oleh pasangan primer FP1-PUR1 menghasilkan fragmen 0,6 kb. Fragmen ini telah diklon pada vektor pgem-t dengan sel inang Escherichia coli JM 109. Analisis restriksi plasmid rekombinan darn berbagai transforman menyarankan bahwa plasmid pgem-t telah mengandung sisipan fragmen DNA. Analisis Iebih lanjut dengan cara penentuan urutan nukleotida telah diperoleh semua urutan DNA yang teramplifikasi dengan panjang antara 639 hingga 645 pasang basa dan in frame dengan urutan DNA potimerase terpublikasi. Analisis inscripto translation dan komparasi urutan asam amino menyarankan bahwa urutan asam amino antara dua daerah lestari dan kedua belas sampel relatif berbeda dan beberapa di antaranya terdapat persamaan. Satu dari 3 asam amino bennuatan negatif yang diduga berperan penting dalam reaksi polimerisasi dan juga ditemukan lestari pada daerah terminal-c darn 12 sampel mikroba dalam penelitian ini. Pembandingan dengan data terpublikasi pada daerah yang sama dari organisme lain menyarankan bahwa untuk genus organisme yang sama memiliki pola urutan asam amino yang mirip.

4 ABSTRACT DNA polymerase plays an important role in DNA replication process. Commonly the enzyme has three activities, i.e. 5' ~3' polymerase, 5'- *3' exonuclease and 3'-*5' exonuclease which localized in three different domains. Orderly the polymerase activity lies on the C- terminal domain, followed by 3' *5' and 5' *3' exonuclease activity domain on the N-terminal. Information concerning amino acid sequences on the C-terminal region is important for structure-function studies of the polymerase activity. Homology studies on DNA polymerases from different sources by observed on the sequence of the terminal amino acids have been conducted. C-terminal region of DNA polymerases (from GenBank i.e. NCBI) were compared which resulted in 2 conserved amino acid regions i.e. DPNLQNIP and QVHDELL. These regions which located on the C-terminal of DNA polymerase has one gap around 200 amino acids. One set of primer pairs were designed to amplify DNA fragment on the above region. Twelve out of fourteen of DNA samples, isolated from different organisms, were amplified by FP1 and PUR1 primers which resulted in 0.6 kb fragments. These fragments were cloned on pgem-t vector using E. coli JM 109 as it's host. Restriction analysis on the recombinant plasmids suggested that the fragment were succesfully ligated. Further analysis based on nucleotide sequencing suggested that the fragments length were between 639 to 645 base pairs. All sequences were in frame with the published DNA polymerase. Inscripto translation and amino acids comparison among the fragments indicated that the sequences were relatively different. However, one out of three acidic amino acids that presumed has an important role on this region was very conserved as well. Comparison of the same region of DNA polymerases with the published data suggested that the organisms within a genus has specific pattern of amino acid sequences.

dokumen-dokumen yang mirip

MEINILA SARI KONFIRMASI CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM SEBAGAI MIKROBA PENGHASIL KITINASE DAN KLONING FRAGMEN GENNYA

MEINILA SARI KONFIRMASI CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM SEBAGAI MIKROBA PENGHASIL KITINASE DAN KLONING FRAGMEN GENNYA MEINILA SARI 10703007 KONFIRMASI CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM SEBAGAI MIKROBA PENGHASIL KITINASE DAN KLONING FRAGMEN GENNYA PROGRAM STUDI SAINS DAN TEKNOLOGI FARMASI SEKOLAH FARMASI INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG