Dasar-Dasar Teknik Analisis Molekuler

Ukuran: px

Mulai penontonan dengan halaman:

Download "Dasar-Dasar Teknik Analisis Molekuler"

Suharto Setiabudi
6 tahun lalu
Tontonan:

1 Dasar-Dasar Teknik Analisis Molekuler

2 Copyright Statement: Dengan ini dinyatakan, bahwa seluruh material (teks, gambar, grafik dan seluruh alat bantu penjelas lainnya) bahan kuliah dalam format.ppt sebagaimana tercantum disini memiliki hak eksklusif intelektual bagi penyusun. Penggunaan diluar untuk keperluan pembelajaran sebagaimana disepakati dalam pemberian material harus mendapatkan izin tertulis dari penyusun dan pelanggaran dalam hal ini akan dikenakan sanksi hukum sebagaimana berlaku di Negara Kesatuan Republik Indonesia.

3 2.1. Isolasi DNA

4 2.1. Isolasi DNA Genomik Tujuan : Membebaskan molekul DNA didalam sel tanpa merusak keutuhan molekul DNA, (protein histon, inti sel, dinding sel). Hal Penting yang harus dipertimbangkan 1. Keutuhan ukuran molekul DNA 2. Efektifitas isolasi 3. Kemurnian DNA hasil isolasi 4. Praktis dan ekonomis

5 Langkah-Langkah Isolasi 1. Pemecahan sel dari jaringan: cara: Mekanis, dengan menggerus jaringan (akar, daun, batang dll) kimiawi, dengan menggunakan enzim spt. sellulase, pektinase, dan lain-lain. Pemurnian dilakukan dengan cara lisis menggunakan deterjen spt: SDS = Sodium Duodecyl Sulfonat CTAB = Hexadecyltrimethyl ammonium bromide 2. Deproteinase: cara : Proteinase K, Phenol yang dilanjutkan dengan mengendapkannya dengan Chloroform dan isoamylalkohol

6 3. Pemanenan DNA: Cara: Kromatografi adsorpsi, Kromatografi pertukaran ion, Presipitasi dengan, isopropanol ataupun alkohol Isolasi juga dapat dilakukan dengan Kit Isolasi tetapi harganya mahal Kontrol Kualitas: Cara : Teknik elektrophoresis standar menggunakan gel agarose

Contoh hasil analisis kualitas DNA dengan elektrophoresis standar 25 50 1 2 3

7 Contoh hasil analisis kualitas DNA dengan elektrophoresis standar Sumber DNA Genomik asparagus, dokumentasi Jamsari

8 2.2. Elektroporesis

9 Electrophoresis: Proses pemisahan molekul-molekul dengan menggunakan arus listrik Bedakan dengan : Electrophoration Diperkenalkan tahun 1973 bersamaan dengan penemuan agarose (Sambrook, et al. 1973)

bermigrasi lambat, molekul kecil bermigrasi cepat

10 Prinsip: DNA bermuatan negatif, karena itu mengalir dari negatif menuju positif Molekul besar bermigrasi lambat, molekul kecil bermigrasi cepat Power Supply Horizontal electrophoresis Vertical electrophoresis

11 Gambar Bak Elektrophoresis Sumber: Bio Rad (Jerman)

12 Faktor penentu laju migrasi 1.Berat molekul, 2.Konsentrasi gel, 3.Bentuk konformasi dari molekul DNA, 4.dan kekuatan arus listrik 1.Berat molekul, Semakin berat semakin lambat

13 2. Konsentrasi gel, Kisaran daya pisah molekul DNA pada berbagai konsentrasi gel agarose Konsentrasi agarose (% [w/v]) Kisaran molekul DNA dalam bentuk linear yang efisien untuk dipisahkan (kb) 0,3 5,0-60,0 0,6 1,0-20,0 0,7 0,8-10,0 0,9 0,5-7,0 1,2 0,1-6,0 1,5 0,2-3,0 2,0 0,1-2,0 Methaphore gel untuk molekul DNA berukuran kecil < 0,3 kb

14 polyaccrylamid gel (PAGE). Acrylamid dan Methylenbisacrylamid untuk memisahkan dengan resolusi beberapa basa Kisaran efektif pemisahan molekul DNA pada berbagai konsentrasi PAGE Konsentrasi PAGE [%(w/v)] Kisaran molekul DNA yang efisien untuk dipisahkan (bp) Xylen Xyanol Bromophenol Blue 3, , , , , ,

15 M Contoh Penggunaan PAGE 300 bp 200 bp 100 bp Sumber: Jamsari

16 Power Supply Pengatur arah arus Pompa pendingin PFGE (Pulse Field Gel Elektrophoresis).

17 Penentuan besar ukuran insert 20 klon BAC terpilih yang dirunning dengan menggunakan PFGE setelah dilakukan pemotongan enzim NotI M M kb 97.0 kb 48.5 kb 23.1 kb 6.5 kb Sumber: Jamsari

18 SELESAI

dokumen-dokumen yang mirip

1 0,53 0,59 2 0,3 0,2 3 0,02 0,02 4 0,04 0,04 5 0,3 0,3 Ilustrasi rangkaian isolasi DNA tersebut dapat dilihat pada Gambar 1 berikut.

1 0,53 0,59 2 0,3 0,2 3 0,02 0,02 4 0,04 0,04 5 0,3 0,3 Ilustrasi rangkaian isolasi DNA tersebut dapat dilihat pada Gambar 1 berikut. PERBANDINGAN BEBERAPA METODE ISOLASI DNA UNTUK PENENTUAN KUALITAS LARUTAN DNA TANAMAN SINGKONG (Manihot esculentum L.) Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai macam