DAFTAR ISI. I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Rumusan Masalah Batasan Penelitian Tujuan Penelitian Manfaat Penelitian...

Transkripsi

1 DAFTAR ISI Halaman Halaman Judul... i Halaman Pengesahan... iii Halaman Pernyataan... iv Halaman Persembahan... v Kata Pengantar... vi Daftar Isi... viii Daftar Tabel... x Daftar Gambar... xi Daftar Lampiran... xiii Daftar Istilah... xiv Intisari... xvii Abstract... xviii I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Rumusan Masalah Batasan Penelitian Tujuan Penelitian Manfaat Penelitian... II. TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Cendana Tata nama Deskripsi botanis Sebaran tumbuh Permudaan alam Pemanfaatan dan status konservasi Keragaman Genetik Pemuliaan Cendana Isoenzim... III. METODE PENELITIAN 3.1 Lokasi dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat Penelitian Bahan penelitian Alat penelitian Tahapan Penelitian Pemetaan kelompok cendana viii

2 3.3.2 Inventarisasi potensi jumlah cendana Pengambilan sampel daun untuk analisis isoenzim Analisis isoenzim Analisis hasil isoenzim Pengamatan individu fase reproduktif yang mampu menghasilkan bunga dan buah serta pengambilan buah masak Uji viabilitas biji (uji tetrazolium)... IV. HASIL DAN ANALISIS HASIL 4.1 Deskripsi Lokasi Penelitian Potensi Jumlah Cendana Variasi Genetik pada Permudaan Alam Cendana Jumlah alel dan kedudukan Rf (Relative value to the bromophenol blue front) Frekuensi alel pada berbagai fase hidup dan lokasi serta penyebarannya Proporsi lokus polimorfik (P LP ), rerata jumlah alel per lokus (A/L), nilai alel efektif per lokus (v), heterozigositas observasi (H o ), heterozigositas harapan (H e ), dan indeks fiksasi (F is ) pada berbagai fase hidup dan lokasi Pola Pewarisan Genetik Cendana dari Induk kepada Keturunannya. 4.5 Kemampuan Reproduksi Generatif... V. PEMBAHASAN 5.1 Variasi Genetik Permudaan Alam Cendana Jumlah alel dan kedudukan Rf Variasi genetik antar lokasi Kelompok cendana di bukit Kelompok cendana di bukit Variasi genetik antar generasi Pola Pewarisan Genetik Cendana dari Induk kepada Keturunannya. VI. KESIMPULAN DAN SARAN 6.1 Kesimpulan Saran... DAFTAR PUSTAKA ix

3 DAFTAR TABEL 1. Komposisi larutan extract buffer Komposisi running gel Komposisi spacer gel Komposisi larutan bromophenol blue Komposisi larutan stock buffer dan running buffer Komposisi larutan staining Komposisi staining buffer Komposisi koenzim dan bahan lain Komposisi substrat Lama perendaman masing-masing sistem enzim Jumlah alel dan kedudukan Rf cendana di pertanaman uji provenan di Wanagama Frekuensi dan penyebaran alel dalam lokus pada berbagai fase hidup Frekuensi dan penyebaran alel dalam lokus pada berbagai lokasi Parameter variasi genetik pada berbagai fase hidup Parameter variasi genetik pada berbagai lokasi Produksi dan viabilitas biji kelompok cendana di bukit Genotip individu-individu reproduktif yang menghasilkan buah masak dan tersampel dalam analisis isoenzim di kedua bukit... Halaman x

4 DAFTAR GAMBAR Halaman 1. (a) Fase semai dari biji, (b) Fase semai dari trubusan akar, (c) Fase juvenil dari biji, (d) Fase reproduktif dari biji, dan (e) Fase reproduktif dari trubusan akar (a) Tabung ependorf untuk menyimpan sampel daun dan (b) Pelabelan pada individu yang tersampel (a) Neraca digital untuk menimbang sampel, (b) Koloid sampel dimasukkan ke dalam tabung ependorf, (c) Alat pendingin sampel sementara, (d) Refrigerated centrifuge, (e) Supernatant dipisahkan dari pellete menggunakan syring, dan (f) Supernatant diurutkan sesuai nomor sampel Proses pengadukan larutan komponen gel menggunakan magnetic stirrer (a) Proses pengisian running gel dan spacer gel pada plat kaca menggunakan pipet volumetrik dan (b) Proses pemadatan gel dengan penyinaran Dari kiri ke kanan adalah cool ace pump, electrophoresis batch, dan power supply (a) Pengisian supernatant ke dalam lubang sampel menggunakan syring dan (b) Proses pergerakan sampel menuju dasar gel selama elektroforesis (a) Pemisahan spacer gel dari running gel dengan cara pemotongan dan (b) Penuangan larutan staining pada gel hasil elektroforesis (a) Penggoyangan menggunakan electric shaker dan (b) Gel hasil pewarnaan Gel yang telah diberikan larutan fiksasi A Proses pengeringan gel Lokasi penelitian dengan keterangan a adalah bukit 1 dan b adalah bukit Pembagian bukit 1 menjadi 3 subwilayah berdasarkan penyebaran cendana Perbedaan kondisi vegetasi bukit 1 dan bukit 2: (a) Bukit 1 dan (b) Bukit Penyebaran PU dalam inventarisasi potensi jumlah cendana di bukit Grafik kerapatan berbagai fase pertumbuhan cendana di bukit Contoh gel hasil analisis isoenzim cendana untuk sistem enzim DIA Contoh gel hasil analisis isoenzim cendana untuk sistem enzim SHD Contoh gel hasil analisis isoenzim cendana untuk sistem enzim EST Penyebaran alel pada lokus Dia-1 di bukit xi

5 21. Penyebaran alel pada lokus Dia-1 di bukit Penyebaran alel pada lokus Dia-2 di bukit Penyebaran alel pada lokus Dia-2 di bukit Penyebaran alel pada lokus Est-1 di bukit Penyebaran alel pada lokus Est-1 di bukit Penyebaran alel pada lokus Est-2 di bukit Penyebaran alel pada lokus Est-2 di bukit Penyebaran alel pada lokus Est-3 di bukit Penyebaran alel pada lokus Est-3 di bukit Penyebaran alel pada lokus Shd-1 di bukit Penyebaran alel pada lokus Shd-1 di bukit (a) Contoh biji dengan jaringan baik (viabel) dan (b) Contoh biji dengan jaringan lemah xii

6 DAFTAR LAMPIRAN 1. Daftar alat untuk analisis isoenzim 2. Daftar bahan kimia untuk analisis isoenzim 3. Daftar peralatan uji viabilitas biji (uji tetrazolium) 4. Hasil interpretasi isoenzim (pembacaan genotip) 5. Distribusi nilai alel efektif (v) 6. Distribusi nilai heterozigositas teramati (H o ), heterozigositas harapan (H e ), dan indeks fiksasi (F is ) xiii

7 DAFTAR ISTILAH A/L : Assortative mating : Banding pattern : Disassortative mating: (random mating) Elektroforesis : F is : Gel : Gene flow : Genetic base : Genetic drift : Heterozigositas : H e : H o : rata-rata jumlah alel pada setiap lokus. perkawinan dengan preferensi tertentu sehingga tidak terjadi secara acak, sering disebut kawin secara pilih-pilih. pola berkas pada gel yang muncul dalam analisis isoenzim dan menggambarkan posisi alel pada suatu lokus sebagai garis. perkawinan yang terjadi secara acak diantara individu-individu di dalam suatu populasi. Proses pemisahan antar molekul enzim pada media gel poliakrilamida berdasarkan ukuran dan berat molekul enzim tersebut dalam kondisi dialiri arus listrik searah. Fixation index (indeks fiksasi). media yang digunakan dalam analisis isoenzim terbuat dari bahan polyacrylamide. aliran gen, dapat berupa perpindahan biji maupun tepung sari. basis genetik. damparan genetik, merupakan proses stokastik penurunan keragaman genetik yang hasilnya tidak dapat diprediksi karena dipengaruhi peluang dan bersifat random. proporsi individu heterozigot dalam suatu populasi. expected heterozygosity (heterozigositas harapan). observed heterozigosity (heterozigositas teramati). xiv

8 Homozigositas : Inbreeding : Inbreeding depression : Isoenzim : Missing allele : Monomorfik : Nc : Ne : Outcrossing : p i : p it : Polimorfik : Populasi : proporsi individu homozigot dalam suatu populasi. perkawinan silang dalam atau perkawinan kerabat. depresi silang dalam, merupakan gejala depresi sebagai akibat terbentuknya keturunan homozigot hasil perkawinan silang dalam. Gejala ini dapat terjadi pada level pre-zigotik atau post-zigotik; dan dapat berupa penurunan vigor, ukuran, laju pertumbuhan, dan atau tingkat fertilitas. enzim yang memiliki fungsi yang sama dengan susunan asam amino yang berbeda. alel yang tidak terdapat dalam suatu populasi namun sebenarnya ada pada populasi yang lain. kondisi pada saat tidak ditemukannya variasi (frekuensi alel yang paling sering muncul lebih dari 0,99). total jumlah individu dewasa (fase reproduktif). jumlah individu dewasa (fase reproduktif) yang menghasilkan bunga, buah, dan biji. perkawinan silang luar antara tetua yang berbeda secara genetik. frekuensi alel ke-i. frekuensi alel ke-i dari total populasi. kondisi pada saat ditemukannya variasi (frekuensi alel yang paling sering muncul kurang dari 0,99). suatu kelompok organisme yang tersusun atas spesies yang sama yang menempati areal tertentu dengan luasan sedemikian rupa sehingga masing-masing individu memiliki kesempatan yang sama untuk saling berkawin silang dalam areal tersebut. xv

9 P LP : Proses staining : Provenan : Rare allele : Ras lahan : Rf : Root suckers : Running gel : Spacer gel : v : Variasi genetik spasial : Variasi genetik temporal persentase lokus polimorfik. proses pewarnaan gel menggunakan larutan staining pada analisis isoenzim. sebaran alami suatu spesies; ras geografis. alel langka; alel yang frekuensi kemunculannya kurang dari 0,1. suatu kelompok organisme hasil introduksi yang telah mampu beradaptasi, bereproduksi secara seksual, dan melampaui beberapa generasi. Relative value to the bromophenol blue front (perbandingan jarak pergerakan suatu alel terhadap jarak pergerakan bromophenol blue pada suatu gel hasil elektroforesis). propagasi vegetatif melalui trubusan akar. gel dengan konsentrasi 7,5% pada analisis isoenzim yang berfungsi untuk menganalisis pergerakan enzim. gel dengan konsentrasi 3,75% dalam analisis isoenzim yang berfungsi untuk tempat meletakkan sampel. rerata alel efektif. variasi genetik antar populasi pada dimensi ruang yang berbeda. variasi genetik antar dimensi waktu yang berbeda (fase hidup). xvi