The Origin of Madura Cattle

Transkripsi

1 The Origin of Madura Cattle Nama Pembimbing Tanggal Lulus Judul Thesis Nirmala Fitria Firdhausi G Achmad Farajallah RR Dyah Perwitasari 9 Agustus 2010 Asal-usul sapi Madura berdasarkan keragaman genom mitokondria The Origin of Madura Cattle Based on Mitochondrial DNA Ringkasan Sapi madura adalah salah satu jenis sapi lokal Indonesia. Proses persilangan hingga diperoleh sapi madura selama ini tidak tercatat dengan baik dan masih terdapat perbedaan pada beberapa data hasil penelitian. Sapi madura diperkirakan berasal dari persilangan antara B. indicus dengan B. javanicus. Ada pula yang menyatakan bahwa sapi madura merupakan hasil persilangan antara pejantan B. indicus dengan betina campuran B. javanicus atau B. taurus. Penelusuran sejarah persilangan dan kekerabatan sapi madura dapat dilakukan dengan menganalisis variasi genom mitokondria (mtdna). Setiap individu yang memiliki indukan yang sama akan memiliki tipe mtdna yang sama. Hal ini disebabkan karena mtdna diturunkan melalui garis maternal. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui kejelasan asal usul sapi madura berdasarkan garis keturunan maternal dengan menggunakan penanda mtdna Cyt b, trna Thr, trna Pro, dan Dloop. Penelitian ini diharapkan dapat memberi informasi genetik dan asal-usul sapi madura, sehingga dapat digunakan untuk membantu peningkatan program pemuliaan dan konservasi sapi madura. Sampel darah sapi madura yang digunakan berasal dari beberapa desa di Kabupaten Sampang dan Bangkalan. Sampel diekstraksi menggunakan metode yang dikembangkan oleh Sambrook et al. (1989) dengan sedikit modifikasi. Amplifikasi dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Proses visualisasi yang dilakukan menggunakan tehnik elektroforesis gel poliakrilamid (PAGE 6%) dan dilanjutkan dengan pewarnaan sensitif perak menurut Tegelstrom (1986). Proses perunutan menggunakan metode Dideoxi Terminator dengan dntp berlabel (big dye terminator). Analisa data meliputi penghitungan komposisi nukleotida, laju subtitusi, jarak genetik dan rekonstruksi pohon filogeni. Penghitungan jarak genetik dilakukan berdasarkan model subtitusi Kimura 2 Parameter. Rekonstruksi pohon filogeni menggunakan metode Neighbour Joining (NJ) dengan boostrap 1000 kali. Hasil runutan nukleotida yang didapatkan dari sampel sapi madura setelah disejajarkan, terbagi menjadi 203 bp gen Cyt b, 70 bp gen trna Thr, 66 bp trna Pro. Pada daerah Dloop terdapat hasil yang bervariasi yaitu 373 bp untuk sampel madura 14 dan 26, 374 bp untuk madura 38, 534 bp untuk sampel madura 41 dan 29, 512 bp untuk madura 32. Variasi panjang runutan pada Dloop disebabkan karena adanya ruas berulang. Ruas berulang hanya ditemukan pada sapi madura sampel 29, 32, dan 41. Hasil rekonstruksi pohon filogeni baik dengan menggunakan ruas mtdna yang stabil (Cyt b dan trna) maupun yang memiliki laju mutasi tinggi (Dloop) menunjukkan sampel sapi madura terbagi menjadi dua kelompok dalam cabang yang berbeda. Sapi madura I terlihat berkelompok dalam satu cabang dengan B. indicus dan sapi madura tipe II berkelompok dengan B. javanicus. Percampuran pada asal nenek moyang sapi madura kemungkinan disebabkan karena kecilnya tingkat keberhasilan persilangan antara B. javanicus dengan B. indicus. Kecilnya tingkat keberhasilan persilangan kemungkinan disebabkan karena perbedaan bentuk kromosom Y diantara keduanya. Bos indicus memiliki bentuk kromosom akrosentris sedangkan B. javanicus memiliki bentuk kromosom metasentris. Perbedaan bentuk kromosom mengakibatkan gangguan pada proses spermatogenesis, sehingga terkadang F1 jantan yang dihasilkan keduanya bersifat steril. Persilangan antara banteng dan B. indicus diperkirakan terjadi sejak masuknya kebudayaan hindu yang dibawa oleh bangsa india ke Indonesia. Awal masuknya bangsa india ke Indonesia terjadi sekitar 1800 tahun yang lalu dengan membawa sapi-sapi dari jenis B. indicus. Sapi-sapi jenis B. indicus ini kemudian disilangkan dengan banteng yang masih banyak dijumpai sebelum penggundulan hutan sekitar 150 tahun yang lalu di Pulau Madura. page 1 / 6

2 Abstract page 2 / 6

3 page 3 / 6

4 Madura cattle was one of native cattle from Indonesia. The origin of madura cattle had not known clearly. Many reports said that madura cattle came from the crosses of Bos javanicus (banteng), Bos taurus and Bos indicus. To understand the maternal inheritance in madura cattle, we analyzed the nucleotide sequence of Cyt b gen, trna Thr and Pro, also Dloop region from mitochondrial genom. The reconstruction of phylogenetic tree using Neighbour Joining Method based on Kimura 2 Parameter showed that madura cattle grouped into two types, that are B. javanicus type and B. indicus type. This research result supported many authors that there were a mixing of the maternal origin of madura cattle. Further investigation is needed to determine the origin madura cattle based on paternal liniages and mitochondrial diversity. This conservation investigation is needed to improve quality of madura cattle. [ Thesis Lengkap - fulltext] page 4 / 6

5 page 5 / 6

6