Kolokium Liliani Isna Devi G
|
|
- Harjanti Susanto
- 7 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 Kolokium Liliani Isna Devi G Liliani Isna Devi, Achmad Farajallah, dan Dyah Perwitasari Identifikasi Larva Famili Gobiidae dari Sungai Kedurang, Bengkulu melalui DNA Barcode. Kolokium disampaikan Tanggal 10 Nopember 2011, Departemen Biologi FMIPA IPB PENDAHULUAN Latar Belakang Ikan Gobi merupakan anggota famili Gobiidae dengan ciri sirip ventral menyatu dan membentuk piringan penghisap. Hal ini memungkinkan mereka untuk tetap pada posisinya di perairan dengan arus yang deras (Kottelat M & Whitten AJ 1993). Famili Gobiidae dikelompokkan ke dalam spesies diadromous (bermigrasi antara laut dan air tawar) yang bersifat katadromous, yaitu bermigrasi dari air tawar ke laut untuk melakukan pemijahan. Di laut, telur akan menetas dan berkembang menjadi larva, dan selanjutnya akan berkembang menjadi dewasa di sungai. Keberadaan larva ikan terkait dengan parameter ph, temperatur, salinitas, kecepatan arus, plankton page 1 / 14
2 dan turbiditas (McDowall 2007). Daerah estuaria merupakan perairan yang subur dan berfungsi sebagai habitat untuk berlindung, mencari makan, zona reproduksi, zona asuhan, dan zona pembesaran bagi berbagai jenis ikan, baik jenis-jenis ikan yang menetap maupun migran. Komposisi jenis dan jumlah individu larva ikan di daerah estuari selalu berfluktuasi. Hal ini berkaitan dengan migrasi ikan yang mencari kondisi lingkungan sesuai dan dipengaruhi pula oleh kondisi pasang surut (Subiyanto et al. 2008). Identifikasi spesies dari larva ikan sulit dilakukan berdasarkan ciri morfologi yang biasa dilakukan secara konvensional. Selain itu, sebagian besar panduan identifikasi morfologi ikan berdasarkan pada ikan dewasa. Dalam penelitian yang direncanakan ini, kami akan mengaplikasikan metode identifikasi ikan menggunakan DNA Barcode. Penggunaan DNA Barcode sebagai pengenal suatu spesies dapat mengidentifikasi berbagai tingkat kehidupan hewan (Victor et al. 2009). DNA Barcode telah menarik perhatian dunia sebagai sistem yang mengidentifikasi spesies secara cepat dan tepat dengan menggunakan urutan pendek DNA (Meier et al. 2006). Ruas DNA yang banyak digunakan sebagai barcode adalah sekitar 700 bp di bagian ujung 5 gen cytochrome oxidase 1 (COI) dalam genom mitokondria yang dapat mengidentifikasi hampir semua spesies hewan (Ward et al. 2005), baik interspesifik maupun intraspesifik (Hebert et al. 2003). Teknik ini tidak hanya mempunyai kegunaan yang potensial untuk mengidentifikasi spesies yang telah dikenali tapi juga dapat menemukan spesies baru (Hajibabaei et al. 2005), serta dapat mengungkapkan fenomena spesies cryptic. Tujuan Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi komposisi spesies anggota famili Gobiidae dalam kumpulan ikan di estuari Sungai Kedurang, Bengkulu menggunakan DNA Barcode. Waktu dan Tempat page 2 / 14
3 Penelitian ini akan dilaksanakan pada bulan November 2011 sampai Maret 2012 di bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan Departemen Biologi, IPB. BAHAN DAN METODE Sampel Ikan Kumpulan ikan yang diambil dari estuari sungai Kedurang Bengkulu merupakan koleksi Dr. Achmad Farajallah IPB. Kumpulan ikan diambil satu kali pada minggu kedua bulan Juli 2011 dan dua kali pada minggu keempat bulan Agustus Semua sampel disimpan dalam alkohol 70% yang mengandung EDTA 10 mm. Idenfifikasi sampel Kumpulan larva ikan disortir berdasarkan ada tidaknya sirip cakram ventral sebagai ciri pembeda anggota Famili Gobiidae. Penyortiran ikan lebih lanjut akan dilakukan berdasarkan bentuk kepala, bentuk tubuh, bentuk mata dan pola melanophore. Ekstraksi dan Isolasi DNA Sampel jaringan yang digunakan sebagai sumber DNA adalah jaringan otot dari seluruh bagian tubuh, terutama bagian tubuh belakang sejak anus sampai ekor. Ekstraksi dan isolasi DNA akan menggunakan DNA Extraction Kit for animal tissue (Geneaid). Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA Amplifikasi ruas gen CO1 mtdna akan dilakukan dengan menggunakan primer universal gen CO1 pada ikan ( Kondisi PCR akan dioptimasikan untuk memperoleh ruas DNA target atau amplikon yang spesifik untuk setiap pasangan primer. Pengujian amplikon akan dilakukan dengan metode polyacrilamiide gel electrophoresis (PAGE) 6% yang dilanjutkan dengan pewarnaan sensitive perak (Byun et al. 2009). Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequensing page 3 / 14
4 Amplikon yang berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai dengan desain primer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Proses PCR untuk sequencing menggunakan primer yang sama dengan amplifikasi sebelumnya dengan metode big dye terminator cycle sequencing. Runutan nukleotida yang diperoleh akan diedit kemudian saling disejajarkan dengan runutan nukleotida referensi dari Genbank menggunakan program Clustal W 1.8 yang terdapat dalam program MEGA versi 4.00 (Tamura et al. 2007). Runutan nukleotida referensi diperoleh berdasarkan data famili Gobiidae yang terdapat pada Genbank dengan cara hasil sekuensing dijadikan input dalam BLAST ( Analisis keragaman nukelotida dan filogenetik dilakukan dengan menggunakan MEGA versi 4.00 berdasarkan model subtitusi Kimura-2-parameter. Sedangkan analisis kekerabatan menggunakan metode neighbour joining (NJ) dengan bootstrap 1000x. DAFTAR PUSTAKA Byun SO, Fang Q, Zhou H, Hickford JGH An effective method for silver-staining DNA in large numbers of polyacrylamide gels. Anal Biochem 385: Hajibabaei et al DNA barcode distinguish species of tropical Lepidoptera. PNAS 103: Hebert PDN, Ratnasingham S, dan dewaard JR Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc R Soc 270: Kottelat M, Whitten AJ Freshwater Fishes of Weatern Indonesi and Sulawesi. Germany: Zoologische Staatssammlung. page 4 / 14
5 McDowall RM On amphidromy, a distinct form of diadromy in aquatic organism. Fish and Fisheries 8: Meier R, Shiyang K, Vaidya G, Peter DNA barcoding and taxonomy in diptera: a tale of high intraspecific variability and low identification success. Systematic Biology 55(5): Subiyanto, Ruswahyuni, Cahyono DG Komposisi dan distribusi ikan pelagis di estuaria Pelawangan Timur, Segera Anakan, Cilacap. Saintek Perikanan 4: Tamura K, Dudley J, Nei M Kumar S MEGA4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution 24: Victor BC, Hanner R, Shivji M, Hyde J Identification of the larval and juvenile stages of the Cubera Snapper, Lutjanus cyanopterus using DNA barcoding. Zootaxa 2215: Ward RD, Zemlak TS, Innes B, dan Last P DNA Barcoding Australia s fish species. Philosophical Transactions of The Royal Society 360: Liliani Isna Devi, Achmad Farajallah, dan Dyah Perwitasari Identifikasi Larva Famili Gobiidae dari Sungai Kedurang, Bengkulu melalui DNA Barcode. Kolokium disampaikan Tanggal 10 Nopember 2011, Departemen Biologi FMIPA IPB page 5 / 14
6 PENDAHULUAN Latar Belakang Ikan Gobi merupakan anggota famili Gobiidae dengan ciri sirip ventral menyatu dan membentuk piringan penghisap. Hal ini memungkinkan mereka untuk tetap pada posisinya di perairan dengan arus yang deras (Kottelat M & Whitten AJ 1993). Famili Gobiidae dikelompokkan ke dalam spesies diadromous (bermigrasi antara laut dan air tawar) yang bersifat katadromous, yaitu bermigrasi dari air tawar ke laut untuk melakukan pemijahan. Di laut, telur akan menetas dan berkembang menjadi larva, dan selanjutnya akan berkembang menjadi dewasa di sungai. Keberadaan larva ikan terkait dengan parameter ph, temperatur, salinitas, kecepatan arus, plankton dan turbiditas (McDowall 2007). Daerah estuaria merupakan perairan yang subur dan berfungsi sebagai habitat untuk berlindung, mencari makan, zona reproduksi, zona asuhan, dan zona pembesaran bagi berbagai jenis ikan, baik jenis-jenis ikan yang menetap maupun migran. Komposisi jenis dan jumlah individu larva ikan di daerah estuari selalu berfluktuasi. Hal ini berkaitan dengan migrasi ikan yang mencari kondisi lingkungan sesuai dan dipengaruhi pula oleh kondisi pasang surut (Subiyanto et al. 2008). Identifikasi spesies dari larva ikan sulit dilakukan berdasarkan ciri morfologi yang biasa dilakukan secara konvensional. Selain itu, sebagian besar panduan identifikasi morfologi ikan berdasarkan pada ikan dewasa. Dalam penelitian yang direncanakan ini, kami akan mengaplikasikan metode identifikasi ikan menggunakan DNA Barcode. Penggunaan DNA Barcode sebagai pengenal suatu spesies dapat mengidentifikasi berbagai tingkat kehidupan hewan (Victor et al. 2009). DNA Barcode telah menarik perhatian dunia sebagai sistem yang mengidentifikasi spesies secara cepat dan tepat dengan menggunakan urutan pendek DNA (Meier et al. 2006). Ruas DNA yang banyak digunakan sebagai barcode adalah sekitar 700 bp page 6 / 14
7 di bagian ujung 5 gen cytochrome oxidase 1 (COI) dalam genom mitokondria yang dapat mengidentifikasi hampir semua spesies hewan (Ward et al. 2005), baik interspesifik maupun intraspesifik (Hebert et al. 2003). Teknik ini tidak hanya mempunyai kegunaan yang potensial untuk mengidentifikasi spesies yang telah dikenali tapi juga dapat menemukan spesies baru (Hajibabaei et al. 2005), serta dapat mengungkapkan fenomena spesies cryptic. Tujuan Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi komposisi spesies anggota famili Gobiidae dalam kumpulan ikan di estuari Sungai Kedurang, Bengkulu menggunakan DNA Barcode. Waktu dan Tempat Penelitian ini akan dilaksanakan pada bulan November 2011 sampai Maret 2012 di bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan Departemen Biologi, IPB. BAHAN DAN METODE Sampel Ikan Kumpulan ikan yang diambil dari estuari sungai Kedurang Bengkulu merupakan koleksi Dr. Achmad Farajallah IPB. Kumpulan ikan diambil satu kali pada minggu kedua bulan Juli 2011 dan dua kali pada minggu keempat bulan Agustus Semua sampel disimpan dalam alkohol 70% yang mengandung EDTA 10 mm. Idenfifikasi sampel Kumpulan larva ikan disortir berdasarkan ada tidaknya sirip cakram ventral sebagai ciri pembeda anggota Famili Gobiidae. Penyortiran ikan lebih lanjut akan dilakukan berdasarkan bentuk kepala, bentuk tubuh, bentuk mata dan pola melanophore. Ekstraksi dan Isolasi DNA page 7 / 14
8 Sampel jaringan yang digunakan sebagai sumber DNA adalah jaringan otot dari seluruh bagian tubuh, terutama bagian tubuh belakang sejak anus sampai ekor. Ekstraksi dan isolasi DNA akan menggunakan DNA Extraction Kit for animal tissue (Geneaid). Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA Amplifikasi ruas gen CO1 mtdna akan dilakukan dengan menggunakan primer universal gen CO1 pada ikan ( Kondisi PCR akan dioptimasikan untuk memperoleh ruas DNA target atau amplikon yang spesifik untuk setiap pasangan primer. Pengujian amplikon akan dilakukan dengan metode polyacrilamiide gel electrophoresis (PAGE) 6% yang dilanjutkan dengan pewarnaan sensitive perak (Byun et al. 2009). Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequensing Amplikon yang berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai dengan desain primer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Proses PCR untuk sequencing menggunakan primer yang sama dengan amplifikasi sebelumnya dengan metode big dye terminator cycle sequencing. Runutan nukleotida yang diperoleh akan diedit kemudian saling disejajarkan dengan runutan nukleotida referensi dari Genbank menggunakan program Clustal W 1.8 yang terdapat dalam program MEGA versi 4.00 (Tamura et al. 2007). Runutan nukleotida referensi diperoleh berdasarkan data famili Gobiidae yang terdapat pada Genbank dengan cara hasil sekuensing dijadikan input dalam BLAST ( Analisis keragaman nukelotida dan filogenetik dilakukan dengan menggunakan MEGA versi 4.00 berdasarkan model subtitusi Kimura-2-parameter. Sedangkan analisis kekerabatan menggunakan metode neighbour joining (NJ) dengan bootstrap 1000x. DAFTAR PUSTAKA Byun SO, Fang Q, Zhou H, Hickford JGH An effective method for silver-staining DNA in large numbers of polyacrylamide gels. Anal Biochem 385: page 8 / 14
9 Hajibabaei et al DNA barcode distinguish species of tropical Lepidoptera. PNAS 103: Hebert PDN, Ratnasingham S, dan dewaard JR Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc R Soc 270: Kottelat M, Whitten AJ Freshwater Fishes of Weatern Indonesi and Sulawesi. Germany: Zoologische Staatssammlung. McDowall RM On amphidromy, a distinct form of diadromy in aquatic organism. Fish and Fisheries 8: Meier R, Shiyang K, Vaidya G, Peter DNA barcoding and taxonomy in diptera: a tale of high intraspecific variability and low identification success. Systematic Biology 55(5): Subiyanto, Ruswahyuni, Cahyono DG Komposisi dan distribusi ikan pelagis di estuaria Pelawangan Timur, Segera Anakan, Cilacap. Saintek Perikanan 4: Tamura K, Dudley J, Nei M Kumar S MEGA4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution 24: Victor BC, Hanner R, Shivji M, Hyde J Identification of the larval and juvenile stages of the Cubera Snapper, Lutjanus cyanopterus using DNA barcoding. Zootaxa 2215: Ward RD, Zemlak TS, Innes B, dan Last P DNA Barcoding Australia s fish species. Philosophical Transactions of The Royal Society 360: page 9 / 14
10 Liliani Isna Devi, Achmad Farajallah, dan Dyah Perwitasari Identifikasi Larva Famili Gobiidae dari Sungai Kedurang, Bengkulu melalui DNA Barcode. Kolokium disampaikan Tanggal 10 Nopember 2011, Departemen Biologi FMIPA IPB PENDAHULUAN Latar Belakang Ikan Gobi merupakan anggota famili Gobiidae dengan ciri sirip ventral menyatu dan membentuk piringan penghisap. Hal ini memungkinkan mereka untuk tetap pada posisinya di perairan dengan arus yang deras (Kottelat M & Whitten AJ 1993). Famili Gobiidae dikelompokkan ke dalam spesies diadromous (bermigrasi antara laut dan air tawar) yang bersifat katadromous, yaitu bermigrasi dari air tawar ke laut untuk melakukan pemijahan. Di laut, telur akan menetas dan berkembang menjadi larva, dan selanjutnya akan berkembang menjadi dewasa di sungai. Keberadaan larva ikan terkait dengan parameter ph, temperatur, salinitas, kecepatan arus, plankton dan turbiditas (McDowall 2007). Daerah estuaria merupakan perairan yang subur dan berfungsi sebagai habitat untuk berlindung, mencari makan, zona reproduksi, zona asuhan, dan zona pembesaran bagi berbagai jenis ikan, baik jenis-jenis ikan page 10 / 14
11 yang menetap maupun migran. Komposisi jenis dan jumlah individu larva ikan di daerah estuari selalu berfluktuasi. Hal ini berkaitan dengan migrasi ikan yang mencari kondisi lingkungan sesuai dan dipengaruhi pula oleh kondisi pasang surut (Subiyanto et al. 2008). Identifikasi spesies dari larva ikan sulit dilakukan berdasarkan ciri morfologi yang biasa dilakukan secara konvensional. Selain itu, sebagian besar panduan identifikasi morfologi ikan berdasarkan pada ikan dewasa. Dalam penelitian yang direncanakan ini, kami akan mengaplikasikan metode identifikasi ikan menggunakan DNA Barcode. Penggunaan DNA Barcode sebagai pengenal suatu spesies dapat mengidentifikasi berbagai tingkat kehidupan hewan (Victor et al. 2009). DNA Barcode telah menarik perhatian dunia sebagai sistem yang mengidentifikasi spesies secara cepat dan tepat dengan menggunakan urutan pendek DNA (Meier et al. 2006). Ruas DNA yang banyak digunakan sebagai barcode adalah sekitar 700 bp di bagian ujung 5 gen cytochrome oxidase 1 (COI) dalam genom mitokondria yang dapat mengidentifikasi hampir semua spesies hewan (Ward et al. 2005), baik interspesifik maupun intraspesifik (Hebert et al. 2003). Teknik ini tidak hanya mempunyai kegunaan yang potensial untuk mengidentifikasi spesies yang telah dikenali tapi juga dapat menemukan spesies baru (Hajibabaei et al. 2005), serta dapat mengungkapkan fenomena spesies cryptic. Tujuan Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi komposisi spesies anggota famili Gobiidae dalam kumpulan ikan di estuari Sungai Kedurang, Bengkulu menggunakan DNA Barcode. Waktu dan Tempat Penelitian ini akan dilaksanakan pada bulan November 2011 sampai Maret 2012 di bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan Departemen Biologi, IPB. page 11 / 14
12 BAHAN DAN METODE Sampel Ikan Kumpulan ikan yang diambil dari estuari sungai Kedurang Bengkulu merupakan koleksi Dr. Achmad Farajallah IPB. Kumpulan ikan diambil satu kali pada minggu kedua bulan Juli 2011 dan dua kali pada minggu keempat bulan Agustus Semua sampel disimpan dalam alkohol 70% yang mengandung EDTA 10 mm. Idenfifikasi sampel Kumpulan larva ikan disortir berdasarkan ada tidaknya sirip cakram ventral sebagai ciri pembeda anggota Famili Gobiidae. Penyortiran ikan lebih lanjut akan dilakukan berdasarkan bentuk kepala, bentuk tubuh, bentuk mata dan pola melanophore. Ekstraksi dan Isolasi DNA Sampel jaringan yang digunakan sebagai sumber DNA adalah jaringan otot dari seluruh bagian tubuh, terutama bagian tubuh belakang sejak anus sampai ekor. Ekstraksi dan isolasi DNA akan menggunakan DNA Extraction Kit for animal tissue (Geneaid). Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA Amplifikasi ruas gen CO1 mtdna akan dilakukan dengan menggunakan primer universal gen CO1 pada ikan ( Kondisi PCR akan dioptimasikan untuk memperoleh ruas DNA target atau amplikon yang spesifik untuk setiap pasangan primer. Pengujian amplikon akan dilakukan dengan metode polyacrilamiide gel electrophoresis (PAGE) 6% yang dilanjutkan dengan pewarnaan sensitive perak (Byun et al. 2009). Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequensing Amplikon yang berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai dengan desain primer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Proses PCR untuk sequencing menggunakan primer yang sama dengan page 12 / 14
13 amplifikasi sebelumnya dengan metode big dye terminator cycle sequencing. Runutan nukleotida yang diperoleh akan diedit kemudian saling disejajarkan dengan runutan nukleotida referensi dari Genbank menggunakan program Clustal W 1.8 yang terdapat dalam program MEGA versi 4.00 (Tamura et al. 2007). Runutan nukleotida referensi diperoleh berdasarkan data famili Gobiidae yang terdapat pada Genbank dengan cara hasil sekuensing dijadikan input dalam BLAST ( Analisis keragaman nukelotida dan filogenetik dilakukan dengan menggunakan MEGA versi 4.00 berdasarkan model subtitusi Kimura-2-parameter. Sedangkan analisis kekerabatan menggunakan metode neighbour joining (NJ) dengan bootstrap 1000x. DAFTAR PUSTAKA Byun SO, Fang Q, Zhou H, Hickford JGH An effective method for silver-staining DNA in large numbers of polyacrylamide gels. Anal Biochem 385: Hajibabaei et al DNA barcode distinguish species of tropical Lepidoptera. PNAS 103: Hebert PDN, Ratnasingham S, dan dewaard JR Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc R Soc 270: Kottelat M, Whitten AJ Freshwater Fishes of Weatern Indonesi and Sulawesi. Germany: Zoologische Staatssammlung. McDowall RM On amphidromy, a distinct form of diadromy in aquatic page 13 / 14
14 organism. Fish and Fisheries 8: Meier R, Shiyang K, Vaidya G, Peter DNA barcoding and taxonomy in diptera: a tale of high intraspecific variability and low identification success. Systematic Biology 55(5): Subiyanto, Ruswahyuni, Cahyono DG Komposisi dan distribusi ikan pelagis di estuaria Pelawangan Timur, Segera Anakan, Cilacap. Saintek Perikanan 4: Tamura K, Dudley J, Nei M Kumar S MEGA4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution 24: Victor BC, Hanner R, Shivji M, Hyde J Identification of the larval and juvenile stages of the Cubera Snapper, Lutjanus cyanopterus using DNA barcoding. Zootaxa 2215: Ward RD, Zemlak TS, Innes B, dan Last P DNA Barcoding Australia s fish species. Philosophical Transactions of The Royal Society 360: page 14 / 14
Kolokium Liliani Isna Devi G
Kolokium Liliani Isna Devi G34080057 Liliani Isna Devi, Achmad Farajallah, dan Dyah Perwitasari. 2011. Identifikasi Larva Famili Gobiidae dari Sungai Kedurang, Bengkulu melalui DNA Barcode. Kolokium disampaikan
Lebih terperinciKolokium Delvi Riana G
Kolokium Delvi Riana G34080010 Delvi Riana, Achmad Farajallah, dan Muladno. 2011. Diversitas Genetik Domba yang Tahan terhadap Infeksi Cacing Parasit berdasarkan mtdna Ruas Dloop dan Gen SRY. Kolokium
Lebih terperinciIDENTIFIKASI POSTLARVA FAMILI GOBIIDAE DARI MUARA SUNGAI KEDURANG, BENGKULU MELALUI DNA BARCODE
i IDENTIFIKASI POSTLARVA FAMILI GOBIIDAE DARI MUARA SUNGAI KEDURANG, BENGKULU MELALUI DNA BARCODE LILIANI ISNA DEVI DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR
Lebih terperinciPRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas
PRAKATA Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas segala nikmat dan karunia-nya, penulisan Tugas Akhir dengan judul Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok
Lebih terperinciPenelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di Laboratorium Zoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB.
Kolokium Ajeng Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah dan Arif Wibowo. 2009. Karakterisasi Genom Mitokondria Gen 12SrRNA - COIII pada Ikan Belida Batik Anggota Famili Notopteridae. Kolokium disampaikan
Lebih terperinciAPPLICATION OF DNA BARCODE IN DETERMINATION OF SHRIMP SPECIES OF FRESH WATER FROM THE PROVINCE OF JAMBI
BioCONCETTA Vol. II No.1 Tahun 2016 ISSN: 2460-8556/E-ISSN:2502-1737 BioCONCETTA: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Website: ejournal.stkip-pgri-sumbar.ac.id/index.php/bioconcetta APPLICATION OF DNA
Lebih terperinciDepik, eas, dan relo; yang manakah Rasbora tawarensis?
Jurnal Iktiologi Indonesia, 11(1):93-98 CATATAN SINGKAT Depik, eas, dan relo; yang manakah Rasbora tawarensis? [Depik, eas, and relo; which one is Rasbora tawarensis?] Z.A. Muchlisin Jurusan Budi Daya
Lebih terperinciThe Origin of Madura Cattle
The Origin of Madura Cattle Nama Pembimbing Tanggal Lulus Judul Thesis Nirmala Fitria Firdhausi G352080111 Achmad Farajallah RR Dyah Perwitasari 9 Agustus 2010 Asal-usul sapi Madura berdasarkan keragaman
Lebih terperinciSeminar Dewinta G
Seminar Dewinta G34063443 Dewinta, Achmad Farajallah, dan Yusli Wardiatno. 2010. Pola Distribusi Geografis pada Udang Mantis di Pantai Jawa Berdasarkan Genom Mitokondria. Seminar disampaikan tanggal 11
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Lebih terperinciKolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria
Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria Ria Maria (G34090088), Achmad Farajallah, Maria Ulfah. 2012. Karakterisasi Single Nucleotide Polymorphism Gen CAST pada Ras Ayam Lokal. Makalah Kolokium
Lebih terperinciAPLIKASI DNA BARCODE PADA PENENTUAN SPESIES IKAN DANAU LAUT TAWAR, NANGGROE ACEH DARUSSALAM YANTI ARIYANTI
APLIKASI DNA BARCODE PADA PENENTUAN SPESIES IKAN DANAU LAUT TAWAR, NANGGROE ACEH DARUSSALAM YANTI ARIYANTI DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR
Lebih terperinciAMPLIFIKASI GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI) DARI SAMPEL SIRIP IKAN HIU DENGAN MENGGUNAKAN BEBERAPA PASANGAN PRIMER
AMPLIFIKASI GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI) DARI SAMPEL SIRIP IKAN HIU DENGAN MENGGUNAKAN BEBERAPA PASANGAN PRIMER (Amplification of Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) Gene from Shark Fin Samples
Lebih terperinciPENGGUNAAN DNA BARCODE SEBAGAI ALTERNATIF IDENTIFIKASI SPESIES UDANG MANTIS RAISA AULIANE SYAFRINA
PENGGUNAAN DNA BARCODE SEBAGAI ALTERNATIF IDENTIFIKASI SPESIES UDANG MANTIS RAISA AULIANE SYAFRINA DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2011 ABSTRAK
Lebih terperinciBAB 4. METODE PENELITIAN
BAB 4. METODE PENELITIAN Penelitian penanda genetik spesifik dilakukan terhadap jenis-jenis ikan endemik sungai paparan banjir Riau yaitu dari Genus Kryptopterus dan Ompok. Penelitian ini bertujuan untuk
Lebih terperinci4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel
7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan
Lebih terperinciRunutan gen cytochrome C oxydase 1 ikan lais janggut, Kryptopterus limpok (Bleeker, 1852) dari Sungai Kampar dan Sungai Indragiri, Provinsi Riau
Jurnal Iktiologi Indonesia 15(3): 235-243 Runutan gen cytochrome C oxydase 1 ikan lais janggut, Kryptopterus limpok (Bleeker, 1852) dari Sungai Kampar dan Sungai Indragiri, Provinsi Riau [Cytochrome C
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Virus Hepatitis B Gibbon Regio Pre-S1 Amplifikasi Virus Hepatitis B Regio Pre-S1 Hasil amplifikasi dari 9 sampel DNA owa jawa yang telah berstatus serologis positif terhadap antigen
Lebih terperinciG091 ANALISIS DNA MITOKONDRIA BADAK SUMATERA DALAM KONSERVASI GENETIK
G091 ANALISIS DNA MITOKONDRIA BADAK SUMATERA DALAM KONSERVASI GENETIK Handayani, Dedy Duryadi Solihin, Hadi S Alikodra. Universitas Islam Assyafiiyah Jakarta Timur Institut Pertanian Bogor Email:- ABSTRAK
Lebih terperinciKeanekaragaman Genetika Ikan Lais Cryptopterus spp. dari Propinsi Riau Berdasarkan Sitokrom-b DNA Mitokondria
Ill Keanekaragaman Genetika Ikan Lais Cryptopterus spp. dari Propinsi Riau Berdasarkan Sitokrom-b DNA Mitokondria Yusnarti Yus' dan Roza Elvyra' 'Program Studi Biologi, Fakultas MIPA, Universitas Riau,
Lebih terperinciAnalisis Filogenetik Nannophya pygmaea (Odonata: Libellulidae)
Analisis Filogenetik Nannophya pygmaea (Odonata: Libellulidae) Trina E. Tallei Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sam Ratulangi, Manado, Indonesia Email: trina@daad-alumni.de
Lebih terperinciIDENTIFIKASI MOLEKULER SIRIP IKAN HIU YANG DIDAPAT DARI PENGUMPUL SIRIP DI MINAHASA
IDENTIFIKASI MOLEKULER SIRIP IKAN HIU YANG DIDAPAT DARI PENGUMPUL SIRIP DI MINAHASA (Molecular Identification of Shark Fins Collected from Fins Collectors in Minahasa) Maratade Mopay 1*, Stenly Wullur
Lebih terperinciKAJIAN PENANDA GENETIK GEN CYTOCHROME B DAN DAERAH D-LOOP PADA Tarsius sp. OLEH : RINI WIDAYANTI
KAJIAN PENANDA GENETIK GEN CYTOCHROME B DAN DAERAH D-LOOP PADA Tarsius sp. OLEH : RINI WIDAYANTI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2006 i ABSTRACT RINI WIDAYANTI. The Study of Genetic
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. menjelaskan bahwa DNA Barcode dapat memberikan kontribusi yang kuat. untuk penelitian taksonomi dan keanekaragaman hayati.
1 I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Kajian molekuler DNA Barcode dapat memberi banyak informasi diantaranya mengenai penataan genetik populasi, hubungan kekerabatan dan penyebab hilangnya keanekaragaman
Lebih terperinciIDENTIFIKASI MOLEKULER ROTIFER Brachionus sp. ASAL PERAIRAN TUMPAAN, MINAHASA SELATAN
IDENTIFIKASI MOLEKULER ROTIFER Brachionus sp. ASAL PERAIRAN TUMPAAN, MINAHASA SELATAN (Molecular Identification of Rotifer Brachionus sp. Isolated from Tumpaan Waters, South Minahasa) JefriSahari 1 *,
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang
1 BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Keanekaragaman hayati adalah seluruh keanekaan bentuk kehidupan di bumi, merujuk pada keberagaman bentuk-bentuk kehidupan tanaman, hewan dan mikroorganisme, termasuk
Lebih terperinciISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU
ISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU Della Rinarta, Roza Elvyra, Dewi Indriyani Roslim Mahasiswa Program
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. (FAO, 2016a) dan produksi dua jenis udang yaitu Litopenaeus vannamei dan Penaeus
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Indonesia merupakan negara penghasil produk perikanan budidaya kategori ikan, crustacea dan moluska ketiga terbesar di dunia setelah China dan India. Pada tahun 2014,
Lebih terperincimenggunakan program MEGA versi
DAFTAR ISI COVER... i HALAMAN PENGESAHAN... ii HALAMAN PERSEMBAHAN... iii PRAKATA... iv DAFTAR ISI... vi DAFTAR TABEL... viii DAFTAR GAMBAR... ix DAFTAR LAMPIRAN... x INTISARI... xi ABSTRACT... xii PENDAHULUAN...
Lebih terperinciPEMBAHASAN Variasi Gen COI dan Gen COII S. incertulas di Jawa dan Bali
41 PEMBAHASAN Variasi Gen COI dan Gen COII S. incertulas di Jawa dan Bali Sekuen individu S. incertulas untuk masing-masing gen COI dan gen COII dapat dikelompokkan menjadi haplotipe umum dan haplotipe-haplotipe
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Daerah D-loop M B1 B2 B3 M1 M2 P1 P2 (-)
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Daerah D-loop Amplifikasi daerah D-loop DNA mitokondria (mtdna) pada sampel DNA sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO dilakukan dengan menggunakan mesin PCR Applied
Lebih terperinciDNA BARCODE DAN ANALISIS FILOGENETIK MOLEKULER BEBERAPA JENIS BIVALVIA ASAL PERAIRAN SULAWESI UTARA BERDASARKAN GEN COI
DNA BARCODE DAN ANALISIS FILOGENETIK MOLEKULER BEBERAPA JENIS BIVALVIA ASAL PERAIRAN SULAWESI UTARA BERDASARKAN GEN COI (The DNA Barcode and molecular phylogenetic analysis several Bivalve species from
Lebih terperinciGENETIKA POPULASI Manta alfredi (Krefft, 1868) ANTARA RAJA AMPAT, PULAU KOMODO DAN NUSA PENIDA BERDASARKAN DNA MITOKONDRIA
Foto : Toufan GENETIKA POPULASI Manta alfredi (Krefft, 1868) ANTARA RAJA AMPAT, PULAU KOMODO DAN NUSA PENIDA BERDASARKAN DNA MITOKONDRIA Toufan Phardana 1), Yuli Naulita 1), Beginer Subhan 1), Hawis Madduppa
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik Morfologi Pada penelitian ini digunakan lima sampel koloni karang yang diambil dari tiga lokasi berbeda di sekitar perairan Kepulauan Seribu yaitu di P. Pramuka
Lebih terperinciFakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Riau Kampus Bina Widya Pekanbaru, 28293, Indonesia
ELEKTROFORESIS DNA TOTAL DAN AMPLIFIKASI PCR FRAGMEN GEN COX3 PADA IKAN Kryptopterus limpok (Bleeker 1852) DARI TIGA SUNGAI RAWA BANJIRAN PROVINSI RIAU Vella Nurazizah Djalil 1, Roza Elvyra 2, Dewi Indriyani
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
Lebih terperinciANALISIS DNA MITOKONDRIA BADAK SUMATERA DALAM KONSERVASI GENETIK HANDAYANI
ANALISIS DNA MITOKONDRIA BADAK SUMATERA DALAM KONSERVASI GENETIK HANDAYANI SEKOLAH PASCA SARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2008 2 SURAT PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI Saya menyatakan
Lebih terperinciKode batang DNA ikan lais genus Kryptopterus asal Sungai Mahakam. Kalimantan Timur]
Jurnal Iktiologi Indonesia, 14(3):191-199 Kode batang DNA ikan lais genus Kryptopterus asal Sungai Mahakam Kalimantan Timur [Barcoding DNA of catfish species genus Kryptopterus from Sungai Mahakam Kalimantan
Lebih terperinciIDENTIFIKASI MOLEKULER GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI) LOBSTER GENUS Panulirus DI YOGYAKARTA: SEBAGAI DASAR PENGELOLAAN SUMBERDAYA
IDENTIFIKASI MOLEKULER GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI) LOBSTER GENUS Panulirus DI YOGYAKARTA: SEBAGAI DASAR PENGELOLAAN SUMBERDAYA WIDY TRIAPRILYANTI DEPARTEMEN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN FAKULTAS
Lebih terperinciEKSPLORASI GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI) DARI KERANG MUTIARA (Pinctada fucata) YANG BERASAL DARI LOKASI GEOGRAFIS YANG BERBEDA YUYUN QONITA
EKSPLORASI GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI) DARI KERANG MUTIARA (Pinctada fucata) YANG BERASAL DARI LOKASI GEOGRAFIS YANG BERBEDA YUYUN QONITA DEPARTEMEN MANAJEMEN SUMBER DAYA PERAIRAN FAKULTAS PERIKANAN
Lebih terperinciSeminar Ajeng Siti Fatimah G
Seminar Ajeng Siti Fatimah G34061228 R Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah, Arif Wibowo. 2011. Karakterisasi Genom Mitokondria Gen Cyt b pada Ikan Belida Anggota Famili Notopteridae. Diseminarkan tanggal
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciPeriode Juli-September 2016 ISSN ONLINE :
Isolasi DNA Total dan Optimasi Suhu Annealing Pada Amplifikasi Fragmen COX2 Mitokondrial Ikan Kryptopterus limpok (Bleeker 1852) dari Sungai Kampar Provinsi Riau KHAIRIZA UMAMI PUTRI PANJAITAN 1*, ROZA
Lebih terperinciDNA barcode dan haplotype network ikan lokal dari Telaga Banyu Biru Kabupaten Pasuruan
DNA barcode dan haplotype network ikan lokal dari Telaga Banyu Biru Kabupaten Pasuruan Dwi Anggorowati Rahayu 1), Endik Deni Nugroho 2), Haryono 3), Nia Kurniawan 4), Rodiyati Azrianingzih 4) 1 Jurusan
Lebih terperinciTabel 1. Komposisi nukleotida pada gen sitokrom-b parsial DNA mitokondria Cryptopterus spp.
12 V. HASIL DAN PEMBAHASAN Ikan Lais Cryptopterus spp. yang didapatkan dari S. Kampar dan Indragiri terdiri dari C. limpok dan C. apogon. Isolasi DNA total dilakukan terhadap cuplikan otot ikan Lais Cryptopterus
Lebih terperinciLampiran 1 Ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode GeneAid
LAMPIRAN 9 Lampiran 1 Ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode GeneAid Satu ruas tungkai udang mantis dalam etanol dipotong dan dimasukkan ke dalam tube 1,5 ml. Ruas tungkai yang telah dipotong (otot tungkai)
Lebih terperinciVARIAN GENETIK Sardinella lemuru DI PERAIRAN SELAT BALI
http://journal.trunojoyo.ac.id/jurnalkelautan Jurnal Kelautan Volume 10, No. 1, 2017 ISSN: 1907-9931 (print), 2476-9991 (online) VARIAN GENETIK Sardinella lemuru DI PERAIRAN SELAT BALI GENETIC VARIANCE
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Eleotridae merupakan suatu Famili ikan yang di Indonesia umum dikenal
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Eleotridae merupakan suatu Famili ikan yang di Indonesia umum dikenal sebagai kelompok ikan bakutut atau belosoh. Secara morfologis, anggota Famili ini mirip dengan
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
15 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Analisis DNA 4.1.1 Ekstraksi DNA Ekstraksi DNA merupakan langkah awal dalam analisis molekuler. Masalah-masalah yang timbul dalam ekstraksi DNA merupakan hal yang penting
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Analisis Kekerabatan Rayap Tanah M. gilvus dengan Pendekatan Perilaku
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Sampel rayap diambil dari Cagar Alam Yanlappa-Jasinga dan Kampus IPB- Dramaga, Bogor. Rayap diidentifikasi dan diuji perilaku agonistiknya di Laboratorium Biosistematika
Lebih terperinciIII. HASIL DAN PEMBAHASAN M
III. HASIL DAN PEMBAHASAN 3.1. Hasil 3.1.1. Profil RAPD Keragaman profil penanda DNA meliputi jumlah dan ukuran fragmen DNA. Hasil amplifikasi dengan menggunakan primer OPA-02, OPC-02, OPC-05 selengkapnya
Lebih terperinciVARIASI GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI) DNA MITOKONDRIA PADA LEBAH Apis cerana CAHYO NUGROHO
VARIASI GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI) DNA MITOKONDRIA PADA LEBAH Apis cerana CAHYO NUGROHO DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2011
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Tahapan Analisis DNA S. incertulas
11 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juli 2010 sampai dengan Mei 2011. Koleksi sampel dilakukan pada beberapa lokasi di Jawa Tengah, Daerah Istimewa Yogyakarta
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
Lebih terperinciJurnal Kedokteran Hewan Vol. 7 No. 2, September 2013 ISSN : X
ISSN : 1978-225X KAJIAN DEOXYRIBONUCLEIC ACID (DNA) BARCODE PADA SPESIES Tarsius bancanus, Tarsius spectrum, DAN Tarsius dianae DENGAN MENGGUNAKAN GEN CYTOCHROME OXIDASE SUB-UNIT I () Genetic Diversity
Lebih terperinciDAFTAR ISI. Halaman ABSTRAK... i ABSTRACT... ii DAFTAR ISI... iii DAFTAR GAMBAR... vi DAFTAR TABEL... vii DAFTAR LAMPIRAN... viii
DAFTAR ISI ABSTRAK... i ABSTRACT... ii DAFTAR ISI... iii DAFTAR GAMBAR... vi DAFTAR TABEL... vii DAFTAR LAMPIRAN... viii BAB I PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang Penelitian... 1 B. Rumusan Masalah Penelitian...
Lebih terperinciKOMPOSISI DAN DISTRIBUSI LARVA IKAN PELAGIS DI ESTUARIA PELAWANGAN TIMUR, SEGARA ANAKAN, CILACAP
KOMPOSISI DAN DISTRIBUSI LARVA IKAN PELAGIS DI ESTUARIA PELAWANGAN TIMUR, SEGARA ANAKAN, CILACAP Composition And Distribution Of Fish Pelagic Larvae In East Pelawangan Estuaria, Segara Anakan, Cilacap
Lebih terperinciANALISIS DNA MITOKONDRIA BADAK SUMATERA DALAM KONSERVASI GENETIK HANDAYANI
ANALISIS DNA MITOKONDRIA BADAK SUMATERA DALAM KONSERVASI GENETIK HANDAYANI SEKOLAH PASCA SARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2008 2 SURAT PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI Saya menyatakan
Lebih terperinciII. METODE PENELITIAN
4 II. METODE PENELITIAN 1. Materi, Lokasi dan Waktu Penelitian 1.1 Materi Penelitian Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah ikan dari Ordo Siluriformes koleksi Dr. Agus Nuryanto yang disimpan
Lebih terperinciKARAKTERISTIK FISIKA KIMIA PERAIRAN DAN KAITANNYA DENGAN DISTRIBUSI SERTA KELIMPAHAN LARVA IKAN DI TELUK PALABUHAN RATU NURMILA ANWAR
KARAKTERISTIK FISIKA KIMIA PERAIRAN DAN KAITANNYA DENGAN DISTRIBUSI SERTA KELIMPAHAN LARVA IKAN DI TELUK PALABUHAN RATU NURMILA ANWAR SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2008 0 I. PENDAHULUAN
Lebih terperinciKryptopterus spp. dan Ompok spp.
TINJAUAN PUSTAKA Kryptopterus spp. dan Ompok spp. Kryptopterus spp. dan Ompok spp. merupakan kelompok ikan air tawar yang termasuk dalam ordo Siluriformes, famili Siluridae. Famili Siluridae dikenal sebagai
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Calpastatin (CAST MspI) Amplifikasi fragmen gen calpastatin (CAST MspI) pada setiap bangsa sapi dilakukan dengan menggunakan mesin thermal cycler (AB Bio System) pada
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif
Lebih terperinciPENDAHULUAN. Latar Belakang. masyarakat terhadap konsumsi susu semakin meningkat sehingga menjadikan
PENDAHULUAN Latar Belakang Sektor peternakan memegang peran yang sangat penting dalam pertumbuhan ekonomi Indonesia terutama pada ternak penghasil susu yaitu sapi perah. Menurut Direktorat Budidaya Ternak
Lebih terperinciSTRUKTUR GENETIK POPULASI IKAN BELIDA (Chitala lopis, Bleeker 1851) DI WADUK KUTOPANJANG
BAWAL Vol. 4 (1) April 2012 : 53-58 STRUKTUR GENETIK POPULASI IKAN BELIDA (Chitala lopis, Bleeker 1851) DI WADUK KUTOPANJANG GENETIC STRUCTURE OF GIANT FEATHERBACK POPULATION (Chitala Lopis, Bleeker 1851)
Lebih terperinciPENGANTAR. Latar Belakang. Itik yang dikenal saat ini adalah hasil penjinakan itik liar (Anas Boscha atau
PENGANTAR Latar Belakang Itik yang dikenal saat ini adalah hasil penjinakan itik liar (Anas Boscha atau Wild Mallard). Proses penjinakan telah terjadi berabad-abad yang lalu dan di Asia Tenggara merupakan
Lebih terperinciBAB I Pendahuluan I.1 Latar Belakang Masalah
BAB I Pendahuluan I.1 Latar Belakang Masalah Penelitian mengenai biodiversitas mikroba termofilik telah membuka banyak informasi mengenai interaksi mikroba dengan lingkungannya (Newman dan Banfield, 2002).
Lebih terperinciANALISIS KERAGAMAN GENETIK BEBERAPA POPULASI IKAN BATAK (Tor soro) DENGAN METODE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA (RAPD) 1
ANALISIS KERAGAMAN GENETIK BEBERAPA POPULASI IKAN BATAK (Tor soro) DENGAN METODE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA (RAPD) 1 (The Genetic Variation Analysis of Some Populations of Mahseer (Tor soro) Using
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA Penggerek Batang Padi di Indonesia Biologi S. incertulas (Walker)
5 TINJAUAN PUSTAKA Penggerek Batang Padi di Indonesia Penggerek batang padi merusak tanaman padi pada semua tahap pertumbuhan mulai dari masa persemaian, fase vegetatif, dan fase generatif. Larva dari
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. ikan, sebagai habitat burung-burung air migran dan non migran, berbagai jenis
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Segara Anakan merupakan suatu ekosistem unik yang terdiri dari badan air (laguna) bersifat payau, hutan mangrove dan lahan rendah yang dipengaruhi pasang surut. Ekosistem
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
Lebih terperinciANALISA KEKERABATAN 14 SPESIES PRIMATA DENGAN PROGRAM MEGA 4. Abdul Rahman Program Studi Pendidikan Biologi, Jurusan PMIPA FKIP UNIB
ANALISA KEKERABATAN 14 SPESIES PRIMATA DENGAN PROGRAM MEGA 4 Abdul Rahman Program Studi Pendidikan Biologi, Jurusan PMIPA FKIP UNIB Abstrak Primata adalah kelompok mamalia berplasenta, memiliki tiga jenis
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Polimorfisme RAPD dan Mikrosatelit Penelitian ini menggunakan primer dari Operon Technology, dimana dari 10 primer acak yang diseleksi, primer yang menghasilkan pita amplifikasi yang
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA. tahapan dalam stadia hidupnya (larva, juwana, dewasa). Estuari merupakan
5 TINJAUAN PUSTAKA Estuari Estuari merupakan suatu komponen ekosistem pesisir yang dikenal sangat produktif dan paling mudah terganggu oleh tekanan lingkungan yang diakibatkan kegiatan manusia maupun oleh
Lebih terperinciFakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Kampus Bina Widya Pekanbaru, 28293, Indonesia ABSTRACT
TEKNIK ISOLASI DAN ELEKTROFORESIS DNA TOTAL PADA Kryptopterus apogon (Bleeker 1851) DARI SUNGAI KAMPAR KIRI DAN TAPUNG HILIR KABUPATEN KAMPAR PROVINSI RIAU Dede Aryani Novitasari 1,Roza Elvyra 2, Dewi
Lebih terperinciCurrent Biochemistry Volume 3 (2): 54-65, 2016
Current Biochemistry Volume 3 (2): 54-65, 2016 CURRENT BIOCHEMISTRY ISSN: 2355-7877 Homepage: http://biokimia.ipb.ac.id E-mail: current.biochemistry@gmail.com Phylogenetic Analysis of Cytochrome Oxidase
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Kalimantan Tengah
TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Kalimantan Tengah Berdasarkan aspek pewilayahan Kalimantan Tengah mempunyai potensi besar untuk pengembangan peternakan dilihat dari luas lahan 153.564 km 2 yang terdiri atas
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Exon 4 Amplifikasi gen GH exon 4 pada kambing Peranakan Etawah (PE), Saanen dan PESA (Persilangan PE-Saanen) diperoleh panjang fragmen 200 bp (Gambar 8). M 1 2 3
Lebih terperinciANALISIS KERAGAMAN GENETIK MUTAN JARAK PAGAR (Jatropha curcas L.) HASIL PERLAKUAN MUTAGEN KOLKISIN BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER RAPD
ANALISIS KERAGAMAN GENETIK MUTAN JARAK PAGAR (Jatropha curcas L.) HASIL PERLAKUAN MUTAGEN KOLKISIN BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER RAPD Herdiyana Fitriani Dosen Program Studi Pendidikan Biologi FPMIPA IKIP
Lebih terperinci4. HASIL DAN PEMBAHASAN
29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk
Lebih terperinciVARIASI GEN CYT B MITOKONDRIA PADA IKAN BELIDA EVI ALFIAH TAUKHID G
VARIASI GEN CYT B MITOKONDRIA PADA IKAN BELIDA EVI ALFIAH TAUKHID G34062381 DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2011 ii VARIASI GEN CYT B MITOKONDRIA
Lebih terperinciHALAMAN JUDUL HALAMAN PENGESAHAN PERNYATAAN KEASLIAN PENULISAN PRAKATA DAFTAR ISI DAFTAR GAMBAR DAFTAR TABEL DAFTAR LAMPIRAN INTISARI ABSTRACT BAB I
DAFTAR ISI HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... ii PERNYATAAN KEASLIAN PENULISAN... iii PRAKATA... iv DAFTAR ISI... vi DAFTAR GAMBAR... viii DAFTAR TABEL... ix DAFTAR LAMPIRAN... x INTISARI... xi ABSTRACT...
Lebih terperinciSTRUKTUR GENETIK DAN FILOGENI YELLOWFIN TUNA
STRUKTUR GENETIK DAN FILOGENI YELLOWFIN TUNA (Thunnus albacares) BERDASARKAN SEKUEN DNA MITKONDRIA CONTROL REGION SITOKROM OKSIDASE I PADA DIVERSITAS ZONE BIOGEOGRAFI I Made Sara Wijana 1 dan I Gusti Ngurah
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA. Elaeidobius kamerunicus Faust. (Coleoptera : Curculionidae) Kumbang ini mengalami metamorfosis sempurna (holometabola), yakni
TINJAUAN PUSTAKA Elaeidobius kamerunicus Faust. (Coleoptera : Curculionidae) Kumbang ini mengalami metamorfosis sempurna (holometabola), yakni siklus hidupnya terdiri dari telur larva pupa imago. E. kamerunicus
Lebih terperinciBAB XIII. SEKUENSING DNA
BAB XIII. SEKUENSING DNA Pokok bahasan di dalam Bab XIII ini meliputi prinsip kerja sekuensing DNA, khususnya pada metode Sanger, pangkalan data sekuens DNA, dan proyek-proyek sekuensing genom yang ada
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling
16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi
Lebih terperinci2015 ISOLASI DNA PARSIAL GEN
1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penelitian Ikan gurame (Osphronemus merupakan salah satu ikan air tawar yang termasuk ke dalam infraclass Teleostei (Integrated Taxonomic Information System, 2012).
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%.
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen FSHR Alu-1 Amplifikasi fragmen gen FSHR Alu-1 dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dilakukan dengan kondisi annealing 60 C selama 45 detik dan diperoleh produk
Lebih terperinciJurnal Pengabdian pada Masyarakat No. 52 Tahun 2011, ISSN:
55 PELATIHAN PENGGUNAAN GEN BANK NCBI (National Center for Biotechnology Information) DAN PROGRAM MEGA 4.0 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 4.0) UNTUK PENELITIAN DAN PENINGKATAN PEMBELAJARAN
Lebih terperinciLumba-Lumba Hidung Botol Laut Jawa Adalah Tursiops aduncus Berdasar Sekuen Gen NADH Dehidrogenase Subunit 6
Jurnal Veteriner Maret 2014 Vol. 15 No. 1:94-102 ISSN : 1411-8327 Lumba-Lumba Hidung Botol Laut Jawa Adalah Tursiops aduncus Berdasar Sekuen Gen NADH Dehidrogenase Subunit 6 (VERIFICATION BOTTLENOSE DOLPHINS
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN. Tabel 1 Sampel yang digunakan dalam penelitian
12 METODE PEELITIA Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan pada bulan Mei sampai dengan April 2010, bertempat di Bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. A. Waktu dan Tempat Penelitian. Penelitian dilaksanakan pada bulan Juni sampai dengan September 2014.
BAB III METODE PENELITIAN A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan pada bulan Juni sampai dengan September 2014. Pengambilan sampel ikan wader dilakukan di 5 Kecamatan yang ada di Kabupaten
Lebih terperinciSeminar Cynthia Dessy Lestari Ambarwati
Seminar Cynthia Dessy Lestari Ambarwati Chyntia Dessy L.A., Dyah Perwitasari dan Achmad Farajallah. 2011. Variasi Alel Gen Agresivitas 5-HTT pada Orangutan Sumatera (Pongo abelii). Seminar disampaikan
Lebih terperinciANALISIS JARAK GENETIK DAN FILOGENETIK KAMBING JAWA RANDU MELALUI SEKUEN DAERAH DISPLACEMENT LOOP (D-LOOP) DNA MITOKONDRIA.
ANALISIS JARAK GENETIK DAN FILOGENETIK KAMBING JAWA RANDU MELALUI SEKUEN DAERAH DISPLACEMENT LOOP (D-LOOP) DNA MITOKONDRIA Skripsi Untuk memenuhi sebagian persyaratan guna memperoleh derajat Sarjana Peternakan
Lebih terperinciPENDAHULUAN. stabil terhadap morfologi (fenotip) organisme. Dan faktor luar (faktor yang
1 PENDAHULUAN Latar Belakang Keanekaragaman hayati merupakan keanekaragaman makhluk hidup yang merupakan makhluk hidup yang menunjukan keseluruhan variasi gen, spesies, dan ekosistem suatu daerah. Keanekaragaman
Lebih terperinciIDENTIFIKASI IKAN GENUS MYSTUS DENGAN PENDEKATAN GENETIK
IDENTIFIKASI IKAN GENUS MYSTUS DENGAN PENDEKATAN GENETIK Taufik Budhi Pramono 1,2 Diana Arfiati 3, Maheno Sri Widodo 3, Uun Yanuhar 3 1 Program Doktoral Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas
Lebih terperinci4. HASIL DAN PEMBAHASAN
35 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Keragaman Haplotipe Ikan Malalugis Panjang sekuens mtdna ikan malalugis (D. macarellus) yang diperoleh dari hasil amplifikasi (PCR) dengan menggunakan pasangan primer HN20
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Amplifikasi Gen Mx Amplifikasi gen Mx telah berhasil dilakukan. Hasil amplifikasi gen Mx divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita yang
Lebih terperinci