TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Indonesia

Transkripsi

1 TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Indonesia Indonesia merupakan salah satu negara di Asia Tenggara yang memiliki banyak bangsa sapi dan hewan-hewan lainnya. Salah satu jenis sapi yang terdapat di Indonesia adalah sapi Bali. Sapi Bali sangat dipercaya sebagai salah satu sapi lokal Indonesia yang diperoleh dari hasil domestikasi Banteng (Namikawa, 1980). Selain sapi Bali, jenis sapi Zebu juga banyak diintroduksi ke Indonesia. Hal ini menjadikan variasi genetik yang cukup besar pada sapi-sapi lokal Indonesia. Sapi merupakan salah satu jenis ternak di Indonesia yang memiliki potensi genetik yang besar terutama sebagai ternak penghasil daging. Keberadaan sapi lokal Indonesia pada beberapa tahun terakhir ini masih kurang mendapat perhatian serius dari pemerintah maupun masyarakat. Padahal dilihat dari potensi yang dimiliki, sapi lokal Indonesia lebih mampu bertahan dan beradaptasi dengan lingkungan setempat maupun secara sosial dan budaya telah lama berinteraksi dengan masyarakat (Direktorat Jenderal Peternakan, 2008). Bangsa-bangsa sapi yang ada di dunia terbentuk dengan proses yang panjang melalui seleksi baik secara alami maupun buatan. Bangsa sapi di seleksi untuk ketahanan terhadap lingkungan dan kebutuhan manusia. Namun, sapi-sapi lokal Indonesia justru memiliki banyak kombinasi gen dan karakter spesifik untuk adaptasi terhadap berbagai kondisi, seperti ketahanan terhadap penyakit, adaptasi terhadap kondisi pakan terbatas atau kualitas pakan yang rendah dan sebagainya. Namun, karena tidak adanya perhatian serius, maka bangsa sapi lokal ini terancam punah (Maudet et al., 2002). Bangsa (breed) sapi adalah sekumpulan ternak yang memiliki karakteristik tertentu yang sama. Atas dasar karakteristik tersebut, mereka dapat dibedakan dari ternak lainnya meskipun masih dalam spesies yang sama. Karakteristik yang dimiliki dapat diturunkan ke generasi berikutnya (Tanari, 2001). Klasifikasi zoologi sapi termasuk ke dalam filum Chordata (hewan yang memiliki tulang belakang), kelas Mamalia (menyusui), ordo Artiodactil (berkuku atau berteracak genap), sub ordo Ruminantia (pemamah biak), famili Bovidae (tanduknya berongga) dan genus Bos (pemamah biak berkaki empat). Spesiesnya terbagi dua, yaitu Bos taurus (sebagian

2 besar bangsa sapi yang ada) dan Bos indicus (sapi-sapi yang memiliki punuk) (Blakely dan Bade, 1992). Sumberdaya ternak sapi di Indonesia saat ini terdiri dari tiga kelompok, yakni: (1) ternak asli, (2) ternak impor dan (3) ternak yang telah beradaptasi. Sehubungan dengan pentingnya nilai konservasi pada kelompok hewan ternak, maka beberapa bangsa sapi ini menjadi target konservasi sekaligus pemanfaatannya (Utoyo, 2002). Beberapa diantara sumberdaya ternak sapi tersebut adalah sapi Aceh, sapi Madura, sapi Pesisir dan sapi Peranakan Ongole. Keanekaragaman sapi di Indonesia terbentuk dari sumberdaya genetik asli dan impor (Utoyo, 2002). Sapi Katingan Kalimantan memiliki salah satu kabupaten yaitu Kabupaten Katingan. Kabupaten Katingan memiliki sapi lokal yang oleh masyarakat setempat (suku Dayak) dinamakan sapi Katingan. Nama Katingan ini sesuai dengan nama dimana sapi tersebut banyak ditemukan yaitu di sepanjang daerah aliran sungai Katingan. Dengan kata lain sapi lokal Kalimantan Tengah belum memiliki nama, namun beberapa orang menyebut sesuai dengan nama Daerah Aliran Sungai (DAS) dimana sapi tersebut hidup. Sapi-sapi tersebut sebagian besar dipelihara oleh masyarakat setempat (suku Dayak). Asal usul sapi lokal Kalimantan Tengah sampai saat ini masih belum diketahui secara pasti. Sapi-sapi tersebut dipelihara secara ekstensif di padang pengembalaan yang relatif luas dalam bentuk ranch-ranch. Keberadaan sapi sudah puluhan tahun dan sudah beradaptasi dengan lingkungan sekitarnya yang lahannya tergolong asam dan miskin mineral. Pengembangan sapi Katingan mengalami beberapa hambatan, salah satunya adalah masih sedikitnya informasi, terutama data dasar tentang sistim produksi dan reproduksi, keadaan lingkungan, daya tampung lahan dan keterampilan petani yang mengelola. Sapi lokal Kalimantan Tengah memiliki potensi besar sebagai ternak potong, karena sapi ini mampu beradaptasi dengan lingkungan Kalimantan Tengah yang asam dan miskin mineral, mempunyai produktivitas yang cukup baik pada kondisi pemeliharaan ekstensif tradisional, relatif tahan terhadap berbagai macam penyakit dan parasit serta mempunyai kemampuan reproduksi yang tinggi, sayangnya potensi ini belum termanfaatkan secara optimal. Dengan keunggulan yang dimiliki oleh sapi lokal Kalimantan Tengah 4

3 memungkinkan sapi ini untuk dikembangkan di segenap penjuru Kalimantan Tengah yang sangat luas, sehingga tidak ada lagi lahan terlantar yang tidak termanfaatkan (Adrial, 2010). Data tentang sapi Katingan baik dari pemerintah daerah Kalimantan Tengah maupun nasional belum ada, tetapi ada beberapa data tentang sapi Katingan yang merupakan hasil penelitian Utomo et al. (2010) mengenai keragaman morfometrik dan fenotipik sapi Katingan sebagai sapi lokal Kalimantan Tengah. Data yang diperoleh tersebut yaitu data bobot badan, warna bulu, bentuk tanduk, varasi warna, warna bulu mata dan warna teracak. Hasil pengukuran bobot badan sapi Katingan di Kalimantan Tengah dapat dilihat pada Tabel 1. Tabel 1. Rataan dan Simpangan Baku Bobot Badan Sapi Katingan Dewasa Berdasarkan Lokasi dan Jenis Kelamin Sub populasi Betina Jantan... (Kg) Pendahara ± ± Buntut Bali ± ± 86.1 Tumbang Lahang ± ± 20.5 Sumber: Utomo et al. (2010) Ukuran tubuh dewasa sapi Katingan jantan tidak selalu lebih besar dibandingkan dengan sapi betina, demikian pula sebaliknya. Sapi jantan maupun sapi betina mempunyai gumba yang cukup jelas terlihat. Perbedaan sapi Katingan di Kalimantan Tengah dengan sapi lokal lainnya di Indonesia adalah pada sapi betina dewasa, yaitu bentuk tanduk yang sebagian besar melengkung ke depan (Gambar 2) sedangkan pada sapi Katingan jantan bentuk tanduk tumbuh normal seperti umumnya sapi lokal yang lain, yaitu ke samping atas (Gambar 3). Dijumpai adanya tonjolan pada kepala bagian atas diantara dua tanduk. Tonjolan hanya ditemukan pada sapi betina. Variasi tonjolan dikepala sapi Katingan hanya ada pada sapi Katingan betina saja yang dapat dilihat pada Gambar 1. 5

4 Sumber : Utomo et al. (2010) Gambar 1. Variasi Tonjolan di Kepala Sapi Katingan Betina Sumber : Utomo et al. (2010) Gambar 2. Keragaman Bentuk Tanduk Sapi Katingan Betina Sumber : Utomo et al. (2010) Gambar 3. Keragaman Bentuk Tanduk Sapi Katingan Jantan 6

5 Warna bulu mata sapi Katingan bervariasi, ada yang berwarna hitam, coklat kemerahan, coklat keputihan, bahkan ditemukan pula warna putih. Teracak pada sapi Katingan ditemukan dua warna, yaitu warna hitam (dominan) dan warna coklat kemerahan (Gambar 4). Sumber : Utomo et al. (2010) Gambar 4. Variasi Warna Bulu Mata dan Teracak Sapi Katingan Betina Variasi warna bulu sapi Katingan yaitu dari warna putih sampai dengan hitam. Sapi jantan memiliki delapan variasi warna dan sapi betina memiliki sembilan variasi warna. Variasi warna sapi jantan dan betina dapat dilihat pada Gambar 5 dan 6. Sumber : Utomo et al. (2010) Gambar 5. Keragaman Warna Bulu Sapi Katingan Betina 7

6 Sumber : Utomo et al. (2010) Gambar 6. Keragaman Warna Bulu Sapi Katingan Jantan Keragaman Genetik Hendrick (2000) menyatakan bahwa keragaman genetik adalah perbedaan antara individu dalam suatu populasi, antara individu dalam populasi yang berbeda dalam spesies yang sama atau dalam spesies yang berbeda. Keragaman genetik dalam suatu populasi banyak dipengaruhi oleh faktor-faktor seperti seleksi, inbreeding, mutasi dan migrasi. Mutasi dianggap selalu meningkatkan jumlah keragaman genetik, sedangkan migrasi dan inbreeding selalu mengurangi keragaman genetik. Faktor seleksi bisa meningkatkan atau menurunkan keragaman genetik suatu ternak dalam suatu populasi. Bloot et al. (1998) menyatakan bahwa keragaman genetik sangat penting baik pada studi populasi maupun evolusi. Mempertahankan keanekaragaman genetik berarti mempertahankan bangsa-bangsa dalam populasi yang mempunyai sifat khusus dan apabila semua hewan seragam maka keamanan, ketersediaan pangan dan hayati akan terancam punah. Nei (1987) menyatakan bahwa keragaman genetik populasi secara kuantitatif dapat menggunakan lokus polimorfik dan rataan heterozigositas. Nei dan Kumar (2000) menyatakan bahwa derajat heterozigositas merupakan rataan persentase lokus heterozigot tiap individu atau rataan persentase individu heterozigot di dalam populasi. 8

7 Penanda Genetik Penanda genetik dapat diidentifikasi dengan berbagai teknik meliputi teknik Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP), Random Amplyfied Polymorphism DNA (RAPD), Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP) dan DNA mikrosatelit. Penanda genetik digunakan untuk mengukur respon genetik terhadap seleksi alam dan seleksi buatan (Gomez-Raya et al., 2002) dan untuk mengetahui keragaman genetik. Mikrosatelit merupakan penanda yang bersifat kodominan, sehingga dapat membedakan antara individu-individu homozigot dan heterozigot. Mikrosatelit sangat bermanfaat sebagai penanda DNA karena bersifat kodominan, memliki polimorfisme alel sangat tinggi, cukup mudah dilakukan dan ekonomis dalam pengujiannya (Clisson et al., 2000). PCR-RFLP merupakan salah satu metode analisis lanjutan dari produk PCR. Metode PCR memanfaatkan runutan nukleotida yang bisa dikenali oleh enzim restriksi yang disebut sebagai situs restriksi. Jika situs restriksi mengalami mutasi (meskipun pada satu basa) maka enzim restriksi tidak mampu mengenalinya. Ada tidaknya situs restriksi kemudian dapat digunakan untuk mengetahui ada tidaknya mutasi. Analisis RFLP biasa digunakan untuk mendeteksi adanya keragaman pada gen yang berhubungan dengan sifat ekonomis, seperti produksi dan kualitas susu (Sumantri et al., 2007). PCR-RAPD merupakan salah satu teknik molekuler berupa penggunaan penanda tertentu untuk mempelajari keanekaragaman genetika. Dasar analisis RAPD adalah menggunakan mesin PCR yang mampu mengamplifikasi sekuen DNA secara in vitro yang melibatkan penempelan primer tertentu yang dirancang sesuai dengan kebutuhan. Tiap primer boleh jadi berbeda untuk menelaah keanekaragaman genetik kelompok yang berbeda. Penggunaan teknik RAPD memang memungkinkan untuk mendeteksi polimorfisme fragmen DNA yang diseleksi dengan menggunakan satu primer arbitrasi, terutama karena amplifikasi DNA secara in vitro dapat dilakukan dengan baik dan cepat dengan adanya PCR. PCR-SSCP merupakan metode analisis lebih lanjut yang memanfaatkan produk PCR. Metode PCR-SSCP merupakan metode yang handal dalam mendeteksi adanya mutasi secara cepat (Hayashi, 1991). Asumsi yang mendasari metode analisis SSCP adalah bahwa perubahan yang terjadi 9

8 pada nukleotida meskipun terjadi hanya pada satu basa, akan mempengaruhi bentuk (conformation) dari fragmen DNA pada kondisi untai tunggal (Bastos et al., 2001). DNA Mikrosatelit Materi genetik (DNA) yang ditemukan pada semua mikroorganisme sebagian besar belum diketahui fungsinya, hanya sebagian kecil (10% dari total DNA) yang diketahui berfungsi sebagai penyandi genetik yang menentukan karakteristik keturunan yang disebut gen, sedangkan 90% sisanya adalah DNA bukan gen seperti mikrosatelit (Moxon dan Will, 1999). DNA bukan gen yang berulang secara berurutan disebut mikrosatelit. Mikrosatelit adalah sekuen DNA genom yang terdiri dari mono-, di-, tri- atau tetra nukleotida motif berulang dalam bentuk kopi berdampingan/tandem (Ashwell et al., 2001). Ulangan nukleotida yang paling sering ditemukan pada mamalia adalah GT/AC (Hoelzel, 1998). Variabilitas mikrosatelit ditunjukkan oleh variasi dalam jumlah pengulangan basa ulangan. Tingkat variabilitas mikrosatelit secara positif berhubungan dengan panjang dari sekuen berulang dan mikrosatelit yang panjangnya kurang dari 20 bp kemungkinannya kurang menunjukkan keragaman (Johansson et al., 1992). Keragaman dari mikrosatelit ini berkaitan dengan ketidakstabilan lokus. Keragaman yang tinggi dari lokus mikrosatelit dihasilkan dari kecepatan mutasi yang tinggi dengan tingkat minimal 10-3 (Jeffreys et al., 1988) atau 10-4 (Levinson dan Gutman, 1987), atau pada kisaran /lokus/gamet/generasi (Lehman et al., 1996). Jeffreys et al. (1994) menyatakan bahwa mekanisme variasi dalam jumlah kopi ulangan mungkin berbeda dari satu ulangan ke ulangan lain. Kegunaan DNA Mikrosatelit Mikrosatelit merupakan penanda genetik yang sering digunakan untuk mempelajari pautan (linkage), pemetaan, analisis populasi, sistem perkawinan dan struktur populasi (Silva et al., 1999). Mikrosatelit banyak digunakan sebagai penciri genetik karena keberadaannya berlimpah, bersifat kodominan dan kemungkinan polimorfik tinggi (Bennet, 2000). Mikrosatelit juga dapat digunakan dalam keperluan identifikasi individu, keanekaragaman dan struktur populasi, atau mempelajari evolusi dari spesies yang berkerabat (Clisson et al., 2000). Ciampolini et al. (1995) menyatakan bahwa DNA mikrosatelit juga banyak digunakan sebagai penanda 10

9 molekuler untuk mendukung aktifitas pemuliaan ternak seperti kegiatan dalam identifikasi ternak, penetapan asal usul keturunan dan penggalian sumber-sumber genetik. Penggunaan mikrosatelit sudah banyak digunakan baik di Indonesia maupun di negara lain. Variasi alel mikrosatelit dapat dihitung melalui pemisahan produk PCR secara elektroforesis. Dengan mengidentifikasi pita yang muncul setelah elektroforesis (satu pita untuk homozigot dan dua pita untuk heterozigot) maka genotip suatu individu dapat ditentukan dan frekuensi alel dalam suatu populasi dapat dihitung (Muladno, 2000). Beberapa studi menunjukkan sekuen berulang DNA (mikrosatelit) dapat digunakan untuk mengidentifikasi asal usul individu dari suatu populasi (Edwards et al., 2000). Ciampolini et al. (1995) menyatakan bahwa ada beberapa alel yang memiliki keragaman frekuensi antar bangsa yang sangat tinggi (seperti INRA5 atau INRA32) pada empat bangsa sapi pedaging Italia (Chianina, Marchigiana, Romagnola dan Piementese) dengan menggunakan 17 lokus mikrosatelit. Maskur et al. (2005) menyatakan bahwa marka mikrosatelit selain dapat mengetahui perubahan genetik yang terjadi dalam suatu perkawinan antar ras, lima marker mikrosatelit yaitu INRA037, HEL9, CSSM066, INRA035 dan ETH225 juga memberikan respon yang signifikan terhadap pertambahan bobot hidup harian ternak. Noor et al. (2000) menyatakan bahwa penggunaan marka mikrosatelit sebelumnya juga sudah digunakan untuk meneliti sapi lokal Indonesia lainnya yaitu sapi Bali pada lokus INRA035 yang menemukan dua alel yaitu alel A dan B serta lokus HEL9 yang menemukan satu alel yaitu alel A. 11