berkualitas rendah, toleran terhadap parasit lokal dan menyatu dengan kehidupan sosial petani di pedesaan. Sumber tenaga kerja, daging,

Transkripsi

1 APLIKASI GEN HORMON PERTUMBUHAN (GH, GHRH) SEBAGAI MARKA DALAM SELEKSI PENINGKATAN BOBOT POTONG DAN KUALITAS DAGING PADA KERBAU (Penelitian lanjutan Tahun III) Tim Peneliti: Prof. Dr. Ir. Cece Sumantri, M.Agr.Sc -IPB Dr. Ir. Achmad Farajallah, MS - IPB Ir. Anneke Anggraeni, MSi., Ph.D. -Balitnak Dr. Ir. Lisa Praharani, M.Sc. Balitnak Dr. Ir. Henny Nuraini, MSi - IPB

2 Peranan Kerbau di Indonesia Bertahan dengan pakan berkualitas rendah, toleran terhadap parasit lokal dan menyatu dengan kehidupan sosial petani di pedesaan. Sumber tenaga kerja, daging, susu, pupuk organik, perlengkapan acara keagamaan. Menyebar pada ekosistem yang luas dengan populasi terbesar berturut-turut di pulau Sumatera, Jawa, Nusa Tenggara, Sulawesi dan Kalimantan 2

3 SDG Ternak Nasional Berkembang lama pada berbagai agroekosistem dan mengalami proses seleksi alami sehingga menghasilkan tipe kerbau spesifik lokasi. Tedong Bonga (Toraja), Rawa (Alabio), Binanga (Tapanuli Selatan), Kalang (Kalsel) dan Moa (Maluku). Sumberdaya genetik (plasma nutfah) ternak yang dapat dikembangkan untuk perbaikan mutu genetik bangsa kerbau nasional. Merupakan sumber gen yang khas bagi perbaikan mutu genetik, mendukung keragaman pangan pertanian dan budaya serta efektif untuk mencapai tujuan keamanan pangan. 3

4 Peran Strategis Penelitian Menggali Mempertahankan Mengembangkan Plasma Nutfah Kerbau Nasional Penelitian Tahun III Penelitian Tahun I Karakteristik Penotipe: Morphometrik, reproduksi, Pertumbuhan, kualitatif dll. Karakteristik Genotipe: Aliran gen, keragaman genetik, Jarak genetik Seleksi Konvensional Non Konvensional Pemetaaan genom ternak bisa dipakai sebagai penciri genetik untuk seleksi Marker Assisted Selection (MAS). Faktor utama pengatur pertumbuhan (GH, GHRH). Mendeteksi keragaman genetik dari beberapa gen pertumbuhan (GH, GHRH) terhadap bobot b potong dan kualitas daging. 4

5 Gambar 1. Lokasi Penelitian Keragaman Morfologi dan Gen Pertumbuhan Kerbau Lokal (Tahun I dan II) NAD Sumut Kalsel Banten Jateng Sumbawa Sulsel 5

6 Gambar 2. Pohon Fenogram Jarak Genetik Kerbau Rawa dari Tujuh Propinsi - (Tahun I) NAD Banten-b Kalsel-b Kalsel-a NTB Banten-a Jateng Sulsel Sumut Ket: Banten-a: Rangkas Bitung; Banten-b: Lebak; Kalsel-a: Pelaihari dan Kalsel-b: Hulu Sungai Utara 6

7 Gambar 3. Peta Penyebaran Populasi Berdasarkan Morfologi pada Tujuh Propinsi (Tahun I) I I II Sumut Jateng NAD banten/rb Sulsel Kalsel/Kalihari Kalsel/Hulu Sungai Utara Banten/LB NTB IV III 7

8 Tujuan Penelitian Tahun ke III: Mengkarakterisasi kt i dan identifikasi i keragaman pada sifat bobot b potong dan kualitas karkas kerbau lokal, Menguji keragaman genetik melalui gen hormon pertumbuhan (GH, GHRH) kerbau lokal, Menghasilkan marka-marka pembantu seleksi (MAS) untuk sifat bobot potong dan kualitas daging kerbau lokal, Informasi kegiatan konservasi dan pemanfaatn genetik kerbau. Lokasi : Kabupaten Pandeglang, Provinsi Banten 8

9 1. Frekuensi alel 2nii + j xˆ = i 2n xi = Frekuensi alel nij nii = Jumlah genotipe dari alel ke-i i = nij = Jumlah alel ke-i terpaut alel ke-j j(j i) 2. Nilai heterozigositas dan ragam heterozigositas setiap lokus ( 2 1 ) ˆ 2n x 2 1 = Vh ( ˆ) = 2(2 n 2) x ( 2 ) 2 + ( i x i xi ( 2n 1) 2n (2n 1) { [ ] } h 3 2 ) 2 h = Heterozigositas salah satu mikrosatelit. V(h) = Ragam heterozigositas. n = Jumlah individu yang diamati. Xi = Frekuensi gen (i= 1, 2,..., q). 9

10 3. Nilai rataan heterozigositas dan ragam heterozigositas keseluruhan lokus Hˆ = r j = 1 ˆ ˆ h 2 ( h ) j j H ( ˆ j= 1 V H ) = r r( r 1) r H = Rataan heterozigositas keseluruhan. hj = Nilai heterozigositas setiap lokus. r = Jumlah lokus. 10

11 METODE PENGUKURAN SIFAT FISIK DAGING ph Daging Keempukan Daging Daya Mengikat Air (Water Holding Capacity) ~ mgh 2 O mgh 2 O = [(Lingkar luar - lingkar dalam) : 100)] X (6.45-8,0) 0,0948 %mgh2o = (mgh 2 O : 300) x 100% Susut masak (Cooking Loss) = [(Berat awal berat akhir) : berat awal)] x 100% Persentase Lemak (Metode Hobart) : Menghitung cairan lemak yang keluar dari 56,7 gr yang dipanaskan pada cakram pemanas selama 15 menit. 11

12 Analisa hubungan genotipe GH, GHRH dengan bobot potong dan kualitas daging Y ijk = µ + α i + β j + (αβ) ij + D k + ijk Y ijk = Kualitas daging µ α i = Rataan umum = Keragaman ruas gen GH β j = Keragaman ruas gen GHR (αβ) ij = Interaksi keragaman GH dan GHR D k = Lokasi asal kerbau ijk = Galat Peubah produksi meliputi : (1) bobot potong, (2) bobot karkas p p ( ) p g, ( ) Peubah kualitas karkas meliputi : (1) warna daging, lemak intramuscular, ketebalan dan luas otot (2) keempukan daging dan ph dan (3) Uji organoleptik daging.

13 Urutan Nukleotida Gen GH Msp I (M57764) 1381 gacagagata ctccatccag aacacccagg ttgccttctg cttctctgaa accatcc cgg 1441 cccccacggg caagaatgag gcccagcaga aatcagtgag tggcaacctc ggaccgagga 1501 gcaggggacc tccttcatcc taagtaggct gccccagctc ccgcac cggc ctggggcggc 1561 cttctccccg aggtggcgga ggttgttgga tggcagtgga ggatgatggt gggcggtggt 1621 ggcaggaggt cctcgggcag aggccgacct tgcagggctg ccccagaccc gcggcaccca 1681 ccgaccaccc cacctgccag caggacttgg agctgcttcg catctcactg ctcctcatcc 1741 agtcgtggct tgggcccctg cagttcctca gcagagtctt caccaacagc ttggtgttgg 1801 cacctcggac cgtgtctatg g g agaagctgaa g g ggacctggag g gaaggcatcc gg tggccctgat g

14 Urutan Nukleotida Gen GHRH HaeIII I (M57764) 1 aaggatgctg ctctgggtgt tcttcctcgt gaccctcacc ctcagcagcg g cccccacgg 61 ttccctgcct tcccagcctc tcaggtaagc agttctgaca agagaagcaa gagaggcact 121 ttgaggatgc agactcgagc tggtccccag ctgggtcctc aggcagcctc ccttgctcat 181 ctctgggagg gtggcagact gagccccaga gaggtcacca cccagccctg gttccagccc 241 tctctgggga cgagcagggc aagaggcaac agaaagacct cacagagacc aagtgagcac 301 agtcccctgg g cctcccacc ccaccctttg acctctgact ccttctacta ggattccacg 361 gtacgcagat gccatcttca ctaacagcta ccggaaggtt ctggg ccagc tgtctgcccg 421 caagctactc caggacatca tgagcaggca g gg

15 Frekuensi Genotipe Populasi GH GHRH +/+ +/- -/- AA AB BB Siborong-Borong (46) Banten (170) Semarang (47) Mataram (80) Total (343) Frekuensi Alel GH GHRH Populasi + - A B Siborong-Borong (46) Banten (170) Semarang (47) Mataram (80) Total (343)

16 Heterozigositas Populasi Lokus GH MspI GHRH Rataan Siborong-Borong Banten Semarang Mataram Jarak Genetik Populasi Siborong-Borong g Banten Semarang Mataram Siborong-Borong * Banten * Semarang * Mataram *

17 Dendogram Jarak Genetik empat Populasi kerbau

18 Nilai Rataan Parameter Kualitas Karkas dan Daging kerbau Lokal Betina Parameter Bobot Potong Bobot Karkas Io (8) I1 (8) I2 (12) I3 (6) I4 (68) Rataan ± sb kk ± 99.7A ± 31.7 A ± Rataan ± sb kk ± 80.3 B ± 32.5 B Rataan ± sb kk ± 64.2 B ± B Rataan ± sb kk ± B ± 40.9 B Rataan ± sb kk ± B ± B Tebal Lemak ± ± ± Punggung Nilai ph Keempukan % Susut Masak ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± * ± 15.3 A ± 5.74 A ± 4,0 A ± 5.11 A ± AB 12.3

19 Nilai Rataan Parameter Kualitas Karkas dan Daging kerbau Lokal Jantan Io (15) I1(6) I2 (3) I3 (4) I4 (2) Parameter Rataan ± sb Rataan ± sb Rataan ± sb Rataan ± sb Rataan ± sb kk kk kk kk kk Bobot Potong ± 65.4 A 307 ± 41.7 A ± A 432 ± AB 508 ± 17 AB Bobot Karkas ± A ± A ± 26.2 AB ± 62.9 AB AB Tebal Lemak 1.7 ± A ± B 2.1 ± AB ± 0.25 AB 1.15 ± AB Punggung Nilai ph Keempukan % Susut Masak ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ± ±

20 Metode Pengukuran Sifat Kualitatif Skor Warna Skor Lemak Skor Marbling

21 Frekuensi Sifat Kualitatif 100 Skor Marbling 80 Skor Warna Daging (%) o (skor) I0 I1 I2 I3 (%) I4 0 o (skor) I0 I1 I2 I3 I4 (%) Skor Warna Lemak o (skor) I0 I1 I2 I3 I4

22 22