POLIMORFISME GEN SRY PADA POPULASI MONYET EKOR PANJANG DI KAWASAN JAWA TIMUR I
|
|
- Liani Cahyadi
- 7 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1
2 Seminar Nasional Sain dan Teknologi Oktober 2015 Kuta-Badung, Bali POLIMORFISME GEN SRY PADA POPULASI MONYET EKOR PANJANG DI KAWASAN JAWA TIMUR I Nengah Wandia 1,2), I GA. Arta Putra 1,3) I Gede Soma 1,2) 1 Pusat Penelitian Satwa Primata LPPM Unud, Kampus Bukit Jimbaran Bali, wandia@unud.ac.id 2 Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Jl. PB Sudirman, Denpasar 3 Fakultas Peternakan Universitas Udayana, Kampus Bukit Jimbaran Bali Abstract A gene polymorphism is a genetic resource within a species or population, that its existence is not yet broadly explored in Indonesia.This research aimed to examine the spatial distribution of the variation of SRY gene in long tailed macaque populations in the Region of East Java. The total of 21 male macaque blood samples was collected from 2 populations (Baluran and Alas Purwo) and extracted using QIAamp Blood Mini Kits to find out the total DNA. The SRY gene was amplified by PCR technique using a specific primer, and then, sequenced by dideoxynucleotide chain-termination method at public company of Macrogen Inc., Korea. The research found that the length of segment of SRY gene was 733 nucleotide with 1 variable site (T182A). Two haplotypes were found out in total populations, which were distributed to one haplotype in Alas Purwo population and two haplotypes in Baluran population.the result of the researh indicated that male macaques migrated in one direction, that was, from Alas Purwo popuatian to Baluran population. Phylogenetic reconstruction analysis showed that all haplotypes were seperated to be two haplogroups, namely the clade of Baluran, which is composed of sry_baluran haplotype and the clade of Alas Purwo which is composed of sry_alas_purwo haplotype. It can be concluded that both haplotypes can be rendered as a marker of identity for each population. Key words:long tailed macaque, locus polymorphism, SRY gene, haplotype, East Java Abstrak Polimorfisme suatu gen adalah sumber daya genetik di dalam spesies/populasi, yang keberadaannya belum banyak diungkapkan di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengungkapkan sebaran spasial dari variasi gen SRY pada populasi monyet ekor panjang di Kawasan Jawa Timur. Sejumlah 21 sampel darah monyet jantan dikoleksi dari dua populasi (Baluran dan Alas Purwo) dan diekstraksi menggunakan QIAamp Blood Mini Kits untuk mendapatkan DNA total. Gen SRY diamplifikasi menggunakan satu set primer khusus melalui teknik PCR dan selanjutnya, disekuen dengan metode dideoxynucleotide chaintermination pada perusahaan public Macrogen Inc., Korea. Hasil penelitian mendapatkan bahwa panjang segmen gen SRY 733 nukleotida dengan 1 situs variatif (T182A). Sebanyak 2 haplotipe ditemukan di seluruh populasi, dengan distribusi 1 haplotipe di populasi Alas Purwo dan 2 haplotipe di Populasi Baluran. Hasil penelitian mengindikasikan bahwa monyet jantan bermigrasi dalam satu arah yaitu dari populasi Alas Purwo ke populasi Baluran. Analisis rekonstruksi pohon filogeni menunjukkan bahwa seluruh haplotipe terbagi dalam 2 haplogroup yaitu clade Baluran yang tersusun atas haplotipe syr_baluran dan clade Alas Purwo yang tersusun atas haplotipe sry_alas_purwo. Berdasarkan pada hasil penelitian, dapat disimpulkan bahwa kedua jenis haplotipe ini dapat dijadikan marka identitas untuk masing-masing populasi. Kata Kunci: Monyet ekor panjang, polimorfisme lokus, gen SRY, haplotipe, Jawa Timur
3 2 PENDAHULUAN Polimorfisme genetik populasi merupakan biodiversitas pada tingkat yang paling dasar. Kerakteristik genetik ini merupakan refleksi dari kisah kehidupan yang telah dilaluinya dimasa lampau dan masa kini, serta dapat digunakan untuk memprediksi kondisi mendatang yang akan dialaminya (Nozawa et al., 1996; Hartl dan Clark, 1997; Frankham et al., 2004). Oleh karena itu, data biodiversitas pada tingkat genetik suatu spesies atau populasi bukan saja dapat menerangkan sejarahnya, tetapi juga dapat digunakan sebagai dasar pertimbangan strategi konservasi dan bahan referensi sehubungan dengan molekuler forensik. Monyet ekor panjang (Macaca fascicularis) adalah primata non human yang hidup dalam sebuah kelompok sosial multi-male multi-female group dan besifat filopatri betina (Jolly, 1985). Dalam satu kelompok sosial terdapat beberapa jantan dan betina dewasa serta anak-anaknya (Napier dan Napier, 1985; Mitchell dan Erwin, 1986; Bennett et al., 1995; Rowe 1996). Monyet betina membentuk inti permanen dari kelompok sosial karena tetap tinggal pada kelompok kelahirannya, sementara, monyet jantan sering bermigrasi ke kelompok sosial lainnya (Napier dan Napier, 1985; Mitchell dan Erwin, 1986). Sejarah penyebaran monyet ekor panjang di Kepulauan Selatan Indonesia masih belum jelas. Akhli primata meyakini bahwa penyebarannya berjalan dari barat ke timur dengan Jawa sebagai sumber awal populasi (Wandia, 2007). Migrasi monyet ekor panjang dari Pulau Jawa ke Pulau Bali berlangsung beberapa kali dan migrasi terakhir terjadi ± 18 ribu tahun yang lalu (Eudey, 1980; Fooden, 1995). Kini, monyet ekor panjang hidup sebagai populasi-populasi lokal (habitat terbatas) sebagai akibat dari fragmentasi habitat yang ditimbulkan oleh peningkatan penggunakan lahan untuk pertanian, industri, dan area kependudukan di dalam suatu pulau (Kawamoto et al., 1984; Wandia, 2003; Wandia et al., 2004; Brotcorne et al., 2014; Brotcorne et al., 2015). Namun, bagaimana proses pemisahan populasi di dalam suatu pulau dan hubungan genetik antar populasi masih belum banyak diungkapkan. Struktur genetik populasi dapat diungkapkan dengan menerapkan berbagai sumber marka molekuler. Kawamoto et al. (1984) mengungkapkan variasi genetik monyet ekor panjang di Indonesia dengan marka protein darah. Beliau menemukan bahwa ada ketidakselarasan antara keragaman genetik bersanding dengan letak geografi kelompok monyet ekor panjang Jawa, Bali, dan Lombok. Keragaman genetik populasi di Pulau Bali seyogyanya lebih tinggi daripada yang ditemukan di Pulau Lombok sebagai akibat dari efek founder, tetapi hasil penelitian Kawamoto et al. (1984) menunjukkan hal sebaliknya. Wandia (2007) yang meneliti mengenai variasi genetik monyet ekor panjang Jawa, Bali, dan Lombok dengan menggunakan marka molekuler DNA mikrosatelit kromosom somatik menemukan bahwa variasi genetik monyet Bali lebih tinggi daripada yang ditemukan di Lombok. Hasil tersebut sejalan dengan pola penyebarannya dari barat ke timur. Wandia et al. (2014) meneliti struktur genetik populasi monyet ekor panjang di Pulau
4 3 Bali menggunakan 3 lokus mikrosatelit pada kromosom Y. Beliau menemukan bahwa diversitas haplotipe populasi sangat rendah karena ketiga marka molekuler bersifat monomorfik, dan ketiga marka molekuler tidak mampu membedakan karakteristik genetik antar populasi. Untuk itu, penelitian pendahuluan kali ini dilakukan dengan menerapkan gen sex determining region kromosom Y sebagai marka molekuler untuk mengungkapkan struktur genetik populasi yang ditelusuri dari garis jantan. Penelitian dilakukan pada dua populasi monyet ekor panjang di Kawasan jawa Timur. Gen sex determining region (SRY) merupakan gen yang sangat penting untuk mengontrol perkembangan seksual jantan, yang terletak di antara pseudosomatic regions (PARs) dan eukromatin pada lengan pendek kromosom Y (Bachtrog dan Charlesworth 2001). Gen ini tidak ditemukan pada kromosom X sehingga sering digunakan sebagai uji penentuan jenis kelamin (Erdal dan Barlas 2000; Drobnic 2006; Rovie-Ryan et al. 2013). SRY mengkode produk testis determinating factor (TDF) yang merangsang jaringan gonad embrio yang belum terdiferensiasi untuk membentuk testis. SRY atau versi lainnya yang berhubungan ditemukan pada seluruh mammalia (Klug dan Cummings, 2005). MATERI DAN METODE PENELITIAN Lokasi Sampling Penelitian dilakukan pada dua populasi monyet ekor panjang yaitu populasi Alas Purwo (Kabupaten Banyuwangi, Jawa Timur) dan Baluran (Kabupaten Situbondo, Jawa Timur). Kedua populasi terletak di ujung timur Pulau Jawa, yang berpotensi besar bermigrasi ke Pulau Bali. Jarak antar populasi lebih kurang 100 km (diukur sepanjang garis pantai dengan bantuan fasilitas google map ( ) Sampel Darah Sampel darah monyet ekor panjang jantan berhasil dikoleksi sebanyak 12 sampel dari populasi Alas Purwo dan 10 sampel dari populasi Baluran. Sampel diambil saat monyet dalam kondisi terbius (dibius menggunakan Ketamin HCl dosis 10 mg/kg bobot badan dikombinasi xylazil dengan perbandingan 5:1). Darah sebanyak 5 ml diambil dengan menggunakan alat suntik 10 ml yang telah diisi 0,1 ml EDTA 10% sebagai antikoagulan dari vena femoralis. Sampel darah telah tersedia dan disimpan di Laboratorium Genetika dan Kultur Jaringan- Pusat Penelitian Satwa Primata, LPPM Unud Kampus Bukit-Jimbaran. Ekstraksi DNA Total dan Perancangan Primer Gen SRY Total DNA diekstraksi menggunakan QIAamp DNA Blood Kits produksi Qiagen yang prosedurnya sesuai dengan protokol yang direkomendasikan oleh perusahaan (Qiagen, 2007). Primer untuk mengamplifikasi gen SRY dirancang dengan menggunakan urutan nukleotida gen
5 4 SRY referensi AF (GenBank). Perancangan dilakukan in silico menggunakan software primer3 secara online ( Tiga pasang primer dipilih yaitu: 1. SRY F 5 -AGGGGGTAGCCTGGTTGGGC-3 SRY R 5 -AGTGGCTGTAGCGGTCCCGT SRY F 5 -GGTGTTGGGGGCGGAGAAATG-3 SRY R 5 -TGGCTGTAGCGGTCCCGTTG-3 3. SRY F 5 -TTGGGCGGAGTTGAGAGGGG-3 SRY R 5 -TGATGGGCGGTAAGTGGCCT-3 Ketiga pasang primer diujicobakan dan PCR yang menghasilkan pita tunggal dipilih untuk penelitian lebih lanjut. Volume PCR dibuat 25 µl yang setiap reaksinya mengandung adalah 1x bufer PCR, 3 mm MgCl2, 0,2 mm DNTP (mix), 0,2 mm masing-masing primer, 0,75 U DNA polimerase, dan template dengan volume 1 µl. PCR dilakukan 3 tahapan yaitu Pre PCR: 94 o C 3 menit; PCR (diulang 35 siklus) : 94 o C 40 detik, 58 o C 40 detik, 72 o C 40 detik; dan Post PCR: 72 o C 5 menit. Berdasarkan pada hasil PCR, primer 2 menghasillkan produk PCR tunggal (pita tunggal) sekitar 700 nukleotia dan dipilih untuk penelitian selanjutnya. Amplifikasi Gen SRY dan Sekuensing Amplifikasi gen SRY menggunakan sepasang primer khusus (Primer 2). Satu unit PCR mengandung 1x buffer PCR, 4 mm MgCl 2, 0,2mM DNTP (mix), 0,2 µm masing-masing Primer, dan 1 U enzim DNA polymerase. Sebanyak 2 µl template dan aquades bebas ion ditambahkan untuk mendapatkan volume akhir 50 µl. PCR terdiri atas 3 tahap yaitu Pre PCR dengan suhu danaturasi 94 o C selama 3 menit; PCR 40 siklus dengan urutan denaturasi 94 o C selama 40 detik, annealing 58 o C selama 40 detik, dan elongasi 72 o C selama 40 detik; Post PCR dengan suhu elongasi 72 o C selama 5 menit. PCR menggunakan mesin Applied Biosystems 2720 Thermal Cycler. Hasil amplifikasi dipisahkan secara elektroforesis dengan gel agarose 1,5% yang dimigrasikan pada 50 V selama 30 menit. Fragmen teramplifikasi dimunculkan dengan pewarnaan etidium bromida dan ukuran panjang basa disetarakan dengan menggunakan marker standard 100 bp DNA ladder (Gibco BRL, Life Technologies). Produk PCR, selanjutnya, disekuen dengan metode dideoxynucleotide chain-termination pada perusahaan publik Macrogen Inc. Korea. Analisis Data Pelurusan dan pengeditan urutan nukleotida menggunakan software MEGA 6 (Tamura et al., 2013). Analisis terhadap jenis haplotipe dan distribusinya serta diversitas genetik dalam populasi (tingkat nukleotida dan hapotipe) menggunakan software dnasp ver (Rozas et al., 2010). Jarak genetik dan rekonstruksi pohon filogeni dengan model substitusi Kimura 2 parameter
6 5 dan metode maximum likelihood dikerjakan dengan bantuan software MEGA 6 (Tamura et al., 2013). HASIL DAN PEMBAHASAN Distribusi Haplotipe Gen SRY Dari total 22 sampel, 21 sampel menghasilkan produk PCR sedangkan 1 sample lainnya tidak menghasilkan produk PCR. Selanjutnya, sekuensing dilakukan terhadap 21 sampel. Analisis urutan nukleotida menghasilkan panjang gen SRY 733 nukleotida dengan komposisi 22,1% (T/U), 23,1% (C), 30,7% (A), dan 24,1% (G). Satu 1 situs variatif (parsimony informative site) ditemukan dari keseluruhan panjang segmen. Mutasi titik T/A terjadi pada situs 182 (tipe transversi). Analisis urutan penyandi protein pada gen SRY memperlihatkan substitusi T182A tidak mengubah translasi asam amino (silent mutatian). Sebanyak 2 jenis haplotipe gen SRY ditemukan dari seluruh sampel (Tabel 1). Pada Populasi Alas Purwo ditemukan 1 jenis haplotipe (sry_alas_purwo), sementara kedua haplotipe (sry_baluran dan sry_alas_purwo) ditemukan di populasi Baluran. Rekonstruksi filogeni seluruh haplotipe membentuk dua kelompok (haplogroup) yaitu clade Alas Purwo dan clade Baluran (haplogroup dinamai secara arbitrari). Masing-masing haplogroup memiliki jenis haplotipe yang unik (Gambar 1). Adanya shared haplotipe mencerminkan adanya gene flow atau migrasi antar populasi. Keunikan haplotipe pada masing-masing populasi terlebih haplotipe dominan dapat digunakan sebagai haplotipe penanda/haplotipe identitas untuk masing-masing populasi. Sejarah evolusi dan perkembangan populasi dimasa mendatang dapat diikuti melalui pemantauan dinamika haplotipe yang bersifat unik tersebut. Tabel 1. Haplotipe Gen SRY dan Distribusi pada Populasi Monyet Ekor Panjang di Kawasan Jawa Timur No Jenis haplotipe Urutan nukleotida* Distribusi Baluran (n=10) Alas Purwo (n=11) 1 sry_baluran...aacactgatgg... 0,60 0,00 2 sry_alas_purwo...a... 0,40 1,00 * Nukleotida yang ditampilkan adalah nukleotida Nukleotida variatif pembeda haplotipe: nukleotida 182. Diversitas Genetik Dalam Populasi dan Diferensiasi Genetik Antar Populasi Diversitas genetik dalam populasi yaitu diversitas haplotipe dan diversitas nukleotida ditampilkan pada Tabel 2. Diversitas haplotipe (hd) menyatakan peluang dua haplotipe untuk berbeda saat diambil secara bersamaan, sedangkan diversitas nukelotida mewakili peluang nukleotida berbeda pada situs nukleotida yang sama antar dua sekuen (Kawamoto et al., 2013).
7 6 Populasi Baluran memiliki hd yang tinggi (hd=0,533) sedangkan populasi Alas Purwo memiliki hd yang rendah (hd=0,000). Hal ini berkaitan dengan adanya 2 haplotipe di populasi Baluran dengan frekeuensi relatif sama. Sebaliknya, pada populasi Alas Purwo ditemukan hanya satu jenis hapotipe. Rendahnya diversitas genetik dalam populasi mencerminkan sangat rendah atau tidak adanya gene flow ke dalam populasi, atau populasi mengalami bottle neck, dan atau merupakan efek founder (Avise, 1994; Nozawa et al., 1996; Hartl dan Clark, 1997). Tabel 2. Diversitas Genetik Dalam Populasi No Variabel Populasi Kawasan Baluran Alas Purwo Jawa Timur 1 Jumlah sampel Jumlah hapotipe Situs polimorfik Diversitas haplotipe (hd) 0,533 0,000 0,429 6 Diversitas nukleotida (π) 0, ,00058 Diferenssai genetik antar populasi dengan menggunakan tiga ukuran ditampilkan pada Tabel 3. Nilai Nst dengan Fst sama, dengan memberikan nilai gene flow (Nm)= 0,8 ekor/generasi, sementara dengan ukuran Gst memberikan nilai Nm= 1,53 ekor/generasi. Nm mencerminkan jumlah individu yang bermigrasi antar populasi per generasi. Dari hasil analisis dapat dinyatakan bahwa migrasi antar populasi 1-2 ekor per generasi dengan pola migrasi satu arah (dari Alas Puwo ke Baluran sesuai jenis haplotipe yang ditemukan (Tabel 1). Tabel 3. Diferensiasi genetik antar populasi Baluran dan Alas Purwo Jawa Timur. Ukuran diferensiasi Nilai diferensiasi gentik Gene flow (Nm) Referensi genetik (ekor/generasi) G ST 0, ,53 Nei 1973 Nst 0, ,80 Lynch and Crease 1990 Fst 0, ,80 Hudson, Slatkin and Maddison 1992 Jarak Genetik Antar populasi dan Rekonstruksi Filogeni Jarak genetik antar populasi mengukur rata-rata divergensi nukeotida dua haplotipe antar populsi (Excoffier et al., 2005). Jarak genetik populasi Baluran dengan Alas Purwo sangat rendah (Tabel 4). Jarak genetik rendah merefleksikan laju mutasi gen SRY rendah dan adanya gene flow
8 7 antar populasi, seperti ditemukannya haplotipe sry_alas_purwo pada populasi Baluran (shared haplotipe). Tabel 4. Jarak Genetik Netto Antar Populasi di Kawasan Jawa Timur Populasi Baluran Alas Purwo Baluran 0,0004 Alas Purwo 0,0005 Keterangan: Angka di bawah diagonal menyatakan jarak genetik (metode Kimura 2 parameter. Angka di atas diagonal menyatakan standar eror (bootstrap 1000) Rekonstruksi pohon filogeni menghasilkan 2 kelompok haplotipe (haplogroup) yaitu clade Alas Purwo dan clade Baluran (Gambar 1). Empat individu yang berasal dari Baluran (BL M8, BL M9, BL M10, dan BL M12) masuk ke dalam haplogroup Alas Purwo. Hal ini menunjukkan bahwa migrasi monyet jantan telah terjadi dari populasi Alas Porwo ke populasi Baluran, namun, arah migrasi balik tidak terjadi (tidak ditemukan jenis hapotipe sry-baluran di populasi Alas Purwo (Tabel 1). 64 AP M8 AP M9 AP M7 AP M5 AP M4 AP M1 BL M12 BL M10 BL M9 BL M5 AP M10 AP M11 AP M13 AP M14 AP M15 BL M1 BL M4 BL M6 BL M7 BL M8 BL M11 PHYLIFINA AF VIETNAM AF Gp 1 Clade Alas Purwo Clade Baluran Gambar 1. Rekonstruksi filogeni monyet ekor panjang di Jawa Timur. Model substutusi Kimura 2 parameter metode maximum likelihood (Bootstrap 1000) KESIMPULAN Pada Populasi Baluran ditemukan dua jenis haplotipe (sry_alas-purwo dan sry_baluran) dengan diversitas haplotipe (hd) sebesar 0,533 dan diversitas nukleotida (π) sebesar 0,00073, sedangkan pada populasi Alas Purwo hanya ditemukan satu jenis haplotipe (sry_alas_purwo).
9 8 Diferensiasi genetik antar populasi cukup tinggi (Gst=0,396). Haplotipe gen SRY membentuk dua haplogroup yaitu clade Alas Purwo yang tersusun oleh haplotipe sry_alas_puwo, dan clade Baluran yang tersusun oleh haplotipe sry_baluran. Tipe haplotipe pada masing-masing clade dapat dijadikan marka identitas untuk masing-masing populasi. UCAPAN TERIMA KASIH Ucapan terima kasih Kami sampaikan kepada Bapak Rektor Universitas Udayana atas biaya penelitian yang diberikan melalui skim penelitian Unggulan Udayana dengan Surat Penugasan Penelitian Nomor /UN14.2/PNL /2015 Tanggal 21 April DAFTAR PUSTAKA Avise JC Molecular Markers, Natural History, and Evolution. Chapman and Hall Inc. New York. Bachtrog D &Charlesworth B Towards a complete sequence of the human Y chromosome. Genome Biology 2001, 2(5):reviews Bennett BT, Abee CR, Hendrickson R Nonhuman Primates in Biomedical Research. Biology and Management. Academic Press Inc. San Diego, California. Drobnic K A new primer set in a SRY gene for sex identification. International Congress Series 1288 (2006) Erdal ME & Barlas IO Detection of the SRY Gene in a 46,XY Phenotypic Female by the PCR-SSCP Method. Turk J Med Sci 30 (2000) Eudey AA Pleistocene glacial phenomena and the evolution of Asian macaques. In The Macaques. Studies in Ecology, Behavior and Evolution. Edited by D.G. Lindburg. : Excoffier L, Laval G, and Schneider S Arlequin ver. 3.0: An integrated software package for population genetics data analysis. Evolutionary Bioinformatics Online 1: Brotcorne F, Fuentes A, Wandia I N, Roseline C, Beudels-Jamar, Huynen M-C. Changes in Activity Patterns and Intergroup Relationships After a Significant Mortality Event in Commensal Long-Tailed Macaques (Macaca Fascicularis) in Bali Indonesia. Int J Primatol (2015) 36: DOI /s Brotcorne F, Maslarov C, Wandia I N, Fuentes A,. Beudels Jamar RC, and Huynen M-C The Role of Anthropic, Ecological, and Social Factors in Sleeping Site Choice by Long Tailed Macaques (Macaca fascicularis). American Journal of Primatology. DOI: /ajp Published online XX Month Year in Wiley Online Library (wileyonlinelibrary.com). Frankham R, Ballou JD, Briscoe DA A Primier of Conservation Genetics. Cambridge University Press. Cambridge Fooden J FIELDIANA. Zoology. New Series No. 81. Systematic Review of Southeast Asian Longtail Macaques, Macaca fascicularis (Raffles, [1821]). Published by Field Museum of Natural History. USA. Hartl DL & Clark AG Principles of Population Genetics. Third ed. Snauer Associates, Inc. Publishers. Sunderland, Massachusetts Jolly A The Evolution of Primate Behavior. 2 nd Ed. Macmillan Publishing Company. New York. Kawamoto Y, Ischak TM, Supriatna J Genetic variation within and between troops of the crab-eating macaque (Macaca fascicularis) on Sumatra, Jawa, Bali, Lombok and Sumbawa, Indonesia. Primates, 25(2): Kawamoto Y, Takemoto H, Higuchi S, Sakamaki T, Hart JA,. Hart TB, Tokuyama N, Reinartz GE, Guislain P, Dupain J, Cobden AK, Mulavwa MN, Yangozene K, Darroze S, Devos C, Furuichi T Genetic Structure of Wild Bonobo Populations: Diversity of Mitochondrial
10 9 DNA and Geographical Distribution. PLoS ONE 8(3): e doi: /journal.pone Klug WS & Cummings MR Essentials of Genetics. International Ed. 5 th Ed. Pearson Education, Inc. USA. Mitchell G & Erwin J Behavior, Cognition, and Motivation. Comparative Primate Biology. Volume 2, Part A. Alan R. Liss, Inc., New York. Napier JR & Napier PH The Natural History of the Primates. The British Museum (Natural History). Cromwell, London. Nozawa K, Shotake T, Minezawa M, Kawamoto Y, Kawamoto K, Kawamoto S Populationgenetic studies of the Javanese macaque, Macaca fuscata. In: Variations in the Asian Macaques. T. Shotake and K. Wada (eds.). Tokai University Press. Tokyo, Japan.: 1-36 Qiagen QIAamp DNA Mini and Blood Mini Hanbook. 2 nd Eds. November Pp Rovie-Ryan JJ, Abdullah MT, Sitam FT, Abidin ZZ, and Tan SG Y- chromosomal gene flow of Macaca fascicularis (Cercopithecidae) between the insular and mainland peninsula of Penang state, Malaysia. Journal of Science and Technology in the Tropics (2013) 9: Rowe N The Pictorial Guide to the Living Primates. Pogonias Press. New York. Rozas, J dan Librado P. Librado (2009). DnaSP v5: a Software for comprehensive analysis for DNA polymorphism data. Bioimformatics 25: Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, and Kumar S (2013) MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution: Wandia I N Mikrosatelit sebagai penanda molekul untuk mengukur polimorfisme genetik monyet ekor panjang di Sangeh, Bali. J. Vet. 4(3): Wandia I N, Supraptini-Mansjoer S, Suryobroto B Polimorfisme genetik monyet ekor panjang di daerah pariwisata Uluwatu, Bali. J. Vet. 5(2): Wandia I N Struktur dan Keragaman Genetik Populasi Lokal Monyet Ekor Panjang (Macaca fascicularis) di Tawa Timur, Bali, dan Lombok. Disertasi. Sekolah Pascasarjana IPB, Bogor. Wandia I N, Arta Putra I GA, Soma I G Polymorphism of Microsatellite Loci on Y Chromosome in Long-Tailed Macaque Populations in Bali Island, Indonesia. Jurnal Ilmu dan Kesehatan Hewan, Agustus 2014 Vol 2 No 2:
Buletin Veteriner Udayana Vol.1 No.2. :47-53 ISSN : Agustus 2009
DINAMIKA POPULASI MONYET EKOR PANJANG (MACACA FASCICULARIS) DI HUTAN WISATA ALAS KEDATON TABANAN (The Population Dynamic of Long Tail Monkey (Macaca fascicularis) in Alas Kedaton, Tabanan) I Gede Soma
Lebih terperinciABSTRAK Polimorfisme suatu lokus pada suatu populasi penting diketahui untuk dapat melihat keadaan dari suatu populasi dalam keadaan aman atau
ABSTRAK Polimorfisme suatu lokus pada suatu populasi penting diketahui untuk dapat melihat keadaan dari suatu populasi dalam keadaan aman atau terancam. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi
Lebih terperinciPENDAHULUAN Latar Belakang
PENDAHULUAN Latar Belakang Monyet ekor panjang (Macaca fascicularis) tersebar luas di Daratan Asia Tenggara, Lempeng Sunda, Kepulauan Filipina, dan daerah Wallacea Selatan. Monyet ekor panjang di Indonesia
Lebih terperinciKarakteristik Lokus Mikrosatelit D10s1432 pada Populasi Monyet Ekor Panjang Di Taman Nasional Alas Purwo Banyuwangi
Indonesia Medicus Veterinus 2014 3(3) : 244-251 ISSN : 2301-7848 Karakteristik Lokus Mikrosatelit D10s1432 pada Populasi Monyet Ekor Panjang Di Taman Nasional Alas Purwo Banyuwangi CHARACTERISTICS OF D10S1432
Lebih terperinciStruktur Genetika Populasi Monyet Ekor Panjang Di Alas Kedaton Menggunakan Marka Molekul Mikrosatelit D18S536
Indonesia Medicus Veterinus 013 (1) : 3 4 Struktur Genetika Populasi Monyet Ekor Panjang Di Alas Kedaton Menggunakan Marka Molekul Mikrosatelit D18S536 Alda dasril lumban gaol 1, I ketut suatha, I nengah
Lebih terperinciPOLIMORFISME LOKUS MIKROSATELIT D10S1432 PADA POPULASI MONYET EKOR PANJANG DI SANGEH
POLIMORFISME LOKUS MIKROSATELIT D10S1432 PADA POPULASI MONYET EKOR PANJANG DI SANGEH SKRIPSI Diajukan untuk Melengkapi Tugas tugas dan Memenuhi Persyaratan untuk Mencapai Gelar Sarjana Kedokteran Hewan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Lebih terperinciPRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas
PRAKATA Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas segala nikmat dan karunia-nya, penulisan Tugas Akhir dengan judul Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Virus Hepatitis B Gibbon Regio Pre-S1 Amplifikasi Virus Hepatitis B Regio Pre-S1 Hasil amplifikasi dari 9 sampel DNA owa jawa yang telah berstatus serologis positif terhadap antigen
Lebih terperinciDiversitas Genetik Populasi Monyet Ekor Panjang. di Mekori Menggunakan Marka Molekul Mikrosatelit D3S1768
Diversitas Genetik Populasi Monyet Ekor Panjang di Mekori Menggunakan Marka Molekul Mikrosatelit D3S1768 Evi kumala dewi 1, I gede soma 2, I nengah wandia 1 1 Lab Anatomi Hewan, 2 Lab Fisiologi Hewan,
Lebih terperinciKERAGAMAN GENETIK KAMBING BOER BERDASARKAN ANALISIS SEKUEN DNA MITOKONDRIA BAGIAN D-LOOP. Skripsi
KERAGAMAN GENETIK KAMBING BOER BERDASARKAN ANALISIS SEKUEN DNA MITOKONDRIA BAGIAN D-LOOP Skripsi Untuk memenuhi sebagian persyaratan guna memperoleh derajat Sarjana Peternakan di Fakultas Pertanian Universitas
Lebih terperinciPolimorfisme Lokus Mikrosatelit D10S1432 Pada Populasi Monyet Ekor Panjang Di Sangeh
Jurnal Ilmu dan Kesehatan Hewan, Pebruari 2013 Vol. 1, No. 1: 16-21 Polimorfisme Lokus Mikrosatelit D10S1432 Pada Populasi Monyet Ekor Panjang Di Sangeh Polymorphism of D10S1432 Microsatellite Locus on
Lebih terperinciVARIASI MORFOMETRI MONYET EKOR PANJANG (Macaca. fascicularis) DI TAMAN NASIONAL ALAS PURWO DAN TAMAN NASIONAL BALURAN SKRIPSI
VARIASI MORFOMETRI MONYET EKOR PANJANG (Macaca fascicularis) DI TAMAN NASIONAL ALAS PURWO DAN TAMAN NASIONAL BALURAN SKRIPSI Diajukan Untuk Melengkapi Tugas-Tugas dan Memenuhi Persyaratan untuk Mencapai
Lebih terperinciPolimorfisme Lokus Mikrosatelit D18S536 pada Populasi Monyet Ekor Panjang di Pancasari, Bali
Polimorfisme Lokus Mikrosatelit D18S536 pada Populasi Monyet Ekor Panjang di Pancasari, Bali MIKEU PAUJIAH MUR 1, I GEDE SOMA 2, I NENGAH WANDIA 1,3* 1 ) Lab Anatomi Veteriner Fakultas Kedokteran Hewan
Lebih terperinciKarakteristik Lokus Mikrosatelit D7S1789 pada Populasi Monyet Ekor Panjang (Macaca fascicularis) di Wenara Wana, Padang Tegal, Ubud, Bali.
Karakteristik Lokus Mikrosatelit D7S1789 pada Populasi Monyet Ekor Panjang (Macaca fascicularis) di Wenara Wana, Padang Tegal, Ubud, Bali. Characteristics of Microsatellite Locus D7S1789 on Long-Tailed
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Calpastatin (CAST MspI) Amplifikasi fragmen gen calpastatin (CAST MspI) pada setiap bangsa sapi dilakukan dengan menggunakan mesin thermal cycler (AB Bio System) pada
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Gen GH exon 3 pada kambing PE, Saanen, dan PESA (Persilangan PE dan Saanen) berhasil diamplifikasi menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Panjang fragmen
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%.
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen FSHR Alu-1 Amplifikasi fragmen gen FSHR Alu-1 dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dilakukan dengan kondisi annealing 60 C selama 45 detik dan diperoleh produk
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Amplifikasi Gen Mx Amplifikasi gen Mx telah berhasil dilakukan. Hasil amplifikasi gen Mx divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita yang
Lebih terperinciKarakteristik Lokus Mikrosatelit D8S1100 pada Populasi Monyet Ekor Panjang di Bukit Gumang, Karangasem, Bali.
Karakteristik Lokus Mikrosatelit D8S1100 pada Populasi Monyet Ekor Panjang di Bukit Gumang, Karangasem, Bali. Jefri Ndawa Rumba 1, I Gusti Agung Arta Putra 2,3, I Nengah Wandia 1,3* 1 )Laboratorium Anatomi
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Kalimantan Tengah
TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Kalimantan Tengah Berdasarkan aspek pewilayahan Kalimantan Tengah mempunyai potensi besar untuk pengembangan peternakan dilihat dari luas lahan 153.564 km 2 yang terdiri atas
Lebih terperinciMATERI DAN METODE Waktu dan Tempat Materi Sapi Perah FH
62 MATERI DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan selama sembilan bulan, yaitu dari bulan Oktober 2009 sampai dengan Juni 2010. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler,
Lebih terperinciThe Origin of Madura Cattle
The Origin of Madura Cattle Nama Pembimbing Tanggal Lulus Judul Thesis Nirmala Fitria Firdhausi G352080111 Achmad Farajallah RR Dyah Perwitasari 9 Agustus 2010 Asal-usul sapi Madura berdasarkan keragaman
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Exon 4 Amplifikasi gen GH exon 4 pada kambing Peranakan Etawah (PE), Saanen dan PESA (Persilangan PE-Saanen) diperoleh panjang fragmen 200 bp (Gambar 8). M 1 2 3
Lebih terperinciSTRUKTUR DAN KERAGAMAN GENETIK POPULASI LOKAL MONYET EKOR PANJANG (Macaca fascicularis) DI JAWA TIMUR, BALI, DAN LOMBOK I NENGAH WANDIA
STRUKTUR DAN KERAGAMAN GENETIK POPULASI LOKAL MONYET EKOR PANJANG (Macaca fascicularis) DI JAWA TIMUR, BALI, DAN LOMBOK I NENGAH WANDIA SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2007 PERNYATAAN
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3 Amplifikasi gen Pit1 exon 3 pada sapi FH yang berasal dari BIB Lembang, BBIB Singosari, BPPT Cikole,
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciGambar 5. Hasil Amplifikasi Gen Calpastatin pada Gel Agarose 1,5%.
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Calpastatin (CAST AluI) Amplifikasi fragmen gen CAST AluI dilakukan dengan menggunakan mesin PCR dengan kondisi annealing 60 0 C selama 45 detik, dan diperoleh produk
Lebih terperinciPolimorfisme Lokus Mikrosatelit RM185 Sapi Bali di Nusa Penida
Polimorfisme Lokus Mikrosatelit RM185 Sapi Bali di Nusa Penida ZAKIATUN MUHAMMAD 1, I KETUT PUJA 2, I NENGAH WANDIA 1 1 Lab Anatomi Hewan, 2 Lab Histologi Hewan Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana.
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Daerah D-loop M B1 B2 B3 M1 M2 P1 P2 (-)
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Daerah D-loop Amplifikasi daerah D-loop DNA mitokondria (mtdna) pada sampel DNA sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO dilakukan dengan menggunakan mesin PCR Applied
Lebih terperinci3. METODE PENELITIAN
29 3. METODE PENELITIAN 3.1. Lokasi dan Waktu Penelitian Lokasi penelitian meliputi Laut Sulawesi, Selat Makassar, Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo, Laut Maluku dan Teluk Tomini (Gambar
Lebih terperinciSebaran Geografi Populasi Monyet Ekor Panjang (Macaca fascicularis) di Semenanjung Badung
Sebaran Geografi Populasi Monyet Ekor Panjang (Macaca fascicularis) di Semenanjung Badung The Geographic Distribution of Long Tailed Macaque (Macaca fascicularis) Populations in Badung Peninsula Made Rahayu
Lebih terperinciKolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria
Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria Ria Maria (G34090088), Achmad Farajallah, Maria Ulfah. 2012. Karakterisasi Single Nucleotide Polymorphism Gen CAST pada Ras Ayam Lokal. Makalah Kolokium
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap
BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen GH Exon 2
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Exon 2 Gen GH exon 2 pada ternak kambing PE, Saanen, dan persilangannya (PESA) berhasil diamplifikasi menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Pasangan
Lebih terperinciANALISIS VARIASI NUKLEOTIDA DAERAH D-LOOP DNA MITOKONDRIA PADA SATU INDIVIDU SUKU BALI NORMAL
ISSN 1907-9850 ANALISIS VARIASI NUKLEOTIDA DAERAH D-LOOP DNA MITOKONDRIA PADA SATU INDIVIDU SUKU BALI NORMAL Ketut Ratnayani, I Nengah Wirajana, dan A. A. I. A. M. Laksmiwati Jurusan Kimia FMIPA Universitas
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. hayati sangat tinggi (megabiodiversity). Keanekaragaman hayati adalah. kekayaan plasma nutfah (keanekaragaman genetik di dalam jenis),
I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Indonesia merupakan salah satu negara dengan keanekaragaman hayati sangat tinggi (megabiodiversity). Keanekaragaman hayati adalah ketersediaan keanekaragaman sumberdaya
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Friesian Holstein
TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Friesian Holstein Sapi Friesian Holstein (FH) merupakan bangsa sapi yang paling banyak terdapat di Amerika Serikat, sekitar 80-90% dari seluruh sapi perah yang berada di sana.
Lebih terperinciKERAGAMAN GENETIK IKAN CAKALANG (Katsuwonus pelamis) DARI KABUPATEN JEMBRANA DAN KARANGASEM, BALI
Keragaman Genetik Ikan Cakalang (Katsuwonus pelamis) dari Kabupaten Jembrana dan Karangasem, Bali [Fakhrurrasi Fakhri, dkk.] KERAGAMAN GENETIK IKAN CAKALANG (Katsuwonus pelamis) DARI KABUPATEN JEMBRANA
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei penyakit klorosis dan koleksi sampel tanaman tomat sakit dilakukan di sentra produksi tomat di daerah Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Deteksi
Lebih terperinciAbstrak Thesis Mochamad Syaiful Rijal Hasan G
Abstrak Thesis Mochamad Syaiful Rijal Hasan G352090161 Mochamad Syaiful Rijal Hasan. Achmad Farajallah, dan Dyah Perwitasari. 2011. Polymorphism of fecundities genes (BMPR1B and BMP15) on Kacang, Samosir
Lebih terperinciPenelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di Laboratorium Zoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB.
Kolokium Ajeng Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah dan Arif Wibowo. 2009. Karakterisasi Genom Mitokondria Gen 12SrRNA - COIII pada Ikan Belida Batik Anggota Famili Notopteridae. Kolokium disampaikan
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu
BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi
Lebih terperinciVARIASI DNA KLOROPLAS Shorea leprosula Miq. DI INDONESIA MENGGUNAKAN PENANDA PCR-RFLP RURI SITI RESMISARI
VARIASI DNA KLOROPLAS Shorea leprosula Miq. DI INDONESIA MENGGUNAKAN PENANDA PCR-RFLP RURI SITI RESMISARI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2006 PERNYATAAN Dengan ini saya menyatakan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi. Tabel 1. Sampel Darah Sapi Perah dan Sapi Pedaging yang Digunakan No. Bangsa Sapi Jenis Kelamin
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini berlangsung
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil
Lebih terperinciPOLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Disusun oleh: Hanif Wahyuni (1210411003) Prayoga Wibhawa Nu Tursedhi Dina Putri Salim (1210412032) (1210413031) SEJARAH Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1985
Lebih terperinciPOLIMORFISME GEN PENYANDI KARAKTER OBESITAS (MC4R/RESEPTOR MELANOKORTIN 4) PADA MONYET EKOR PANJANG
POLIMORFISME GEN PENYANDI KARAKTER OBESITAS (MC4R/RESEPTOR MELANOKORTIN 4) PADA MONYET EKOR PANJANG (Macaca fascicularis) ASAL BALI, JAWA TIMUR DAN SUMATERA I GUSTI AGUNG ARTA PUTRA SEKOLAH PASCASARJANA
Lebih terperinciBAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel
16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik
Lebih terperinciAbstrak. Kata Kunci : Soroh Pande, DNA Mikrosatelit, Kecamatan Seririt
Abstrak Soroh Pande merupakan salah satu dari soroh/klan di dalam masyarakat Bali yang tersebar di seluruh pulau Bali termasuk di Kecamatan Seririt, Kabupaten Buleleng. Penelitian soroh Pande ini bertujuan
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN. Tabel 1 Sampel yang digunakan dalam penelitian
12 METODE PEELITIA Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan pada bulan Mei sampai dengan April 2010, bertempat di Bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu
Lebih terperinciStruktur Genetik Penyu Hijau Di Kepulauan Derawan, Kalimantan Timur, Dengan Marker Molekul D-Loop Dna Mitokondria
Struktur Genetik Penyu Hijau Di Kepulauan Derawan, Kalimantan Timur, Dengan Marker Molekul D-Loop Dna Mitokondria DEWA AYU PUTU ARIE SERATHAN SUPARTHA 1), I NENGAH WANDIA 2), IDA BAGUS WINDIA ADNYANA 1)
Lebih terperinciKAJIAN PENANDA GENETIK GEN CYTOCHROME B DAN DAERAH D-LOOP PADA Tarsius sp. OLEH : RINI WIDAYANTI
KAJIAN PENANDA GENETIK GEN CYTOCHROME B DAN DAERAH D-LOOP PADA Tarsius sp. OLEH : RINI WIDAYANTI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2006 i ABSTRACT RINI WIDAYANTI. The Study of Genetic
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Lebih terperinciPENDAHULUAN. Berk. Penel. Hayati Edisi Khusus: 4B (27 32), 2011
Perbandingan Karakteristik Marka Genetik Cytochrome B Berdasarkan Keragaman Genetik Basa Nukleotida dan Asam Amino pada Harimau Sumatera Ulfi Faizah 1, Dedy Duryadi Solihin 2,dan Ligaya Ita Tumbelaka 3
Lebih terperinciANALISIS STRUKTUR GENETIK HIU Carcharhinus falciformis (SILKY SHARK) DI INDONESIA BERDASARKAN GEN CONTROL REGION DNA MITOKONDRIA
TESIS ANALISIS STRUKTUR GENETIK HIU Carcharhinus falciformis (SILKY SHARK) DI INDONESIA BERDASARKAN GEN CONTROL REGION DNA MITOKONDRIA ANDRIANUS SEMBIRING NIM 1291261025 PROGRAM MAGISTER PROGRAM STUDI
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian, sehingga dapat menerangkan arti
Lebih terperinciDASAR BIOTEKNOLOGI TANAMAN
DASAR BIOTEKNOLOGI TANAMAN Darda Efendi, Ph.D Nurul Khumaida, Ph.D Sintho W. Ardie, Ph.D Departemen Agronomi dan Hortikultura, Faperta, IPB 2013 Marka = tanda Marka (marka biologi) adalah sesuatu/penanda
Lebih terperinciKeragaman Genetik Populasi Monyet Ekor Panjang di Pura Pulaki menggunakan Marka Molekul Mikrosatelit D13s765
Keragaman Genetik Populasi Monyet Ekor Panjang di Pura Pulaki menggunakan Marka Molekul Mikrosatelit D13s765 WAODE SANTA MONICA 1,SRI KAYATI WIDYASTUTI 2,I NENGAH WANDIA 1 1) Lab Anatomi Veteriner, 2)
Lebih terperinciAMPLIFIKASI GEN 18S rrna PADA DNA METAGENOMIK MADU DARI DESA SERAYA TENGAH, KARANGASEM DENGAN TEKNIK PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
AMPLIFIKASI GEN 18S rrna PADA DNA METAGENOMIK MADU DARI DESA SERAYA TENGAH, KARANGASEM DENGAN TEKNIK PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) SKRIPSI Oleh: SATRIYA PUTRA PRAKOSO NIM. 1208105013 JURUSAN KIMIA FAKULTAS
Lebih terperinciKERAGAMAN MOLEKULER DALAM SUATU POPULASI
KERAGAMAN MOLEKULER DALAM SUATU POPULASI EKO HANDIWIRAWAN Pusat Penelitian dan Pengembangan Peternakan Jalan Raya Pajajaran Kav E-59, Bogor 16151 ABSTRAK Variasi di dalam populasi terjadi sebagai akibat
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
15 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Analisis DNA 4.1.1 Ekstraksi DNA Ekstraksi DNA merupakan langkah awal dalam analisis molekuler. Masalah-masalah yang timbul dalam ekstraksi DNA merupakan hal yang penting
Lebih terperinciII. BAHAN DAN METODE
II. BAHAN DAN METODE 2.1. Waktu dan Lokasi Penelitian Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Agustus sampai September tahun 2011. Sampel ikan berasal dari 3 lokasi yaitu Jawa (Jawa Barat), Sumatera (Jambi),
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DAN IDENTIFIKASI DNA SEL MUKOSA
Lebih terperincimenggunakan program MEGA versi
DAFTAR ISI COVER... i HALAMAN PENGESAHAN... ii HALAMAN PERSEMBAHAN... iii PRAKATA... iv DAFTAR ISI... vi DAFTAR TABEL... viii DAFTAR GAMBAR... ix DAFTAR LAMPIRAN... x INTISARI... xi ABSTRACT... xii PENDAHULUAN...
Lebih terperinciBAB 4. METODE PENELITIAN
BAB 4. METODE PENELITIAN Penelitian penanda genetik spesifik dilakukan terhadap jenis-jenis ikan endemik sungai paparan banjir Riau yaitu dari Genus Kryptopterus dan Ompok. Penelitian ini bertujuan untuk
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur
20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension
Lebih terperinciMETODE. Materi. Tabel 1. Jumlah Sampel DNA yang Digunakan dan Asal Pengambilan Sampel Darah.
METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciPENDAHULUAN. Latar Belakang
PENDAHULUAN Latar Belakang Usaha peternakan di Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam secara umum telah dilakukan secara turun temurun meskipun dalam jumlah kecil skala rumah tangga, namun usaha tersebut telah
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
9 BAB III BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2011 sampai dengan Juli 2012. Kegiatan ekstraksi DNA sampai PCR-RFLP dilakukan di laboratorium Analisis
Lebih terperinciPEMBAHASAN Variasi Gen COI dan Gen COII S. incertulas di Jawa dan Bali
41 PEMBAHASAN Variasi Gen COI dan Gen COII S. incertulas di Jawa dan Bali Sekuen individu S. incertulas untuk masing-masing gen COI dan gen COII dapat dikelompokkan menjadi haplotipe umum dan haplotipe-haplotipe
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.
Lebih terperinciANALISIS KERAGAMAN GENETIK BEBERAPA POPULASI IKAN BATAK (Tor soro) DENGAN METODE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA (RAPD) 1
ANALISIS KERAGAMAN GENETIK BEBERAPA POPULASI IKAN BATAK (Tor soro) DENGAN METODE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA (RAPD) 1 (The Genetic Variation Analysis of Some Populations of Mahseer (Tor soro) Using
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah D-loop
Lebih terperinciMetodologi Penelitian. Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini.
Bab III Metodologi Penelitian Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini. III.1 Rancangan Penelitian Secara garis besar tahapan penelitian dijelaskan pada diagram
Lebih terperinciAMPLIFIKASI in vitro GEN PENGKODE PEMSILIN V ASILASE dari Bacillus sp. strain BACS
ABSTRAK' AMPLIFIKASI in vitro GEN PENGKODE PEMSILIN V ASILASE dari Bacillus sp. strain BACS Di dalam materi genetik Bacillus sp. strain diketahui - - ' terdapat gen Penisilin V Asilase. Hal ini terbukti
Lebih terperinciMETODOLOGI PENELITIAN
METODOLOGI PENELITIAN Waktu dan Tempat Penelitian Kegiatan penelitian ini meliputi kegiatan lapang dan kegiatan laboratorium. Kegiatan lapang dilakukan melalui pengamatan dan pengambilan data di Balai
Lebih terperinciMATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Materi Sampel Pengambilan Sampel Ekstraksi DNA Primer
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juni hingga Nopember 2010. Penelitian dilakukan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetik Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak,
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Alat dan Bahan Penelitian Metode Penelitian Koleksi Sampel
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Silvikultur, Departemen Silvikultur, Fakultas Kehutanan IPB dan Institut Genetika Hutan dan Pemuliaan Pohon Hutan
Lebih terperinciKeragaman Genetik Ayam Lombok Berdasarkan Sekuen D-LOOP DNA Mitokondria
Keragaman Genetik Ayam Lombok Berdasarkan Sekuen D-LOOP DNA Mitokondria M. SYAMSUL ARIFIN ZEIN dan SRI SULANDARI Bidang Zoologi, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Cibinong Science Center, Jalan Raya Jakarta
Lebih terperinciANALISIS JARAK GENETIK DAN FILOGENETIK KAMBING JAWA RANDU MELALUI SEKUEN DAERAH DISPLACEMENT LOOP (D-LOOP) DNA MITOKONDRIA.
ANALISIS JARAK GENETIK DAN FILOGENETIK KAMBING JAWA RANDU MELALUI SEKUEN DAERAH DISPLACEMENT LOOP (D-LOOP) DNA MITOKONDRIA Skripsi Untuk memenuhi sebagian persyaratan guna memperoleh derajat Sarjana Peternakan
Lebih terperinciISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU
ISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU Della Rinarta, Roza Elvyra, Dewi Indriyani Roslim Mahasiswa Program
Lebih terperinciRAGAM ALEL MIKROSATELIT BURUNG KAKATUA KECIL JAMBUL KUNING (Cacatua sulphurea)
RAGAM ALEL MIKROSATELIT BURUNG KAKATUA KECIL JAMBUL KUNING (Cacatua sulphurea) I Gede Widhiantara, A.A.A Putri Permatasari, I Wayan Rosiana Program Studi Biologi, Fakultas Ilmu Kesehatan, Sains, dan Teknologi,
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling
16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dipaparkan hasil dari tahap-tahap penelitian yang telah dilakukan. Melalui tahapan tersebut diperoleh urutan nukleotida sampel yang positif diabetes dan sampel
Lebih terperinciIII. MATERI DAN METODE. Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini akan dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau Pekanbaru
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. Jenis kelamin menjadi salah satu studi genetik yang menarik pada tanaman
I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Jenis kelamin menjadi salah satu studi genetik yang menarik pada tanaman dioecious. Jenis kelamin betina menjamin keberlangsungan hidup suatu individu, dan juga penting
Lebih terperinciPENGANTAR. Latar Belakang. Itik yang dikenal saat ini adalah hasil penjinakan itik liar (Anas Boscha atau
PENGANTAR Latar Belakang Itik yang dikenal saat ini adalah hasil penjinakan itik liar (Anas Boscha atau Wild Mallard). Proses penjinakan telah terjadi berabad-abad yang lalu dan di Asia Tenggara merupakan
Lebih terperinciSeminar Nasional Biologi 2010 SB/P/BF/08 GREEN FLUORESCENT PROTEIN PADA UBUR-UBUR LOKAL SEBAGAI ALTERNATIF MARKA DNA Cahya Kurnia Fusianto 1, Zulfikar Achmad Tanjung 1,Nugroho Aminjoyo 1, dan Endang Semiarti
Lebih terperinciPOLIMORFISME GEN GROWTH HORMONE SAPI BALI DI DATARAN TINGGI DAN DATARAN RENDAH NUSA PENIDA
TESIS POLIMORFISME GEN GROWTH HORMONE SAPI BALI DI DATARAN TINGGI DAN DATARAN RENDAH NUSA PENIDA NI LUH MADE IKA YULITA SARI HADIPRATA PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS UDAYANA DENPASAR 2016 TESIS POLIMORFISME
Lebih terperinci4. POLIMORFISME GEN Pituitary Positive Transcription Factor -1 (Pit-1) PADA AYAM LOKAL DI INDONESIA ABSTRAK
26 4. POLIMORFISME GEN Pituitary Positive Transcription Factor -1 (Pit-1) PADA AYAM LOKAL DI INDONESIA ABSTRAK Pituitary Positive Transcription Factor-1 (Pit-1) merupakan salah satu gen yang berkaitan
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
24 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Objek Penelitian Empat spesies burung anggota Famili
Lebih terperinciSTUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I
STUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I T 572 MUL ABSTRAK DNA polimerase merupakan enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA. Tiga aktivitas yang umumnya
Lebih terperinciUNIVERSITAS SEBELAS MARET FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM S I L A B U S
UNIVERSITAS SEBELAS MARET FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM S I L A B U S JURUSAN : Biologi MATA KULIAH : Biologi Molekuler 1.1. Nama Mata Kuliah : Biologi Molekuler 1.2. Kode Mata Kuliah :
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciGAMBARAN RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (RFLP) GEN SITOKROM b DNA MITOKONDRIA DARI SEMBILAN SPESIES IKAN AIR TAWAR KONSUMSI DENNY SAPUTRA
GAMBARAN RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (RFLP) GEN SITOKROM b DNA MITOKONDRIA DARI SEMBILAN SPESIES IKAN AIR TAWAR KONSUMSI DENNY SAPUTRA FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR
Lebih terperinciIdentifikasi Mutasi Gen rpob Pada Daerah Hulu RRDR Mycobacterium Tuberculosis Multidrug Resistent Isolat P10
Identifikasi Mutasi Gen rpob Pada Daerah Hulu RRDR Mycobacterium Tuberculosis Multidrug Resistent Isolat P10 Pratiwi, M. A. 1), Ratnayani, K. 2, 3), Yowani, S.C. 1) Jurusan Farmasi-Fakultas Matematika
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian. Penelitian ini dapat menerangkan
Lebih terperinci