HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi DNA Mikrosatelit

Transkripsi

1 HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi DNA Mikrosatelit Amplifikasi DNA mikrosatelit pada sapi Katingan dianalisis menggunakan tiga primer yaitu ILSTS073, ILSTS030 dan HEL013. Ketiga primer tersebut dapat mengamplifikasi dengan baik sampel DNA, namun dari total 70 sampel yang digunakan ditemukan beberapa sampel yang tidak dapat diamplifikasi oleh primer tersebut. Suhu annealing berhasil didapat setelah dilakukan optimasi, diperoleh suhu annealing untuk lokus ILSTS073 adalah 55 o C, lokus ILSTS o C dan lokus HEL o C. Suhu annealing pada lokus ILSTS030 berbeda dengan yang digunakan oleh Kathiravan et al. (2009). Perbedaan suhu ini mungkin disebabkan jenis ternak yang digunakan. Lokus ILSTS073, lokus ILSTS030 dan HEL013 masing-masing dapat mengamplifikasi 67, 68 dan 65 sampel sapi Katingan. Pita target dapat dilihat setelah dilakukan proses silver staining pada gel akrilamid. Perbedaan panjang dari pita target menunjukkan perbedaan alel. Selain pita target, muncul juga pita-pita tambahan seperti yang dapat dilihat pada gambar gel akrilamid. Menurut Poerwanto (1993), konsentrasi enzim yang terlalu tinggi dan jumlah siklus yang berlebih juga dapat menjadi penyebab munculnya pita-pita tambahan. Sampel yang tidak dapat diamplifikasi pada lokus ILSTS073, lokus ILSTS030 dan HEL013 masing-masing sejumlah 3, 2 dan 5 sampel. Hal ini mungkin dikarenakan primer tidak dapat menempel pada daerah komplemennya sehingga DNA mikrosatelit yang diapit tidak dapat diamplifikasi atau dikarenakan pencampuran bahan PCR tidak sempurna. Menurut Poerwanto (1993), faktor-faktor yang mempengaruhi hasil PCR adalah konsentrasi enzim (taq polimerase), dntp (deoxynucleotide triphosphate), konsentrasi magnesium (MgCl 2 ), suhu, jumlah siklus, konsentrasi primer dan DNA templet. Konsentrasi enzim yang terlalu tinggi dan jumlah siklus yang berlebihan akan menyebabkan latar yang tidak spesifik. Kondisi suhu penempelan primer (annealing) juga sangat menentukan baik tidaknya proses amplifikasi. 2

2 Keragaman DNA Mikrosatelit Keragaman genetik merupakan perbedaan antara individu dalam suatu populasi, antara individu dalam populasi yang berbeda dalam spesies yang sama atau dalam spesies yang berbeda (Hendrick, 2000). Hasil analisis DNA mikrosatelit lokus ILSTS073, lokus ILSTS030 dan HEL013 masing-masing menghasilkan 13 alel, 10 alel dan 12 alel. Berikut ini disajikan keragaman DNA mikrosatelit setiap lokus pada sapi Katingan. Lokus ILSTS073 Lokus ILSTS073 menghasilkan 13 alel dengan macam alel yaitu alel A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, M dan N. Ukuran alel terendah sebesar 148 pb dan ukuran alel tertinggi yaitu 184 pb. Kesemua alel tersebut diberi tanda abjad sesuai dengan ukuran alelnya. Contoh penentuan genotipe dari pewarnaan perak sampel pada lokus ILSTS073 dapat dilihat pada Gambar pb Keterangan : M = marker (*) = tidak dilakukan genotyping (bukan sapi Katingan) (1a-8)= nomor sampel Gambar 4. Contoh Penentuan Genotipe Lokus ILSTS073 Macam alel yang dihasilkan berbeda antara populasi Buntut Bali, populasi Pendahara, dan populasi Tumbang Lahang. Informasi mengenai macam alel, frekuensi alel, genotipe, dan frekuensi genotipe untuk masing-masing populasi pada lokus ILSTS073 dapat dilihat pada Tabel 3. 16

3 Tabel 3. Macam Alel dan Genotipe serta Frekuensi Alel dan Genotipe Lokus ILSTS073 pada Populasi Sapi Katingan di Kalimantan Tengah Populasi Jumlah Alel Alel dan Ukuran (pb) Frekuensi Alel Genotipe Frekuensi Genotipe Buntut Bali 7 C (156) 0,1154 DD 0,0769 (n=13) D (158) 0,1154 EE 0,3076 E (160) 0,4231 CG 0,2308 G (162) 0,1154 EH 0,0769 H (166) 0,0385 EI 0,1538 I (168) 0,1538 II 0,0769 M (178) 0,0385 DM 0,0769 Pendahara 10 A (148) 0,0208 AB 0,0417 (n=24) B (152) 0,0208 DD 0,0417 D (158) 0,0833 DE 0,0417 E (160) 0,5208 EE 0,3333 G (162) 0,1667 DG 0,0417 H (166) 0,0208 EG 0,0417 I (168) 0,0833 GG 0,0833 J (170) 0,0417 EH 0,0417 K (174) 0,0208 EI 0,1667 N (180) 0,0208 EJ 0,0833 GK 0,0417 GN 0,0417 Tumbang 8 C (156) 0,0167 CD 0,0333 Lahang (n=30) D (158) 0,1167 DD 0,0333 E (160) 0,5167 DE 0,0333 F (162) 0,0833 EE 0,3333 H (166) 0,1333 DF 0,1000 I (168) 0,0833 EH 0,1333 K (174) 0,0333 FH 0,0333 N (180) 0,0167 HH 0,0333 EI 0,1667 EK 0,0333 FK 0,0333 HN 0,0333 Hasil tersebut menunjukkan bahwa pada lokus ILSTS073, populasi Buntut Bali, Pendahara dan Tumbang Lahang masing-masing menghasilkan 7, 10 dan 8 alel. Frekuensi alel tertinggi pada lokus ILSTS073 adalah alel E pada populasi Pendahara sebesar 0,5208 dan alel yang rendah adalah alel C dan N pada populasi Tumbang Lahang yaitu masing-masingsebesar 0,0167. Frekuensi genotipe tertinggi pada ketiga populasi yaitu genotipe EE dengan nilai frekuensi genotipe untuk populasi Buntut Bali, Pendahara, dan Tumbang Lahang berturut-turut 0,3076, 0,3333 dan 0,

4 Frekuensi genotipe yang rendah untuk populasi Buntut Bali yaitu genotipe DD, EH, II, dan DM dengan nilai frekuensi genotipe 0,0769, frekuensi genotipe yang rendah pada populasi Pendahara yaitu genotipe AB, DD, DE, DG, EG, EH, GK, dan GN dengan nilai frekuensi genotipe 0,0417, sedangkan untuk frekuensi genotipe yang rendah pada populasi Tumbang Lahang yaitu genotipe CD, DD, DE, EE, FH, HH, EK, FK, HN dengan nilai frekuensi genotipe 0,0333. Distribusi frekuensi alel pada lokus ILSTS073 dari masing-masing populasi disajikan pada Gambar (%) Buntut Bali Pendahara Tumbang Lahang 10 0 Macam Alel Gambar 5. Distribusi Frekuensi Alel Lokus ILSTS073 Hasil distribusi alel pada Gambar 5 menunjukkan bahwa beberapa alel yang hanya muncul pada populasi tertentu. Beberapa alel yang ditemukan pada populasi Pendahara dan Tumbang Lahang tidak ditemukan pada populasi Buntut Bali pada Lokus ILSTS073, seperti alel M yang hanya ditemukan pada populasi Buntut Bali serta alel C yang hanya terdapat pada populasi Buntut Bali dan Tumbang Lahang. Informasi mengenai frekuensi masing-masing alel dan genotipe untuk lokus ILSTS073 disajikan pada Tabel 4. 18

5 Tabel 4. Macam Alel dan Genotipe serta Frekuensi Alel dan Genotipe pada Lokus ILSTS073 pada Sapi Katingan di Kalimantan Tengah Macam Alel Frekuensi Alel Macam Genotipe Frekuensi Genotipe A 0,0075 DD 0,0448 B 0,0075 EE 0,3284 C 0,0296 CG 0,0448 D 0,1045 EH 0,0896 E 0,5000 DM 0,0149 F 0,0373 AB 0,0149 G 0,0821 DE 0,0299 H 0,0746 DG 0,0149 I 0,0970 EG 0,0149 J 0,0149 GG 0,0299 K 0,0224 EJ 0,0149 M 0,0075 GK 0,0149 N 0,0149 GN 0,0149 EI 0,1642 II 0,0149 CD 0,0149 DF 0,0149 FH 0,0149 HH 0,0149 EK 0,0149 FK 0,0149 HN 0,0149 Berdasarkan Tabel 4 di atas, hasil tersebut menunjukkan bahwa alel E merupakan alel tertinggi, alel E ini mendominasi alel lain yang berarti bahwa kemungkinan tetua dari sapi Katingan memiliki alel dominan E, seperti yang dinyatakan oleh Ciampolini et al. (1995) bahwa DNA Mikrosatelit banyak digunakan sebagai penanda molekuler untuk mendukung pemuliaan ternak meliputi kegiatan dalam identifikasi ternak, penetapan asal-usul keturunan, penggalian sumber-sumber genetik, dan menjadi penanda molekuler penting dalam analisis genetik pada beberapa sapi. Nei dan Kumar (2000) menyatakan bahwa variasi genetik terjadi jika terdapat dua alel atau lebih dalam satu populasi (frekuensi alel lebih dari 1%). Perbedaan jumlah alel yang diperoleh disebabkan bangsa sapi yang digunakan (Bishop et al., 1994) dan perbedaan jumlah sampel yang digunakan (Winaya, 2000). Prahasta (2001) menyatakan bahwa semakin banyak jumlah sampel yang digunakan maka akan semakin banyak kemungkinan alel yang muncul. Moxon dan Will (1999) 19

6 menyatakan bahwa keragaman mikrosatelit tersebut disebutkan perbedaan ukuran DNA mikrosatelit pada masing-masing lokus, sebagai hasil rekombinasi tidak seimbang saat replikasi DNA yang berakibat pada penarikan dan pengurangan jumlah nukleotida. Jumlah alel yang muncul tidak hanya dipengaruhi jumlah sampel yang digunakan, tetapi juga dipengaruhi oleh bangsa sapi dan sistem perkawinan yang dilakukan (Fikri, 2002). Menurut Utomo et. al. (2011), perkawinan pada sapi Katingan terjadi secara alam karena pejantan kebanyakan tersedia dalam kelompok sapi-sapi tersebut. Lokus ILSTS030 Lokus ILSTS030 menghasilkan sebanyak 10 alel dengan macam alel yaitu alel A, B, C, D, E, F, G, H, I dan J. Ukuran alel terendah sebesar 140 pb dan ukuran alel tertinggi yaitu 178 pb. Kesemua alel tersebut diberi tanda abjad A hingga J sesuai dengan ukuran alelnya. Hasil sebagian genotipe dari pewarnaan perak sampel pada lokus ILSTS030 dapat dilihat pada Gambar pb Keterangan : M = marker (*) = tidak dilakukan genotyping (bukan sapi Katingan) (21, 46-55)= nomor sampel Gambar 6. Contoh Penentuan Genotipe Lokus ILSTS030 Informasi mengenai macam alel, frekuensi alel, genotipe, dan frekuensi genotipe pada masing-masing populasi pada lokus ILSTS030 dapat dilihat pada Tabel 5. Jumlah alel yang dihasilkan pada lokus ILSTS030 pada populasi Buntut Bali, Pendahara, dan Tumbang Lahang masing-masing sebanyak 6, 8 dan 8 alel. Frekuensi alel tertinggi pada lokus ILSTS030 adalah alel G pada populasi Tumbang 20

7 Lahang sebesar 0,4000 dan alel terendah adalah alel J pada populasi Tumbang Lahang yaitu sebesar 0,0167. Tabel 5. Macam Alel dan Genotipe serta Frekuensi Alel dan Genotipe Lokus ILSTS030 pada Populasi Sapi Katingan di Kalimantan Tengah Populasi Jumlah Alel Alel dan Ukuran (pb) Frekuensi Alel Genotipe Frekuensi Genotipe Buntut Bali 6 B (146) 0,1154 BB 0,0769 (n=13) D (150) 0,1538 DD 0,1538 E (152) 0,1538 EE 0,1538 F (154) 0,0769 FF 0,0769 G (156) 0,3077 BG 0,0769 I (160) 0,1923 GG 0,2308 GI 0,0769 II 0,1538 Pendahara 8 B (146) 0,1000 BD 0,0400 (n=25) C (148) 0,0200 DD 0,1200 D (150) 0,1400 BE 0,0400 E (152) 0,2600 CE 0,0400 F (154) 0,0800 EE 0,2000 G (156) 0,2400 FF 0,0800 H (158) 0,0600 BG 0,0800 I (160) 0,1000 GG 0,1600 EH 0,0400 HH 0,0400 BI 0,0400 GI 0,0800 II 0,0400 Tumbang 8 A (140) 0,0333 AB 0,0333 Lahang (n=30) B (146) 0,0833 CC 0,0333 C (148) 0,0333 BD 0,0333 D (150) 0,1333 DD 0,1000 E (152) 0,1000 EE 0,1000 F (154) 0,0833 BF 0,0333 G (156) 0,4000 FF 0,0667 H (158) 0,0667 AG 0,0333 I (160) 0,0500 BG 0,0667 J (178) 0,0167 DG 0,0333 GG 0,3000 HH GI IJ

8 Frekuensi genotipe yang tinggi dari populasi Buntut Bali, Pendahara, dan Tumbang Lahang berturut-turut yaitu GG, EE dan GG dengan nilai frekuensi genotipe 0,2308, 0,2000, dan 0,3000. Frekuensi genotipe yang rendah untuk populasi Buntut Bali yaitu genotipe BB, FF, BG dan GI dengan nilai frekuensi genotipe 0,0769, frekuensi genotipe yang rendah pada populasi Pendahara yaitu genotipe BD, BE, CE, EH, HH, BI dan II dengan nilai frekuensi genotipe 0,0400, sedangkan untuk frekuensi genotipe yang rendah pada populasi Tumbang Lahang yaitu genotipe AB, CC, BD, BF, AG, DG dan IJ dengan nilai frekuensi genotipe 0,0333. Distribusi frekuensi alel pada lokus ILSTS030, disajikan pada Gambar (%) Macam Alel Gambar 7. Distribusi Frekuensi Alel Lokus ILSTS030 Hasil distribusi alel pada Gambar menunjukkan bahwa beberapa alel yang hanya muncul pada populasi tertentu. Beberapa alel yang ditemukan pada populasi Tumbang Lahang tidak ditemukan pada populasi Buntut Bali dan Pendahara pada Lokus ILSTS030, seperti alel A dan J yang hanya ditemukan pada populasi Tumbang Lahang. Informasi mengenai frekuensi masing-masing alel dan genotipe untuk lokus ILSTS030 disajikan pada Tabel 6. 22

9 Tabel 6. Macam Alel dan Genotipe serta Frekuensi Alel dan Genotipe pada Lokus ILSTS030 pada Sapi Katingan di Kalimantan Tengah Macam Alel Frekuensi Alel Macam Genotipe Frekuensi Genotipe A 0,0147 DD 0,1176 B 0,0956 EE 0,1470 C 0,0221 AG 0,0147 D 0,0140 BI 0,0147 E 0,1691 AB 0,0147 F 0,0809 CC 0,0147 G 0,3162 DG 0,0147 H 0,0518 BG 0,0735 I 0,0809 GG 0,2352 J 0,0007 IJ 0,0147 BD 0,0294 EH 0,0147 II 0,0441 BE 0,0147 BF 0,0147 HH 0,0441 BB 0,0147 FF 0,0735 GI 0,0735 CE 0,0147 Hasil tersebut menunjukkan bahwa alel G merupakan alel tertinggi. Alel G ini mendominasi alel lainnya yang berarti bahwa kemungkinan salah satu tetua dari sapi Katingan yang beralel G ditemukan banyak pada sapi Katingan. Lokus HEL013 Lokus HEL013 menghasilkan sebanyak 12 alel dengan macam alel yaitu alel B, C, D, E, F, G, H, I, M, N, O dan P. Ukuran alel terendah sebesar 174 pb dan ukuran alel tertinggi yaitu 204 pb. Kesemua alel tersebut diberi tanda abjad sesuai dengan ukuran alelnya berturut-turut (174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 196, 200, 202, dan 204 pb). Contoh penentuan genotipe dari pewarnaan perak sampel pada lokus HEL013 dapat dilihat pada Gambar 8. 23

10 140 pb Keterangan : M = marker (*) = tidak dilakukan genotyping (bukan sapi Katingan), (45-56)= nomor sampel Gambar 8. Contoh Penentuan Genotipe Lokus HEL013 Informasi mengenai macam alel, frekuensi alel, genotipe, dan frekuensi genotipe untuk masing-masing populasi pada lokus HEL013 dapat dilihat pada Tabel 7. Jumlah alel yang dihasilkan pada lokus HEL013 pada populasi Buntut Bali, Pendahara, dan Tumbang Lahang masing-masing sebanyak 5, 10 dan 8 alel. Frekuensi alel tertinggi pada lokus HEL013 adalah alel F pada populasi Buntut Bali sebesar 0,4615 dan alel yang rendah adalah alel I dan L pada populasi Tumbang Lahang yaitu sebesar 0,0167. Frekuensi genotipe tertinggi dari populasi Buntut Bali, Pendahara, dan Tumbang Lahang yaitu genotipe FN dengan nilai frekuensi genotipe 0,6923, 0,5909, dan 0,7000. Frekuensi genotipe yang rendah untuk populasi Buntut Bali yaitu genotipe DF, FF, GG dan GO dengan nilai frekuensi genotipe 0,0769, frekuensi genotipe yang rendah pada populasi Pendahara yaitu genotipe BB, CF, FF, EG, FH, GI dan EL dengan nilai frekuensi genotipe 0,0455, sedangkan untuk frekuensi genotipe yang rendah pada populasi Tumbang Lahang yaitu genotipe EE, GI, EL dan GN dengan nilai frekuensi genotipe 0,

11 Tabel 7. Macam Alel dan Genotipe serta Frekuensi Alel dan Genotipe Lokus HEL013 pada Populasi Sapi Katingan di Kalimantan Tengah Populasi Jumlah Alel Alel dan Ukuran (pb) Frekuensi Alel Genotipe Frekuensi Genotipe Buntut Bali 5 D (178) 0,0385 DF 0,0769 (n=13) F (182) 0,4615 FF 0,0769 G (184) 0,1154 GG 0,0769 N (200) 0,3462 FN 0,6923 O (202) 0,0385 GO 0,0769 Pendahara 10 B (174) 0,0455 BB 0,0455 (n=22) C (176) 0,0227 CF 0,0455 E (180) 0,0455 FF 0,0455 F (182) 0,3864 EG 0,0455 G (184) 0,0909 FH 0,0455 H (186) 0,0227 GI 0,0455 I (188) 0,0227 EL 0,0455 L (196) 0,0227 FN 0,5909 N (200) 0,2955 GO 0,0909 O (202) 0,0455 Tumbang 8 E (180) 0,0500 EE 0,0333 Lahang (n=30) F (182) 0,3500 GI 0,0333 G (184) 0,0833 EL 0,0333 H (186) 0,0333 FN 0,7000 I (188) 0,0167 GN 0,0333 L (196) 0,0167 GO 0,1000 N (200) 0,0500 HP 0,6667 P (204) 0,0333 Distribusi frekuensi alel lokus HEL013, disajikan pada Gambar (%) Macam Alel Gambar 9. Distribusi Frekuensi Alel Lokus HEL013 25

12 Hasil distribusi alel pada Gambar 8 menunjukkan bahwa beberapa alel hanya muncul pada populasi tertentu. Beberapa alel yang ditemukan pada populasi Tumbang Lahang ada yang tidak ditemukan pada populasi Buntut Bali dan Pendahara pada lokus HEL013, seperti alel P yang hanya ditemukan pada populasi Tumbang Lahang serta alel D yang hanya ditemukan pada populasi Buntut Bali. Informasi mengenai frekuensi masing-masing alel dan genotipe untuk lokus ILSTS030 disajikan pada Tabel 8. Tabel 8. Macam Alel dan Genotipe serta Frekuensi Alel dan Genotipe pada Lokus HEL013 pada Sapi Katingan di Kalimantan Tengah Macam Alel Frekuensi Alel Macam Genotipe Frekuensi Genotipe B 0,0154 FN 0,6769 C 0,0077 EG 0,0154 D 0,0077 CF 0,0154 E 0,0385 HP 0,0154 F 0,3846 GG 0,0154 G 0,0923 FF 0,0376 H 0,0231 GI 0,0154 I 0,0154 FH 0,0154 L 0,0154 EE 0,0154 N 0,3385 DF 0,0154 O 0,0462 GO 0,0923 P 0,0154 EL 0,0376 BB 0,0154 GN 0,0154 Berdasarkan Tabel 8 di atas, hasil tersebut menunjukkan bahwa alel F dan alel N merupakan alel tertinggi, kedua alel ini mendominasi alel lainnya yang berarti bahwa kemungkinan salah satu tetua dari sapi Katingan yang beralel F atau beralel N ditemukan banyak pada sapi Katingan. Nilai Heterozigositas Nilai heterozigositas (ĥ) tertinggi ditemukan pada populasi Tumbang Lahang yaitu pada lokus HEL013 (0,9667) dan terendah (0,1538) ditemukan pada populasi Buntut Bali yaitu pada lokus ILSTS030. Rataan Heterozigositas (Ĥ) dari ketiga lokus menunjukkan bahwa sapi Katingan yang berasal dari populasi Tumbang Lahang mempunyai keragaman genetik yang sedikit lebih tinggi (0,6333) dibandingkan sapi Katingan yang berasal dari populasi Buntut Bali (0,5128) dan Pendahara (0,6063). 26

13 Prahasta (2001) menyatakan bahwa semakin banyak sampel yang digunakan pada suatu lokus maka semakin besar nilai heterozigositas yang diperoleh, Nilai heterozigositas dari ketiga primer yang digunakan dalam penelitian ini disajikan pada Tabel 9. Tabel 9. Nilai Heterozigositas sapi Katingan pada Ketiga Populasi Lokus (ĥ) pada Populasi Buntut Bali Pendahara Tumbang Lahang ILSTS073 0,5385 0,5417 0,6000 ILSTS030 0,1538 0,3600 0,3333 HEL013 0,8462 0,9091 0,9667 Rataan Heterozigositas (Ĥ) 0,5128 0,6036 0,6333 Nei (1987) menyatakan bahwa nilai heterozigositas (ĥ) merupakan cara paling akurat untuk mengukur variasi genetik. Menurut Takezaki dan Nei (1996), untuk mengukur keragaman genetik, rataan heterozigositas dari lokus-lokus mikrosatelit antara 0,3 dan 0,8 dalam populasi, dengan demikian sudah sesuai dengan kategori tersebut. Tingkat heterozigositas dapat dipengaruhi oleh ukuran atau jumlah populasi (Nei, 1987). Derajat heterozigositas dapat diperoleh dari rataan persentase lokus heterozigot tiap individu atau rataan persentase individu heterozigot di dalam populasi (Nei dan Kumar, 2000). Keragaman genetik pada tingkat DNA dapat diketahui dengan melihat nilai heterozigositas dan frekuensi alel. Rataan Heterozigositas (Ĥ) dari masing-masing lokus dapat dilihat pada Tabel 10. Tabel 10. Rataan Heterozigositas (Ĥ) dari Masing-masing Lokus No. Lokus Rataan Heterozigositas (Ĥ) 1 ILSTS073 0, ILSTS030 0, HEL013 0,9231 Berdasarkan Tabel di atas dapat dilihat bahwa raatan heterozigositas (Ĥ) tertinggi terdapat pada lokus HEL013 dan terendah terdapat pada lokus ILSTS

14 Rataan heterozigositas (Ĥ) dari heterozigositas yang tinggi pada subpopulasi/populasi menurut Abdullah (2008) menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut mengandung alel-alel sapi lain. Hal ini dimungkinkan karena di lokasi Tumbang Lahang telah dikembangkan sapi jenis Zebu, PO, Bali bahkan juga FH melalui berbagai program, baik dari Pemerintah maupun dari misionaris. Menurut Utomo et. al. (2011), misionaris bekerja di Tumbang Lahang diantaranya pada saat itu untuk membina masyarakat lokal guna melakukan kegiatan pertanian menetap. Dalam rangka mendukung kegiatan pertanian tersebut dikembangkan pula sapi-sapi (sapi Zebu) yang dapat membantu untuk mengolah lahan. Sapi-sapi introduksi tersebut ada yang dikawinsilangkan dengan sapi lokal setempat. Adanya kawin silang menimbulkan segregasi gen-gen sapi-sapi tersebut yang beragam dan meluas pada populasi sapi Katingan yang ada di Tumbang Lahang, dan membentuk performan sapi Katingan populasi Tumbang Lahang seperti sekarang ini. Menurut Karthickeyan et al. (2009), tidak adanya kegiatan seleksi seperti yang ada di lapangan,memunculkan alel observasi yang tinggi dimana keragaman genetiknya juga akan tinggi. Keragaman genetik ternak di Indonesia khususnya bangsa sapi telah banyak diteliti pada beberapa bangsa sapi, dan hasilnya menyatakan bahwa bangsa sapi tersebut bersifat polimorfik seperti yang disajikan pada Tabel 11. Tabel 11. Rataan Heterozigositas (Ĥ) pada Beberapa Bangsa Sapi di Indonesia Bangsa Ternak Lokus (Ĥ) Referensi Sapi Pesisir ILSTS006 0,71 Harmayanti (2004) Sapi Katingan ILSTS029 0,66 Purwanti (2011) Sapi Bali 16 lokus* 0,33 Winaya et al. (2007) Sapi Madura 16 lokus* 0,31 Winaya et al. (2007) Sapi Katingan HEL013 0,92 Hasil Penelitian Keterangan : (*) Terdiri dari BM2113, CSSM66, ETH3, ETH10, ETH152, ETH185, ETH225, HEL1, HEL9, ILSTS005, INRA023, INRA032, INRA035, INRA037, HAUT24 Crow (1986) menyatakan bahwa sebagian besar alel resesif yang bersifat lethal memiliki peluang yang semakin besar untuk terekspresi ketika derajat heterozigositas semakin menurun yang diakibatkan derajat inbreeding yang tinggi dan fragmentasi populasi. Tingginya keragaman genetik juga menandakan bahwa 28

15 sifat-sifat yang dimiliki masih sangat beragam, baik sifat yang unggul maupun yang jelek (Harmayanti, 2004). Jarak Genetik Berdasarkan hasil penelitian sapi Katingan pada populasi Buntut Bali, Pendahara, dan Tumbang Lahang diperoleh hasil bahwa populasi Pendahara memiliki jarak genetik yang lebih dekat dengan populasi Buntut Bali, sedangkan populasi Tumbang Lahang memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dengan populasi Buntut Bali dan Pendahara. Jarak genetik dari ketiga populasi sapi Katingan dapat dilihat secara lengkap pada Tabel 12. Tabel 12. Jarak Genetik Sapi Katingan Populasi Tumbang Lahang, Buntut Bali, dan Pendahara Berdasarkan Metode UPGMA Populasi Tumbang Lahang 0,0000 Jarak Genetik antar Populasi Tumbang Lahang Pendahara Buntut Bali Pendahara 0,0506 0,0000 Buntut Bali 0,0363 0,0099 0,0000 Berdasarkan pohon genetik sapi Katingan (Gambar 10), sapi Katingan pada populasi Buntut Bali dan Pendahara memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat, sedangkan sapi Katingan pada populasi Tumbang Lahang memiliki hubungan kekerabatan yang lebih jauh dengan populasi Buntut Bali dan Pendahara. Hasil pada penelitian ini sama dengan kondisi di lapang yang sebenarnya. 2,1712 1,6772 0,4940 0,4940 Gambar 10. Pohon Genetik Sapi Katingan Sub Populasi Tumbang Lahang, Buntut Bali, dan Pendahara Berdasarkan Metode UPGMA 29

16 Jika dilihat pada peta lokasi pengambilan sampel sapi Katingan, jarak lokasi pengambilan sampel sapi Katingan populasi Buntut Bali berdekatan dengan populasi Pendahara. Hal ini dapat menyebabkan jarak genetik sapi Katingan pada populasi Buntut Bali berdekatan dengan populasi Pendahara karena sistem pemeliharaan ekstensif pada sapi Katingan dapat menyebabkan perkawinan sapi Katingan antara kedua populasi. Begitu juga dengan sapi Katingan pada populasi Tumbang Lahang, kemungkinan sapi Katingan pada populasi Tumbang Lahang belum terjadi perkawinan dengan sapi Katingan yang ada di populasi Buntut Bali dan populasi Pendahara, sehingga jarak genetiknya berjauhan. 30