OPTIMASI POLYMERASE CHAIN REACTION GEN TUBULIN ISOTIPE-1 CACING Haemonchus contortus ISOLAT LOKAL INDONESIA
|
|
- Yohanes Budiaman
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 OPTIMASI POLYMERASE CHAIN REACTION GEN TUBULIN ISOTIPE-1 CACING Haemonchus contortus ISOLAT LOKAL INDONESIA (Polymerase Chain Reaction Optmatization on Tubulin β Isotipe-1 Gene Haemonchus contortus Worm Indonesian Isolate) DYAH HARYUNINGTYAS S. 1, WAYAN T. ARTAMA 2 dan WIDYA ASMARA 2 1 Balai Penelitian Veteriner, PO Box 151, Bogor PAU Bioteknologi Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta ABSTRACT Resistance to antelminthic especially benzimidazoles groups on Haemonchus contortus is a serious problem need to handle immediately. Studi on H. contortus showed that genetics mechanism to benzimidazoles resistance related to changed on tubulin isotipe-1 gene. The aim of this research is to get optimatization tubulin isotipe-1 gene fagment. Seven H. contortus worms were isolated from four sheep from two government farms that resistance to benzimidazole have been occurred (SPTD Trijaya, Kuningan, West Java and UPTD Pelayanan Kesehatan Hewan, Bantul, Yogyakarta) and one sheep that susceptible from Cicurug, Sukabumi, West Java. DNA was extracted from each worm and a fragment of central part isotype1 - tubulin gene was amplified using 2 pairs of primer Pn1, Pn2 and Phc1,Phc2, forward and reverse respectively. The results showed that the Pn1,Pn2 primer cannot amplified tubulin isotipe-1 gene. PCR using Phc1 and Phc2 amplified 520 bp fragment from that gene. PCR was performed for 36 cycles and the program are same to all isolate. The first denaturation step at 95 o C for 5 minutes (1 cycle) follow with 95 o C denaturation for 2 minutes, hibridisation at 58 o C for 40 second and extension 72 o C for 1 minutes (36 cycle). The final extension for 7 minutes at 72 o C. Key Words: Haemonchus Contortus, Polymerase Chain Reaction, Β Tubulin Isotipe-1 Gene ABSTRAK Kasus resistensi terhadap antelmentika golongan benzimidazole pada H. contortus merupakan problem serius yang perlu segera ditanggulangi. Studi pada nematoda gastrointestinal ini menunjukkan bahwa mekanisme genetik terjadinya resistensi terhadap benzimidazole berhubungan dengan perubahan pada gen tubulin β isotipe-1. Penelitian ini bertujuan mencari optimasi untuk mengamplifikasi fragmen gen tubulin β isotipe-1.tujuh sampel cacing H. contortus berasal dari 4 ekor domba dari peternakan milik pemerintah yang telah diketahui terjadi resistensi terhadap benzimidazole yaitu SPTD Trijaya, Kuningan, Jawa Barat dan UPTD Pelayanan Kesehatan Hewan, Bantul, Yogyakarta serta 1 ekor domba dari peternak di Cicurug, Bogor, Jawa Barat sebagai kontrol. Masing-masing sampel cacing tersebut selanjutnya diisolasi DNAnya dan diamplifikasi menggunakan dua pasang primer (forward dan reverse) yaitu Pn1, Pn2 dan Phc1, Phc2.Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer Pn1 dan Pn2 tidak dapat mengamplifikasi fragmen gen tubulin β isotipe-1. Polymerase Chain Reaction dengan primer Phc1-Phc2 diperoleh hasil amplifikasi fragmen gen tersebut sebesar 520 bp dengan optimasi yang sama untuk semua isolat yaitu terdiri dari denaturasi 95 o C selama 5 menit sebanyak 1 siklus, diikuti denaturasi 95 o C selama 2 menit, hibridisasi pada 58 o C selama 40 detik dan annealing pada 72 o C selama 1 menit sebanyak 36 siklus. Annealing terakhir pada 72 o C selama 7 menit. Kata Kunci: Haemonchus Contortus, Polymerase Chain Reaction, Tubulin Β Isotipe-1 Gen PENDAHULUAN Cacing Haemonchus contortus merupakan salah satu dari nematoda saluran pencernaan yang paling sering ditemukan pada domba dan kambing di daerah tropis dan subtropis. Kerugian ekonomi yang disebabkan oleh infestasi parasit ini diatasi dengan pemberian 963
2 antelmentika secara intensif. Derivat benzimidazole merupakan antelmentika yang paling banyak digunakan tetapi resistensi terhadap antelmentika golongan tersebut saat ini merupakan masalah serius hampir di seluruh dunia (CONDOR dan CAMPBELL, 1995). Mekanisme genetik terjadinya resistensi terhadap benzimidazole berhubungan dengan perubahan pada gen tubulin β isotipe-1 yang merupakan target dari benzimidazole. Penggantian asam amino fenilalanin menjadi tirosin pada posisi 200 diduga sebagai penyebab utama terjadinya resistensi (KWA et al., 1994; KWA et al., 1995; ELARD et al., 1996). Studi mengindikasikan bahwa genom H. contortus berisi single lokus untuk gen tubulin β isotipe-1 dengan beberapa varian alel pada populasi yang peka terhadap benzimidazole. Peningkatan alel yang resisten terhadap benzimidazole selalu berhubungan dengan peningkatan frekuensi satu dari beberapa alel yang sudah ada pada populsi peka. Gen tubulin β isotipe-2, yang mewakili kelas ke-2 dari gen tubulin β pada H. contortus tidak menunjukkan adanya perubahan frekuensi alel selama seleksi tahap pertama pada kasus resistensi yang sering terjadi di lapangan (KWA et al., 1993). Teknologi DNA memberikan pengaruh besar pada beberapa bidang parasitologi termasuk identifikasi dan sistematika parasit, diagnosis infeksi, studi epidemiologi, dan studi resistensi terhadap antelmintik (GASSER dan ZHU, 1999). Polymerase Chain Reaction pada khususnya, menyebabkan terjadinya revolusi penelitian bidang parasitologi dan diketahui mempunyai kegunaan yang luas karena sensitifitasnya dalam mengamplifikasi gen atau fragmen gen dari sejumlah kecil material parasit (MULLIS et al.,1986). Penemuan ini memberikan implikasi yang penting karena sering tidak mungkin untuk memperoleh material dalam jumlah cukup dari beberapa isolat parasit untuk analisis molekuler secara konvensional (GASSER dan ZHU, 1999). Metode deteksi antelmentika berbasis PCR ini diketahui mempunyai keuntungan dibandingkan metode klasik antara lain sangat sensitif untuk mendeteksi resistensi terhadap BZ sebelum resistensi terjadi secara mantap (<1% populasi) (SILVISTRE dan HUMBERT, 2000). Prinsip dasar PCR terdiri dari 4 komponen utama (ERLICH, 1989) yaitu: (1) DNA templat yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan, (2) primer yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek (15-25 basa nukleotida) yang digunakan sebagai pemula sintesis rantai DNA, (3) deoksiribonukleotida Trifosfat (dntp) terdiri atas datp, dctp, dgtp, dtpp dan (4) enzim DNA polimerase yaitu enzim yang melakukan katalis reaksi sintesis rantai DNA. Secara garis besar PCR terdiri dari tiga langkah yang dilakukan secara bersamaan (BOEHRINGER MANHEIM, 1995) yaitu: (1) denaturasi awal, yaitu pemanasan awal pada suhu 95 o C untuk mendenaturasi kompleks DNA secara komplit.(2) Penempelan primer (primer annealing) pada temperatur o C, (3) Polimerisasi untai baru DNA oleh DNA polimerase, yaitu secara normal dilakukan pada temperatur 72 o C (merupakan temperatur optimal Taq DNA polimerase). Jumlah siklus yang diperlukan oleh sebagian besar PCR adalah siklus. Tujuan penelitian ini adalah optimasi PCR untuk mengamplifikasi bagian sentral gen tubulin β isotipe-1 cacing H. contortus isolat lokal Indonesia. MATERI DAN METODE Koleksi cacing Haemonchus contortus Tujuh ekor cacing H. contortus dikoleksi dari abomasum 4 ekor domba yaitu 3 ekor cacing dari 2 ekor domba berasal dari SPTD Trijaya, Kuningan, Jawa Barat masing-masing diberi kode K1, dan Kn1, Kn2 serta 4 ekor cacing dari 2 ekor domba berasal dari UPTD Pelayanan Kesehatan Hewan, Bantul, Yogyakarta masing-masing diberi kode H1,H2 dan C2. Satu ekor cacing H. contortus peka sebagai kontrol diberi kode Ccr-1, berasal domba milik peternak di Cicurug, Bogor, Jawa Barat. Domba-domba dari lokasi tersebut sebelumnya telah diuji dengan Larval Develoment Assay (LDA) dan Fecal Egg Count Reduction Test (FECRT) dan diketahui efikasi terhadap antelmentika adalah kurang dari 50%. 964
3 Isolasi DNA genom Tujuh ekor cacing H. contortus betina yaitu K1, Kn1, Kn2 dan H1, H2 dan C2 serta CCr-1 diisolasi DNA-nya sesuai metode yang digunakan oleh ROOS et al.,(1990) serta SILVESTRE dan HUMBERT (2000) yang dimodifikasi. Masing-masing cacing betina telurnya dikeluarkan terlebih dahulu dari ovariumnya kemudian diletakkan pada tabung dan ditambah larutan ekstraksi sebanyak 50 µl yang terdiri 1 mm Tris-HCl; 0,1 mm EDTA; 10% SDA; 5 mg/ml Proteinase K, kemudian diinkubasi pada 41 o C selama semalam. Jaringan cacing yang telah larut selanjutnya ditambahkan 200 µl larutan TE yang terdiri dari 10mM Tris HCl, ph8 dan 1mM EDTA. Phenol dengan volume yang sama (200 µl) ditambahkan dan diinkubasi pada shaker pada temperatur kamar selama 2 jam. Tabung disentrifugasi rpm selama 10 menit. Supernatan dikoleksi dan segera diekstraksi dengan chloroform/isoamylalkohol (CIAA, 24 : 1). Presipitasi DNA dilakukan dengan penambahan 2,5 volume etanol absolut dan natrium asetat 3M sebanyak 10% volume kemudian diletakkan pada suhu -80 o C selama 1 jam. Tabung kemudian disentrifugasi rpm selama 10 menit, etanol abolut pada supernatan dibuang. Pelet DNA kemudian dilarutkan kembali pada 10µ larutan TE dan disimpan pada -20 o C (ROOS et al., 1990, SILVESTRE dan HUMBERT, 2000). Hasil isolasi kemudian dicek dengan spektrofotometer dan dielektroforesis untuk mengetahui kemurnian dan memperkirakan jumlah DNA yang digunakan sebagai template PCR. Polymerase chain reaction Polymerase Chain Reaction untuk mengamplifikasi bagian sentral fragmen gen tubulin β sepanjang 773 dilaksanakan menggunakan sepasang primer spesifik berdasar pada sekuen gen tubulin β isotipe-1 ekson 3,4,5 yaitu Pn-1 (forward) dengan sekuen 5 gga ACA ATg gac TCT gtt Cg 3 dan Pn2 (reverse) dengan sekuen 5 ggg AAT CgA Agg CAg gtc gt 3 cacing H. contortus yang berasal dari data pada genebank (Kode akses: X80046). Pada berbagai optimasi, tidak didapatkan hasil amplifikasi dengan primer ini. Selanjutnya digunakan primer baru yaitu Phc-1 (forward) dengan sekuen 5 AGG GAG CCG AGC TAG TTG AT 3 dan Phc-2 (reverse) dengan sekuen 5 GAG TTT CAA AGT GCG GAA GC 3 yang akan mengamplifikasi sepanjang 520 bp. Polymerase chain reaction dilakukan menggunakan kit Ready To Go PCR (Amersham Bioscience) dalam 25 µl total campuran reaksi menggunakan mesin thermal cycler (Perkin Elmer 2400). Komposisi PCR hasil optimasi tertera pada Tabel 1. Program PCR yang digunakan adalah terdiri dari denaturasi 95 o C selama 5 menit sebanyak 1 siklus, diikuti denaturasi 94 o C selama 2 menit, annealing pada 56 o C selama 35 detik dan ekstensi pada 72 o C selama 1 menit sebanyak 33 siklus. Ekstensi terakhir pada 72 o C selama 7 menit. Visualisasi DNA hasil PCR Hasil PCR dielektroforesis dengan menggunakan gel agarosa (Promega, analytical grade) 2% selama 20 menit, kemudian divisualisasi dengan ultraviolet transluminator. HASIL DAN PEMBAHASAN PCR fragmen gen Beta Tubulin isotipe-1 Sepasang primer masing-masing dengan total panjang 20 basa yang mula-mula digunakan dalam mengamplifikasi fragmen gen Tubulin β isotipe-1 sepanjang 770 bp adalah berdasar pada sekuens H. contortus Tabel 1 Komposisi PCR hasil optimasi menggunakan kit ready to go PCR (Amersham Bioscience) Komponen PCR Volume (µl) Konsentrasi akhir ddh20 19 Primer (Phc1) 25 pmol 2 50 pmol Primer (Phc2) 25 pmol 2 50 pmol DNA template ng 2 25 ng 965
4 pada gene bank yaitu Pn1 (forward) dengan sekuen 5 gga ACA ATg gac TCT gtt Cg 3 dan Pn2 (reverse) dengan sekuen 5 ggg AAT CgA Agg CAg gtc gt 3 ) (SILVESTRE dan HUMBERT, 2000). Dengan berbagai kondisi optimasi, ketujuh sampel dari 3 lokasi tersebut tidak dapat teramplifikasi oleh primer tesebut. Oleh karena itu dicoba untuk menyusun primer baru pada posisi yang lebih dalam dari primer yang terdahulu dengan menggunakan software Primer.3 online dari internet ( Primer ini akan mengamplifikasi fragment gen tubulin β isotipe-1 sepanjang 520 bp yaitu Phc-1 (forward) dengan sekuen 5 Agg gag CCg AgC Tag TTg AT 3 ) dan Phc-2 (reverse) dengan sekuen 5 gag TTT CAA AgT gcg gaa gc 3 ). Hasil penelitian menunjukkan bahwa dengan susunan primer baru tersebut, fragmen gen tubulin isotipe-1 dari ketujuh sampel (Kn1,Kn2, K1, H1,H2, C2 dan CCR-1) dari ketiga lokasi tersebut dapat teramplifikasi sepanjang 520 bp. Adapun lokasi penempelan primernya tertera pada Gambar 1. Pn1 Phc Phc2 Pn2 Gambar 1. Skema gen tubulin β isotipe-1 ekson 3,4,5 dan lokasi penempelan primer Pn1 dan Pn2 serta Phc1 dan Phc bp 500 bp M Gambar 2. Hasil elektroforesis produk PCR dengan primer Phc1 dan Phc2 DNA diisolasi dari cacing H. contortus domba yang berasal dari: SPTD Trijaya, Kuningan, Jawa Barat yaitu: Kn1 pita no 1, Kn2 pita no 2, K1 pita no 3 UPTD Pelayanan Kesehatan Hewan, Bantul, Yogyakarta yaitu: H1 pita no 4, H2 pita no 5, C2 pita no 6 Cicurug, Sukabumi yaitu: Ccr-1 pita no 7 sebagai kontrol M merupakan DNA marker ladder 100 bp 966
5 Hasil optimasi PCR yang digunakan adalah sama untuk semua isolat yaitu terdiri dari denaturasi 95 o C selama 5 menit sebanyak 1 siklus, diikuti denaturasi 95 o C selama 2 menit, hibridisasi pada 58 o C selama 40 detik dan annealing pada 72 o C selama 1 menit sebanyak 36 siklus. Annealing terakhir pada 72 o C selama 7 menit. Kegagalan amplifikasi menggunakan sepasang primer pertama yaitu Pn1 dan Pn2 kemungkinan besar dikarenakan adanya mutasi baik delesi, insersi atau penggantian basa pada daerah tempat penempelan primer tersebut yaitu pada asam amino ke-91 dan 864. Mutasi yang terjadi sebagai penyebab kegagalan amplifikasi terutama terjadi pada ujung 3. Mutasi yang terjadi pada ujung 5 ada kemungkinan terjadi amplifikasi tetapi tidak sempurna (smear). Ketidaksesuaian sekuen ini menyebabkan tidak terjadinya annealing sehingga pada berbagai optimasi PCR yang digunakan tidak menghasilkan suatu fragmen hasil amplifikasi. Hal ini didukung oleh kondisi dimana pada saat primer diganti dengan susunan yang baru optimasi segera diperoleh. KESIMPULAN Primer Phc1 5 Agg gag CCg AgC Tag TTg AT 3 ) dan Phc2 5 gag TTT CAA AgT gcg gaa gc 3 ) dapat mengamplifikasi dengan baik bagian sentral fragmen gen-β tubulin isotipe-1 sepanjang 520bp yang selanjutnya dapat digunakan sebagai acuan untuk penelitian lebih lanjut pada gen ini. DAFTAR PUSTAKA BOEHRIENGER MANHEIM Application Manual. Boehringer Manheim GmbH Biochemical Germany. CONDOR, G.A. and W.C. CAMPBELL Chemotherapy of nematode infections of veterinary importance, with special reference to drug resistance. Advance in Parasitol. 35: ELARD, L., A.M. COMES and J.F. HUMBERT Sequences of β tubulin cdna from benzimidazole-susceptible and resistant strains of Teladorsagia circumcincta, a nematode parasite of small ruminants. Mol. Biochem. Parasitol. 79: ERLICH, H.A PCR Technology: Principles and Applications for DNA Amplification. Macmillan Publishers Ltd, England. GASSER, R.B. and X.Q. ZHU Sequence-based analysis of DNA fragments by mutation detection techniques. Parasitol. Today 15: KWA, M.S., F.N.J. KOOYMAN, J.H. BOORSEMA, dan M.H. ROOS Effect of selection for benzimidazole resistance in Haemonchus contortus in β tubulin isotype-1 and 2 genes. Biochem. Biophys. Res. Commun. 191: KWA, M.S.G., J.G. VEENSTRA and M.H. ROOS Benzimidazole resistance in Haemonchus contortus is correlated with a conserved mutation at amino acid 200 in β tubulin isotype-1. Mol. Biochem. Parasitol. 63: KWA, M.S.G., J.G. VEENSTRA, M.D. DIJK and M.H. ROOS β-tubulin genes from the parasitic nematode Haemonchus contortus modulate drug resistance in Chaenorhaditis elegance. J. Mol. Biol. 246: MULLIS, K.B., F. FALOONA, S. SCHARF, R. SAIKI, G. HORN and H. ERLICH Spesific enzymatic amplification of DNA invitro: the polymerase chain reaction, 51, Cold Spring Harbor Symp. Quantit Biol. pp ROOS, M.H., J.H., BOERSEMA, F.H.M. BORGSTEEDE, J. CORNELLISEN, M. TAYLOR and E.J. RUITENBERG Molecular analysis of selection for benzimidazole resistance in the sheep parasite Haemonchus contortus, Mol. Biochem. Parasitol. 43: SILVISTRE, A. and J.F. HUMBERT A molecular tool for species identification and benzimidazole resistance diagnosis in larval communities of small ruminant parasites. Exp. Parasitol. 95:
Variabilitas Sekuen Gen Tubulin β Isotipe-1 Cacing Haemonchus contortus Isolat Resisten terhadap Benzimidazole pada Domba
JITV Vol. 11 No. 3 Th. 2006 Variabilitas Sekuen Gen Tubulin β Isotipe-1 Cacing Haemonchus contortus Isolat Resisten terhadap Benzimidazole pada Domba DYAH HARYUNINGTYAS 1, WAYAN T. ARTAMA 2 dan WIDYA ASMARA
Lebih terperinciAnalisis Sekuen Gen Tubulin-β Isotipe 1 Cacing Haemonchus contortus Isolat Resisten terhadap Benzimidazole pada Domba di Indonesia
Jurnal AgroBiogen 4(2):45-50 Analisis Sekuen Gen Tubulin-β Isotipe 1 Cacing Haemonchus contortus Isolat Resisten terhadap Benzimidazole pada Domba di Indonesia Dyah Haryuningtyas 1 dan Wayan T. Artama
Lebih terperinciDYAH HARYUNINGTYAS. Balai Penelitian Veteriner, PO Box 151, Bogor (Diterima dewan redaksi 28 Maret 2005) ABSTRACT
HARYUNINGTYAS: Deteksi mutasi pada gen tubulin β isotipe-1 cacing Haemonchus contortus isolat resisten terhadap Benzimidazole Deteksi Mutasi pada Gen Tubulin β Isotipe-1 Cacing Haemonchus contortus Isolat
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil
Lebih terperinciBAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel
16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik
Lebih terperinciBAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI
BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI Di dalam Bab XII ini akan dibahas pengertian dan kegunaan teknik Reaksi Polimerisasi Berantai atau Polymerase Chain Reaction (PCR) serta komponen-komponen dan tahapan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Lebih terperinciSaintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf
Saintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf Staf Pengajar Jurusan Kesehatan Masyarakat FIKK Universitas Negeri Gorontalo Abstrak (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi. Tabel 1. Sampel Darah Sapi Perah dan Sapi Pedaging yang Digunakan No. Bangsa Sapi Jenis Kelamin
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini berlangsung
Lebih terperinciKolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria
Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria Ria Maria (G34090088), Achmad Farajallah, Maria Ulfah. 2012. Karakterisasi Single Nucleotide Polymorphism Gen CAST pada Ras Ayam Lokal. Makalah Kolokium
Lebih terperinciVISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum
VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum Pendahuluan Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciBABm METODE PENELITIAN
BABm METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian analitik dengan desain cross-sectioned, yaitu untuk mengetahui apakah terdapat perbedaan distnbusi genotipe dan subtipe VHB
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar, langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah HVI mtdna
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Waktu dan Tempat
BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilakukan terhadap sampel yang dikoleksi selama tujuh bulan mulai September 2009 hingga Maret 2010 di Kabupaten Indramayu. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium
Lebih terperinciMETODE. Materi. Tabel 1. Jumlah Sampel DNA yang Digunakan dan Asal Pengambilan Sampel Darah.
METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei penyakit klorosis dan koleksi sampel tanaman tomat sakit dilakukan di sentra produksi tomat di daerah Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Deteksi
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan IPB dan Laboratorium Terpadu,
Lebih terperinciIII. BAHAN DAN METODE
III. BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilakukan di Laboratorium BIORIN (Biotechnology Research Indonesian - The Netherlands) Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi IPB. Penelitian
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah D-loop
Lebih terperinciMetodologi Penelitian. Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini.
Bab III Metodologi Penelitian Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini. III.1 Rancangan Penelitian Secara garis besar tahapan penelitian dijelaskan pada diagram
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and
23 BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jl. Salemba
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu
BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN. Survei dan Pendataan
METODE PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Kegiatan identifikasi penyebab penyakit umbi bercabang pada wortel dilakukan di Laboratorium Nematologi dan Laboratorium Virologi Departemen Proteksi Tanaman
Lebih terperincibio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian
III. METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian 1.1. Peralatan Penelitian Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, beaker glass, cool box, labu
Lebih terperinciPengujian DNA, Prinsip Umum
Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian berbasis DNA dalam pengujian mutu benih memang saat ini belum diregulasikan sebagai salah satu standar kelulusan benih dalam proses sertifikasi. Dalam ISTA Rules,
Lebih terperinciBAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian Bentuk desain penelitian yang akan digunakan adalah bentuk deskriptif molekuler potong lintang untuk mengetahui dan membandingkan kekerapan mikrodelesi
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur
20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension
Lebih terperinciPOLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Disusun oleh: Hanif Wahyuni (1210411003) Prayoga Wibhawa Nu Tursedhi Dina Putri Salim (1210412032) (1210413031) SEJARAH Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1985
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian. Penelitian ini dapat menerangkan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Amplifikasi Gen Mx Amplifikasi gen Mx telah berhasil dilakukan. Hasil amplifikasi gen Mx divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita yang
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
24 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Objek Penelitian Empat spesies burung anggota Famili
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Autentikasi Bahan Baku Ikan Tuna (Thunnus sp.) dalam Rangka Peningkatan Keamanan Pangan dengan Metode Berbasis DNA dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN. Tabel 1 Sampel yang digunakan dalam penelitian
12 METODE PEELITIA Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan pada bulan Mei sampai dengan April 2010, bertempat di Bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu
Lebih terperinciII. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR
II. BAHAN DAN METODE Ikan Uji Ikan uji yang digunakan adalah ikan nila hibrida hasil persilangan resiprok 3 strain BEST, Nirwana dan Red NIFI koleksi Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Sempur, Bogor.
Lebih terperinci3. METODE PENELITIAN
29 3. METODE PENELITIAN 3.1. Lokasi dan Waktu Penelitian Lokasi penelitian meliputi Laut Sulawesi, Selat Makassar, Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo, Laut Maluku dan Teluk Tomini (Gambar
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.
Lebih terperinciBAB 4. METODE PENELITIAN
BAB 4. METODE PENELITIAN Penelitian penanda genetik spesifik dilakukan terhadap jenis-jenis ikan endemik sungai paparan banjir Riau yaitu dari Genus Kryptopterus dan Ompok. Penelitian ini bertujuan untuk
Lebih terperinciTeknik-teknik Dasar Bioteknologi
Teknik-teknik Dasar Bioteknologi Oleh: TIM PENGAMPU Program Studi Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Jember Tujuan Perkuliahan 1. Mahasiswa mengetahui macam-macam teknik dasar yang digunakan
Lebih terperinciMETODE Waktu dan Tempat Materi Sampel DNA Primer
METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan September 2010 sampai dengan bulan Pebruari 2011. Penelitian dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak Bagian Pemuliaan dan Genetika
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Calpastatin (CAST MspI) Amplifikasi fragmen gen calpastatin (CAST MspI) pada setiap bangsa sapi dilakukan dengan menggunakan mesin thermal cycler (AB Bio System) pada
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap
BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan dari bulan April 2006 sampai dengan bulan April 2007. Penelitian dilakukan di rumah kaca, laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian, sehingga dapat menerangkan arti
Lebih terperinciDAFTAR ISI DAFTAR SINGKATAN DAN LAMBANG
DAFTAR ISI ABSTRAK... Error! ABSTRACT... Error! KATA PENGANTAR... Error! DAFTAR ISI... i DAFTAR SINGKATAN DAN LAMBANG... Error! BAB I PENDAHULUAN... Error! 1.1 Latar Belakang... Error! 1.2 Rumusan Masalah...
Lebih terperinci3 Metodologi Penelitian
3 Metodologi Penelitian 3.1 Alat Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Penelitian Biokimia, Program Studi Kimia, Institut Teknologi Bandung. Peralatan yang digunakan pada penelitian ini diantaranya
Lebih terperinciABSTRAK. OPTIMASI AMPLIFIKASI BAGIAN GEN parc DENGAN METODE PCR PADA ISOLAT Salmonella typhi DARI RUMAH SAKIT IMMANUEL BANDUNG PERIODE 2006
ABSTRAK OPTIMASI AMPLIFIKASI BAGIAN GEN parc DENGAN METODE PCR PADA ISOLAT Salmonella typhi DARI RUMAH SAKIT IMMANUEL BANDUNG PERIODE 2006 Hadi Sumitro Jioe, 2008. Pembimbing I : Ernawati Arifin Giri Rachman,
Lebih terperinciII. MATERI DAN METODE. Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di
II. MATERI DAN METODE 2.1 Waktu dan Tempat Penelitian Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di enam desa yaitu tiga desa di Kecamatan Grokgak dan tiga desa di Kecamatan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Analisis Polymerase Chain Reaction (PCR) serta analisis penciri Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dilaksanakan di Laboratorium
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
ISOLASI TOTAL DNA TUMBUHAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA PHYTOPURE Halaman : 1 dari 5 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan tumbuhan, dapat dari daun, akar, batang,
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3 Amplifikasi gen Pit1 exon 3 pada sapi FH yang berasal dari BIB Lembang, BBIB Singosari, BPPT Cikole,
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
22 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Lokasi dan Waktu Penelitian 1. Lokasi Penelitian Penelitian
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dipaparkan hasil dari tahap-tahap penelitian yang telah dilakukan. Melalui tahapan tersebut diperoleh urutan nukleotida sampel yang positif diabetes dan sampel
Lebih terperinciMATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Materi Sampel Pengambilan Sampel Ekstraksi DNA Primer
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juni hingga Nopember 2010. Penelitian dilakukan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetik Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak,
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
Halaman : 1 dari 5 ISOLASI TOTAL DNA HEWAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan hewan, dapat dari insang, otot, darah atau jaringan
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling
16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan Metode Isolasi C. gloeosporioides dari Buah Avokad
15 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Balai Besar Karantina Pertanian (BBKP) Tanjung Priok Wilayah Kerja Bogor, mulai bulan Oktober 2011 sampai Februari 2012. Bahan
Lebih terperinci4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel
7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Exon 4 Amplifikasi gen GH exon 4 pada kambing Peranakan Etawah (PE), Saanen dan PESA (Persilangan PE-Saanen) diperoleh panjang fragmen 200 bp (Gambar 8). M 1 2 3
Lebih terperinciII. BAHAN DAN METODE
II. BAHAN DAN METODE 2.1. Waktu dan Lokasi Penelitian Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Agustus sampai September tahun 2011. Sampel ikan berasal dari 3 lokasi yaitu Jawa (Jawa Barat), Sumatera (Jambi),
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DAN IDENTIFIKASI DNA SEL MUKOSA
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%.
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen FSHR Alu-1 Amplifikasi fragmen gen FSHR Alu-1 dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dilakukan dengan kondisi annealing 60 C selama 45 detik dan diperoleh produk
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Tempat dan Waktu Penelitian. Metode Penelitian
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Pengambilan sampel dilakukan pada 3 lokasi yang berbeda, yaitu: Dusun Sidomukti, Desa Kopeng, Kecamatan Getasan, Kabupaten Semarang pada ketinggian 1200-1400
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
9 BAB III BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2011 sampai dengan Juli 2012. Kegiatan ekstraksi DNA sampai PCR-RFLP dilakukan di laboratorium Analisis
Lebih terperinciLAMPIRAN. Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer 1. Pembuatan Larutan Stok a. CTAB 5 % Larutan dibuat dengan melarutkan : - NaCl : 2.0 gr - CTAB : 5.0 gr - Aquades : 100 ml b. Tris HCl
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Gen GH exon 3 pada kambing PE, Saanen, dan PESA (Persilangan PE dan Saanen) berhasil diamplifikasi menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Panjang fragmen
Lebih terperinciLampiran 1 Ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode GeneAid
LAMPIRAN 9 Lampiran 1 Ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode GeneAid Satu ruas tungkai udang mantis dalam etanol dipotong dan dimasukkan ke dalam tube 1,5 ml. Ruas tungkai yang telah dipotong (otot tungkai)
Lebih terperinciOPTIMASI KONSENTRASI MgCl2 DAN SUHU ANNEALING PADA PROSES AMPLIFIKASI MULTIFRAGMENS mtdna DENGAN METODA PCR
OPTIMASI KONSENTRASI MgCl2 DAN SUHU ANNEALING PADA PROSES AMPLIFIKASI MULTIFRAGMENS mtdna DENGAN METODA PCR Mukhammad Asy ari 1) dan A. Saifuddin Noer 2) 1) Laboratorium Biokimia jurusan Kimia FMIPA UNDIP
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen GH Exon 2
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Exon 2 Gen GH exon 2 pada ternak kambing PE, Saanen, dan persilangannya (PESA) berhasil diamplifikasi menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Pasangan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
Lebih terperinciPRINSIP UMUM DAN PELAKSANAAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
Unitas, Vol. 9, No. 1, September 2000 - Pebruari 2001, 17-29 PRINSIP UMUM DAN PELAKSANAAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) [General Principles and Implementation of Polymerase Chain Reaction] Darmo Handoyo
Lebih terperinciPRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas
PRAKATA Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas segala nikmat dan karunia-nya, penulisan Tugas Akhir dengan judul Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok
Lebih terperinciFakultas Biologi Unsoed
TEKMK PCR oleh Drs. Agus Hery Susanto, M.S. staf pengajar Pendahuluan Teknik PCR (polymerase chain reaction) digunakan untuk menggandakan fragmen DNA (urutan basa nukleotida) tertentu secara invitro melalui
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian
Lebih terperinciIII. Bahan dan Metode
III. Bahan dan Metode A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan selama 3 bulan dari bulan Mei-Juli 2011 yang dilakukan di LPPT UGM Yogyakarta. B. Bahan Penelitian Sampel yang digunakan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan berdasarkan haplotipe
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian deskriptif.
24 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian deskriptif. 3.2 Objek Penelitian DNA ikan gurame (Osphronemus goramy Lac.) yang resisten dan sensitif
Lebih terperinciPembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri. Isolasi DNA kromosom bakteri. Kloning DNA
LAMPIRAN 15 15 Lampiran 1 Tahapan penelitian Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri Isolasi DNA kromosom bakteri Pemotongan DNA dengan enzim restriksi Kloning DNA Isolasi DNA plasmid hasil
Lebih terperinciBAB IV METODE PENELITIAN. Ruang lingkup dari penelitian ini meliputi bidang ilmu sitogenetika.
BAB IV METODE PENELITIAN 4.1 Ruang lingkup penelitian Ruang lingkup dari penelitian ini meliputi bidang ilmu sitogenetika. 4.2 Tempat dan waktu penelitian Penelitian ini dilaksanakan di Pusat Riset Biomedik
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Metode penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran, atau lukisan secara
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh
Lebih terperinciOPTIMASI PCR (Polymerase Chain Reaction) FRAGMEN 724 pb GEN katg MULTI DRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS UNTUK MENINGKATKAN PRODUK AMPLIFIKASI
OPTIMASI PCR (Polymerase Chain Reaction) FRAGMEN 724 pb GEN katg MULTI DRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS UNTUK MENINGKATKAN PRODUK AMPLIFIKASI Deniariasih, N.W. 1, Ratnayani, K. 2, Yowani, S.C. 1 1 Jurusan
Lebih terperinciBAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
20 BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Desain Penelitian Penelitian ini bersifat deskriptif cross sectional molekuler. Data yang diperoleh berasal dari pemeriksaan langsung yang dilakukan peneliti sebanyak
Lebih terperinciBab III Metode Penelitian
Bab III Metode Penelitian Metode yang dilakukan dalam penelitian ini terdiri dari empat tahapan, dimulai dengan pengumpulan sampel, kemudian lysis sel untuk mendapatkan template DNA, amplifikasi DNA secara
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN
III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan November 2007 hingga Juli 2009, bertempat di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik Departemen
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA. Ikan Lele Dumbo (Clarias gariepinus) Menurut Kottelat dkk., (1993), klasifikasi dari ikan lele dumbo adalah.
TINJAUAN PUSTAKA Ikan Lele Dumbo (Clarias gariepinus) Menurut Kottelat dkk., (1993), klasifikasi dari ikan lele dumbo adalah sebagai berikut: Kingdom Filum Kelas Ordo Family Genus : Animalia : Chordata
Lebih terperinciABSTRAK DAN EXECUTIVE SUMMARY PENELITIAN FUNDAMENTAL. TAHUN ANGGARAN 2014 (Tahun ke 1 dari rencana 2 tahun)
Kode/Nama Rumpun Ilmu: 307/Ilmu Kedokteran Dasar dan Biomedis ABSTRAK DAN EXECUTIVE SUMMARY PENELITIAN FUNDAMENTAL TAHUN ANGGARAN 2014 (Tahun ke 1 dari rencana 2 tahun) KLONING DAN ANALISIS SEKUEN DBLβC2-VAR
Lebih terperinciAMPLIFIKASI GEN 18S rrna PADA DNA METAGENOMIK MADU DARI DESA SERAYA TENGAH, KARANGASEM DENGAN TEKNIK PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
AMPLIFIKASI GEN 18S rrna PADA DNA METAGENOMIK MADU DARI DESA SERAYA TENGAH, KARANGASEM DENGAN TEKNIK PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) SKRIPSI Oleh: SATRIYA PUTRA PRAKOSO NIM. 1208105013 JURUSAN KIMIA FAKULTAS
Lebih terperinciIII. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk
56 III. METODOLOGI PENELITIAN A. Rancangan Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen FNBP1L. B. Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian
Lebih terperinciLampiran 1. Diagram Alir Penelitian
Lampiran 1. Diagram Alir Penelitian Kultur Isolat S. pneumoniae hasil seleksi pada Media BA 5% + Gentamisin Uji Mikrobiologis (Uji sensitivitas antibiotik) Ekstraksi DNA Duplex PCR Gen erm(b) Gen mef(a)
Lebih terperinciFakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Riau Kampus Bina Widya Pekanbaru, 28293, Indonesia
ELEKTROFORESIS DNA TOTAL DAN AMPLIFIKASI PCR FRAGMEN GEN COX3 PADA IKAN Kryptopterus limpok (Bleeker 1852) DARI TIGA SUNGAI RAWA BANJIRAN PROVINSI RIAU Vella Nurazizah Djalil 1, Roza Elvyra 2, Dewi Indriyani
Lebih terperinciIDENTIFIKASI DAGING TIKUS PADA PRODUK ASAL HEWAN DENGAN MENGGUNAKAN TEHNIK POLIMERASE CHAIN REACTION (PCR)
IDENTIFIKASI DAGING TIKUS PADA PRODUK ASAL HEWAN DENGAN MENGGUNAKAN TEHNIK POLIMERASE CHAIN REACTION (PCR) Srihanto, E.A, Setiaji, G, Rumpaka, R dan Firwantoni Balai Veteriner Lampung Jalan Untung Suropati
Lebih terperinci