RINGKASAN. Pembimbing Utama : Dr. Ir. Muladno, MSA Pembimbing Anggota : Dr. dr. Sri Budiarti.

Transkripsi

1

2 RINGKASAN Lusi Yusuf. D Penentuan ICuantitas dan Kualitas DNA Hasil Eltstraksi dari Sperrna dan Darah Sapi. Fakultas Peternakan. Institut Pertanian Bogor. Pembimbing Utama : Dr. Ir. Muladno, MSA Pembimbing Anggota : Dr. dr. Sri Budiarti. DNA yang bersumber dari sperma sangat bermanfaat, terutama untuk penentuan pedegree (silsilah) karena sperma membawa informasi genetik secara turun temurun dari generasi ke generasi berikutnya. Penelitian yang bertujuan untuk menentukan kuantitas dan kualitas DNA hasil ekstraksi dari sperma dan darah sapi ini, dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Hewan dan Biomedis, Pusat Antar Universitas IPB dan Laboratorium Biak Sel dan Jaringan Hewan, Pusat Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi, LIPI. Penelitian ini berlangsung dari bulan Maret sampai bulan Juli Materi penelitian yang digunakan adalah darah dari tiga ekor sapi perah, semen segar dari dua ekor sapi perah dan tiga straw semen beku sapi perah. Sampel semen dan darah tersebut, sel dan organel-organelnya dilisis untuk mengisolasi DNAnya. DNA yang diperoleh dihitung konsentrasinya secara spektrofotometri menggunakan DNA calculator dan diuji kualitasnya menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Terakhir dilakukan elektrophoresis menggunakan agarose gel. Hasil pengukuran kuantitas (konsentrasi) DNA menunjukkan bahwa sperma segar mempunyai konsentrasi DNA yang paling tinggi, yaitu 14,G pglml sampel, sedangkan konsentrasi DNA sperma beku yang diperoleh sebesar 2,7pg/ml sampel dan konsentrasi DNA darah 7,2 pglml sampel. Hal ini disebabkan karena konsentrasi awal sel yang digunakan tidak sama pada ketiga sampel. Semen segar mempunyai konsentrasi awal sel yang paling tinggi, karena tidak mengalami proses pengenceran seperti pada semen beku. Hasil PCR menunjukkan bahwa DNA bisa diamplifikasi dengan baik oleh primer INRA 023 pada suhu annealing 58 C dan primer ETH 225 pada suhu annealing 56 C. Hal ini mengindikasikan bahwa DNA dari ketiga sampel mempunyai kualitas yang cukup bagus. Penggunaan teknik PCR ini hams diperhatikan kesesuaian antara primer dan suhu annealingnya untuk mendapatkan hasil PCR yang optimal.

3 PENENTUAN KUANTITAS DAN KUALITAS DNA HASIL EKSTRAKSI DARI SPERMA DAN DARAH SAP1 Skripsi ini merupakan salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Peternakan pada Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor Oleh LUSI YUSUF DO SURUSAN ILMU PRODUKSI TERNAK FAKULTAS PETERNAKAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2000

4 PENENTUAN KUANTITAS DAN KUALITAS DNA HASIL EKSTRAKSI DARI SPERMA DAN DARAH SAP1 Oleh LUSI YUSUF DO Skripsi ini telah disetujui dan disidangkan di lladilpan Komisi Ujian Lisan pada tanggal 4 Februari 2000 Pembimbing Utama ---&%Q Dr. Ir. Muladno. MSA / I'embimbing de Anggota Dr. dr. Sri Budiarti Ketua Jurusan IPT Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor qi$l%b Dr. Ir. ~ a r a h s ~ DEA.,

5 RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Lubuk Sikaping, Kabupaten Pasaman, Sumatera Barat, pada tanggal 29 Mei Merupakan anak kedua dari enam bersaudara dari pasangan Bapak Suardi Yusuf dan Ibu Martini. Penulis memulai pendidikan di SD Inpres Lubuk Sikaping dari tahun 1983 sampai tahun Pada tahun yang sama, penulis diterima di SMPN I Lubuk Sikaping dan pada tahun 1992 penulis meneruskan pendidikan ke SMAN I Lubuk Sikaping dan menamatkan pendidikan menengah atas pada tahun Penulis terdaftar sebagai mahasiswa Tingkat Persiapan Bersama Institut Pertanian Bogor, melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI) pada tahun 1995, pada Program Studi Teknologi Produksi Temak, Jurusan Ilmu Produksi Ternak, Fakultas Peternakan. ~

6 PRAKATA Assalamu hlaikum Wr. Wb. Segala puji bagi Allah Subhanahu Wa Ta'ala, yang telah melimpahkan rahmat dan ilmu-nya sehingga penulis akhirnya dapat menyelesaikan skripsi ini. Shalawat dan salam hanya tertujukan kepada Rasul junjungan, Muhammad Shallallahu'Alahi Wassallam beserta keluarganya. Skripsi ini saya persembahkan kepada ibunda tersayang, yang tidak bisa saya dampingi di saat-saat terakhir beliau karena menuntut ilmu di Bogor, untuk Ayahanda, kakak dan adik-adik tercinta, yang telah berdo'a dan memberikan bantuan moril maupun materil kepada saya selama menuntut ilmu di Bogor. Berbekal pengetahuan yang minim tentang topik penelitian ini, saya memberanikan diri untuk tetap melaksanakan penelitian dengan judul Penentuan Kuantitas dan Kualitas DNA Hasil Ekstraksi dari Sperma dan Darah Sapi. Berkat bantuan dari berbagai pihak, Alha~ndulillah, akhirnya saya bisa menyelesaikan penelitian ini walaupun melewati proses yang cukup panjang. Oleh karena itu, pada kesempatan ini saya haturkan terima kasih yang setinggi-tingginya kepada Bapak Dr.Ir. Muladno, MSA sebagai pembimbing utama, yang telah memberi kepercayaan kepada saya untuk melakukan penelitian ini dan yang tidak pernah bosan memberikan bimbingan dan pengarahannya. Kepada Ibu Dr.dr. Sri Budiarti selaku pembimbing anggota yang telah meluangkan waktunya untuk membimbing, mengarahkan dan memberikan masukan-masukan kepada saya dan sebagai Kepala Laboratorium Bioteknologi Hewan dan Biomedis, PAU IPB yang telah mengizinkan saya

7 menggunakan fasilitas laboratorium, saya ucapkan terima kasih yang sedalarndalamnya. Saya juga haturkan terima kasih kepada staf Puslitbang Bioteknologi LIPI : mbak Fivi, Ir. Aris Winaya, Ir. Maskur dan Marta serta staf PAU : mbak Dewi dan Pak Mulya yang telah banyak membantu kelancaran penelitian ini. Terima kasih juga kepada Ibu Tati. Kepada Ibu Dr. Rarah Ratih, Ketua Jurusan IPT yang telah membantu kelancaran penyelesaian tugas akhir ini, saya haturkan terima kasih. Begitu juga kepada Bapak Dr. Baharudin Tappa dan Bapak Drs. Eddy Jusuf, staf peneliti di Puslitbang Bioteknologi LIPI, yang telah memberikan izin penggunaan fasilitas laboratorium selama penelitian berlangsung, saya haturkan terima kasih. Kepada teman senasib dan seperjuangan selama penelitian, Beben dan Dwi, saya haturkan terima kasih sedalam-dalamnya atas semua bantuan, pengertian dan kekompakannya dan semoga sukses selalu. Tidak lupa saya juga haturkan terima kasih yang sebesar-besarya kepada mas Bondan yang telah meluangkan waktunya untuk membagikan sebagian kecil ilmunya sehingga bisa membantu kelancaran penelitian ini. Terima kasih juga kepada Pak Samat, yang telah mengizinkan saya untuk mengambil sampel darah di peternakan yang bapak kelola dan kepada Pak Harisman, yang telah membantu saya dalam pengambilan sampel darah. Tak lupa kepada semua pihak yang tidak bisa saya sebutkan satu per satu, saya ucapkan terima kasih. Wassalatn Lusi Yusuf

8 DAFTAR IS1... Halaman RINGKASAN i RIWAYAT HIDUP PRAKATA DAFTAR IS1... v DAFTAR TABEL DAFTAR GAMBAR vii... vln DAFTAR LAMPIRAN... ix PENDAHULUAN... 1 TINJAUAN PUSTAKA... 3 Sperma... 3 Semen... 4 Koleksi Semen... 4 Pengenceran dan Penyimpanan Semen... 5 Ekstraksi DNA... 6 ~ ~.. PCR (Polymerase Cliain Reactibn)... 7 Komponen - Komponen PCR... 9 Keuntungan dan Kerugian PCR MATERI DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian...: Materi Penelitian

9 Metode Penelitian Ekstraksi DNA dari Semen Ekstraksi DNA dari Darah Pemurnian DNA Penentuan Kuantitas DNA Penentuan Kualitas DNA HASIL DAN PEMBAHASAN Kuantitas DNA Kualitas DNA KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan Saran DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN... 28

10 DAFTARN TABEL Nomor Halaman 1. Program PCR untuk Primer BL 25 dan INRA Program PCRNuntuk Primer INRA 023 dan ETH