Bandung, Juni Fegaira Almas Saniy

Transkripsi

1 KATA PENGANTAR Alhamdulillah wa syukurillah penulis panjatkan puji dan syukur atas rahmat, hidayah, serta nikmat yang telah diberikan oleh Allah `Azza wa Jalla yang Maha Perkasa lagi Maha Agung pemilik dari setiap ilmu dan kehidupan, sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul Keragaman dan Kekerabatan Genetik Ikan Mas (Strain Majalaya, Rajadanu, Subang), Grass Carp (Ctenopharyngodon idella), dan Giant Barb (Catlocarpio siamensis) Berbasis RAPD-PCR. Tidak lupa shalawat serta salam semoga selalu tercurah limpahkan pada junjungan alam Nabi Besar Muhammad Salallahu alaihi wasalam, pada keluarganya, para sahabat, dan para ummat beliau yang selalu berjuang dan istiqomah menapaki serta menjunjung jalan beliau yang lurus yakni al-islam rahmatan lil alamin. Penulis menyadari bahwa tidak mungkin skripsi ini dapat terselesaikan tanpa dukungan dan bantuan dari beberapa pihak, oleh karenanya pada kesempatan ini penulis ingin mengucapkan banyak terima kasih kepada Ir. Ibnu Dwi Buwono, M.Si selaku ketua Komisi Pembimbing sekaligus Dosen Wali dan Mochamad Untung Kurnia Agung, S.Kel, M.Si selaku Anggota Komisi Pembimbing yang telah meluangkan waktunya yang berharga untuk mencurahkan banyak saran dan masukkannya kepada penulis. Penulis juga ingin mengucapkan banyak terima kasih kepada: 1. Drs. Walim Lili, M.Si. selaku Dosen Penelaah atas masukan yang telah diberikan. 2. Dr. Ir. Iskandar, M.Si. selaku Dekan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran. 3. Prof. Dr. Ir. Junianto, MP. selaku Koordinator Program Studi Perikanan. 4. Nono Carsono, SP., M.Sc., Ph.D, dan Noladhi Wicaksana, SP., MP., Ph.D yang telah mengizinkan penulis untuk melakukan PCR di Laboratorium Analisa dan Bioteknologi Tanaman Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran. iii

2 5. Kedua orang tua penulis, kakak, dan adik yang selalu memberikan dukungan moril maupun materil serta do`a dan kasih sayangnya yang tidak pernah putus kepada penulis. 6. Aldino Rafiq yang sudah menyumbangkan ikannya untuk dijadikan sebagai sampel dalam penelitian ini, Afa Soraya, Arini Mandhasia, Selny Febrida, dan teman-teman Lab. Bioteknologi FPIK Unpad lainnya yang sudah banyak membantu selama penelitian berlangsung. 7. Seluruh teman-teman FPIK 2010, LDK Unpad, dan Syabab Hizb`ut Tahrir Kampus Jatinangor yang selalu memberikan dukungan selama kegiatan penelitian dari awal sampai akhir. 8. Seluruh pihak yang telah banyak membantu selama pengerjaan penelitian ini yang tidak mungkin disebutkan satu-persatu. Akhir kata, semoga semua kebaikan yang telah diberikan kepada penulis menjadi amal saleh bagi semua pihak yang telah banyak membantu, dan semoga mendapatkan balasan yang setimpal dari Allah Ta`ala, serta penulis berharap semoga skripsi ini dapat bermanfaat bagi banyak pihak di kemudian hari. Bandung, Juni 2014 Fegaira Almas Saniy iv

3 DAFTAR ISI Bab Halaman DAFTAR TABEL... vii DAFTAR GAMBAR... viii DAFTAR LAMPIRAN... x I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Identifikasi Masalah Tujuan Penelitian Kegunaan Penelitian Kerangka Pemikiran Hipotesis... 6 II. KAJIAN PUSTAKA 2.1 Ikan Mas (Cyprinus Carpio) Morfologi Ikan Mas Biologis Ikan Mas Jenis Ikan Mas Ikan Mas Majalaya Ikan Mas Rajadanu Ikan Mas Subang Grass Carp (Ctenopharyngodon idella) Morfologi Grass Carp Biologi Grass Carp Giant Barb (Catlocarpio siamensis) Morfologi Giant Barb Biologi Giant Barb Deoxyribonucleic Acid (DNA) Polimorfisme DNA Polymerase Chain Reaction (PCR) Komponen PCR Prinsip Kerja PCR Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD-PCR) III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Alat dan Bahan Penelitian Alat-alat Penelitian Bahan-bahan Penelitian Metode Penelitian v

4 3.4 Prosedur Penelitian Pengambilan Sampel Proses Isolasi DNA Perhitungan Konsentrasi DNA Optimasi Primer RAPD-PCR Amplifikasi DNA dengan Metode RAPD-PCR Analisis Produk PCR dengan Elektroforesis Gel Agarose Analisis Data IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Ciri-ciri Fenotip Sampel Ikan Cyprinid Uji Ikan Mas Majalaya Ikan Mas Rajadanu Ikan Mas Subang Grass Carp Giant Barb Isolasi DNA Genom Ikan Cyprinid Uji Amplifikasi DNA dan Analisis Polimorfisme Analisis Kekerabatan Ikan Cyprinid Uji Perbandingan Keakuratan Primer V. KESIMPULAN DAN SARAN 5.1 Kesimpulan Saran DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN RIWAYAT HIDUP vi

5 DAFTAR TABEL Nomor Judul Halaman 1 Urutan Basa Primer yang Digunakan Pengaturan Program RAPD-PCR (Muharam 2012) Hasil Perhitungan Kemurnian DNA Genom Ikan Cyprinid Uji Tabel Polimorfik dan Monomorfik OPA Tabel Polimorfik dan Monomorfik OPA Tabel Polimorfik dan Monomorfik OPA Tabel Polimorfik dan Monomorfik Sampel Ikan Mas (OPA-3) Ciri Khas Fenotip Ikan Cyprinid Uji vii

6 DAFTAR GAMBAR Nomor Judul Halaman 1 Kerangka Pemikiran Ikan Mas Strain Majalaya Ikan Mas Strain Rajadanu Ikan Mas Strain Subang Grass Carp (Ctenopharyngodon idella) Giant Barb (Catlocarpio siamensis) DNA Double Helix Penempelan Primer Pada DNA Template Prinsip Kerja PCR Penempelan Primer RAPD-PCR Pada DNA Template Kemunculan Pita Polimorfik Pada RAPD-PCR Pohon Kekerabatan (Filogeni) Sampel Ikan Mas Majalaya (MJ) Ciri Khas Ikan Mas Majalaya Sampel Ikan Mas Rajadanu (RD) Ciri Khas Ikan Mas Rajadanu Sampel Ikan Mas Subang (SB) Ciri Khas Ikan Mas Subang Sampel Grass Carp (GC) Ciri Khas Grass Carp Sampel Giant Barb (GB) Ciri Khas Giant Barb DNA Genom Ikan Uji Hasil Amplifikasi DNA (OPA-2) Hasil Amplifikasi DNA (OPA-3) Hasil Amplifikasi DNA (OPA-13) Fenogram Ikan Cyprinid Uji (OPA-2) Fenogram Ikan Cyprinid Uji (OPA-3) viii

7 29 Fenogram Ikan Cyprinid Uji (OPA-13) ix

8 DAFTAR LAMPIRAN Nomor Judul Halaman 1 Hasil Amplifikasi DNA Menggunakan Beberapa Jenis Primer OPA Protokol Isolasi DNA Genom Menggunakan Kit Wizard Genomic DNA Purification (Promega) Prosedur Pengukuran Kemurnian DNA Genom dengan Spektrofotometrik Hasil Amplifikasi DNA Sampel Ikan Cyprinid Uji Menggunakan Primer OPA-5 dan OPA Panjang Fragmen DNA (OPA-2) Panjang Fragmen DNA (OPA-3) Panjang Fragmen DNA (OPA-13) Interpretasi Pola Pita DNA (OPA-2) Interpretasi Pola Pita DNA (OPA-3) Interpretasi Pola Pita DNA (OPA-13) Prosedur Analisis Data Menggunakan NTSYS-PC Indeks Koefisien Kesamaan Genetik Simple Matching x