ISOLASI DAN KARAKTERISASI GEN PENYANDI PROTEIN VP-24 WSSV PADA UDANG WINDU (Penaeus monodon) UNTUK PENGEMBANGAN TEKNOLOGI RNAi
|
|
- Widyawati Makmur
- 7 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 593 Prosiding Forum Inovasi Teknologi Akuakultur 2015 ISOLASI DAN KARAKTERISASI GEN PENYANDI PROTEIN VP-24 WSSV PADA UDANG WINDU (Penaeus monodon) UNTUK PENGEMBANGAN TEKNOLOGI RNAi Andi Tenriulo *), Bunga Rante Tampangallo *), Andi Parenrengi *), dan Riani Andang Dewi **) *) Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Payau Jl. Makmur Dg. Sitakka No. 129, Maros 90512, Sulawesi Selatan **) Mahasiswa Jurusan Budidaya Perairan Fakultas Perikanan, Universitas Hasanuddin ABSTRAK Gen penyandi protein struktural VP-24 WSSV merupakan gen yang mengkode salah satu sifat dari protein struktural utama yang berada di lapisan perantara (intermediet) virus. Tujuan dari penelitian ini untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi gen penyandi protein struktural VP-24 WSSV yang diisolasi dari udang windu, Penaeus monodon. Genom DNA WSSV diisolasi dari kaki renang dan kaki jalan udang windu menggunakan kit IQ 2000 dengan metode ekstraksi DTAB-CTAB. Gen tersebut diisolasi dari udang windu yang positif terserang WSSV menggunakan primer VP-24 dan VP24-R dan dilanjutkan dengan sekuensing. Data yang dihasilkan dianalisis menggunakan program Genetyx Versi 7 dan BLAST-N. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen penyandi VP-24 WSSV berhasil diisolasi dari udang windu dengan panjang sekuen sekitar bp. Hasil alignment dengan BLAST-N menunjukkan tingkat similaritas yang identik (99%- 100%) antara gen VP-24 yang diisolasi dengan gen VP-24 yang ada di data base Bank Gen. Dari hasil ini disimpulkan bahwa fragmen DNA hasil amplifikasi PCR tersebut merupakan sekuens gen penyandi protein struktural VP-24 WSSV. Gen ini diyakini mampu mengkode karakter penting penyakit WSSV yang utama yaitu VP-24. KATA KUNCI: isolasi, karakterisasi, gen VP-24, WSSV, udang windu PENDAHULUAN Virus bintik putih atau dikenal sebagai penyakit white spot syndrome virus (WSSV) merupakan salah satu jenis virus penyebab utama berbagai kasus kematian udang yang hingga kini belum dapat diatasi secara tuntas. Salah satu pendekatan yang mulai dikaji untuk meningkatkan resistensi udang windu terhadap virus WSSV adalah teknologi RNAi. RNAi adalah fenomena biologi di dalam sel yang prinsip dasarnya adalah dengan masuknya dsrna ke dalam sitoplasma yang akhirnya akan membungkam ekspresi suatu gen di tingkat pasca transkripsi. Mekanisme RNAi ini juga terjadi secara alami, yaitu dengan adanya mirna (micro RNA) di dalam sel organisme sebagai pengganti dsrna. mirna ini merupakan pengkode gen dan mempunyai fungsi dalam regulasi gen. Mekanisme ini cukup bermanfaat pada tumbuhan dan hewan dalam mengatasi penyakit yang disebabkan oleh gengen mutan, gen-gen letal, maupun penyakit lainnya yang disebabkan oleh virus. Studi tentang transkripsi gen virulen WSSV yang menginfeksi P. monodon telah dilakukan (Zuidema et al., 2004). Ekspresi gen WSSV di bagi dalam dua fase yaitu fase awal (early phase) yang terjadi sebelum DNA virus bereplikasi; 2) fase lanjut (late phase) terjadi ketika inisiasi replikasi DNA virus atau setelahnya. Gen-gen WSSV yang ditranskripsikan pada fase lanjut (late phase) meliputi gen-gen yang menyandi protein struktural utama WSSV yaitu VP-28, VP-26, VP-24, VP-19 dan VP-15. Gen VP 28 telah digunakan sebagai pertahanan diri dari serangan WSSV (Mevicack et al., 2011). Xu et al. (2007) menyatakan bahwa penggunaan VP28 sirna telah menyebabkan penurunan yang signifikan dalam produksi DNA viral dari udang yang terinfeksi WSSV, dan penggunaan VP 28 sirna dapat meningkatkan sintasan sebesar 33% pada udang L. vannamei yang ditantang dengan WSSV (Wu et al., 2007). Beberapa penelitian vaksinasi udang menggunakan agen WSSV sebagai sumber vaksin baru-baru ini telah menunjukkan kemajuan dan memperoleh hasil yang menggembirakan. Xie & Yang (2006) menemukan anti-vp24 IgG yang berasal dari struktural protein permukaan VP24 WSSV, yang mana
2 Isolasi dan karakterisasi gen penyandi protein... (Andi Tenriulo) 594 dapat dijadikan vaksin sebagai pencegah terjadinya penyakit yang disebabkan oleh White spot syndrome virus (WSSV) pada udang windu. Penelitian tersebut membuktikan bahwa pada penyuntikan lobster dengan menggunakan anti-vp24 IgG WSSV yang terlebih dahulu diinkubasi menunjukkan pencegahan awal kematian setelah terjangkit WSSV. Hal ini disebabkan karena senyawa yang disuntikkan di lobster dapat merangsang sistem hostdefence tersebut. Infeksi yang disebabkan WSSV benar-benar ditangguhkan atau dinetralkan oleh VP-24. Gen VP-24 memiliki homologi yang tinggi dengan protein-protein histon oleh karena itu protein ini diperkirakan memiliki peran dalam pengikat DNA WSSV, membentuk poros nukleoprotein (nucleoprotein core) dan berperan dalam infeksi sistemik pada udang, dan dapat menstimulasi munculnya sistem kekebalan pada udang windu (Underwood et al., 2013). Informasi mengenai penggunaan gen VP-24 untuk meningkatkan kekebalan pada udang windu masih sangat kurang, oleh karena itu penelitian mengenai isolasi dan karakterisasi gen penyandi VP-24 WSSV pada udang windu perlu dilakukan sebagai informasi dasar dalam upaya peningkatan resistensi udang windu terhadap penyakit virus WSSV melalui teknologi RNAi. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi gen virulen VP-24 WSSV dari udang windu yang akan digunakan sebagai bahan pengembangan teknologi RNAi. METODE PENELITIAN Deteksi WSSV Sampel udang windu yang sakit dengan bobot berkisar 7-15 g dengan gejala terinfeksi WSSV, seperti berenang di pinggir pematang, sebagian udang mati dan terdapat bintik putih dikarapaksnya, diambil secara aseptik dan dimasukkan ke dalam botol yang telah berisi larutan ethanol 70%. Prosedur identifikasi virus WSSV meliputi ekstraksi DNA genom, amplifikasi dengan menggunakan thermacycler, dan elektroforesis. Ekstraksi DNA genom dan uji PCR untuk mengetahui keberadaan virus WSSV pada udang windu menggunakan kit IQ-2000 WSSV metode DTAB-CTAB (Dodecyl Hexadecyl Trimetgyl Ammonium Bromide - Cationic Hexadecyl Trimetgyl Ammonium Bromide). Untuk mengetahui konsentrasi dan kemurnian DNA udang windu yang diisolasi, DNA genom dianalisis dengan metode spektrofotometer. Sebanyak 7 μl DNA genom dimasukkan ke dalam kuvet kemudian diukur absorbannya pada panjang gelombang (ë) 260 dan 280 nm menggunakan Gen Quant Setelah dilakukan uji PCR, sampel yang positif terinfeksi WSSV selanjutnya digunakan untuk mengisolasi gen VP-24. Isolasi dan Karakterisasi Gen Virulen VP-24 WSSV Isolasi gen VP-24 WSSV dilakukan dengan menggunakan teknik PCR. DNA genom yang telah diisolasi dari udang windu digunakan sebagai cetakan DNA (templat) pada proses PCR. Metode isolasi mengacu pada metode yang dikembangkan oleh Xie and Yang (2006), menggunakan primer forward VP-24 F: 5 - CGCGGATCCGATGCACATGTGGGGGGTTTAC -3 dan VP24-R: 5- CCGGAATTCTTATTTTT CCCCAACCTTAAACAG -3. Amplifikasi fragmen DNA dilakukan pada thermacycler (GeneAmp PCR System 2700, Applied Biosystem). Dalam reaksi amplifikasi digunakan kit PureTaq Ready-To-Go PCR Beads (GE Healtcare). Genom DNA sebagai templat sebanyak 1µL dicampur dengan masing-masing 1 μl primer forward dan reverse, PCR dikondisikan dengan : Pre-denaturasi pada suhu 94 o C selama 3 menit, diikuti 35 siklus (Denaturasi pada suhu 94 o C selama 30 detik, Annealing pada suhu 57 o C selama 30 detik, Ekstensi pada suhu 72 o C selama 1 menit), dan ekstensi akhir pada suhu 72 o C selama 3 menit. Amplikon selanjutnya dipisahkan dengan menggunakan teknik elektroforesis. Untuk melihat keberhasilan amplifikasi fragmen DNA target, 10 μl amplikon dielektroforesis pada gel agarose 2% pada tegangan 50 Volt selama 2 jam dan didokumentasi dengan Gel Documentation System. Berat molekul fragmen DNA ditentukan dengan menggunakan marker 100 bp plus. Gen VP24 WSSV hasil PCR selanjutnya dipurifikasi dengan mengacu pada prosedur manual kit GF-1 Nucleic Acid Extraction (Vivantis). Hasil purifikasi selanjutnya dilakukan penderetan (sekuensing) dengan menggunakan mesin sekuensing otomatis ABI PRISM 310 yang dilakukan di laboratorium First Base di Singapura.
3 595 Prosiding Forum Inovasi Teknologi Akuakultur 2015 Sekuens hasil penderetan dianalisis dengan menggunakan program Genetyx Version 7 (Genetyx Coorporation) untuk mendapatkan sekuens sampel dari sekuens forward dan reverse. Kemiripan (similaritas) DNA gen virulensi WSSV yang dihasilkan disejajarkan (alignment) dengan sekuen DNA gen virulensi WSSV yang telah ada di Bank Gen dengan menggunakan program BLAST-N (Basic Local Alignment Search Tool-Nucleotide). Data hasil analisis disajikan secara deskriptif. HASIL DAN BAHASAN Kemurnian dan Konsentrasi DNA Hasil ekstraksi DNA genom dari udang windu yang telah terinfeksi WSSV menunjukkan analisa secara kuantitatif yaitu tingkat kemurnian DNA udang windu yang terinfeksi WSSV berkisar 1,802-1,844 (Tabel 1). Nilai tersebut menunjukan kemurnian DNA genom yang tinggi karena nilainya berada pada kisaran kemurnian yang tinggi. Linacero et al. (1998) telah melaporkan bahwa tingkat kemurnian DNA genom yang diisolasi sebaiknya berada dalam kisaran 1,8-2,0. Tabel 1. Kemurnian dan konsentrasi DNA udang windu yang terinfeksi WSSV Kode A 260 A 280 Konsentrasi DNA (μg/ml) Kemurnian DNA A260/A280 Sampel 1 0,876 0,475 43,80 1,844 Sampel 2 0,800 0,444 40,00 1,802 Sampel 3 0,519 0,277 25,95 1,874 Salah satu faktor yang mempengaruhi tingkat kemurnian DNA adalah metode ekstraksi yang digunakan. Metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu metode DTAB-CTAB (Dodecyl Hexadecyl Trimetyl Ammonium Bromide - Cationic Hexadecyl Trimetyl Ammonium Bromide). Metode ini mampu menghasilkan kemurnian DNA yang tinggi karena dengan penggunaan buffer CTAB sebagai pengganti nitrogen cair sebanyak 2% yang dapat menghasilkan produk DNA yang berkualitas yang ditunjukan oleh pita DNA genom. Buffer ekstraksi CTAB yang mempunyai fungsi untuk melisiskan membran sel dan membran fosfolipid bilayer. PVP dan mercaptoethanol dalam DTAB akan mereduksi senyawa-senyawa fenolik yang keberadaannya dapat merusak kualitas DNA (Santoso, 2005). Pada infeksi virus WSSV sesaat setelah terjadi infeksi, tahap selanjutnya adalah proses ekspresi gen di dalam tubuh inang. Ekspresi gen WSSV dibagi dalam dua fase yaitu: 1) fase awal (early phase) yang terjadi sebelum DNA virus bereplikasi; 2) fase lanjut (late phase) terjadi ketika inisiasi replikasi DNA virus atau setelahnya. Gen-gen WSSV yang ditranskripsikan pada fase awal meliputi RR1 (ribunuckleotide reductase berukuran besar), RR2 (ribunuckleotide reductase berukuran kecil), PK (Protein Khinase), TK-TMK (thymidine kinase-thymidylate chimeric protein) dan DNA pol (DNA polymerase), sedangkan gen-gen yang ditranskripsi pada fase lanjut meliputi gen-gen yang menyandikan WSSV protein-protein struktural utama WSSV seperti VP-28, VP-26, VP-24, VP-19 dan VP-15. Ekspresi gen-gen yang termasuk M B1 B2 B3 KN KP Gambar 1. Hasil elekroforesis udang windu yang positif terinfeksi WSSV. Ket : M = marker, 1-3 = sampel, KN= kontrol negatif, KP= kontrol positif
4 Isolasi dan karakterisasi gen penyandi protein... (Andi Tenriulo) 596 dalam kelompok early gen teramati sejak 2 jam pasca infeksi WSSV, sedangkan gen-gen dalam kelompok late gen dapat dilihat setelah jam pasca infeksi (Alim, 2010). Amplifikasi gen VP-24 dengan panjang pita DNA antara bp menghasilkan pita tunggal (Gambar 2). Untuk lebih memastikannya, maka dilakukan tahap analisis selanjutnya yakni analisis urutan gen penyandi VP-24 WSSV. Menurut Parenrengi (2010), pemurnian fragmen DNA sangat penting untuk menghindari adanya kontaminasi fragmen DNA yang dapat terinsersi pada saat pembacaan nukleotida (sekuensing). Gambar 2. Visualisasi gen penyandi VP-24 WSSV yang diisolasi dari udang windu yang terinfeksi WSSV. Ket : B1-B3 = sampel M = marker 1 kb.tanda panah menunjukan posisi fragmen target Gen penyandi VP-24 WSSV merupakan salah satu gen yang penting dalam pencegahan penyakit bintik putih pada udang windu, dimana gen ini mampu menonaktifkan gen VP-24 yang berada di dalam WSSV sehingga penyebaran infeksi tidak semakin melebar luas ke sistem tubuh inang P. monodon. Hal itu disebabkan karena gen penyandi VP-24 WSSV merupakan repressor dimana protein ini yang akan menghambat terjadinya inisiasi suatu transkripsi ketika protein itu berikatan dengan sekuen pengontrol (operator) di dalam perkembangan WSSV di inang. Kebanyakan proses transkripsi akan berakhir bila adanya suatu sinyal dari sekuen terminator spesifik yang terdapat pada DNA tersebut atau RNA yang baru ditranskripsi (Underwood et al., 2013). Analisis Urutan Nukleotida Gen Penyandi VP-24 WSSV Alignment sekuens ditunjukkan pada gambar berikut, dimana dari hasil alignment dapat diketahui bagian star codon (inisiasi) yang mengkode metionin pada permulaan (ujung amino) pada semua rantai polipeptida eukariotik yaitu ATG, dan stop kodon TAA yang merupakan bagian dari komplemen primer VP-24 R terletak pada bp (Lampiran 1). Hasil sekuens DNA gen VP-24 WSSV yang diisolasi menunjukkan tingkat kemiripan yang tinggi dengan sekuen gen VP-24 yang ada di Bank Gen. Hasil analis sekuensing sampel VP-24 WSSV menggunakan software GENETYX 7 diketahui memilki panjang fragmen DNA yaitu bp. Analisis kesejajaran lokal (BLAST-N) memperlihatkan isolat gen VP-24 WSSV yang diisolasi memiliki tingkat kesamaan dengan isolat gen yang ada di Bank Gen yaitu 99% - 100% (Tabel 2). Lampiran 2 menunjukkan pohon filogenetik gen penyandi VP24 yang telah diteliti sebelumnya diantaranya China (AY ), South Carolina (AY ), Iran (DQ ), India Tabel 2. Similaritas sekuens gen VP-24 WSSV yang diisolasi dengan sekuen gen VP-24 yang telah ada di Bank Gen (No.Aksesi DQ ) Deskripsi Pemenuhan (query) Similaritas SampelB1 97% 99% SampelB2 96% 100%
5 597 Prosiding Forum Inovasi Teknologi Akuakultur 2015 (DQ ) dan Jepang (AY ). Terlihat bahwa gen VP-24 WSSV dari hasil dari penelitian ini memiliki kemiripan dengan gen VP-24 WSSV dan berkorelasi dengan sekuens yang telah ada. Hasil ini menunjukkan bahwa gen VP-24 WSSV yang diisolasi memiliki kesamaan karakterisasi dengan gen VP-24 WSSV yang telah diteliti sebelumnya. KESIMPULAN 1. Isolasi gen penyandi protein VP-24 WSSV pada udang windu (Penaeus monodon) berhasil dilakukan ditandai dengan keberadaan pita DNA pada bobot molekul sekitar 640 bp. 2. Gen penyandi protein VP-24 WSSV ini memiliki kemiripan 99%-100% dengan sekuen gen VP-24 WSSV yang ada di Bank Gen. DAFTAR ACUAN Alim, S. (2010). Kloning dan Sekuensing Gen Penyandi Protein Permukaan VP19 WSSV Isolat Situbondo. Institut Pertanian Bogor, hlm. 10. Linacero, J., Rueda, Vazquez, A.M. (1998). Quantification of DNA. Pages 18-21, Isaac G, Ingram DS, editor. Molecular Tools for Screening Biodiversity : Plants and Animals. Chapman and Hall. London, Weinheim, New York, Tokyo, Melbourn, Madras. Mavichak, R., Takano, T., Kondo, H., Hirono, I., Wada, S., & Hatai, K. (2010). The effect of liposomecoated recombinant protein VP28 against white spot syndrome virus in kuruma shrimp, Marsupenaeus japonicus, J Fish Dis., 33, Parenrengi, A. (2010). Peningkatan resistensi udang windu Penaeus monodon terhadap penyakit white spot syndrome virus melalui transfer gen Penaeus monodon antiviral. Disertasi Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor, 108 hlm. Santoso, P.J. (2005). Modified CTAB-based DNA isolation procedure for fruit crops. Jurnal Stigma, XIV(1), 1-4. Underwood, D.J., Cowley, J.A., & Johnson, K.N. (2013). Antiviral immunity and protection in penaeid shrimp, Review Article, Versita, Invertebrate Immunity, p Wu, Wenlin, L., Wang, X., & Zhang. Identification of white spot syndrome virus (WSSV) envelope roteins involved in shrimp infection. J of Virology, 332, Witteveldt, J., Cifuentes, C.C., Vlak, J.M., & van Hulten, M.C.W. (2004). Protections of Penaeus monodon against white spot syndrome virus by oral vaccination. J Virology, 78, Xie, X., & Yang, F. (2006). White spot syndrome virus VP24 interacts with VP28 and is involved in virus infection, J. of General Virology, 87, Zuidema, D., van Hulten, M.C.W., Marks, H., Witteveldt, J., & Vlak, J.M. (2004). Virus-Host.Interactions of White Spot Syndrome Virus. Di dalam: Leung KY, editor. Current Trends in the Study of Bacterial and Viral Fish and Shrimp Diseases. Molecular Aspects of Fish and Marine Biology; volume ke-3. Singapore: World Scientific Publishing, p
6 Isolasi dan karakterisasi gen penyandi protein... (Andi Tenriulo) 598 Lampairan 1. Alignment sekuens gen VP-24 WSSV pada sampel udang windu Lampiran 2. Pohon filogenetik gen VP-24 WSSV isolat sampel udang windu
MATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN
III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan November 2007 hingga Juli 2009, bertempat di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik Departemen
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar
Lebih terperinci4. HASIL DAN PEMBAHASAN
29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
ISOLASI TOTAL DNA TUMBUHAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA PHYTOPURE Halaman : 1 dari 5 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan tumbuhan, dapat dari daun, akar, batang,
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
Halaman : 1 dari 5 ISOLASI TOTAL DNA HEWAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan hewan, dapat dari insang, otot, darah atau jaringan
Lebih terperinciKATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis
KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Autentikasi Bahan Baku Ikan Tuna (Thunnus sp.) dalam Rangka Peningkatan Keamanan Pangan dengan Metode Berbasis DNA dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil
Lebih terperinciIsolasi dan Karakterisasi Gen Penyandi Protein Permukaan VP28 White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada Udang Windu (Penaeus monodon Fabricius, 1798)
Isolasi dan Karakterisasi Gen Penyandi Protein Permukaan VP28 White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada Udang Windu (Penaeus monodon Fabricius, 1798) Asmi Citra Malina 1, Andi Aliah Hidayani 1 dan Andi Parenrengi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Lebih terperinciMETODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian
14 METODOLOGI PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Tempat penelitian dilakukan di Laboratorium Unit Pelayanan Mikrobiologi Terpadu, Bagian Mikrobiologi Kesehatan, Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan
Lebih terperinciDAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR...... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... INTISARI... ABSTRACT... PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang...
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Isolasi Promoter -Aktin Ikan Mas Promoter -Aktin dari ikan mas diisolasi dengan menggunakan metode PCR dengan primer yang dibuat berdasarkan data yang ada di Bank Gen. Panjang
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap
BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Preparasi dan Karakteristik Bahan Baku Produk tuna steak dikemas dengan plastik dalam keadaan vakum. Pengemasan dengan bahan pengemas yang cocok sangat bermanfaat untuk mencegah
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei penyakit klorosis dan koleksi sampel tanaman tomat sakit dilakukan di sentra produksi tomat di daerah Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Deteksi
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi Fragmen DNA Penyandi CcGH Mature Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna GH ikan mas telah berhasil diisolasi. Hal ini ditunjukkan dengan adanya pita DNA pada ukuran
Lebih terperinciPRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas
PRAKATA Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas segala nikmat dan karunia-nya, penulisan Tugas Akhir dengan judul Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok
Lebih terperinciDAFTAR ISI DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI Bab Halaman DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... ix x xii I II III PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang... 1 1.2 Identifikasi Masalah... 2 1.3 Tujuan Penelitian... 2 1.4 Kegunaan Penelitian...
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Uji Kuantitas DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan Spektrofotometer Pengujian kualitas DNA udang jari (Metapenaeus
Lebih terperinciTUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA
TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA Oleh: Gregorius Widodo Adhi Prasetyo A2A015009 KEMENTERIAN RISET TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS PERTANIAN PROGRAM
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Deteksi Fabavirus pada Tanaman Nilam Deteksi Fabavirus Melalui Uji Serologi Tanaman nilam dari sampel yang telah dikoleksi dari daerah Cicurug dan Gunung Bunder telah berhasil diuji
Lebih terperinci1 0,53 0,59 2 0,3 0,2 3 0,02 0,02 4 0,04 0,04 5 0,3 0,3 Ilustrasi rangkaian isolasi DNA tersebut dapat dilihat pada Gambar 1 berikut.
PERBANDINGAN BEBERAPA METODE ISOLASI DNA UNTUK PENENTUAN KUALITAS LARUTAN DNA TANAMAN SINGKONG (Manihot esculentum L.) Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai macam
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciGEN PENYANDI VIRAL PROTEIN 15 (VP-15) WHITE SPOT SYNDROME VIRUS (WSSV) DAN APLIKASINYA SEBAGAI VAKSIN REKOMBINAN PADA UDANG WINDU
Tersedia online di: http://ejournal-balitbang.kkp.go.id/index.php/jra GEN PENYANDI VIRAL PROTEIN 15 (VP-15) WHITE SPOT SYNDROME VIRUS (WSSV) DAN APLIKASINYA SEBAGAI VAKSIN REKOMBINAN PADA UDANG WINDU Andi
Lebih terperinciPengujian DNA, Prinsip Umum
Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian berbasis DNA dalam pengujian mutu benih memang saat ini belum diregulasikan sebagai salah satu standar kelulusan benih dalam proses sertifikasi. Dalam ISTA Rules,
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
24 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Hasil 4.1.1 Perhitungan Kepadatan Artemia dan Kutu Air serta Jumlah Koloni Bakteri Sebanyak 1,2 x 10 8 sel bakteri hasil kultur yang membawa konstruksi gen keratin-gfp ditambahkan
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan Metode Isolasi C. gloeosporioides dari Buah Avokad
15 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Balai Besar Karantina Pertanian (BBKP) Tanjung Priok Wilayah Kerja Bogor, mulai bulan Oktober 2011 sampai Februari 2012. Bahan
Lebih terperinciIII. BAHAN DAN METODE
III. BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilakukan di Laboratorium BIORIN (Biotechnology Research Indonesian - The Netherlands) Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi IPB. Penelitian
Lebih terperinciBioinformatika. Aplikasi Bioinformatika dalam Virologi
Bioinformatika Aplikasi Bioinformatika dalam Virologi Contents Klasifikasi virus Penentuan tingkat mutasi Prediksi rekombinasi Prediksi bagian antigen (antigenic sites) yang ada pada permukaan virus. Sebelum
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu
BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi
Lebih terperinciSINTESIS cdna DAN DETEKSI FRAGMEN GEN EF1-a1 PADA BUNGA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.)
SINTESIS cdna DAN DETEKSI FRAGMEN GEN EF1-a1 PADA BUNGA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.) SKRIPSI Diajukan untuk memenuhi salah satu syarat mencapai derajat Sarjana Sains (S.Si) pada Jurusan Biologi
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif
Lebih terperinciII. BAHAN DAN METODE
II. BAHAN DAN METODE 2.1. Waktu dan Lokasi Penelitian Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Agustus sampai September tahun 2011. Sampel ikan berasal dari 3 lokasi yaitu Jawa (Jawa Barat), Sumatera (Jambi),
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar, langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah HVI mtdna
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
28 HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil Sampel udang vaname (L.vannamei) diperoleh dari tambak udang di kabupaten Pesawaran (Lampung Selatan). Sampel udang vaname diambil dari petak tambak yang sama, dengan status
Lebih terperinciI. PENGENALAN NATIONAL CENTRE FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI)
I. PENGENALAN NATIONAL CENTRE FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI) A. PENDAHULUAN NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait
Lebih terperinciKolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria
Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria Ria Maria (G34090088), Achmad Farajallah, Maria Ulfah. 2012. Karakterisasi Single Nucleotide Polymorphism Gen CAST pada Ras Ayam Lokal. Makalah Kolokium
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dipaparkan hasil dari tahap-tahap penelitian yang telah dilakukan. Melalui tahapan tersebut diperoleh urutan nukleotida sampel yang positif diabetes dan sampel
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN IV (ISOLASI RNA DARI TANAMAN) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI RNA DARI TANAMAN TUJUAN Tujuan
Lebih terperinciPengklonan dan pengurutan gen penyandi protein permukaan VP19 WSSV isolat Situbondo
Jurnal Akuakultur Indonesia 10 (2), 154 164 (2011) Pengklonan dan pengurutan gen penyandi protein permukaan VP19 WSSV isolat Situbondo Cloning and sequencing of VP19-encoding gene of white spot syndrome
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
9 BAB III BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2011 sampai dengan Juli 2012. Kegiatan ekstraksi DNA sampai PCR-RFLP dilakukan di laboratorium Analisis
Lebih terperinciIII. HASIL DAN PEMBAHASAN
III. HASIL DAN PEMBAHASAN 3.1 HASIL 3.1.1 Isolasi Vibrio harveyi Sebanyak delapan isolat terpilih dikulturkan pada media TCBS yaitu V-U5, V-U7, V-U8, V-U9, V-U24, V-U27, V-U41NL, dan V-V44. (a) (b) Gambar
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling
16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan berdasarkan haplotipe
Lebih terperinciREGULASI EKSPRESI GEN PADA BAKTERIOFAGE DAN VIRUS
REGULASI EKSPRESI GEN PADA BAKTERIOFAGE DAN VIRUS Fage/virus memanfaatkan perangkat sel inang untuk sintesis DNA/protein Strategi memanfaatkan sel inang mensintesis 4 makromolekul: 1. RNA polimerase baru
Lebih terperinciBAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI
BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI Di dalam Bab XII ini akan dibahas pengertian dan kegunaan teknik Reaksi Polimerisasi Berantai atau Polymerase Chain Reaction (PCR) serta komponen-komponen dan tahapan
Lebih terperinciPOLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Disusun oleh: Hanif Wahyuni (1210411003) Prayoga Wibhawa Nu Tursedhi Dina Putri Salim (1210412032) (1210413031) SEJARAH Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1985
Lebih terperinciIII. MATERI DAN METODE A.
III. MATERI DAN METODE A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September sampai dengan Desember 2015. Proses isolasi DNA, simplex-pcr dan duplex-pcr dilaksanakan di Sub Laboratorium
Lebih terperinciDAFTAR ISI DAFTAR SINGKATAN DAN LAMBANG
DAFTAR ISI ABSTRAK... Error! ABSTRACT... Error! KATA PENGANTAR... Error! DAFTAR ISI... i DAFTAR SINGKATAN DAN LAMBANG... Error! BAB I PENDAHULUAN... Error! 1.1 Latar Belakang... Error! 1.2 Rumusan Masalah...
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. (a)
8 tampak diskor secara manual. Kriteria penskoran berdasarkan muncul tidaknya lokus, lokus yang muncul diberi skor 1 dan yang tidak muncul diberi skor 0. Data biner yang diperoleh selanjutnya diolah menjadi
Lebih terperinciPENGENALAN BIOINFORMATIKA
PS-S1 Jurusan Biologi, FMIPA, UNEJ (2017) PENGENALAN BIOINFORMATIKA Oleh: Syubbanul Wathon, S.Si., M.Si. Pokok Bahasan Sejarah Bioinformatika Istilah-istilah biologi Pangkalan data Tools Bioinformatika
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah D-loop
Lebih terperinciIII. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk
56 III. METODOLOGI PENELITIAN A. Rancangan Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen FNBP1L. B. Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. Iridoviridae yang banyak mendapatkan perhatian karena telah menyebabkan
I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Megalocytivirus merupakan salah satu genus terbaru dalam famili Iridoviridae yang banyak mendapatkan perhatian karena telah menyebabkan kerugian ekonomi serta kerugian
Lebih terperinciTeknik-teknik Dasar Bioteknologi
Teknik-teknik Dasar Bioteknologi Oleh: TIM PENGAMPU Program Studi Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Jember Tujuan Perkuliahan 1. Mahasiswa mengetahui macam-macam teknik dasar yang digunakan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciElektroforesis Hasil Amplifikasi Analisis Segregasi Marka SSR Amplifikasi DNA Kelapa Sawit dengan Primer Mikrosatelit HASIL DAN PEMBAHASAN
11 annealing yang tepat dengan mengatur reaksi pada berbagai suhu dalam satu reaksi sekaligus sehingga lebih efektif dan efisien. Proses optimasi dilakukan menggunakan satu sampel DNA kelapa sawit yaitu
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
Lebih terperinciBAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel
16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. A. Latar Belakang. unggas yang dibudidayakan baik secara tradisional sebagai usaha sampingan
1 I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Peternakan unggas di Indonesia memegang peran penting bagi masyarakat untuk memenuhi kebutuhan protein hewani. Hal ini terlihat dari banyaknya jenis unggas yang dibudidayakan
Lebih terperinciIdentifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella ( )
Identifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella (10.2011.185) Identifikasi gen abnormal Pemeriksaan kromosom DNA rekombinan PCR Kromosom waldeyer Kromonema : pita spiral yang tampak pada kromatid Kromomer : penebalan
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Mycobacterium tuberculosis adalah bakteri patogen penyebab tuberkulosis.
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Mycobacterium tuberculosis adalah bakteri patogen penyebab tuberkulosis. Secara umum penyebaran bakteri ini melalui inhalasi, yaitu udara yang tercemar oleh penderita
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan dari bulan April 2006 sampai dengan bulan April 2007. Penelitian dilakukan di rumah kaca, laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian, sehingga dapat menerangkan arti
Lebih terperinciDeskripsi. IMUNOGLOBULIN YOLK (IgY) ANTI Canine parvovirus MURNI UNTUK TERAPI INFEKSI VIRUS PARVO PADA ANJING
1 I Gst Ayu Agung Suartini(38) FKH - Universitas Udayana E-mail: gaa.suartini@gmail.com Tlf : 081282797188 Deskripsi IMUNOGLOBULIN YOLK (IgY) ANTI Canine parvovirus MURNI UNTUK TERAPI INFEKSI VIRUS PARVO
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Ekstraksi dan Purifikasi DNA Total DNA total yang diperoleh dalam penelitian bersumber dari darah dan bulu. Ekstraksi DNA yang bersumber dari darah dilakukan dengan metode phenolchloroform,
Lebih terperinciDISTRIBUSI WHITE SPOT SYNDROME VIRUS (WSSV) PADA BEBERAPA MAKROORGANISME DI SALURAN PERTAMBAKAN BUDIDAYA UDANG DI KABUPATEN BANYUWANGI DAN PROBOLINGGO
1039 Prosiding Forum Inovasi Teknologi Akuakultur 2014 DISTRIBUSI WHITE SPOT SYNDROME VIRUS (WSSV) PADA BEBERAPA MAKROORGANISME DI SALURAN PERTAMBAKAN BUDIDAYA UDANG DI KABUPATEN BANYUWANGI DAN PROBOLINGGO
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian murni yang dilakukan dengan metode deskriptif, yaitu suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi, gambaran atau lukisan
Lebih terperinciBAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN Pada bab ini akan disajikan hasil dan pembahasan berdasarkan langkah-langkah penelitian yang telah diuraikan dalam bab sebelumnya dalam empat bagian yang meliputi; sampel mtdna,
Lebih terperinciIII. Bahan dan Metode
III. Bahan dan Metode A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan selama 3 bulan dari bulan Mei-Juli 2011 yang dilakukan di LPPT UGM Yogyakarta. B. Bahan Penelitian Sampel yang digunakan
Lebih terperinci3 Metodologi Penelitian
3 Metodologi Penelitian 3.1 Alat Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Penelitian Biokimia, Program Studi Kimia, Institut Teknologi Bandung. Peralatan yang digunakan pada penelitian ini diantaranya
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. 1.1 Latar Belakang. Demam Berdarah Dengue (DBD) merupakan salah satu penyakit infeksi
1 I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Demam Berdarah Dengue (DBD) merupakan salah satu penyakit infeksi yang dalam beberapa tahun ini telah menjadi permasalahan kesehatan di dunia. Penyakit DBD adalah penyakit
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Metode penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran, atau lukisan secara
Lebih terperinciABSTRAK. Analisis Mutasi Gen Pengekspresi Domain B dan C DNA Polimerase HBV Dari Pasien Yang Terinfeksi Dengan Titer Rendah.
ABSTRAK Analisis Mutasi Gen Pengekspresi Domain B dan C DNA Polimerase HBV Dari Pasien Yang Terinfeksi Dengan Titer Rendah. Natalia, 2006 Pembimbing Utama Pembimbing Pendamping : Johan Lucianus, dr., M.Si.
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN bp bp bp
HASIL DAN PEBAHASAN Purifikasi dan Pengujian Produk PCR (Stilbena Sintase) Purifikasi ini menggunakan high pure plasmid isolation kit dari Invitrogen. Percobaan dilakukan sesuai dengan prosedur yang terdapat
Lebih terperinciVII. UJI EKSPRESI GEN TcAP1 (APETALA1 KAKAO) PADA TANAMAN MODEL. Abstrak
VII. UJI EKSPRESI GEN TcAP1 (APETALA1 KAKAO) PADA TANAMAN MODEL Abstrak Pada berbagai spesies termasuk kakao, gen AP1 (APETALA1) diketahui sebagai gen penanda pembungaan yang mengendalikan terbentuknya
Lebih terperinciGambar 1. Visualisasi elektroforesis hasil PCR (kiri) dan Sekuen Gen Hf1-exon 1 Petunia x hybrida cv. Picotee Rose yang berhasil diisolasi.
GTGGCCGGTGATCGG-3 ) dan reverse (5 -CCGATATGAGTCGAGAGGGCC-3 ). Hasil PCR dicek dengan elektroforesis pada agarose 1,5%. Sekuensing gen target dilakukan di 1st Base Malaysia. Hasil sekuensing berupa elektroferogram
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan
30 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan menggunakan primer NA. Primer NA dipilih karena protein neuraminidase,
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and
23 BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jl. Salemba
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian dilakukan selama bulan Januari hingga April 2010 bertempat di Laboratorium Karakteristik Bahan Baku, Departemen Teknologi Hasil Perairan, Fakultas Perikanan
Lebih terperinciYOHANES NOVI KURNIAWAN KONSTRUKSI DAERAH PENGKODE INTERFERON ALFA-2B (IFNα2B) DAN KLONINGNYA PADA Escherichia coli JM109
YOHANES NOVI KURNIAWAN 10702026 KONSTRUKSI DAERAH PENGKODE INTERFERON ALFA-2B (IFNα2B) DAN KLONINGNYA PADA Escherichia coli JM109 Program Studi Sains dan Teknologi Farmasi INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG 2007
Lebih terperinciII. ISOLASI DAN KARAKTERISASI PROMOTER GEN ANTIVIRUS DARI UDANG WINDU Penaeus monodon *)
II. ISOLASI DAN KARAKTERISASI PROMOTER GEN ANTIVIRUS DARI UDANG WINDU Penaeus monodon *) ABSTRAK Promoter adalah sekuen DNA spesifik yang berperan dalam mengendalikan transkripsi gen yang terletak di sebelah
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
Halaman : 1 dari 6 ISOLASITOTAL DNA MANUSIADENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan manusia, dapat dari darah, folikel rambut, mukosa mulut
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Virus Hepatitis B Gibbon Regio Pre-S1 Amplifikasi Virus Hepatitis B Regio Pre-S1 Hasil amplifikasi dari 9 sampel DNA owa jawa yang telah berstatus serologis positif terhadap antigen
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Pengujian Kuantitas dan Kualitas DNA
HASIL DAN PEMBAHASAN Gen sitokrom b digunakan sebagai pembawa kode genetik seperti halnya gen yang terdapat dalam nukleus. Primer tikus yang dikembangkan dari gen sitokrom b, terbukti dapat mengamplifikasi
Lebih terperinci4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel
7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan
Lebih terperinciBIOMA, Juni 2014 ISSN: Vol. 16, No. 1, Hal
BIOMA, Juni 2014 ISSN: 1410-8801 Vol. 16, No. 1, Hal. 18-25 Karakterisasi Genetik Fragmen Gen Penyandi RNA Polimerase Infectious Myonecrosis Virus (IMNV) yang Menginfeksi Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei
Lebih terperinciLAMPIRAN. Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer 1. Pembuatan Larutan Stok a. CTAB 5 % Larutan dibuat dengan melarutkan : - NaCl : 2.0 gr - CTAB : 5.0 gr - Aquades : 100 ml b. Tris HCl
Lebih terperinci1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil. Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan
Lampiran 1. Data dan analisis karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah. 1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus
Lebih terperinci