ISBN
|
|
- Verawati Chandra
- 5 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 ISBN Seminar Nasional Biologi XX dan Kongres PBI XIV UIN Maliki Malang Juli 29 i
2 ISBN HUBUNGAN KEKERABATAN CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) BERDASARKAN KESAMAAN SEKUEN COAT PROTEIN GENE MENGGUNAKAN BIOINFORMATIKA Budi Setiadi Daryono* dan Utari Saraswati* * Laboratorium Genetika, Fakultas Biologi UGM Jl. Teknika Selatan-Sekip Utara, Yogyakarta ( bs_daryono@yahoo.com) ABSTRAK Bioinformatika merupakan salah satu cabang ilmu pengetahuan yang menerapkan teknologi informasi untuk mengolah dan menganalisis data-data biologi berupa sekuen nukleotida, protein maupun database lainnya. Pada penelitian ini, bioinformatika digunakan dalam menganalisis sekuen nukleotida coat protein (cp) gene pada berbagai isolat Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV). CGMMV adalah salah satu virus anggota genus Tobamovirus yang dapat menginfeksi tanaman anggota famili Cucurbitaceae. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan kekerabatan cp gene antara berbagai isolat CGMMV tersebut menggunakan bioinformatika. Penelitian ini menggunakan metode browsing pada GenBank dalam situs National Center for Biotechnology Information (NCBI) dan analisis data menggunakan software BLAST dalam situs DNA Data Bank of Japan (DDBJ), serta Align dan ClustalW dalam situs European Bioinformatics Institute (EBI) secara online. Data biologi yang dianalisis adalah sekuen nukleotida cp gene dari 13 isolat CGMMV dan satu isolat Kyuri green mottle mosaic virus (KGMMV) sebagai outgroup. Hasil analisis data menunjukkan bahwa dua pasang isolat CGMMV, yaitu CGMMV-Zucchini dan CGMMV-China serta CGMMV-LHP dan CGMMV-NS, memiliki indeks similaritas tertinggi (1%). Sedangkan indeks similaritas terendah (9.9%) dimiliki oleh pasangan isolat CGMMV- Rajasthan dan CGMMV-GR5. Berdasarkan indeks similaritas tersebut, diperoleh hubungan kekerabatan antara 13 isolat CGMMV yang dapat dikelompokkan menjadi tiga grup, yaitu grup Asia Timur, Asia Selatan dan Eropa. Kata kunci: bioinformatika, CGMMV, coat protein, hubungan kekerabatan PENGANTAR Bioinformatika adalah suatu cabang ilmu pengetahuan baru yang memanfaatkan kemajuan teknologi informasi dan metode statistik untuk mengolah dan menganalisis sejumlah besar data biologi seperti sekuen DNA, RNA dan protein, struktur protein, profil ekspresi gen dan interaksi protein (Yi-Phing, 25). Perkembangan bioinformatika tidak lepas dari dukungan tiga organisasi besar dunia, yaitu National Center for Biotechnology Information (NCBI), DNA Data Bank of Japan (DDBJ) dan European Molecular Biology Laboratory Nucleotide Sequence Database (EMBL) dari European Bioinformatics Institute (EBI) (Mathura and Kangueane, 29). Kemajuan bioinformatika juga telah berperan dalam mempercepat perkembangan cabang ilmu lain, salah satunya adalah virologi. Salah satunya adalah semakin mudahnya mengidentifikasi dan mengklasifikasikan virus hanya dengan melakukan sequencing terhadap gen-nya (Utama, 23). Pada penelitian ini, kesamaan sekuen coat protein (CP) gene Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV) akan dianalisis. CGMMV merupakan salah satu virus anggota genus Tobamovirus yang mampu menginfeksi tumbuhan anggota famili Cucurbitaceae. Penyebaran CGMMV dapat terjadi secara mekanik melalui kontak antar daun-daunan, penanganan selama penanaman, kontaminasi tanah serta akar yang terinfeksi (Chang et al., 25), ataupun melalui biji (Varveri et al., 22). Virus ini mengandung suatu gen, yaitu coat protein (CP) yang bersifat conserved, sehingga banyak digunakan untuk mengetahui variasi genetik dan hubungan kekerabatan 16 Prosiding Keaneka Ragaman Hayati
3 ISBN virus. Dengan bioinformatika, data-data biologi berupa sekuen nukleotida maupun protein dari CP gene berbagai isolat CGMMV dapat dianalisis. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan kekerabatan CGMMV berdasarkan kesamaan sekuens coat protein gene menggunakan bioinformatika. CARA KERJA Penelitian ini menggunakan metode browsing pada GenBank dalam situs National Center for Biotechnology Information (NCBI) dan analisis data dilakukan dengan menggunakan beberapa software yang diakses secara online, yaitu software BLAST untuk homology search dalam situs DNA Data Bank of Japan (DDBJ), Align untuk mengetahui indeks similaritas dan ClustalW untuk analisis hubungan similaritas dan filogenetik dalam situs European Bioinformatics Institute (EBI), serta TreeView untuk membaca cladogram. Data biologi yang dianalisis adalah sekuen nukleotida dan asam amino CP gene dari 13 isolat CGMMV dan satu isolat Kyuri green mottle mosaic virus (KGMMV) sebagai outgroup. Adapun tahap-tahap analisis data biologi tersebut adalah sebagai berikut: Pencarian nukleotida CP gene CGMMV isolat Zucchini pada GenBank. Nukleotida CP gene CGMMV isolat Zucchini yang digunakan sebagai acuan, dapat dicari pada GenBank dalam situs NCBI ( Sekuen nukleotida dan asam amino yang diperoleh kemudian di-copy ke dalam bentuk word. Pencarian keberadaan dan kemiripan (homology search) CP gene pada virus tertentu (isolat CGMMV yang lain). Homology search dapat diperoleh dari software BLAST dalam situs DDBJ ( Sekuen nukleotida dari GenBank yang sudah di-copy ke word, dianalisis dengan BLAST sehingga diperoleh sejumlah organisme lain yang memiliki kemiripan dengan CP gene CGMMV isolat Zucchini. Selanjutnya, dipilih beberapa organisme yang termasuk isolat CGMMV dengan CP gene yang sudah dideteksi. Dalam penelitian ini, digunakan 13 isolat CGMMV yang akan saling dibandingkan dengan outgroup berupa satu isolat Kyuri green mottle mosaic virus (KGMMV). Hasil homology search tersebut dibuka satu per satu untuk memperoleh data origin berupa sekuen nukleotida dan asam amino. Semua data origin yang akan dianalisis di-copy terlebih dahulu ke dalam bentuk word. Pada setiap data origin diberi nama (strain atau isolat), dimana di depan masing-masing nama tersebut diberi tanda >. Penentuan hubungan similaritas (kemiripan) CP gene berdasarkan sekuen nukleotida. Analisis ini menggunakan software Align dalam situs EBI ( untuk membandingkan antara dua isolat sehingga diperoleh indeks similaritas. Analisis ini dilakukan untuk ketigabelas isolat CGMMV dan satu isolat KGMMV. Penentuan hubungan filogenetik dan cladogram CP gene berdasarkan similaritas yang diperoleh. Analisis hubungan filogenetik dan pencarian cladogram dilakukan dengan software ClustalW dalam situs EBI ( Data origin berupa sekuen nukleotida dari 13 isolat CGMMV dan satu isolat KGMMV yang sudah dalam bentuk word dianalisis dengan ClustalW sehingga diperoleh data berupa score table, sequence alignment serta cladogram. Analisis juga dilakukan untuk data origin berupa sekuen asam Seminar Nasional Biologi XX dan Kongres PBI XIV UIN Maliki Malang Juli 29 17
4 ISBN amino, sehingga dapat dibandingkan hasilnya. Hasil ClustalW berupa cladogram atau pohon filogeni dapat dibaca menggunakan software TreeView. HASIL DAN PEMBAHASAN Indeks similaritas berdasarkan sekuen nukleotida CP gene dari 13 isolat CGMMV dan outgroup Berdasarkan hasil analisis Align, diperoleh indeks similaritas sekuen nukleotida CP gene antara 13 isolat CGMMV dan outgroup (satu isolat KGMMV) yang disajikan dalam Tabel 1. Mengacu pada tabel tersebut, diketahui bahwa dua pasang isolat CGMMV memiliki nilai indeks similaritas tertinggi sebesar 1%, yaitu CGMMV-Zucchini dan CGMMV-China serta CGMMV-LHP dan CGMMV-NS. Hal ini menunjukkan bahwa kedua pasang isolat tersebut masing-masing memiliki sekuen nukleotida yang sama. Sedangkan indeks similaritas terendah antara 13 isolat CGMMV adalah 9.9%, yaitu antara CGMMV-Rajasthan dan CGMMV-GR5. Berdasarkan wilayah asalnya, kedua isolat tersebut berasal dari negara yang berbeda dan cukup jauh, yaitu India (CGMMV- Rajasthan) dan Yunani (CGMMV-GR5). Indeks similaritas dari 13 isolat CGMMV ini dapat dikelompokkan menjadi dua grup, yaitu grup I dan grup II. Grup I terdiri dari isolat-isolat CGMMV dengan indeks similaritas antara %, sedangkan grup II terdiri dari isolat-isolat CGMMV dengan indeks similaritas antara 9.9 %. Tabel 1. Hubungan similaritas sekuen nukleotida CP gene antara 13 isolat CGMMV dengan outgroup. Keterangan: IS : Indeks Similaritas (%) 1 : CGMMV-Zucchini 8 : CGMMV-GR7 2 : CGMMV-China 9 : CGMMV-Rajasthan 3 : CGMMV-LHP 1 : CGMMV-Bangalore 4 : CGMMV-NS 11 : CGMMV-MC-1 5 : CGMMV-Korea 12 : CGMMV-GR3 6 : CGMMV-Bottlegourd 13 : CGMMV-GR5 7 : CGMMV-AL1 14 : KGMMV-YM (outgroup) IS Prosiding Keaneka Ragaman Hayati
5 ISBN Group I ( %) Group II (9.9 %) Out group Alignment sekuen CP gene dari 13 isolat CGMMV dan outgroup Hasil analisis data dengan ClustalW berupa alignment sekuen CP gene menunjukkan adanya sekuen yang berbeda antara isolat yang satu dengan isolat lainnya, sehingga dapat diketahui terjadinya mutasi pada isolat yang dianalisis. Pada alignment sekuen nukleotida dalam Gambar 1 menunjukkan terjadinya mutasi dalam bentuk substitusi (1), insersi (2) dan delesi (3). Sedangkan Gambar 2 memperlihatkan terjadinya substitusi (1) pada potongan alignment sekuen asam amino. Pada alignment sekuen nukleotida ketigabelas isolat CGMMV, sebagian besar mutasi yang terjadi berupa substistusi, sedangkan insersi dan delesi hanya terjadi satu kali. Untuk alignment sekuen asam amino ketigabelas isolat CGMMV, mutasi dalam bentuk insersi dan delesi sama sekali tidak terjadi. Hubungan filogenetik dan cladogram berdasarkan similaritas sekuen CP gene dari 13 isolat CGMMV dan outgroup Cladogram berdasarkan sekuen nukleotida tidak berbeda dengan cladogram berdasarkan sekuen asam amino. Berdasarkan Gambar 3, cladogram nukleotida mengelompokkan 13 isolat CGMMV ke dalam tiga grup, yaitu grup Asia Timur yang terdiri dari lima isolat, yaitu CGMMV-Zucchini, CGMMV-China, CGMMV-Korea, CGMMV-LHP dan CGMMV-NS; grup Asia Selatan yang terdiri dari lima isolat, yaitu CGMMV-Bottlegourd, CGMMV-Rajasthan, CGMMV-AL1, CGMMV-GR7 dan CGMMV-Bangalore; serta grup Eropa yang terdiri dari tiga isolat, yaitu CGMMV-GR3, CGMMV-GR5 dan CGMMV-MC-1. Sedangkan berdasarkan Gambar 4, cladogram asam amino mengelompokkan 13 isolat CGMMV ke dalam dua grup, yaitu grup Asia yang terdiri dari delapan isolat, yaitu CGMMV-Zucchini, CGMMV-China, CGMMV-LHP, CGMMV-NS, CGMMV-Korea, CGMMV-Bottlegourd, CGMMV-AL1 dan CGMMV- Bangalore; dan grup Eropa yang terdiri dari empat isolat, yaitu CGMMV-MC 1, CGMMV-GR3, CGMMV-GR5 dan CGMMV-GR7. Pada cladogram berdasarkan asam amino, satu isolat CGMMV yaitu CGMMV- Rajasthan memisahkan diri dari kedua grup tersebut. Kemungkinan isolat tersebut telah mengalami mutasi yang cukup kompleks sehingga karakteristiknya menjadi jauh berbeda dengan isolat-isolat grup asalnya. Berdasarkan Gambar 2, CGMMV-Rajasthan mengalami mutasi yang terjadi pada sekuen asam amino ke-87 dan ke-113. Pada sekuen asam amino ke-87, terjadi substitusi asam amino yang seharusnya serin (TCC) menjadi prolin (CCC). Sedangkan mutasi yang terjadi pada sekuen asam amino ke-113 merupakan substitusi asam amino dari lisin (AAG) menjadi asam glutamat (GAG). Seminar Nasional Biologi XX dan Kongres PBI XIV UIN Maliki Malang Juli 29 19
6 ISBN Gambar 3. Cladogram CGMMV berdasarkan sekuen nukleotida. Gambar 4. Cladogram CGMMV berdasarkan sekuen asam amino. Cladogram tersebut juga menunjukkan terjadinya pemisahan antara isolat-isolat CGMMV dengan KGMMV sebagai outgroup. Hal ini berarti bahwa kedua spesies virus tersebut memiliki karakteristik yang berbeda meskipun masih termasuk dalam satu genus. Karakteristik KGMMV hampir sama dengan CGMMV, baik struktur partikel virus maupun gejala (symptoms) yang ditimbulkannya. Menurut Daryono et al. (26), struktur partikel KGMMV juga berbentuk rod-shaped seperti CGMMV, tetapi ukurannya sedikit berbeda. Sedangkan gejala yang ditimbulkan KGMMV bersifat sistemik pada tumbuhan, yaitu berupa klorotik, mosaik, mottle dan perubahan bentuk pada daun, pertumbuhan yang terhambat, serta bercak basah pada permukaan buah (Daryono et al., 25). Berdasarkan cladogram tersebut juga dapat dilihat beberapa isolat memiliki hubungan kekerabatan yang sangat dekat, yaitu antara CGMMV-Zucchini dan CGMMV-China 11 Prosiding Keaneka Ragaman Hayati
7 ISBN serta antara CGMMV-LHP dan CGMMV-NS. Pada umumnya, isolat yang memiliki kedekatan hubungan kekerabatan ini merupakan isolat-isolat yang berasal dari cakupan wilayah geografis yang sama. KESIMPULAN Hasil analisis data menunjukkan bahwa dua pasang isolat CGMMV, yaitu CGMMV-Zucchini dan CGMMV-China serta CGMMV-LHP dan CGMMV-NS, memiliki indeks similaritas tertinggi (1%). Sedangkan indeks similaritas terendah (9.9%) dimiliki oleh pasangan isolat CGMMV-Rajasthan dan CGMMV-GR5. Berdasarkan indeks similaritas tersebut, diperoleh hubungan kekerabatan antara 13 isolat CGMMV yang dapat dikelompokkan menjadi tiga grup, yaitu grup Asia Timur, Asia Selatan dan Eropa. DAFTAR PUSTAKA Chang, K. S., K. S. Han, H. L. Jung, W. B. Dong, K. K. Dong and K. K. Hee. 25. Isolation and Characterization of Watermelon Isolate of Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV-HY1) from Watermelon Plants with Severe Mottle Mosaic Symptoms. Plant Pathology Journal, 21(2): Daryono, B.S., S. Somowiyarjo and K. T. Natsuaki. 25. Biological and Molecular Characterization of Melon-Infecting Kyuri green mottle mosaic virus in Indonesia. J. Phytopathology 153 (1): Daryono, B.S., S. Somowiyarjo and K. T. Natsuaki. 26. Biological Characterization and Complete Nucleotide Sequence of Coat Protein Gene of Kyuri green mottle mosaic virus Isolated from Angled Loofah in Indonesia. Jour. Agri. Sci., Tokyo Univ. of Agric., 51 (1): Mathura, V. S. and P. Kangueane. 29. Bioinformatics A Concept-Based Introduction: Biological Sequence Databases. Springer Science & Business Media. Verlag- Berlin-Heidelberg, pp: Utama, A. 23. Aplikasi Bioinformatika dalam Virologi. Artikel Populer IlmuKomputer.Com. Diakses pada tanggal 5 Mei 29. Varveri, C., N. Vassilakos and F. Bem. 22. Characterization and Detection of Cucumber Green Mottle Mosaic Virus in Greece. Phytoparasitica, 3(5): 1-8. Yi-Ping, P. C. 25. Bioinformatics Technologies: Introduction to Bioinformatics. Springer Science & Business Media. Verlag-Berlin-Heidelberg, pp: 1-5. Seminar Nasional Biologi XX dan Kongres PBI XIV UIN Maliki Malang Juli
HASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Deteksi Fabavirus pada Tanaman Nilam Deteksi Fabavirus Melalui Uji Serologi Tanaman nilam dari sampel yang telah dikoleksi dari daerah Cicurug dan Gunung Bunder telah berhasil diuji
Lebih terperinciBioinformatika. Aplikasi Bioinformatika dalam Virologi
Bioinformatika Aplikasi Bioinformatika dalam Virologi Contents Klasifikasi virus Penentuan tingkat mutasi Prediksi rekombinasi Prediksi bagian antigen (antigenic sites) yang ada pada permukaan virus. Sebelum
Lebih terperinciJurnal Pengabdian pada Masyarakat No. 52 Tahun 2011, ISSN:
55 PELATIHAN PENGGUNAAN GEN BANK NCBI (National Center for Biotechnology Information) DAN PROGRAM MEGA 4.0 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 4.0) UNTUK PENELITIAN DAN PENINGKATAN PEMBELAJARAN
Lebih terperinciI. PENGENALAN NATIONAL CENTRE FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI)
I. PENGENALAN NATIONAL CENTRE FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI) A. PENDAHULUAN NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Kisaran Inang Potyvirus Isolat Nilam Bogor Tanaman nilam sakit banyak terdapat di daerah Bogor yang memperlihatkan gejala mosaik dengan ciri-ciri hampir sama dengan yang pernah diutarakan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Virus Hepatitis B Gibbon Regio Pre-S1 Amplifikasi Virus Hepatitis B Regio Pre-S1 Hasil amplifikasi dari 9 sampel DNA owa jawa yang telah berstatus serologis positif terhadap antigen
Lebih terperinci2015 ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN GURAME
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Indonesia merupakan salah satu negara mega biodiversity di dunia yang memiliki kekayaan ekosistem beragam, salah satunya adalah ekosistem perairan air tawar yang memiliki
Lebih terperinciPENGENALAN BIOINFORMATIKA
PS-S1 Jurusan Biologi, FMIPA, UNEJ (2017) PENGENALAN BIOINFORMATIKA Oleh: Syubbanul Wathon, S.Si., M.Si. Pokok Bahasan Sejarah Bioinformatika Istilah-istilah biologi Pangkalan data Tools Bioinformatika
Lebih terperinciDYNAMMIC PROGRAMMING DALAM MENENTUKAN ARTI URUTAN UNTAIAN GEN
DYNAMMIC PROGRAMMING DALAM MENENTUKAN ARTI URUTAN UNTAIAN GEN David Soendoro Program Studi Teknik Informatika, Sekolah Teknik Elektro dan Informatika, Institut Teknologi Bandung Alamat: Jalan Ganeca No.
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif
Lebih terperinciIDENTIFIKASI SPESIES POTYVIRUS PENYEBAB PENYAKIT MOSAIK PADA TANAMAN CABAI (Capsicum frutescens L.) MELALUI SIKUEN NUKLEOTIDA GEN Coat Protein
IDENTIFIKASI SPESIES POTYVIRUS PENYEBAB PENYAKIT MOSAIK PADA TANAMAN CABAI (Capsicum frutescens L.) MELALUI SIKUEN NUKLEOTIDA GEN Coat Protein I Gede Rian Pramarta 1, I Gede Rai Maya Temaja 1*), I Dewa
Lebih terperinciAndi Utama Pendahuluan
Aplikasi Bioinformatika dalam Virologi Andi Utama andi@nih.go.jp Lisensi Dokumen: Seluruh dokumen di IlmuKomputer.Com dapat digunakan, dimodifikasi dan disebarkan secara bebas untuk tujuan bukan komersial
Lebih terperinciBAB II LANDASAN TEORI
BAB II LANDASAN TEORI Pada bagian ini akan diuraikan teori-teori dasar yang dijadikan sebagai landasan dalam penulisan tugas akhir ini. 2.1 Ilmu Bioinformatika Bioinformatika merupakan kajian yang mengkombinasikan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
13 BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah pengumpulan sampel data urutan nukleotida daerah Hipervariabel I (HVI) DNA mitokondria (mtdna)
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. Iridoviridae yang banyak mendapatkan perhatian karena telah menyebabkan
I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Megalocytivirus merupakan salah satu genus terbaru dalam famili Iridoviridae yang banyak mendapatkan perhatian karena telah menyebabkan kerugian ekonomi serta kerugian
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. 1.1 Latar Belakang Kacang panjang (Vigna sinensis L.) merupakan salah satu sayuran yang
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Kacang panjang (Vigna sinensis L.) merupakan salah satu sayuran yang sering ditemui di pasar tradisional dan merupakan komoditas yang dapat dikembangkan untuk perbaikan
Lebih terperinciMETODE DESAIN VAKSIN (PENDEKATAN BIOINFORMATIKA)
METODE DESAIN VAKSIN (PENDEKATAN BIOINFORMATIKA) Bioinformatika merupakan suatu metode yang memadukan antara teknologi komputasi dengan biologi molekuler yang memungkinkan kita untuk melakukan sebuah simulasi
Lebih terperinciDIAGRAM FILOGENIK HASIL SEKUENS BASA DNA MENGGUNAKAN PROGRAM MEGA-7 (MOLECULAR EVOLUTIONARY GENETICS ANALYSIS)
DIAGRAM FILOGENIK HASIL SEKUENS BASA DNA MENGGUNAKAN PROGRAM MEGA-7 (MOLECULAR EVOLUTIONARY GENETICS ANALYSIS) Harumi Yuniarti* ), Bambang Cholis S* ), Astri Rinanti** ) *) Jurusan Teknik Industri, Fakultas
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. ditentukan upaya yang efektif untuk mengatasi virus tersebut.
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Pengenalan pola dengan penjajaran sekuen telah menjadi pokok permasalahan sendiri dalam bidang bioinformatika. Jerald dan Nair (2012) menggunakan teknik penjajaran
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Indonesia merupakan negara tropis dengan keanekaragaman hayati sangat
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Indonesia merupakan negara tropis dengan keanekaragaman hayati sangat tinggi (megabiodiversity) termasuk di dalamnya tanaman obat. Banyak tanaman yang dipercaya masyarakat
Lebih terperinciV. HASIL DAN PEMBAHASAN
V. HASIL DAN PEMBAHASAN 5.1. Hasil 5.1.1. Deteksi Gen Target E6 HPV 18 Penelitian ini dilakukan dalam rangka mengidentifikasi variasi molekuler (polimorfisme) gen E6 HPV 18 yang meliputi variasi urutan
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Penggunaan mikroorganisme antagonis sebagai agen pengendali hayati
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penggunaan mikroorganisme antagonis sebagai agen pengendali hayati memberikan harapan baru untuk pengendalian hama pertanian terutama fungi yang bersifat patogen. Secara
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Langkah-langkah yang dilakukan pada penelitian ini adalah :
BAB III METODOLOGI PENELITIAN Langkah-langkah yang dilakukan pada penelitian ini adalah : pengumpulan sampel data urutan nukleotida daerah Hipervariabel II (HVII) DNA mitokondria (mtdna) pada penderita
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. wanita di dunia. Berdasarkan data dari WHO/ICOInformation Centre on. jumlah kasus sebanyak kasus dan jumlah kematian sebanyak
1 I. PENDAHULUAN 1.1. Latar belakang Kanker serviks merupakan kanker yang paling sering menyerang wanita di dunia. Berdasarkan data dari WHO/ICOInformation Centre on HPV and Cancer, kanker serviks menempati
Lebih terperinciKATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis
KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens
Lebih terperinci7 KARAKTER MOLEKULER Chili veinal mottle virus ISOLAT LEMAH (Molecular Characterization of Weak Isolates of Chili veinal mottle virus)
55 7 AKTER MOLEKULER Chili veinal mottle virus ISOLAT LEMAH (Molecular Characterization of Weak Isolates of Chili veinal mottle virus) Abstrak Pre-imunisasi dengan isolat-isolat lemah Chili veinal mottle
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. menimbulkan wabah dan menyebabkan kematian. Dalam kurun waktu 50 tahun
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Infeksi virus dengue merupakan salah satu penyakit menular yang sering menimbulkan wabah dan menyebabkan kematian. Dalam kurun waktu 50 tahun kasus dengue di dunia meningkat
Lebih terperinciBAB IV MEMBANGUN POHON FILOGENETIK. 4.1 Membangun Pohon Filogenetik Menggunakan Aljabar Hipergraf
BAB IV MEMBANGUN POHON FILOGENETIK 4.1 Membangun Pohon Filogenetik Menggunakan Aljabar Hipergraf Langkah-langkah membangun pohon filogenetik dengan menggunakan Aljabar Hipergraf, berdasarkan jaringan metabolik
Lebih terperinciKOMPARASI SEKUENS DNA PADA VIRUS H5N1 PADA HOST MANUSIA DAN BURUNG MENGGUNAKAN METODE DIAGRAM POHON
KOMPARASI SEKUENS DNA PADA VIRUS H5N1 PADA HOST MANUSIA DAN BURUNG MENGGUNAKAN METODE DIAGRAM POHON DOSEN PEMBIMBING Prof. Dr. M. Isa Irawan, MT DR. rer. nat. Ir. Maya Shovitri, M.Si SITI FAUZIYAH NRP.1209201716
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. A. Latar Belakang Indonesia menjadi produsen kakao terbesar ke-2 di dunia dengan produksi
I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Kakao (Theobroma cacao L.) merupakan salah satu komoditas andalan perkebunan yang berperan penting dalam perekonomian Indonesia. Pada tahun 2010 Indonesia menjadi produsen
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. eks-karesidenan Surakarta (Sragen, Boyolali, Karanganyar, Sukoharjo) (Prihatman,
1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Tanaman Melon (Cucumis melo L.) merupakan tanaman dari famili Cucurbitaceae yang banyak dikonsumsi bagian daging buahnya. Konsumsi buah melon cukup tinggi karena kandungan
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
15 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Analisis DNA 4.1.1 Ekstraksi DNA Ekstraksi DNA merupakan langkah awal dalam analisis molekuler. Masalah-masalah yang timbul dalam ekstraksi DNA merupakan hal yang penting
Lebih terperinciAndi Utama andi@nih.go.jp. Pendahuluan
Peranan Bioinformatika Dalam Dunia Kedokteran Andi Utama andi@nih.go.jp Lisensi Dokumen: Seluruh dokumen di IlmuKomputer.Com dapat digunakan, dimodifikasi dan disebarkan secara bebas untuk tujuan bukan
Lebih terperinciPENENTUAN SPESIES BAKTERI PSEUDOMONAS DAN ANALISIS PHYLOGENETIC TREE SECARA BIOINFORMATIKA
PENENTUAN SPESIES BAKTERI PSEUDOMONAS DAN ANALISIS PHYLOGENETIC TREE SECARA BIOINFORMATIKA (Determination of Pseudomonas Bacteria Species and Analysis of Phylogenetic Tree using Bioinformatics Method)
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. yang tersebar di wilayah tropis dan subtropis. Dalam skala internasional, pisang
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Tanaman pisang (Musa spp.) merupakan tanaman monokotil berupa herba yang tersebar di wilayah tropis dan subtropis. Dalam skala internasional, pisang menduduki posisi
Lebih terperinciABSTRAK. Kata kunci: DNA, bioinformatika, sekuens, Needleman-Wunsch, Lempel-Ziv, algoritma pensejajaran DNA, frase sempurna
ABSTRAK Ilmu Bioinformatika meneliti tentang perubahan yang dialami oleh DNA, serta membantu memberikan tanda terhadap mutasi genetika yang terjadi. Untuk membandingkan sekuens DNA dan mencari tahu bagaimana
Lebih terperinci3. Persempit pencarian anda hanya untuk gen terkait MDR pada M.tuberculosis dengan cara:
2A. ANALISIS DNA SEQUENCE I.DNA sequence database searching 1. Arahkan browser anda ke www.ncbi.nlm.nih.gov 2. Pada menu "Search", ganti "All Databases" menjadi "Nucleotide", masukkan keyword "Mycobacterium
Lebih terperinciSequence Alignment Menggunakan Algoritma Smith Waterman 1
Sequence Menggunakan Algoritma Smith Waterman 1 1 Inte Christinawati Bu ulölö, 2 Nopelina Simamora, 3 Sabar Tampubolon, 4 Allan Pinem Politeknik Informatika Del Jl. Sisingamangaraja, Sitoluama Kabupaten
Lebih terperinciDESAIN PRIMER. LAPORAN PRAKTIKUM disusun untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Biologi Molekuler. oleh : Riani Ulfah
DESAIN PRIMER LAPORAN PRAKTIKUM disusun untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Biologi Molekuler oleh : Dhaifan Diza A 1303790 Anisa Suci S 1300904 Novia Rahayu A 1302152 Riani Ulfah 1300952 Shabrina
Lebih terperinciIDENTIFIKASI SPESIES POTYVIRUS
TESIS IDENTIFIKASI SPESIES POTYVIRUS YANG BERASOSIASI DENGAN PENYAKIT MOSAIK PADA TANAMAN KACANG PANJANG (Vignasinensis L.) BERDASARKAN SEKUEN NUKLEOTIDA I WAYAN SUKADA PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS
Lebih terperinciKARYA ILMIAH BIOINFORMATIKA MENJELMA MENJADI BISNIS BESAR
KARYA ILMIAH BIOINFORMATIKA MENJELMA MENJADI BISNIS BESAR Oleh: Nama : Novandy Pradana Nim : 10.11.3656 STIMIK AMIKOM YOGYAKARTA 2011 ABSTRAK Ledakan informasi dari kemajuan bioteknologi seperti data sekuen
Lebih terperinci1) Fakultas Biologi, Universitas Gadjah Mada Jln. Teknika Selatan, Sekip Utara, Sleman, Yogyakarta 55281
Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia, Vol. 20, No. 2, 2016: 59 64 PEWARISAN KETAHANAN MELON (Cucumis melo L.) KULTIVAR MELODI GAMA 3 TERHADAP Kyuri green mottle mosaic virus RESISTANCE S INHERITANCE TO
Lebih terperinciDAFTAR ISI. Halaman ABSTRAK... i ABSTRACT... ii DAFTAR ISI... iii DAFTAR GAMBAR... vi DAFTAR TABEL... vii DAFTAR LAMPIRAN... viii
DAFTAR ISI ABSTRAK... i ABSTRACT... ii DAFTAR ISI... iii DAFTAR GAMBAR... vi DAFTAR TABEL... vii DAFTAR LAMPIRAN... viii BAB I PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang Penelitian... 1 B. Rumusan Masalah Penelitian...
Lebih terperinciSeed Transmission Efficiency of Squash mosaic virus on Cucurbitaceae
ISSN: 0215-7950 Volume 10, Nomor 3, Juni 2014 Halaman 81 86 DOI: 10.14692/jfi.10.3.81 Efisiensi Tular Benih Squash mosaic virus pada Cucurbitaceae Seed Transmission Efficiency of Squash mosaic virus on
Lebih terperinciPenerapan Model Markov Tersembunyi untuk Mengetahui Persentase Kecocokan dari Deoxyribonucleic Acid pada Pohon Filogenetik Ursidae (Beruang)
Statistika, Vol. 15 No. 2, 73 86 November 2015 Penerapan Model Markov Tersembunyi untuk Mengetahui Persentase Kecocokan dari Deoxyribonucleic Acid pada Pohon Filogenetik Ursidae (Beruang) Rini Cahyandari
Lebih terperinciIdentifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Identifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information) Identifikasi bakteri pada saat ini masih dilakukan secara konvensional melalui studi morfologi dan
Lebih terperinciPENELUSURAN PANG KALAN DATA TEKS BIDANG BIOLOGI
ezlrtikel PENELUSURAN PANG KALAN DATA TEKS BIDANG BIOLOGI Siti Elly Faisholyah S«d 8'~ 'D~ 44«'l~ g'~ fla44 44«'l~ '7'«4t fla119 g'~.f!'jp'j Siti Elly Faisholyah (Penelusuran pangkalan data teks bidang
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER
LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER PENGENALAN SITUS BIOINFORMATIKA NCBI DAN PENGGUNAANNYA DALAM MEMAHAMI PROSES EKSPRESI GEN Oleh: Nabila Fatin Aisiah M0614026 S1 Farmasi 2014 Fakultas Matematika dan
Lebih terperinciPEMBAHASAN Variasi Gen COI dan Gen COII S. incertulas di Jawa dan Bali
41 PEMBAHASAN Variasi Gen COI dan Gen COII S. incertulas di Jawa dan Bali Sekuen individu S. incertulas untuk masing-masing gen COI dan gen COII dapat dikelompokkan menjadi haplotipe umum dan haplotipe-haplotipe
Lebih terperinciIDENTIFIKASI SPESIES BEGOMOVIRUS
TESIS IDENTIFIKASI SPESIES BEGOMOVIRUS YANG BERASOSIASI DENGAN PENYAKIT KUNING PADA TANAMAN KACANG PANJANG (Vigna sinensis L.) BERDASARKAN SEKUEN GEN TRAP DAN REP I GEDE PUTU DARMAWAN PROGRAM PASCASARJANA
Lebih terperinciBAB II Tinjauan Pustaka
BAB II Tinjauan Pustaka Pada bab ini dipaparkan penjelasan singkat mengenai beberapa hal yang berkaitan dengan penelitian ini, yaitu mengenai DNA mitokondria manusia, basis data GenBank, basis data MITOMAP,
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN VI (BIOINFORMATIKA) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 BIOINFORMATIKA TUJUAN Tujuan praktikum ini
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. dengan gejala saraf yang progresif dan hampir selalu berakhir dengan kematian. Korban
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Rabies merupakan penyakit hewan menular yang bersifat zoonosis. Kasus rabies sangat ditakuti dikalangan masyarakat, karena mengakibatkan penderitaan yang berat dengan
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Melon (Cucumis melo L.) merupakan salah satu tanaman hortikultura yang
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Melon (Cucumis melo L.) merupakan salah satu tanaman hortikultura yang telah banyak dikonsumsi oleh masyarakat Indonesia. Melon termasuk familia Cucurbitaceae yang menjadi
Lebih terperincissssssss 753 Ulin Nuha 1, Mohamad Amin 2, Umie Lestari Pascasarjana Universitas Negeri Malang, Jl. Semarang No. 5, Malang
ANALISIS KEBUTUHAN BUKU AJAR BERBASIS PENELITIAN MATERI FILOGENETIK MOLEKULER UNTUK MAHASISWA S1 PENDIDIKAN BIOLOGI UNIVERSITAS JEMBER BERDASARKAN MODEL PENGEMBANGAN ADDIE Ulin Nuha 1, Mohamad Amin 2,
Lebih terperinciGambar 1. Visualisasi elektroforesis hasil PCR (kiri) dan Sekuen Gen Hf1-exon 1 Petunia x hybrida cv. Picotee Rose yang berhasil diisolasi.
GTGGCCGGTGATCGG-3 ) dan reverse (5 -CCGATATGAGTCGAGAGGGCC-3 ). Hasil PCR dicek dengan elektroforesis pada agarose 1,5%. Sekuensing gen target dilakukan di 1st Base Malaysia. Hasil sekuensing berupa elektroferogram
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. akan terus mengalami kenaikan rata-rata 3.3% pertahun dengan quantitas dan
BAB I PENDAHULUAN 1.1 LATAR BELAKANG Berdasarkan skala global, pasar enzim dunia adalah pasar yang sangat berprospek cerah. Pemasaran enzim dunia di beberapa 3 tahun terakhir diperkirakan telah mencapai
Lebih terperinciANALISIS SEQUENCE DNA VIRUS H1N1 MENGGUNAKAN METODE SUPER PAIRWISE ALIGNMENT
ANALISIS SEQUENCE DNA VIRUS H1N1 MENGGUNAKAN METODE SUPER PAIRWISE ALIGNMENT Oleh : Alfi Yusrotis Zakiyyah NRP : 1209201010 Pembimbing : Prof. Dr. M. Isa Irawan, MT Dr. rer. nat. Ir. Maya Shovitri, M.Si
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. menjelaskan bahwa DNA Barcode dapat memberikan kontribusi yang kuat. untuk penelitian taksonomi dan keanekaragaman hayati.
1 I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Kajian molekuler DNA Barcode dapat memberi banyak informasi diantaranya mengenai penataan genetik populasi, hubungan kekerabatan dan penyebab hilangnya keanekaragaman
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. secara luas. Selain memiliki peran yang sangat penting dalam bidang ekologi,
1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Euphorbiaceae merupakan salah satu famili tumbuhan yang terdistribusi secara luas. Selain memiliki peran yang sangat penting dalam bidang ekologi, Euphorbiaceae pun
Lebih terperinciBIOINFORMATIKA. Apa Itu Bioinformatika?
BIOINFORMATIKA Apa Itu Bioinformatika? Secara definisi, bioinformatika adalah ilmu yang mengaplikasikan teknologi informatika yaitu teknologi komputasi dan komunikasi terutama internet pada ilmu biologi.
Lebih terperinciDeteksi dan Identifikasi Virus pada Umbi Bawang Merah. Detection and Identification of Plant Viruses on Shallot
ISSN: 23392479 Volume 9, Nomor 2, April 2013 Halaman 47 52 DOI: 10.14692/jfi.9.2.47 Deteksi dan Identifikasi Virus pada Umbi Bawang Merah Detection and Identification of Plant Viruses on Shallot Arif Kurniawan
Lebih terperinciDr. Dwi Suryanto Prof. Dr. Erman Munir Nunuk Priyani, M.Sc.
BIO210 Mikrobiologi Dr. Dwi Suryanto Prof. Dr. Erman Munir Nunuk Priyani, M.Sc. Kuliah 10. GENETIKA MIKROBA Genetika Kajian tentang hereditas: 1. Pemindahan/pewarisan sifat dari orang tua ke anak. 2. Ekspresi
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Daerah D-loop M B1 B2 B3 M1 M2 P1 P2 (-)
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Daerah D-loop Amplifikasi daerah D-loop DNA mitokondria (mtdna) pada sampel DNA sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO dilakukan dengan menggunakan mesin PCR Applied
Lebih terperinciRESPON BEBERAPA KULTIVAR MENTIMUN TERHADAP ZYMV (Zucchini Yellow Mosaic Virus) U. Sumpena
RESPON BEBERAPA KULTIVAR MENTIMUN TERHADAP ZYMV (Zucchini Yellow Mosaic Virus) U. Sumpena Peneliti Balai Penelitian Tanaman Sayuran Jl. Tangkuban Perahu 517 Bandung 40391 E-mail; sumpenauum@gmail.com ABSTRACT
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. A. Latar Belakang. Penyakit porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) adalah
I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penyakit porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) adalah penyakit menular ganas pada babi yang disebabkan oleh virus dengan gejala utama gangguan reproduksi
Lebih terperinciIdentifikasi Carmovirus pada Tanaman Anyelir melalui Teknik Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction dan Analisis Sikuen Nukleotida
ISSN:0215-7950 Volume 10, Nomor 3, Juni 2014 Halaman 87 92 DOI: 10.14692/jfi.10.3.87 Identifikasi Carmovirus pada Tanaman Anyelir melalui Teknik Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction dan Analisis
Lebih terperinci2015 ISOLASI DNA PARSIAL GEN
1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penelitian Ikan gurame (Osphronemus merupakan salah satu ikan air tawar yang termasuk ke dalam infraclass Teleostei (Integrated Taxonomic Information System, 2012).
Lebih terperinciANALISIS MOLEKULER SEBAGIAN GEN HBsAg VIRUS HEPATITIS B YANG MENGINFEKSI PASIEN HIV DI RUMAH SAKIT UMUM DAERAH Dr. MOEWARDI DI SURAKARTA TESIS
ANALISIS MOLEKULER SEBAGIAN GEN HBsAg VIRUS HEPATITIS B YANG MENGINFEKSI PASIEN HIV DI RUMAH SAKIT UMUM DAERAH Dr. MOEWARDI DI SURAKARTA TESIS Disusun untuk Memenuhi Sebagian Persyaratan Mencapai Derajat
Lebih terperinciPENDAHULUAN. Latar Belakang. penderitaan yang berat dengan gejala saraf yang mengerikan dan hampir selalu
PENDAHULUAN Latar Belakang Rabies merupakan penyakit hewan menular yang bersifat zoonosis. Kejadian rabies sangat ditakuti di kalangan masyarakat, karena mengakibatkan penderitaan yang berat dengan gejala
Lebih terperinciABSTRAK. Kata kunci : melon, ketahanan, skala, infeksi, jamur tepung
SELEKSI KETAHANAN KULTIVAR TANAMAN MELON (Cucumis melo L.) TERHADAP JAMUR TEPUNG (POWDERY MILDEW) ISOLAT NGAWI Ganies Riza Aristya, Eko Suyanto, Rina Sri Kasiamdari, Budi Setiadi Daryono Fakultas Biologi,
Lebih terperinciKeanekaragaman Genetika Ikan Lais Cryptopterus spp. dari Propinsi Riau Berdasarkan Sitokrom-b DNA Mitokondria
Ill Keanekaragaman Genetika Ikan Lais Cryptopterus spp. dari Propinsi Riau Berdasarkan Sitokrom-b DNA Mitokondria Yusnarti Yus' dan Roza Elvyra' 'Program Studi Biologi, Fakultas MIPA, Universitas Riau,
Lebih terperinciIDENTIFIKASI MOLEKULER VIRUS PENYEBAB PENYAKIT DAUN KUNING PADA TANAMAN MENTIMUN DI KECAMATAN BATURITI KABUPATEN TABANAN
TESIS IDENTIFIKASI MOLEKULER VIRUS PENYEBAB PENYAKIT DAUN KUNING PADA TANAMAN MENTIMUN DI KECAMATAN BATURITI KABUPATEN TABANAN I DEWA MADE PUTRA WIRATAMA PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS UDAYANA DENPASAR
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. sangat penting di Indonesia. Kedelai sangat bermanfaat sebagai bahan
I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Kedelai merupakan komoditas pangan penghasil protein nabati yang sangat penting di Indonesia. Kedelai sangat bermanfaat sebagai bahan pangan, pakan ternak, maupun bahan
Lebih terperinci4. HASIL DAN PEMBAHASAN
29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Ekstraksi dan Amplifikasi Sampel Daun Ekstraksi dalam penelitian ini menggunakan metode CTAB yang telah dilakukan terhadap 30 sampel daun. Hasil elektroforesis rata-rata menunjukkan
Lebih terperinciIDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI PAPUMA JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI. Oleh. Ratno Dwinanto NIM
IDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI PAPUMA JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI Oleh Ratno Dwinanto NIM 061810401098 JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. yang berbentuk semak, termasuk Divisi Spermatophyta, Subdivisi Angiospermae,
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Tanaman kentang (Solanum tuberosum L.) merupakan tanaman semusim yang berbentuk semak, termasuk Divisi Spermatophyta, Subdivisi Angiospermae, Kelas Dicotyledonae, Ordo
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. Bawang merah (Allium cepa L. Aggregatum group) salah satu komoditas sayuran penting di Asia Tenggara karena seringkali
I. PENDAHULUAN 1. Latar belakang Bawang merah (Allium cepa L. Aggregatum group) merupakan salah satu komoditas sayuran penting di Asia Tenggara karena seringkali digunakan sebagai bahan penyedap masakan
Lebih terperinciISOLASI DAN KARAKTERISASI GEN pol Simian Retrovirus (SRV) ASAL Macaca fascicularis DAN Macaca nemestrina ISOLAT INDONESIA PANJI CAHYA MAWARDA
ISOLASI DAN KARAKTERISASI GEN pol Simian Retrovirus (SRV) ASAL Macaca fascicularis DAN Macaca nemestrina ISOLAT INDONESIA PANJI CAHYA MAWARDA DEPARTEMEN BIOKIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. ekonomi yang tinggi. Ikan mas dibudidayakan untuk tujuan konsumsi, sedangkan
I. PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang Salah satu spesies ikan yang cukup luas dibudidayakan dan dipelihara di Indonesia adalah ikan mas dan koi (Cyprinus carpio) karena mempunyai nilai ekonomi yang tinggi.
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. I.1. Latar Belakang
BAB I PENDAHULUAN Bab ini menjelaskan mengenai gambaran umum keseluruhan penelitian yang telah dilakukan. Penjelasan mengenai latar belakang, tujuan, ruang lingkup penelitian dan metodologi penelitian.
Lebih terperinciIDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI BANDEALIT JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI. Oleh Dina Fitriyah NIM
IDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI BANDEALIT JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI Oleh Dina Fitriyah NIM 061810401071 JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Mycobacterium tuberculosis adalah bakteri patogen penyebab tuberkulosis.
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Mycobacterium tuberculosis adalah bakteri patogen penyebab tuberkulosis. Secara umum penyebaran bakteri ini melalui inhalasi, yaitu udara yang tercemar oleh penderita
Lebih terperinciIDENTIFIKASI MOLEKULER VIRUS PENYEBAB MOSAIK PADA SEMBILAN VARIETAS TEBU MOLECULAR IDENTIFICATION OF MOSAIC-CAUSING VIRUS IN NINE SUGARCANE VARIETIES
Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia, Vol. 20, No. 2, 2016: 65 71 IDENTIFIKASI MOLEKULER VIRUS PENYEBAB MOSAIK PADA SEMBILAN VARIETAS TEBU MOLECULAR IDENTIFICATION OF MOSAIC-CAUSING VIRUS IN NINE SUGARCANE
Lebih terperinciSTUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I
STUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I T 572 MUL ABSTRAK DNA polimerase merupakan enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA. Tiga aktivitas yang umumnya
Lebih terperinciTEMUAN PENYAKIT BARU. Tomato yellow leaf curl Kanchanaburi virus Penyebab Penyakit Mosaik Kuning pada Tanaman Terung di Jawa
ISSN: 2339-2479 Volume 9, Nomor 4, Agustus 2013 Halaman 127-131 DOI: 10.14692/jfi.9.4.127 TEMUAN PENYAKIT BARU Tomato yellow leaf curl Kanchanaburi virus Penyebab Penyakit Mosaik Kuning pada Tanaman Terung
Lebih terperinciPEPPER VEIN YELLOW VIRUS (PeVYV) PENYEBAB PENYAKIT KUNING (YELLOWING) PADA TANAMAN MENTIMUN DI DAERAH BALI
TESIS PEPPER VEIN YELLOW VIRUS (PeVYV) PENYEBAB PENYAKIT KUNING (YELLOWING) PADA TANAMAN MENTIMUN DI DAERAH BALI M. TINNY LESTARININGSIH. T PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS UDAYANA DENPASAR 2016 TESIS
Lebih terperinciM 1 2. ~1,9 kb HASIL DAN PEMBAHASAN
sebanyak 5,0 µl, 10mM dntp mix (konsentrasi akhir 0,3mM) 0,75µl, 10µM primer (konsentrasi akhir 0,3µM) 0,75µl, Template DNA (100ng) 0,5µl, dan 0,5µl. KAPAHifi DNA Polymerase (1U/µl). M 1 2 ~1,9 kb Sekuensing
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN Latar Belakang
I. PENDAHULUAN Latar Belakang Tomat (Lycopersicum esculentum Mill.) adalah salah satu komoditas sayuran penting secara ekonomi yang dibudidayakan hampir di seluruh dunia termasuk Indonesia. Komoditas ini
Lebih terperinciBAB VIII PEMBAHASAN UMUM
BAB VIII PEMBAHASAN UMUM Pengembangan tanaman pisang di Indonesia masih terus berlangsung walaupun menghadapi beberapa kendala baik kendala teknis maupun non teknis. Kendala non teknis berupa makin berkurangnya
Lebih terperinciANALISIS FILOGENETIK DAERAH D-LOOP DNA MITOKONDRIA MANUSIA PADA POPULASI PAPUA MELALUI PROSES MARKOV
KO-192 ANALISIS FILOGENETIK DAERAH D-LOOP DNA MITOKONDRIA MANUSIA PADA POPULASI PAPUA MELALUI PROSES MARKOV Epiphani I.Y. Palit, 1,*) Alvian Sroyer, 1) dan Hendrikus M.B. Bolly 2) 1) Bidang Biostatistika,
Lebih terperinciPENDAHULUAN. Latar Belakang. Selama tiga dekade ke belakang, infeksi Canine Parvovirus muncul sebagai salah
PENDAHULUAN Latar Belakang Canine Parvovirus merupakan penyakit viral infeksius yang bersifat akut dan fatal yang dapat menyerang anjing, baik anjing domestik, maupun anjing liar. Selama tiga dekade ke
Lebih terperinciPensejajaran Rantai DNA Menggunakan Algoritma Dijkstra
SEMINAR NASIONAL MATEMATIKA DAN PENDIDIKAN MATEMATIKA UNY 2015 Pensejajaran Rantai DNA Menggunakan Algoritma Dijkstra Abduh Riski 1 1 Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Jember riski.fmipa@unej.ac.id
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. 1.1 Latar Belakang. dua yaitu cabai besar (Capsicum annuum L.) dan cabai rawit (Capsicum
I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Tanaman cabai yang dibudidayakan di Indonesia dikelompokkan menjadi dua yaitu cabai besar (Capsicum annuum L.) dan cabai rawit (Capsicum frutescens L.). Cabai besar dicirikan
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. keluarga labu-labuan yang sudah popular di seluruh dunia, dimanfaatkan untuk
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Mentimun (Cucumis sativus) merupakan salah satu jenis sayuran dari keluarga labu-labuan yang sudah popular di seluruh dunia, dimanfaatkan untuk kecantikan, menjaga
Lebih terperinciPENGANTAR VIROLOGI TUMBUHAN (PNH 3284, SKS 1/1) A. SILABUS
PENGANTAR VIROLOGI TUMBUHAN (PNH 3284, SKS 1/1) Pembahasan tentang sifat-sifat fisik dan biokimia sebagai patogen tumbuhan. Berbagai metode deteksi dan diagnosis. Cara penularan dan penyebaran. Multiplikasi
Lebih terperinciREPRODUKSI MIKROORGANISME
REPRODUKSI MIKROORGANISME PENDAHULUAN Reproduksi mikroorganisme ialah perkembangbiakan mikroorganisme. Mikroorganisme mengadakan perkembangbiakan dengan dua cara, yaitu secara aseksual dan seksual. Reproduksi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
Lebih terperinciBIO306. Prinsip Bioteknologi
BIO306 Prinsip Bioteknologi KULIAH 7. PUSTAKA GENOM DAN ANALISIS JENIS DNA Konstruksi Pustaka DNA Pustaka gen merupakan sumber utama isolasi gen spesifik atau fragmen gen. Koleksi klon rekombinan dari
Lebih terperinci