LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
|
|
- Yuliani Harjanti Lesmana
- 7 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN VI (BIOINFORMATIKA) KHAIRUL ANAM P /BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2 BIOINFORMATIKA TUJUAN Tujuan praktikum ini adalah untuk : 1. Menentukan jenis fragmen DNA atau gen berdasarkan urut urutan nukleotida hasil sekuensing. 2. Membuat analisis situs restriksi, kesamaan, kemiripan dan filogenetik berdasarkan uruturutan nukleotida. 3. Menentukan ORF dan CDS (coding sequence) suatu fragmen DNA. 4. Membuat deduksi asam amino dan membuat analisis kesamaan, kemiripan dan filogenetik tree berdasakan pada deduksi asam amino. 5. Menentukan domain deduksi asam amino dan menginterpretasikan peran metabolismenya. 6. Menentukan jenis protein/enzim berdasarkan pada nilai hidrofobisitasnya. TINJAUAN PUSTAKA Bioinformatika, sesuai dengan asal katanya yaitu "bio" dan "informatika", adalah gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informasi (TI). Pada umumnya, Bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan datadata biologi. Ilmu ini merupakan ilmu baru yang yang merangkup berbagai disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika, biologi, dan ilmu kedokteran, dimana kesemuanya saling menunjang dan saling bermanfaat satu sama lainnya. Ilmu bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan artificial intelligence. Mereka berpikir bahwa semua gejala yang ada di alam ini bisa dibuat secara artificial melalui simulasi dari gejala gejala tersebut. Untuk mewujudkan hal ini diperlukan data data yang yang menjadi kunci penentu tindak tanduk gejala alam tersebut, yaitu gen yang meliputi DNA atau RNA. Bioinformatika ini penting untuk manajemen data data dari dunia biologi dan kedokteran modern. Perangkat utama Bioinformatika adalah program software dan didukung oleh kesediaan internet (Utama, 2002). Bioinformatika adalah organisasi dan analisis komplek data yang dihasilkan dari analisa molekuler dan teknik biokimia. Disamping itu bioinformatika merupakan teknologi untuk koleksi, peyimpanan analisis, interprestasi, pelepasan dan aplikasi untuk informasi biologi. Analisi dilakukan dengan cara membandingkan data yang masuk dengan ribuan data lain yang tersedia di dalam pangkalan data (Nuswantara, 2000). Seiring dengan perkembangan bioinformatika yang amat pesat, informasi informasi baru dalam bidang ini terus bermunculan. Pangkalan data urutan DNA, RNA dan protein sangat berperan untuk mendukung berbagai kegiatan penelitian bioteknologi termasuk menggali berbagai potensi biologis di tengah beraneka ragamnya organisme (Nuswantara, 2000). Secara rutin para peneliti mengirimkan urutan urutan DNA, RNA atau asam amino kepada bank data dan diolah menurut kebutuhan. Hasil yang diperoleh umumnya berupa analisis kesamaan dan 1
3 beberapa jenis statistik dari urutan basanya yang dilakukan secara cepat oleh komputer dengan membandingkan data yang di input dengan data yang disimpan oleh bank data (Nuswantara, 2000). Pada suatu proyek penelitian biology molekuler khususnya yang berkaitan dengan analisis urutan DNA, RNA atau asam amino, esensi keberadaan bank data DNA sangat besar sehingga keberhasilan eksperiman sangat bergantung pada tersedianya pangkalan pangkalan data ini. Tanpa pangkalan data urutan urutan DNA tidak dapat disimpulkan (Lewitter, 1987). Selain analisa kesamaan, bank data biasanya menyediakan pula fasilitas perangkat lunak yang dapat mengolah DNA, RNA atau protein menjadi bentuk dua dimensi hingga struktur tiga dimensi yang dapat diputar dan dilihat dari berbagai sudut (Lewitter, 1987). Analisis keragaman untuk asam nukleat dan protein dalam bentuk dendogram merupakan salah satu fasilitas lain dari bank data. Perangkat analisis lainnya adalah untuk pembuatan harr plot, peta restriksi, analisis hidrofobisitas suatu protein dan masih banyak fasilitas lain yang dapat mempermudah kerja seorang peneliti (Nuswantara, 2000). Sekuen sebagian digunakan untuk menemukan potensi homolog yang akan digunakan untuk menduga fungsi dari query sekuen yang merupakan target sekuen yang dibutuhkan untuk menganalisis atau untuk membantu dalam permodelan pada struktur 3 dimensi (Rashidi and Lukas, 2000). Setelah informasi terkumpul dalam database, langkah berikutnya adalah menganalisa data. Pencarian database umumnya berdasar hasil alignment/pensejajaran sekuen, baik sekuen DNA maupun protein. Metode ini digunakan berdasar kenyataan bahwa sekuen DNA/protein bisa berbeda sedikit tetapi memiliki fungsi yang sama. Misalnya protein hemoglobin dari manusia hanya sedikit berbeda dengan yang berasal dari ikan paus. Kegunaan dari pencarian ini adalah ketika mendapatkan suatu sekuen DNA/protein yang belum diketahui fungsinya maka dengan membandingkannya dengan yang ada dalam database bisa diperkirakan fungsi daripadanya. Algoritma untuk pattern recognition seperti Neural Network, Genetic Algorithm dll telah dipakai dengan sukses untuk pencarian database ini. Salah satu perangkat lunak pencari database yang paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar sekarang adalah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Perangkat lunak ini telah diadaptasi untuk melakukan alignment terhadap berbagai sekuen seperti DNA (blastn), protein (blastp), dsb. Baru baru versi yang fleksibel untuk dapat beradaptasi dengan database yang lebih variatif telah dikembangkan dan disebut Gapped BLAST serta PSI (Position Specific Iterated) BLAST. Sementara itu perangkat lunak yang digunakan untuk melakukan alignment terhadap sekuen terbatas di antaranya yang lazim digunakan adalah CLUSTAL dan CLUSTAL W (Witarto, 2002). 2
4 BAHAN DAN METODE KERJA Bahan Urut urutan DNA hasil sekuens, data urutan DNA dan protein di GenBank, perangkat lunak di GenBank dan beberapa website, BioEdit versi dan Treecon. Metode Penyiapan Data Format FastA 1. Notepad dibuka melalui Start All Program Accessories Notepad 2. Data urutan DNA hasil sekuensing dipindahkan ke program Notepad tersebut dengan cara mengkopi dan paste. 3. Data diatur dalam format fasta sebagai berikut : > nama urutan DNA ATGC...dst (urutan hasil sekuensing DNA) 4. File disimpan dan diberi nama. Penyejajaran DNA dengan data DNA di GenBank 1. Ketik untuk website GenBank UniEropa (EMBL), untuk website GenBank Amerika Serikat, untuk website GenBank Jepang (DDBJ). 2. Pada website EMBL, diklik tools klik similarity and homology klik Blast2 NCBI 3. Pada opsi DATABASE diubah dari protein menjadi nucleic acid. 4. Urutan DNA hasil sekuensing dimasukkan ke form dalam program tersebut dengan cara memblok data sekuens (dalam format fasta) dan dicopy paste pada form yang tersedia, atau dengan meng upload file sekuens DNA (dalam notepad file) dengan mengklik choose. 5. Setelah data berhasil diupload, klik RUN Blast dan ditunggu hasilnya. 6. Hasil menunjukkan kesejajaran DNA hasil sekuens kita dengan jenis atau gen pada GenBank. 7. Identitas hasil kesejajaran dicatat sebagai kata kunci (keyword) pada tahap analisis kekerabatan urutan DNA maupun pembuatan pohon filogenetik. Analisis Kekerabatan Urutan DNA dan Pembuatan Pohon Filogenetik 1. Ketik enter. 2. Klik library page dan pada window library page ini dipilih database yang diperlukan, contoh EMBL (coding sequence) ditandai ( ) pada menu nucleotida sequence 3. Klik Query Form dan tunggu. 3
5 4. Pada kolom yang disediakan dimasukkan kata kunci hasil blast dan kata kunci lain seperti nama tingkatan taksonomi yang akan dibandingkan dengan hasil sekuens kita. Klik search. 5. Ditampilkan data urutan urutan DNA sesuai dengan kata kunci yang kita masukkan. Jumlah tampilan yang sesuai dengan sekuens DNA kita ditunjukkan dengan angka yang terlihat pada bagian atas hasil. Jumlah tampilan yang dapat dilihat dalam satu tampilan dapat dirubah dengan mengubah jumlah angka show pada Display Option 6. Dipilih beberapa aksesi sesuai dengan tujuan analisis. Pada DNA yang dipilih ditandai dengan ( ). 7. Untuk menampilkan format FastA pada hasil, pada opsi Display Option diganti dari EMBLCDSSeqSimpleView menjadi FastaSeqs kemudian klik Apply Display Option. 8. Semua aksesi yang muncul diblock, dicopi dan dipaste di bawah urutan DNA kita. 9. Format fasta DNA kita dan sekuens sekuens DNA yang berkerabat dengannya diatur agar rapi, komunikatif dan dapat dibaca oleh program filogenetik tree. Pembuatan Pohon Filogenetik dengan MAFFT version Diketik website : u.ac.jp/mafft/online/server/ 2. Data aksesi urutan DNA kita dan kerabatnya dimasukkan ke dalam form yang tersedia dalam format fasta. 3. Diklik submit dan ditunggu. 4. Diklik phylogenetic tree 5. Diklik GO 6. Ditandai ( ) pada NJ conserved sites (61 nuc) 7. Diklik ( ) ON pada Bootstrap dan diklik GO 8. Filogenetic Tree tampil jika pada PC atau laptop telah diinstal java. Analisis Urutan DNA dan Enzim Restriksi yang berperan 1. Diketik website : 2. Dimasukkan data hasil sekuens DNA kita dengan namanya. 3. Diklik submit dan ditunggu. 4. Ditampilkan peta situs enzim restriksi yang dapat digunakan untuk memotong urutan DNA kita. Analisis Deduksi Protein dari urutan DNA 1. Diketik website : 4
6 2. Pada opsi DNA Protein diklik Translate 3. Urutan DNA dalam format fasta dimasukkan ke dalam form dengan cara copi dan paste atau upload. 4. Diklik Translate 5. Dimasukkan urutan DNA hasil sekuens kita (tanpa nomor dan nama urutan DNA) dan klik Translate Sequence 6. Terdapat beberapa frame hasil translasi (urutan asam amino). Dipilih hasil translasi yang mempunyai kesejajaran yang tinggi dengan database protein, biasanya yang mempunyai urutan asam amino panjang diawali dengan Met dan diakhiri dengan Stop. 7. Dilakukan analisis kekerabatan dan pembuatan pohon filogenetik pada urutan asam amino seperti pada asam nukleat. Analisis Domain Protein pada Program Prosite 1. Diketik website : 2. Diklik PROSITE pada bagian atas website. 3. Dimasukkan urutan asam amino yang diperoleh dari hasil translate urutan sekuens DNA kita dengan cara copi dan paste ke form yang tersedia, dimulai dari Met dan diakhiri dengan Stop. 4. Unklik ( ) Exclude sehingga tanda ( ) hilang. 5. Diklik Scan dan ditunggu hasilnya. 6. Diperoleh hasil yang siap untuk dianalisis. Analisis Hidrofobisitas Protein Menggunakan Metode Kyte Doolittle 1. Diketik website : (Kyte Doolittle Homepage) 2. Diklik perform a Kyte Doolittle for hydropathy plot on your sequence. 3. Dimasukkan urutan asam amino yang kita miliki ke dalam form yang telah disediakan. 4. Diklik Submit dan ditunggu hasilnya. 5. Diperoleh hasil yang siap untuk dianalisis. 5
7 HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil Dari hasil praktikum yang telah diacarkan maka kami diberikan tugas untuk mencari salah satu jenis sekuen dan membuat primernya. Berdasarkan hal tersebut diatas maka pada laporan ini saya menggunakan sekuen dari enzim hydrogenase yang diambil dari Eschercia coli sejumlah 1740 bp dan membandingkannya dengan 3 jenis enzim hydrogenase pada E. coli dengan strain yang berbeda yang data sekuennya terdapat di bankdata dengan maksud untuk tujuan tersebut diatas. Dengan memasukkan kata kunci hydrogenase pada maka akan didapatkan sekuen yang berkenaan dengan hydrogenase. Kemudian dipilih salah satu untuk diakses sekuensnya. Pada praktikum ini dipilih M28369: E. coli. sebagai unknown sequence, tampilan dapat dilihat pada gambar 1. >ENA M28369 M28369 Escherichia coli hydhg operon regulating labile hydrogenase activity. : Location: ggtaagtcaggatgcaaacagccgggagatccagttacgctttaccgccaacgacacatt accggaaattcaggccgacccggacaggctgactcaggtcgtgttgaatctctatctcaa tgctattcaggcgattggtcagcatggcgtgattagcgtgacggccacgaaagccggcgg ggtaaaaatcagcgttaccgacagcggtaagggaattgcggcagatcagcttgatgccat cttcactccgtacttcaccactaaagccgaaggcaccggattggggctggcggtcgtgca taatattgttgaacaacacggtggtacaattcaggtcgcaagccaggagggaaaaggctc aacgttcaccctctggcttccggtcaatattacgcgtaaggacccacaaggatgacgcac gataatatcgatattctggtggtggatgatgacattagccactgcactattttgcaggct ttactgcgcggctggggctataacgtcgcgctggcgaacagcgggcgacaggcgttggag caggtgcgggaacaggtttttgatcttgtgctttgcgatgtgcgaatggcggagatggac ggcatcgccacgctgaaagagatcaaagcgttaaacccggcaattccggtgctgattatg actgcgtactccagcgtcgagacggcggtagaggcactgaaaactggggcgctggattat ctcatcaagccgctggatttcgataacctacaggcgacgtggaaaaagcgctcgcatacg cacagtattgatgctgaaacacctgcggtgactgccagccagttcggtatggtcggtaaa agcccggcgatgcaacacctgctcagtgaaatcgccctcgtcgcgccatgcgaagccacg gtactgatccacggcgattcggcacgtaaagagctggtcgccaggggacttcacgccagt agcgcacgtagcgaaaaaccgctggtaacgctcaactgtg Gambar 1. Sekuens dari dipilih M28369 sebagai unknown sequence yang akan dibandingkan Kemudian sekuen ini dikopi dari ke notepad. Lalu dicari sekuen lainnya dengan memanfaatkan NCBI blast. Dari situs tersebut diperoleh kode kode sekuen yang memiliki kemiripan dengan M28369 yang juga berasal dari E. coli. Maka dipilihlah tiga kode yang sama sama berasal dari E. coli. 6
8 Dari kode kode tersebut, dimasukkan ke dalam sistem pencari di maka diperoleh sekuen sekuen yang dibutuhkan. Sekuen sekuen tersebut dikopi lalu dipasta di notepad. Dengan program bioedit maka diperoleh bahwa data tersebut tidaklah conserve terhadap sesamanya. Oleh karena itu perlu dilakukan desain primer dengan memperhatikan hal hal berikut: Tm nya %GC lebih baik kalo sekitar 50%, karena kalau terlalu banyak AT maka Tm akan turun/rendah Dimer, antara primer F dan R tidak boleh komplemen, bisa saling menempel, sehingga primer tidak efektif. Selain itu, di dalam primernya sendiri tidak boleh ada dimer Komplemen antar primer dan intra primer Apabila dipilih sekuen berikut sebagai primer Forward yaitu GCWATTSCGGTGCTGAYTAT, sekuen yang berasal dari daerah bp 600 an, maka dari sekuen tersebut akan dihasilkan mrna.sedangkan untuk sekuen reversenya merupakan komplemen dari mrna, sehingga dibuat komplemennya agar diperoleh sekuen sebagai mrna. Maka urutanya dari urutan (daerah bp 800 an) TTTCACTGAGCAGGTGTTGC diperoleh primer reversenya adalah AAWGTGACTSGTCCACWACG. Primer primer ini didesain karena daerah dalam gen antara organism yang satu dengan yang lain tidak conserve. Pembahasan Maka untuk mengisolasi gen hydrogenase dari E. Oli dapat digunakan primer sebagai berikut, dimana primer F adalah GCWATTSCGGTGCTGAYTAT dan primer R adalah AAWGTGACTSGTCCACWACG. Apabila dianalisa %GCnya maka akan diperoleh Tm = 2 (A+T) + 4 (G+C) = 2 (4+7) + 4 (5+4) = = 58 sedangkan untuk reversenya diperoleh Tm = 2 (7+3) + 4 (4+6) = = 60. Maka diperoleh suhu annealing dari primer primer tersebut adalah antara C. Ketika akan melakukan isolasi gen hydrogenase yang berasal dari E. coli, maka bahan dan kondisi PCR nya dapat dilakukan sebagai berikut: Komposisi PCR terdiri dari 1 ul dntp, 0,5 ul taq polymerase, 1 ul buffer mix, 0,4 ul DMSO, 1,5 ul cdna, 0,5 ul primer hyd F GCWATTSCGGTGCTGAYTAT, 0,5 ul primer hyd R AAWGTGACTSGTCCACWACG dan ddh2o hingga volume 10 ul. PCR dilakukan pada kondisi Pra PCR (predenaturasi) pada suhu 94 o C selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94 o C selama 30 detik, annealing (penempelan) pada suhu 58 o C selama 30 detik, pemanjangan 72 o C selama 1 menit, pasca PCR 72 o C selama 5 menit, pendinginan pada suhu 15 o C selama 15 menit. Semua proses di atas dilakukan sebanyak 30 siklus. 7
9 SIMPULAN 1. Dengan memahami bagaimana mendesain primer maka dapat diketahui bagaimana cara untuk mengisolasi sebuah gen dari suatu organisme yang sekuennya belum kita ketahui dengan memanfaatkan bank data yang sudah ada di internet. 2. Setelah mengetahui primer yang dibutuhkan, maka dicari pula suhu annealing yang tepat untuk proses penempelan primer pada gen target. 3. Untuk sekuen yang informasinya masih kurang pada suatu organism, maka untuk mengisolasinya perlu menggunakan primer yang tidak terlalu spesifik. DAFTAR ACUAN Lewitter F Online use of the GenBank Genetik Seguence Data Bank. Development in Industrial Microbiology. Vol. 27 Journal of Industrial Microbiology Suppl. No. 1 Nuswantara S Internet untuk biologi molekuler. Warta Biotek Vol.14 No 2 Juni Rashidi, H.H. & L.K. Buehler Bioinformatics Basics. Applications in Biological Science and Medicine. CRC Press. London. pp 173. Utama, A Peran Bioinformatika dalam Dunia Kedokteran. Ilmu Komputer. Jakarta. Witarto, AB Bioinformatika Mengawinkan Teknologi Informasi dengan Bioteknologi. Ilmu Komputer, Jakarta. 8
10 LAMPIRAN 9
11 10
12 11
13 12
14 13
15 14
16 15
I. PENGENALAN NATIONAL CENTRE FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI)
I. PENGENALAN NATIONAL CENTRE FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI) A. PENDAHULUAN NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait
Lebih terperinciKARYA ILMIAH BIOINFORMATIKA MENJELMA MENJADI BISNIS BESAR
KARYA ILMIAH BIOINFORMATIKA MENJELMA MENJADI BISNIS BESAR Oleh: Nama : Novandy Pradana Nim : 10.11.3656 STIMIK AMIKOM YOGYAKARTA 2011 ABSTRAK Ledakan informasi dari kemajuan bioteknologi seperti data sekuen
Lebih terperinciPENGENALAN BIOINFORMATIKA
PS-S1 Jurusan Biologi, FMIPA, UNEJ (2017) PENGENALAN BIOINFORMATIKA Oleh: Syubbanul Wathon, S.Si., M.Si. Pokok Bahasan Sejarah Bioinformatika Istilah-istilah biologi Pangkalan data Tools Bioinformatika
Lebih terperinciDESAIN PRIMER. LAPORAN PRAKTIKUM disusun untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Biologi Molekuler. oleh : Riani Ulfah
DESAIN PRIMER LAPORAN PRAKTIKUM disusun untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Biologi Molekuler oleh : Dhaifan Diza A 1303790 Anisa Suci S 1300904 Novia Rahayu A 1302152 Riani Ulfah 1300952 Shabrina
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif
Lebih terperinciPengantar Komputasi Modern
Pengantar Komputasi Modern Komputasi pada bidang biologi Oleh: Wirya Ramadhan 53413245 FAKULTAS TEKNOLOGI INDUSTRI JURUSAN TEKNIK INFORMATIKA UNIVERSITAS GUNADARMA 2017 Komputasi Biologi Komputasi Komputasi
Lebih terperinciBAB IV MEMBANGUN POHON FILOGENETIK. 4.1 Membangun Pohon Filogenetik Menggunakan Aljabar Hipergraf
BAB IV MEMBANGUN POHON FILOGENETIK 4.1 Membangun Pohon Filogenetik Menggunakan Aljabar Hipergraf Langkah-langkah membangun pohon filogenetik dengan menggunakan Aljabar Hipergraf, berdasarkan jaringan metabolik
Lebih terperinciIdentifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Identifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information) Identifikasi bakteri pada saat ini masih dilakukan secara konvensional melalui studi morfologi dan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Lebih terperinciKATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis
KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
Lebih terperinciBAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI
BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI Di dalam Bab XII ini akan dibahas pengertian dan kegunaan teknik Reaksi Polimerisasi Berantai atau Polymerase Chain Reaction (PCR) serta komponen-komponen dan tahapan
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER
LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER PENGENALAN SITUS BIOINFORMATIKA NCBI DAN PENGGUNAANNYA DALAM MEMAHAMI PROSES EKSPRESI GEN Oleh: Nabila Fatin Aisiah M0614026 S1 Farmasi 2014 Fakultas Matematika dan
Lebih terperinci3. Persempit pencarian anda hanya untuk gen terkait MDR pada M.tuberculosis dengan cara:
2A. ANALISIS DNA SEQUENCE I.DNA sequence database searching 1. Arahkan browser anda ke www.ncbi.nlm.nih.gov 2. Pada menu "Search", ganti "All Databases" menjadi "Nucleotide", masukkan keyword "Mycobacterium
Lebih terperinciBIO306. Prinsip Bioteknologi
BIO306 Prinsip Bioteknologi KULIAH 7. PUSTAKA GENOM DAN ANALISIS JENIS DNA Konstruksi Pustaka DNA Pustaka gen merupakan sumber utama isolasi gen spesifik atau fragmen gen. Koleksi klon rekombinan dari
Lebih terperinciBioinformatika. Aplikasi Bioinformatika dalam Virologi
Bioinformatika Aplikasi Bioinformatika dalam Virologi Contents Klasifikasi virus Penentuan tingkat mutasi Prediksi rekombinasi Prediksi bagian antigen (antigenic sites) yang ada pada permukaan virus. Sebelum
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
Lebih terperinciDAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR...... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... INTISARI... ABSTRACT... PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang...
Lebih terperinciDYNAMMIC PROGRAMMING DALAM MENENTUKAN ARTI URUTAN UNTAIAN GEN
DYNAMMIC PROGRAMMING DALAM MENENTUKAN ARTI URUTAN UNTAIAN GEN David Soendoro Program Studi Teknik Informatika, Sekolah Teknik Elektro dan Informatika, Institut Teknologi Bandung Alamat: Jalan Ganeca No.
Lebih terperinciBIOINFORMATIKA: Mengawinkan Teknologi Informasi dengan Bioteknologi Trendnya di Dunia dan Prospeknya di Indonesia 1
BIOINFORMATIKA: Mengawinkan Teknologi Informasi dengan Bioteknologi Trendnya di Dunia dan Prospeknya di Indonesia 1 Dr. Arief B. Witarto, M.Eng. Laboratorium Rekayasa Protein, Pusat Penelitian Bioteknologi
Lebih terperinciMETODE DESAIN VAKSIN (PENDEKATAN BIOINFORMATIKA)
METODE DESAIN VAKSIN (PENDEKATAN BIOINFORMATIKA) Bioinformatika merupakan suatu metode yang memadukan antara teknologi komputasi dengan biologi molekuler yang memungkinkan kita untuk melakukan sebuah simulasi
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciBAB II LANDASAN TEORI
BAB II LANDASAN TEORI Pada bagian ini akan diuraikan teori-teori dasar yang dijadikan sebagai landasan dalam penulisan tugas akhir ini. 2.1 Ilmu Bioinformatika Bioinformatika merupakan kajian yang mengkombinasikan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Daerah D-loop M B1 B2 B3 M1 M2 P1 P2 (-)
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Daerah D-loop Amplifikasi daerah D-loop DNA mitokondria (mtdna) pada sampel DNA sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO dilakukan dengan menggunakan mesin PCR Applied
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Hasil
11 secara perlahan beberapa kali kemudian segera ditambah dengan 400 μl larutan buffer netralisasi (1.32 M natrium asetat ph 4.8), divorteks dan disentrifugasi pada suhu 4 0 C dengan kecepatan 10 000 rpm
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN IV (ISOLASI RNA DARI TANAMAN) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI RNA DARI TANAMAN TUJUAN Tujuan
Lebih terperinciDIAGRAM FILOGENIK HASIL SEKUENS BASA DNA MENGGUNAKAN PROGRAM MEGA-7 (MOLECULAR EVOLUTIONARY GENETICS ANALYSIS)
DIAGRAM FILOGENIK HASIL SEKUENS BASA DNA MENGGUNAKAN PROGRAM MEGA-7 (MOLECULAR EVOLUTIONARY GENETICS ANALYSIS) Harumi Yuniarti* ), Bambang Cholis S* ), Astri Rinanti** ) *) Jurusan Teknik Industri, Fakultas
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DAN IDENTIFIKASI DNA SEL MUKOSA
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Virus Hepatitis B Gibbon Regio Pre-S1 Amplifikasi Virus Hepatitis B Regio Pre-S1 Hasil amplifikasi dari 9 sampel DNA owa jawa yang telah berstatus serologis positif terhadap antigen
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. akan terus mengalami kenaikan rata-rata 3.3% pertahun dengan quantitas dan
BAB I PENDAHULUAN 1.1 LATAR BELAKANG Berdasarkan skala global, pasar enzim dunia adalah pasar yang sangat berprospek cerah. Pemasaran enzim dunia di beberapa 3 tahun terakhir diperkirakan telah mencapai
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar
Lebih terperinciM 1 2. ~1,9 kb HASIL DAN PEMBAHASAN
sebanyak 5,0 µl, 10mM dntp mix (konsentrasi akhir 0,3mM) 0,75µl, 10µM primer (konsentrasi akhir 0,3µM) 0,75µl, Template DNA (100ng) 0,5µl, dan 0,5µl. KAPAHifi DNA Polymerase (1U/µl). M 1 2 ~1,9 kb Sekuensing
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciPENGENALAN NCBI UNTUK ANALISIS DNA, PROTEIN DAN SENYAWA KIMIA OLEH: W I D O D O MIFTAKHUNNAFISAH
PENGENALAN NCBI UNTUK ANALISIS DNA, PROTEIN DAN SENYAWA KIMIA OLEH: W I D O D O MIFTAKHUNNAFISAH LABORATORIUM BIOSISTEM FAKULTAS MATEMATIKA dan ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2010 Pengenalan
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. I.1. Latar Belakang
BAB I PENDAHULUAN Bab ini menjelaskan mengenai gambaran umum keseluruhan penelitian yang telah dilakukan. Penjelasan mengenai latar belakang, tujuan, ruang lingkup penelitian dan metodologi penelitian.
Lebih terperinci2015 ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN GURAME
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Indonesia merupakan salah satu negara mega biodiversity di dunia yang memiliki kekayaan ekosistem beragam, salah satunya adalah ekosistem perairan air tawar yang memiliki
Lebih terperinciDAFTAR ISI. Halaman ABSTRAK... i ABSTRACT... ii DAFTAR ISI... iii DAFTAR GAMBAR... vi DAFTAR TABEL... vii DAFTAR LAMPIRAN... viii
DAFTAR ISI ABSTRAK... i ABSTRACT... ii DAFTAR ISI... iii DAFTAR GAMBAR... vi DAFTAR TABEL... vii DAFTAR LAMPIRAN... viii BAB I PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang Penelitian... 1 B. Rumusan Masalah Penelitian...
Lebih terperinciPengantar Bioinformatika. Hidayat Trimarsanto
Pengantar Bioinformatika Hidayat Trimarsanto Bioinformatika/Biologi (Molekuler) Komputasi Biologi molekuler Data Problema Hypothesis Teori + Computational Science + matematika,statistik,ilkom,
Lebih terperinciIDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI PAPUMA JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI. Oleh. Ratno Dwinanto NIM
IDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI PAPUMA JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI Oleh Ratno Dwinanto NIM 061810401098 JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
Lebih terperinciAndi Utama andi@nih.go.jp. Pendahuluan
Peranan Bioinformatika Dalam Dunia Kedokteran Andi Utama andi@nih.go.jp Lisensi Dokumen: Seluruh dokumen di IlmuKomputer.Com dapat digunakan, dimodifikasi dan disebarkan secara bebas untuk tujuan bukan
Lebih terperinciDESAIN PRIMER SECARA IN SILICO UNTUK AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN rpob Mycobacterium tuberculosis DENGAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
Desain Primer secara in silico untuk Amplifikasi Fragmen Gen rpob Mycobacterium tuberculosis DESAIN PRIMER SECARA IN SILICO UNTUK AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN rpob Mycobacterium tuberculosis DENGAN POLYMERASE
Lebih terperinciABSTRAK. Kata kunci: DNA, bioinformatika, sekuens, Needleman-Wunsch, Lempel-Ziv, algoritma pensejajaran DNA, frase sempurna
ABSTRAK Ilmu Bioinformatika meneliti tentang perubahan yang dialami oleh DNA, serta membantu memberikan tanda terhadap mutasi genetika yang terjadi. Untuk membandingkan sekuens DNA dan mencari tahu bagaimana
Lebih terperinci2015 ISOLASI DNA PARSIAL GEN
1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penelitian Ikan gurame (Osphronemus merupakan salah satu ikan air tawar yang termasuk ke dalam infraclass Teleostei (Integrated Taxonomic Information System, 2012).
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Calpastatin (CAST MspI) Amplifikasi fragmen gen calpastatin (CAST MspI) pada setiap bangsa sapi dilakukan dengan menggunakan mesin thermal cycler (AB Bio System) pada
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
15 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Analisis DNA 4.1.1 Ekstraksi DNA Ekstraksi DNA merupakan langkah awal dalam analisis molekuler. Masalah-masalah yang timbul dalam ekstraksi DNA merupakan hal yang penting
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN
III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan November 2007 hingga Juli 2009, bertempat di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik Departemen
Lebih terperinciPRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas
PRAKATA Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas segala nikmat dan karunia-nya, penulisan Tugas Akhir dengan judul Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok
Lebih terperinciSTUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I
STUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I T 572 MUL ABSTRAK DNA polimerase merupakan enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA. Tiga aktivitas yang umumnya
Lebih terperinciDAFTAR ISI DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI Bab Halaman DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... ix x xii I II III PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang... 1 1.2 Identifikasi Masalah... 2 1.3 Tujuan Penelitian... 2 1.4 Kegunaan Penelitian...
Lebih terperinciURAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan
URAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan sekuen non kode (sekuen yang tidak mengalami sintesis
Lebih terperinciPERBANDINGAN POLA PITA AMPLIFIKASI DNA DAUN, BUNGA, DAN BUAH KELAPA SAWIT NORMAL DAN ABNORMAL ALFINIA AZIZAH
PERBANDINGAN POLA PITA AMPLIFIKASI DNA DAUN, BUNGA, DAN BUAH KELAPA SAWIT NORMAL DAN ABNORMAL ALFINIA AZIZAH PROGRAM STUDI BIOKIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Exon 4 Amplifikasi gen GH exon 4 pada kambing Peranakan Etawah (PE), Saanen dan PESA (Persilangan PE-Saanen) diperoleh panjang fragmen 200 bp (Gambar 8). M 1 2 3
Lebih terperincimenggunakan program MEGA versi
DAFTAR ISI COVER... i HALAMAN PENGESAHAN... ii HALAMAN PERSEMBAHAN... iii PRAKATA... iv DAFTAR ISI... vi DAFTAR TABEL... viii DAFTAR GAMBAR... ix DAFTAR LAMPIRAN... x INTISARI... xi ABSTRACT... xii PENDAHULUAN...
Lebih terperinciParamita Cahyaningrum Kuswandi* FMIPA UNY 2012
MK. GENETIKA (BIOLOGI SEM 4) Kuswandi* FMIPA UNY 2012 Email *: paramita@uny.ac.id 2 1. From Mendel to DNA 2. The double helix 3. Genomics 4. The impact of genetic engineering 5. Model organisms 6. The
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Penggunaan mikroorganisme antagonis sebagai agen pengendali hayati
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penggunaan mikroorganisme antagonis sebagai agen pengendali hayati memberikan harapan baru untuk pengendalian hama pertanian terutama fungi yang bersifat patogen. Secara
Lebih terperinciFakultas Biologi Unsoed
TEKMK PCR oleh Drs. Agus Hery Susanto, M.S. staf pengajar Pendahuluan Teknik PCR (polymerase chain reaction) digunakan untuk menggandakan fragmen DNA (urutan basa nukleotida) tertentu secara invitro melalui
Lebih terperinciJurnal Pengabdian pada Masyarakat No. 52 Tahun 2011, ISSN:
55 PELATIHAN PENGGUNAAN GEN BANK NCBI (National Center for Biotechnology Information) DAN PROGRAM MEGA 4.0 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 4.0) UNTUK PENELITIAN DAN PENINGKATAN PEMBELAJARAN
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Indonesia merupakan negara tropis dengan keanekaragaman hayati sangat
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Indonesia merupakan negara tropis dengan keanekaragaman hayati sangat tinggi (megabiodiversity) termasuk di dalamnya tanaman obat. Banyak tanaman yang dipercaya masyarakat
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA. By: Ace Baehaki, S.Pi, M.Si
REKAYASA GENETIKA By: Ace Baehaki, S.Pi, M.Si Dalam rekayasa genetika DNA dan RNA DNA (deoxyribonucleic Acid) : penyimpan informasi genetika Informasi melambangkan suatu keteraturan kebalikan dari entropi
Lebih terperinciSaintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf
Saintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf Staf Pengajar Jurusan Kesehatan Masyarakat FIKK Universitas Negeri Gorontalo Abstrak (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Perkembangan teknologi informasi memberikan dampak yang cukup besar
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Perkembangan teknologi informasi memberikan dampak yang cukup besar pada disiplin-disiplin ilmu lainnya termasuk biologi molekuler. Sehingga menghasilkan kolaborasi
Lebih terperinciKAJIAN MOLEKULER BAKTERI ASAM LAKTAT ISOLAT 9A HASIL ISOLASI DARI KOLON SAPI BALI MELALUI ANALISIS GEN 16S rrna SKRIPSI
KAJIAN MOLEKULER BAKTERI ASAM LAKTAT ISOLAT 9A HASIL ISOLASI DARI KOLON SAPI BALI MELALUI ANALISIS GEN 16S rrna SKRIPSI Diajukan untuk Melengkapi Tugas-Tugas dan Memenuhi Persyaratan untuk Mencapai Gelar
Lebih terperinciGambar 1. Visualisasi elektroforesis hasil PCR (kiri) dan Sekuen Gen Hf1-exon 1 Petunia x hybrida cv. Picotee Rose yang berhasil diisolasi.
GTGGCCGGTGATCGG-3 ) dan reverse (5 -CCGATATGAGTCGAGAGGGCC-3 ). Hasil PCR dicek dengan elektroforesis pada agarose 1,5%. Sekuensing gen target dilakukan di 1st Base Malaysia. Hasil sekuensing berupa elektroferogram
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan
Lebih terperinciBioteknologi Tanaman KULIAH V. PCR, Sekuensing. Dr. Jamsari, Prog. Studi Pemuliaan Tanaman Jurusan BDP-FPUA
Bioteknologi Tanaman KULIAH V PCR, Sekuensing Dr. Jamsari, Prog. Studi Pemuliaan Tanaman Jurusan BDP-FPUA Copyright Statement: Dengan ini dinyatakan, bahwa seluruh material (teks, gambar, grafik dan seluruh
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Deteksi Fabavirus pada Tanaman Nilam Deteksi Fabavirus Melalui Uji Serologi Tanaman nilam dari sampel yang telah dikoleksi dari daerah Cicurug dan Gunung Bunder telah berhasil diuji
Lebih terperinciSequence Alignment Menggunakan Algoritma Smith Waterman 1
Sequence Menggunakan Algoritma Smith Waterman 1 1 Inte Christinawati Bu ulölö, 2 Nopelina Simamora, 3 Sabar Tampubolon, 4 Allan Pinem Politeknik Informatika Del Jl. Sisingamangaraja, Sitoluama Kabupaten
Lebih terperinciBAB IV SIMULASI PEMBENTUKAN PHYLOGENETIC TREE PADA BEBERAPA DATA KOLEKSI DAN MELIHAT HUBUNGAN KEKERABATANNYA
BAB IV SIMULASI PEMBENTUKAN PHYLOGENETIC TREE PADA BEBERAPA DATA KOLEKSI DAN MELIHAT HUBUNGAN KEKERABATANNYA 4.1 Data Koleksi Pada simulasi ini, penulis membutuhkan beberapa data yang akan digunakan sebagai
Lebih terperinciIII. MATERI DAN METODE A.
III. MATERI DAN METODE A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September sampai dengan Desember 2015. Proses isolasi DNA, simplex-pcr dan duplex-pcr dilaksanakan di Sub Laboratorium
Lebih terperinciANALISIS SEQUENCE DNA VIRUS H1N1 MENGGUNAKAN METODE SUPER PAIRWISE ALIGNMENT
ANALISIS SEQUENCE DNA VIRUS H1N1 MENGGUNAKAN METODE SUPER PAIRWISE ALIGNMENT Oleh : Alfi Yusrotis Zakiyyah NRP : 1209201010 Pembimbing : Prof. Dr. M. Isa Irawan, MT Dr. rer. nat. Ir. Maya Shovitri, M.Si
Lebih terperinciAndi Utama Pendahuluan
Aplikasi Bioinformatika dalam Virologi Andi Utama andi@nih.go.jp Lisensi Dokumen: Seluruh dokumen di IlmuKomputer.Com dapat digunakan, dimodifikasi dan disebarkan secara bebas untuk tujuan bukan komersial
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi Fragmen DNA Penyandi CcGH Mature Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna GH ikan mas telah berhasil diisolasi. Hal ini ditunjukkan dengan adanya pita DNA pada ukuran
Lebih terperinciDr. Dwi Suryanto Prof. Dr. Erman Munir Nunuk Priyani, M.Sc.
BIO210 Mikrobiologi Dr. Dwi Suryanto Prof. Dr. Erman Munir Nunuk Priyani, M.Sc. Kuliah 10. GENETIKA MIKROBA Genetika Kajian tentang hereditas: 1. Pemindahan/pewarisan sifat dari orang tua ke anak. 2. Ekspresi
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Tahapan Analisis DNA S. incertulas
11 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juli 2010 sampai dengan Mei 2011. Koleksi sampel dilakukan pada beberapa lokasi di Jawa Tengah, Daerah Istimewa Yogyakarta
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN A. Latar belakang
BAB I PENDAHULUAN A. Latar belakang Senyawa D-tagatosa merupakan suatu monosakarida hasil isomerisasi dari D- galaktosa. Monosakarida ini telah ditetapkan sebagai material GRAS (Generally Recognized as
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. secara luas. Selain memiliki peran yang sangat penting dalam bidang ekologi,
1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Euphorbiaceae merupakan salah satu famili tumbuhan yang terdistribusi secara luas. Selain memiliki peran yang sangat penting dalam bidang ekologi, Euphorbiaceae pun
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
9 BAB III BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2011 sampai dengan Juli 2012. Kegiatan ekstraksi DNA sampai PCR-RFLP dilakukan di laboratorium Analisis
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinci19/10/2016. The Central Dogma
TRANSKRIPSI dr.syazili Mustofa M.Biomed DEPARTEMEN BIOKIMIA DAN BIOLOGI MOLEKULER FK UNILA The Central Dogma 1 The Central Dogma TRANSKRIPSI Transkripsi: Proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada
Lebih terperinciKeanekaragaman Genetika Ikan Lais Cryptopterus spp. dari Propinsi Riau Berdasarkan Sitokrom-b DNA Mitokondria
Ill Keanekaragaman Genetika Ikan Lais Cryptopterus spp. dari Propinsi Riau Berdasarkan Sitokrom-b DNA Mitokondria Yusnarti Yus' dan Roza Elvyra' 'Program Studi Biologi, Fakultas MIPA, Universitas Riau,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil
Lebih terperinciBIOINFORMATIKA. Apa Itu Bioinformatika?
BIOINFORMATIKA Apa Itu Bioinformatika? Secara definisi, bioinformatika adalah ilmu yang mengaplikasikan teknologi informatika yaitu teknologi komputasi dan komunikasi terutama internet pada ilmu biologi.
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian deskriptif. Penelitian deskriptif adalah penelitian yang mendeskripsikan suatu gambaran yang sistematis dengan
Lebih terperinciREVERSE TRANSKRIPSI. RESUME UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH Genetika I Yang dibina oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd. Oleh
REVERSE TRANSKRIPSI RESUME UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH Genetika I Yang dibina oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd Oleh UNIVERSITAS NEGERI MALANG FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM JURUSAN
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal.
HASIL DAN PEMBAHASAN Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal. Dalam perkembangannya, organ reproduktif mengalami perubahan yang mengakibatkan terjadinya perbedaan fenotipe antara kelapa
Lebih terperinciBAB I Pendahuluan. 1.1 Latar Belakang
BAB I Pendahuluan 1.1 Latar Belakang Revolusi di bidang biologi molekuler yang terjadi pada dekade terakhir menyebabkan peningkatan dalam koleksi dan kemudahan dalam memperoleh data genetik berupa data
Lebih terperinciBAB XIII. SEKUENSING DNA
BAB XIII. SEKUENSING DNA Pokok bahasan di dalam Bab XIII ini meliputi prinsip kerja sekuensing DNA, khususnya pada metode Sanger, pangkalan data sekuens DNA, dan proyek-proyek sekuensing genom yang ada
Lebih terperinciMAKALAH GENETIKA PCR ( Polimerase Chain Reaction ) «apikde...
http://apikdewefppundip201wordpress.com/2012/06/29/makalah-gene... 1 of 6 19/12/2012 23:43 APIKDEWEFPPUNDIP2011 Just another WordPress.com site MAKALAH GENETIKA PCR ( Polimerase Chain Reaction ) JUN 29
Lebih terperinciBAB II TINJAUAN PUSTAKA
3 BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Deskripsi Spesies Azadirachta indica memiliki nama lokal mimba atau nimbi. Tanaman mimba dapat beradaptasi di daerah tropis. Di Indonesia, tanaman mimba dapat tumbuh dengan
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA. Genetika. Rekayasa. Sukarti Moeljopawiro. Laboratorium Biokimia Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada
REKAYASA GENETIKA Sukarti Moeljopawiro Laboratorium Biokimia Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada Rekayasa Genetika REKAYASA GENETIKA Teknik untuk menghasilkan molekul DNA yang berisi gen baru yang
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
28 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian deskriptif merupakan jenis penelitian yang digunakan. Menurut Martyn (2008) penelitian deskriptif adalah salah satu metode ilmiah di mana dalam
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3 Amplifikasi gen Pit1 exon 3 pada sapi FH yang berasal dari BIB Lembang, BBIB Singosari, BPPT Cikole,
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
Lebih terperinciKKN SISDAMAS Panduan Penggunaan Blog KKN ( UIN SGD BANDUNG) UIN Sunan Gunung Djati Bandung. Pusat Teknologi Informasi dan Pangkalan Data
KKN SISDAMAS 2017 Panduan Penggunaan Blog KKN ( UIN SGD BANDUNG) Pusat Teknologi Informasi dan Pangkalan Data UIN Sunan Gunung Djati Bandung 1 Panduan Penggunaan Blog KKN ( UIN SGD BANDUNG) Berikut ini
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. pb M 1 2. pb M 1 2. pb M 1 2. (a) (b) pb M 1 2. pb M pb M 1 2. pb M (d) (e) (c)
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi dan Visualisasi DNA Endo-β- 1,4- glukanase C. curvignathus Amplifikasi DNA ekson 1 dan 5 CcEG menggunakan pasangan primer eksternal (Tabel 2) dan masing-masing menunjukkan
Lebih terperinciTeknik-teknik Dasar Bioteknologi
Teknik-teknik Dasar Bioteknologi Oleh: TIM PENGAMPU Program Studi Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Jember Tujuan Perkuliahan 1. Mahasiswa mengetahui macam-macam teknik dasar yang digunakan
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. wanita di dunia. Berdasarkan data dari WHO/ICOInformation Centre on. jumlah kasus sebanyak kasus dan jumlah kematian sebanyak
1 I. PENDAHULUAN 1.1. Latar belakang Kanker serviks merupakan kanker yang paling sering menyerang wanita di dunia. Berdasarkan data dari WHO/ICOInformation Centre on HPV and Cancer, kanker serviks menempati
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan
30 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan menggunakan primer NA. Primer NA dipilih karena protein neuraminidase,
Lebih terperinci