ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN BIOLOGI FMIPA USU

Transkripsi

1 ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN BIOLOGI FMIPA USU SKRIPSI DEVI KURNIA S. IRSAN DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS SUMATERA UTARA MEDAN 2016

2 ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN BIOLOGI FMIPA USU SKRIPSI Diajukan untuk melengkapi tugas dan memenuhi syarat mencapai gelar Sarjana Sains DEVI KURNIA S. IRSAN DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS SUMATERA UTARA MEDAN 2016

3 PERSETUJUAN Judul : Isolasi dan Karakterisasi Bakteri dan Jamur Pengkontaminasi Beberapa Kultur Jaringan dan Ruangan Kultur Departemen Biologi FMIPA USU Kategori : Skripsi Nama : Devi Kurnia Safitri Irsan Nomor Induk Mahasiswa : Program Studi : Sarjana (S1) Biologi Departemen : Biologi Fakultas : Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Disetujui di Medan, November 2016 Komisi Pembimbing : Pembimbing 2 Pembimbing 1 Prof.Dr. Erman Munir M.Sc NIP: Dra. Nunuk Priyani M.Sc NIP: Disetujui oleh Departemen Matematika FMIPA USU Ketua, Dr. Nursahara Pasaribu M.Sc NIP i

4 PERNYATAAN ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN BIOLOGI FMIPA USU SKRIPSI Saya mengakui bahwa skripsi ini adalah hasil karya sendiri.kecuali beberapa kutipan dan ringkasan yang masing-masing disebutkan sumbernya. Medan, November 2016 Devi Kurnia S. Irsan ii

5 PENGHARGAAN Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa dan Maha Penyayang, dengan limpah karunia-nya Penulis dapat menyelesaikan penyusunan skripsi ini dengan judul Isolasi dan Karakterisasi Bakteri dan Jamur Pengkontaminasi Beberapa Kultur Jaringan dan Ruangan Kultur Departemen Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Sumatera Utara. Terimakasih penulis sampaikan kepada Ibu Dra. Nunuk Priyani M.Sc selaku Dosen Pembimbing1 dan Bapak Prof. Dr. Erman Munir M.Sc selaku Dosen Pembimbing 2 yang telah memberikan nasihat dan masukan kepada penulis dalam penyusunan skripsi ini. Terimakasih kepada Ibu Dr. It Jamilah M.Sc selaku Dosen Penguji I dan Ibu Dr. Isnaini Nurwahyuni M.Sc selaku Dosen Penguji II yang telah memberikan kritik dan saran yang membangun dalam penyusunan skripsi ini. Terimakasih kepada Ibu Dr. Nursahara Pasaribu, M.Sc selaku Ketua Departemen Biologi FMIPA USU, Bapak Dr. Kerista Sebayang M.Si selaku Dekan FMIPA USU, Ibu Dr. Dr. Nursahara Pasaribu, M.Sc selaku Pembantu Dekan I, Bapak Drs. Pengarapen BangunM.Si selaku Pembantu Dekan II dan Bapak Saharman Gea, S.Si, M.Si, Ph.D.selaku Pembantu Dekan III, Bapak dan Ibu Dosen Biologi FMIPA USU, kepada Bang Erwin dan Ibu Roslina Ginting serta seluruh staf pegawai FMIPA USU, terimakasih saya ucapkan atas semua bantuannya. Terimakasih tak terhingga kepada orangtuaku tercinta, Bapak Isianto Sam. dan Ibu Rosanti Andrian Noor Am.Keb yang senantiasa berkorban, mencintai dan berdoa untukku, juga kepada adik-adikku tersayang, Deva Nugraha Dwi Septian dan Dita Chania Tri Irsan yang memberikan dukungan penuh. Terimakasih juga kepada masku Dedek Syahputra Kurniadi S.E yang telah memberikan dukungan dan doanya kepadaku. Tak lupa kepada Nenek Rosmaniar (almh.), Kakek Samirin (alm.) Dan Nenek Tukiyah yang selalu mendoakanku sepenuhnya. Kepada seluruh teman BIOREV 2010 terutama Juwita Sihombing, Hendika Zupliker Sinaga, Norton A. Pane, Sri Asianna Sinaga, Mei Sianipar, dan Nurul Fadhillah yang selalu memberikan nasihat, saran dan mendukung saya menyelesaikan skripsi ini. Kepada adik-adik stambuk 2011 khususnya Violita Gusvani, Ria Yelvi Ningsih, Chandra Oktavianus Simamora, Imelda Aritonang, Grace Sonia Tarigan, Grace Lumbantoruan, dan Rasmin. Kepada adik-adik stambuk 2012 khususnya adik asuhku Wardatur Rahmi dan Yufrina Namira Rangkuti, Ilham Pangestu, Bobby Hutabarat, Agung Prasetyo, Dian Pratiwi, adikku stambuk 2013 Vina Rahayu dan Syahreza Pahlevi dan seluruh asisten Lab. Mikrobiologi yang selalu membantu saya menyelesaikan pekerjaan penelitian ini selama di laboratorium serta semua pihak yang telah memberikan ilmu, pengalaman dan membantu penulis yang tidak dapat disebutkan satu persatu. Penulis menyadari masih banyak kekurangan dalam penyusunan skripsi ini, untuk itu dengan lapang dada penulis mengharapkan kritik dan saran yang membangun dari semua pihak demi kesempurnaan skripsi ini. Atas partisipasi dan dukungannya penulis ucapkan terimakasih. iii

6 ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN BIOLOGI FMIPA USU ABSTRAK Penelitian keanekaragaman bakteri dan jamur pengkontaminasikultur dan ruangan Kultur Jaringan Tumbuhan Departemen Biologi FMIPA USU dan efisiensi formalin 4% dalam mengurangi jumlah populasi bakteri pengkontaminan telah dilakukan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa genus bakteri dan jamur yang diisolasi dari udara sama dengan yang diisolasi dari kultur eksplan yang terkontaminasi. Bakteri pengkontaminasi merupakanbacillussp., Staphylococcussp., Escherichiasp.,Streptococcussp., dan Pseudomonassp.,sedangkan jamur pengkontaminasi ialahaspergillussp., Fusariumsp., Mucorsp., Neurosporasp. dan Penicilliumsp.. Fumigasiruangan dengan formalin 4% denjgan cara penyemprotan setiap minggu yang dilakukan selama 6 minggu mampu menurunkan 50% jumlah bakteri pada hari pertama setelah fumigasi dan hamper 100% jumlah bakteri sebelum difumigasi pada akhir pengamatan (hari ke5 setelah fumigasi). Hasil ini menunjukkan bahwa perlakuan fumigasi harus dilakukan secara berkala di Laboratorium Kultur Jaringan Departemen Biologi FMIPA USU untuk menghindari terjadinya kontaminasi kultur. Kata Kunci : keanekargaman bakteri dan jamur pengkontaminan, kultur jaringan, efisiensi fumigasi, formalin 4% iv

7 ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF BACTERIA AND FUNGI WHICH CONTAMINATED PLANT TISSUE CULTURES AND THE TISSUE CULTURE LABORATORY DEPARTMENT BIOLOGY FMIPA USU ABSTRACT A study on the diversity of bacteria and fungi which contaminated plant tissue cultures and the Plant Tisssue Culture Laboratory Department Biology FMIPA USU and the efficiency of fumigation used formalin 4% for 6 weeks to reduce the contaminants have been done. The results showed that the genus of bacteria and fungal contaminants which isolated from the air was as same as isolated from the plant tissue cultures contaminated.the bacterial contaminants were Bacillussp., Staphylococcussp., Escherichiasp., Streptococcussp. and Pseudomonassp.. The fungal contaminants were Aspergillussp., Fusariumsp., Mucorsp., Neurosporasp. and Penicilliumsp.. The fumigation in the room with spraying used formalin 4% could reduce 50% bacteria on the first day after fumigation and nearly 100% as same as the population bacteria before fumigation at the end of observation (the 5th day after fumigation). The results showed that fumigation should be done regularly in the Tissue Culture Laboratory Department Biology FMIPA US to prevent the contamination in the culture. Keywords : Diversity of bacteria and fungi contaminants, tissue culture, efficiency of fumigation, formalin 4% v

8 DAFTAR ISI Persetujuan Pernyataan Penghargaan Abstrak Abstract Daftar Isi Daftar Tabel Daftar Gambar Daftar Lampiran Halaman i ii iii iv v vi viii ix x BAB 1. Pendahuluan 1.1. Latar Belakang Perumusan Masalah Tujuan Penelitian Hipotesis Manfaat Penelitian 4 BAB 2. Tinjauan Pustaka 2.1. Mikroorganisme Udara Mikroorganisme Pengkontaminan Kultur Faktor yang mempengaruhi Kultur Jaringan Eksplan Media Zat Pengatur Tumbuh Desinfeksi Desinfeksi Udara Desinfeksi (Sterilisasi) Bahan Eksplan Penggunaan Antibiotik 16 BAB 3. Metode Penelitian 3.1. Waktu dan Tempat Prosedur Penelitian Isolasi Bakteri dan Jamur PengkontaminanUdara Isolasi Bakteri dan Jamur PengkontaminanKultur Karakterisasi Bakteri dengan Pewarnaan Gram Karakterisasi Bakteri dengan Uji Biokimia Sederhana Karakterisasi Jamur secara mikroskopis (Block Square) Karakterisasi Jamur dengan Pewarnaan LPCB Perhitungan mikroba dengan TPC setelah fumigasi 21 vi

9 BAB 4. Hasil dan Pembahasan 4.1. Gambaran Umum Lokasi Pengampilan Sampel Karakteristik Bakteri Hasil Isolasi Udara Karakteristik BakteriHasil Isolasi Kontaminasi Kultur Karakterisasi Jamur Hasil Isolasi Udara KarakterisasiJamur Hasil Isolasi Kontaminasi Kultur Hasil Perhitungan TPC Bakteri setelah fumigasi 36 BAB 5. Kesimpulan dan Saran 5.1. Kesimpulan Saran 38 Daftar Pustaka 39 vii

10 DAFTAR TABEL No. Tabel Judul Halaman 1. Karakteristik Morfologi Bakteri yang diisolasi dari udara di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU 2. Hasil Uji Biokimia Bakteri yang diisolasi dari udara di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU 3. Karakteristik Morfologi Bakteri yang diisolasi dari kultur di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU 4. Hasil Uji Biokimia Bakteri yang diisolasi dari kultur di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU 5. Karakteristik Morfologi Jamur yang diisolasi dari udara di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU 6. Karakteristik Morfologi Jamur yang diisolasi dari kultur di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU viii

11 DAFTAR GAMBAR No. Gambar Judul Halaman 1. Grafik Pertumbuhan Bakteri Selama Fumigasi 37 ix

12 DAFTAR LAMPIRAN No. Lampiran Judul Halaman 1. Bagan Alir Penelitian Denah Lokasi Pengambilan Sampel Tabel Pertumbuhan Bakteri selama Fumigasi Data Faktor Fisik Laboratorium Kultur Jaringan 47 FMIPA USU 5. Dokumentasi Penelitian Flowchart Bergeys Manual 52 x