RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (RFLP)

Transkripsi

1 ANALSS STRUKTUR POPULAS KAN TUNA MATA BESAR (Thunnus obesus ) YANG DDARATKAN D BAL, CLACAP DAN JAKARTA MENGGUNAKAN METODE RESTRCTON FRAGMENT LENGTH POLYMORPHSM (RFLP) ARTKEL SKRPS PROGRAM STUD LMU KELAUTAN JURUSAN PEMANFAATAN SUMBERDAYA PERKANAN DAN KELAUTAN Oleh: LUH NYOMAN DDK TR UTAM NM FAKULTAS PERKANAN DAN LMU KELAUTAN UNVERSTAS BRAWJAYA MALANG 2016

2 ANALSS STRUKTUR POPULAS KAN TUNA MATA BESAR (Thunnus obesus ) YANG DDARATKAN D BAL, CLACAP DAN JAKARTA MENGGUNAKAN METODE RESTRCTON FRAGMENT LENGTH POLYMORPHSM (RFLP) ARTKEL SKRPS PROGRAM STUD LMU KELAUTAN JURUSAN PEMANFAATAN SUMBERDAYA PERKANAN DAN KELAUTAN Sebagai Salah Satu Syarat untuk Meraih Gelar Sarjana Kelautan Di Fakultas Perikanan dan lmu Kelautan Universitas Brawijaya Oleh: LUH NYOMAN DDK TR UTAM NM FAKULTAS PERKANAN DAN LMU KELAUTAN UNVERSTAS BRAWJAYA MALANG 2016

3

4 ANALSS STRUKTUR POPULAS KAN TUNA MATA BESAR (Thunnus obesus ) YANG DDARATKAN D BAL, CLACAP DAN JAKARTA MENGGUNAKAN METODE RESTRCTON FRAGMENT LENGTH POLYMORPHSM (RFLP) Luh Nyoman Didik Tri Utami 1), Feni ranawati 2), Syarifah Hikmah Julinda Sari 3) ABSTRAK kan tuna mata besar merupakan salah satu komoditas ekspor perikanan tertinggi di ndonesia, namun hasil penangkapannya di Samudera Hindia mengalami penurunan signifikan hingga 91,5% pada tahun Penurunan hasil tangkapan dapat menjadi indikator telah terjadi tangkap lebih pada spesies ini dan dikhawatirkan akan terus berlanjut. Peningkatan efektivitas pengelolaan perikanan dan konservasi sangat diperlukan. Pendugaan stok melalui analisis struktur populasi diperlukan sebagai informasi untuk pengelolaan unit manajemen yang lebih tepat pada ikan tuna mata besar. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui struktur populasi dan menduga stok ikan tuna mata besar yang di daratkan di basis perikanan tuna mata besar menggunakan analisis genetik. Sampel jaringan ikan diambil pada bulan Juli 2015, di Pelabuhan Perikanan Benoa, PPS Cilacap dan Pelabuhan Nizam Zachman. Sampel diamplifikasi pada lokus CO menggunakan primer FBCL FBCH. Analisis genetik metode PCR-RFLP dilakukan dengan menggunakan enzim restriksi Hae, BamH, Hinc, Rsa, Alu dan Xho. Hasil menunjukkan bahwa populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta bervariasi secara genetik dengan nilai heterozigositas (5,3%) dan F ST (0,4375). Jarak genetik terdekat dimiliki oleh populasi ikan yang didaratkan di Bali dengan Cilacap (0,0142) dan terjauh dimiliki oleh populasi ikan yang didaratkan di Bali dengan Jakarta (0,1275). Dari hasil ini dapat disimpulkan bahwa struktur populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta terbagi menjadi dua subpopulasi yaitu subpopulasi Bali-Cilacap dan subpopulasi Jakarta. Hasil ini diharapkan dapat digunakan sebagai bahan pertimbangan dan informasi dalam melakukan pengelolaan stok ikan tuna mata besar khususnya di Bali, Cilacap dan Jakarta. Kata kunci : kan tuna mata besar, struktur populasi, pendaratan di Bali, Cilacap dan Jakarta, RFLP POPULATON STRUCTURE ANALYSYS OF BG EYE TUNA (Thunnus obesus) LANDED N BAL, CLACAP AND JAKARTA USNG RESTRCTON FRAGMENT LENGTH POLYMORPHSM (RFLP) METHOD ABSTRACK Big eye tuna is one of the highest fishing export commodities in ndonesia, but the catches in ndian Ocean has decreased significanly by 91.5% in The catch decline may indicate overfishing has occured for this species. ncreasing the effectiveness of fisheries management and conservation is urgently needed. The stock assessment through the analysis of population structure is necessary as an information to define management unit of bigeye tuna. The aims of this study is to determine the population structure and to define the bigeye tuna stocks which landed at the tuna fishery base port using genetic analysis. Tissue samples were taken in July 2015, from Benoa, Cilacap and Nizam Zachman fishing port. CO locus were apmplified by FBCH FBCL primer. Genetic analysis of PCR-RFLP performed using restriction enzymes Hae, BamH, Hinc, Rsa, Alu and Xho. The result showed that the population of bigeye tuna landed in Bali, Cilacap and Jakarta genetically varies with heterozigosity and F ST value of 5.3% and , respectively the closet genetic distance is showed by population of bigeye tuna landed in Bali and Cilacap (0.0142) and the furthest is showed by population of bigeye tuna landed in Bali and Jakarta (0.1275). Result of this study indicate that population structure of bigeye tuna landed in Bali, Cilacap and Jakarta can be classified in two subpopulations, that is subpopulation of Bali-Cilacap and subpopulation of Jakarta. These results are expected to be used as a material consideration and information for the management of bigeye tuna stocks in Bali, Cilacap and Jakarta. Keywords : bigeye tuna, population structure, landed in Bali, Cilacap and Jakarta, RFLP 1 Mahasiswa Fakultas Perikanan dan lmu Kelautan Universitas Brawijaya Malang 2 Dosen Fakultas Perikanan dan lmu Kelautan Universitas Brawijaya Malang

5 . PENDAHULUAN kan tuna mata besar merupakan spesies penting dalam perikanan tuna di sepanjang Samudera Hindia (Fonteneau et al., 2004) dan merupakan komoditas ekspor ikan tuna penting di ndonesia (Bahtiar et al., 2013). Terhitung sebanyak 18,8% dari produksi ikan tuna mata besar berasal dari Samudera Hindia. Di ndonesia, basis perikanan tuna mata besar terdapat di pelabuhan Benoa, Cilacap dan Muara Baru (Faiziah, 2010 ; Mertha et al., 2006). Di Samudera Hindia terjadi peningkatan hasil tangkap ikan tuna mata besar dengan longline pada tahun 1980-an hingga akhir tahun 1990-an yaitu sebesar ton hingga ton. Hasil tangkapan tertinggi diperoleh pada tahun 1997 hingga tahun 1999 dengan jumlah hasil tangkapan berkisar antara ton. Namun, pada tahun terjadi penurunan jumlah hasil tangkap menjadi sekitar ton (OTC, 2008). Kemerosotan produksi ini dapat menjadi indikator penurunan populasi atau telah terjadi overfishing. Pada masa mendatang dikhawatirkan penurunan stok ikan ini akan makin besar, sehingga perlu dilakukan peningkatan efektivitas pengelolaan perikanan dan konservasi. Menurut Takagi et al. (1999), klarifikasi struktur stok ikan tuna mata besar dapat menjadi informasi yang sangat penting untuk pendugaan stok dan strategi pengelolaan yang tepat. Untuk mencegah terjadinya tangkap lebih pada spesies tersebut, perlu dilakukan pengkajian stok ikan tuna mata besar di basis perikanan tuna ndonesia. Menurut Pope (2010), ada beberapa metode yang dapat digunakan untuk menyelesaikan struktur populasi ikan yaitu dinamika populasi, genetik, kelimpahan, densitas dan distribusi, usia dan ukuran, akuisisi, penyimpanan dan penggunaan energi serta kontaminan, penyakit dan parasit. Diantara metode penentuan struktur populasi yang ada, analisis genetik merupakan metode yang paling akurat (Fauziyah, 2005). Analisis genetik dapat dilakukan dengan menggunakan beberapa metode, salah satunya adalah metode Restriction Fragment Length Polymorphism (Nugraha et al., 2010). Metode Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) merupakan teknik molekuler yang sering digunakan untuk menentukan struktur populasi ikan (Chiang et al., 2008 ; Yanagimoto et al., 2012 : Bremmer et al., 1998). Teknik PCR-RFLP diharapkan dapat menjelaskan struktur populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di basis perikanan tuna mata besar ndonesia yaitu di pelabuhan Benoa (Bali), pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap dan pelabuhan Nizam Zachman (Jakarta). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui struktur populasi dan menduga stok ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta menggunakan pendekatan filogenetik molekuler, sehingga menjadi informasi untuk pengelolaan ikan tuna mata besar di ndonesia.. METODE PENELTAN 2.1 Penentuan Lokasi Pengambilan Sampel Pengambilan sampel jaringan ikan tuna mata besar dilakukan pada tiga lokasi yaitu di pelabuhan Benoa (Bali), pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap (Jawa Tengah), dan pelabuhan Nizam Zachman (Jakarta). Lokasi tersebut dipilih karena merupakan basis perikanan tuna mata besar di ndonesia. 2.2 Pengambilan Sampel Koleksi sampel dilakukan dengan mengambil jaringan ikan dari lima individu pada setiap lokasinya. Sampel jaringan yang di ambil berasal dari bagian yang lunak pada sirip kaudal dan daging di balik katup insang ikan. Sampel disimpan dalam tube eppendorf 1,5 µl yang telah berisikan alkohol 96% dan diletakkan dalam lemari pendingin bersuhu C untuk analisa lebih lanjut.

6 2.3 Ekstraksi DNA Sampel Dengan Metode Chelex 10% Ekstraksi DNA ikan tuna mata besar dilakukan dengan menggunakan metode chelex 10% (Walsh et al., 1991). Metode chelex 10% memiliki beberapa kelebihan yaitu lebih murah, mudah, memerlukan jaringan sampel yang sangat sedikit dan tidak menggunakan bahan kimia yang berbahaya (Claire, 2015). Hasil ekstraksi disimpan di dalam lemari pendingin bersuhu C. 2.4 Polymorphism Chain Reaction (PCR) Primer yang digunakan untuk mengamplifikasi DNA ikan tuna adalah primer universal Fish BCL dan Fish BCH dengan lokus tujuan adalah lokus Sitokrom Oksidase (CO). CO merupakan gen yang bersifat conserved yaitu tidak banyak mengalami mutasi (Pertiwi, 2015), sehingga baik digunakan untuk menganalisa struktur populasi ikan seperti ikan tuna mata besar. Amplifikasi DNA pada lokus CO dilakukan dengan menggunakan bahan berupa 5 µl Dream Taq master mix, 1 µl primer forward FBCL, 1 µl primer reverse FBCH, 1 µl ddh 2O dan 4 µl produk hasil ekstraksi. Siklus amplifikasi DNA dilakukan pada suhu 95 0 C selama 1 menit untuk tahap denaturasi, suhu 55 0 C selama 1 menit untuk tahap annealing dan suhu 72 0 C selama satu menit untuk tahap elongasi dengan pengulangan siklus sebanyak 30 kali. 2.5 Elektroforesis Visualisasi keberhasilan amplifikasi dilakukan dengan melakukan elektroforesis terhadap sampel. Sampel di-running dalam gel agarose 1,5% selama 120 menit pada voltase 50 volt. Hasil running kemudian di visualisasikan di bawah sinar UV dengan menggunakan gel doc. 2.6 Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) Band tunggal yang didapatkan dari proses PCR mtdna ikan tuna mata besar kemudian dipotong dengan menggunakan enam jenis enzim restriksi yaitu Hae, BamH, Rsa, Hinc, Alu dan Xho (Kunal et al., 2014 : Lin et al., 2005). RFLP dilakukan dengan menggunakan bahan berupa campuran produk hasil PCR 10 µl, ddh 2O 18 µl, 10X buffer 2 µl dan enzim restriksi sebanyak 2 µl. Campuran bahan diinkubasi pada inkubator dengan suhu 37 0 C selama 180 menit. Sampel kemudian divisualisasikan dengan elektroforesis untuk mengetahui keberhasilan pemotongan pita DNA. 2.7 Analisis Data Hasil dari proses pemotongan band tunggal oleh enzim restriksi yang menghasilkan pola pemotongan yang berbeda diidentifikasi dengan huruf A, B dan C. Perhitungan statistik terkait dengan penentuan struktur populasi ikan tuna mata besar dilakukan dengan menggunakan bantuan software popgene32 (Yeh et al., 1999) untuk mendapatkan nilai frekuensi alel, heterozigositas, F ST dan jarak genetik. Data ini selanjutnya digunakan untuk menentukan struktur populasi dan menduga stok ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta.. HASL DAN PEMBAHASAN 3.1 Amplifikasi mtdna Lokus Sitokrom Oksidase (CO) kan Tuna Mata Besar Amplifiasi mtdna pada lokus CO menggunakan primer forward FBCH dengan urutan 5'-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA- 3' primer reverse FBCL dengan urutan 5'-TCA ACY AAT CAY AAA GAT ATY GGC AC3' (Baldwin et al. 2009), menghasilkan fragmen DNA tunggal berukuran 770 bp (Gambar 1). Gambar 1. Hasil amplifikasi mtdna ikan tuna mata besar dengan M adalah marker 100 bp; 1-5 adalah populasi Bali; 6-10 adalah populasi Cilacap dan; adalah populasi Jakarta.

7 3.2 Pola Pemotongan Enzim Restriksi pada Lokus Sitokrom Oksidase (CO) kan Tuna Mata Besar Pemotongan band DNA tunggal oleh masingmasing enzim restriksi menghasilkan pola pemotongan yang berbeda (Gambar 2). A B A (770 bp), enzim Rsa menghasilkan dua tipe pemotongan yaitu alel B (175 bp dan 590 bp) dan C (175 bp, 590 bp dan 770 bp), enzim Hinc menghasilkan satu tipe pemotongan yaitu alel B (320 bp dan 430 bp), enzim Alu menghasilkan satu tipe pemotongan yaitu alel A (189 bp), sedangkan enzim Xho juga menghasilkan satu tipe pemotongan yaitu alel A (770 bp). Berdasarkan pada jumlah alel yang dijumpai pada masing-masing enzim restriksi diketahui bahwa enzim restriksi yang mampu memotong band DNA tunggal lokus CO pada ikan tuna mata besar dengan variatif adalah enzim Hae dan Rsa karena menghasilkan lebih dari satu jenis alel. C D E 3.3 Keragaman Genetik kan Tuna Mata Besar Yang Di Daratkan Di Bali, Cilacap dan Jakarta Frekuensi Alel Frekuensi alel merupakan perbandingan suatu alel dengan keseluruhan alel yang dijumpai (Muhammad et al., 2012). Berdasarkan pada pola pemotongan band DNA tunggal oleh masing-masing enzim restriksi yang kemudian diolah dengan menggunakan aplikasi PopGene32, dan diperoleh data nilai frekuensi alel (Tabel 1). Tabel 1. Frekuensi alel populasi ikan tuna mata besar masing-masing enzim Frek. alel Hae BamH Rsa Hinc Xho Alu A 0, B 0,933 0, C 0,33 Gambar 2. Pemotongan fragmen DNA oleh enzim a). BamH; b). Hae; c). Hinc; d). Rsa; e). Alu dan; f). Xho dengan M adalah marker 100 bp; dan U adalah uncut. 1-5 adalah populasi Bali; 6-10 adalah populasi Cilacap; adalah populasi Jakarta Gambar 2 menunjukkan bahwa enzim Hae menghasilkan dua tipe pemotongan yang diberi nama alel A (770 bp) dan B (220 bp dan 280 bp), enzim BamH menghasilkan satu tipe pemotongan yaitu alel F Berdasarkan pada Tabel 1 dapat diketahui bahwa enzim Hae dan Rsa memotong fragmen DNA pada ikan tuna mata besar dengan lebih variatif dibandingkan enzim BamH, Hinc, Xho dan Alu. Frekuensi alel terendah dijumpai pada hasil pemotongan oleh enzim Hae yang menunjukkan individu dengan alel A dalam populasi hanya berjumlah 6,67%. Meskipun nilai frekuensi alel yang dijumpai rendah, namun data ini menunjukkan bahwa populasi yang diamati beragam dan mengalami

8 polimorfik karena salah satu alelnya kurang dari 99% (Nei dan Kumar, 2000) Heterozigositas Nilai heterozigositas dapat digunakan untuk menghitung keragaman genetik pada populasi yang melakukan perkawinan secara acak dengan akurat (Oktarianti dan Pristiwindari, 2007). Nilai heterozigositas populasi ikan tuna mata besar pada masing-masing enzim dihitung berdasarkan pada Levene (1949) menggunakan aplikasi Popgene32 dengan hasil yang ditunjukkan oleh Tabel 2. Tabel 2. Nilai heterozigositas populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta pada masingmsing enzim restriksi berdasarkan pada Levene (1949) Enzim Restriksi Heterozigot pengamatan Heterozigot harapan Nilai rata-rata heterozigositas Hae ,1067 BamH ,0000 Rsa ,2133 Hinc ,0000 Alu ,0000 Xho ,0000 Ratarata Enzim Hae dan Rsa menunjukkan bahwa dalam populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta memiliki tingkat keragaman genetik masing-masing sebesar 10,67% dan 21,33% dengan nilai rata-rata heterozigositas sebesar 5,33%. Dari data yang diperoleh, dapat diketahui bahwa populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta memiliki variasi genetik yang rendah (Muliadi dan Arifin, 2010). Pendugaan keragaman genetik juga dapat dilakukan dengan menggunakan nilai heterozigositas pengamatan dan heterozigositas harapan (Tunnisa, 2013). Tabel 4 menunjukkan bahwa nilai heterozigositas harapan lebih besar daripada pengamatan. Data ini menunjukkan bahwa populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta menyimpang dari keseimbangan Hardy- Weinberg (HWE). Keseimbangan Hardy-Weinberg menunjukkan adanya frekuensi genotip yang tetap dari generasi ke generasi karena terjadinya perkawinan secara acak yang tidak disertai dengan pengaruh lain seperti seleksi, mutasi, migrasi dan random drift (Warwick et al., 1994) F-Statistik F ST menyatakan perbedaan genetik dari sub populasi terhadap keseluruhan (total) populasi (Beaumont et al., 2010). Hasil perhitungan F-statistik pada populasi ikan tuna mata besar di yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta dilakukan berdasarkan Nei (1987) dengan menggunakan aplikasi PopGene32 yang ditampilkan pada Tabel 3. Tabel 3. F-Statistik populasi ikan tuna mata besar berdasarkan kepada Nei (1987) Lokus F ST Hae BamH Rsa Hinc Alu Xho Rata-rata Hasil perhitungan menunjukkan bahwa ratarata nilai F ST adalah sebesar 0,4375 (Tabel 3). Nilai F ST yang didapatkan menandakan bahwa terdapat perbedaan genetik yang tinggi antar populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta (Wright dalam Balloux dan Moulin, 2002). Aliran gen (Nm) yang terjadi pada populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta diestimasikan berdasarkan Slatkin dan Barton (1989) pada aplikasi PopGene32 dan didapat bahwa aliran gen rata-rata pada ketiga populasi ikan tuna mata besar adalah sebesar 0,3214. Aliran gen ini menunjukkan bahwa terdapat gene flow antar populasi namun aliran gen yang terjadi cukup rendah sehingga masing-masing populasi terpisahkan oleh variasi genetik yang besar.

9 3.3.4 Jarak Genetik Perhitungan jarak genetik populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta dilakukan berdasarkan pada Nei (1972) dengan penggunakan aplikasi PopGene32. Hasil perhitungan jarak genetik populasi ikan tuna mata besar di ketiga wilayah penelitian dapat dilihat pada Tabel 4. Tabel 4. Jarak genetik populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta berdasarkan pada Nei (1972) Populasi Bali Cilacap Jakarta Bali *** Cilacap 0,0142 *** Jakarta 0,1275 0,0655 *** Berdasarkan pada data di Tabel 4, dapat diketahui bahwa populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali memiliki kekerabatan yang dekat dengan populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Cilacap dengan jarak genetik 0,0220. Jarak genetik yang paling jauh dijumpai antara populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali dengan populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Jakarta. 3.4 Struktur Populasi kan Tuna Mata Besar Yang Didaratkan Di Bali, Cilacap dan Jakarta Berdasarkan Pada Jarak Genetik Populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta dapat dikelompokkan berdasarkan pada jarak genetik yang dimiliki. Hasil pengelompokkan populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta berdasarkan pada jarak genetiknya dengan menggunakan metode UPGMA (Nei, 1972) menghasilkan dendrogram yang ditunjukkan pada Gambar 4. Gambar 4. Dendrogram struktur populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta dengan metode UPGMA (Nei 1972) Berdasarkan pada jarak genetik antar populasi dan dendrogram pada Gambar 8, maka diketahui bahwa struktur populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta dapat dibagi kedalam dua subpopulasi yaitu subpopulasi Bali-Cilacap dan subpopulasi Jakarta. 3.5 Pendugaan Stok kan Tuna Mata Besar Yang Didaratkan Di Bali, Cilacap dan Jakarta Hasil pendugaan stok ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta diperoleh bahwa stok terbagi menjadi dua yaitu stok Bali- Cilacap dan stok Jakarta. Terbaginya stok ikan tuna mata besar ini diharapkan nantinya dapat digunakan sebagai dasar pengelolaan perikanan tuna mata besar di basis penangkapannya yaitu di Bali, Cilacap dan Jakarta. Pengelolaan stok pada unit manajemen yang berbeda harus dilakukan secara terpisah. Pendugaan stok ikan tuna mata besar diharapkan dapat digunakan sebagai bahan pertimbangan dan informasi dalam melakukan pengelolaan stok ikan tuna mata besar. V. KESMPULAN 1. Struktur populasi ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta secara genetik adalah bervariasi dengan nilai rata-rata heterosigositas 5,33% dan nilai F ST sebesar 2. Stok ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta terbagi menjadi dua berdasarkan jarak genetik yang dimiliki yaitu stok Bali-Cilacap dan stok Jakarta.

10 UCAPAN TERMAKASH Terimakasih penulis ucapkan kepada Program Penelitian Unggulan Perguruan Tinggi (PUPT) dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (DKT) Tahun 2015 yang telah mendanai seluruh proses penelitian ini. Terimakasih juga penulis tujukan kepada bu Feni ranawati, S.Pi., M.Sc., Ph.D, bu Syarifah Hikmah Julinda Sari, S.Pi., M.Sc., dan bu Ledhyane ka Harlyan, S.Pi., M.Sc., atas kesempatan, bimbingan dan motivasinya. DAFTAR PUSTAKA Bahtiar, Andi, A. Barata, dan D. Novianto Taktik Penangkapan Tuna Mata Besar (Thunnus obesus) Di Samudera Hindia Berdasarkan Data Hook Timer Dan Minilogger Fishing Tactics For Bigeye Tuna (Thunnus Obesus) n ndian Ocean Based On Hook Timer And Minilogger Data. Loka Penelitian Perikanan Tuna. Bali. Baldwin, Carole C., J. H. Mounts, D. G. Smith, and L. A. Weigt Genetic dentification And Color Descriptions Of Early Life-History Stages Of Belizean Phaeoptyx And Astrapogon (Teleostei: Apogonidae) With Comments On dentification Of Adult Phaeoptyx. Magnolia Press. Zootaxa. Pg Balloux, F and L. Moulin N The Estimation of Population Differentiation With Microsatellite Markers. Molecular Ecology. 11: Beaumont, Andy, Pierre B., and Kathrin H Biotechnology and Genetics n Fisheries and Aquaculture. Second Edition. Blackwell Publishing. USA. Bremer, J. R. A., B. Stequert, N.W. Robertson, and B. Ely Genetic Evidence For nter- Oceanic Subdivision Of Bigeye Tuna (Thunnus obesus) Populations. Marine Biology. 88: Chiang, Hsin-Chieh, C.C. Hsu, G. C. Wu, S.K. Chang, and H.Y. Yang Population structure of bigeye tuna (Thunnus obesus) in the ndian Ocean inferred from mitochondrial DNA. Fisheries Research. 140: Claire, Marie Loudon DNA Extraction. Fastbleep. Molecular Biology Articles. Diakses pada tanggal 20 November Faizah, Ria Biologi Reproduksi kan Tuna Mata Besar (Thunnus obesus) di Perairan Samudera Hindia. Skripsi. nstitut Pertanian Bogor. Bogor. Fauziyah dentifikasi, Klasifikasi dan Analisis Struktur Spesies Kawanan kan Pelagis Berdasarkan Metode Deskriptor Akustik. Tesis. nstitut Pertanian Bogor. Bogor. Nugraha Fonteneau, A., J. Ariz, A. Delgado, P. Pallares, and R. Pianet A Comparisson of Bigeye Stock and Fisheries n The Atlantic, ndian And Pacific Ocean. OTC-2004-WPTT-NF03. English/meetings/wp/wpttcurrent.php. Diakses pada tanggal 25 Februari Kunal, S. Priyaranjan, G. Kumar, and M. R. Menezes Genetic Variation in Yellowfin Tuna Thunnus Albacares (Bonnaterre, 1788) Along ndian Coast Using Pcr-Rflp Analysis of Mitochondrial Dna D-Loop Region. nternational Journal of Scientific Research. 3: Levene, H On A Matching Problem n Genetics. Ann Math Stat. 20: Lin, Wen-Feng, C. Y. Shiau, and D.F. Hwang dentification of Four Thunnus Tuna Species Using Mitochondrial Cytochrome b Gene Sequence and PCR-RFLP Analysis. Journal of Food and Drug Analysis. 13: Mertha,. G. Sedana, M. Nurhuda, dan A. Nasrullah Perkembangan Perikanan Tuna di Pelabuhan Ratu. Jurnal Lit. Perikanan ndonesia. 12: [OTC] ndian Ocean Tuna Commission Executive Summary of The Status of The Big Eye Tuna Resource. Report of the Eleventh Session of The Scientific Committe of The OCT. Pg Muhammad, Zakiatun, K. Puja, dan N. Wandia Polimorfise Lokus Mikrosatelit RMM185 Sapi Bali di Nusa Penida. ndonesia Medicus Veterinus. 1: Muliadi, Dudung dan J. Arifin Pendugaan Keseimbangan Populasi dan Heterozigositas Menggunakan Pola Protein Albumin Darah pada Populasi Doba Ekor Tipis (Javanese Thin Tailed) di Daerah ndramayu. Jurnal lmu Ternak. 10:

11 Nei, M Genetic Distance Between Populations. Am Nat. 106: Estimation of Average Heterozygosity and Genetic Distance From a Small Number of ndividuals. Genetics. 89: and S. Kumar Molecular Evolution and Phylogenetic. Oxford University Press. New York. Oktarianti, Rike dan M. Pristiwindari Pengkajian Polimorfise Protein Plasma Darah Pada kan Gurami (Osphronemus gourammy Lac) di Kabupaten Jember. Jurnal lmu Dasar. 8: Warwick, E. J., J. M. Astuti dan W. Hardjosubroto Pemuliaan Ternak. Gadjah Mada University Press. Yogyakarta. Yanagimoto, Takashi, T. Kitamura, and T. Kobayashi Genetic Stock of Walleye Pollock (Theragra chalcogrammma) nferred by PCR-RFLP Analysis of The itochondrial DNA and SNP Analysis of Nuclear DNA. Marine Genomics. 7: Yeh FC, Yang RC, and Boyle T POPGENE version 1.31 : Microsoft Window-based Freeware for Population Genetic Analysis. Edmonton, AB. University of Alberta Canada. Canada. Pertiwi, Ni Putu Dian dentifikasi kan Karang Famili Pseudochromidae (DOTTYBACK) Di Kawasan Coral Triangle. Tesis. Universitas Udayana. Denpasar. Pope, Kevin L Methods for Assessing Fish Populations.Artikel. University of Nebraska. Lincoln. Slatkin, M. and N. H. Barton A Comparison of Three ndirect Methods For Estiating Average Levels of Gene Flow. Evolution. 43: Takagi, Motohiro, T. Okamura, S. Chow, and N. Taniguchi PCR Primers for Microsatellite Loci in Tuna Species of the Genus Thunnus and its Application for Population Genetic Study. Fisheries Science. 64: Tunnisa, Ridha Keragaman Gen gf-1 Pada Populasi Kambing Kacang Di Kabupaten Jeneponto. Skripsi. Universitas Hasanuddin. Makassar. Walsh, P. Sean, D. A. Metzger, and R. Higuchi Chelex 100 as a Medium for Simple Extraction of DNA for PCR-Based Typing from Forensic Material. Biotechniques. 54: