MIKROBIOLOGI. Ketua Program Studi/Koordinator Mayor: Dr. Ir. Gayuh Rahayu

Transkripsi

1 Meraih masa depan berkualitas bersama Sekolah Pascasarjana IPB MIKROBIOLOGI Ketua Program Studi/Koordinator Mayor: Dr. Ir. Gayuh Rahayu Staf Pengajar: Dr. Anja Meryandini, MSi Prof. Dr. Antonius Suwanto, MSc Dr. Aris Tri Wahyudi, MSi Dr.Ir. Gayuh Rahayu Dr. Iman Rusmana, MSi, SSi Dr. Ir. Lisdar I. Sudirman Dr. Nisa Rachmania Mubarik, MSi Dr. Ir. Nampiah Sukarno Prof. Dr. Okky Setyawati Dharmaputra Dr. dr. Sri Budiarti Dr. Ir. Yulin Lestari Tujuan Pendidikan: 1. Menghasilkan lulusan Magister dan Doktor yang profesional dan berakhlak tinggi, 2. Mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi dalam bidang Mikrobiologi Tropika guna memanfaatkan sumber daya alam secara berkelanjutan bagi kesejahteraan manusia, 3. Membina kehidupan akademik yang berkualitas. Kompetensi Lulusan S2: Mampu mengeksplorasi mikrob indigenos sebagai bagian pengembangan ilmu dan pengembangan teknik mikrobiologi yang mendasari bioteknologi pertanian, lingkungan, industri, dan kesehatan. Kompetensi Lulusan S3: Mampu mengevaluasi prospek dari mikrob indigenos sebagai bagian pengembangan pengetahuan dan pengembangan teknik mikrobiologi yang mendasari pemanfaatannya dalam bioteknologi pertanian, lingkungan, industri dan kesehatan. Kompetensi Minor: Bioteknologi Mikrob Mampu mengeksplorasi mikrob indigenos sebagai bagian pengembangan teknik mikrobiologi yang mendasari bioteknologi pertanian, lingkungan, dan industri. Katalog

2 Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor KURIKULUM Program Magister Sains 39 SKS, ditawarkan 3 semester (MK SPs + MK Wajib Mayor + MK Pilihan Mayor) Kode Mata Kuliah SKS Semester Mata Kuliah Wajib SPs 6 SKS (15%) PPS 500 Bahasa Inggris 3 Ganjil STK 511 Analisis Statistika 3 Ganjil Mata Kuliah Wajib Mayor 25 SKS (62,5%) BIO 511 Mikrobiologi Lanjut 2(2-0) Ganjil BIO 513 Fisiologi Mikrob 2(2-0) Ganjil BIO 515 Genetika Mikrob 2(2-0) Ganjil BIO 517 Praktik Mikrobiologi 2(0-4) Ganjil BIO 512 Bioteknologi Mikrob 3(3-0) Genap BIO 522 Bioteknologi Cendawan 3(2-3) Genap BIO 590 Metode Ilmiah 3(2-1) Ganjil PPS 601 Kolokium 1 Ganjil PPS 690 Seminar 1 Ganjil PPS 699 Penelitian dan Tesis 6 Ganjil a. Bioprospeksi Mata Kuliah Pilihan Mayor 9 SKS (22,5%), 2 Paket BIO 514 Mikrob dan Potensinya 3(2-3) Genap BIO 516 Bioteknologi Molekular 3(2-3) Genap BIO 621 Bioteknologi Senyawa Antimikrob 3(2-3) Ganjil b. Mikrobiologi Lingkungan BIO 524 Interaksi Mikrob-Inang 3(2-3) Genap BIO 526 Cendawan Perusak Bahan Pangan dan Mikotoksinnya 3(2-3) Genap BIO 611 Mikrobiologi Lingkungan 3(2-3) Ganjil Jumlah SKS Katalog 2012

3 Meraih masa depan berkualitas bersama Sekolah Pascasarjana IPB Mata Kuliah Minor (10 SKS) Bioteknologi Mikrob Kode Mata Kuliah SKS Semester BIO 511 Mikrobiologi Lanjut 2(2-0) Ganjil BIO 515 Genetika Mikrob 2(2-0) Ganjil BIO 512 Bioteknologi Mikrob 3(3-0) Genap BIO 522 Bioteknogi Cendawan 3(2-3) Genap Program Doktor 42 SKS (MK SPs + MK Wajib Mayor + MK Pilihan Mayor) Kode Mata Kuliah SKS Semester Mata Kuliah Wajib SPs 2 SKS (4.7%) PPS 702 Falsafah Sains 2(2-0) Ganjil Mata Kuliah Wajib Mayor 26 SKS (62%) BIO 711 Fisiologi Mikrob Lanjut 3(2-3) Ganjil BIO 721 Biologi Cendawan Lanjut 3(2-3) Ganjil BIO 713 Biologi Molekuler Keragaman Prokariot 3(2-3) Ganjil BIO 712 Rekayasa Genetika Mikrob 3(2-3) Genap PPS 701 Kolokium 1 Ganjil PPS 790 Seminar 1 Ganjil PPS 799 Penelitian & Disertasi 12 Ganjil Mata Kuliah Pilihan Mayor 14 SKS (33.3%) BIO 715 Biologi Bakteri Patogen 2(2-0) Ganjil BIO 714 Ekspresi Gen dan Pengendaliannya 3(2-3) Genap BIO 716 Biologi Aktinomiset dan Produktivitasnya 3(2-3) Genap BIO 722 Biologi Mikoriza 3(2-3) Genap BIO 724 Biologi Makrofungi dan Produktivitasnya 3(2-3) Genap Total SKS 42 *) Mahasiswa yang belum mendapatkan mata kuliah Metodologi Penelitian/Metode Ilmiah atau yang setara pada jenjang S2 harus mengambil mata kuliah-mata kuliah tersebut. **) Pilihan mata kuliah harus disesuaikan dengan minat, topik penelitian dan seizin komisi pembimbing Katalog

4 Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor SILABUS MATA KULIAH BIO 511 Mikrobiologi Lanjut 2(2-0) 1 Mata kuliah ini mencakup perkembangan terkini bidang mikrobiologi seperti kehidupan dan prinsip biologi molecular; memberikan penekanan pada evolusi, sistematika, biologi sel mikrob prokariot dan eukariot mikrob eukariot, dan spesiasinya. Diskusi kelas secara aktif akan menekankan pada ekosistem, pengaruh faktor lingkungan pada pertumbuhan mikrob dan pengendaliannya. Mata kuliah ini juga membahas pentingnya imunologi dan peran mikrob dalam industri. Penelitian-penelitian terkini dalam bidang dasar dan aplikasi mikrobiologi juga akan didiskusikan. Yulin Lestari & Tim BIO 512 Bioteknologi Mikrob 3(3-0) 2 Mata kuliah ini menjelaskan tentang teknologi DNA rekombinan pada mikroorganisme yang dapat digunakan untuk memproduksi berbagai produk yang bermanfaat. Topik pada kuliah ini mencakup revolusi bioteknologi mikroba, teknologi DNA rekombinan, manipulasi ekpresi gen, produksi senyawa terapeutik dan diagnostik, vaksin dan antibiotik, biopolimer, pemanfaatan untuk bioremediasi, bioinsektisida, fiksasi nitrogen, dan regulasi dari patent produk bioteknologi mikroba. Iman Rusmana dan Tim BIO 513 Fisiologi Mikrob 2(2-0) 1 Mempelajari struktur subseluler, pertumbuhan, dan diferensiasi sel mikrob khususnya bakteri, serta mempelajari struktur dan proses metabolisme dan sintesis makromolekul yang terdapat di dalam sel, serta respon mikrob terhadap cekaman dan interaksi inang-parasit. Nisa Rachmania Mubarik dan Tim BIO 514 Mikrob dan Potensinya 3(2-3) 2 Mata kuliah ini membahas ciri-ciri dan kemampuan mikrob yang memungkinkannya mempunyai potensi luar biasa yang dapat dimanfaatkan, seperti untuk fermentasi, biokonversi (biotransformasi), dan menghasilkan enzim hidrolitik, protein sel tunggal, biopolimer, asam amino, nukleotida, serta vitamin. Nisa Rachmania Mubarik dan Tim BIO 515 Genetika Mikrob 2(2-0) 1 Mata kuliah ini menjelaskan dasar-dasar genetika mikrob khususnya bakteri yang akan digunakan sebagai sistem model. Topik-topik yang akan didiskusikan mencakup karakteristik DNA, biologi plasmid, elemen loncat (transposon), bakteriofage, serta ekspresi gen dan pengendaliannya. Transfer gen pada bakteri seperti konjugasi, transformasi, dan transduksi; pustaka genom dan metagenom, mutan dan analisisnya, kloning DNA, pemetaan fisik dan genetik genom, rekayasa genetika dan perkembangannya juga akan didiskusikan. Aris Tri Wahyudi dan Tim Katalog 2012

5 Meraih masa depan berkualitas bersama Sekolah Pascasarjana IPB BIO 516 Bioteknologi Molekuler 3(2-3) 2 Pengkajian aspek molekular dari gen dan ekspresi gen dengan model mikrob tertentu. Penjelasan mencakup struktur genom, transaksi gen, ekspresi genom, regulasi ekspresi gen, dan teknik biologi molekuler. Antonius Suwanto dan Tim BIO 517 Praktik Mikrobiologi 2(0-4) 1 Mata ajaran ini memberikan ketrampilan dalam Mikrobiologi. Topik yang akan dibahas meliputi : berbagai teknik isolasi dan kultivasi mikrob, identifikasi karakter mikrob dan gen bakteri seperti isolasi gen, transfer gen, pemetaan gen dan mutagenesis. Anja Meryandini dan Tim BIO 522 Bioteknologi Cendawan 3(2-3) 2 Membahas produk cendawan serta teknologinya seperti kapang untuk pangan tradisional terfermentasi, jamur pangan dan jamur obat, cendawan lignolitik, cendawan entomopatogen, cendawan nematoda, cendawan mikoriza, cendawan agen pengendali hayati, cendawan liken dan cendawan dalam bioremediasi dan biotransformasi dan regulasi dari paten produk bioteknologi cendawan. Lisdar I. Sudirman dan Tim BIO 524 Interaksi Mikrob-Inang 3(2-3) 2 Mata kuliah ini menjelaskan tentang biologi interaksi antara mikrob dan inang baik tumbuhan maupun hewan dan manusia yang meliputi Interaksi mutualistik, netral dan parasitik. Materi yang diberikan meliputi biodiversitas, ekologi, fisiologi, mekanisme interaksi dan peranannya dalam bidang pertanian, kesehatan dan lingkungan. Nampiah Sukarno dan Tim. BIO 526 Cendawan Perusak Bahan Pangan dan Mikotoksinnya 3(2-3) 2 Mata kuliah ini mencakup penjelasan dan arti tahap pascapanen, ekosistem penyimpanan dan kerusakan (deteriorasi) bahan pangan terutama biji-bijian setelah panen, definisi cendawan perusak bahan pangan dan faktor yang mempengaruhi pertumbuhannya. Pengaruh cendawan terhadap kualitas bahan pangan dan toksinnya, pencegahan dan pengendalian cendawan juga akan didiskusikan. Menjelaskan metode pengambilan sampel: metode isolasi, enumerasi (penghitungan) dan identifikasi cendawan, pengaruh mikotoksin terhadap kesehatan hewan dan manusia, metode deteksi dan analisis mikotoksin (khususnya aflatoksin). Interaksi antara serangga hama dan cendawan pascapanen terkait dengan penyimpanan bahan pangan, pengelolaan hama dan Katalog

6 Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor biji-bijian secara terpadu, penggunan komputer sebagai alat bantu untuk meningkatkan pengelolaan hama pascapanen juga akan dibahas. Okky Setyawati Darmaputra dan Tim BIO 611 Mikrobiologi Lingkungan 3(2-3) 3 Pengkajian tentang karakteristik dan aktivitas mikroorganisme di udara, aquatik, terrestrial dan lingkungan ekstrim, prinsip siklus biogeokimia, dampak dari siklus biogeokimia tidak terkendali, prinsip degradasi senyawa polutan organik, toksisitas logam dan detoksifikasi oleh mikrob, interaksi mikrob menguntungan dan mikrob patogen di pertanian, limbah domestik dan pengolahan limbah, konsep dan proses disinfeksi dan faktor yang mempengaruhi disinfeksi. Yulin lestari dan Tim BIO 621 Bioteknologi Senyawa Antimikrob 3(2-3) 3 Kajian tentang bioteknologi senyawa antimikrob yang mencakup baik senyawa antibiotik asal organisme maupun semisintetik dan senyawa bakteriosin. Dijelaskan juga organisme penghasil senyawa tersebut, strategi seleksi dan skrining untuk mendapatkan senyawa antimikrob tersebut yang didukung dengan penjelasan fisiologi produksi, genetik dan perbaikan galur, mekanisme kerja, biosintesis, metode uji aktivitas, ektraksi, purifikasi dan sifat fisikokimia yang membantu dalam penentuan struktur molekul senyawa antimikrob tersebut. Lisdar I. Sudirman dan Tim BIO 711 Fisiologi Mikrob Lanjut 3(2-3) 1 Mempelajari struktur subseluler sel prokariot (bakteri dan arkaea), proses transpor, metabolisme dan regulasi senyawa aromatik, metabolisme nitrogen, serta respon prokariot terhadap cekaman. Anja Meryandini dan Tim BIO 712 Rekayasa Genetika Mikrob 3(2-3) 2 Mata kuliah ini membahas prinsip dasar kloning molekuler, berbagai teknik/strategi dalam kloning DNA, konstruksi pustaka cdna, pustaka genom dan metagenom, berbagai strategi dalam identifikasi/deteksi gen, fusi transkripsi dan translasi, ekspresi dan ekspresi berlebih dari gen di E. coli, deteksi hasil ekspresi gen, directed mutagenesis dan rekayasa protein, molecular farming, dan produksi berbagai produk komersial hasil rekayasa genetika. Rekayasa genetika pada bakteri gram positif dan khamir juga akan dibahas dalam kuliah ini. Aris Tri Wahyudi dan Tim BIO 713 Biologi Molekuler Keragaman Prokariot 3(2-3) 1 Mata kuliah ini menjelaskan berbagai aspek biokimia dan genetik yang melandasi keragaman fisiologi, habitat, peranan ekologi, dan bioteknologi dari organisme prokariot, termasuk sistem tranduksi energi, evolusi dan taksonomi prokariot serta berbagai contoh yang mewakili sesuai dengan Katalog 2012

7 Meraih masa depan berkualitas bersama Sekolah Pascasarjana IPB perkembangan/penemuan yang terbaru dengan pendekatan biologi molekuler, biokimia dan ekofisiologi. Iman Rusmana dan Tim BIO 714 Ekspresi Gen dan Pengendaliannya 3(2-3) 2 Memberikan wawasan untuk mempelajari analisis ekspresi gen dan pengendaliannya. Meliputi aplikasi berbagai disiplin omics dalam mengungkap ekspresi pada prokariot dan eukariot. Perkembangan terkini dalam bidang ini akan diberikan dalam bentuk pembahasan kasus khusus dari jurnal. Antonius Suwanto dan Tim BIO 715 Biologi Bakteri Patogen 2(2-0) 1 Mengkaji biologi berbagai bakteri patogen dalam hubungannya terhadap inang, penggunaan pendekatan model penelitian untuk menyelidiki regulasi dan ekspresi faktor penyerang yang dimiliki oleh berbagai patogen. Sri Budiarti dan Tim BIO 716 Biologi Aktinomiset dan Produktivitasnya 3(2-3) 2 Pengkajian perkembangan terkini biologi dan produktivitas aktinomiset dengan penekanan pada biologi Streptomyces, genetik, produksi antibiotik dan senyawa metabolit lain, pertumbuhan dan preservasi, dan teknik identifikasi. Diskusi juga akan mencakup perkembangan penelitian aktinomiset dan bioprospeksinya. Yulin Lestari dan Tim BIO 721 Biologi Cendawan Lanjut 3(2-3) 1 Pengkajian pengetahuan ragam morfologi struktur somatik dan reproduksi, sistem reproduksi dan genetika, ekologi, fisiologi, spesiasi, dan prinsip-prinsip sistematika cendawan. Gayuh Rahayu dan Tim BIO 722 Biologi Mikoriza 3(2-3) 2 Mata kuliah ini menjelaskan perkembangan mutakhir dari mikoriza dan mencakup materi dasar dan aplikasinya. Topik bahasan meliputi sejarah perkembangan, ragam mikoriza, ragam fungi mikoriza, fisiologi, ekologi, genetika, interaksi dengan organisme lain, peran mikoriza dalam berbagai aspek seperti siklus nutrisi, pupuk hayati, pengendali hayati hama dan penyakit tanaman, bioremediasi serta aspek teknologi produksi inokulum, ektomikoriza pangan dan obat-obatan, dan rekayasa genetikanya. Nampiah Sukarno dan Tim Katalog

8 Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor BIO 724 Biologi Makrofungi dan Produktivitasnya 3(2-3) 2 Mata kuliah ini menjelaskan pengetahuan dasar tentang makrofungi dan peranannya bagi manusia dan lingkungan dengan mempelajari ilmu jamur/makrofungi (mushroom science) mencakup identifikasi, ekologi, fisiologi, genetika, syarat-syarat pertumbuhan dan perkembangan pada berbagai macam substrat, faktor lingkungan dan nutrisi (proses dekomposisi dan enzim) dan mempelajari bioteknologi makrofungi (mushroom biotechnology) yang berhubungan dengan metabolisme dan produk makrofungi seperti senyawa antimikrob, kandungan obat dan metabolit sekunder lainnya yang bermanfaat bagi industri pangan, farmasi dan lingkungan. Lisdar I.Sudirman dan Tim Katalog 2012