Video Tutorial Chemsketch

Transkripsi

1 Video Tutorial Chemsketch Untuk mempermudah menggunakan Aplikasi Software Chemsketch berikut ini video tutorial menggunakan Chemsketch dapat didownload disini Tutorial Chemsketch Tutorial Menggunakan Chemsketch 1. Mulailah menggambar! Untuk menggambar struktur kita bisa menggunakan template yang sudah ada atau kita bisa menggambar sendiri. Untuk kasus pertama, kita akan menggambar sendiri struktur pentanol, suatu senyawa dalam golongan alkohol yang mengandung 5 atom karbon Aktifkan tombol Draw Chains atau yang di bagian kiri atas editor. Dalam editor klik dan tarik rantai sampai muncul tulisan C 5 pada ujung rantai sehingga diperoleh gambar rantai seperti berikut. 2. Selanjutnya kita akan menambahkan gugus -OH. Aktifkan

2 tombol Oxygen atau yang ada di sebelah kiri editor, kemudian tambahkan gugus -OH pada ujung rantai dengan cara mengklik salah satu gugus -CH3. Hasilnya adalah struktur pentanol seperti berikut. Pada struktur di atas, setiap sudut menunjukkan gugus metilen atau -CH Bagimana kalau kita ingin menambahkan cabang? Klik tombol Carbon atau pada bagian samping editor karena cabang akan ditambahkan adalah rantai karbon. Selanjutnya letakkan cursor pada sudut (-CH2-)yang kita inginkan. Kemudian sambil diklik kiri tarik ke atas atau ke bawah untuk menambah rantai karbon sesuai keinginan. Pada contoh ini, kita menambah 2 atom karbon pada C nomor 2 dari kanan. Hasilnya terlihat seperti berikut.

3 4. Ingin tahu nama sistematik dari struktur yang kita gambar? Kliklah menu Tools > Generate >Name for Structure atau ikon pada bagian atas kanan editor atau gunakan shortcut Ctrl+Shift+I. Nama senyawa akan muncul pada bagian bawah struktur. Dalam Bahasa Indonesia padanan ol adalah 2-etil-1-pentanol. nama 2-ethylpentan-1-5. Sofware ini juga menyediakan fitur untuk menghitung sifat-sifat fisika suatu senyawa. Untuk menggunakannya, klik ikon Select/Move atau kemudian pilih struktur

4 yang telah kita buat. Setelah itu pilih menu Tools > Calculate > All Properties dan sifat-sifat fisika senyawa pun muncul. Kita dapat mengkopi data tersebut untuk kita paste pada word processorkesayangan kita. Oke, sekian dulu. Fitur lain seperti penggunaan template dan 3D kita bahas pada tutorial berikutnya. Selamat mencoba. Jangan lupa tinggalkan saran dan komentarnya ya. Terima kasih.

5 Video Tutorial Avogadro Untuk mempermudah menggunakan Aplikasi Software Avogadro berikut ini video tutorial menggunakan Avogadro dapat didownload disini. Tutorial Avogadro Cara Menggunakan Aplikasi Avogadro Avogadro adalah salah satu aplikasi editor molekul yang bisa dikatakan canggih, dimana aplikasi ini dirancang untuk berbagai jenis platform sistem operasi, yang salah satunya adalah sistem operasi Linux BlankOn. Aplikasii ini digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait. Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang. Apa yang dapat dilakukan Avogadro? Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem

6 (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis) Inovatif auto-optimation, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular. Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum. Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan. Embedded interpreter Python. Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan. Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X. Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut. Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi. Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python. Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul. Lalu bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? dalam pengoperasian aplikasi ini dapat dikatakan tidak sulit, dan disini saya akan menjelaskan langkah demi langkah pengoperasian aplikasi ini. Pada artikel ini saya akan membuat bentuk struktur molekul glukosa dengan avogadro.untukmemulai aplikasi ini, pertama, tentu kita harus membuka aplikasi Avogadro. dimana tampilan awal dari aplikasi ini seperti ditunjukkan pada gambar dibawah ini.

7 Untuk mebuat bentuk molekul glukosa pertama-tama kita klik Tool Setting, kemudian pada kolom Element kita ambil atom karbon, pada Bond Order pilih single, kemudian klik pada layar gambar, tahan dan geser hingga terbentuk ikatan antar atom.

8 Apabila atom yang kita inginkan tidak ada pada list, maka kita dapat klik other untuk memunculkan tabel periodik unsur dan memilih atom yang kita inginkan dengan meng-klik atom tersebut.

9 Buat 6 buah atomk karbon yang saling berikatan seperti pada gambar berikut : Selanjutnya pilih atom oksigen dan gambarkan 6 atom oksigen seperti pada gambar berikut :

10 selanjutnya pilih atom hidrogen dan gambarkan seperti pada gambar berikut : Dan selesai. jadilah satu molekul glukosa yang terdiri dari

11 atom karbon, oksigen dan hidrogen. Selanjutnya setelah molekul sudah kita buat, kita juga bisa memanfaatkan toolbar dari aplikasi ini untuk melihat secara lebih detil dari atom yang kita buat dengan penjelasan masingmasing toolbar sebagai berikut : fungsi ikon ini adalah untuk membuat molekul serta membuat ikatan diantara atom-atom pada ruang gambar fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat fungsi ikon ini adalah untuk melihat sudut kemiringan molekul secara vertikal dan horisontal fungsi ikon ini adalah untukmerotasi desain molekul pada gerakan yang bebas fungsi ikon ini adalah untuk menjalankan animasi rotasi ke berbagai arah sesuai dengan garis arah mouse fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat ke beberapa arah sekian penjelasan singkat saya mengenai aplikasi kimia

12 Avogadro yang dijalankan pada sistem operasi linux blankon. Jangan lupa tinggalkan saran dan komentaranya ya. Terima kasih Tutorial Instal Avogadro TUTORIAL INSTAL AVOGADRO Bagi teman-teman yang mempunyai mengenai software Avogadro namun belum tahu bagaimana cara instalasinya. Berikut akan saya jelaskan mengenai langkah-langkah cara menginstalnya. Tutorial instalasi software Avogadro : 1. Buka master Avogadro yang sudah kalian miliki. Atau jika kalian belum memiliki aplikainya dapat kalian download Aplikasi Avogadro 2. Arahkan kursor pada ikon Avogadro win32, klik kanan > klik Run As Administrator. 3. Selanjutnya akan muncul kotak dialog Setup, pilih next > pilih I Agree.

13 1. Pada kotak dialog Setup (Install Option ) pilih directory Do not add Avogadro to the system PATH" dan centang pada Create Avogadro Desktop Icon seperti pada gambar berikut. 1. Pada kotak Setup (Choose Install Location) kalian pilih Destination Folder yang kalian inginkan untuk menyimpan File Avogadro. Atau dapat kalian pilih sama seperti digambar berikut.

14 1. Kemudian pilih Install. Maka akan muncul kotak dialog proses instalasi seperti berikut. Dan tunggu hingga prosesnya selesai. 1. Klik finish apabila proses instalasi sudah selesai.

15 1. Berikut adalah tampilan dari aplikasi Avogadro yang berhasil diinstal dilaptop atau komputer. Demikian tutorial install Software Avogadro. Selamat menginstal dan mencoba aplikasinya. Jangan lupa berikan saran dan komentarnya. Video Praktikum Berikut ini video Praktikum Hukum Dasar Kimia silahkan didownload disini.

16 Tutorial Instal Hyperchem TUTORIAL CARA INSTALL HYPERCHEM Assalamu alaikum wr. wb HyperChem ialah suatu program simulasi dan pemodelan molekular yang memung-kinkan perhitungan kimiawi yang kompleks. HyperChem adalah program simulasi dan pemodelan molekular untuk melakukan perhitungan kimia kompleks. HyperChem menyediakan fasilitas sebagai berikut: 1) Menggambar suatu molekul dan pembuatan model tiga dimensi (3D), 2) Struktur bangun protein dan asam nukleat dari residu standar. 3) Penentuan efek isotop dalam perhitungan analisis vibrasi dengan metoda semi-empirik dan ab initio. 4) Grafik dari hasil perhitungan kimia. 5) Perhitungan mekanika molekular dan mekanika kuantum (dengan metoda semi empiris dan ab anitio). Disamping itu tersedia pula data base dan program simulasi Montecarlo dan molecular dynamics (MD). HyperChem juga mempunyai fasilitas fasilitas berupa tool yang disebut The Chemist's Developer Kit (CDK). Dengan tool ini para Kimiawan dapat dengan cepat mengkonstruksi suatuinterface antara HyperChem dan program software Kimia lainnya serta fasilitas untuk membuat struktur kristal (crystal builder), molecular presentations, sequence editor, struktur penyusun gula, conformational search, QSAR properties dan script editor. Nah, berikut adalah tampilan awal untuk Aplikasi Software

17 Hyperchem Cara Install Hyperchem Menginstall Hyperchem ini cukup mudah, sobat cukup ikuti saja langkah langkahnya seperti di bawah ini : 1. Download terlebih dahulu aplikasinya di 4shared disini. (jika ada pertanyaan cara download bisa ditanyakan di komentar) 2. Setelah selesai mendownload akan terdownload ZIP aplikasi Hyperchem. Setelah itu tinggal dibuka dan akan muncul tampilan seperti dibawah ini(saran saya anda harus mengekstraknya dalam sebuah folder) 3. Setelah itu sobat tinggal klik.exe dan akan menuju proses peng-install-an. 4. Kemudian akan muncul tampilan seperti dibawa ini

18 Masukan License Code pada folder MESMERiZE dan buka file serial seperti gambar di bawah ini Pastekan serial number tersebut pada License Code 1. Penginstallan selesai, anda hanya tinggal klik yes dan next 2. Setelah selesai penginstallan jangan lupa untuk mengcracknya dengan cara, buka folder yang anda ekstrak tadi -> MESMERiZE, pada folder tersebut terdapat file chem. Copy file tersebut dan pastekan di folder hyperchem pada local disk c seperti gambar dibawah ini

19 1. Pilih skip and replace 2. Penginstallan selesai anda sudah bisa memakai aplikasi ini sekarang Selamat mencoba SEMOGA BERMANFAAT Video Tutorial Hyperchem Untuk mempermudah menggunakan Aplikasi Software Hyperchem, berikut ini video didownload disini. tutorial menggunakan Hyperchem dapat

20 Tutorial Hyperchem TUTORIAL SOFTWARE HYPERCHEM Membuat Bentuk Molekul dengan Hyperchem Ok kembali ke tujuan semula, saya akan praktikkan menggambar molekul PCl5 menggunakan Software Hyperchem Instal Aplikasi Software Hyperchem terlebih dahulu. 2. Dengan menggunakan Windows, kita mulai dari klik Start, All Program, Hyperchem Release x, Hyperchem. 3. Selanjutnya ikuti langkah pada gambar berikut.

21 4. Ini hasilnya setelah dipilih Atom P dan di-klik-kan pada area kerja.

22 5. Berikutnya add hidrogen dari menu Build kemudian klik Add hidrogen untuk memunculkan atom H, meskipun atom H tampilannya bertumpuk kita bisa memutar dengan klik tool rotate out of plane sesuai langkah yang terterah pada gambar. Cara menyeleksi atom H yang akan diganti dengan Cl adalah dengan klik tool select hingga berubah warna. 6. Selanjutnya ubah atom H dengan atom Cl hingga atom H menjadi Cl, caranya klik menubuild, Default Element (akan muncul semacam tabel periodik dan pilih Cl), klik-kan tepat di tengah bulatan seleksi atom H tadi, kalau sudah berubah menjadi Cl artinya sudah terganti H menjadi Cl. Lakukan pada semua H sebagaimana yang diinginkan.

23 7. Lakukan optimasi geometri agar bentuk molekulnya menjadi benar secara kimia komputasi dengan standar hitungan dengan menggunakan salah satu metode, misalnya di sini saya gunakan metode Molecular Mechanic. Klik menu Setup pada menu bar. KlikMolecular Mechanic hingga tercentang terus klik Ok. 8. Selanjutnya kita lakukan optimasi geomteri terhadap bentuk molekul yang kita buat. Klik menu Compute, Klik Geometry Optimation dan klik Ok saja begitu menu pop-up muncul. Selanjutnya tunggu hingga proses optimasi selesai yang ditandai dengan Converged = YES. (ini ada pada bagian status bar, terletak dibagian bawah layar kerja Hyperchem.

24 9. Berikut kalau kita ingin menampilkan hasil dalam berbagai model, seperti yang ditawarkan pada menu Display, Rendering, pilih metode rendering yang kita inginkan.

25 10. Berikut tampilan beberapa hasil rendering: Stick

26 Tube Ball Demikian cara menggambar bentuk molekul dengan menggunakan Hyperchem 8. INTEGRASI BUDAYA LOKAL PADA PEMBELAJARAN KIMIA SMA Artikel tentang integrasi Budaya Lokal Pada Pembelajaran Kimia SMA, dapat didownload disini.