TUTORIAL APLIKASI CHEMDRAW

Transkripsi

1 TUTORIAL APLIKASI CHEMDRAW Chemdraw merupakan software kimia dari produk Cabridgesoft.inc. ChemDraw memiliki banyak fungsi, diantaranya membuat nama dan struktur senyawa,. membuat struktur streokimia dengan benar dari nama kimia, dan mendapatkan nama IUPAC dengan akurat dari struktur. Perkiraan spektra NMR dari struktur suatu senyawa dengan atom langsung dengan korelasi spektral. Selain itu, ChemDraw dilengkapi dengan peringatan jika terjadi kesalahan dalam pembuatan struktur kimia. Peringatan tersebut biasanya berwarna merah dan mengelilingi bagian struktur yang salah. Setelah berhasil melakukan installasi ChemDraw 11 maka pada PC akan terlihat program baru yang bernama ChemBioOffice 2008 yang di dalamnya terdapat ChemDraw Ultra Klik ChemDraw Ultra 11 maka akan tampil gambar sebagai berikut: Misalnya ingin mengetahui nama struktur senyawa CH 3 CHOHCH 2 CH 3

2 Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut : 1. Buat struktur senyawa CH 3 CHOHCH 2 CH 3 pada lembar ChemDraw 2. Pilih structure pada bagian toolbar 3. Pilih structure convert to name 4. Setelah itu nama dari senyawa CH 3 CHOHCH 2 CH 3 akan muncul seperti gambar dibawah ini. Sebaliknya ChemDraw juga dapat menggambarkan struktur suatu senyawa dari nama senyawa tersebut. Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut : 1. Tulis nama suatu senyawa pada lembar ChemDraw 2. Pilih structure pada bagian toolbar 3. Pilih name convert to structure sesuai (IUPAC) TUTORIAL APLIKASI CHEMSKETCH Cara Menggambar Struktur Lewis Menggunakan ChemSketch

3 Penggambaran struktur molekul menurut Lewis (aka struktur Lewis) merupakan gambaran yang masuk akal yang bisa diterima selama ini. Visualisasinya biasanya menggunakan dot atau tanda x atau yang lain, juga boleh menggunakan variasi warna. Tujuan penggambaran ini hanyalah untuk memudahkan siapa saja yang ingin memahami struktur atom atau molekul. Jika ingin mengambarkan struktur Lewis secara manual tidaklah sulit. Namun pada saat menuliskan/menggambar dengan program olah kata itu akan menyulitkan. Oleh karena itu akan lebih mudah kalau menggunakan perangkat lunak pendukung yang khusus. Misalnya dengan menggunakan Chemsketch. Penggunaan ChemSketch untuk menggambar struktur Lewis sangat mudah. Di situ sudah tersedia beberapa model dan kita bisa menambahkannya sendiri sehingga pada saat diperlukan kita tinggal klik saja. Cara menggambar struktur Lewis: 1. Buka ChemSketch: Klik Start-> Program -> ACDLabs 12 -> ChemSketch 2. Klik F5 atau klik menu Template -> Template Windows

4 3. Pilih model struktur Lewis yang sesuai dengan meng-kliknya dan kemudian klik pada area kerja ChemSketch. Misalnya saya pilih struktur Lewis dari CH4.

5

6 4. Pindahkan dari mode Structure ke mode Draw agar struktur Lewis tadi bisa dikopi 5. Klik struktur Lewis tadi kemudian kopi dengan Tombol Ctrl + C atau klik Edit -> Copy 6. Buka pengolah kata yang biasa anda pakai.

7 7. Letakkan (paste/rekat) pada posisi di mana anda akan meletakkan struktur Lewis kemudian Ctrl+V atau klik menu Edit -> Paste pada pengolah kata tadi 8. Lakukan hal yang sama untuk struktur Lewis lainnya. Bagaimana kalau kita ingin menambah model Lewis yang tidak tersedia di Template-nya ChemSketch? Berkas (file) untuk template ini sebenarnya terletak pada c:\program files\acdfree12\template\. Kita bisa memodifikasi dan membuat sendiri template yang belum tersedia. Untuk menambah atau memodifikasi template yang ada. 1. Buat model struktur lewis secara manual pada mode Draw. Gunakan atau aktifkan Tool Edit Texts yang berada tepat di bawah tulisan Draw. Mulailah menggambar struktur Lewis satu persatu dan dengan menggunakan beberapa template yang tersedia (seperti dot dll). Setelah selesai menggambar itu lakukan grouping dengan klik menu Object dan pilih Group. Jangan lupa sebelumnya seleksi semua gambar tadi. Untuk mengkopi bagian tertentu praktis (tekan tombol Ctrl sambil men-drag apa yg akan dikopi kemudian meletakkan di sisi lain.

8 2. Setelah selesai pada menu Templates klik Save User Template 3. Isikan nama template dan tempat penyimpanan template yang anda buat pada folder tertentu. 4. Template siap digunakan dan secara otomatis ada dalam jendela template windows.

9 Tutorial Avogadro Cara Menggunakan Aplikasi "Avogadro" Setelah sebelumnya saya jelaskan tentang aplikasi qutemol, yang merupakan aplikasi visualisasi molekul, pada tulisan ini saya akan menjelaskan satu aplikasi kimia lain yang juga cukup menarik, yakni aplikasi Avogadro. Avogadro adalah salah satu aplikasi editor molekul yang bisa dikatakan canggih, dimana aplikasi ini dirancang untuk berbagai jenis platform sistem operasi, yang salah satunya adalah sistem operasi Linux BlankOn. Aplikasii ini digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait. Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang. Apa yang dapat dilakukan Avogadro? Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis) Inovatif auto-optimation, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi

10 mekanika molekular. Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum. Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan. Embedded interpreter Python. Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan. Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X. Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut. Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi. Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python. Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul. Lalu bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? dalam pengoperasian aplikasi ini dapat dikatakan tidak sulit, dan disini saya akan menjelaskan langkah demi langkah pengoperasian aplikasi ini. Pada artikel ini saya akan membuat bentuk struktur molekul glukosa dengan avogadro.untukmemulai aplikasi ini, pertama, tentu kita harus membuka aplikasi Avogadro. dimana tampilan awal dari aplikasi ini seperti ditunjukkan pada gambar dibawah ini.

11 Untuk mebuat bentuk molekul glukosa pertama-tama kita klik Tool Setting, kemudian pada kolom Element kita ambil atom karbon, pada Bond Order pilih single, kemudian klik pada layar gambar, tahan dan geser hingga terbentuk ikatan antar atom.

12 Apabila atom yang kita inginkan tidak ada pada list, maka kita dapat klik other untuk memunculkan tabel periodik unsur dan memilih atom yang kita inginkan dengan meng-klik atom tersebut.

13 Buat 6 buah atomk karbon yang saling berikatan seperti pada gambar berikut : Selanjutnya pilih atom oksigen dan gambarkan 6 atom oksigen seperti pada gambar berikut :

14 selanjutnya pilih atom hidrogen dan gambarkan seperti pada gambar berikut : Dan selesai. jadilah satu molekul glukosa yang terdiri dari

15 atom karbon, oksigen dan hidrogen. Selanjutnya setelah molekul sudah kita buat, kita juga bisa memanfaatkan toolbar dari aplikasi ini untuk melihat secara lebih detil dari atom yang kita buat dengan penjelasan masingmasing toolbar sebagai berikut : fungsi ikon ini adalah untuk membuat molekul serta membuat ikatan diantara atom-atom pada ruang gambar kita buat fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang fungsi ikon ini adalah untuk melihat sudut kemiringan molekul secara vertikal dan horisontal fungsi ikon ini adalah untukmerotasi desain molekul pada gerakan yang bebas fungsi ikon ini adalah untuk menjalankan animasi rotasi ke berbagai arah sesuai dengan garis arah mouse kita buat fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat ke beberapa arah

16 sekian penjelasan singkat saya mengenai aplikasi kimia Avogadro yang dijalankan pada sistem operasi linux blankon. silabus silabus kimia sma kelas XI kurikulum 2013 dapat diunduh disini silabus silabus kimia SMA kelas XII kurikulum 2013 dapat diunduh disini Halo dunia! Selamat datang di WordPress. Ini adalah pos pertama Anda. Sunting atau hapus pos ini, lalu mulailah menulis!