MODUL KIMIA KOMPUTASI Cara Men-Download, Menginstall Dan Menggunakan Chemcketch Dan Marvin Sketch Serta Cara Men-Download Ligan Dan Protein

Transkripsi

1 MODUL KIMIA KOMPUTASI Cara Men-Download, Menginstall Dan Menggunakan Chemcketch Dan Marvin Sketch Serta Cara Men-Download Ligan Dan Protein DISUSUN OLEH NUR AFIAH ( ) PROGRAM STUDI KIMIA FAKULTAS SAINS UNIVERSITAS COKROAMINOTO PALOPO 2015 i

2 UNIT 1 CHEMSKETCH Chemsketch adalah aplikasi penampil struktur molekul yang bersifat freeware (gratis download, gratis pakai). Aplikasi ini mempermudah kita dalam menggambar struktur senyawa karbon, khususnya bagi mahasiswa yang sedang menyusun skripsi atau penelitian lainnya. Pekerjaan mengunduh atau men-download bukanlah pekerjaan sulit, bagi yang sudah bisa dan memahami petunjuk yang terpampang di web tertentu. Namun bagi mereka yang masih kesulutan mendownload aplikasi, saya rasa mereka sangat memerlukan modul sebagai bantuan untuk memudahkan mereka. Syarat untuk mengunduh ChemSketch: Ada koneksi internet yang memadai Bisa membaca tulisan dengan baik :) Bisa ngeklik mouse atau touchpad Punya aplikasi untuk akses internet. Langkah-langkah men-download adalah sebagai berikut. 1. Buka aplikasi internet misalnya Mozilla firefox, google chrome, Internet Explorer, dll. Pada modul ini aplikasi yang saya gunakan adalah Mozilla firefox. 2. Masukkan alamat resmi untuk mendownload chemsketch pada link alamat. Yaitu chemsketch.en.softonic.com seperti dibawah ini. 1

3 3. Pilih link Free Download 2

4 Jika anda tidak memiliki IDM maka akan muncul seperti ini. Klik save file Tunggu sampai proses download selesai. Selanjutnya langkah-langkah untuk menginstal chemsketch. 1. buka file yang telah di download dengan meng-klik ikon download pada sisi kanan atas. Atau tekan tombol ctrl+j pada keyboard 3

5 Pilih file dengan judul chemsk11.exe lalu klik. 2. Klik next 4

6 3. Klik I accept the terms in the license agreement. Lalu klik next 4. Klik next 5

7 5. Klik next 6. Klik next 6

8 7. Klik install 8. Tunggu sampai proses penginstalan selesai 7

9 9. Klik finish Nah, penginstalah telah selesai. Selanjutnya cara membuat struktur dengan chemsketch Pertama-tama untuk mengakses aplikasi ini dengan mudah, ada baiknya jika kita membuat shortcut pada taskbar atau pada desktop. a) Untuk membuat shortcut pada taskbar - Buka folder aplikasi chemsketch dari menu computer > Local Disk (C: ) > Program Files > ACDFREE11 - Klik kanan pada aplikasi CHEMSK > pin to taskbar 8

10 b) Untuk membuat shortcut pada desktop - Klik kanan pada aplikasi pilih send to > desktop (create shortcut) Sekarang, shortcut chemsketch sudah ada di taskbar dan di desktop anda. 9

11 Pada kesempatan ini saya akan membuat struktur dari salah satu asam amino yaitu proline. langkah-langkanya sebagai berikut. 1. Buka aplikasi chemsketch dengan meng-klik shortcut chemsketch pada taskbar. 2. Klik ikon cyclopentane pada menu yang ada disamping kanan layar kerja chemsketch. Drag kemudian klik satu kali untuk membuat siklopentana 10

12 3. Klik ikon carboxyl pada menu yang ada disamping kanan layar kerja chemsketch. Drag kemudian klik satu kali pada salah satu sudut siklopentana untuk membuat gugus karboksilat 4. Klik atom N pada menu yang ada disamping kiri layar kerja chemsketch. Klik satu kali pada sudut sikloheksana yang terdekat dengan gugus karboksilat untuk mengganti CH 2 menjadi NH 11

13 5. Untuk memberi nama klik generate name for structure pada menu yang ada dibagian atas layar kerja chemsketch. 6. Selanjutnya untuk melihat struktur 3D prolin. Klik 3D viewer pada menu yang ada dibagian atas layar kerja chemsketch. 12

14 Berapa tampilan 3D proline 13

15 7. Save struktur yang telah anda buat dengan cara klik file > save - ketik nama proline pada kotak dialog file name - pilih tipe GIF Bitmaps ( *.gif) pada save as type. klik save. Struktur yang anda buat telah tersimpan sebagai foto dengan nama proline.gif 14

16 Ini adalah struktur prolin yang telah dibuat. 15

17 UNIT 2 MARVIN SKETCH MarvinSketch adalah software buatan ChemAxon. Software ini dapat didownload secara bebas dari chemaxon.com. MarvinSketch ditujukan untuk menggambar struktur molekul, reaksi kimia, menampilkan sifat-sifat dari struktur dan masih banyak lagi. Untuk versi yang free, tidak semua fungsi ini dapat dijalankan karena ada beberapa plugin yang harus kita download dari internet. Selain untuk fungsi menggambar, MarvinSketch juga dapat digunakan untuk menampilkan data koefisien partisi, protonasi, analisis topologi. Dalam kaitannya dengan kemoinformatika yang tentu saja berkaitan dengan database MarvinSketch dapat digunakan sebagai tool untuk mengakses database dari PubChem, ChemSpider dan Chemicalize. Untuk mengakses database ini, kita harus menggambar struktur molekul yang kita inginkan terlebih dahulu kemudian baru mengakses database dari PubChem, ChemSpider atau Chemicalize. Men-Download Marvin Sketch 1) Koneksi ke internet 2) Buka aplikasi internet misalnya Mozilla firefox 3) Ketik download marvinsketch lalu pilih MarvinSketch-advanced chemical drawing saotware 1

18 4) Lalu muncul tampilan seperti dibawah ini. Klik link download marvin 5) selanjutnya klik login. Jangan lupa beri tanda centang pada kotak dialog I accept Beri tanda 6) selanjutnya login dengan akun chemaxon.com. jika tidak memiliki akun chemaxon, bisa membuatnya dengan cara sebagai berikut: 2

19 klik register klik I agree to these terms 3

20 selanjutnya mulai registrasi dengan mengisi kolom registrasi yang ada sesuai dengan data anda (seperti contoh dibawah ini). Setelah semuanya terisi klik submit nah, akun anda telah di buat 4

21 untuk mengaktifkan akun tersebut supaya bisa digunakan, login yang digunakan tadi lalu klik link pengaktifan. selamat, akun anda berhasil diaktifkan. Untuk melanjutkan proses download tadi, klik login 5

22 7) untuk login, masukkan usaename dan password anda. Lalu klik login 8) beri tanda centang 6

23 9) pada pilihan archives, ubah ke versi 6.00 untuk download marvin versi lalu klik get archive 10) Selanjutnya pada pilihan /data/download/marvin/6.0.0/, pilih format download marvinbeans windows.exe lalu klik. 11. Simpan file di tempat yang anda pilih. Tunggu sampai proses download selesai 7

24 Cara Menginstall 1. Buka file yang telah di download. Lalu klik dua kali. Maka akan dimulai proses penginstalan. 2. Seteleh itu muncul jendela seperti dibawah ini. klik next 8

25 3. Selanjutnya klik pada pilihan I accept the agreement lalu klik next 4. Setelah itu klik next sampai muncul jendela seperti dibawah ini.tunggu sampai proses penginstalan selesai 9

26 5. Klik finish Proses penginstalan telah selesai. Cara Menggunakan 1. Buka aplikasi marvinsketch yang telah di install Lembar kerja marvinsketch 10

27 2. Buat struktur H 3 PO 4 seperti berikut 3. Tampilan yang muncul 11

28 4. Merubah tampilan struktur Kita juga dapat merubah tampilan struktur dari asam sulfat dengan memilih beberapa menu yang disediakan, namun yang paling sering dipakai adalah sebagai berikut: a. Untuk merubah tampilan menjadi bentuk Ball dan Stick menjadi seperti ini Klik menu view > structure Display > Ball and Stick. Lalu klik. b. Untuk memunculkan pasangan elektron bebas dari unsur yang berikatan Klik menu view > Advanced > lone pairs. Lalu klik. 12

29 5. Simpan file.klik menu file > save 13

30 UNIT 3 CARA DOWNLOAD PROTEIN DAN LIGAN Salah satu aplikasi untuk download protein adalah PDB. Berikut cara download protein dengan PDB 1. Buka aplikasi internet 2. Ketik PDB pada kotak dialog pencarian. maka akan muncul seperti berikut 3. Pilih RSCB Protein Data Bank RSCB PDB. masukkan nama protein target pada bagian search. (misalnya rhinovirus.) lalu klik GO 1

31 4. Menetapkan protein target yang akan di unduh misalnya PDB ID 4RHV lalu klik download Protein diunduh dengan format pdb 2

32 5. File hasil unduhan disimpan dalam format pdb. Protein berhasil diunduh. Sekian 1