TUTORIAL APLIKASI HYPERCHEM

Transkripsi

1 TUTORIAL APLIKASI HYPERCHEM TUTORIAL APLIKASI HYPERCHEM Bagi kita anak kimia, sudah tak asing lagi dengan yang namanya molekul kan? Apalagi kalau disuruh buat bentuk molekul yang bentuk nya ribet. Nah, sekarang gak usah binggung lagi untuk membuatnya. Sekarang sudah ada aplikasi yang mempermudah kita untuk membuat berbagai bentuk molekul yaitu dengan menggunakan HyperChem. Apasih HyperChem itu? Hyperchem adalah salah satu aplikasi kimia komputasi yang relatif mudah untuk digunakan karena sifatnya yang langsung bisa menunjukkan tampilan dari apa yang hendak kita buat. Meskipun demikian ini hanyalah sekelumit tentang kemampuan Hyperchem yang bisa dimanfaatkan dalam pembuatan media belajar yang sederhana namun secara komputasi kimia dibenarkan. Tentu saja kalau semua kita lakukan dengan benar, tidak asal gambar, seperti sebelum menggunakan software layaknya Hyperchem ini. Bagi teman-teman yang belum mempunyai Aplikasi HyperChem, dapat mengunduh aplikasi dibawah ini: Download: HyperChem.v8.0.8.rar

2 Buat teman-teman yang belum tahu HyperChem itu apa, berikut akan saya jelaskan sedikit langkah-langkah menggunakan aplikasi. TUTORIAL DIUNDUH CARA MENGINSTAL APLIKASI HYPERCHEM DAPAT DILIHAT DAN DI SINI Berikut, akan saya jelaskan sedikit menggunakan aplikasi HyperChem : langkah-langkah 1. Klik Start all program- hyperchem professional 2.Kemudian akan muncul tampilan awal sebagai berikut. 3. Untuk memulai menggambar molekul yang kita inginkan, klik pada tombol Draw

3 4. Klik Build- default element (untuk memunculkan SPU)- klik unsur yang akan kita buat 5. Misalkan kita ingin membuat struktur benzena 6. Lakukan optimasi geometri agar bentuk molekulnya menjadi benar secara kimia komputasi dengan standar hitungan dengan menggunakan salah satu metode, misalnya menggunakan metode Ab Initio. Klik menu Setup pada menu bar. Klik Ab Initio hingga tercentang terus klik Ok.

4 7. Selanjutnya kita lakukan optimasi geometri terhadap bentuk molekul yang kita buat. Klik menu Compute, Klik Geometry Optimation dan klik Ok. Selanjutnya tunggu hingga proses optimasi selesai yang ditandai dengan Converged = YES. (ada pada bagian status bar, terletak dibagian bawah layar kerja Hyperchem) 8. Jika ingin menampilkan hasil dalam berbagai model, seperti yang ditawarkan pada menu Display, Rendering, pilih metode rendering yang kita inginkan. TUTORIAL CARA MENGGUNAKAN APLIKASI HYPERCHEM DAPAT DILIHAT DAN DIUNDUH DI SINI Dan untuk lebih jelasnya lihat video tutorialnya di bawah ini

5 ya.. Selamat mencoba teman-teman TUTORIAL APLIKASI KALZIUM TUTORIAL APLIKASI KALZIUM Pasti pernah dengar dong apa itu Kalsium? unsur kimia dalah golongan Alkali, tepat sekali. Lalu apa Kalsium sama dengan Kalzium? Kesempatan ini kita akan membahas Kalzium ya tepatnya Aplikasi Kalzium. Kalzium merupakan aplikasi lain dari Linux. Lalu apa itu Aplikasi Kalzium? Kalzium adalah nama sebuah software (open source software OSS) yang memanfaatkan tabel periodik untuk mengeksplorasi setiap unsur. Tapi ternyata

6 tidak sekedar tabel periodik biasa, lebih dari sekedar tabel periodik. Kalzium berasal dari bahasa Jerman dari kata kalsium. Saat ini Kalzium sampai di versi Hidrogen. Untuk diketahui semenjak Kalzium menjadi aplikasi standalone ia versinya akan dinamai dengan urutan nama unsur dalam tabel periodik. Apa sajakah yang bisa digunakan dari kalzium dalam pemebelajaran kimia sma? Materi-materi pelajaran kimia SMA, bab-bab tertentu sangatlah tepat memanfaatkan kehebatan Kalzium. Tentu ini hanya merupakan alternatif dalam penggunaan media pembelajaran. Sampai saat ini Kalzium belum mendukung untuk sitem operasi Windows. Hanya bisa berjalan untuk sistem operasi Linux. Oleh karena itu di sarankan pengguna yang ingin mencobanya sebaiknya meningstall sistem operasi Linux di komputernya. Aplikasi Kalzium berisi informasi tentang karakteristik dari unsur-unsur kimia dalam tabel periodik seperti nomor massa, nomor atom, energi, model atom, energy ionisasi, dan semua yang menjadi karakteristik dari suatu unsur tersebut. Dengan aplikasi ini tentu dapat memudahkan kita menemukan informasi tentang unsur yang kita perlukan. Banyak kelebihan yang membuat aplikais ini cocok untuk membantu dan mempermudah dalam proses pembelajaran kimia. Buat teman-teman yang belum tahu Kalzium itu apa, berikut akan saya jelaskan sedikit langkah-langkah menggunakan aplikasi. Cara menggunakan Aplikasi Kalzium ini cukup mudah, berikut langkah-langkahnya: 1. Langkah awal, bukalah aplikasi Kalzium. Dimana tampilan awal dari aplikasi ini seperti gambar berikut:

7 Saat kita membuka aplikasi kalzium tampilan seperti gambar diatas adalah table SPU Klasik. Untuk bentuk tabel SPU kita bisa merubahnya sesuai dengan keinginan kita, bentuk SPU pendek, atau yang lain. Berikut tampilan tabel jenis SPU panjang : Misal kita ingin mengetahui informasi dari atom Nitrogen, maka caranya : Ketik Natrium pada kolom Serach > enter, maka akan muncul Lambang nitrogen disebelah kiri seperti pada gambar berikut :

8 Untuk informasi lebih lengkap, caranya klik simbol unsur atom Nitrogen (N) > pilih jenis informasi apa yang diinginkan maka akan keluar tampilan sebagai berikut :

9

10 2. Jika kita ingin mengetahui isotop dari unsur-unsur, caranya : klik toolbar Isotop Table, maka akan muncul tampilan sebagai berikut : 3. Jika kita ingin melakukan perhitungan dengan mudah menggunakan Kalzium, caranya : klik toolbar Perform Calculations > pilih perhitungan yang ingin dilakukan, yaitu : Untuk perhitungan Massa Relatif molekul (Mr), caranya

11 : klik menu Molecular mass calculator > masukkan nama molekul > klik tombol Calc. Misal H2SO4, maka tampilannya sebagai berikut : Untuk perhitungan konsentrasi, penentuan MR, densitas dari suatu laruta dan lainnya. Caranya : klik menu Concentration calculator > Masukkan data sesuai yang diinginkan pada kolom yang sudah disediakan, maka tampilannya sebagai berikut : Untuk perhitungan Inti atom berupa masa isotop, rediksi massa yang diharapkan dari unsure setelah waktu paruh,

12 caranya: klik menu Nuclear Calculator > pilih unsur yang diinginkan pada kolom nama unsur, maka akan muncul informasi inti atom beserta waktunya. Tampilannya sebagai berikut: Untuk perhitungan tentang gas yaitu: menghitung volume gas, MR gas, tekanan, dan lainnya, caranya : klik menu Gas calculator > masukkan data-data yang ada sesuai dengan kolom-kolom yang disediakan, maka akan muncul hasil perhitungan volume. Tampilannya seperti berikut : Untuk perhitungan titrasi dan menentuka kurva titrasi, caranya : klik menu Titrasion calculator > masukkan data, volume sebagai data sumbu Y dan ph sebagai sumbu

13 X > pilih plotkan, maka akan muncul grafiknya. Perhitungan ini mencoba untuk mengetahui titik ekivalen dari ph-meter dan diikuti dengan titrasi terbaik. Tampilannya seperti berikut : Untuk perhitungan koefisien dalam persamaan kimia dan membantu menyetarakan persamaan reaksi kimia, caranya : klik menu Equation calculator > menuliskan reaksi pada kolom yang disediakan > klik tombol Calc, maka akan muncul jawaban koefisien ( dengan symbol a,b,c,dan lainnya) dari reaksi tersebut. Tampilannya seperti berikut :

14 4. Jika kita ingin membuat atau mengedit olekul, caranya : Klik menu Tools > pilih Molecular Editor, muncul tampilan : maka akan Ada tiga menu yaitu display, edit dan measure. klik menu-menu tersebut dan isi sesuai pilihan yang kita inginkan, bagian warna hitam itu adalah lembar kerjanya. Untuk membuat molekulnya contoh asam asetat, maka klik menu edit dan pilih atom karbon klik di lembar kerja sebanyak 2 kali pada tempat yang berbeda. Begitu pula

15 atom 2 oksigen dan 4 atom hidrogen. Setelah itu hubungkan antar atom dengansinggle atau double bond. Untuk mengetahui jarak atau panjang ikatan maka klik menu measure, maka bagian bawah halaman kerja akan muncul jawabannya. Nah banyak hal yang bisa diketahui, dilakukan dan dikembangkan dengan apliksi Kalzium ini. Untuk bisa menggunakannya, bagi yang memiliki Linux. Cara untuk menginstall aplikasi ini yaitu : Tersambung Internet > Buka program Terminal Emulator > Ketik sudo apt-get install Kalzium > Enter > selesai, Langsung buka aplikasi Kalzium kemudian selamat mencoba Seperti itu sedikit pengetahuan tentang cara menggunakan Aplikais Kalzium, Mudah dan menyenangkan bukan? dan tentunya dapat digunakan dalam mempermudah proses pembelajaran kimia sesuai dengan kebutuhan pengguna Aplikasi Kalzium. TUTORIAL DIUNDUH CARA MENGGUNAKAN APLIKASI KALZIUM DAPAT DILIHAT DAN DI SINI Dan untuk lebih jelasnya lihat video tutorialnya di bawah ini ya.. Selamat mencoba teman-teman

16 TUTORIAL APLIKASI CHEMSKETCH TUTORIAL APLIKASI CHEMSKETCH ACD/ChemSketch Freeware merupakan paket pemodelan molekul yang memudahkan kita untuk menggambar struktur kimia 2D dan 3D senyawa-senyawa organic, organologam dan polimer. Perangkat lunak ini dilengkapi dengan table periodic (Periodic Table) untuk menggambar struktur-struktur sederhana dan Table of Radicals yang menyediakan struktur gugus-gugus fungsi, cincin siklik dan aromatic, serta asam-asam amino, sehingga sangat memudahkan para pemula dalam menggambar dan menamai molekul. Chemsketch adalah software grafis untuk menggambar hal yang ada hubungannya dengan kimia. Bisa menggambar secara manual atau menggunakan templet yang disediakan. Klik dan gambar molekul, ion, stereobonds, teks, poligon, panah, serta perlengkapan laboratorium, dll termasuk menentukan secara otomatis massa suatu atom atau molekul. Kita juga dapat memperkirakan densitas, indeks bias, volume molar, dll. Selain itu dari ACDLabs juga menawarkan beberapa download gratis untuk utilitas yang dapat dipergunakan dalam ChemSketch sehingga lebih powerfull. Untuk dapat mendownload software ini diperlukan registrasi (sebentar hanya memasukan beberapa data alamat dan lain-lain). Setelah download lakukan instalasi sebagaimana biasa dan siap untuk digunakan.

17 Gambar 1. Contoh Pembuatan Struktur Molekul Pada Software Chemsketch ChemSketch adalah aplikasi penampil struktur molekul yang bersifat freeware. Bagi guru kimia sepertinya ini adalah aplikasi wajib yang harus digunakan untuk mendukung pekerjaannya. Apalagi kalau guru kimia lebih sering menggunakan komputer dalam mengajar. Penggunaannya relatif mudah, mudah kalau sudah terbiasa. Kalau ingin menggambar struktur senyawa karbon dengan menggunakan aplikasi olah kata, ini justru akan sulit, lebih sulit dari menggambar menggunakan alat tulis konvensional. Aplikasi olah kata memang bukan diperuntukkan menggambar struktur kimia, jadi fasilitas untuk itu jelas tidak tersedia. Untuk memudahkan teman-teman dalam membuat struktur kimia dengan menggunakan Chemsketch, saya sediakan tutorialnya TUTORIAL CARA MENGINSTAL APLIKASI CHEMSKETCH DAPAT DILIHAT DAN DIUNDUH DI SINI TUTORIAL CARA MENGGUNAKAN APLIKASI CHEMSKETCH DAPAT DILIHAT DAN DIUNDUH DI SINI Dan untuk lebih jelasnya lihat video tutorialnya di bawah ini ya..

18 Selamat mencoba teman-teman TUTORIAL APLIKASI CHEMDRAW TUTORIAL APLIKASI CHEMDRAW Buat teman-teman yang masih kesulitan dalam membuat struktur kimia, kini ada aplikasi ChemDraw yang bisa membantu kita dalam membuat struktur kimia. Chemdraw merupakan software kimia dari produk Cabridgesoft.inc. ChemDraw memiliki banyak fungsi, diantaranya membuat nama dan struktur senyawa, membuat struktur streokimia dengan benar dari nama kimia, dan mendapatkan nama IUPAC dengan akurat dari struktur. Perkiraan spektra NMR dari struktur suatu senyawa dengan atom langsung dengan korelasi spektral. Selain itu, ChemDraw dilengkapi dengan peringatan jika terjadi kesalahan dalam pembuatan struktur kimia. Peringatan tersebut biasanya berwarna merah

19 dan mengelilingi bagian struktur yang salah. Buat teman-teman yang belum tahu ChemDraw itu apa, berikut akan saya jelaskan sedikit langkah-langkah menggunakan aplikasi. TUTORIAL DIUNDUH CARA MENGINSTAL APLIKASI CHEMDRAW DAPAT DILIHAT DAN DI SINI TUTORIAL CARA MENGGUNAKAN APLIKASI CHEMDRAW DAPAT DILIHAT DAN DIUNDUH DI SINI Dan untuk lebih jelasnya lihat video tutorialnya di bawah ini ya.. Selamat mencoba teman-teman TUTOTIAL APLIKASI CHEMCRAFT TUTORIAL APLIKASI CHEMCRAFT

20 Chemcraft merupakan software kimia komputasi yang sangat membantu dalam pembelajaran serta pengamatan di bidang kimia. Chemcraft menyediakan visualisasi yang sangat rinci dari Gamess-AS file output. Data berikut dari file dapat disajikan secara grafis: Atom koordinat (sesuai dengan atom yang unik baik semua atau simetri, jika tabel-tabel yang disajikan dalam file); 1. Jika obligasi analisis urutan disajikan dalam file, obligasi dari file akan ditampilkan pada gambar (jika tidak, obligasi dihitung oleh algoritma jarak); 2. Gradien Energi dapat ditampilkan dalam bentuk pointer. 3. Sifat atom yang berbeda dapat ditampilkan sebagai label pada atom: Mulliken populasi, kepadatan spin, valensi; 4. Obligasi perintah (seperti label pada obligasi); 5. O r b i t a l M o l e k u l y a n g d i v i s u a l i s a s i k a n s e b a g a i isosurfaces atau pesawat berwarna; 6. Mode vibrasi dapat animasi atau ditampilkan dalam bentuk pointer (vektor perpindahan); 7. Momen Dipole dapat divisualisasikan sebagai pointer; Untuk memudahkan teman-teman dalam membuat struktur kimia dengan menggunakan Chemsketch, saya sediakan tutorialnya TUTORIAL DIUNDUH CARA MENGINSTAL APLIKASI CHEMCRAFT DAPAT DILIHAT DAN DI SINI TUTORIAL CARA MENGGUNAKAN APLIKASI CHEMCRAFT DAPAT DILIHAT DAN DIUNDUH DI SINI Dan untuk lebih jelasnya lihat video tutorialnya di bawah ini ya.. Selamat mencoba teman-teman

21 TUTORIAL PENGINSTALAN DAN PEMBUATAN APLIKASI AVOGADRO TUTORIAL APLIKASI AVOGADRO Cara Menggunakan Aplikasi "Avogadro" Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang. Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang. Apa saja kelebihan dari aplikasi Avogadro ini? Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap

22 uji biologis) Inovatif auto-optimation, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular. Antar muka untuk banyak paket komputasi umum. Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan. Embedded interpreter Python. Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan. Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X. Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut. Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi. Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python. Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul. Buat teman-teman yang belum tahu Avogadro itu apa, berikut akan saya jelaskan sedikit langkah-langkah menggunakan aplikasi. TUTORIAL DIUNDUH CARA MENGINSTAL APLIKASI AVOGADRO DAPAT DILIHAT DAN DI SINI TUTORIAL DIUNDUH CARA MENGGUNAKAN APLIKASI AVOGADRO DAPAT DILIHAT DAN DI SINI Dan untuk lebih jelasnya lihat video tutorialnya di bawah ini ya..

23 Selamat mencoba teman-teman