ANALISIS RAGAM GENOTIP RAPD DAN FENOTIP TRUSS MORFOMETRIK TIGA POPULASI IKAN GABUS Channa striata (Bloch, 1793) TIA OKTAVIANI

Transkripsi

1 ANALISIS RAGAM GENOTIP RAPD DAN FENOTIP TRUSS MORFOMETRIK TIGA POPULASI IKAN GABUS Channa striata (Bloch, 1793) TIA OKTAVIANI DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2013

2

3 PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa Striata (Bloch, 1793) adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor. Bogor, Juli 2013 Tia Oktaviani NIM C

4 ABSTRAK TIA OKTAVIANI. Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa Striata (Bloch, 1793). Dibimbing oleh DINAR TRI SOELISTYOWATI dan RUDHY GUSTIANO. Dalam rangka pengelolaan sumber genetik jangka panjang dan pengembangan budidaya untuk kelestarian ikan gabus maka evaluasi sumber daya genetik populasi berdasarkan lokasi geografis perlu dilakukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman genotip dan fenotip ikan gabus yang berasal dari Jawa, Sumatera dan Kalimantan menggunakan metode RAPD dan truss morfometrik. Analisis RAPD dilakukan dengan menggunakan primer OPA- 02, OPA-04, dan OPA-07. Truss morfometrik dilakukan dengan mengukur 21 karakter pada tubuh ikan yang diamati. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa ikan gabus Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas yang lebih tinggi dibandingkan populasi dari Sumatera dan Kalimantan, yaitu sebesar 83,33% dan 0,3655. Populasi Kalimantan dan Jawa memiliki jarak genetik tertinggi yaitu sebesar 0,1908. Hubungan interpopulasi berdasarkan kemiripan pengukuran truss morfometrik dari populasi Sumatera dan Kalimantan mencapai 50%. Koefisien keragaman fenotip morfometrik populasi Kalimantan memiliki nilai yang lebih tinggi dibandingkan dengan populasi dari Jawa dan Sumatera. Kata kunci: RAPD, morfometrik, ikan gabus, Channa ABSTRACT TIA OKTAVIANI. Analysis Genetic Variability and Truss Morphometric Three Populations of Snakehead Fish Channa Striata (Bloch, 1793). Survised by DINAR TRI SOELISTYOWATI and RUDHY GUSTIANO. In order to manage genetic resouces for aquaculture development of snakehead fish, the evaluation of genetic variability of three populations from different geographical areas is needed to be performed. The purpose of this study is to identify the genotype and phenotype of snakehead fish from Jawa, Sumatera and Kalimantan using RAPD and truss morphometric. RAPD method used OPA- 02, OPA-04 and OPA-07 primers was conducted to type the genotypes. Twenty one measurement of truss morphometric was done on the body of fish observed. The results showed that population from Java had highest percentage of polymorphism and heterozygosity than Sumatera and Kalimantan fish population that was, 83,33% and 0,3655. The population from Kalimantan and Jawa had the highest genetic distance was 0,1908. Population from Sumatera and Kalimantan had interpopulation relationship based on the similarity of truss morphometric was 50%. Coefficien of morphometric variation data showed that population of snakehead fish from Kalimantan was higher than Jawa and Sumatera. Keywords: RAPD, morphometric, snakehead fish, Channa

5 ANALISIS RAGAM GENOTIP RAPD DAN FENOTIP TRUSS MORFOMETRIK TIGA POPULASI IKAN GABUS Channa striata (Bloch, 1793) TIA OKTAVIANI Skripsi sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan pada Departemen Budidaya Perairan DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2013

6

7 Judul Skripsi : Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa Striata (Bloch, 1793) Nama : Tia Oktaviani NIM : C Program Studi : Teknologi dan Manajemen Perikanan Budidaya Disetujui oleh Dr Ir Dinar Tri Soelistyowati, DEA Pembimbing I Dr Ir Rudhy Gustiano, M Sc Pembimbing II Diketahui oleh Dr Ir Sukenda, M Sc Ketua Departemen Tanggal Lulus:

8 PRAKATA Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan karunianya sehingga penyusunan skripsi dengan judul Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa Striata (Bloch, 1793) dapat diselesaikan. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Februari 2013 sampai Mei 2013 bertempat di Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Tawar Bogor, Jawa Barat. Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terimakasih kepada: 1. Ayahanda E. Kusnadi dan Ibunda E. Muryati, serta Kakak Sri Mulyani atas doa, kasih sayang, dan dukungannya. 2. Dr Ir Dinar Tri Soelistyowati, DEA selaku pembimbing I serta Dr Ir Rudhy Gustiano, M Sc selaku pembimbing II atas segala bimbingan, arahan, nasehat serta motivasinya dalam menyelesaikan skripsi ini. 3. Dr Ir Sukenda, M Sc selaku Pembimbing Akademik dan Dosen Penguji Tamu yang telah memberikan arahan dan motivasi kepada penyusun. 4. Ibu Irin Iriana, Mba Sri Sundari, Mba Vera, Mas Glen, Ibu Iis serta seluruh pegawai BPPBAT atas bantuannya selama penelitian berlangsung. 5. Teman-teman terbaik (Peni, Yumi, Orin, Atul, Ita, Sharah, Puji) yang telah menemani hari-hari selama masa perkuliahan dan penelitian. 6. Keluarga besar BDP 46 terimakasih atas persahabatan, bantuan, dukungan, kerjasama, dan kebersamaannya selama ini. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat. Bogor, Juli 2013 Tia Oktaviani

9 DAFTAR ISI DAFTAR TABEL... vii DAFTAR GAMBAR... vii DAFTAR LAMPIRAN... vii PENDAHULUAN... 1 Latar Belakang... 1 Tujuan Penelitian... 2 METODE... 2 Materi Uji... 2 Metode Penelitian... 2 Analisis RAPD... 2 Karakterisasi Fenotip Morfometrik... 4 Prosedur Analisis Data... 5 HASIL DAN PEMBAHASAN... 5 Hasil... 5 Profil RAPD... 5 Keragaman Genetik Intrapopulasi... 6 Uji Perbandingan Fst... 6 Jarak Genetik... 7 Karakter Morfometrik... 7 Keragaman Fenotip Intrapopulasi... 8 Keragaman Fenotip Interpopulasi... 9 Koefisien keragaman (CV) Karakter Truss Morfometrik Ikan Gabus... 9 Pembahasan KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan Saran DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN RIWAYAT HIDUP... 21

10 DAFTAR TABEL 1 Deskripsi sekuen primer RAPD pada amplifikasi DNA ikan gabus Deskripsi 21 karakter truss morfometrik ikan gabus Jumlah dan ukuran fragmen DNA (OPA-02, OPA-04, OPA-07) populasi ikan gabus Persentase polimorfisme dan heterozigositas tiga populasi ikan gabus Uji perbandingan berpasangan Fst pada tiga lokus Jarak genetik tiga populasi ikan gabus... 7 DAFTAR GAMBAR 1 Pengukuran karakter truss morfometrik Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA Dendrogram hubungan kekerabatan tiga populasi ikan gabus Rata-rata 21 karakter morfometrik tiga populasi ikan gabus berdasarkan OPA-02, OPA-04, OPA Dendogram keragaman hubungan 21 fenotip truss morfometrik tiga populasi ikan gabus Dendogram hubungan interopulasi tiga populasi ikan gabus berdasarkan kemiripan 21 fenotip truss morfometrik Koefisien Keragaman (CV) pada 21 karakter morfometrik DAFTAR LAMPIRAN 1 Hasil amplifikasi DNA pada tiga populasi ikan gabus Rata-rata 21 karakter morfometrik (cm) ikan gabus Koefisien keragaman (CV) karakter truss morfometrik ikan gabus Uji MANOVA (Levene s Test) Data truss morfometrik ikan gabus Jawa Data truss morfometrik ikan gabus Sumatera Data truss morfometrik ikan gabus Kalimantan... 19

11 PENDAHULUAN Latar Belakang Channa striata yang dikenal dengan beberapa nama lokal seperti gabus, haruan, gapo, delek atau jilo adalah salah satu ikan asli perairan Indonesia yang merupakan ikan konsumsi penting. Ikan gabus ini bernilai ekonomis, di daerah Banjar, Kalimantan Selatan, harga ikan gabus ini berkisar Rp Rp per kilogram (Bijaksana 2010). Selain untuk konsumsi, ikan gabus juga banyak dimanfaatkan di bidang kesehatan. Saat ini, diketahui bahwa daging ikan gabus mengandung protein hingga 70% dan albumin hingga 21% (Kordi 2010). Menurut Shafri et al. (2012) kegunaan daging ikan gabus tersebut di bidang kesehatan dapat membantu mempercepat proses penyembuhan luka, ketahanan tubuh, anti nyeri, anti jamur dan anti bakteri. Selain itu juga, ekstrak ikan gabus juga digunakan sebagai pengganti serum albumin yang biasanya digunakan untuk penyembuhan luka operasi. Ikan gabus sudah sejak lama dibudidayakan di Kalimantan, Sumatera, serta Sulawesi dengan cara membesarkan benih dari alam. Upaya pembenihannya secara terkontrol kini telah dilakukan di Balai Budidaya Air Tawar (BBAT) Mandiangin, Kalimantan Selatan (Kordi 2010). Dalam rangka pengelolaan sumber genetik jangka panjang dan pengembangan budidaya untuk kelestarian ikan gabus maka evaluasi keragaman genetik populasi berdasarkan lokasi geografis perlu dilakukan. Keragaman genetik mempengaruhi kemampuan spesies untuk merespon perubahan lingkungan baik buatan maupun alami dalam proses adaptasi agar bertahan hidup. Populasi dengan keragaman genetik yang tinggi memiliki peluang hidup yang lebih tinggi, karena banyak alternatif gen atau kombinasi gen yang tersedia untuk merespon perubahan kondisi lingkungan yang dihadapi (Dunham 2004). Oleh karena itu, evaluasi keragaman sumber daya genetik ikan gabus penting dilakukan untuk melihat potensi populasi bagi kepentingan program perbaikan genetik dan mengelola peranannya sebagai sumber biodiversitas dalam keseimbangan ekosistem. Informasi keragaman genetik, status genetik, dan keunggulan sifat suatu populasi menjadi dasar kegiatan dalam melakukan program budidaya yang lestari dan pemuliaannya. Mempertahankan keragaman genetik populasi diharapkan dapat menghasilkan produksi benih unggul yang berkualitas secara kontinyu (Mulyasari 2009). Dalam hal ini, program seleksi genetis umum digunakan dalam kegiatan pembenihan diantaranya seleksi famili, yang dapat dilanjutkan dengan persilangan acak maupun terarah untuk stabilisasi populasi dan peningkatan jumlah populasi. Menurut Dunham (2004) salah satu metode karakterisasi ragam genotip adalah dengan analisa molekuler menggunakan metode Random Amplified Polymhorpic DNA (RAPD) melalui teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Penanda molekuler RAPD yang digunakan merupakan sekuen DNA polimorfik yang dipisahkan oleh gel elektroforesis PCR menggunakan satu primer oligonukleotida pendek secara acak.

12 2 Keragaman genetik dapat pula diidentifikasi berdasarkan variasi fenotip morfologi diantaranya dengan metode truss morfometrik. Metode ini melakukan pengukuran dengan cara menghubungkan titik-titik spesifik pada tubuh ikan (Strauss dan Fuiman 1985). Keragaman genetik berdasarkan karakter morfologi pada umumnya lebih tinggi dibanding dengan ragam genetik karena dipengaruhi oleh faktor lingkungan eksternalnya. Teknik pengukuran keragaman genetik dengan metode pengukuran morfologi tetap dibutuhkan karena dapat dijadikan marka yang dapat dilihat secara langsung dan mudah dilakukan. Tujuan Penelitian Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genotip dan fenotip ikan gabus yang berasal dari tiga lokasi berbeda (Jawa, Sumatera, dan Kalimantan) menggunakan metode RAPD dan truss morfometrik. METODE Materi Uji Ikan gabus yang digunakan pada penelitian ini berasal dari tiga lokasi yaitu Jawa (Parung), Sumatera (Jambi), dan Kalimantan Selatan (Banjar). Jumlah sampel yang digunakan untuk analisis RAPD adalah sebanyak 10 ekor setiap populasi. Sedangkan untuk pengukuran karakteristik morfometrik jumlah sampel yang digunakan sebanyak 22 ekor untuk populasi gabus Jawa, 14 ekor untuk populasi gabus Sumatera, dan 30 ekor untuk populasi gabus Kalimantan. Metode Penelitian Profil genotip ikan dianalisis menggunakan metode RAPD yang diawali dengan proses ekstraksi DNA genom, amplifikasi DNA menggunakan teknik PCR dan elektroforesis. Sedangkan profil fenotip ikan gabus dianalisis menggunakan metode pengukuran karakter morfometrik. Analisis RAPD Proses ekstraksi DNA dimulai dengan diambilnya sirip dari setiap sampel ikan sebanyak 5-10 mg, yang kemudian dibilas dengan akuades sebanyak dua kali, dikeringkan dengan tissue, sirip dimasukkan ke dalam tabung eppendorf 1,5 ml yang kemudian dilisiskan dengan menambahkan larutan urea sebanyak 500 μl dan protein kinase (K) 10 μl. Selanjutnya campuran tersebut dihomogen dengan vortex hingga dan diinkubasi pada suhu 37 C selama 24 jam atau sampai sirip hancur. Setelah diinkubasi, ditambahkan larutan phenol:chloroform: isoamilalkohol (PCI) dengan perbandingan 25:24:1, dihomogenkan dengan vortex dan disentrifugasi dengan kecepatan rpm selama 10 menit. Supernatan yang terbentuk dipindahkan ke dalam tabung baru dan ditambahkan etanol 90%

13 sebanyak 1000 μl dan Na-asetat sebanyak 10 μl yang kemudian divortex dan disentrifugasi dengan kecepatan rpm selama 10 menit. Setelah disentrifugasi, supernatan dibuang dan pellet DNA dikering anginkan hingga etanol menguap. Terakhir pellet DNA dilarutkan dengan menambahkan rehydration solution atau TE-EDTA buffer sebanyak 100 μl. DNA yang belum akan digunakan dalam jangka waktu lama disimpan pada suhu 2-8 C. Proses amplifikasi DNA dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) diawali dengan seleksi primer. Hal ini dilakukan untuk mendapatkan jenis primer yang sesuai. Primer-primer yang diuji cobakan, yaitu primer OPA-09, OPA-11, OPA-15, OPA-16, dan OPA-20. Program PCR yang diuji cobakan, yaitu pre denaturasi pada 94 ºC selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94 ºC selama 5 menit, annealing pada suhu 55 ºC selama 1 menit, elongasi pada suhu 72 ºC selama 1,5 menit, elongasi akhir pada suhu 72 ºC selama 5 menit, dan proses penstabilan pada suhu 4 ºC selama 3 menit. Proses PCR ini berlangsung sebanyak 45 siklus (Ambak et al. 2006). Namun dari hasil PCR ini tidak didapat DNA yang teramplifikasi. Selanjutnya dilakukan kembali uji coba dengan menggunakan primer OPA-02, OPA-03, OPA-04, OPA-07, OPA-11, OPA-20, dan OPC-05 Program PCR yang digunakan, yaitu pre denaturasi pada 94 ºC selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94 ºC selama 40 detik, annealing pada suhu 35 ºC selama 1 menit, elongasi pada suhu 72 ºC selama 2 menit, elongasi akhir pada suhu 72 ºC selama 7 menit, dan proses penstabilan pada suhu 4 ºC selama 3 menit. Proses PCR ini berlangsung sebanyak 40 siklus (Hassanien et al. 2004). Hasil PCR dari ketiga primer, yaitu OPA-02, OPA-04, dan OPA-07 menghasilkan amplifikasi DNA lebih banyak dibandingkan primer-primer yang lain. Berdasarkan hal tersebut maka ketiga primer inilah yang digunakan pada penelitian kali ini. Berikut ini merupakan deskripsi sekuen primer RAPD pada amplifikasi DNA ikan gabus. Tabel 1 Deskripsi sekuen primer RAPD pada amplifikasi DNA ikan gabus Primer Urutan Basa (5-3 ) OPA-02 GAAACGGGTG OPA-04 AATCGGGCTG OPA-07 TGCCGAGCTG Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan metode PCR dengan komposisi bahan 1 μl DNA template, 1 μl primer, 10,5 μl akuades,dan 12,5 μl taq polymerase dengan volume total sebanyak 25 μl. Setelah itu dihomogenkan dengan vortex dan spindown yang kemudian dimasukkan ke dalam mesin PCR. Program PCR yang digunakan, yaitu pre denaturasi pada 94 ºC selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94 ºC selama 40 detik, annealing pada suhu 35 ºC selama 1 menit, elongasi pada suhu 72 ºC selama 2 menit, elongasi akhir pada suhu 72 ºC selama 7 menit, dan proses penstabilan pada suhu 4 ºC selama 3 menit. Proses PCR ini berlangsung sebanyak 40 siklus. Proses elektroforesis diawali dengan ditimbangnya gel agarose 2% sebanyak 0.6 g dan ditambahkan TBE buffer sebanyak 30 ml. Larutan tersebut dipanaskan dan sekaligus diaduk di atas hot plate pada suhu 150 C hingga larutan berwarna bening. Setelah larutan berwarna bening, ditambahkan ethidium bromide 10 μl. Larutan kemudian dituang ke dalam cetakan agar dan dibentuk 3

14 4 sumur gel dengan menggunakan sisir gel. Gel dibiarkan membeku, setelah membeku sisir gel diambil dengan hati-hati. Gel kemudian ditempatkan pada alat tangki elektroforesis dengan posisi lubang berada pada kutub negatif. DNA hasil PCR sebanyak 10 μl dicampurkan dengan loading dye sebanyak 3 μl agar pita DNA dapat terlihat pada cahaya ultraviolet. Campuran tersebut dimasukkan ke dalam sumur-sumur yang kemudian dielektroforesis pada gel agarose 2% (w/v) dalam larutan TBE dan tegangan 100 volt selama ±30 menit untuk mengukur laju migrasi DNA. Gene Ruler 100bp DNA Loader digunakan sebagai standar untuk menentukan ukuran fragmen hasil amplifikasi. Gambar difoto dengan menggunakan kamera pollaroid serta kamera digital untuk keperluan dokumentasi. Karakterisasi fenotip morfometrik Ikan gabus pada setiap populasi dipilih berdasarkan kelengkapan anggota tubuhnya. Selanjutnya dilakukan pemilihan titik-titik truss di tubuh ikan (Gambar 1). Metode pengukuran dilakukan dengan menghubungkan jarak titik-titik spesifik yang bersifat pasti pada tubuh (Tabel 2). Gambar 1 Pengukuran karakter truss morfometrik Tabel 2 Deskripsi 21 karakter truss morfometrik ikan gabus No Bidang Truss Kode Deskripsi Jarak 1 Kepala A1 Ujung mulut bagian atas - bagian akhir tulang kepala 2 A2 Ujung mulut bagian atas - ujung bawah operculum 3 A3 Ujung bawah operculum - awal sirip perut 4 A4 Bagian akhir tulang kepala - awal sirip perut 5 A5 Ujung mulut bagian atas - awal sirip perut 6 A6 Ujung bawah operculum - bagian akhir tulang kepala 7 Tengah Tubuh B1 Bagian akhir tulang kepala - awal sirip punggung 8 B2 Awal sirip perut - awal sirip anal 9 B3 Awal sirip punggung - awal sirip anal 10 B4 Awal sirip perut - awal sirip punggung 11 B5 Bagian akhir tulang kepala - awal sirip anal 12 Tubuh Belakang C1 Awal sirip punggung - akhir sirip punggung 13 C2 Awal sirip anal - akhir sirip anal 14 C3 Akhir sirip punggung - akhir sirip anal 15 C4 Awal sirip punggung- akhir sirip anal 16 C5 Awal sirip anal - akhir sirip punggung 17 Pangkal ekor D1 Akhir sirip punggung - awal sirip ekor atas 18 D2 Akhir sirip anal - awal sirip ekor bawah 19 D3 Awal sirip ekor atas - awal sirip ekor bawah 20 D4 Akhir sirip punggung - awal sirip ekor bawah 21 D5 Akhir sirip anal awal sirip ekor atas

15 5 Prosedur Analisis Data Keragaman genetik dan uji perbandingan Fst dianalisis menggunakan program TFPGA (Tools for Population Genetic Analysis). Sedangkan hubungan kekerabatan interpopulasi dianalisis berdasarkan jarak genetik dengan program UPGMA (Unweighted Pair Methods with Arithmetic Average) dan disajikan dalam bentuk dendrogram. Data seluruh pengukuran morfometrik dikonversi ke dalam rasio antara setiap pengukuran dibagi dengan panjang standar. Data rasio ukuran dianalisis menggunakan analisa pengelompokkan (cluster analysis) untuk mengevaluasi keragaman intrapopulasi dan interpopulasi ikan gabus. Analisis keragaman morfologis antar lokasi dilakukan secara deskriptif dengan membandingkan koefisien keragaman (CV). HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil Profil RAPD Hasil amplifikasi DNA menggunakan tiga primer, yaitu OPA-02, OPA-04, dan OPA-07 pada ketiga populasi ikan gabus disajikan pada Gambar 2, 3 dan 4. DNA teramplifikasi pada setiap lokus populasi dan bervariasi dalam jumlah situs amplifikasinya. Hasil amplifikasi DNA selengkapnya disajikan pada Lampiran 1. Gambar 2 Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA-02 Gambar 3 Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA-04

16 6 Gambar 4 Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA-07 Keragaman profil RAPD yang meliputi jumlah dan ukuran fragmen DNA pada tiga populasi ikan gabus disajikan pada tabel 3. Jumlah fragmen dari tiga lokus RAPD pada ketiga populasi berkisar paling sedikit 13 fragmen dan paling banyak 27 fragmen. Ikan gabus Kalimantan memiliki jumlah fragmen berkisar Ikan gabus Jawa dan Sumatera masing-masing memiliki jumlah fragmen berkisar dan Kisaran ukuran fragmen populasi gabus Jawa dan Kalimantan memiliki nilai yang sama yaitu bp, sedangkan ikan gabus sumatera memiliki kisaran ukuran lebih pendek yaitu bp. Tabel 3 Jumlah dan ukuran fragmen DNA (OPA-02, OPA-04, OPA-07) tiga populasi ikan gabus Populasi Ikan Gabus Jumlah Fragmen Kisaran Ukuran Fragmen (bp) Jawa Sumatera Kalimantan Keragaman Genetik Intrapopulasi Tabel 4 dibawah ini menunjukkan persentase polimorfisme dan heterozigositas pada ketiga populasi ikan gabus. Populasi ikan gabus Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas yang lebih tinggi dibandingkan populasi lainnya, yaitu 83,33% dan 0,3655. Sedangkan pada ikan gabus Kalimantan sebesar 80,55% dan 0,3552, serta ikan gabus Sumatera sebesar 69,44% dan 0,2811. Tabel 4 Persentase polimorfisme dan heterozigositas tiga populasi ikan gabus Populasi Ikan Gabus Polimorfisme (%) Heterozigositas Jawa 83,33 0,3655 Sumatera 69,44 0,2811 Kalimantan 80,55 0,3252 Uji Perbandingan Fst Tabel 5 dibawah ini menunjukkan uji perbandingan berpasangan Fst pada tiga lokus dari ketiga populasi ikan gabus. Secara statistik dengan menggunakan uji perbandingan berpasangan Fst menunjukkan terdapat perbedaan keragaman

17 genetik yang nyata antara populasi gabus Jawa dengan gabus Sumatera dan Kalimantan (p 0,05), dan tidak terdapat perbedaan yang nyata antara populasi gabus Kalimantan dengan Sumatera. Tabel 5 Uji perbandingan berpasangan Fst pada tiga lokus Populasi Ikan Gabus Jawa Sumatera Kalimantan Jawa ***** ***** ***** Sumatera 0,0020* ***** ***** Kalimantan 0,0137* 0,1003 ***** Keterangan : * berbeda nyata (p 0,05) Jarak Genetik Tabel 6 berikut ini menyajikan jarak genetik masing masing populasi ikan gabus berdasarkan keragaman RAPD menggunakan primer OPA-02, OPA-04, dan OPA-07. Populasi ikan gabus Kalimantan dan gabus Sumatera memiliki jarak genetik paling rendah yaitu sebesar 0,1170. Sedangkan jarak genetik tertinggi adalah antara populasi ikan gabus Kalimantan dan gabus Jawa yaitu sebesar 0,1908. Populasi ikan gabus Sumatera dan gabus Jawa memiliki nilai jarak genetik sebesar 0,1755. Hubungan kekerabatan tiga populasi ikan gabus dapat digambarkan dalam bentuk dendrogram interpopulasi (Gambar 5). Dendrogram merupakan hasil gabungan analisis dari tiga primer yang mengelompokkan populasi berdasarkan tingkat kemiripan genetik. Pada Gambar 5 terlihat bahwa hubungan kekerabatan genetik populasi gabus Sumatera dengan gabus Kalimantan membentuk satu cluster, sedangkan populasi gabus Jawa terpisah dari cluster pertama. Tabel 6 Jarak genetik tiga populasi ikan gabus Populasi Ikan Gabus Jawa Sumatera Kalimantan Jawa ***** ***** ***** Sumatera 0,1755 ***** ***** Kalimantan 0,1908 0,1170 ***** 7 Gambar 5 Dendrogram hubungan kekerabatan tiga populasi ikan gabus berdasarkan keragaman OPA-02,OPA-04, OPA-07 Karakter Morfometrik Pengukuran truss morfometrik menghasilkan 21 fenotip morfometrik dari tiga populasi ikan gabus (Lampiran 5-7). Rata-rata fenotip morfometrik

18 8 digambarkan dalam diagram batang (Gambar 6) serta disajikan dalam tabel distribusi (Lampiran 2). Rata-rata (cm) 16,00 14,00 12,00 10,00 8,00 6,00 4,00 2,00 0,00 A1 A2 A3 A4 A5 A6 B1 B2 B3 B4 B5 C1 C2 C3 C4 C5 D1D2D3D4D5 Karakter Morfometrik Gabus Jawa Gabus Sumatera Gabus Kalimantan Gambar 6 Rata-rata 21 karakter morfometrik tiga populasi ikan gabus Diagram batang di atas menunjukkan bahwa karakter C1 (awal sirip punggung-akhir sirip punggung) pada setiap populasi memiliki nilai rata-rata tertinggi dibandingkan dengan karakter lainnya. Sedangkan karakter D1 (akhir sirip punggung-awal sirip ekor atas) memiliki nilai rata-rata terendah dibandingkan dengan karakter lainnya. Pada Gambar 6 juga terlihat bahwa populasi gabus Sumatera memiliki nilai rata-rata lebih tinggi dibanding populasi lainnya, sedangkan populasi gabus Jawa memiliki nilai rata-rata lebih rendah dibanding dua populasi lainnya. Keragaman Fenotip Intrapopulasi Keragaman morfometrik antar individu dalam populasi berdasarkan 21 karakter fenotipe morfometrik pada tiga populasi ikan gabus disajikan pada Gambar 7. Berdasarkan hubungan 21 fenotip morfometrik populasional menunjukkan pemisahan variasi sebaran karakter dalam dua cluster. Kelompok 1 (A1, B4, B2, D2, B3, C2, C1, C4, D3, C5, dan D5) memiliki kemiripan karakter berkisar 56,4-99,9%. Karakter kelompok 2 (A2, A5, A6, A4, B5, B1, D4, C3, D1, dan A3) memilki kemiripan karakter berkisar 50,6-99,9%. Berdasarkan uji MANOVA (Levene s Test) keragaman karakter B4 berbeda nyata (p 0,05) terhadap karakter lainnya (Lampiran 4). 20,95 Similarity (%) 47,30 73,65 100,00 A1 B4 B2 D2 B3 C2 C1 C4 D3 C5 D5 A2 A5 A6 A4 B5 Karakter Morfometrik B1 D4 C3 D1 A3 Gambar 7 Dendrogram hubungan 21 fenotipe truss morfometrik tiga populasi ikan gabus

19 Keragaman Fenotip Interpopulasi Berikut ini merupakan dendrogram hubungan kemiripan karakter morfometrik tiga populasi ikan gabus (Gambar 8). Berdasarkan hubungan kemiripan fenotip morfometrik tiga populasi ikan gabus yang digambarkan dalam bentuk dendrogram di atas menunjukkan hubungan yang dekat antara gabus Sumatera dan gabus Kalimantan, sedangkan gabus Jawa memiliki hubungan yang lebih jauh dibandingkan dengan dengan dua populasi lainnya. Hubungan interpopulasi berdasarkan kemiripan karakter truss dari gabus Sumatera dan gabus Kalimantan mencapai 50%, dan tingkat kemiripan gabus Jawa dengan dua populasi lainnya mencapai 24,96%. 9 24,96 Similarity (%) 49,97 74,99 Keterangan: 1= Gabus Jawa 2= Gabus Sumatera 3= Gabus Kalimantan 100, Population Gambar 8 Dendrogram hubungan interpopulasi tiga populasi ikan gabus berdasarkan kemiripan 21 fenotip truss morfometrik Koefisien Keragaman (CV) Karakter Truss Morfometrik Ikan Gabus Keragaman morfometrik dinyatakan dalam bentuk koefisien keragaman karakter (CV) digambarkan dalam bentuk grafik batang (Gambar 9) serta disajikan dalam tabel distribusi (Lampiran 3). Koefisien keragaman fenotip morfometrik ikan gabus Jawa berkisar antara 0,031-0,315, populasi gabus Sumatera berkisar 0,024-0,163, dan populasi gabus Kalimantan berkisar 0,157-0,329. Karakter B4 pada populasi gabus kalimantan memiliki nilai koefisien keragaman tertinggi yaitu sebesar 0,329, sedangkan karakter C5 memiliki nilai koefisien keragaman terendah yaitu sebesar 0,157. Pada Gambar 9 juga terlihat bahwa populasi gabus Kalimantan memiliki koefisien keragaman lebih tinggi dibanding dua populasi lainnya. 3

20 10 Koefisien keragaman (CV) 0,350 0,300 0,250 0,200 0,150 0,100 0,050 0,000 A1A2A3A4A5A6B1B2B3B4B5C1C2C3C4C5D1D2D3D4D5 Karakter Morfometrik Gabus Jawa Gabus Sumatera Gabus Kalimantan Gambar 9 Koefisien Keragaman (CV) pada 21 karakter morfometrik Pembahasan Adanya perbedaan jumlah fragmen dan kisaran situs fragmen sangat menentukan tingkat polimorfisme. Menurut Mardiana (2007), perbedaan polimorfisme pita DNA yang dihasilkan tergantung pada situs penempelan primer dan dapat digunakan untuk memberikan gambaran mengenai tingkat keragaman genetik suatu populasi. Populasi ikan gabus Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas paling tinggi dibandingkan populasi lainnya. Diikuti oleh populasi ikan gabus Kalimantan dan Sumatera. Polimorfisme dan heterozigositas menunjukkan potensi kemampuan adaptasi terhadap lingkungannya, karena semakin tinggi heterozigositas maka semakin banyak pula gen yang terlibat dalam menyumbangkan tingkat kebugaran suatu populasi. Polimorfisme adalah ukuran keragaman genetik yang didasarkan pada besarnya proporsi lokus polimorf terhadap total lokus yang teridentifikasi. Heterozigositas adalah ukuran keragaman genetik berdasarkan jumlah individu heterozigot dari seluruh individu dalam contoh (Soewardi 2007). Ketiga populasi ikan gabus yang diamati terlihat memiliki nilai polimorfisme dan heterozigositas yang tinggi dan diharapkan memiliki peluang hidup yang lebih baik untuk beradaptasi terhadap perubahan lingkungan. Pada populasi di alam tingkat keragaman genetiknya lebih tinggi dibandingkan dengan populasi budidaya. Keragaman genetik yang lebih tinggi menunjukkan kemampuan berdaptasi lebih baik dengan perubahan lingkungan yang fluktuatif sehingga bisa bertahan hidup. Spesies yang berada di alam memiliki variasi genetik yang lebih besar dan terbentuk selama proses adaptasi terhadap kondisi alam yang fluktuatif (Tave 1986). Uji perbandingan berpasangan Fst menunjukkan terdapat perbedaan keragaman genetik yang nyata antara populasi gabus Sumatera dengan gabus Jawa (p 0,05), dan antara populasi gabus Kalimantan dengan gabus Jawa, sedangkan gabus Kalimantan dengan gabus Sumatera tidak berbeda nyata. Menurut Mulyasari (2009), beda nyata antar populasi mengindikasikan adanya perbedaan keragaman genetik antar populasi tersebut. Sedangkan populasi yang tidak berbeda nyata menunjukkan banyaknya kesamaan genetik antar populasi. Analisa terhadap kekerabatan memperlihatkan bahwa jarak genetik populasi ikan gabus Kalimantan dan Sumatera lebih dekat dibandingkan dengan

21 populasi dari Jawa. Secara umum semakin rendah jarak genetik diantara populasipopulasi yang diamati, maka semakin banyak kemiripan antar populasi tersebut. Sehingga dapat dikatakan bahwa populasi gabus Kalimantan memiliki banyak kemiripan genetik dengan populasi gabus Sumatera. Jarak genetik yang dekat antar populasi ini menunjukan adanya aliran genetik (gene flow) antar populasi tersebut, serta adanya interaksi genetik dari reproduksi. Hal tersebut diduga terjadi karena pada masa Cenozoic dan Pliestocene, Semenajung Malaya, Sumatera, Kalimantan dan Jawa bersatu yang disebut juga Paparan Sunda. Di wilayah tersebut, terutama di Malaya Timur dan Barat Daya, Sumatera Utara, Kalimantan Barat dan Barat Daya serta Laut Jawa mengalir sebuah sungai yang dikenal dengan nama Sungai Sunda Besar. Pada saat itu kemungkinan ikan-ikan yang hidup di sungai tersebut meluas dan menyebar keseluruh wilayah yang dialirinya. Salah satu ikan yang terdapat di sungai tersebut adalah ikan gabus (Hadiaty 2001). Namun ketika bumi berevolusi dan es mencair, wilayah tersebut menjadi daratan yang terpisah satu dengan lainnya yang menyebabkan populasi ikan gabus terisolasi secara geografis dan kemudian membentuk populasinya masing-masing. Pengujian terhadap hubungan 21 karakter morfometrik populasi menunjukkan adanya pemisahan dalam dua cluster, yang menunjukkan bahwa dalam cluster yang sama populasi memiliki kemiripan morfometrik yang kuat. Karakter B4 merupakan satu-satunya karakter yang memiliki yang berbeda nyata. Karakter B4 ini diduga menjadi pembeda antara ketiga populasi ikan gabus dan sangat dipengaruhi oleh lingkungan. Hal ini sesuai dengan pernyataan Mulyasari (2009) bahwa ekspresi fenotip truss morfometrik sangat dipengaruhi oleh lingkungan dan selebihnya merupakan kontribusi yang berasal dari penjumlahan keragaman genetik serta interaksi antara variasi lingkungan dan genetik. Populasi gabus Kalimantan memiliki koefisien keragaman lebih tinggi dibanding dua populasi lainnya. Hal ini diduga terjadi karena adanya masalah ekspresi fenotip pada populasi gabus Kalimantan yang dipengaruhi oleh faktor lingkungannya. Menurut Slamat (2009) salah satu jenis ekosistem perairan yang cukup luas yang terdapat di Kalimantan adalah perairan rawa. Keadaan lingkungan di perairan rawa bersifat dinamik dan berfluktuatif secara periodik. Perubahan kulitas air berganti karena perubahan musim, yaitu pada kondisi banjir kualitas air normal, namun pada saat surut kualitas airnya menjadi bangai atau kondisi kualitas air menjadi buruk akibat pembusukan bahan organik sehingga menyebabkan ikan mengalami stress. Koefisien keragaman fenotip dipengaruhi oleh faktor genetik, lingkungan, dan interaksi genetis dengan lingkungan (Tave 1986). Nilai koefisien variasi suatu karakter mengindikasikan tingkat variabilitas karakter yang bersangkutan pada suatu populasi. Tingkat variabilitas suatu karakter fenotip mencerminkan variabilitas genotip populasi tersebut yang menggambarkan variabilitas genetiknya (Ariyanto dan Subagyo 2004 dalam Lestari 2012). Nilai variabilitas genetik berhubungan dengan proporsi gen-gen homozigot dan heterozigot. Semakin banyak proporsi genotip yang homozigot maka variabilitas genetiknya semakin rendah. 11

22 12 KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan Ikan gabus Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas yang lebih tinggi dibandingkan populasi gabus Kalimantan dan gabus Sumatera, yaitu sebesar 83,33% dan 0,3655. Populasi ikan gabus Kalimantan dan gabus Sumatera memiliki nilai jarak genetik paling rendah yaitu sebesar 0,1170. Sedangkan jarak genetik tertinggi adalah antara populasi ikan gabus Kalimantan dan gabus Jawa yaitu sebesar 0,1908. Hubungan interpopulasi berdasarkan kemiripan karakter truss dari gabus Sumatera dan gabus Kalimantan mencapai 50%, dan tingkat kemiripan gabus Jawa dengan dua populasi lainnya mencapai 24,96%. Koefisien keragaman fenotip morfometrik ikan gabus Kalimantan memiliki koefisien keragaman yang lebih tinggi dibanding populasi Jawa dan Sumatera. Saran Tingkat keragaman genetik yang tinggi dapat dipertimbangkan sebagai dasar seleksi populasi dalam pembentukan calon induk untuk kegiatan budidaya. Perlu dilakukan analisis ragam genetik populasi dari daerah penyebaran ikan gabus di Indonesia selain Jawa, Sumatera, Kalimantan. DAFTAR PUSTAKA Ambak MA, Abol MAB, Patimah I, Bui MT Genetic variation of snakehead fish (Channa striata) population using random amplified polymorphic DNA. Biotechnology. 5 (1): Bijaksana U Kajian fisiologi reproduksi ikan gabus, Channa striata Blkr di dalam wadah dan perairan rawa sebagai upaya domestikasi [disertasi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Dunham RA Aquaculture and Fisheries Biotechnology: Genetic Approach. Cambridge (US): CABI Publishing. Hadiaty RK Fauna ikan di cagar alam Muara Kendawang, Kalimantan Barat. Jurnal Iktiologi Indonesia. 1(2): 1-9. Hassanien HA, Mohumad E, Ali O, Hania I Genetic diversity of nile tilapia populations revealed by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). Aquaculture Research: 35, Kordi M Buku Pintar Pemeliharaan 14 Ikan Air Tawar Ekonomis di Keramba Jaring Apung. Yogyakarta (ID): Lily Publisher. Lestari D Evaluasi kergaman fenotipe truss morfometrik ikan nilem untuk pengembangan budidaya ikan nilem [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Mardiana TY Karakteristik klon ikan sumatra (Puntius tetrazona Bleeker) hasil ginogenesis [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.

23 Mulyasari Karakteristik fenotipe morfometrik dan keragaman genotipe RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) ikan nilem (Osteochilus hasselti) di Jawa Barat [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Shafri MA, Abdul M. Therapeutic potential of haruan (Channa striata): from food to medicinal uses. Mal J Nutr. 18(1): Slamat Keragaman genetik ikan betok (Anabas testudineus Bloch) pada tiga tipe ekosistem perairan rawa di Provinsi Kalimantan Selatan [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Soewardi K Pengelolaan Keragaman Genetik Sumberdata Perikanan dan Kelautan. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Strauss RE, Fuiman LA Quantitative comparisons of body form and allometry in larval and adult Pacific sculpin (Teleostei: Cottidae). Can. J. Zool. 63: Tave D Genetic for Fosh Managers. New york (US): The AVI Pub. Comp. Inc. 13

24 14 LAMPIRAN Lampiran 1 Hasil amplifikasi DNA pada 3 populasi ikan gabus (Gabus Jawa OPA-02) (Gabus Kalimantan OPA-02) (Gabus Sumatera OPA-02) (Gabus Jawa OPA-04) (Gabus Kalimantan OPA-04) (Gabus Sumatera OPA-04) (Gabus Jawa OPA-07) (Gabus Kalimantan OPA-07) (Gabus Sumatera OPA-07)

25 15 Lampiran 2 Rata-rata 21 karakter morfometrik (cm) ikan gabus Karakter yang diukur Gabus Jawa Gabus Sumatera Gabus Kalimantan A1 2,600±0,509 4,571±1,115 4,165±1,026 A2 2,866±0,476 4,500±1,024 4,043±0,934 A3 2,157±0,516 3,911±0,997 3,283±1,183 A4 3,093±0,496 5,246±1,216 4,413±1,387 A5 4,889±0,819 8,229±1,862 7,230±1,910 A6 2,041±0,352 3,436±0,929 3,013±0,788 B1 2,336±0,453 3,475±0,817 2,932±0,945 B2 2,802±0,506 5,064±1,438 4,528±1,314 B3 3,618±0,676 6,632±1,715 5,647±1,706 B4 2,309±0,377 4,143±0,978 3,727±1,766 B5 5,450±0,963 9,382±2,265 7,755±2,640 C1 7,893±1,500 15,061±4,286 12,947±3,895 C2 4,905±1,005 9,246±2,730 7,775±2,346 C3 1,375±0,323 2,436±0,618 2,030±0,649 C4 7,782±1,507 14,675±4,099 12,548±3,754 C5 5,582±1,134 10,400±3,038 8,747±2,635 D1 0,882±0,298 1,571±0,461 1,237±0,420 D2 1,155±0,242 2,004±0,468 1,788±0,579 D3 1,277±0,255 2,414±0,709 2,117±0,654 D4 1,552±0,296 2,739±0,666 2,345±0,711 D5 1,661±0,188 3,218±0,896 2,670±0,829

26 16 Lampiran 3 Koefisien keragaman (CV) karakter truss morfometrik ikan gabus Karakter yang diukur Gabus Jawa Gabus Sumatera Gabus Kalimantan A1 0,125 0,069 0,237 A2 0,123 0,113 0,229 A3 0,121 0,115 0,227 A4 0,059 0,098 0,183 A5 0,046 0,073 0,196 A6 0,155 0,163 0,186 B1 0,106 0,137 0,219 B2 0,095 0,085 0,239 B3 0,073 0,051 0,200 B4 0,118 0,077 0,329 B5 0,066 0,068 0,262 C1 0,031 0,024 0,200 C2 0,058 0,038 0,203 C3 0,211 0,159 0,195 C4 0,034 0,024 0,195 C5 0,125 0,033 0,157 D1 0,315 0,120 0,267 D2 0,134 0,117 0,206 D3 0,119 0,111 0,217 D4 0,136 0,097 0,180 D5 0,107 0,090 0,181 Lampiran 4 Uji MANOVA (Levene s Test) Karakter F df1 df2 Sig. A A A A A A B B B B * B C C C C C D D D D D Keterangan : * berbeda nyata (p 0,05)

27 Lampiran 5 Data truss morfometrik gabus Jawa No Sampel A1 A2 A3 A4 A5 A6 B1 B2 B3 B4 B5 C1 C2 C3 C4 C5 D1 D2 D3 D4 D5 1 GB1 0,223 0,232 0,156 0,228 0,379 0,156 0,161 0,259 0,268 0,179 0,442 0,567 0,362 0,170 0,571 0,406 0,076 0,089 0,129 0,138 0,161 2 GB2 0,215 0,211 0,193 0,237 0,396 0,156 0,170 0,207 0,281 0,174 0,411 0,585 0,330 0,089 0,574 0,370 0,056 0,096 0,085 0,119 0,111 3 GB3 0,185 0,220 0,155 0,233 0,366 0,168 0,177 0,228 0,254 0,181 0,384 0,608 0,379 0,095 0,595 0,418 0,047 0,078 0,095 0,108 0,121 4 GB4 0,203 0,174 0,189 0,209 0,355 0,137 0,174 0,218 0,267 0,134 0,401 0,599 0,375 0,078 0,602 0,390 0,058 0,067 0,084 0,099 0,105 5 GB5 0,166 0,218 0,140 0,212 0,345 0,132 0,179 0,199 0,267 0,142 0,402 0,580 0,376 0,093 0,580 0,409 0,062 0,098 0,093 0,106 0,124 6 GB6 0,157 0,202 0,169 0,242 0,359 0,089 0,206 0,206 0,262 0,165 0,427 0,609 0,371 0,089 0,597 0,411 0,060 0,093 0,089 0,153 0,121 7 GB7 0,177 0,188 0,177 0,222 0,357 0,132 0,169 0,213 0,258 0,152 0,404 0,607 0,368 0,084 0,590 0,407 0,062 0,073 0,090 0,098 0,121 8 GB8 0,201 0,225 0,168 0,254 0,381 0,156 0,180 0,201 0,295 0,197 0,426 0,598 0,357 0,107 0,598 0,639 0,066 0,086 0,102 0,127 0,135 9 GB9 0,195 0,258 0,137 0,247 0,389 0,205 0,179 0,221 0,279 0,189 0,426 0,568 0,347 0,089 0,568 0,384 0,063 0,063 0,084 0,100 0, GB10 0,216 0,212 0,187 0,244 0,389 0,155 0,170 0,191 0,290 0,184 0,413 0,633 0,413 0,131 0,629 0,442 0,067 0,095 0,117 0,141 0, GB11 0,177 0,206 0,152 0,235 0,352 0,139 0,174 0,219 0,281 0,181 0,416 0,584 0,361 0,097 0,584 0,403 0,068 0,081 0,097 0,119 0, GB12 0,172 0,209 0,149 0,239 0,347 0,142 0,194 0,216 0,287 0,175 0,429 0,586 0,358 0,086 0,582 0,396 0,060 0,090 0,090 0,112 0, GB13 0,167 0,210 0,171 0,254 0,369 0,147 0,222 0,206 0,266 0,175 0,440 0,567 0,341 0,139 0,552 0,393 0,048 0,091 0,095 0,111 0, GB14 0,194 0,202 0,169 0,236 0,364 0,157 0,202 0,219 0,264 0,178 0,421 0,570 0,347 0,107 0,554 0,405 0,066 0,091 0,099 0,116 0, GB15 0,171 0,186 0,171 0,233 0,349 0,147 0,178 0,198 0,271 0,178 0,407 0,597 0,372 0,093 0,585 0,419 0,062 0,101 0,093 0,116 0, GB16 0,167 0,255 0,137 0,230 0,363 0,167 0,196 0,265 0,304 0,142 0,471 0,627 0,353 0,098 0,608 0,407 0,064 0,098 0,093 0,118 0, GB17 0,206 0,238 0,140 0,234 0,364 0,168 0,173 0,206 0,280 0,187 0,411 0,584 0,355 0,103 0,579 0,402 0,061 0,093 0,093 0,117 0, GB18 0,233 0,179 0,183 0,200 0,358 0,150 0,150 0,175 0,208 0,150 0,333 0,588 0,421 0,092 0,571 0,458 0,096 0,075 0,083 0,108 0, GB19 0,238 0,234 0,164 0,242 0,385 0,193 0,160 0,197 0,270 0,213 0,385 0,574 0,361 0,107 0,549 0,422 0,074 0,111 0,107 0,143 0, GB20 0,209 0,205 0,162 0,232 0,354 0,185 0,152 0,205 0,265 0,199 0,381 0,603 0,377 0,119 0,589 0,430 0,066 0,076 0,096 0,126 0, GB21 0,229 0,236 0,162 0,225 0,391 0,158 0,151 0,204 0,268 0,173 0,391 0,599 0,387 0,134 0,581 0,419 0,039 0,085 0,113 0,116 0, GB22 0,215 0,285 0,115 0,250 0,396 0,177 0,158 0,200 0,304 0,204 0,415 0,608 0,377 0,092 0,612 0,415 0,146 0,085 0,088 0,088 0,119 Rata-rata 0,196 0,218 0,161 0,234 0,369 0,155 0,176 0,212 0,272 0,175 0,411 0,593 0,368 0,104 0,584 0,420 0,067 0,087 0,096 0,117 0,125 SD 0,024 0,027 0,020 0,014 0,017 0,024 0,019 0,020 0,020 0,021 0,027 0,018 0,021 0,022 0,020 0,052 0,021 0,012 0,011 0,016 0,013 CV 0,125 0,123 0,121 0,059 0,046 0,155 0,106 0,095 0,073 0,118 0,066 0,031 0,058 0,211 0,034 0,125 0,315 0,134 0,119 0,136 0,107

28 18 Lampiran 6 Data truss morfometrik gabus Sumatera No Sampel A1 A2 A3 A4 A5 A6 B1 B2 B3 B4 B5 C1 C2 C3 C4 C5 D1 D2 D3 D4 D5 1 GM1 0,200 0,190 0,155 0,217 0,337 0,139 0,121 0,172 0,252 0,164 0,344 0,625 0,378 0,098 0,607 0,421 0,071 0,087 0,098 0,122 0,130 2 GM2 0,196 0,170 0,180 0,216 0,343 0,141 0,129 0,217 0,283 0,168 0,389 0,647 0,382 0,103 0,621 0,441 0,065 0,080 0,100 0,106 0,139 3 GM3 0,183 0,183 0,165 0,217 0,340 0,137 0,165 0,217 0,267 0,165 0,397 0,620 0,383 0,100 0,597 0,437 0,058 0,080 0,112 0,118 0,130 4 GM4 0,187 0,171 0,166 0,192 0,318 0,161 0,129 0,223 0,273 0,176 0,369 0,640 0,390 0,111 0,610 0,455 0,053 0,084 0,110 0,102 0,150 5 GM5 0,165 0,173 0,134 0,189 0,304 0,114 0,137 0,217 0,282 0,152 0,383 0,642 0,423 0,077 0,640 0,451 0,072 0,078 0,093 0,105 0,119 6 GM6 0,175 0,171 0,147 0,215 0,316 0,131 0,131 0,231 0,273 0,167 0,385 0,625 0,382 0,096 0,604 0,433 0,071 0,064 0,104 0,109 0,147 7 GM7 0,193 0,210 0,181 0,245 0,390 0,105 0,160 0,236 0,305 0,188 0,443 0,640 0,371 0,140 0,633 0,417 0,062 0,074 0,119 0,136 0,136 8 GM8 0,186 0,203 0,139 0,189 0,333 0,117 0,125 0,206 0,283 0,158 0,372 0,617 0,386 0,100 0,611 0,428 0,083 0,094 0,103 0,119 0,147 9 GM9 0,193 0,155 0,203 0,218 0,342 0,158 0,152 0,203 0,266 0,168 0,389 0,598 0,367 0,130 0,598 0,408 0,060 0,104 0,108 0,133 0, GM10 0,202 0,208 0,161 0,238 0,372 0,146 0,164 0,229 0,298 0,185 0,432 0,625 0,366 0,101 0,616 0,417 0,063 0,092 0,107 0,122 0, GM11 0,217 0,233 0,160 0,228 0,385 0,157 0,154 0,186 0,259 0,173 0,382 0,610 0,380 0,105 0,592 0,429 0,068 0,081 0,097 0,110 0, GM12 0,184 0,197 0,161 0,234 0,353 0,153 0,179 0,213 0,274 0,179 0,413 0,600 0,374 0,103 0,592 0,416 0,068 0,087 0,095 0,121 0, GM13 0,194 0,180 0,189 0,265 0,361 0,185 0,178 0,194 0,285 0,201 0,425 0,616 0,397 0,082 0,598 0,445 0,055 0,091 0,075 0,098 0, GM14 0,208 0,211 0,157 0,228 0,353 0,180 0,132 0,206 0,277 0,190 0,383 0,629 0,373 0,094 0,609 0,424 0,066 0,089 0,086 0,112 0,122 Rata-rata 0,192 0,190 0,164 0,221 0,346 0,144 0,147 0,211 0,277 0,174 0,393 0,624 0,382 0,103 0,609 0,430 0,065 0,085 0,100 0,115 0,134 SD 0,013 0,021 0,019 0,022 0,025 0,024 0,020 0,018 0,014 0,013 0,027 0,015 0,015 0,016 0,015 0,014 0,008 0,010 0,011 0,011 0,012 CV 0,069 0,113 0,115 0,098 0,073 0,163 0,137 0,085 0,051 0,077 0,068 0,024 0,038 0,159 0,024 0,033 0,120 0,117 0,111 0,097 0,090

29 19 Lampiran 7 Data truss morfometrik gabus Kalimantan No Sampel A1 A2 A3 A4 A5 A6 B1 B2 B3 B4 B5 C1 C2 C3 C4 C5 D1 D2 D3 D4 D5 1 GK1 0,146 0,199 0,182 0,265 0,377 0,132 0,205 0,182 0,275 0,192 0,427 0,626 0,381 0,096 0,609 0,424 0,053 0,079 0,099 0,109 0,119 2 GK2 0,187 0,129 0,176 0,197 0,305 0,126 0,153 0,237 0,271 0,145 0,400 0,600 0,376 0,079 0,595 0,405 0,089 0,103 0,079 0,121 0,124 3 GK3 0,197 0,191 0,150 0,218 0,335 0,146 0,148 0,203 0,263 0,180 0,377 0,610 0,373 0,093 0,591 0,424 0,059 0,089 0,085 0,104 0,127 4 GK4 0,180 0,232 0,117 0,213 0,344 0,145 0,158 0,210 0,262 0,158 0,391 0,612 0,363 0,096 0,590 0,415 0,052 0,082 0,096 0,109 0,120 5 GK5 0,220 0,217 0,140 0,220 0,350 0,182 0,143 0,178 0,255 0,185 0,360 0,598 0,381 0,108 0,591 0,423 0,059 0,101 0,140 0,119 0,133 6 GK6 0,188 0,238 0,117 0,230 0,352 0,168 0,148 0,238 0,301 0,160 0,434 0,594 0,316 0,098 0,582 0,367 0,059 0,082 0,102 0,117 0,121 7 GK7 0,146 0,219 0,138 0,240 0,352 0,160 0,181 0,204 0,265 0,150 0,421 0,617 0,375 0,090 0,588 0,425 0,050 0,096 0,100 0,117 0,121 8 GK8 0,175 0,201 0,146 0,230 0,341 0,143 0,161 0,212 0,259 0,183 0,392 0,608 0,389 0,101 0,590 0,434 0,061 0,101 0,095 0,116 0,132 9 GK9 0,144 0,149 0,188 0,220 0,327 0,121 0,142 0,196 0,258 0,162 0,379 0,606 0,356 0,089 0,588 0,394 0,061 0,085 0,098 0,112 0, GK10 0,200 0,163 0,165 0,199 0,328 0,130 0,128 0,236 0,301 0,170 0,401 0,643 0,380 0,106 0,623 0,434 0,044 0,071 0,099 0,104 0, GK11 0,204 0,149 0,177 0,197 0,321 0,140 0,122 0,209 0,271 0,152 0,376 0,624 0,387 0,103 0,610 0,438 0,034 0,064 0,099 0,105 0, GK12 0,209 0,186 0,144 0,183 0,327 0,134 0,127 0,216 0,252 0,134 0,363 0,618 0,373 0,101 0,595 0,425 0,046 0,078 0,098 0,108 0, GK13 0,223 0,187 0,163 0,190 0,337 0,140 0,130 0,203 0,220 0,143 0,337 0,597 0,393 0,097 0,580 0,433 0,073 0,077 0,083 0,110 0, GK14 0,202 0,184 0,168 0,189 0,340 0,141 0,136 0,221 0,253 0,138 0,372 0,601 0,362 0,090 0,590 0,402 0,096 0,090 0,101 0,106 0, GK15 0,231 0,189 0,167 0,189 0,350 0,144 0,111 0,211 0,267 0,142 0,364 0,611 0,369 0,100 0,594 0,414 0,067 0,081 0,100 0,111 0, GK16 0,182 0,168 0,157 0,193 0,325 0,115 0,131 0,230 0,263 0,134 0,382 0,636 0,375 0,088 0,610 0,420 0,049 0,088 0,095 0,106 0, GK17 0,248 0,201 0,157 0,179 0,354 0,142 0,113 0,197 0,237 0,146 0,325 0,591 0,387 0,095 0,580 0,420 0,047 0,073 0,128 0,106 0, GK18 0,426 0,399 0,330 0,394 0,713 0,266 0,261 0,489 0,548 0,277 0,798 1,298 0,766 0,181 1,245 0,761 0,096 0,149 0,202 0,213 0, GK19 0,230 0,211 0,157 0,186 0,362 0,124 0,122 0,205 0,259 0,135 0,359 0,611 0,381 0,095 0,595 0,427 0,057 0,084 0,095 0,111 0, GK20 0,216 0,218 0,155 0,221 0,365 0,158 0,138 0,221 0,293 0,175 0,402 0,603 0,345 0,089 0,586 0,399 0,049 0,078 0,103 0,109 0, GK21 0,250 0,209 0,152 0,182 0,389 0,159 0,125 0,209 0,253 0,152 0,355 0,608 0,382 0,101 0,578 0,436 0,037 0,074 0,098 0,098 0, GK22 0,240 0,249 0,140 0,206 0,374 0,154 0,103 0,263 0,326 0,171 0,409 0,623 0,286 0,083 0,589 0,340 0,054 0,086 0,100 0,111 0, GK23 0,189 0,223 0,134 0,226 0,357 0,160 0,149 0,223 0,277 0,174 0,400 0,617 0,371 0,097 0,606 0,417 0,086 0,100 0,091 0,117 0, GK24 0,209 0,196 0,150 0,216 0,344 0,156 0,132 0,227 0,273 0,388 0,178 0,623 0,359 0,093 0,595 0,419 0,066 0,075 0,108 0,108 0,130

30 20 Lanjutan Lampiran 7 Data truss morfometrik gabus Kalimantan No Sampel A1 A2 A3 A4 A5 A6 B1 B2 B3 B4 B5 C1 C2 C3 C4 C5 D1 D2 D3 D4 D5 25 GK25 0,197 0,214 0,155 0,234 0,367 0,146 0,177 0,199 0,262 0,175 0,404 0,590 0,343 0,096 0,559 0,397 0,063 0,094 0,103 0,114 0, GK26 0,211 0,182 0,148 0,206 0,326 0,142 0,119 0,229 0,277 0,190 0,370 0,575 0,348 0,087 0,577 0,399 0,057 0,085 0,101 0,109 0, GK27 0,198 0,199 0,163 0,232 0,356 0,158 0,145 0,212 0,286 0,194 0,404 0,644 0,366 0,101 0,618 0,428 0,049 0,072 0,127 0,131 0, GK28 0,202 0,228 0,141 0,211 0,357 0,181 0,141 0,216 0,268 0,169 0,385 0,577 0,345 0,101 0,563 0,394 0,087 0,099 0,115 0,136 0, GK29 0,218 0,172 0,158 0,196 0,326 0,140 0,108 0,220 0,254 0,350 0,140 0,616 0,360 0,146 0,592 0,424 0,070 0,130 0,100 0,120 0, GK30 0,172 0,174 0,145 0,196 0,315 0,117 0,145 0,192 0,242 0,140 0,364 0,636 0,434 0,079 0,623 0,449 0,055 0,060 0,081 0,085 0,109 Rata-rata 0,208 0,203 0,159 0,215 0,357 0,149 0,143 0,223 0,276 0,179 0,382 0,634 0,381 0,099 0,614 0,426 0,061 0,087 0,104 0,115 0,130 SD 0,049 0,046 0,036 0,039 0,070 0,028 0,031 0,053 0,055 0,059 0,100 0,127 0,077 0,019 0,120 0,067 0,016 0,018 0,023 0,021 0,024 CV 0,237 0,229 0,227 0,183 0,196 0,186 0,219 0,239 0,200 0,329 0,262 0,200 0,203 0,195 0,195 0,157 0,267 0,206 0,217 0,180 0,181

31 RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Sukabumi pada tanggal 15 Oktober 1990 dari pasangan Bapak E. Kusnadi dan Ibu E. Muryati. Penulis merupakan anak kedua dari dua bersaudara. Pendidikan formal yang telah ditempuh oleh penulis adalah TK Raudatul Athfal YASNI Sukabumi lulus pada tahun 1997, SD Sukamanah II Sukabumi lulus pada tahun 2003, SLTPN I Cisaat Sukabumi lulus pada tahun 2006, dan SMUN I Cisaat Sukabumi lulus pada tahun Pada tahun 2009 pula penulis lulus seleksi masuk IPB melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI) dan memilih program studi Teknologi dan Manajemen Perikanan Budidaya, Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Selama mengikuti perkuliahan, penulis pernah magang di Balai Besar Pengembangan Budidaya Air Tawar (BPBAT) Sukabumi pada tahun 2011, dan Balai Pengembangan Budidaya Air Tawar (BRPBAT) Subang pada tahun Penulis juga pernah mengikuti kegiatan IPB Goes to Field di Kabupaten Brebes pada tahun 2011 dengan tema Pengendalian pengembangbiakan ikan konsumsi (induced breeding). Pada tahun 2012, penulis pernah mengikuti kegiatan Praktek Lapang Akuakultur di Balai Penelitian Pemuliaan Ikan (BPPI) Sukamandi, Subang dengan judul laporan Pembenihan Udang Galah (Macrobrachium Rosenbergii) Di Balai Penelitian Pemuliaan Ikan, Sukamandi, Subang, Jawa Barat. Selain itu juga, penulis pernah menjadi asisten mata kuliah Dasar-Dasar Mikrobiologi Akuatik 2011/2012 dan 2012/2013, serta asisten mata kuliah Fisiologi dan Reproduksi Akuatik 2012/2013. Penulis juga aktif sebagai pengurus Himpunan Mahasiswa Akuakultur (HIMAKUA) periode 2011/2012. Tugas akhir dalam pendidikan tinggi diselesaikan dengan menulis skripsi yang berjudul Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa striata (Bloch, 1793).