INTRODUKSI DAN PERSENTASE IKAN YANG MEMBAWA GEN GH Growth Hormone IKAN NILA Oreochromis niloticus PADA IKAN LELE DUMBO Clarias sp.

Transkripsi

1 INTRODUKSI DAN PERSENTASE IKAN YANG MEMBAWA GEN GH Growth Hormone IKAN NILA Oreochromis niloticus PADA IKAN LELE DUMBO Clarias sp. GENERASI F0 BAMBANG KUSMAYADI GUNAWAN SKRIPSI PROGRAM STUDI TEKNOLOGI DAN MANAJEMEN AKUAKULTUR FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2008

2 PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi yang berjudul: INTRODUKSI DAN PERSENTASE IKAN YANG MEMBAWA GEN GH Growth Hormone IKAN NILA Oreochromis niloticus PADA IKAN LELE DUMBO Clarias sp. GENERASI F0 adalah benar merupakan hasil karya yang belum diajukan dalam bentuk apapun kepada perguruan tinggi manapun. Semua sumber data dan informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir Skripsi ini. Bogor, Januari 2008 BAMBANG KUSMAYADI GUNAWAN C

3 RINGKASAN BAMBANG KUSMAYADI GUNAWAN. Introduksi dan persentase ikan yang membawa gen GH growth hormone ikan nila Oreochromis niloticus pada ikan lele dumbo Clarias sp. generasi F0. Dibimbing oleh ALIMUDDIN dan HARTON ARFAH. Upaya meningkatkan laju pertumbuhan ikan dengan metode selective breeding telah berhasil dilakukan pada beberapa spesies ikan budidaya, namun diperlukan waktu yang lama untuk mendapatkan laju pertumbuhan yang diharapkan. Saat ini telah dikembangkan metode baru yang berpotensi menggantikan metode selective breeding, yaitu transgenesis, dengan mengintroduksikan gen ke embrio makhluk hidup dengan harapan bahwa gen tersebut akan diwariskan pada generasi berikutnya. Teknik yang umum digunakan dalam transgenesis adalah mikroinjeksi. Dengan teknik ini, gen diinjeksikan ke dalam embrio ikan pada fase 1 sel. Transgenesis pada ikan lele dumbo belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan proses awal pembuatan ikan lele transgenik menggunakan gen pengkode hormon pertumbuhan (growth hormone, GH) ikan nila (tigh) yang dikendalikan oleh promoter ß actin ikan medaka (mßp). Penelitian dilaksanakan pada bulan Juni Desember 2007, bertempat di Laboratorium Pengembangbiakan dan Genetika Ikan, Departemen Budidaya Perairan, Institut Pertanian Bogor, dan Balai Besar Pengembangan Budidaya Air tawar (BBPBAT) Sukabumi. Prosedur kerja terdiri atas 4 tahap. Pertama adalah pemijahan buatan untuk mendapatkan telur yang dibuahi. Tahap kedua adalah proses mikroinjeksi dengan konsentrasi plasmid DNA mbp tigh yang diinjeksikan sebesar 50 µg/ml KCl 0,1 M. Tahap ketiga adalah pemeliharaan benih hasil mikroinjeksi dalam akuarium. Tahap terakhir adalah analisa DNA dari ikan yang hidup hasil mikroinjeksi dan perlakuan kontrol, dengan melakukan ekstraksi DNA dari jaringan sirip ekor, dorsal, dan ventral menggunakan kit (Pure gene, USA). Hasil ekstraksi DNA digunakan sebagai cetakan dalam proses amplifikasi PCR (Polymerase Chain Reaction) menggunakan primer Forward dari promoter ß actin ikan medaka dan primer tigh Reverse. Hasil PCR kemudian dielektroforesis menggunakan gel agarosa 0,7%. Setelah proses elektroforesis selesai, kemudian gel agarosa dipotret di bawah cahaya ultraviolet. Parameter yang diamati adalah derajat kelangsungan hidup embrio (DKHe) yang diamati pada saat embrio berumur 20 jam, derajat penetasan (DP), serta derajat kelangsungan hidup benih ikan pada hari ke 21 (DKH 21 ). Dari hasil penelitian ini diketahui bahwa pada perlakuan injeksi nilai DKHe sebesar 68,3% dan DP sebesar 53,3%. Sedangkan pada perlakuan kontrol nilai DKHe sebesar 88% dan DP sebesar 76%. Nilai DKHe yang lebih rendah pada perlakuan injeksi disebabkan kerusakan sel selama proses injeksi. Sedangkan nilai DP yang rendah pada perlakuan injeksi disebabkan kematian embrio sebelum penetasan. Dari hasil amplifikasi PCR diketahui bahwa dari 18 akor ikan yang dianalisa, terdapat 2 ekor ikan membawa konstruksi mßp tigh pada bagian siripnya, sehingga didapatkan persentase ikan lele yang membawa konstruksi mßp tigh sebesar 11,11%.

4 INTRODUKSI DAN PERSENTASE IKAN YANG MEMBAWA GEN GH Growth Hormone IKAN NILA Oreochromis niloticus PADA IKAN LELE DUMBO Clarias sp. GENERASI F0 Skripsi Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan pada Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor Oleh : Bambang Kusmayadi Gunawan C PROGRAM STUDI TEKNOLOGI DAN MANAJEMEN AKUAKULTUR FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2008

5 JUDUL NAMA NRP : INTRODUKSI DAN PERSENTASE IKAN YANG MEMBAWA GEN GH Growth Hormone IKAN NILA Oreochromis niloticus PADA IKAN LELE DUMBO Clarias sp. GENERASI F0 : Bambang Kusmayadi Gunawan : C Menyetujui, Pembimbing I Pembimbing II Dr. Alimuddin Harton Arfah, M.Si NIP NIP Mengetahui, Dekan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Dr. Ir. Indra Jaya, M.Sc. NIP Tanggal lulus : 29 Januari 2008

6 DAFTAR RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Bogor, pada tanggal 7 Maret 1985 sebagai anak kedua dari tiga bersaudara dari pasangan Wawan Djuandi Gunawan dan R. Henlis S.Pd. Pendidikan formal dimulai dari TK.Tunas Rimba II (tahun ), SDN Panaragan II Bogor (tahun ), SLTP Negeri 2 Bogor (tahun ), SMU Negeri 2 Bogor (tahun ) dan pada tahun 2003 penulis diterima di Institut Pertanian Bogor melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI) pada Program Studi Teknologi dan Manajemen Akuakultur, Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Selama kuliah penulis pernah mengikuti Praktek Pembenihan ikan Lele (Clarias sp.) di Teaching Farm, Departemen Budidaya Perairan. dan Pembesaran udang vaname (Litopenaeus Vannamei) di PT. Labuan Monodon, Sukabumi Jawa Barat. Penulis turut aktif sebagai pengurus dalam organisasi Himpunan mahasiswa Akuakultur (Himakua) periode Penulis juga pernah menjadi asisten mata kuliah Fisiologi dan Reproduksi Ikan ( ) dan Dasar dasar Genetika Ikan ( ). Tugas akhir pendidikan tinggi diselesaikan penulis dengan menulis skripsi yang berjudul Introduksi dan persentase ikan yang membawa gen GH growth hormone ikan nila Oreochromis niloticus pada ikan lele dumbo Clarias sp. generasi F0.

7 KATA PENGANTAR Puji dan syukur penulis panjatkan ke hadirat Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat, nikmat dan karunia Nya. Salawat dan salam tercurah pada Nabi besar kita Muhammad SAW yang membimbing kita ke jalan yang diridhai Allah SWT, dengan diselesaikannya skripsi hasil penelitian pada bulan Juni sampai dengan Desember 2007 yang berjudul Introduksi dan persentase ikan yang membawa gen GH growth hormone ikan nila Oreochromis niloticus pada ikan lele dumbo Clarias sp. generasi F0. Terima kasih penulis sampaikan kepada Bapak Dr. Alimuddin selaku pembimbing I dan Bapak Harton Arfah M.Si selaku pembimbing II yang telah memberi bimbingan dan arahan selama pelaksanaan penelitian hingga penyelesaian skripsi. Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada Bapak Dadang Shafrudin M.Si selaku penguji tamu dan seluruh dosen Departemen Budidaya Perairan yang telah memberikan ilmu tanpa batas serta kepada Mba Lina, Pak Ranta, Pak Wasjan dan seluruh teknisi serta staf Departemen Budidaya Perairan atas bantuannya. Ungkapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada Bapak Adi Sucipto S.Pi dan Bapak Dian S.Pi dari BBPBAT Sukabumi yang telah memfasilitasi selama penelitian di BBPBAT Sukabumi, serta rekan rekan BDP 40 atas persahabatan dan kebersamaannya. Rasa terima kasih yang paling dalam dengan tulus penulis persembahkan kepada kedua orang tua, kakak dan adik atas doa, kesabaran, dukungan, motivasi dan kasih sayangnya. Penulis sangat menyadari bahwa penulisan skripsi ini masih jauh dari sempurna karena keterbatasan dan kesalahan penulis. Namun demikian, semoga skripsi ini dapat bermanfaat bagi penulis khususnya dan juga memberikan informasi bagi semua pihak yang membutuhkan. Bogor, Januari 2008 i

8 DAFTAR ISI Halaman KATA PENGANTAR... DAFTAR ISI... DAFTAR GAMBAR... iv DAFTAR LAMPIRAN... I. PENDAHULUAN 1.1 Latar belakang Tujuan... 2 II. TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Ikan lele Sejarah transgenesis Aplikasi teknologi transgenesis Metode transgenesis Promoter Growth hormone (GH) Ekstraksi DNA PCR Elektroforesis III. METODOLOGI 3.1 Waktu dan tempat Prosedur kerja Pemeliharaan induk Pemijahan buatan Pembuatan cekungan agarosa Larutan DNA untuk mikroinjeksi Mikroinjeksi Loading DNA Mikroinjeksi pada telur Penetasan telur dan pemeliharaan larva Pengamatan hasil Penghitungan derajat kelangsungan hidup embrio (DKH), dan derajat penetasan (DP) Pengukuran panjang ikan dan derajat kelangsungan hidup benih (DKH 21 ) Analisa hasil dengan metode PCR IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Hasil Derajat kelangsungan hidup Hasil elektroforesis Pembahasan i ii v ii

9 V. KESIMPULAN 5.1 Kesimpulan Saran DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN iii

10 DAFTAR GAMBAR Halaman 1. Peralatan mikroinjeksi Hasil elektroforesis DNA yang diekstraksi dari 9 ekor per kelompok Hasil elektroforesis DNA iv