III. HASIL DAN PEMBAHASAN

Transkripsi

1 III. HASIL DAN PEMBAHASAN 3.1 Hasil Profil RAPD Keanekaragaman profil RAPD meliputi jumlah fragmen dan ukuran fragmen DNA. Hasil amplifikasi dengan menggunakan tiga primer (OPA-2, OPC- 2, dan OPC-5) menunjukkan hasil yang bervariasi (Tabel 3). Amplifikasi DNA pada tiga populasi ikan tambakan dapat dilihat pada Gambar 2-4 (Lampiran 1) M 3000 bp 1000 bp 500 bp Tambakan Sumatera Tambakan Jawa Tambakan Kalimantan 300 bp Gambar 2 Amplifikasi OPA-2 pada tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan M 3000 bp 1000 bp 500 bp Tambakan Sumatera Tambakan Jawa Tambakan Kalimantan 300 bp Gambar 3 Amplifikasi OPC-2 pada tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. 8

2 M 3000 bp 1000 bp 500 bp 300 bp Tambakan Sumatera Tambakan Jawa Tambakan Kalimantan Gambar 4 Amplifikasi OPC-5 pada tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. Jumlah fragmen ikan tambakan Jawa dan Kalimantan memiliki jumlah yang sama yaitu 13-22, sedangkan jumlah fragmen pada ikan tambakan Sumatera berkisar antara Ukuran fragmen pada setiap populasi berkisar antara bp. Tabel 3. Profil DNA tiga populasi ikan tambakan Populasi Ikan Tambakan Jumlah Fragmen Kisaran Ukuran Sumatera bp Jawa bp Kalimantan bp Polimorfisme dan Heterosigositas Persentase polimorfisme dan heterosigositas dianalisis dengan menggunakan program TFPGA. Data persentase polimorfisme dan heterosigositas selengkapnya disajikan pada Tabel 4. Tabel 4. Persentase polimorfisme dan heterosigositas tiga populasi ikan tambakan Populasi Ikan Tambakan Polimorfisme (%) Heterosigositas Sumatera Jawa Kalimantan Persentase polimorfisme dari tiga populasi ikan tambakan berkisar antara 57,1429%-60,7143%. Persentase polimorfisme tertinggi terdapat pada ikan tambakan Kalimantan yaitu sebesar 60,7143%, sedangkan polimorfisme terendah terdapat pada ikan tambakan Sumatera dan Jawa dengan nilai yang sama yaitu 57,1429%. Nilai heterosigositas berkisar antara 0,2259 sampai 0,2478. Nilai 9

3 heterosigositas tertinggi terdapat pada populasi ikan tambakan kalimantan sebesar 0,2478, sedangkan nilai heterosigositas terendah terdapat pada populasi ikan tambakan Sumatera sebesar 0, Uji Perbandingan Berpasangan F st Secara statistik dengan menggunakan uji perbandingan berpasangan F st (Tabel 5) menunjukkan tidak terdapat perbedaan yang nyata antara ketiga populasi ikan tambakan (P>0,05). Tabel 5. Uji perbandingan berpasangan F st dari rata-rata 3 lokus Populasi Ikan Tambakan Sumatera Jawa Kalimantan Sumatera ***** Jawa ***** Kalimantan ***** Jarak Genetik Jarak genetik interpopulasi menggambarkan status kekerabatan antar populasi ikan tambakan. Jarak genetik tertinggi adalah antara populasi Sumatera dengan Kalimantan sebesar 0,2877, sedangkan jarak genetik terendah adalah 0,1961 yaitu antara populasi Kalimantan dengan Jawa. Dendrogram pada Gambar 5 memperlihatkan hubungan terdekat adalah antara populasi Jawa dengan Kalimantan, sedangkan hubungan terjauh adalah antara kedua populasi tersebut dengan populasi Sumatera. Tabel 6. Jarak genetik antara 3 populasi ikan tambakan Populasi Ikan Tambakan Sumatera Jawa Kalimantan Sumatera ***** Jawa ***** Kalimantan ***** 10

4 Jawa Kalimantan Sumatera Gambar 5 Dendrogram hubungan kekerabatan tiga populasi ikan tambakan Karakter Morfometrik Pengukuran karakter morfometrik dilakukan terhadap 21 karakter ikan tambakan (Lampiran 2). Rata-rata karakter morfometrik disajikan pada Tabel 7. Tabel 7. Rata-rata (±sd) 21 karakter morfometrik ikan tambakan (cm) Karakter yang diukur Sumatera Jawa Kalimantan A1 0,20±0,122 0,22±0,015 0,25±0,033 A2 0,19±0,037 0,18±0,020 0,13±0,029 A3 0,23±0,021 0,25±0,041 0,22±0,029 A4 0,39±0,014 0,40±0,023 0,37±0,019 A5 0,28±0,026 0,31±0,026 0,31±0,025 A6 0,39±0,024 0,42±0,029 0,39±0,020 A7 0,21±0,014 0,19±0,025 0,21±0,034 A8 0,41±0,031 0,44±0,025 0,42±0,020 B1 0,85±0,019 0,83±0,041 0,85±0,027 B2 0,63±0,022 0,65±0,025 0,66±0,015 B3 0,12±0,019 0,10±0,015 0,07±0,034 B4 0,70±0,011 0,69±0,017 0,69±0,009 B5 0,59±0,014 0,60±0,017 0,64±0,023 B6 0,65±0,018 0,65±0,015 0,65±0,012 B7 0,54±0,018 0,55±0,017 0,59±0,022 C1 0,03±0,008 0,03±0,008 0,03±0,006 C2 0,15±0,007 0,15±0,012 0,15±0,007 C3 0,03±0,011 0,03±0,008 0,03±0,010 C4 0,15±0,004 0,15±0,010 0,15±0,006 C5 0,16±0,003 0,15±0,012 0,15±0,008 C6 0,15±0,004 0,15±0,013 0,15±0,007 Keterangan: A1 (atas mulut-atas mata), A2 (atas mata-awal sirip punggung), A3(atas mulut-operkulum), A4 (atas mulut-awal sirip punggung), A5 (operkulumatas mata), A6 (operkulum-awal sirip punggung), A7 (operkulum-awal sirip perut), A8 (awal sirip punggung-awal sirip perut), B1 (operkulum-akhir sirip punggung ), B2 (awal sirip punggung-akhir sirip punggung), B3 (awal sirip perut-awal sirip anal), B4 (awal sirip perut-akhir sirip punggung), B5 (awal sirip anal-akhir sirip punggung), dan B6 (akhir sirip perut-akhir sirip anal), B7 (awal sirip anal-akhir sirip anal), C1 (akhir sirip anal-pangkal sirip ekor bawah), C2 (pangkal sirip ekor atas-pangkal sirip ekor bawah), C3 11

5 (akhir sirip punggung-pangkal sirip ekor atas), C4 (pangkal sirip ekor atasakhir sirip anal), C5 (akhir sirip punggung-pangkal sirip ekor bawah), dan C6 (akhir sirip punggung-akhir sirip anal). Keragaman morfometrik dinyatakan dalam bentuk koefisien keragaman karakter (CV) (Lampiran 3). Koefisien keragaman tertinggi terdapat pada karakter C3 (akhir sirip punggung-pangkal sirip ekor atas), sedangkan koefisen keragaman terendah terdapat pada karakter B4 (awal sirip perut-akhir sirip punggung). Hasil uji signifikansi yang dilakukan untuk mengetahui karakter-karakter yang dapat digunakan sebagai penciri ikan disajikan pada Tabel 8. Berdasarkan Tabel 8 dapat diketahui terdapat 9 karakter yang berbeda nyata, yaitu A1 (atas mulut-atas mata), A2 (atas mata-awal sirip punggung), A4 (atas mulut-awal sirip punggung), A5 (operkulum-atas mata), A6 (operkulum-awal sirip punggung), B2 (awal sirip punggung-akhir sirip punggung), B3 (awal sirip perut-awal sirip anal), B5 (awal sirip anal-akhir sirip punggung), dan B7 (awal sirip anal-akhir sirip anal). Tabel 8. Uji signifikansi pada 21 karakter morfometrik ikan tambakan Wilks' Lambda F df1 df2 Sig. A * A * A A * A * A * A A B B * B * B B * B B * C C C C C C Keterangan: * menunjukkan berbeda nyata (P<0,05). 12

6 Hasil analisis fungsi kanonikal menunjukkan karakter morfologi ikan tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan tidak saling bersinggungan (Lampiran 4). Keeratan semua komponen antar populasi ikan tambakan yang diamati lebih nyata dengan menggunakan sharing component atau index kemiripan. Sumatera Jawa Kalimantan Gambar 6 Penyebaran karakter morfometrik ikan tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. Pada Gambar 6 dapat diketahui bahwa karakter morfometrik ikan tambakan tidak saling bersinggungan antar populasi ikan. Populasi ikan tambakan menyebar satu sama lain. Pada Tabel 9 menunjukkan tidak terjadi percampuran antar populasi ikan tambakan. Hal ini ditunjukkan dengan nilai 0 pada sharing component. Pada Gambar 7 diketahui populasi tambakan Sumatera memiliki kemiripan karakter yang lebih dekat dengan populasi Jawa, sedangkan populasi Kalimantan memiliki kemiripan yang lebih jauh dibanding dengan populasi lainnya. 13

7 Tabel 9. Nilai sharing component intrapopulasi ikan tambakan (%) Populasi Ikan Tambakan Sumatera Jawa Kalimantan Total Sumatera Jawa Kalimantan Sumatera Jawa Kalimantan Gambar 7. Dendrogram hubungan kekerabatan antara ikan tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. 3.2 Pembahasan Pada profil RAPD dapat diketahui jumlah fragmen ikan tambakan Jawa dan Kalimantan memiliki jumlah yang sama yaitu sebanyak 13-22, sedangkan jumlah fragmen pada ikan tambakan Sumatera lebih banyak yaitu berkisar antara Namun, ukuran fragmen pada setiap populasi memiliki nilai yang sama berkisar antara bp. Hasil amplifikasi setiap primer memiliki karakter yang berbeda sehingga jumlah dan ukuran fragmen yang muncul pun berbeda. Pemilihan primer pada RAPD berpengaruh terhadap polimorfisme fragmen yang dihasilkan karena setiap primer memiliki situs penempelan sendiri sehingga fragmen dari DNA yang diamplifikasi oleh primer berbeda menghasilkan polimorfik dengan jumlah fragmen dan berat molekul berbeda (Roslim, 2001). Persentase polimorfik tertinggi diperoleh pada populasi Kalimantan yaitu 60,7143%, sedangkan polimorfik ikan tambakan Sumatera dan Jawa memiliki nilai yang sama yaitu 57,1429%. Nilai heterosigositas tertinggi diperoleh populasi Kalimantan sebesar , sedangkan nilai terendah pada populasi Sumatera sebesar Tingginya keragaman genetik ikan tambakan diduga karena ikan 14

8 tambakan memiliki tingkat migrasi yang lebih tinggi dibandingkan ikan air tawar lainnya sehingga peluang adanya persilangan dengan populasi (stok) yang lainnya semakin besar pula (Nugroho et al., 2005). Ikan tambakan merupakan jenis ikan yang tidak merawat anaknya (Anonim, 2010 a ) sehingga memungkinkan ikan tambakan untuk melakukan migrasi dengan jarak yang cukup jauh. Imron et al., (1999) menyatakan populasi dengan laju migrasi yang sempit atau jarak yang pendek mempunyai heterosigositas rendah dibandingkan dengan populasi yang mempunyai migrasi luas dan bersifat terbuka. Menurut Sugama et al., (1996) pada lingkungan yang stabil akan lebih sedikit ditemukan variasi alel daripada kondisi lingkungan yang labil karena laju mutasi dan seleksi lingkungan relatif rendah. Secara statistik dengan menggunakan uji perbandingan berpasangan Fst menunjukkan bahwa tidak terdapat perbedaan genetik secara nyata antara populasi ikan tambakan yang diuji (P>0,05). Hal ini mengindikasikan bahwa ikan tambakan yang berasal dari Sumatera, Jawa, dan Kalimantan masih sekerabat. Mulyasari et al. (2010) menyatakan populasi yang tidak berbeda nyata mungkin disebabkan banyaknya kesamaan genetik antar populasi-populasi tersebut. Jarak genetik antara populasi Kalimantan dan Jawa relatif rendah yaitu 0,1961. Hal ini menandakan bahwa antara kedua populasi mempunyai hubungan kekerabatan yang cukup dekat. Meningkatnya kemiripan genetik dapat disebabkan oleh proses aliran gen disuatu populasi ke populasi lain (genetic introgression) (Moria et al., 2005). Jarak genetik antara populasi ikan tambakan Sumatera dan Kalimantan lebih tinggi yaitu 0,2877 dibandingkan dengan tambakan dari Jawa menandakan bahwa kedua populasi tersebut memiliki hubungan kekerabatan yang lebih jauh dibanding populasi lainnya. Keragaman morfometrik ikan tambakan relatif tinggi. Karakter yang memiliki nilai koefisien keragaman yang tertinggi adalah C3 (akhir sirip punggung-pangkal sirip ekor atas), sedangkan karakter dengan koefisien keragaman terendah adalah B4 (awal sirip perut-akhir sirip punggung). Uji beda nyata dilakukan untuk mengetahui karakter-karakter yang dapat digunakan sebagai penciri dari suatu jenis ikan. Karakter yang berbeda secara nyata dapat digunakan sebagai penciri ikan tersebut (Iriana et al., 2010). Berdasarkan hasil penelitian, dari 21 karakter yang diuji terdapat 9 karakter yang berbeda nyata, 15

9 yaitu A1 (atas mulut-atas mata), A2 (atas mata-awal sirip punggung), A4 (atas mulut-awal sirip punggung), A5 (operkulum-atas mata), A6 (operkulum-awal sirip punggung), B2 (awal sirip punggung-akhir sirip punggung), B3 (awal sirip perut-awal sirip anal), B5 (awal sirip anal-akhir sirip punggung), dan B7 (awal sirip anal-akhir sirip anal). Pada gambar diagram diskriminan kanonikal (Gambar 6.) terlihat bahwa pola penyebaran karakter masing-masing populasi terpisah satu sama lain namun masih mendekati sumbu. Pemisahan ketiga populasi ikan tambakan diduga disebabkan oleh karakter A8 (awal sirip punggung-awal sirip perut) pada fungsi-1 dengan nilai koefisien kanonikal tertinggi yang membedakan populasi tambakan Kalimantan dengan populasi tambakan Sumatera dan Jawa (Lampiran 4). Pada fungsi-2 terdapat karakter C6 (akhir sirip punggung-akhir sirip anal) yang membedakan populasi tambakan Jawa dengan tambakan Sumatera dan Kalimantan. Pemisahan yang terjadi antara ketiga populasi juga ditunjukkan pada fungsi-1 yang menjelaskan terdapat perbedaan ukuran pada sampel ikan yang diuji (Lampiran 5), sedangkan pada fungsi-2 menunjukkan terdapat perbedaan karakter morfometrik yaitu perbedaan dibagian kepala dan badan yang didukung dengan terdapatnya 9 karakter yang berbeda nyata. Kombinasi dari karakter-karakter yang dominan pada fungsi-1 dan fungsi-2 yang menyebabkan pemisahan karakter masingmasing populasi, sedangkan karakter-karakter yang berbeda nyata dapat dijadikan sebagai penciri masing-masing populasi ikan tambakan secara individu. Hasil analisis fungsi kanonikal menunjukkan bahwa karakter morfologi ikan tambakan tidak saling bersinggungan. Pola penyebaran yang tidak saling bersinggungan menunjukkan tidak terjadinya pencampuran populasi ikan tambakan dan tidak menunjukkan adanya kemiripan karakter morfologi ikan tambakan. Hasil ini sesuai dengan nilai sharing component dimana antar populasi ikan tambakan tidak menunjukkan adanya kemiripan karakter dengan populasi lainnya (nilai 0). Pada Gambar 7 diketahui populasi tambakan Sumatera memiliki kemiripan karakter yang lebih dekat dengan populasi Jawa, sedangkan populasi Kalimantan memiliki kemiripan yang lebih jauh dibanding dengan populasi lainnya. Jika dibandingkan dengan hasil analisa genetik diperoleh hasil populasi 16

10 Jawa memiliki kekerabatan yang lebih dekat dengan Kalimantan, sedangkan populasi Sumatera memiliki hubungan kekerabatan yang lebih jauh. Hal ini diduga karena variasi fenotip yang diamati secara kuantitatif adalah gabungan dari variasi genetik, variasi lingkungan, dan variasi interaksi genetik dengan lingkungan (Tave, 1999). Perbedaan karakter morfometrik menunjukkan adanya faktor lingkungan yang membentuk morfologi yang berbeda walaupun secara genetik tidak berbeda nyata antar populasi. Sampel populasi ikan tambakan Jawa dan Sumatera diperoleh melalui kegiatan budidaya sehingga karena lingkungan budidaya yang cenderung sama menghasilkan kemiripan secara morfometrik dibandingkan dengan sampel populasi ikan tambakan yang berasal dari alam yang berbeda lingkungannya dengan budidaya sehingga kemiripan morfometriknya lebih jauh dibanding populasi lainnya. Potensi genetik tidak dapat terealisasi dengan baik tanpa dukungan lingkungan (Dunham, 2004). Semua fenotip dikontrol oleh lingkungan (nutrisi, kualitas fisik/biologi/kimia, dan penyakit) tetapi lingkungan memiliki peranan penting dalam memunculkan fenotipe kuantitatif (Tave, 1999). Pengaruh lingkungan terhadap setiap individu berbeda. Potensi genetik yang baik tidak akan bisa mendapatkan hasil yang optimal jika tidak didukung oleh lingkungan yang sesuai. Pada umumnya pertumbuhan ikan air tawar akan optimal apabila didukung dengan lingkungan yang optimal, seperti kisaran ph 7-8,5, kadar oksigen terlarut >5 ppm, kesadahan >20 mg/l CaCO 3, dan nilai TAN < 1 mg/l (Effendi, 2000). Pada kondisi yang optimal kemampuan metabolisme tubuh akan berjalan secara optimum sehingga pertumbuhan dan respon stres akan berjalan baik. Namun, jika kondisi yang tidak optimal akan terjadi sebaliknya (Mahardika, 2010). 17