BAB I PENDAHULUAN. A. Latar Belakang. Ikan lele merupakan salah satu jenis ikan air tawar yang memiliki 3 pasang

Transkripsi

1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Ikan lele merupakan salah satu jenis ikan air tawar yang memiliki 3 pasang sungut peraba (barbel) pada sisi kanan dan kiri anterior kepala, tidak memiliki sisik, dan kulitnya berlendir. Ikan lele memiliki beberapa keistimewaan, salah satunya adalah memiliki pertumbuhan cepat, sehingga ikan lele banyak dibudidayakan. Ikan lele dapat dibudidayakan pada lahan dan sumber air terbatas dengan padat tebar tinggi, modal usaha relatif rendah, teknologi budidaya relatif sederhana, dan memiliki pasar yang luas. Selain itu, ikan lele dapat dijadikan sebagai bahan makanan yang memiliki kandungan protein tinggi dengan harga relatif murah dan mudah diperoleh (Rustidja, 1999). Salah satu jenis ikan lele yang banyak dibudidayakan adalah jenis ikan lele Dumbo, namun terjadinya inbreeding yang tidak terkontrol mengakibatkan penurunan kualitas ikan lele Dumbo. Penurunan kualitas ditandai dengan rendahnya kelangsungan hidup dan laju pertumbuhan. Hal tersebut menyebabkan ikan lele Dumbo kurang menguntungkan untuk digunakan sebagai ikan budidaya. Pada tahun 2000 telah dilakukan silang balik antara induk betina ikan lele Dumbo generasi ke dua (F2) dengan induk jantan generasi ke enam (F6) yang menghasilkan jantan dan betina F2-6. Jantan F2-6 selanjutnya dikawinkan dengan betina generasi ke dua (F2) sehingga menghasilkan anakan yang disebut ikan lele Sangkuriang (Anonim a, 2012). Saat ini budidaya ikan lele Sangkuriang mulai 1

2 2 mengalami penurunan kualitas seperti yang terjadi pada ikan lele Dumbo. Penurunan kualitas ikan lele Dumbo dan Sangkuriang dapat diatasi dengan melakukan introduksi strain baru yang mempunyai kualitas lebih unggul. Introduksi strain baru dapat dilakukan dengan cara seleksi, persilangan, ginogenesis, dan rekayasa genetik. Unit Pelaksana Teknis Dinas Unit Kerja BBI (UPTD UKB) Wonocatur, Yogyakarta, melakukan upaya introduksi strain baru ikan lele dengan menyilangkan 3 strain ikan lele, yaitu ikan lele Mesir, Paiton, dan Sangkuriang. Persilangan adalah pembuahan yang terjadi secara alami atau buatan antara dua organisme yang berbeda strain dengan tujuan menghasilkan individu baru yang mempunyai kualitas lebih unggul dari kedua induknya. Individu dengan kualitas unggul memiliki laju pertumbuhan cepat dan kelangsungan hidup tinggi. Kualitas unggul dari suatu populasi ditandai dengan tingginya variasi genetik dari populasi tersebut. Variasi genetik merupakan keragaman genetik dari individu tertentu yang tercermin pada karakter genotip maupun fenotip (Hayuningtyas et al., 2010). Variasi genetik penting untuk menjaga kelestarian jangka panjang bagi suatu spesies atau populasi terkait dengan daya tahan spesies atau populasi tersebut untuk dapat beradaptasi terhadap perubahan kondisi lingkungan (Dunham, 2004). Oleh karena itu, hasil persilangan 3 strain ikan lele Mesir, Paiton, dan Sangkuriang yang telah dilakukan oleh UPTD UKB Wonocatur, Yogyakarta perlu diketahui variasi genetiknya. Variasi genetik dapat diketahui berdasarkan karakter morfologis dan molekular. Karakter morfologis meliputi morfologi, morfometri, dan meristik. Selain itu, karakter morfologis juga

3 3 berhubungan dengan keberhasilan proses budidaya, sehingga karakter morfologis penting untuk dikelola sebagai upaya peningkatan produktifitas ikan lele untuk menghasilkan keuntungan secara ekonomis (Tave, 1992). Perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui variasi morfologis dan genetik hasil persilangan antara ikan lele Mesir, Paiton, dan Sangkuriang yang dilakukan oleh UPTD UKB Wonocatur, Yogyakarta sehingga dapat mendukung upaya budidaya ikan lele secara intensif. Karakter molekular dapat dianalisis menggunakan berbagai macam marka molekular, diantaranya Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dan Inter-Simple Sequence Repeat (ISSR). Keduanya merupakan marka molekular berbasis Polymerase Chain Reaction (PCR) yang banyak digunakan untuk identifikasi variasi genetik (Pharmawati, 2009). Pada dasarnya, prinsip kerja antara ISSR dan RAPD adalah sama, yaitu untuk melihat adanya perbedaan karakter antar spesies sehingga didapatkan karakter yang spesifik (Hadrys et al., 1992). Kelebihan analisis RAPD adalah hanya membutuhkan sampel DNA dalam jumlah sedikit (0,5-50 nm) (Demeke, 1994), prosedur pengerjaan yang lebih sederhana, waktu yang dibutuhkan lebih cepat, hemat biaya, dan mampu menghasilkan jumlah karakter yang tidak terbatas (Yu, 1994). Selain itu, primer yang diperlukan telah banyak dikomersilkan sehingga mudah diperoleh, namun sekuen DNA yang dihasilkan kurang stabil dan reprodusibilitasnya rendah (Arif et al., 2010), sehingga diperlukan marka yang lebih unggul dalam analisis variasi genetik, yaitu menggunakan Inter-Simple Sequence Repeat (ISSR). Inter-Simple Sequence Repeat (ISSR) adalah marka multi lokus yang melibatkan penggunaan

4 4 sekuen mikrosatelit (Verma, 2014). Kelebihan ISSR dibanding dengan RAPD adalah memiliki kemampuan yang tinggi untuk membedakan antar satu individu dengan yang lainnya, serta dapat menghasilkan polimorfisme yang lebih tinggi jika dibandingkan dengan RAPD. Selain itu, pita yang dihasilkan akan lebih reliable dan reproductible karena suhu anneling yang digunakan lebih tinggi dan sekuen yang dihasilkan lebih panjang (Yao-Ping et al., 2012). B. Rumusan Masalah Rumusan masalah penelitian ini adalah: 1. Bagaimana variasi morfologis hasil persilangan antara ikan lele Mesir, Paiton, dan Sangkuriang? 2. Bagaimana variasi genetik hasil persilangan antara ikan lele Mesir, Paiton, dan Sangkuriang berdasarkan marka ISSR? 3. Bagaimana ciri populasi hasil persilangan yang unggul? C. Tujuan Penelitian Tujuan penelitian ini adalah: 1. Mengetahui variasi morfologis hasil persilangan antara ikan lele Mesir, Paiton, dan Sangkuriang. 2. Mengetahui variasi genetik hasil persilangan antara ikan lele Mesir, Paiton, dan Sangkuriang berdasarkan marka ISSR. 3. Mengetahui ciri populasi hasil persilangan yang unggul.

5 5 D. Manfaat Penelitian Manfaat penelitian ini adalah menyajikan informasi variasi morfologis dan genetik hasil persilangan antara ikan lele Mesir, Paiton, dan Sangkuriang, serta menyajikan informasi populasi unggulan hasil persilangan sebagai data pendukung bagi pengembangan bibit unggul dan budidaya. E. Ruang Lingkup Penelitian Ruang lingkup penelitian ini dibatasi pada variasi morfologis dan genetik hasil persilangan antara ikan lele Mesir, Paiton, dan Sangkuriang berdasarkan karakter morfologis dan molekular. Karakter morfologis yang diamati meliputi morfologi, morfometri, dan meristik. Karakter molekular dianalisis menggunakan marka molekular ISSR dengan 2 primer, yaitu ISSR 7 dan ISSR 8.