SKRIPSI. Untuk memenuhi sebagian persyaratan guna memperoleh derajat Sarjana Pertanian di Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret

Transkripsi

1 ISOLASI DNA DENGAN METODE DOYLE AND DOYLE DAN ANALISIS RAPD PADA SAWO SKRIPSI Untuk memenuhi sebagian persyaratan guna memperoleh derajat Sarjana Pertanian di Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret Oleh Agus Santika Sitepu H PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS SEBELAS MARET SURAKARTA AGUSTUS 2017 SKRIPSI

2 ISOLASI DNA DENGAN METODE DOYLE AND DOYLE DAN ANALISIS RAPD PADA SAWO Agus Santika Sitepu H Pembimbing Utama Pembimbing Pendamping Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si NIP Dr. Ir. Parjanto, MP NIP Surakarta, 31 Agustus 2017 Program Studi Agroteknologi Kepala, Prof. Dr. Ir. H. Bambang Pujiasmanto, M.S. NIP SKRIPSI

3 ISOLASI DNA DENGAN METODE DOYLE AND DOYLE DAN ANALISIS RAPD PADA SAWO Yang dipersiapkan dan disusun oleh: Agus Santika Sitepu H Telah dipertahankan di depan Tim Penguji Pada tanggal: Dan dinyatakan telah memenuhi syarat untuk memperoleh gelar (derajat) Sarjana Pertanian Program Studi Agroteknologi Susunan Tim Penguji Ketua Anggota I Anggota II Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si NIP Dr. Ir. Parjanto, MP NIP Ir. Sukaya, M.S. NIP PERNYATAAN Dengan ini saya Nama: Agus Santika Sitepu NIM: H Program Studi : Agroteknologi menyatakan bahwa dalam skripsi saya yang berjudul ISOLASI DNA DENGAN METODE DOYLE AND DOYLE DAN ANALISIS RAPD PADA SAWO ini

4 tidak terdapat karya yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar akademik dan sepanjang pengetahuan penulis juga tidak ada unsur plagiarisme, falsifikasi, fabrikasi karya, data, atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh penulis lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka. Pernyataan ini saya buat dengan sebenar-benarnya dan apabila dikemudian hari terbukti ada penyimpangan dari pernyataan tersebut, maka saya bersedia menerima sanksi sesuai ketentuan yang berlaku. Surakarta, 31 Agustus 2017 Yang menyatakan Agus Santika Sitepu NIM.H

5 KATA PENGANTAR Puji Syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang telah melimpahkan segala rahmat dan berkat-nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian sekaligus penyusunan sktipsi ini. Dalam penulisan skripsi ini tentunya penulis tidak lepas dari bantuan berbagai pihak. Oleh karenanya, penulis mengucapkan terimakasih kepada : 1. Prof. Dr. Ir. Bambang Pujiasmanto, MS., selaku Dekan Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret Surakarta. 2. Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si, selaku pembimbing utama yang telah memberikan banyak arahan, masukan, saran, ide, dan nasehat untuk penulisan skripsi ini. 3. Dr. Ir. Parjanto, M.P. selaku pembimbing pendamping yang telah memberikan koreksi, bimbingan dan saran dalam penulisan skripsi ini. 4. Ir. Sukaya, M.S. selaku dosen penguji saya yang telah memberikan koreksi, bimbingan serta saran dalam penulisan skripsi ini. 5. Dr. Ir. Pardono, M. S, selaku dosen pembimbing akademik yang telah memberikan bimbingan dan nasehat selama perkuliahan. 6. Mamak dan Bapak tercinta, serta adik-adikku, Cheptiana, Sonia dan Okta yang telah memberikan kasih sayang tak terhingga, doa, nasehat, dan dukungan. 7. Hisyan Fery Yando yang selalu memberikan semangat, doa, dan dukungan 8. Keluarga Alsfifagetsu-Fe yang selalu memberi dukungan dan doa 9. Keluarga Naposo HKBP Solo, Naposo Angkatan 2013, khususnya Ade Indah, Vania, Grace, Abdi dan Julio yang telah memberikan pengalaman luar biasa, suka, duka, dan semangat yang diberikan kepada saya. 10. Keluarga Agroteknologi 2013, Keluarga PMK UNS dan PMK FP yang senantiasa memberikan doa dan dukungan. Penulis menyadari bahwa dalam pembuatan skripsi ini masih banyak kekurangan. Oleh karena itu, saran dan kritik yang bersifat membangun sangat diharapkan agar dapat lebih baik. Akhirnya penulis berharap semoga skripsi ini dapat memberikan manfaat bagi penulis sendiri khususnya dan bagi para pembanya pada umumnya. Surakarta, 31 Agustus 2017 Penulis

6 DAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... ii HALAMAN PERSETUJUAN... iii PERNYATAAN... iv KATA PENGANTAR... vi DAFTAR ISI... vii DAFTAR TABEL...viii DAFTAR GAMBAR... ix DAFTAR LAMPIRAN... x RINGKASAN... xi SUMMARY... xii I. PENDAHULUAN... 1 A. Latar belakang... 1 B. Perumusan Masalah... 3 C. Tujuan Penelitian... 3 II. TINJAUAN PUSTAKA... 4 A. Sawo (Achras zapota L)... 4 B. Analisis Keragaman Genetik... 6 C. Isolasi DNA... 7 D. RAPD III. METODE PENELITIAN A. Waktu dan Tempat Penelitian B. Alat dan Bahan Penelitian C. Pelaksanaan Penelitian D. Analisis Data IV. PEMBAHASAN A. Uji Kualitas dan Kuantitas DNA Sawo B. Identifikasi Keragaman Genetik Sawo V. KESIMPULAN DAN SARAN A. Kesimpulan B. Saran DAFTAR PUSTAKA DAFTAR TABEL

7 Nomor Judul Halaman A. Tabel 1. Hasil Uji Kuantitatif DNA Sawo (Achras Zapota) B. Tabel 2. Jenis primer, urutan basa, jumlah lokus teramplifikasi dan polimorfisme DNA sawo C. Tabel 3. Matriks Koefisien Kemiripan Genetik Sawo Manyaran dengan sawo Bojonegoro berdasarkan Amplifikasi DNA... 29

8 DAFTAR GAMBAR Nomor Judul Halaman A. Gambar 1. Hasil Uji Kualitas DNA dengan Elektroforesis B. Gambar 2. Interpretasi hasil amplifikasi DNA sawo menggunakan beberapa primer. 26

9 DAFTAR LAMPIRAN Nomor Judul Halaman A. Tabel 4. Data Mentah Pita (Alel) sawo (Achras zapota) Aksesi Manyaran dan Bojonegoro B. Gambar 3. Hasil elektroforesis DNA sawo (Achras zapota) menggunakan beberapa primer... 40

10 RINGKASAN ISOLASI DNA DENGAN METODE DOYLE AND DOYLE DAN ANALISIS RAPD PADA SAWO. Skripsi : Agus Santika Sitepu (H ). Pembimbing: Endang Yuniastuti, Parjanto. Program Studi : Agroteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Sebelas Maret Surakarta Sawo merupakan salah satu tanaman hortikultura yang sangat berpotensial untuk dikembangkan. Akan tetapi penelitian mengenai sawo terutama di bidang molekuler masih sedikit dilakukan. Oleh karena itu perlu dilakukan penelitian mengenai sawo agar dapat dimanfaatkan untuk pemuliaan tanaman. Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Januari sampai april 2017 di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Tanaman, Universitas Gajah Mada Yogyakarta. Penelitian ini dilaksanakan dengan mengamati pita DN menggunakan mesin PCR dengan metode RAPD. Sampel terdiri dari dua aksesi yaitu aksesi Manyaran dan aksesi Bojonegoro. Isolasi DNA yang dilakukan menggunakan metode Doyle and Doyle. Hasil isolasi DNA sawo kemudian dianalisis dengan metode RAPD melalui seleksi primer. Primer yang digunakan yaitu OPA 11, OPA 12, OPA 13, OPA 14, OPA 15, OPA 16, OPA 17, OPA 18, OPA 19, dan OPA 20. Hasil amplifikasi DNA sawo diamati dengan elektroforesis. Dari seleksi primer yang dilakukan, ditemukan 6 primer yang menunjukkan pita DNA yaitu OPA 11, OPA 13, OPA 16, OPA 18, OPA 19, dan OPA 20. Jumlah total pita DNA yang dihasilkan yaitu 38 pita yang memiliki kisaran pita bp. Presentasi pita polimorfik yang paling tinggi yaitu 50% diperoleh dari amplifikasi primer OPA 11 dan OPA 19, sedangkan presentasi pita polimorfik yang paling rendah yaitu 33,33% diperoleh dari amplifikasi opa 20. Kemiripan genetik sawo Manyaran dan sawobojonegoro berdasarkan perhitungan data skoring menggunakan program NTSys 2.02i menunjukkan angka sebesar 0,79.

11 SUMMARY DNA ISOLATION WITH DOYLE AND DOYLE METHOD AND RAPD ANALYSIS ON SAPODILLA (ACHRAS ZAPOTA). Thesis : Agus Santika Sitepu (H ). Supervisor : Endang Yuniastuti, Parjanto. Study Program : Agrotechnology, Faculty of Agriculture, Sebelas Maret University. Spodilla horticultural crops is one of a very potentially expanded. However, resarch of sapodilla especially in molecular field is still a bit to do. Therefore need to do research on sapodilla so it can be used for plan breeding. The research was conducted from January to april 2017 at the Laboratory of Genetica and Plant Breeding, Faculty of Agriculture, Gajah Mada University. This research was carried outby watching the band and using RAPD method with PCR machine.the sample consist of two accessions, namely Manyaran accession and Bojonegoro accession. DNA isolation is carried out using the method of Doyle and Doyle. The result of the DNA isolation of sapodolla then analyzed by RAPD methode through theprimer selection. The primer used is OPA 11, OPA 12, OPA 13, OPA 14, OPA 15, OPA 16, OPA 17, OPA 18, OPA 19 and OPA 20. Sapodilla DNA amplification result observed with electrophoresis. From the primer selection is done, found 7 primer that show a band of DNA, that is OPA 11, OPA 13, OPA 16, OPA 18, OPA 19, and OPA 20. The total amount of DNA band are band that have a range of 34 bands BP. Presentation the most polymorphic bands high is 50% obtained from amplification primer OPA 11 and OPA 19, while the presentation of the most polimorphic low is amplification 33,33% obtained from OPA 20. The genetic similarity of Manyaran sapodilla and Bojonegoro sapodilla calculated based on scoring data using NTSys 2.02i program shows the number 0.79.