IDENTIFIKASI DAGING BABI DALAM DAGING KEBAB YANG BEREDAR DI PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) SKRIPSI

Transkripsi

1 1 IDENTIFIKASI DAGING BABI DALAM DAGING KEBAB YANG BEREDAR DI PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) SKRIPSI Untuk memenuhi sebagian persyaratan Mencapai Derajat Sarjana S-1 KHOTIMAH Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Purwokerto Purwokerto 2013

2 2 IDENTIFIKASI DAGING BABI DALAM DAGING KEBAB YANG BEREDAR DI PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) SKRIPSI Untuk memenuhi sebagian persyaratan Mencapai Derajat Sarjana S-1 KHOTIMAH Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Purwokerto Purwokerto 2013 i

3 3 HALAMAN PERSETUJUAN IDENTIFIKASI DAGING BABI DALAM DAGING KEBAB YANG BEREDAR DI PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) KHOTIMAH Diperiksa dan disetujui oleh: Pembimbing I Pembimbing II Wiranti Sri Rahayu, M.Si., Apt. Suparman, M.Sc., Apt. NIK NIK ii

4 4 iii

5 5 Yang bertandatangan di bawah ini, saya: PERNYATAAN Nama : Khotimah NIM : Program Studi Fakultas/Universitas : Farmasi : Farmasi / Universitas Muhammadiyah Purwokerto Menyatakan dengan sebenar-benarnya bahwa skripsi ini adalah hasil dari proses penelitian saya yang telah dilakukan dengan prosedur penelitian yang benar dengan arahan dari dosen pembimbing dan bukan hasil penjiplakan dari karya orang lain. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun yang tidak diterbitkan dari peneliti lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam daftar pustaka di bagian akhir skripsi ini. Demikian pernyataan ini, dan apabila kelak dikemudian hari terbukti ada unsur penjiplakan, maka saya bersedia mempertanggungjawabkan sesuai dengan ketentuan yang berlaku. Purwokerto,10 September 2013 Yang menyatakan Khotimah iv

6 6 INTISARI KHOTIMAH. Identifikasi Daging Babi dalam Daging Kebab yang Beredar di Purwokerto Menggunakan Metode Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT- PCR). Dibawah Bimbingan WIRANTI SRI RAHAYU dan SUPARMAN Latar Belakang : Jaminan kehalalan pangan untuk masyarakat Indonesia belum diberikan secara optimal oleh pemerintah. Hal ini terbukti masih banyak ditemukannya kontaminasi daging babi pada produk makanan daging olahan yang beredar dipasaran. Kebab merupakan makanan daging olahan yang banyak digemari. Penambahan daging babi dicurigai terdapat pada kebab sapi yang beredar di Purwokerto. Berdasarkan landasan tersebut, maka penelitian identifikasi daging babi dalam daging kebab yang beredar di Purwokerto menggunakan metode real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) telah dilakukan. Tujuan Penelitian : Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendeteksi ada atau tidaknya kandungan daging babi dalam daging olahan kebab sapi yang dijual di wilayah Purwokerto dengan menggunakan metode real-time PCR. Metode Penelitian : Penelitian dilakukan dengan menggunakan metode real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). Pimer yang digunakan berupa primer spesifik babi ND5. Hasil : Hasil kurva amplifikasi real-time PCR menggunakan primer spesifik ND5, menunjukkan bahwa kontrol positif teramplifikasi dengan nilai Cq 17,15 sedangkan kontrol negatif dan tiga sampel kebab sapi tidak teramplifikasi dengan nilai Cq 0. Kesimpulan : Metode real-time PCR dapat digunakan untuk mengidentifikasi kandungan daging babi dalam daging kebab sapi. Tiga sampel daging kebab sapi yang diteliti terbukti tidak mengandung daging babi. Kata Kunci : Halal, Daging babi, Kebab sapi, ND5, RT-PCR. v

7 7 ABSTRACT KHOTIMAH. Identification of Pork in Meat Kebabs which Circulated in Purwokerto Using Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Metodh. Under the guidance of WIRANTI SRI RAHAYU and SUPARMAN Background : Guarantee of halal food for the Indonesian people have not been given optimally by the government. This is proven that in the processed meat which circulated in many markets still contaminated by pork. Kebabs is one of the most favorite processed meat. The additional of pork was suspected in the kebabs which circulated in Purwokerto. Based on that, the research of Identification of pork in meat kebabs which circulated in Purwokerto using real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) have been done. Research objectives : The goal of this research is to detect the presence of pork in processed meat beef kebabs that are sold at of Purwokerto area using real-time PCR method. Research methods : Research done by using real-time PCR method. Pimer specific primers used were ND5 pigs. Results : Curve of real-time PCR amplification using specific primer ND5, shows the Cq value of amplificated positive control is 17,15 whereas the Cq value of negative control and three meat beef kebabs sampels un-amplificated is 0. Conclusion : Real-time PCR method can be used to identify the content of pork in beef kebab meat. Three beef kebab meat samples examined proved not contain pork. Key words : Halal, Pork, Beef kebabs, ND5, RT-PCR. vi

8 8 MOTTO Sesungguhnya Allah tidak merubah Keadaan sesuatu kaum sehingga mereka merubah keadaan (QS. Ar Ra'd 13:11) Sesuatu yang belum dikerjakan, seringkali tampak mustahil; kita baru yakin kalau kita telah berhasil melakukannya dengan baik. (Evelyn Underhill) Banyak kegagalan dalam hidup ini dikarenakan orang-orang tidak menyadari betapa dekatnya mereka dengan keberhasilan saat mereka menyerah. (Thomas Alva Edison) Jadilah kamu manusia yang pada kelahiranmu semua orang tertawa bahagia, tetapi hanya kamu sendiri yang menangis; dan pada kematianmu semua orang menangis sedih, tetapi hanya kamu sendiri yang tersenyum. (Mahatma Gandhi) " Keep going and never quit! The champion is never quit." vii

9 9 PERSEMBAHAN Puji syukur kepada Allah SWT, atas semua rahmat dan hidayah-nya yang telah dilimpahkan. Skripsi ini saya persembahkan untuk: Azizah ibu saya dan Ali Helmi ayah saya. Terima kasih atas doa yang senantiasa terlantun setiap waktu untuk saya, nasihat serta dukungan selama ini agar tetap fokus menjalankan kewajiban saya sebagai mahasiswa. Semoga Surga ada untukmu. Kakaku Faerus soraya dan Hilda adiku. Terima kasih atas semua bantuan, dukungan dan doanya yang diberikan kepada saya. Agil, Balqis, Farah, Sabrina, dan semua teman yang tidak dapat saya sebutkan satu per satu yang telah memberikan semangat dan dukungan agar skripsi saya terselesaikan dengan hasil yang memuaskan. viii

10 10 PRAKATA Dengan mengucap Alhamdulillahi Robil allamin, dan segala puji syukur senantiasa peneliti panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat, hidayah dan inayahnya, sehingga peneliti dapat menyusun dan menyelesaikan skripsi ini. Sholawat dan salam senantiasa tercurahkan kepada Nabi Besar Muhammad SAW berserta keluarga dan sahabatnya. Penyelesaian skripsi ini tidak terlepas dari bantuan dan dukungan dari berbagai pihak yang telah memberikan bantuan yang sangat berarti bagi peneliti, baik secara moral maupun materi. Untuk itu, peneliti mengucapkan terima kasih kepada: 1. Dr. H. Syamsuhadi Irsyad, SH, M.H Rektor Universitas Muhammadiyah Purwokerto. 2. Dr. Nunuk Aries Nurulita, M.Si., Apt. Dekan Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Purwokerto. 3. Wiranti Sri Rahayu, M.Si., Apt. Ketua Program Studi Farmasi Universitas Muhammadiyah Purwokerto dan Dosen Pembimbing I yang telah membimbing, dan mendukung terlaksananya ujian skripsi dan memberikan kesempatan hingga peneliti selesai studi. 4. Suparman, M.Sc., Apt. Dosen Pembimbing II yang selalu sabar membimbing dan mengarahkan dalam menyelesaikan skripsi ini. 5. Seluruh dosen dan karyawan Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Purwokerto yang telah memberikan bekal bagi kehidupan. 6. Ali Helmi dan Azizah selaku orang tua atas bimbingan dengan penuh kesabaran serta lasih sayang yang begitu besar, juga dukungan yang disertai doa yang mengiringi setiap langkah perjalananku. 7. Semua teman-teman Farmasi UMP seluruh angkatan, khususnya angkatan 2009 yang memberikan senyuman, tawa, canda, persahabatan, kekeluargaan, dukungan, bantuan, semangat, serta doa hingga akhir penulisan skripsi ini. 8. Semua pihak yang telah membantu penulis dalam menulis skripsi ini. ix

11 11 Semoga semua bimbingan, dorongan dan bantuan yang telah diberikan kepada peneliti mendapatkan pahala dari Allah SWT. Teriring harapan semoga skripsi ini dapat bermanfaat khususnya bagi peneliti dan pembaca. Amin. Purwokerto, 10 September 2013 Penulis x

12 12 RIWAYAT HIDUP Nama : Khotimah Nim : Fakultas : Farmasi Tempat dan Tanggal Lahir : Tegal, 5 Oktober 1989 Jenis Kelamin : Perempuan Alamat : Ajibarang Wetan RT 03/02 Ajibarang, Banyumas Riwayat Pendidikan : a. SD : SD N 1 Ajibarang Wetan Lulus: 2003 b. SLTP : SMP Muhammadiyah Ajibarang Lulus: 2006 c. SLTA : SMA N Ajibarang Lulus: 2009 d. PT : Universitas Muhammadiyah Purwokerto Lulus: 2013 xi

13 13 DAFTAR ISI halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PERSETUJUAN... ii HALAMAN PENGESAHAN... iii HALAMAN PERNYATAAN... iv INTISARI... v ABSTRACT vi MOTTO... vii HALAMAN PERSEMBAHAN... viii PRAKATA... ix DAFTAR RIWAYAT HIDUP... xi DAFTAR ISI... xii DAFTAR TABEL... xiv DAFTAR GAMBAR... xv DAFTAR LAMPIRAN... xvi BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Masalah... 1 B. Perumusan Masalah... 2 C. Tujuan Penelitian... 2 D. Manfaat Penelitian... 3 BAB II TINJAUAN PUSTAKA A. Definisi Kebab... 4 B. Definisi Babi... 4 C. Protein dan Asam Nukleat... 5 D. DNA Struktur dan sifat Fisika Kimia DNA NA Mitokondria Isolasi dan Pemurnian DNA... 8 xii

14 14 E. PCR Panjang Primer Komposisi Primer Melting temperature (Tm) Interaksi primer-primer F. Real Team PCR G. Elektroforesis Gel BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis dan Rancangan Penelitian B. Waktu dan Tempat Penelitian C. Alat dan Bahan D. Prosedur Kerja Pengumpulan Sampel Isolasi DNA Pembuatan Seri Konsentrasi Pengecekan isolasi DNA E. Amplifikasi PCR (Real-time PCR) F. Analisis Hasil BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA B. Pengecekan Hasil Isolasi dengan Elektroforesis Gel Agarosa C. Amplifikasi DNA menggunakan Real-Time PCR BAB V KESIMPULAN DAN SARAN A. Kesimpulan B. Saran DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN xiii

15 15 DAFTAR TABEL halaman Tabel 1. Susunan Basa Primer ND Table 2. Seri Konsentrasi Daging Babi dalam Daging Sapi Tabel 3. Nilai Cq pada Sampel, Seri Konsentrasi, dan Kontrol Pembanding xiv

16 16 DAFTAR GAMBAR halaman Gambar 1 Struktur Basa Nitrogen Pirimidin dan Purin... 6 Gambar 2. Struktur DNA Mitokondria... 7 Gambar 3. Hasil Elektroforesis DNA Kontrol Pembanding dan Sampel Gambar 4. Hasil Elektroforesis DNA Seri Konsentrasi Standar Gambar 5. Kurva Amplifikasi DNA Kontrol Pembanding dengan Sampel Gambar 6. Kurva Amplifikasi DNA Seri Kosentrasi Standar xv

17 17 DAFTAR LAMPIRAN halaman Lampiran 1. Alur Penelitian Lampiran 2. Perhitungan penentuan batas deteksi Lampiran 3. Hasil analisis DNA dengan menggunakan spektrofotometri UV-Vis : Lampiran 4. Membuat master mix untuk amplifikasi Real-Time PCR Lampiran 5. Alat dan bahan dalam penelitian Lampiran 6. Surat keterangan xvi