Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Kampus BinaWidya Pekanbaru, 28293, Indonesia ABSTRACT
|
|
- Yohanes Wibowo
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 ISOLASI DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN COX3 PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker 1846) DARI SUNGAI TAPUNG PROVINSI RIAU Khairunnisa Ul Fitri 1, Roza Elvyra 2, Dewi Indriyani Roslim 3 1 Mahasiswa Program S1 Biologi 2 Dosen Bidang Zoologi Jurusan Biologi 3 Dosen Bidang Genetika JurusanBiologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Kampus BinaWidya Pekanbaru, 28293, Indonesia ulfitrikhairunnisa@yahoo.com ABSTRACT Selais danau fish (Ompok hypophthalmus) is one of the fish which inhabit the floodplain river. Genetic information on Ompok hypophthalmus is still limited. This research aims to obtain total DNA of O. hypophthalmus and DNA fragment amplified from COX3 gene. Samples of ten O. hypophthalmus, retrieved from a floodplain river, Tapung River, were isolated using the isolation Kit. Purification of DNA has been done using Dneasy Blood and Tissue Kit from Qiagen. Total DNA was amplified using COX3 F1 and COX3 R1 primers which were designed using sequence of COX3 gene from Ictalurus punctatus (Genbank 2002). The result indicated that eight samples of total DNA were successfully isolated from ten of fish samples taken. Amplification of total DNA using primer COX3 F1 and COX3 R1 produces DNA fragments which sized 671 bp. Keywords : COX3 gene, DNA isolation, Ompok hypophthalmus, floodplain river, Tapung River ABSTRAK Ikan selais danau (Ompok hypophthalmus) merupakan salah satu jenis ikan sungai paparan banjir. Informasi genetik pada ikan Ompok hypophthalmus masih terbatas, untuk itu perlu dikaji informasi ilmiah berbasis genetik berdasarkan gen COX3 pada genom mitokondria. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh DNA total ikan selais danau dan fragmen DNA hasil amplifikasi dari gen COX3. Sepuluh sampel Ompok hypophthalmus yang diperoleh dari sungai paparan banjir yaitu Sungai Tapung, kemudian diisolasi menggunakan Kit isolasi dan purifikasi DNA Dneasy Blood and Tissue Kit dari Qiagen. Molekul DNA total yang diperoleh diamplifikasi menggunakan primer COX3 F1 dan COX3 R1 yang didesain menggunakan sekuen gen COX3 Ictalurus punctatus sebagai acuannya (Genbank 2002). Hasil penelitian menunjukkan delapan sampel DNA total berhasil diisolasi dari sepuluh sampel yang diambil. Hasil amplifikasi menggunakan primer COX3 F1 dan COX3 R1 menghasilkan fragmen DNA berukuran 671 bp. Repository FMIPA 1
2 Kata kunci : gen COX3, isolasi DNA, Ompok hypophthalmus, PCR, sungai paparan banjir PENDAHULUAN Provinsi Riau adalah salah satu provinsi yang memiliki ekosistem sungai paparan banjir (floodplain river) (Elvyra 2009). Sungai paparan banjir merupakan suatu ekosistem yang unik, ekosistem ini subur dan sangat dipengaruhi oleh fluktuasi curah hujan. Salah satu sungai paparan banjir yang terdapat di Provinsi Riau adalah Sungai Tapung. Sungai Tapung memiliki kedalaman 8-12 meter dengan panjang ±90 km. Sungai Tapung terbagi atas dua muara, yaitu Tapung Kanan dan Tapung Kiri (Diskanlut Provinsi 2007b). Menurut Azwir (2006) Sungai Tapung Kiri memiliki substrat berpasir, aliran dari sungai ini bermuara di Sungai Siak. Sungai paparan banjir adalah salah satu ekosistem yang produktif (Mustakim 2008). Pada saat musim penghujan banyak kelompok ikan yang memijah dan membesarkan anak-anak ikan. Berbagai jenis ikan yang bernilai ekonomis dan bersifat endemik hidup dan berkembang biak di sungai paparan banjir. Salah satu jenis ikan yang hidup di sungai paparan banjir adalah ikan Ompok hypophthalmus dicirikan sebagai kelompok ikan bersungut (catfish) dan merupakan salah satu jenis ikan sungai paparan banjir. Ompok hypophthalmus di Provinsi Riau dikenal dengan sebutan ikan selais danau. Ikan selais danau merupakan jenis ikan yang sangat di digemari oleh masyarakat, khususnya di Provinsi Riau. Beberapa tahun belakangan produksi dari penangkapan ikan menurun. Penurunan ini antara lain disebabkan gagalnya regenerasi ikan di ekosistem sungai akibat rusaknya habitat dari ikan tersebut. Kerusakan habitat disebabkan disekitar daerah aliran sungai telah beralih fungsi menjadi lahan perkebunan sawit dan penurunan kualitas air diakibatkan adanya sedimentasi yang cukup tinggi (Diskanlut Provinsi Riau 2007a). Berdasarkan keberadaan ikan ini sebagai ikan sungai paparan banjir, sumber ekonomi dan sumber keanekaragaman hayati di Indonesia khususnya wilayah Provinsi Riau, maka perlu dilakukan penelitian berbasis genetik menggunakan teknik molekuler untuk mendapatkan penanda genetik dari ikan Ompok hypophthalmus dan untuk menunjang usaha pelestarian ikan Ompok hypophthalmus yang ada di sungai paparan banjir di Provinsi Riau. Sebelum mendapatkan informasi ilmiah mengenai penanda genetik ikan, tahap awal yang dilakukan terlebih dahulu adalah dengan mengisolasi DNA total ikan dan amplifikasi wilayah genom mitokondria berdasarkan gen COX3. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh DNA total ikan selais danau dan fragmen DNA hasil amplifikasi dari gen COX3. METODE PENELITIAN Penelitian dilakukan pada bulan Oktober April Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Zoologi dan Genetika Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Riau, Pekanbaru. Sampel Ompok hypophthalmus diperoleh dari Repository FMIPA 2
3 Sungai Tapung desa Flamboyan Kabupaten Kampar, Provinsi Riau. Alat yang digunakan adalah rak tabung mikro, pipet mikro berukuran 10 µl, 100 µl, dan 1000 µl, tip mikro, tabung 50 ml, tabung mikro berukuran 1,5 ml dan 0,2 ml, gunting, pinset, spatula, waterbath, timbangan analitik, aluminium foil, hot plate, kamera (Olympus SP-500 UZ), UV transluminator, mesin sentrifus, perangkat elektroforesis horizontal, dan mesin PCR. Bahan yang digunakan pada penelitian ini adalah Kit isolasi dan purifikasi DNA Dneasy Blood and Tissue Kit dari Qiagen yang terdiri dari: buffer ATL, AL, AW1, AW2, AE, dan Proteinase K. Selain bahan-bahan diatas dibutuhkan juga etanol absolut dan buffer TE [1 mm EDTA ph 8,0; 10 mm Tris-HCl ph 8,0; 40 mg/ml RNAse]. Amplifikasi fragmen DNA dengan PCR memerlukan TopTaq Master Mix PCR dari Qiagen yang terdiri dari: 2x TopTaq Master Mix, 10x CoralLoad concentrate, dan dh 2 O. Selain itu dibutuhkan juga sepasang primer gen COX3 yaitu primer COX3-F1 5 CCA CCA AGC ACA TGC ATA C -3 dan primer COX3 - R1 5 CGA ATC CCA AGT GGT GTT CT - 3 yang didesain menggunakan program primer3 output dengan sekuen Ictalurus punctatus sebagai acuan gen COX3 (Genbank 2002), loading dye, dan DNA ladder. Bahan untuk pembuatan gel agarosa: 1% agarosa untuk elektroforesis DNA total dan 1,2% agarosa untuk elektroforesis hasil PCR, Buffer TBE (Tris base - Boric acid EDTA ph 8), etidium bromida, dan akuades. a. Pengambilan Sampel Sepuluh sampel ikan selais danau dari Sungai Tapung yang diperoleh dari nelayan, diidentifikasi menggunakan kunci identifikasi menurut Kottelat et al. (1993). Setelah itu cuplikan otot bagian dekat ujung ekor ikan dipotong dengan ukuran 1x1 mm kemudian dimasukkan ke dalam tabung mikro yang berukuran 1,5 ml yang telah berisi etanol absolut. Tabung diberi label pada bagian luarnya, selanjutnya disimpan di dalam kulkas. b. Penanganan Sampel dari Lapangan Sampel otot ikan yang telah disimpan di dalam etanol absolut dikeluarkan secukupnya, dan diletakkan diatas tisu sambil dikeringanginkan agar etanolnya menguap. Sampel kemudian ditimbang seberat 20 mg lalu dimasukkan ke dalam tabung mikro 1,5 ml yang baru. Setelah itu sampel dicuci dengan larutan 1x TE sebanyak 100 µl. kemudian divorteks selama 15 detik, setelah itu disentrifus selama 2 menit pada kecepatan 3000 rpm. Larutan 1x TE dibuang dengan menggunakan pipet mikro, lakukan proses ini sebanyak 3 kali. Sampel kembali dikeringanginkan diatas tisu hingga etanol yang tersisa menguap. Proses selanjutnya adalah isolasi dan purifikasi DNA. c. Isolasi dan Purifikasi Proses isolasi dan purifikasi DNA total otot ikan dilakukan menggunakan Kit isolasi dan purifikasi DNA Dneasy Blood and Tissue Kit dari Qiagen. Otot ikan dicacah halus kemudian dimasukkan ke dalam tabung mikro 1,5 Repository FMIPA 3
4 ml lalu ditambahkan larutan Buffer ATL sebanyak 180 µl. Sampel divorteks selama 15 detik kemudian diberi penambahan proteinase K sebanyak 20 µl lalu divorteks kembali selama 15 detik. Setelah itu, sampel diinkubasi dalam waterbath dengan suhu 56ºC selama 1-3 jam sambil sesekali divorteks selama 15 detik. Selanjutnya, buffer AL ditambahkan kedalam sampel sebanyak 200 µl kemudian divorteks selama 15 detik. Langkah selanjutnya, etanol absolut ditambahkan sebanyak 200 µl lalu divorteks selama 15 detik dan disentrifus selama 2 menit dengan kecepatan 4000 rpm. Supernatan dipindahkan ke dalam collection tube yang telah terpasang dengan spin column, kemudian sampel disentrifus selama 2 menit dengan kecepatan 400 rpm. Supernatan yang tertinggal di colletion tube dibuang, kemudian spin column dipindahkan ke dalam collection tube yang baru, kemudian ditambahkan buffer AW1 sebanyak 500 µl, setelah itu sampel disentrifus kembali selama 2 menit dengan kecepatan 4000 rpm. Buang larutan yang ada di collection tube kemudian pindahkan spin colomn ke dalam collection tube yang baru, lalu ditambahkan 500 µl buffer AW2 ke dalam sampel dan disentrifus selama 10 menit dengan kecepatan 4000 rpm. Supernatan yang tertinggal di collection tube dibuang kemudian pindahkan spin column ke dalam tabung mikro 1,5 ml yang baru, ditambahkan 200 µl buffer AE untuk mengelusi DNA yang melekat pada membran spin colomn. Selanjutnya, sampel disentrifus selama 2 menit dengan kecepatan 4000 rpm. Supernatan yang diperoleh disimpan sebagai stok DNA 1. Proses elusi diulang sebanyak 2 kali. Pindahkan spin colomn ke tabung mikro 1,5 ml yang baru, lalu ditambahkan buffer AE sebanyak 200 µl. Sampel kembali disentrifus selama 2 menit dengan kecepatan 400 rpm (proses sentrifus diulangi sebanyak 2 kali), supernatan yang diperoleh disimpan sebagai stok DNA 2. Supernatan disimpan pada suhu 4ºC dan selanjutnya digunakan sebagai cetakan dalam proses amplifikasi wilayah gen COX3 menggunakan PCR. d. Elektroforesis Hasil Purifikasi DNA Total Hasil purifikasi DNA total diperiksa kualitas dan keutuhannya menggunakan mesin elektroforesis. Hasil purifikasi DNA total dielektroforesis pada 1% gel agarosa dalam larutan 1x TBE (Tris base Boric acid EDTA). Molekul DNA total diwarnai dengan etidium bromida (0,5 µg/ml) kemudian divisiualisasi diatas UV transluminator (WiseUv WUV-M20, Daihan Scientific) dengan pada gelombang 302 nm dan difoto dengan kamera berfilter. e. Amplifikasi Wilayah Gen COX3 dari Mitokondria Proses amplifikasi gen COX3 dilakukan menggunakan TopTaq Master Mix Kit PCR dari Qiagen. Adapun volume dari tiap komponen mix PCR yang dimasukkan ke dalam tabung mikro ukuran 0,2 ml antara lain 44 µl 10x CoralLoad, 132 µl dh 2 O, 220 µl 2x TopTaq Master Mix. Selain itu dibutuhkan juga sepasang primer COX3- F1 5 CCA CCA AGC ACA TGC ATA C -3 dan primer COX3 - R1 5 CGA ATC CCA AGT GGT GTT CT -3 yang sudah diencerkan dengan volume 8,8 µl Repository FMIPA 4
5 primer COX3 FI dan 8,8 µl primer COX3 R1 3 yang telah didesain menggunakan program primer3 output ( dengan sekuen Ictalurus punctatus (Genbank 2002) sebagai acuan gen COX3. Total volume PCR yang digunakan adalah 50 µl. Kondisi PCR yang digunakan mengikuti Elvyra dan Duryadi (2007) dengan sedikit modifikasi suhu pada tahapan annealing. Adapun tahapan proses PCR meliputi: pra-pcr pada suhu 94ºC selama 5 menit, diikuti dengan 35 siklus yang terdiri dari 3 tahapan yaitu: denaturasi pada suhu 94 ºC selama 1 menit, annealing dengan suhu optimasi 51,6 ºC selama 1 menit dan elongasi pada suhu 72 ºC selama 1 menit. Langkah terakhir adalah post- PCR 72 ºC selama 5 menit. f. Elektroforesis Hasil PCR Fragmen DNA hasil PCR dielektroforesis pada 1,2% gel agarosa dalam larutan 1x TBE (Tris base Boric acid EDTA) dengan menggunakan alat elektroforesis. Setelah itu gel agarosa diwarnai dengan etidium bromida (0,5 µg/ml) lalu divisiualisasi diatas UV transluminator (WiseUv WUV-M20, Daihan Scientific) dengan panjang gelombang 302 nm dan difoto dengan kamera (Olympus SP-500 UZ) berfilter. HASIL DAN PEMBAHASAN a. Molekul DNA Total Proses ekstraksi DNA merupakan proses untuk memisahkan DNA dari komponen sel lainnya. Hasil ekstraksi DNA O. hypophthalmus dicek kualitas DNAnya menggunakan mesin elektroforesis. Elektroforesis merupakan suatu proses memigrasikan partikel bermuatan di bawah pengaruh medan listrik dalam kondisi yang konstan. Pada saat arus listrik diberikan, molekul akan bermigrasi melalui media (biasanya berupa gel), semakin kecil ukuran molekul maka kecepatan bermigrasinya semakin cepat begitu juga sebaliknya (Green & Sambrook 2012). Gel yang biasanya digunakan sebagai media elektroforesis adalah agarosa. Agarosa berasal dari ekstrak rumput laut yang sudah dimurnikan dan merupakan polisakarida yang tidak bermuatan (netral). Elektroforesis gel agarosa dapat memisahkan sampel DNA yang berukuran bp, sedangkan untuk memisahkan DNA dengan ukuran lebih pendek yang berkisar bp dapat digunakan gel poliakrilamid (Green & Sambrook 2012). Hasil elektroferesis berupa fragmen DNA dapat divisualisasikan dengan beberapa cara, yaitu dengan penambahan etidium bromida (EtBr) ke dalam gel sewaktu pembuatannya atau dengan cara gel direndam di dalam larutan etidium bromida sebelum divisualisasikan dengan UV transluminator. Molekul etidium bromida berpendar ketika diiluminasi dengan cahaya ultraviolet (UV). Etidium bromida merupakan pewarna mutagenik yang akan mengikat dengan cara menyisip diantara ikatan basa pada untai ganda DNA sehingga menyebabkan transmisi sinar UV menjadi dapat dilihat (Fairbanks & Andersen 1999). Profil hasil eletroforesis DNA total sampel O. hypophthalmus tersaji pada Gambar 1. Repository FMIPA 5
6 a b Gambar 1 Profil pita DNA total ikan Ompok hypophthalmus menggunaka 1% gel agarosa. Keterangan: OH (Ompok hypophthalmus) Berdasarkan hasil elektroforesis dari sepuluh sampel O. hypophthalmus yang diisolasi, hanya delapan sampel yang berhasil diisolasi yaitu ditandai munculnya pita DNA total pada saat divisualisasi menggunakan UV transluminator. Dari delapan sampel yang berhasil diisolasi menunjukkan hasil yang bervariasi (Gambar 1). Molekul DNA total dikatakan baik apabila profil pada pita DNA menunjuk pita yang tebal, tegas dan tidak terdapat smear (b). Pita DNA yang smear (a) disebabkan karena DNA terdegradasi pada saat proses isolasi. Sampel yang pita DNA nya muncul dan bagus dipilih untuk kemudian diamplifikasi fragmen DNA mitokondrianya pada bagian gen COX3 menggunakan mesin PCR. b. Amplifikasi Fragmen DNA Mitokondria dari Gen COX3 Amplifikasi merupakan proses perbanyak fragmen DNA secara in vitro menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) pada daerah yang spesifik yang dibatasi oleh sepasang primer. Salah satu faktor keberhasil dari proses amplifikasi PCR yaitu dari pemilihan primer. Primer berperan sebagai penanda fragmen sampel DNA yang akan diamplifikasi. Primer merupakan potongan untaian DNA pendek utas tunggal (oligonukleotida) dengan panjang berkisa basa (Zein & Prawiradilaga 2013). Pada kondisi tertentu primer akan mengenali dan berikatan dengan untaian DNA komplemennya yang terletak diawal dan diakhir dari fragmen DNA target. Molekul DNA total hasil ekstraksi digunakan sebagai cetakan untuk proses amplifikasi. Pada penelitian ini digunakan sepasang primer yaitu primer COX3-F1 5 CCA CCA AGC ACA TGC ATA C -3 dan primer COX3-R1 5 CGA ATC CCA AGT GGT GTT CT - 3 yang telah didesain menggunakan program primer3 output ( dengan sekuen Ictalurus punctatus (Genbank 2002) sebagai acuan gen COX3. Adapun tahapan PCR untuk mengamplifikasi gen COX3 antara lain : pra-pcr 94ºC selama 5 menit, denaturasi 94ºC selama 1 menit, untuk annealing, tahapan annealing merupakan tahapan yang penting pada proses PCR karena jika suhu annealing terlalu rendah maka akan terjadi penempelan primer pada template (cetakan) DNA tidak spesifik sedangkan jika suhu annealing terlalu tinggi maka penempelan primer pada template DNA akan lepas kembali sehingga produk PCR tidak terbentuk (Wahyudi 2001). Proses annealing menggunakan optimasi suhu 51,6ºC selama 1 menit, elongasi 72ºC selama 1 menit, amplifikasi dilakukan sebanyak 35 siklus kemudian diakhir dengan post-pcr 72ºC selama 5 menit. Jumlah siklus yang dilakukan pada proses PCR bervariasi tergantung Repository FMIPA 6
7 pada produk akhir PCR yang diharapkan. Siklus biasanya sudah cukup untuk menghasilkan fragmen DNA, untuk kondisi PCR seperti jumlah siklus pada penelitian ini mengikuti Elvyra dan Duryadi (2007) dengan jumlah siklus sebanyak 35 siklus. Produk PCR selanjutnya dideteksi dengan mesin elektroforesis menggunakan gel agarosa 1,2%, kemudian divisualisasi dengan bantuan UV transluminator (WiseUv WUV-M20, Daihan Scientific) dengan panjang gelombang 302 nm dan difoto dengan kamera (Olympus SP-500 UZ) berfilter (Gambar 2). Gambar 2 Profil fragmen gen COX3 Ompok hypophthalmus menggunakan 1,2% gel agarosa. Keterangan: OH (Ompok hypophthalmus) Dari hasil amplifikasi gen COX3 pada ikan O. hypophthalmus menggunakan primer COX3 F1 dan COX3 R1 menghasilkan fragmen gen COX3 yang berukuran ±671 bp dengan kualitas fragmen DNA yang baik. KESIMPULAN Molekul DNA total telah berhasil diperoleh pada penelitian ini. Hasil amplifikasi menggunakan primer COX3 F1 dan primer COX3 R1 menghasilkan fragmen gen COX3 yang berukuran ±671 bp dengan kualitas fragmen DNA yang baik. UCAPAN TERIMA KASIH Penulis mengucapkan terima kasih kepada DIKTI DP2M yang telah membiayai penelitian ini melalui Hibah Kompetensi atas nama Dr. Roza Elvyra, M.Si tahun DAFTAR PUSTAKA Azwir Analisa pencemaran air sungai Tapung oleh limbah industri kepala sawit PT. Peputra Materindo di kabupaten Kampar [tesis]. Semarang: Program Pasca Sarjana Ilmu Lingkungan, Universitas Diponegoro. Dinas Perikanan dan Kelautan Provinsi Riau. 2007a. Statistik perikanan tangkap Provinsi Riau. Pekanbaru: Diskanlut Provinsi Riau. Dinas Perikanan dan Kelautan Provinsi Riau. 2007b. Sungai Tapung. Pekanbaru: Diskanlut Provinsi Riau. Elvyra R, Duryadi D Kajian penanda genetik gen sitokrom b DNA Sungai Kampar Riau. J Natur Ind 10:6-12. Elvyra R Kajian Keragaman genetik dan biologi reproduksi ikan lais di Sungai Kampar Riau [disertasi]. Bogor: Sekolah Pascasarjana, Institut Pertania Bogor. Repository FMIPA 7
8 Fairbank DJ, Andersen WR Genetics: The Continuity of Life. New York: Brooksdole Publishing Company. Genbank Ictalurus punctatus mitochondrion, complete genome. ore/nc_ [Diakses pada 29 Maret 2015] Green MR, Sambrook J Molecualr Cloning: A Labolatory Manual. 4th ed. New York: Cold Spring Harbor Labolatory Press Kottelat M, Whitten AJ, Kartikasari SN, Wirdjoatnodjo S Freswater fishes of western Indonesia and Sulawesi. Jakarta: Periplus edition (HK) in collaboration with the environment Rep. of Indonesia. Mustakim M Kajian Kebiasaan Makanan dan Kaitannya Dengan Aspek Reproduksi Ikan Betok (Anabas testudineus Bloch) Pada Habitat Yang Berbeda Di Lingkungan Danau Melintang Kutai Kartanegara Kalimantan Timur [tesis].bogor : Sekolah Pasca Sarjana. Institut Pertanian Bogor. Wahyudi TH Pengaruh suhu annealing dan jumlah siklus yang berbeda pada program PCR terhadap keberhasilan isolasi dan amplifikasi mtdna ikan Patin (Pangasius hypophthalmus) [skripsi]. Bogor: Fakultas Perikanan dan Ilmu kelautan, Intitut Pertanian Bogor. Zein MSA, Prawiradilaga DM DNA Barcode Fauna Indonesia. Jakarta: Kencana. Repository FMIPA 8
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Riau Kampus Bina Widya Pekanbaru, 28293, Indonesia
ELEKTROFORESIS DNA TOTAL DAN AMPLIFIKASI PCR FRAGMEN GEN COX3 PADA IKAN Kryptopterus limpok (Bleeker 1852) DARI TIGA SUNGAI RAWA BANJIRAN PROVINSI RIAU Vella Nurazizah Djalil 1, Roza Elvyra 2, Dewi Indriyani
Lebih terperinciISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU
ISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU Della Rinarta, Roza Elvyra, Dewi Indriyani Roslim Mahasiswa Program
Lebih terperinciFakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Kampus Bina Widya Pekanbaru, 28293, Indonesia ABSTRACT
TEKNIK ISOLASI DAN ELEKTROFORESIS DNA TOTAL PADA Kryptopterus apogon (Bleeker 1851) DARI SUNGAI KAMPAR KIRI DAN TAPUNG HILIR KABUPATEN KAMPAR PROVINSI RIAU Dede Aryani Novitasari 1,Roza Elvyra 2, Dewi
Lebih terperinciBAB 4. METODE PENELITIAN
BAB 4. METODE PENELITIAN Penelitian penanda genetik spesifik dilakukan terhadap jenis-jenis ikan endemik sungai paparan banjir Riau yaitu dari Genus Kryptopterus dan Ompok. Penelitian ini bertujuan untuk
Lebih terperinciIsolasi DNA Total Dan Optimasi Suhu Annealing Untuk Primer COX2 Pada Ikan Ompok eugeneiatus (Vaillant 1893) Asal Sungai Indragiri Hulu Riau
Isolasi DNA Total Dan Optimasi Suhu Annealing Untuk Primer COX2 Pada Ikan Ompok eugeneiatus (Vaillant 1893) Asal Sungai Indragiri Hulu Riau JESSICA RODEARNI SARAGIH 1 *, ROZA ELVYRA 1, DEWI INDRIYANI ROSLIM
Lebih terperinci4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel
7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan
Lebih terperinciPeriode Juli-September 2016 ISSN ONLINE :
Isolasi DNA Total dan Optimasi Suhu Annealing Pada Amplifikasi Fragmen COX2 Mitokondrial Ikan Kryptopterus limpok (Bleeker 1852) dari Sungai Kampar Provinsi Riau KHAIRIZA UMAMI PUTRI PANJAITAN 1*, ROZA
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
Halaman : 1 dari 5 ISOLASI TOTAL DNA HEWAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan hewan, dapat dari insang, otot, darah atau jaringan
Lebih terperinci3. METODE PENELITIAN
29 3. METODE PENELITIAN 3.1. Lokasi dan Waktu Penelitian Lokasi penelitian meliputi Laut Sulawesi, Selat Makassar, Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo, Laut Maluku dan Teluk Tomini (Gambar
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
ISOLASI TOTAL DNA TUMBUHAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA PHYTOPURE Halaman : 1 dari 5 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan tumbuhan, dapat dari daun, akar, batang,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah D-loop
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Lebih terperincibio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian
III. METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian 1.1. Peralatan Penelitian Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, beaker glass, cool box, labu
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei penyakit klorosis dan koleksi sampel tanaman tomat sakit dilakukan di sentra produksi tomat di daerah Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Deteksi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan
Lebih terperinciIII. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk
27 III. METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen STX1A. 3.2 Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Autentikasi Bahan Baku Ikan Tuna (Thunnus sp.) dalam Rangka Peningkatan Keamanan Pangan dengan Metode Berbasis DNA dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian, sehingga dapat menerangkan arti
Lebih terperinciOPTIMASI SUHU ANNEALING PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI DNA GEN LINAMARASE
OPTIMASI SUHU ANNEALING PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI DNA GEN LINAMARASE Fitri Ramsela 1, Dewi Indriyani Roslim 2, Herman 2 1 Mahasiswa Program Studi S1 Biologi 2 Dosen Genetika Jurusan Biologi Fakultas Matematika
Lebih terperinciTEKNIK ISOLASI DAN ELEKTROFORESIS DNA TOTAL PADA TANAMAN UBI KAYU (Manihot esculenta Crantz.) GENOTIPE ROTI DAN MENGGALO
TEKNIK ISOLASI DAN ELEKTROFORESIS DNA TOTAL PADA TANAMAN UBI KAYU (Manihot esculenta Crantz.) GENOTIPE ROTI DAN MENGGALO Nur Ocvania 1, Dewi Indriyani Roslim 2, Herman 2 1 Mahasiswa Program S1 Biologi
Lebih terperinciII. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR
II. BAHAN DAN METODE Ikan Uji Ikan uji yang digunakan adalah ikan nila hibrida hasil persilangan resiprok 3 strain BEST, Nirwana dan Red NIFI koleksi Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Sempur, Bogor.
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian. Penelitian ini dapat menerangkan
Lebih terperinciII. MATERI DAN METODE. Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di
II. MATERI DAN METODE 2.1 Waktu dan Tempat Penelitian Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di enam desa yaitu tiga desa di Kecamatan Grokgak dan tiga desa di Kecamatan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan
Lebih terperinciBAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel
16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik
Lebih terperinciLampiran 1 Ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode GeneAid
LAMPIRAN 9 Lampiran 1 Ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode GeneAid Satu ruas tungkai udang mantis dalam etanol dipotong dan dimasukkan ke dalam tube 1,5 ml. Ruas tungkai yang telah dipotong (otot tungkai)
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap
BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi
Lebih terperinciOPTIMASI SUHU ANNEALING PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI DNA GEN MEISA1
OPTIMASI SUHU ANNEALING PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI DNA GEN MEISA1 Shinta Oktavia 1, Dewi Indriyani Roslim 2, Herman 2 1 Mahasiswa Program S1 Biologi 2 Dosen Bidang Genetika Jurusan Biologi Fakultas Matematika
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan berdasarkan haplotipe
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Lebih terperinciIII. Bahan dan Metode
III. Bahan dan Metode A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan selama 3 bulan dari bulan Mei-Juli 2011 yang dilakukan di LPPT UGM Yogyakarta. B. Bahan Penelitian Sampel yang digunakan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. mengekstraksi DNA dari dari beberapa spesimen herbarium Rafflesia arnoldii
21 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kuantitatif untuk mengekstraksi DNA dari dari beberapa spesimen herbarium Rafflesia arnoldii R.Br dan Rafflesia
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar, langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah HVI mtdna
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian murni yang dilakukan dengan metode deskriptif, yaitu suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi, gambaran atau lukisan
Lebih terperinciVISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum
VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum Pendahuluan Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik
Lebih terperinci1 0,53 0,59 2 0,3 0,2 3 0,02 0,02 4 0,04 0,04 5 0,3 0,3 Ilustrasi rangkaian isolasi DNA tersebut dapat dilihat pada Gambar 1 berikut.
PERBANDINGAN BEBERAPA METODE ISOLASI DNA UNTUK PENENTUAN KUALITAS LARUTAN DNA TANAMAN SINGKONG (Manihot esculentum L.) Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai macam
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
24 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Objek Penelitian Empat spesies burung anggota Famili
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DAN IDENTIFIKASI DNA SEL MUKOSA
Lebih terperinciIII. MATERI DAN METODE. Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini akan dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau Pekanbaru
Lebih terperinciII. BAHAN DAN METODE
II. BAHAN DAN METODE 2.1. Waktu dan Lokasi Penelitian Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Agustus sampai September tahun 2011. Sampel ikan berasal dari 3 lokasi yaitu Jawa (Jawa Barat), Sumatera (Jambi),
Lebih terperinciLAMPIRAN. Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer 1. Pembuatan Larutan Stok a. CTAB 5 % Larutan dibuat dengan melarutkan : - NaCl : 2.0 gr - CTAB : 5.0 gr - Aquades : 100 ml b. Tris HCl
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling
16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi
Lebih terperinciIII. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk
56 III. METODOLOGI PENELITIAN A. Rancangan Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen FNBP1L. B. Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
Halaman : 1 dari 6 ISOLASITOTAL DNA MANUSIADENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan manusia, dapat dari darah, folikel rambut, mukosa mulut
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
22 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Lokasi dan Waktu Penelitian 1. Lokasi Penelitian Penelitian
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu
BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciLAMPIRAN. Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. LARUTAN STOK CTAB 5 % (100 ml) - Ditimbang NaCl sebanyak 2.0 gram - Ditimbang CTAB sebanyak 5.0 gram. - Dimasukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer
Lebih terperinciDeteksi DNA Seara Visual Dengan Teknik Elektroforesis
Deteksi DNA Seara Visual Dengan Teknik Elektroforesis Laurencius Sihotang I. Tujuan 1. Mempelajari 2. Mendeteksi DNA yang telah di isolasi dengan teknik spektrofotometrik 2. mengetahui konsentrasi dan
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
9 BAB III BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2011 sampai dengan Juli 2012. Kegiatan ekstraksi DNA sampai PCR-RFLP dilakukan di laboratorium Analisis
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinci1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil. Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan
Lampiran 1. Data dan analisis karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah. 1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. bertujuan untuk menidentifikasi gen angiotensin converting enzyme (ACE)
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif yang bertujuan untuk menidentifikasi gen angiotensin converting enzyme (ACE) insersi/ delesi
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan IPB dan Laboratorium Terpadu,
Lebih terperinciPengujian DNA, Prinsip Umum
Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian berbasis DNA dalam pengujian mutu benih memang saat ini belum diregulasikan sebagai salah satu standar kelulusan benih dalam proses sertifikasi. Dalam ISTA Rules,
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari 2012 sampai bulan Juli 2012, yang bertempat di Laboratorium Genetika dan Biologi Molekuler Jurusan Biologi
Lebih terperinciOPTIMASI PCR : KONSENTRASI PRIMER DAN VOLUME TEMPLAT DNA PADA AMPLIFIKASI mtdna IKAN MEDAKA Oryzias spp. DI DAERAH ALIRAN SUNGAI (DAS) MAROS
OPTIMASI PCR : KONSENTRASI PRIMER DAN VOLUME TEMPLAT DNA PADA AMPLIFIKASI mtdna IKAN MEDAKA Oryzias spp. DI DAERAH ALIRAN SUNGAI (DAS) MAROS Aqzayunarsih 1) Irma Andriani 2) Rosana Agus 2) Onny Nurrahman
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and
23 BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jl. Salemba
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
Lebih terperinci3 Metodologi Penelitian
3 Metodologi Penelitian 3.1 Alat Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Penelitian Biokimia, Program Studi Kimia, Institut Teknologi Bandung. Peralatan yang digunakan pada penelitian ini diantaranya
Lebih terperinciPembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri. Isolasi DNA kromosom bakteri. Kloning DNA
LAMPIRAN 15 15 Lampiran 1 Tahapan penelitian Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri Isolasi DNA kromosom bakteri Pemotongan DNA dengan enzim restriksi Kloning DNA Isolasi DNA plasmid hasil
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur
20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN. Tabel 1 Sampel yang digunakan dalam penelitian
12 METODE PEELITIA Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan pada bulan Mei sampai dengan April 2010, bertempat di Bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu
Lebih terperinciMETODE. Materi. Tabel 1. Jumlah Sampel DNA yang Digunakan dan Asal Pengambilan Sampel Darah.
METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciBAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
20 BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Desain Penelitian Penelitian ini bersifat deskriptif cross sectional molekuler. Data yang diperoleh berasal dari pemeriksaan langsung yang dilakukan peneliti sebanyak
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA MOLEKULAR HIBRIDISASI SOUTHERN KHAIRUL ANAM P /BTK
LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA MOLEKULAR HIBRIDISASI SOUTHERN KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2009 0 HIBRIDISASI SOUTHERN PENDAHULUAN Hibridisasi Southern
Lebih terperinciMETODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian
14 METODOLOGI PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Tempat penelitian dilakukan di Laboratorium Unit Pelayanan Mikrobiologi Terpadu, Bagian Mikrobiologi Kesehatan, Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi. Tabel 1. Sampel Darah Sapi Perah dan Sapi Pedaging yang Digunakan No. Bangsa Sapi Jenis Kelamin
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini berlangsung
Lebih terperinciAsam Asetat Glacial = 5,7 ml EDTA 0,5 M ph 8.0 = 10 ml Aquades ditambahkan hingga volume larutan 100 ml
36 Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. Pembuatan Larutan Stok Tris HCL 1 M ph 8.0 (100 ml) : Timbang Tris sebanyak 12,114 g. Masukkan Tris ke dalam Erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades.
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
25 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian telah berlangsung sejak bulan Januari 2012 - Juli 2012 di Laboratorium Mikrobiologi, Lab. Optik, Lab. Genetika dan Lab. Biologi Molekuler Jurusan
Lebih terperinciIdentifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella ( )
Identifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella (10.2011.185) Identifikasi gen abnormal Pemeriksaan kromosom DNA rekombinan PCR Kromosom waldeyer Kromonema : pita spiral yang tampak pada kromatid Kromomer : penebalan
Lebih terperinciBAB IV METODE PENELITIAN. Ruang lingkup dari penelitian ini meliputi bidang ilmu sitogenetika.
BAB IV METODE PENELITIAN 4.1 Ruang lingkup penelitian Ruang lingkup dari penelitian ini meliputi bidang ilmu sitogenetika. 4.2 Tempat dan waktu penelitian Penelitian ini dilaksanakan di Pusat Riset Biomedik
Lebih terperinciTeknik-teknik Dasar Bioteknologi
Teknik-teknik Dasar Bioteknologi Oleh: TIM PENGAMPU Program Studi Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Jember Tujuan Perkuliahan 1. Mahasiswa mengetahui macam-macam teknik dasar yang digunakan
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian dilakukan selama bulan Januari hingga April 2010 bertempat di Laboratorium Karakteristik Bahan Baku, Departemen Teknologi Hasil Perairan, Fakultas Perikanan
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE PENELITIAN
BAB III BAHAN DAN METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian 3.1.1. Lokasi Penelitian Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode deskriptif (Nazir, 1983). B. Populasi dan Sampel Populasi dalam penelitian ini adalah
Lebih terperinci3. METODE PENELITIAN
19 3. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret sampai Juni 2010 di Laboratorium Mikrobiologi, Biokimia dan Bioteknologi Hasil Perairan Departemen Teknologi Hasil
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
BAB III BAHAN DAN METODE 3.1. Tempat dan Waktu Penelitian 3.1.1. Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas
Lebih terperinciMETODOLOGI PENELITIAN
II. METODOLOGI PENELITIAN A. Tempat dan Waktu Penelitian Penelitian ini dilaksanakan di Pusat Riset Obat dan Makanan Badan POM RI pada bulan April 2011 hingga Juli 2011. B. Bahan Bahan-bahan yang digunakan
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan Metode Isolasi C. gloeosporioides dari Buah Avokad
15 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Balai Besar Karantina Pertanian (BBKP) Tanjung Priok Wilayah Kerja Bogor, mulai bulan Oktober 2011 sampai Februari 2012. Bahan
Lebih terperinciIII. BAHAN DAN METODE
15 III. BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November 2009 hingga Februari 2010. Tempat penelitian adalah di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme
Lebih terperinciOPTIMASI PCR (Polymerase Chain Reaction) FRAGMEN 724 pb GEN katg MULTI DRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS UNTUK MENINGKATKAN PRODUK AMPLIFIKASI
OPTIMASI PCR (Polymerase Chain Reaction) FRAGMEN 724 pb GEN katg MULTI DRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS UNTUK MENINGKATKAN PRODUK AMPLIFIKASI Deniariasih, N.W. 1, Ratnayani, K. 2, Yowani, S.C. 1 1 Jurusan
Lebih terperinciKIMIA ANALITIK (Kode : B-16)
MAKALAH PENDAMPING KIMIA ANALITIK (Kode : B-16) ISBN : 978-979-1533-85-0 IDENTIFIKASI TANAMAN TRANSGENIK pada TOMAT (SOLANUM LYCOPERSICUM L.) dan JAGUNG (ZEA MAYS L.) dengan AMPLIFIKASI PROMOTER 35S CaMV
Lebih terperinciPETUNJUK PRAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER Oleh: Ixora Sartika M ISOLASI DNA PLASMID
PETUNJUK PRAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER Oleh: Ixora Sartika M ixomerc@uny.ac.id ISOLASI DNA PLASMID Plasmid adalah DNA ekstrakromosom yang berbentuk sirkuler dan berukuran kecil (1 200 kb). Sebagian
Lebih terperinciMATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Materi Sampel Pengambilan Sampel Ekstraksi DNA Primer
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juni hingga Nopember 2010. Penelitian dilakukan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetik Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak,
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN
III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan November 2007 hingga Juli 2009, bertempat di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik Departemen
Lebih terperinciISOLASI DNA TANAMAN PADI (Oryza sativa L.) ASAL KECAMATAN BANTAN, BENGKALIS RIAU.
ISOLASI DNA TANAMAN PADI (Oryza sativa L.) ASAL KECAMATAN BANTAN, BENGKALIS RIAU. Dita Deanesia, Dewi Indriyani Roslim, Herman Mahasiswa Program S1 Biologi, FMIPA-UR Bidang Genetika Jurusan Biologi Fakultas
Lebih terperinciMATERI DAN METODE Waktu dan Tempat Materi Sapi Perah FH
62 MATERI DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan selama sembilan bulan, yaitu dari bulan Oktober 2009 sampai dengan Juni 2010. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler,
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Analisis Polymerase Chain Reaction (PCR) serta analisis penciri Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dilaksanakan di Laboratorium
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan termasuk penelitian deskriptif. Penelitian deskriptif adalah metode penelitian yang bertujuan membuat gambaran secara sistematis,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Data diperoleh dari sikuen DNA daerah ITS untuk merekonstruksi pohon filogenetik dalam menentukan
Lebih terperinciMETODOLOGI. Gambar 1 Bahan tanaman : (a) Tetua IR64; (b) tetua Hawarabunar, dan (c) F 1 (IRxHawarabunar) c a b
METODOLOGI Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan dua tahap yaitu penanaman padi dan analisis fisiologi dan marka molekuler. Penanaman padi secara gogo pada tanah masam dilakukan di rumah kaca Cikabayan
Lebih terperinciLaporan Praktikum Isolasi DNA, Teknik PCR dan Elektroforesis Agarose
Laporan Praktikum Isolasi DNA, Teknik PCR dan Elektroforesis Agarose Hari / Tanggal Praktikum : Kamis / 1 November dan 22 November 2012 Nama Praktikan : Rica Vera Br. Tarigan dan Jekson Martiar Siahaan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Metode penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran, atau lukisan secara
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil
Lebih terperinci