MODUL SOFTWARE KIMIA KOMPUTASI CARA MENDOWNLOAD, MENGINSTAL, DAN MENGGUNAKAN APLIKASI CHEMSKETCH, MARVINSKETCH, SERTA

Transkripsi

1 MODUL SOFTWARE KIMIA KOMPUTASI CARA MENDOWNLOAD, MENGINSTAL, DAN MENGGUNAKAN APLIKASI CHEMSKETCH, MARVINSKETCH, SERTA CARA MENDOWNLOAD LIGANT DAN PROTEIN DISUSUN OLEH: TAQWIN HALID PROGRAM STUDI KIMIA FAKULTAS SAINS UNIVERSITAS COKROAMINOTO PALOPO 2015

2 BAGIAN I: CHEMSKETCH A. Cara Mendownload dan Menginstal Chemsketch 1. Buka link google.com dan masukkan kata kunci: download chemsketch, dan akan muncul tampilan sebagai berikut, lalu pilih dan klik ChemSketch Download-seperti yang ditunjukkan pada gambar. 2. Setelah klik, maka muncul tampilan sebagai berikut. Lalu pilih dan klik Free Download.

3 3. Setelah itu pilih lagi Free Download 4. Setelah klik Free Download maka akan muncul proses download seperti pada gambar. Artinya proses download file telah berjalan dan tunggu hingga selesai.

4 5. Setelah proses download selesai, instal file tersebut dengan mengklik 2 kali pada file. 6. Maka akan muncul jendela dialog instal, lalu klik Next

5 7. Setelah klik Next maka akan muncul jendela dialog instal lalu pilih I accept the terms in the License Agreement, lalu pilih Next. 8. Pada proses penginstalan maka akan muncul beberapa kali kotak dialog, pilih Next terus hingga proses instalasi selesai. Dan klik Finish untuk mengakhiri proses instalasi.

6 B. Cara Menggunakan Chemsketch 1. Buka aplikasi Chemsketch yang telah diinstal sebelumnya. Lalu pilih dan klik file ChemSkecth (seperti pada gambar) untuk memulai membuat/menggambarkan struktur dari senyawa. Maka akan muncul tampilan seperti pada gambar di bawah. Adapun beberapa fungsi dari menu-menu yang terdapat dalam aplikasi ini adalah:

7 2. Carilah gambar struktur yang ingin dibuat/digambarkan, dalam hal ini saya mengambil struktur dari kurkumin. Struktur dari kurkumin seperti ini: Kita bisa membuat struktur kurkumin dengan aplikasi ChemSketch ini. Caranya adalah merangkai secara manual dengan memanfaatkan beberapa menu file dari aplikasi ini untuk mengikuti gambar struktur kurkumin seperti di atas. Adapun beberapa menu file yang sering digunakan dan dianggap penting adalah: Dan hasilnya adalah: Struktur dari kurkumin pun selesai.

8 3. Melihat gambar 3D dari struktur senyawa. Kita juga bisa melihat gambar 3D struktur dari senyawa kurkumin dengan cara: - Mengklik menu ACD/Labs - Mencentang 3D Viewer (Freeware) (seperti pada gambar) Maka akan muncul tampilan seperti ini:

9 - Setelah itu copy struktur yang kita buat tadi ke 3D Viewer. Sebelumnya kembalikan tampilan struktur 2D nya dengan mengklik 1-ChemSketch seperti pada gambar di bawah. Maka tampil sebagai berikut. Setelah itu klik 2-Copy to 3D.

10 Maka akan muncul tampilan 3D seperti ini: Sukses... ;) 4. Menyimpan file dalam bentuk gambar. - Tekan Shift + F2 untuk Save As, lalu ubah isian pada kolom Safe as Type dengan GIF Images. Lalu klik Save.

11 - Hasilnya bisa dilihat pada folder penyimpanan tadi:

12 BAGIAN II: MARVINSKETCH A. Cara Mendownload MarvinSketch 1. Masukkan kata kunci download marvinsketch di kolom pencarian google. 2. Pilih MarvinSketch - advanced chemical drawing software.... maka akan muncul tampilan seperti ini: 3. Akan muncul tampilan berikut, dan klik Download Marvin

13 4. Setelah itu centang pada I Accept the License Agreement 5. Geser laman ke bawah dan lihat pada kolom Select Archive Version, lalu ganti menjadi versi (sesuai dengan versi aplikasi yang telah diajarkan oleh dosen, untuk versi terbarunya juga tersedia), lalu klik Get Archive.

14 6. Setelah mengklik Get Archive, maka akan muncul jendela untuk login dengan akun ChemAxon, jadi harus punya akun dulu untuk bisa download. Untuk membuat akun bisa mengikuti langkah berikut:

15 Setelah itu konfirmasikan akun melalui Setelah membuat akun ChemAxon, silakan log in seperti ini

16 8. Setelah Log In, temukan file marvinbeans windows_with_jre.exe lalu klik, maka proses download dimulai. Tunggu hingga proses download selesai.

17 B. Cara Menginstal MarvinSketch 1. Klik dua kali pada file yang telah didownload sebelumnya. Maka akan dimulai proses penginstalan. 2. Setelah itu maka akan muncul jendela seperti pada gambar di bawah, lalu klik Next

18 3. Lalu klik pada pilihan I accept the agreement, lalu klik Next 4. Setelah itu tunggu hingga proses instalasi selesai.

19 C. Cara Menggunakan MarvinSketch 1. Buka aplikasi MarvinSketch yang telah diinstal, maka akan muncul tampilan lembar kerja dengan berbagai fungsi dari menunya seperti ini: 2. Membuat/menggambarkan suatu Struktur Lewis dari suatu senyawa. Dalam hal ini yang diambil contoh dalam pembuatan gambar adalah Struktur Lewis H 2 SO 4. Struktur dari H 2 SO 4 ini bisa dibuat secara manual dengan aplikasi ini dengan cara menghubungan garis-garis dan mengganti unsur-unsurnya yang sesuai.

20 Tampilan setelah selesai:

21 3. Merubah tampilan struktur Kita juga dapat merubah tampilan struktur dari asam sulfat dengan memilih beberapa menu yang disediakan, namun yang paling sering dipakai adalah sebagai berikut: - Untuk merubah tampilan menjadi bentuk Ball dan Stick menjadi seperti ini - Untuk memunculkan pasangan elektron bebas dari unsur yang berikatan

22 - Untuk menampilkan 3D - Untuk menu-menu lainnya bisa dicoba semua sesuai kebutuhan dan keinginan. 4. Menyimpan File

23 BAGIAN III: CARA MENDOWNLOAD LIGANT DAN PROTEIN Ligand dan protein biasanya didownload karena merupakan komponen penting yang digunakan dalam hal pembuatan/peracikan obat. Ligan dan protein memegang peranan penting dalam hal penyembuhan penyakit, karena sebagian bertindak sebagai inhibitor. Sebagai contoh adalah penyembuhan terhadap penyakit hipertensi (tekanan darah tinggi). Penyebab dari hipertensi adalah Angiotensin II yang dihasilkan oleh Angiotensin- Converting Enzyme (ACE). Cara pengobatannya adalah dengan memberikan kepada pasien ACE-Inhibitor. Sebuah ligant berupa protein yang menghambat kinerja dari ACE sehingga tidak memproduksi Angiotensin II. Salah satunya adalah Renin-Angiotensin yang dihasilkan oleh ginjal. Untuk membuat obat hipertensi maka dibutuhkan struktur dari Renin-Angiotensin ini, sehingga obat yang dibuat nantinya bisa menyembuhkan penyakit hipertensi. Dan untuk mendapatkan struktur Renin-Angiotensin maka dapat didownload di internet melalui link Protein Data Bank: Cara mendowloadnya sebagai berikut: 1. Buka link lalu isikan pada kolom pencarian dengan Renin Angiotensin.

24 2. Setelah itu maka akan muncul hasil pencarian berupa beberapa struktur senyawa yang bisa digunakan dalam pembuatan obat hipertensi, download filenya seperti berikut:

25 NB: Untuk jumlahnya, download sesuai kesediaan di pdb dan kebutuhan untuk perancangan pembuatan obat. 3. Untuk penyakit lain, seperti Hepatitis C. Penyakit ini disebabkan oleh Virus Hepatitis C. Jadi untuk menyembuhkan penyakit ini dibutuhkan protein berupa Interferon alpha yang dapat melawan virus ini. Meskipun Interferon alpha diproduksi oleh tubuh, namun tidak cukup jika itu saja. Dan untuk mendownloadnya tinggal mengganti kata kunci menjadi Interferon alpha:

26 Maka akan muncul hasil dari pencarian: Untuk hasil downloadnya dapat dilihat: