PERBANDINGAN TEKNIK EKSTRAKSI DNA DAN OPTIMALISASI METODE ANALISIS MOLEKULER PADI TRANSGENIK DENGAN TEKNIK

Transkripsi

1 / / PERBANDINGAN TEKNIK EKSTRAKSI DNA DAN OPTIMALISASI METODE ANALISIS MOLEKULER PADI TRANSGENIK DENGAN TEKNIK per (POLYMERASE CHAIN REACTION) NI WAYAN NURJA Y ANTI JURUSAN KlMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR 1999

2 RINGKASAN NI WAYAN NURJA Y ANTI. Perbandingan Teknik Ekstraksi DNA dan Optimalisasi Metode Analisis lvfolekuler dengan Teknik per (Po/:Vlllel'(lse Chain Reaction). (DNA E(traclioll j\1ethods Comparison and PCR Teclmiqllejiw MoleclIlar Analysis lvle/hods OpI1l11lza/ion). Dibimbing oleh SULlSTIY AI'll, INEZ H. SLAMET, dan EDY DJAUHARI P. K. Salah 5atu llsaha untuk mengatasi penurunan produksi padi akibat faktor biotik dan abiotik yang mempengaruhi lingkat produksi iatah melalui transfonnasl genetik tanaman, Kini telah diperoleh tanaman padi transgenik yang mengandung gen ketahanan teltentu. Adanya gen tersebut dalam tanaman padi transgenik diharapkan dapat meningkatkan ketahanan terhadap penggerek batang padi dan harna wereng. Namun demikian, perlu dilakukan uji keberhasilan transformasi genetik dengan cara anallsis DNA pada tingkat awal pertumbuhan tanamal1. Pada penelitian ini dilakukan perbandingan dua metode isolasi DNA untuk per yaitu Wang el al. (1993) dan Zheng e/ al. (1995) sehingga diperoleh metode yang lebih konsisten untuk konfirmasi gen asing. Pada tanaman padi selalu terdapat gen gos-5. Bila dilakukan PCR pada DNA tanaman padi maka gen gos'-5 harus selalu muneul pada akhir proses PCR. Optimalisasi teknik PCR menggunakan internal kontrol yaitu gen gas-5, penambahan RNAse, dan elek.'troforesis pada gel agarosa dengan konsentrasi 1,0%; 1,2%; 1,5%; dan 2,0% sehingga diperoleh konfirmasi DNAyang lebih baik. Selain itu dilaknkan pula perbandingan dua metode isolasi DNA untuk Southern blot yaitu CT AB (Murray dan Thompson, 1980) dan Tanksley (modiflkasi dari Dellaporta, 1983) unllik memperoleh metode yang menghasilkan DNA yang lebih banyak dan lebih mumi. Konfirmasi adanya gen asing pada DNA tanaman padi t.ransgetlik diiakllkan dengatl menggunakan metode Southern blot dan Polymerase Chain Reaelion (PClI) Metode Southern blot membutuhkan DNA dalam jumlah banyak dan mumi, dapat melihat jumlah salinan gen, tetapi membutuhkan waktu lama dalam pengerjaannya. Sedangkan PCR dapat dilakukan dengan cepal, DNA yang dibuluhkan jumlah.nya sedikil dan tidak perlu mumi, namun demikian PCR mudah terkontaminasi oleh DNA lain. Sampel DNA yang masih mengandung protein, Rl~A, tenol serta garam-garaman dapat digunakan untuk teknik per tetapi tidak dapat digunakan untuk Southern blot. Dengan demikian dikatakan DNA untuk teknik PCR tidak harus murni sedangkan untuk met ode Southern harus murni. Isolasi DNA untuk PCR sebaiknya dilakukan dengan metode Zheng el al. (1995). Optimalisasi teknik per menunjukkan hasil sebagai berikut : (I )penggunaan internal kontrol perlu dilakukan untuk konfirmasi gen tanaman, (2) penambahan RNAse tidak perlu dilakukan karena pad a proses elektroforesis dengan menggunakan gel agarosa 1,2% pita RNA, pita gen hph dan pita internal kontrol (gos-5) telah terpisah dengan bail Isolasi DNA dengan metode Tanksley (1991) menghasilkan DNA yang lebih banyak dan lebih murni daripada metode CTAB sellingga metode Tanksley digunakan untuk mengisolasi DNA yang digunakan dalam teknik Southern Blot.

3 PERBANDlNGAN TEKNIK EKSTRAKSI DNA DAN OPTIMALISAS] METODE ANALISIS MOLEKULER PAm TRANSGENIK DENGAN TEKNIK per (POLYMERASE CHAIN REACTION) NI WAYAN NURJA Y ANTI Skripsi Sebagai salah satu syarat untuk memproleh gelar Sarjana Sains Pada Program Studi Kimia JURUSAN KIMIA FAKLUTAS MATElVL4..TIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR 1999

4 Judul: Perbandingan Teknik Ekstraksi DNA dan Optimalisasi Metode Analisis Molekuler Padi Transgenik dengan teknik per (Polymerase Chain Reaetioll) Nama: Ni Wayan Nurjayanti NlM : G0! Menyetujui: 1 MSc. PhD Df. If. nez Hortense Slamet-Loedin embirnbing II M.Si. Mengetahui, Tanggallulus: 3 Februari 1999

5 RIWAYAT HlDUP Penulis dilahirkan di Bogor pada tanggal 27 Mei J 974 sebagai anak sulung dari dua bersaudara, anak dari pasangan I rvlade Aria dan Iv'lade Darmawati. Tahun 1993 penulis lulus dari Sekolah Menengah Analis Kimia Bogor (SMAKBO) dan pada tahun yang sarna bekerja di PT AFlAT PharmGcelllicallndu.'ftl'ies. Pada tahun 1994 penulis tutus seleksi masuk Institut Pertanian Bogor (IPB) melalul jalur Ujian Masuk Perguman Tinggi Negeri (UMPTN). Penulis memilih Jurusan Kimia, Fakultas ivratematika dan Hmu Pengetahuan Alam.

6

7

8

9

10