ISOLASI FRAGMEN GEN STEAROYL ACP DESATURASE (SAD) ASAL 5 SUMBER KERAGAMAN KELAPA SAWIT. Abstrak

Ukuran: px
Mulai penontonan dengan halaman:

Download "ISOLASI FRAGMEN GEN STEAROYL ACP DESATURASE (SAD) ASAL 5 SUMBER KERAGAMAN KELAPA SAWIT. Abstrak"

Transkripsi

1 12 BAB III ISOLASI FRAGMEN GEN STEAROYL ACP DESATURASE (SAD) ASAL 5 SUMBER KERAGAMAN KELAPA SAWIT Abstrak Kelapa sawit merupakan tanaman penghasil minyak nabati dengan produktifitas per hektar tertinggi dibandingkan tanaman penghasil minyak lainnya. Asam oleat merupakan salah satu komponen asam lemak tidak jenuh yang baik untuk kesehatan dan terdapat pada tanaman penghasil minyak nabati dan mempengaruhi kualitas minyak. Kandungan asam oleat (asam lemak tidak jenuh) pada kelapa sawit komersil (Elaeis guineensis) lebih rendah dibandingkan minyak yangdihasilkan Elaeis Oleifera, yang merupakan spesies kelapa sawit yang belum termanfaatkan secara optimal. Pembentukan asam oleat dipengaruhi oleh gen kunci stearoyl acp desaturase, diduga perbedaan komposisi asam oleat pada E. guineensis dan E.oleifera disebabkan oleh perpedaan basa penyusun gen stearoyl acp desaturase. Pada penelitian ini dilakukan isolasi fragmen gen SAD menggunakan dua primer spesisfik SAD (SAD1 dan SAD2) dari 5 sumber keragaman kelapa sawit yang berasal dari dua spesies kelapa sawit, E.guineensis var Dura, Pisifera, Tenera, Virescens dan spesies E.oleifera (open pollinated), untuk melihat perbedaan basa penyusun gen stearoyl acp desaturase. Hasil sequense pada fragmen gen SAD menunjukkan kemiripan yang tinggi (99%) antar kelima sampel dan dengan sequense SAD aksesi E.guineensis U68756, AF dan aksesi E.oleifera FJ940768, EU yang terdeposit pada NCBI. Primer SAD1 yang menghasilkan fragmen dengan ukuran 1100 bp dan primer SAD2 yang menghasilkan fragmen gen SAD dengan ukuran 600 bp pada kelima sampel yang diisolasi. Kata kunci : asam oleat, Elaeis guineensis, Elaeis oleifera, kelapa sawit, stearoyl acp desaturase (SAD)

2 STEAROYL ACP DESATURASE (SAD) GENE FRAGMENT ISOLATION FROM 5 DIFFERSITY SOURCE OF OIL PALM 13 Abstract Oil palm is a vegetable oil crops with the highest productivity per hectare than other oil crops. Oleic acid is a component of the unsaturated fatty acids which have good for human health (lowering blood LDL, Low Density Lipoprotein) and influense to the quality of the vegetable oil. The composition of oleic acid content (unsaturated fatty acids) in commercial oil palm (Elaeis guineensis) is lower that other oil palm spesies (Elaeis oleifera), which is not utilize optimally yet. Oleic acid formation on vegetable oil influence by the key enzym stearoyl acp desaturase (SAD). The oleic acid composition different between E. guineensis and E.oleifera may caused by the difference bases constituent stearoyl acp desaturase of both spesies. This research conduvted to isolate of SAD gene fragments was isolate using two spesifik SAD primers (SAD1 and SAD2) from 5 sources of oil palm diversity derived from two species of oil palm, E.guineensis var Dura, Pisifera, Tenera, virescens and species E.oleifera (open-pollinated). The SAD fragment sequense showed high similarity (99%) to each others sample source and oil palm SAD sequense acsesion E.guineensis U68756, AF and E.oleifera acsesion FJ940768, EU of NCBI. The SAD 1 produce SAD sequense fragments 1100 bp and the SAD2 primer 600 bp in all five isolated samples. Keywords : differsity, oleic acid, oil quality, oil palm, Stearoyl ACP Desaturase

3 14 Pendahuluan Kualitas Minyak Kelapa Sawit Kebutuhan terhadap kualitas minyak nabati yang sehat dengan harga yang murah menjadi tren pada perkembangan industri minyak dan asam lemak secara global. Kelapa sawit sebagai salah satu tanaman penghasil minyak utama dengan produktifitas per hektar tertinggi dibandingkan semua tanaman penghasil minyak lainnya, diharapkan dapat memenuhi kebutuhan tersebut. Oleh karena itu perlu dikembangkan materi genetik kelapa sawit dengan hasil tinggi dan kualitas minyak yang baik guna memenuhi kriteria sebagai bahan pangan maupun non pangan. Salah satu cara mempercepat mendapatkan tanaman unggul kelapa sawit, yang memenuhi kriteria diinginkan adalah dengan mengembangkan marka molekuler yang dapat mengidentifikasi kualitas minyak yang dihasilkan. Mesokarpa buah kelapa sawit merupakan sumber penghasil minyak terbesar pada tanaman kelapa sawit. Perbaikan kualitas minyak yang dihasilkan mesokarpa penting dilakukan untuk perkembangan industri kelapa sawit pada masa sekarang dan yang akan datang. Kualitas minyak berkaitan erat dengan biosintesis pembentukan asam lemak dan perbandingan komposisi asam lemak jenuh dan asam lemak tidak jenuh yang dihasilkan tanaman, kualitas minyak berkorelasi dengan kandungan asam lemak tidak jenuh, semakin tinggi kandungan asam lemak tidak jenuh (asam oleat) kualitas minyak juga semakin tinggi. Lintasan pembentukan asam lemak tidak jenuh pada kelapa sawit diawali oleh aktifitas gen SAD (Gambar 4). Ini merupakan gen kunci yang mempengaruhi pembentukan asam lemak tidak jenuh pada kelapa sawit, baik asam oleat yang merupakan monounsaturated fatty acid (MUFA) maupun asam linoleat dan linolenat (PUFA). Tabel 1. Komposisi asam lemak jenuh dan asam lemak tidak jenuh pada minyak sawit spesies Elaeis guineensis dan sejumlah aksesi plasma nutfah E. oleifera. Spesies Asal Asam lemak jenuh (%) Asam lemak tidak jenuh (%) C16.0 a.palmitat C18.0 a.stearat Total C18.1 a.oleat C18.2 a.linoleat Total Honduras Costa Rica E.oleifera Panama Colombia Brazil Suriname E.guineensis Sumber: Latiff (2000)

4 15 Kandungan dan komposisi asam lemak yang berbeda pada E.guineensis dan E.oleifera (Tabel 1) mengindikasikan adanya perbedaan gen penyandi enzim yang berperanan dalam lintasan biosintesis pada pembentukan asam lemak pada genom kedua tanaman tersebut. Perbedaan ini dapat diidentifikasi dengan mengevaluasi keragaman DNA sekuens dari masing-masing gen terkait menggunakan teknologi molekuler. Tujuan Penelitian Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan primer gen SAD spesifik dan fragmen gen SAD yang berasal dari 5 sumber keragaman genom kelapa sawit spesies E.guineensis dan E.oleifera. Bahan dan Metode Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan pada bulan November 2012 sampai Mei 2013, di Laboratorium Teknologi Gen dan Kultur Jaringan Balai Pengkajian Bioteknologi BPPT Serpong, Tangerang, Banten. Bahan dan Alat Bahan tanaman yang digunakan adalah daun kelapa sawit Elaeis guinensis, Tenera, Dura, Pisifera, Virescens dan Elaeis oleifera. Bahan lain yang digunakan meliputi liquid nitrogen, buffer CTAB (cetyltrimetilammonium bromide) yang terdiri atas CTAB 2 %, 100 mm Tris (ph8), 20mM EDTA (ph8), 1.4 M NaCl, dan dh2o, kloroform - isoamil alkohol (24 : 1), agarose, etanol absolut, 5x phusion HF buffer, 10 mm dntp, DMSO, Phusion Hot start II DNA Polymerase. DNA fragments Extraction kit (Genaid). Loading dye, Gelred, ladder 1 kb, pasangan Primer SAD, SAD1 dan SAD2 forward dan revers 10µL. Alat yang digunakan meliputi mesin PCR, Elektroforesis tank, Laminar Air Flow Cabinet, sentrifus, Water bath, mesin nanodrop, timbangan analitik, oven, mikrowave, pinset, bunsen, petri, mikropipet, shaker, tabung eppendorf, erlenmeyer, ice keeper, mortar, spatula, Tabung Liquid Nitrogen dan pipet tips. Alat gelas yang digunakan labu erlenmeyer 250 ml, tabung penyimpan bahan 200 ml, dan cawan petri. Pelaksanaan Penelitian Persiapan Sampel berupa daun diperoleh dari material kelapa sawit koleksi Balai Pengkajian Bioteknologi BPPT, Kebun PT PN.8 yang ada di Cimulang dan Cikumpai, Bogor serta asal PT. Astra Agro Lestari. Daun tanaman tenera yang berasal dari lapangan yang digunakan merupakan daun tombak yang masih berwarna putih. Daun tanaman Dura, Pisifera, Virescens dan E.oleifera merupakan material hasil kultur jaringan yang berasal dari kultur embrio. Material E.oleifera mrupakan material introduksi dari Camerun yang merupakan open pollinated, yang

5 16 diintroduksikan oleh PT. AAL. Bahan kimia untuk isolasi DNA, PCR, dan elekstroforesis disiapkan di laboratorium Teknologi Gen. Isolasi DNA Genom Isolasi DNA daun dilakukan berdasarkan metode CTAB Doyle and Doyle (1990) yang dimodifikasi. Sampel daun (0.5 1 gr) digerus dengan bantuan nitrogen cair, kemudian dimasukkan ke dalam tabung eppendorf dan ditambahkan 700 µl bufer ekstraksi. Campuran tersebut divorteks lalu diinkubasi dalam water bath selama 30 menit pada suhu 65 o C. Setelah dibiarkan dingin hingga suhu kamar, campuran tersebut ditambahkan dengan 700 µl kloroform - isoamil alkohol (CIA) (24:1). Campuran disentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan rpm pada suhu 4 o C, supernatan dimasukkan ke dalam tabung eppendorf baru. Prosedur penambahan CIA diulangi sampai dua kali dengan tujuan untuk mendapatkan hasil isolasi yang murni. Pelet DNA dicuci dengan menambahkan etanol absolut dua kali volume sampel, kemudian disentrifugasi 10 menit dengan rpm pada suhu 4 0 C, kedalam pelet ditambahkan etanol 70% dan disentrifus rpm pada suhu 4 0 C selama 5 menit, supernatan dibuang kemudian pellet dikeringkan. Endapan DNA yang telah kering dilarutkan dalam 50 µl bufer TE (10 mm Tris-HCl ph 8,0; 1 mm EDTA ph 8,0). Pengecekan kualitas dan kuantitas DNA genom dilakukan dengan elektroforesis (1% gel agarose) dan nanodrop. Disain Primer Spesifik Disain primer spesifik dilakukan dengan mengakses data sekuenss gen Stearoyl ACP Desaturase dari aksesi tanaman, Elaeis oleifera, Elaeis guineensis, yang terdeposit di NCBI yang terdiri atas U68756 (E.guineensis var Tenera) yang merupakan fragmen gen SAD kelapa sawit terpanjang yang terdapat di NCBI, FJ (E.oleifera), EU (E.oleifera, klon). Daerah yang sama diidentifikasi menggunakan Clustalw Bioedit, sedangkan primer dirancang menggunakan software primer3plus. Amplifikasi DNA Genom dengan Primer Spesifik Sampel DNA yang akan digunakan sebagai template PCR dicek konsentrasi dan kemurniannya terlebih dahulu dengan nanodrop, kemurnian DNA yang digunakan pada panjang gelompang 260/280 berkisar antara 1,8-2,0. Total volume mixed PCR adalah 20µL yang terdiri atas : 4 µl 5x Phusion HF buffer, 0.4 µl 10 µm dntps, masing-masing 1 µl Primer Forward dan Revers 10 µm, 0.2 µl Phusion Hot Start II DNA polymerase, 100 ng template DNA dan sisanya dh20. Reaksi PCR dilakukan dengan 30 siklus pada suhu 98ºC selama 30 detik, 98ºC selama 5 detik, 52ºC selama 30 detik, 72ºC selama 15 detik, dan 72ºC selama 5 menit. Elektroforesis Elektroforesis hasil amplifikasi PCR menggunakan 1% gel agarose. 0.3 gram agarose ditambahkan ke dalam 30 ml 1x TAE, kemudian dihomogenkan menggunakan microwave dan ditambahkan sybr safe 1 µl. Sampel DNA dicampur loading dye dengan perbandingan 5:2 kemudian dimasukkan ke dalam sumur gel dalam tank elektroforesis. Elektroforesis dilakukan dengan tegangan 120 volt selama 30 menit, kemudian dilihat hasilnya menggunakan UV lumination. Hasil

6 PCR dinyatidakan positif apabila terlihat adanya produk yang spesifik sesuai ukuran primer. Perunutan nukleotida dan analisis sekuen produk PCR Produk PCR (single band) dipurifikasi menggunakan PCR DNA fragments Extraction kit (Genaid kit). Hasil purifikasi digunakan sebagai bahan untuk perunutan nukleotida menggunakan mesin DNA sequenser otomatis AB 3130 Genetic Analyzer DNA. Hasil runutan DNA dianalisis menggunakan perangkat lunak BLAST 2.0, yang tersedia secara online di situs NCBI ( Blast.cgi) untuk mengetahui identitas fragmen genomic DNA yang didapatkan serta tingkat kemiripannya dengan gen SAD tanaman lain. 17 Hasil dan Pembahasan Disain Primer SAD Spesifik Disain primer dilakukan untuk membuat untaian basa nukleotida yang akan menempel dan mengapit daerah untaian DNA tertentu dari total genom yang ada pada kromosom. Pengapitan daerah untaian DNA diperlukan untuk melakukan perbanyakan (amplifikasi) hanya pada daerah untaian DNA tertentu sehingga lebih mudah dalam melakukan analisis. Keberhasilan melakukan amplifikasi daerah untai DNA sangat dipengaruhi oleh kecocokan primer terhadap kondisi DNA target. Disain primer gen SAD spesifik dilakukan dengan mengakses data sekuens gen SAD kedua spesies kelapa sawit dari NCBI aksesi U68756 (E.guineensis var Tenera), FJ (E.oleifera), EU (E.oleifera). Daerah yang sama diidentifikasi dengan Clustalw Bioedit, sedangkan primer dirancang dengan software primer3plus untuk dua daerah dengan urutan basa yang berbeda (Gambar 6) sehingga dihasilkan dua pasang primer, SAD 1 dan SAD 2 seperti pada Tabel 2, lokasi primer berdasarkan aksesi U68756 terdapat pada Lampiran 1. Gen SAD : Ukuran 1715 bp pada aksesi U68756 F1 F2 R1 R2 Gambar 6. Disain Primer SAD spesifik, SAD 1 terdiri atas pasangan primer Forward (F1) dan Revers 1 (R1), SAD 2 terdiri atas pasangan primer Forward (F2) dan Revers 1 (R2) Optimasi suhu annealing dilakukan untuk mendapatkan suhu optimal guna mengamplifikasi gen SAD dari genom kelapa sawit. Dari hasil optimasi diperoleh, suhu optimal untuk primer SAD1 guna mengamplifikasi genom kelapa sawit adalah 52 o C, sedangkan suhu optimal untuk primer SAD2 adalah 50 o C. Asmini et al. (2010) menambahkan selain suhu annealing (penempelan) dan konsentrasi ion Mg, spesifisitas primer merupakan salah satu faktor penting dalam amplifikasi suatu fragmen DNA.

7 18 Tabel 2. Dua pasang primer SAD spesifik untuk mengamplifikasi genomik fragmen gen SAD. Primer Forward Reverse Suhu Annealing ( o C) SAD1 ATGCTCAACACCCTTGATGG GGCATAGTCCTTGGCTGTGT 52 SAD2 CCTGCCCATCTGATGTATGA CGAGCAAGAACTAGGTTCCA 50 Primer SAD didisain untuk mendapatkan spesifisitas primer untuk gen SAD kelapa sawit, dimana gen SAD merupakan gen kunci pada lintasan pembentukan asam lemak tidak jenuh pada kelapa sawit, karena merupakan gen awal yang terbentuk ke arah lintasan pembentuk asam lemak tidak jenuh (diawali dengan pembentukan asam oleat oleh gen SAD). Biosintesis asam lemak kelapa sawit dikendalikan oleh gen-gen kunci penyandi enzim yang berperanan dalam pembentukan asam lemak pada tanaman secara umum. Biosintesis asam lemak menghasilkam asam palmitat (palmitic acid) dan asam stearat (stearic acid) yang merupakan produk asam lemak jenuh, sedangkan asam oleat (oleic acid) dan asam lonoleat serta asam linolenat merupakan produk asam lemak tidak jenuh. Proses pembentukan asam lemak tidak jenuh berhubungan dengan aktifitas gen SAD pada buah kelapa sawit, ini merupakan gen kunci yang berperanan penting dalam proses biosintesis asam lemak tidak jenuh (Basri et al. 2004). Isolasi DNA Genom dari Daun Kelapa Sawit DNA genom yang diisolasi berasal dari tanaman E. guineensis var. Tenera, Dura, Pisifera (Nigrescens), dan E. guineensis var. Tenera (Virescens) serta E. Oleifera untuk mendapatkan informasi sekuens gen SAD. Bahan isolasi DNA yang digunakan dapat digolongkan atas dua yakni dari daun muda yang berasal lapangan dan dari daun serta tahap multiplikasi embrio asal kultur jaringan (Gambar 7). Tenera berasal dari daun muda tanaman di lapangan, sedangkan untuk tanaman Dura, Pisifera, Virescens dan E.oleifera berasal dari daun kultur jaringan embrio. Isolasi DNA dilakukan dengan metode CTAB Doyle dan Doyle (1990), yang dimodifikasi dengan melakukan pengulangan tahap penambahan CIA sampai 3x. Hal ini dilakukan untuk mendapatkan kualitas hasil isolasi DNA yang lebih bagus tanpa bahan pengotor seperti karbohidrat dan metabolit sekunder. DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontaminasi oleh polisakarida dan metabolit sekunder seperti tanin, pigmen, alkaloid dan flavonoid, sehingga diperlukan cara untuk menghindari hal tersebut (Syafaruddin dan Joko 2011).Saat proses isolasi DNA genom tanaman, keberadaan polisakarida dan senyawa metabolit sekunder dalam sel tanaman sering menyulitkan dalam proses isolasi asam nukleat. Struktur polisakarida yang mirip dengan asam nukleat akan menyebabkan polisakarida tersebut akan mengendap bersama dengan asam nukleat.

8 19 A B Gambar 7. Bahan Isolasi DNA, a). Daun hasil kultur jaringan, b) daun tombak dari lapangan. Isolasi DNA menunjukan hasil yang baik, dilihat dari hasil uji kualitatif dan kuantitatif yang telah dilakukan. Hasil isolasi DNA secara kualitatif memperlihatkan intensitas pita hasil elektroforesis yang tampak jelas (Gambar 8). Adanya pita pada bagian awal proses migrasi menunjukkan bahwa DNA yang dihasilkan adalah DNA total. Hasil kuantitatif terdapat pada Tabel 3 dimana konsentrasi DNA yang didapat memadai dengan kemurnian bervariasi berkisar dari kecuali virescens dengan kemurnian 1.72, namun ini masih dapat ditolerir karena menghasilkan produk amplifikasi yang bagus (Gambar 9). Tabel 3. Hasil isolasi 5 sampel sumber keragaman kelapa sawit NO Sumber Keragaman ng/µl 260/280 1 Tenera Dura Pisifera Virescens E.oleifera DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontaminasi oleh polisakarida dan metabolit sekunder seperti tanin, pigmen, alkaloid dan flavonoid (Safaruddin et al. 2011). Pengukuran konsentrasi DNA dengan spektrofotometer dilakukan pada panjang gelombang 260nm, sedangkan protein diukur pada panjang gelombang 280. Kemurnian larutan DNA dihitung melalui perbandingan A260 nm dengan A280 nm. Batas kemurnian yang biasa dipakai dalam analisis molekuler pada rasio A260/A280 adalah 1,8-2,0 (Sambrook et al. 1989).

9 bp 500 bp Gambar 8. Hasil elektroforesis DNA genom 1) Ladder 1 kb, 2) Tenera 3) Pisifera, 4). Dura Amplifikasi Fragmen Genomik gen SAD Kelapa Sawit Hasil amplifikasi PCR menggunakan total genom kelapa sawit sebagai templat (cetidakan) dengan dua pasang primer SAD spesifik, SAD1 dan SAD2 menghasilkan satu pita tunggal fragmen DNA genomik. Primer SAD1 menghasilkan fragmen dengan ukuran 1100 bp pada semua sampel, sedangkan primer SAD2 menghasilkan pita tunggal fragmen DNA genomik yang berukuran 600 bp pada semua sampel. Representasi hasil elektroferogram produk PCR yang didapat pada sampel E.guineensis var. Tenera, Dura, Pisifera, Virescens dan E.oleifera dapat dilihat pada Gambar 9. Tenera Virescens Dura Pisifera E.oleifera SAD1 SAD2 SAD1 SAD2 SAD1 SAD2 SAD1 SAD2 SAD1 SAD bp 500 bp Gambar 9. Elektroforegram hasil SAD Primer pada E.guineensis Var. Tenera, Virescens, Dura, Pisifera dan E. oleifera Primer SAD1 yang diprediksi menghasilkan fragmen dengan ukuran 600 bp untuk mengamplifikasi DNA genom semua sampel kelapa sawit, Tenera, Dura, Pisifera, Virescens dan E.oleifera (open pollinated), ternyata menghasilkan fragmen dengan ukuran 1100 bp, diduga terdapat intron diantara sekuens primer yang didisain. Primer SAD 2 menghasilkan fragmen sekuen gen SAD dengan ukuran 600 bp sesuai dengan prediksi awal dan tidak menunjukkan adanya intron.

10 21 (A) Gen SAD : Ukuran 1715 bp pada aksesi U68756 F1 F2 R1 R2 (B) Prediksi produk PCR dengan primer spesifik SAD: Intron(507 bp) SAD 1 (1100 bp) SAD 2 (600 bp) Gambar 9. Panjang sekuens yang dihasilkan oleh primer SAD 1 dan SAD 2. (a) Ukuran Gen SAD aksesi U68756, (b) Hasil amplifikasi Primer SAD 1 dan SAD 2 pada dua daerah yang berbeda. Identifikasi Sequense SAD Hasil analisis BLAST runutan DNA fragmen gen SAD dari 5 sampel keragaman kelapa sawit (Lampiran 2) yang berhasil diisolasi memiliki tingkat kemiripan 99% dengan sequense SAD kelapa sawit E.guineensis aksesi U68576 dan AF serta E.oleifera aksesi AF dan EU (Tabel 4). Kemiripan dengan Vitis vinifera 80%, sedangkan dengan tanaman jagung (Zea mays) tingkat kemiripannya 79-80%. Hal ini mengindikasikan bahwa fragmen genomik DNA yang dihasilkan dalam penelitian ini adalah benar sebagai fragmen DNA genomik dari gen SAD asal kelapa sawit. Tabel 4. Contoh tingkat kemiripan sequense sampel (Tenera) dengan informasi sequense SAD yang terdeposit di Bank gen, NCBI Aksesi Deskripsi Query cover Kemiripan Nilai E (%) (%) U68756 Elaeis guineensis FJ Elaeis oleifera EU Elaeis oleifera AF Elaeis guineensis AF Elaeis guineensis var. tenera XM_ Vitis vinifera E FQ Vitis vinifera E NM_ Zea mays E EU Zea mays clone E EU Zea mays clone E XM_ Sorghum bicolor E XM_ Setaria italica E GU Arachis hypogaea E

11 22 Simpulan Dua pasang primer gen SAD spesifik berhasil didisain untuk mengisolasi fragmen gen SAD dari genom kelapa sawit yakni primer SAD1 dan SAD2. DNA genome dari daun kelapa sawit yang berasal dari lima sumber keragaman kelapa sawit lapangan, maupun yang berasal dari hasil kultur jaringan embrio menghasilkan kualitas dan kuantitas DNA genom yang baik. Fragmen gen SAD telah berhasil diisolasi dan diamplifikasi dari DNA genom 5 aksesi kelapa sawit yang terdiri atas satu aksesi spesies E.oleifera dan 4 aksesi dari spesies E.guineensis var tenera, Dura, Pisifera, dan Virescens menggunakan primer SAD1 yang menghasilkan fragmen dengan ukuran 1100 bp dan primer SAD2 yang menghasilkan fragmen gen SAD dengan ukuran 600 bp.

FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI

FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI ISOLASI TOTAL DNA TUMBUHAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA PHYTOPURE Halaman : 1 dari 5 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan tumbuhan, dapat dari daun, akar, batang,

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.

Lebih terperinci

FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI

FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI Halaman : 1 dari 5 ISOLASI TOTAL DNA HEWAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan hewan, dapat dari insang, otot, darah atau jaringan

Lebih terperinci

II. MATERI DAN METODE. Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di

II. MATERI DAN METODE. Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di II. MATERI DAN METODE 2.1 Waktu dan Tempat Penelitian Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di enam desa yaitu tiga desa di Kecamatan Grokgak dan tiga desa di Kecamatan

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil

Lebih terperinci

LAMPIRAN. Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer

LAMPIRAN. Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer LAMPIRAN Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer 1. Pembuatan Larutan Stok a. CTAB 5 % Larutan dibuat dengan melarutkan : - NaCl : 2.0 gr - CTAB : 5.0 gr - Aquades : 100 ml b. Tris HCl

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian murni yang dilakukan dengan metode deskriptif, yaitu suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi, gambaran atau lukisan

Lebih terperinci

3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat

3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat 3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Autentikasi Bahan Baku Ikan Tuna (Thunnus sp.) dalam Rangka Peningkatan Keamanan Pangan dengan Metode Berbasis DNA dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan

Lebih terperinci

MARKA SNAP BERBASIS FRAGMEN GENOMIK GEN SAD SEBAGAI INDIKATOR KANDUNGAN ASAM LEMAK TIDAK JENUH KELAPA SAWIT RISMAYANTI

MARKA SNAP BERBASIS FRAGMEN GENOMIK GEN SAD SEBAGAI INDIKATOR KANDUNGAN ASAM LEMAK TIDAK JENUH KELAPA SAWIT RISMAYANTI MARKA SNAP BERBASIS FRAGMEN GENOMIK GEN SAD SEBAGAI INDIKATOR KANDUNGAN ASAM LEMAK TIDAK JENUH KELAPA SAWIT RISMAYANTI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014 PERNYATAAN MENGENAI TESIS

Lebih terperinci

BAB III BAHAN DAN METODE

BAB III BAHAN DAN METODE 9 BAB III BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2011 sampai dengan Juli 2012. Kegiatan ekstraksi DNA sampai PCR-RFLP dilakukan di laboratorium Analisis

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian. Penelitian ini dapat menerangkan

Lebih terperinci

LAMPIRAN. Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer

LAMPIRAN. Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer LAMPIRAN Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. LARUTAN STOK CTAB 5 % (100 ml) - Ditimbang NaCl sebanyak 2.0 gram - Ditimbang CTAB sebanyak 5.0 gram. - Dimasukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode 16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4 MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. mengekstraksi DNA dari dari beberapa spesimen herbarium Rafflesia arnoldii

BAB III METODE PENELITIAN. mengekstraksi DNA dari dari beberapa spesimen herbarium Rafflesia arnoldii 21 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kuantitatif untuk mengekstraksi DNA dari dari beberapa spesimen herbarium Rafflesia arnoldii R.Br dan Rafflesia

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap

BAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi

Lebih terperinci

Pengujian DNA, Prinsip Umum

Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian berbasis DNA dalam pengujian mutu benih memang saat ini belum diregulasikan sebagai salah satu standar kelulusan benih dalam proses sertifikasi. Dalam ISTA Rules,

Lebih terperinci

Asam Asetat Glacial = 5,7 ml EDTA 0,5 M ph 8.0 = 10 ml Aquades ditambahkan hingga volume larutan 100 ml

Asam Asetat Glacial = 5,7 ml EDTA 0,5 M ph 8.0 = 10 ml Aquades ditambahkan hingga volume larutan 100 ml 36 Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. Pembuatan Larutan Stok Tris HCL 1 M ph 8.0 (100 ml) : Timbang Tris sebanyak 12,114 g. Masukkan Tris ke dalam Erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades.

Lebih terperinci

BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat

BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat 12 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei penyakit klorosis dan koleksi sampel tanaman tomat sakit dilakukan di sentra produksi tomat di daerah Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Deteksi

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:

BAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut: BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan

Lebih terperinci

4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel

4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel 7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini

BAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah D-loop

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;

BAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR; BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar, langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah HVI mtdna

Lebih terperinci

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk 27 III. METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen STX1A. 3.2 Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian, sehingga dapat menerangkan arti

Lebih terperinci

BAB 4. METODE PENELITIAN

BAB 4. METODE PENELITIAN BAB 4. METODE PENELITIAN Penelitian penanda genetik spesifik dilakukan terhadap jenis-jenis ikan endemik sungai paparan banjir Riau yaitu dari Genus Kryptopterus dan Ompok. Penelitian ini bertujuan untuk

Lebih terperinci

1 0,53 0,59 2 0,3 0,2 3 0,02 0,02 4 0,04 0,04 5 0,3 0,3 Ilustrasi rangkaian isolasi DNA tersebut dapat dilihat pada Gambar 1 berikut.

1 0,53 0,59 2 0,3 0,2 3 0,02 0,02 4 0,04 0,04 5 0,3 0,3 Ilustrasi rangkaian isolasi DNA tersebut dapat dilihat pada Gambar 1 berikut. PERBANDINGAN BEBERAPA METODE ISOLASI DNA UNTUK PENENTUAN KUALITAS LARUTAN DNA TANAMAN SINGKONG (Manihot esculentum L.) Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai macam

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari 2012 sampai bulan Juli 2012, yang bertempat di Laboratorium Genetika dan Biologi Molekuler Jurusan Biologi

Lebih terperinci

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling 16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi

Lebih terperinci

III. Bahan dan Metode

III. Bahan dan Metode III. Bahan dan Metode A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan selama 3 bulan dari bulan Mei-Juli 2011 yang dilakukan di LPPT UGM Yogyakarta. B. Bahan Penelitian Sampel yang digunakan

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN 39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan

Lebih terperinci

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk 56 III. METODOLOGI PENELITIAN A. Rancangan Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen FNBP1L. B. Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian

Lebih terperinci

3 Metodologi Penelitian

3 Metodologi Penelitian 3 Metodologi Penelitian 3.1 Alat Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Penelitian Biokimia, Program Studi Kimia, Institut Teknologi Bandung. Peralatan yang digunakan pada penelitian ini diantaranya

Lebih terperinci

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode 24 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Objek Penelitian Empat spesies burung anggota Famili

Lebih terperinci

3. METODE PENELITIAN

3. METODE PENELITIAN 19 3. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret sampai Juni 2010 di Laboratorium Mikrobiologi, Biokimia dan Bioteknologi Hasil Perairan Departemen Teknologi Hasil

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth

MATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan

Lebih terperinci

III. MATERI DAN METODE. Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim

III. MATERI DAN METODE. Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini akan dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau Pekanbaru

Lebih terperinci

Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri. Isolasi DNA kromosom bakteri. Kloning DNA

Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri. Isolasi DNA kromosom bakteri. Kloning DNA LAMPIRAN 15 15 Lampiran 1 Tahapan penelitian Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri Isolasi DNA kromosom bakteri Pemotongan DNA dengan enzim restriksi Kloning DNA Isolasi DNA plasmid hasil

Lebih terperinci

III. BAHAN DAN METODE

III. BAHAN DAN METODE III. BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilakukan di Laboratorium BIORIN (Biotechnology Research Indonesian - The Netherlands) Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi IPB. Penelitian

Lebih terperinci

BAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel

BAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel 16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik

Lebih terperinci

LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA

LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN IV (ISOLASI RNA DARI TANAMAN) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI RNA DARI TANAMAN TUJUAN Tujuan

Lebih terperinci

bio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian

bio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian III. METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian 1.1. Peralatan Penelitian Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, beaker glass, cool box, labu

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan berdasarkan haplotipe

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon

HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar

Lebih terperinci

BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan dan Alat

BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan dan Alat 12 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan dari bulan April 2006 sampai dengan bulan April 2007. Penelitian dilakukan di rumah kaca, laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan

Lebih terperinci

II. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR

II. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR II. BAHAN DAN METODE Ikan Uji Ikan uji yang digunakan adalah ikan nila hibrida hasil persilangan resiprok 3 strain BEST, Nirwana dan Red NIFI koleksi Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Sempur, Bogor.

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Ekstraksi dan Purifikasi DNA Total DNA total yang diperoleh dalam penelitian bersumber dari darah dan bulu. Ekstraksi DNA yang bersumber dari darah dilakukan dengan metode phenolchloroform,

Lebih terperinci

FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI

FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI Halaman : 1 dari 6 ISOLASITOTAL DNA MANUSIADENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan manusia, dapat dari darah, folikel rambut, mukosa mulut

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA

HASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA 6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil

Lebih terperinci

BAB III BAHAN DAN METODE PENELITIAN

BAB III BAHAN DAN METODE PENELITIAN BAB III BAHAN DAN METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian 3.1.1. Lokasi Penelitian Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

Lebih terperinci

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi

Lebih terperinci

VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum

VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum Pendahuluan Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik

Lebih terperinci

BAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and

BAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and 23 BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jl. Salemba

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,

Lebih terperinci

TOPIK HIDAYAT dan ANA RATNA WULAN ABSTRAK ABSTRACT

TOPIK HIDAYAT dan ANA RATNA WULAN ABSTRAK ABSTRACT BEBERAPA MODIFIKASI PERLAKUAN UNTUK MENGEKSTRAKSI DNA DARI BAHAN HERBARIUM (Several modifications of treatment in extracting DNA from herbarium material) TOPIK HIDAYAT dan ANA RATNA WULAN Jurusan Pendidikan

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini adalah penelitian deskriptif kualitatif untuk mengetahui

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini adalah penelitian deskriptif kualitatif untuk mengetahui BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini adalah penelitian deskriptif kualitatif untuk mengetahui variasi genetik beberapa varietas mangga berdasarkan RAPD (Random Amplified Polymorphic

Lebih terperinci

METODE PENELITIAN. A. Tempat dan Waktu

METODE PENELITIAN. A. Tempat dan Waktu 10 III. METODE PENELITIAN A. Tempat dan Waktu Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2015 sampai Februari 2016. Isolasi dan visualisasi RNA Colletrotichum dilaksanakan di Laboratorium Hama Penyakit

Lebih terperinci

BAB III BAHAN DAN METODE

BAB III BAHAN DAN METODE BAB III BAHAN DAN METODE 3.1. Tempat dan Waktu Penelitian 3.1.1. Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas

Lebih terperinci

BAB III METODE A. Jenis Penelitian B. Populasi dan Sampel C. Waktu dan Lokasi Penelitian D. Alat dan Bahan Rizki Indah Permata Sari,2014

BAB III METODE A. Jenis Penelitian B. Populasi dan Sampel C. Waktu dan Lokasi Penelitian D. Alat dan Bahan Rizki Indah Permata Sari,2014 34 BAB III METODE A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian murni atau pure research yang dilakukan dengan metode deskriptif, yaitu suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi, gambaran

Lebih terperinci

II. METODE PENELITIAN

II. METODE PENELITIAN II. METODE PENELITIAN 1. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1.1. Materi Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, cawan petri, tabung reaksi, labu Erlenmeyer, beaker glass, object

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode

BAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Jenis penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. 3.2 Objek Penelitian Tujuh puluh tiga kultivar mangga (Mangifera

Lebih terperinci

II. BAHAN DAN METODE

II. BAHAN DAN METODE II. BAHAN DAN METODE 2.1. Waktu dan Lokasi Penelitian Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Agustus sampai September tahun 2011. Sampel ikan berasal dari 3 lokasi yaitu Jawa (Jawa Barat), Sumatera (Jambi),

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Metode penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran, atau lukisan secara

Lebih terperinci

LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI PERTANIAN ISOLASI DNA

LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI PERTANIAN ISOLASI DNA LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI PERTANIAN ISOLASI DNA Disusun Oleh: Nama : Aminatus Sholikah NIM : 115040213111035 Kelompok : kamis, 06.00-07.30 Asisten : Putu Shantiawan Prayoga PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Kualitas DNA

HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Kualitas DNA HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Sumber DNA pada Aves biasanya berasal dari darah. Selain itu bulu juga dapat dijadikan sebagai alternatif sumber DNA. Hal ini karena pada sebagian jenis Aves memiliki pembuluh

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode deskriptif (Nazir, 1983). B. Populasi dan Sampel Populasi dalam penelitian ini adalah

Lebih terperinci

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan termasuk penelitian deskriptif. Penelitian deskriptif adalah metode penelitian yang bertujuan membuat gambaran secara sistematis,

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Materi

MATERI DAN METODE. Materi MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan IPB dan Laboratorium Terpadu,

Lebih terperinci

1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil. Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan

1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil. Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan Lampiran 1. Data dan analisis karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah. 1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus

Lebih terperinci

4. HASIL DAN PEMBAHASAN

4. HASIL DAN PEMBAHASAN 29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk

Lebih terperinci

METODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian

METODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian 14 METODOLOGI PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Tempat penelitian dilakukan di Laboratorium Unit Pelayanan Mikrobiologi Terpadu, Bagian Mikrobiologi Kesehatan, Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan

Lebih terperinci

BAHAN DAN METODE. Bahan dan Alat

BAHAN DAN METODE. Bahan dan Alat BAHAN DAN METODE Bahan dan Alat Bahan yang digunakan adalah daun salam, daun jati belanda, daun jambu biji yang diperoleh dari Pusat Studi Biofarmaka (PSB) LPPM-IPB Bogor. Bahan yang digunakan untuk uji

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Analisis Polymerase Chain Reaction (PCR) serta analisis penciri Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dilaksanakan di Laboratorium

Lebih terperinci

TATA CARA PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Laboratorium Biologi Molekuler, Balai Besar Penelitian dan Pengembangan

TATA CARA PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Laboratorium Biologi Molekuler, Balai Besar Penelitian dan Pengembangan III. TATA CARA PENELITIAN A. Tempat dan Waktu Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juli hingga Agustus 2017 di Laboratorium Biologi Molekuler, Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi

Lebih terperinci

METODE PENELITIAN. Tabel 1 Sampel yang digunakan dalam penelitian

METODE PENELITIAN. Tabel 1 Sampel yang digunakan dalam penelitian 12 METODE PEELITIA Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan pada bulan Mei sampai dengan April 2010, bertempat di Bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Materi

MATERI DAN METODE. Materi MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian

Lebih terperinci

KUMPULAN LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI. Disusun Oleh: Nama : Anatasia NIM : Kelompok : Selasa Asisten : Nimas Ayu

KUMPULAN LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI. Disusun Oleh: Nama : Anatasia NIM : Kelompok : Selasa Asisten : Nimas Ayu KUMPULAN LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI Disusun Oleh: Nama : Anatasia NIM : 125040200111140 Kelompok : Selasa 09.15-11.00 Asisten : Nimas Ayu UNIVERSITAS BRAWIJAYA FAKULTAS PERTANIAN PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

Lebih terperinci

Bab III Bahan dan Metode III.1 Bahan III. 2 Alat

Bab III Bahan dan Metode III.1 Bahan III. 2 Alat Bab III Bahan dan Metode III.1 Bahan Pada penelitian ini, sampel yang digunakan dalam penelitian, adalah cacing tanah spesies L. rubellus yang berasal dari peternakan cacing tanah lokal di Sekeloa, Bandung.

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom

HASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang. dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998).

BAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang. dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998). BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998). B. Populasi dan Sampel 1. Populasi yang

Lebih terperinci

PRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas

PRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas PRAKATA Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas segala nikmat dan karunia-nya, penulisan Tugas Akhir dengan judul Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian Penelitian dilakukan pada 4 April 2016 sampai 16 Agustus 2016. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Riset Kimia Material dan Hayati Departemen

Lebih terperinci

BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Bahan dan Alat Metode Penelitian Isolasi Aktinomiset

BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Bahan dan Alat Metode Penelitian Isolasi Aktinomiset BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor, dari bulan Februari sampai dengan

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Materi. Tabel 1. Sampel Darah Sapi Perah dan Sapi Pedaging yang Digunakan No. Bangsa Sapi Jenis Kelamin

MATERI DAN METODE. Materi. Tabel 1. Sampel Darah Sapi Perah dan Sapi Pedaging yang Digunakan No. Bangsa Sapi Jenis Kelamin MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini berlangsung

Lebih terperinci

3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat

3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat 3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian dilakukan selama bulan Januari hingga April 2010 bertempat di Laboratorium Karakteristik Bahan Baku, Departemen Teknologi Hasil Perairan, Fakultas Perikanan

Lebih terperinci

ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI

ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI 1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Materi

MATERI DAN METODE. Materi MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,

Lebih terperinci

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

BAB II TINJAUAN PUSTAKA 5 BAB II TINJAUAN PUSTAKA Kelapa Sawit Kelapa sawit sebagai tanaman penghasil minyak nabati mempunyai peran strategis dalam perekonomian nasional. Komoditas kelapa sawit berperan dalam menyerap tenaga

Lebih terperinci

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode 22 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Lokasi dan Waktu Penelitian 1. Lokasi Penelitian Penelitian

Lebih terperinci

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur 20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension

Lebih terperinci

III. METODE PENELITIAN. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Biologi

III. METODE PENELITIAN. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Biologi 17 III. METODE PENELITIAN A. Tempat dan Waktu Penelitian Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Lampung pada Januari

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. (a)

HASIL DAN PEMBAHASAN. (a) 8 tampak diskor secara manual. Kriteria penskoran berdasarkan muncul tidaknya lokus, lokus yang muncul diberi skor 1 dan yang tidak muncul diberi skor 0. Data biner yang diperoleh selanjutnya diolah menjadi

Lebih terperinci

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK MUTAN JARAK PAGAR (Jatropha curcas L.) HASIL PERLAKUAN MUTAGEN KOLKISIN BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER RAPD

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK MUTAN JARAK PAGAR (Jatropha curcas L.) HASIL PERLAKUAN MUTAGEN KOLKISIN BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER RAPD ANALISIS KERAGAMAN GENETIK MUTAN JARAK PAGAR (Jatropha curcas L.) HASIL PERLAKUAN MUTAGEN KOLKISIN BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER RAPD Herdiyana Fitriani Dosen Program Studi Pendidikan Biologi FPMIPA IKIP

Lebih terperinci

BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN

BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 20 BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Desain Penelitian Penelitian ini bersifat deskriptif cross sectional molekuler. Data yang diperoleh berasal dari pemeriksaan langsung yang dilakukan peneliti sebanyak

Lebih terperinci

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Disusun oleh: Hanif Wahyuni (1210411003) Prayoga Wibhawa Nu Tursedhi Dina Putri Salim (1210412032) (1210413031) SEJARAH Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1985

Lebih terperinci

III. MATERI DAN METODE A.

III. MATERI DAN METODE A. III. MATERI DAN METODE A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September sampai dengan Desember 2015. Proses isolasi DNA, simplex-pcr dan duplex-pcr dilaksanakan di Sub Laboratorium

Lebih terperinci

Bab III Bahan dan Metode

Bab III Bahan dan Metode Bab III Bahan dan Metode A. Waktu dan Lokasi Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September 2012 di daerah budidaya rumput laut pada dua lokasi perairan Teluk Kupang yaitu di perairan Tablolong

Lebih terperinci

LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA

LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DAN IDENTIFIKASI DNA SEL MUKOSA

Lebih terperinci