DETEKSI Pepper vein yellow virus (PeVYV) PENYEBAB PENYAKIT DAUN MERAH PADA TANAMAN WORTEL DI JAWA BARAT IKA ELY SUSANTI

Transkripsi

1 i DETEKSI Pepper vein yellow virus (PeVYV) PENYEBAB PENYAKIT DAUN MERAH PADA TANAMAN WORTEL DI JAWA BARAT IKA ELY SUSANTI DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN FAKULTAS PERTANIAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014

2 ii PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA* Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Deteksi Pepper vein yellow virus (PeVYV) Penyebab Penyakit Daun Merah pada Tanaman Wortel di Jawa Barat adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor. Bogor, Juni 2014 Ika Ely Susanti NIM A *Pelimpahan hak atas karya tulis dari penelitian kerjasama dengan pihak luar IPB harus didasarkan pada perjanjian kerjasama yang terkait.

3 1 ABSTRAK IKA ELY SUSANTI. Deteksi Pepper vein yellow virus (PeVYV) Penyebab Penyakit Daun Merah pada Tanaman Wortel di Jawa Barat. Dibimbing oleh GEDE SUASTIKA. Penyakit daun merah (RLD) merupakan penyakit baru pada tanaman wortel di Indonesia akibat infeksi virus. Gejala penyakit ditandai dengan daun berwarna kemerahan tanpa adanya penghambatan pertumbuhan yang signifikan. Penyakit yang ditemukan memiliki kemiripan dengan gejala akibat Carrot motley dwarf (CMD) yang dilaporkan diberbagai negara di dunia. Meskipun gejala terlihat sama, CMD disebabkan oleh Carrot red leaf virus (Polerovirus), sedangkan RLD disebabkan oleh anggota Polerovirus lain, yaitu Pepper vein yellow virus (PeVYV). PeVYV mempunyai kisaran inang yang sempit dan terbatas pada tanaman cabai. Laporan tentang PeVYV menginfeksi tanaman wortel di Cipanas, Cianjur adalah laporan pertama yang menyatakan bahwa virus ini mempunyai inang lain selain cabai. Oleh karena itu, penelitian difokuskan untuk mengetahui keberadaan PeVYV di sentra produksi wortel di Jawa Barat. Beberapa tanaman wortel bergejala daun merah dikoleksi dari Cipanas (Cianjur), Lembang (Bandung Barat), dan Cikajang (Garut). Berdasarkan hasil reverse trancription-polymerase chain reaction, ditemukan bahwa PeVYV telah menyebar di ketiga lokasi. Semua sampel dari Garut diketahui positif terinfeksi virus, oleh karena itu dapat diduga bahwa PeVYV pertama kali menginfeksi tanaman wortel di Garut, kemudian baru menyebar ke daerah lain di Jawa Barat. Tulisan ini merupakan laporan pertama mengenai penyebaran PeVYV pada pertanaman wortel di Jawa Barat. Kata kunci: Distribusi, Polerovirus, Sentra produksi, RT-PCR.

4 2 ABSTRACT IKA ELY SUSANTI. Detection of Pepper vein yellow virus (PeVYV) Inducing Red Leaf Disease on Carrots in West Java. Supervised by GEDE SUASTIKA. Red leaf disease (RLD) is a new reported virus disease on carrot in Indonesia. The disease was characterized by reddening of leaves without any retardation of plant development. The disease was resemble to carrot motley dwarf (CMD) reported worldwide. Although the symptom likely to be similar, these two diseases were caused by two different viruses. CMD was caused by infection of Carrot red leaf virus (Polerovirus). Whereas, RLD was induced by other Polerovirus, Pepper vein yellow virus (PeVYV). PeVYV has a narrow host range, limited on chili pepper. A report that PeVYV infect carrot in a field of Cipanas, Cianjur was the first report for the virus having host plant other than chili pepper. In this study, some surveys were conducted to elucidate the occurrence of PeVYV in carrot production centers of West Java. Some carrot plants showing RLD were collected from Cipanas (Cianjur), Lembang (West Bandung), and Cikajang (Garut). Based on reverse trancription-polymerase chain reaction analyses, it was found that PeVYV has been already occurred in the areas. The fact that all samples from Garut were infected by the virus suggest that PeVYV may first infected carrot plants in Garut, then spread to other areas of West Java. This is the first report concerning the distribution of PeVYV on carrot crops in West Java. Keyword: Distribution, Polerovirus, Production centres, RT-PCR.

5 3 Hak Cipta milik IPB, tahun 2014 Hak Cipta dilindungi Undang-Undang Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan yang wajar IPB. Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB.

6 4 DETEKSI Pepper vein yellow virus (PeVYV) PENYEBAB PENYAKIT DAUN MERAH PADA TANAMAN WORTEL DI JAWA BARAT IKA ELY SUSANTI Skripsi sebagai salah satu syarat untuk mendapatkan gelar Sarjana Pertanian pada Departemen Proteksi Tanaman DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN FAKULTAS PERTANIAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014

7 Judul Penelitian : Deteksi Pepper vein yellow virus (PeVYV) Penyebab Penyakit Daun Merah pada Tanaman Wortel di Jawa Barat Nama Mahasiswa : Ika Ely Susanti NIM : A Disetujui oleh Dr Ir Gede Suastika MSc Dosen Pembimbing Diketahui oleh Dr Ir Abdjad Asih Nawangsih MSi Ketua Departemen Proteksi Tanaman Tanggal lulus :

8 6 PRAKATA Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas berkat rahmat dan karunianya sehingga penulis mampu menyelesaikan tugas akhir yang berjudul Deteksi Pepper vein yellow virus (PeVYV) Penyebab Penyakit Daun Merah pada Tanaman Wortel di Jawa Barat. Tugas akhir ini dibuat sebagai prasyarat untuk mendapatkan gelar Sarjana Pertanian (SP) pada Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Penulis berterimakasih kepada: 1. Ayah, Ibu, dan Adik yang telah memberi dukungan baik moril dan materiil 2. Dr Ir Gede Suastika MSc karena telah bersedia menjadi dosen pembimbing yang selalu memberikan bimbingan, arahan, dan ilmu yang bermanfaat 3. Dr Ir Ali Nurmansyah MSi selaku dosen pembimbing akademik (PA) yang selalu memberikan nasehat 4. Dr Ir Idham Sakti Harahap MSi selaku dosen penguji tamu yang memberikan saran perbaikan skripsi 5. Fitrianingrum K. SP MSi yang telah sabar membimbing dan membantu selama penelitian di laboratorium 6. Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi (DIKTI) yang telah memberikan beasiswa Bidik Misi 7. Bapak Heru yang telah membantu pengambilan sampel di lapangan, Rahmad Ramadhoni, Laboratorium Virologi Tumbuhan, Griya Pink, HKRB, temanteman Proteksi Tanaman khususnya angkatan 47 yang telah memberikan dukungan, bantuan, dan kenangan indah, serta semua pihak yang telah membantu yang tidak bisa disebutkan satu per satu. Penulis menyadari banyak kekurangan dalam penulisan skripsi ini, oleh karena itu kritik dan saran sangat diharapkan untuk perbaikan tulisan ini. Semoga hasil tugas akhir ini bisa memberikan manfaat. Bogor, Juni 2014 Ika Ely Susanti

9 7 DAFTAR ISI DAFTAR GAMBAR vii DAFTAR TABEL vii PENDAHULUAN 1 Latar belakang 1 Tujuan 2 Manfaat 2 BAHAN DAN METODE 3 Tempat dan Waktu Penelitian 3 Bahan dan Alat 3 Pengambilan Sampel Tanaman Sakit di Lapangan 3 Ekstrasi RNA Total 3 Sintesis complementary DNA 4 Amplifikasi DNA 4 Visualisasi Hasil RT-PCR 5 HASIL DAN PEMBAHASAN 6 Gejala Penyakit Daun Merah pada Tanaman Wortel di Lapangan 6 Verifikasi Infeksi PeVYV pada Tanaman Wortel yang Memperlihatkan Gejala Penyakit Daun Merah 9 PENUTUP 10 Simpulan 11 Saran 11 DAFTAR PUSTAKA 12 RIWAYAT HIDUP 13

10 8 DAFTAR GAMBAR 1 Variasi gejala penyakit pada tanaman wortel yang ditemukan di lapangan 7 2 Hasil reverse transcription-polymerase chain reaction menggunakan primer spesifik PeVYV terhadap sampel tanaman wortel bergejala daun merah 9 DAFTAR TABEL 1 Komponen RT-PCR satu kali reaksi 4 2 Komponen PCR satu kali reaksi 4 3 Jenis gejala pada tanaman wortel yang diperoleh dari lokasi pengambilan sampel di lapangan 8 4 Kondisi lahan pengamatan dan pengambilan sampel 8

11 1 PENDAHULUAN Latar Belakang Tanaman hortikultura termasuk salah satu subsektor yang memegang peranan penting dalam sektor pertanian. Menurut Pasaribu (2007), kontribusi hortikultura terhadap Pendapatan Domestik Bruto (PDB) sektor pertanian merupakan terbesar kedua setelah sektor tanaman pangan pada tahun Laju pertumbuhan produksi dan luas panen komoditi wortel merupakan yang paling tinggi pada tahun untuk sayuran semusim, yaitu masing-masing sebesar 16.46% dan 7.36%. Hal ini juga diikuti dengan peningkatan konsumsi wortel dari 0.42 kg/kapita/tahun menjadi 0.83 kg/kapita/tahun pada periode tahun Wortel (Daucus carota Linn.) merupakan salah satu produk hortikultura Indonesia yang mempunyai nilai ekonomi tinggi. Wortel merupakan tanaman sayuran yang bisa ditanam sepanjang tahun. Tanaman ini termasuk famili Umbelliferae yang berasal dari Asia Tengah kemudian tersebar ke berbagai wilayah di seluruh dunia termasuk Indonesia. Wortel baik dibudidayakan terutama di daerah pegunungan yang memiliki suhu udara dingin dan lembab, kurang lebih pada ketinggian 1200 sampai 1500 meter di atas permukaan laut (Puslitbanghorti 2013). Di Indonesia, budidaya wortel pada awalnya hanya terkonsentrasi di Jawa Barat yaitu daerah Lembang dan Cipanas. Namun dalam perkembangannya menyebar luas ke daerah-daerah sentra sayuran di Jawa dan luar Jawa (Rahman 2010). Wortel mempunyai manfaat baik untuk tubuh. Kandungan vitamin A dari wortel berfungsi menjaga kesehatan mata. Selain itu, wortel juga berguna sebagai bahan obat dan kosmetik. Wortel merupakan sayuran yang umum dijumpai di pasar-pasar tradisional maupun pasar modern. Harganya yang relatif terjangkau membuat sayuran ini digemari masyarakat di seluruh Indonesia. Menurut Badan Pusat Statistik (2013), produktivitas wortel di Indonesia dari tahun 2009 sampai dengan 2012 selalu mengalami peningkatan, berturut- turut yaitu ton/ha, ton/ha, ton/ha, dan ton/ha. Walaupun demikian, produksi wortel di Indonesia masih tergolong rendah. Produksi wortel belum mencapai tingkat yang optimal untuk skala industri. Rendahnya produktivitas wortel disebabkan oleh beberapa faktor yaitu masih terbatasnya varietas unggul, serangan organisme pengganggu tanaman (OPT), dan tehnik budidaya yang belum intensif. Selain itu, paket teknologi pertanian yang diadopsi petani di Indonesia masih tergolong rendah. Berbagai jenis OPT menyerang tanaman wortel, antara lain dari golongan hama, gulma, cendawan, nematoda, dan virus. Salah satu penyakit pada wortel yang belum lama dilaporkan masuk ke Indonesia yaitu penyakit daun merah akibat infeksi virus. Jenis virus yang dimaksud adalah Pepper vein yellow virus (PeVYV) dari genus Polerovirus famili Luteoviridae. Gejala di lapangan yang ditimbulkan PeVYV yaitu daun berubah warna menjadi kuning kemerahan. Di Indonesia, virus ini sebelumnya telah dilaporkan menyerang tanaman cabai di Bali oleh Suastika et al. (2012) hingga pada akhirnya dilaporkan juga menyerang pertanaman wortel (Hasanah 2014).

12 2 Menurut BPS (2013), Jawa Barat merupakan sentra produksi wortel terbesar di Indonesia dengan rata-rata produksi dari tahun 2009 sampai dengan 2012 sebesar ton, akan tetapi luas panen untuk wilayah Jawa Barat semakin berkurang jika dibandingkan dengan tahun sebelumnya. Produksi wortel di Jawa Barat dari tahun 2008 sampai tahun 2012 cenderung menurun (Dinas Pertanian Jawa Barat 2012). Ancaman serangan PeVYV bisa segera meluas ke seluruh daerah di Indonesia jika tidak segera diketahui keberadaanya atau penyebaranya di lapangan, khusunya daerah Jawa Barat. Hal ini akan mengakibatkan penurunan hasil panen yang lebih signifikan. Oleh karena itu penelitian tentang PeVYV di Jawa Barat perlu dilakukan. Tujuan Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan Pepper vein yellow virus di daerah sentra produksi wortel di Jawa Barat. Manfaat Memberikan informasi tentang penyebaran PeVYV pada tanaman wortel di Jawa Barat sehingga akan mempermudah dalam penanggulangan dan pencegahan penyebaranya ke daerah lain.

13 3 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei dan pengambilan tanaman wortel yang terserang virus dilakukan di sejumlah pertanaman wortel di tiga daerah di Jawa Barat yaitu Cipanas (Cianjur), Lembang (Bandung Barat), dan Cikajang (Garut). Pengambilan tanaman sampel dilakukan dari bulan Maret Deteksi keberadaan virus dilakukan di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor dari Bulan September 2013 sampai Maret Bahan dan Alat Bahan yang digunakan berupa sampel tanaman wortel yang diduga terinfeksi virus, satu set Phille Korea Technology (PKT), reaktan untuk reverse transcription (RT), dan polymerase chain reaction (PCR). Sedangkan alat yang digunakan berupa kamera digital, komputer, dan alat tulis. Metode Pengambilan Sampel Tanaman Sakit di Lapangan Sebanyak 5 tanaman sampel yang diduga terinfeksi PeVYV dengan gejala bagian daun kuning hingga kemerahan diambil dari masing-masing lokasi secara acak. Sampel kemudian difoto, dicabut, dan dibungkus dengan pelepah pisang segar untuk menjaga agar tanaman tidak layu sehingga virus masih tetap hidup hingga sampai di laboratorium untuk diamati. Ekstraksi RNA Total Ekstraksi RNA total mengacu pada metode Phille Korea Technologi (PKT). Sebanyak 0.1 gram daun wortel yang bergejala digerus dalam nitrogen cair menggunakan mortar. Setelah penggerusan, ditambahkan buffer ekstraksi XPRB (Plant RNA Lysis Solution 500 µl) yang ditambah 5 µl β-merkaptoetanol 1% untuk membantu melisis sel. Sap hasil gerusan dimasukan ke dalam filter coloumn dan disentrifugasi selama 2 menit pada kecepatan rpm. Supernatan diambil tanpa menyentuh pelet dan dipindahkan ke tube baru, ditambah ethanol absolut sebanyak setengah dari volume supernatan tersebut. Setelah tercampur rata, suspensi dipindah ke XPPLR mini coloumn, disentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan rpm, kemudian supernatan dibuang. Sebanyak 500 µl buffer WB1 dimasukan ke dalam XPPLR mini coloumn dan disentifugasi lagi selama 1 menit dengan kecepatan rpm. Supernatan dibuang kembali dan selanjutnya dilakukan hal yang sama, tetapi dalam hal ini WB1 diganti dengan 750 µl buffer WB2. XPPLR mini coloumn disentrifugasi lagi selama 3 menit untuk memastikan bahwa coloumn benar-benar kering atau supernatan sudah tidak ada lagi. XPPLR mini coloumn kemudian dipindah ke tube baru dan bagian tengahnya diberi RNAse free water sebanyak 20 µl. Setelah didiamkan selama 1 menit, coloumn kemudian disentrifugasi selama 2 menit untuk mendapatkan RNA murni. RNA total kemudian disimpan pada 80 o C hingga digunakan.

14 4 Sintesis Complementary(c)DNA Reverse transcription (RT) atau transkripsi balik merupakan proses yang digunakan untuk merubah RNA menjadi DNA. Hasil reaksi RT adalah DNA untai tunggal yang merupakan komplementer dari RNA virus target yang dijadikan cetakan sehingga disebut complementery(c)dna. Komposisi bahan yang digunakan dalam reaksi RT tercantum dalam Tabel 1. Tabel 1 Komposisi reaktan pada reverse transcription (RT) mengikuti prosedur dari Thermo Scientific (US) Komponen Volume (µl) ddh 2 O 3.2 Buffer RT 10x 1 DTT 50 mm 0.35 dntps 10 mm 2 MmuLV 0.35 RNAse Inhibitor 0.35 Random hexamer 0.75 RNA 2 Total 10 Reaksi RT dilakukan pada kondisi 25 o C selama 5 menit, 42 o C selama 60 menit, dan 70 o C selama 15 menit. cdna produk RT selanjutnya digunakan sebagai cetakan dalam proses PCR. Amplifikasi DNA Komposisi reaktan yang digunakan dalam proses PCR tercantum dalam Tabel 2. Primer yang digunakan untuk mendeteksi virus dalam proses PCR adalah pasangan primer yang spesifik untuk mendeteksi PeVYV yaitu CP-F: 5 - AATTAAGGATCCAATACGGGAGGGGTTAGGAGAAAT- 3 dan CP-R: 5 - AATTAACTGCAGTTTCGGGTTGTGCAATTGCACAGTA-3. Program amplifikasi terdiri dari denaturasi awal pada suhu 94 o C selama 5 menit; 35 siklus dengan tahapan denaturasi pada suhu 94 o C selama 30 detik, annealing (pengintegrasian primer) pada suhu 50 o C selama 1 menit, elongasi (sintesis untai baru DNA) pada suhu 72 o C selama 1 menit; dan dilanjutkan elongasi akhir pada suhu 72 o C selama 10 menit. Hasil PCR disimpan pada suhu 4 o C. Tabel 2 Komposisi reaktan pada polymerase chain reaction (PCR) mengikuti prosedur dari Thermo Scientific (US) Komponen Volume (µl) ddh2o 8.5 Dream taq MM 12.5 Primer F 1 Primer R 1 cdna 2 Total 25

15 Visualisasi Hasil RT- PCR Amplifikasi DNA hasil PCR dilakukan dengan elektroforesis menggunakan gel agarosa 1%. Gel agarosa dibuat dengan melarutkan 0.4 gram agarosa dalam 40 ml buffer TBE 0.5X (45 mm Tris-borate, 1 mm EDTA) dan dipanaskan di dalam microwave dengan suhu medium selama 2 menit. Setelah suhunya turun sampai sekitar 40 o C, larutan agarosa dituang ke dalam cetakan dan ditunggu sampai padat. Gel kemudian dimasukan ke dalam mesin elektroforesis. Marker DNA 1 kb sebanyak 5 µl dan sampel hasil PCR sebanyak 10 µl dimasukan ke dalam masing-masing sumuran gel. Elektroforesis dilakukan selama 30 menit dengan tegangan sebesar 100 Volt. Gel yang telah dielektroforesis kemudian direndam dalam ethidium bromida untuk pewarnaan selama 15 menit dalam kondisi gelap. Visualisasi dilakukan di bawah transluminator UV. 5

16 6 HASIL DAN PEMBAHASAN Gejala Penyakit Daun Merah pada Tanaman Wortel di Lapangan Berdasarkan hasil pengamatan, penyakit daun merah ditemukan di ketiga daerah survei, yaitu Cipanas (Cianjur), Lembang (Bandung Barat), dan Cikajang (Garut). Penyakit yang ditemukan mempunyai gejala yang bervariasi, daun berubah warna menjadi kuning hingga kemerahan. Gejala lanjut atau pada serangan berat daun akan semakin berwarna merah hingga akhirnya seperti terbakar. Menurut Akin (2006), tanaman yang terinfeksi virus yang menunjukan gejala mosaik atau kuning disebabkan karena adanya penurunan laju fotosintesis akibat penurunan efisiensi kloroplas. Infeksi virus dapat menurunkan fiksasi CO 2 tanaman sampai 50%. Hasil metabolisme inang dimanfaatkan oleh virus untuk proses replikasi (perbanyakan) sehingga menyebabkan tanaman tidak berkembang secara normal. Di lapangan, gejala awal penyakit berupa daun-daun berwarna kekuningan sehingga sulit dibedakan dengan daun yang mengalami penuaan. Tanaman wortel yang terinfeksi virus umumnya menguning pada bagian daun yang muda. Beberapa umbi dari tanaman wortel yang bergejala ditemukan mengalami malformasi (ukurannya lebih kecil atau bercabang), namun sebagian besar umbi dari tanaman sakit tampak normal. Menurut hasil identifikasi yang dilakukan oleh Hasanah (2014), RLD pada tanaman wortel yang ditemukan di daerah Cianjur diketahui berasosiasi dengan PeVYV. Virus ini telah dilaporkan sebelumnya oleh Suastika et al. (2012) menginfeksi tanaman cabai di Bali. Gejala akibat infeksi PeVYV pada tanaman wortel sulit dibedakan dengan gejala carrot motley dwarf (CMD). Menurut Bunwarre et al. (2009), CMD diinduksi oleh dua virus yaitu Carrot red leaf virus (Polerovirus) dan Carrot mottle virus (Umbravirus). Gejala PeVYV pada tanaman wortel berbeda dengan gejala pada tanaman cabai. Menurut Suastika et al. (2012), gejala PeVYV pada tanaman cabai berupa klorosis antar tulang daun. Variasi gejala pada tanaman wortel yang ditemukan di lapangan disajikan pada Gambar 1.

17 7 A B C D Gambar 1 Variasi gejala penyakit pada tanaman wortel yang ditemukan di lapangan: daun berwarna kuning muda dengan bagian tepi berwarna merah (A), daun berwarna merah kekuningan seperti terbakar (B), daun berwarna kuning muda (C), daun berwarna merah (D), dan daun berwarna merah keunguan pada bagian tepi (E). E Berdasarkan pengamatan di lapangan, variasi gejala penyakit paling banyak ditemukan di daerah Cikajang, yaitu 4 dari 5 variasi gejala (Tabel 3). Gejala yang dominan ditemukan di Cikajang adalah gejala lanjut yaitu daun berwarna merah. Gejala yang paling dominan ditemukan di Cipanas adalah daun kuning dengan tepi kemerahan. Sedangkan untuk daerah Lembang, gejala yang paling banyak ditemukan adalah daun berwarna merah kekuningan seperti terbakar (Gambar 1).

18 8 Tabel 3 Jenis gejala pada tanaman wortel yang diperoleh dari lokasi pengambilan sampel di lapangan Perubahan warna yang terjadi pada daun Lokasi Lembang (Bandung Barat) Kode* Cipanas (Cianjur) A Kuning dengan tepi kemerahan B Merah kekuningan C Kuning muda D Merah E Merah keunguan bagian tepi Cikajang (Garut) *Sesuai dengan kode pada Gambar 1. Pada saat survei, banyak tanaman wortel ditemukan dikoloni oleh kutudaun. Kutudaun tersebut mempunyai fase dewasa berwarna hijau sampai hitam, hidup berkelompok di bawah permukaan daun atau bagian pucuk tanaman. Terdapat dugaan bahwa kutudaun ini berperan dalam penyebaran virus di lapangan. Menurut Yonaha et al. (1995), PeVYV ditularkan oleh Aphis gossypii dan Myzus persicae. Semua anggota Polerovirus ditularkan oleh vektornya secara persisten sirkulatif (Raccah B dan Fereres A 2009). Namun demikian, pada saat survei tidak dilakukan pengamatan tentang spesies dan kelimpahan populasinya. Tabel 4 Kondisi lahan pengamatan dan pengambilan sampel Lokasi Ketinggian (mdpl)* Varietas Pola tanam Perkiraan kejadian penyakit Cipanas (Cianjur) 1225 Lokal cipanas Tumpangsari < 1% Lembang (Bandung Barat) Lokal lembang Monokultur 60% Cikajang (Garut) Lokal cipanas Monokultur < 1% *Sumber: Amalia (2013) dan Kurniawati (2012); mdpl: meter di atas permukaan laut Ketiga daerah merupakan daerah dataran tinggi dengan ketinggian lebih dari 900 mdpl (Tabel 4). Kondisi saat pengambilan sampel dari ketiga lokasi berbedabeda. Saat pengamatan di lapangan, untuk daerah Cipanas dan Cikajang tanaman wortel yang diduga terinfeksi virus masih jarang ditemukan dari sekian banyak lahan pengamatan. Dalam satu petak lahan hanya ditemukan paling banyak 4 tanaman yang menunjukan gejala terinfeksi virus. Secara deskriptif, perkiraan presentase kejadian penyakitnya masih kurang dari 1%. Sedangkan untuk daerah Lembang tanaman yang mempunyai gejala seperti terinfeksi virus sudah meluas, hampir satu petak lahan terinfeksi, akibatnya sebagian besar tanaman terlihat merah seperti terbakar. Perkiraan presentase kejadian penyakitnya sudah lebih dari 60%. Menurut petani setempat, tanaman wortel tersebut sudah tidak bisa dipanen lagi (gagal panen). Hal tersebut kemungkinan juga dikarenakan faktor lingkungan, saat pengambilan sampel sedang musim kemarau sehingga memicu perkembangan serangga vektor lebih banyak, akibatnya infeksi virus segera meluas.

19 Gejala penyakit pada tanaman wortel yang terlihat di lapangan tidak semua disebabkan oleh PeVYV. Beberapa faktor seperti virus lain atau faktor lingkungan mungkin adalah penyebabnya. Faktor yang mempengaruhi perkembangan tanaman antara lain faktor biotik dan faktor abiotik. Faktor biotik meliputi organisme pengganggu tanaman (faktor hidup) termasuk virus sedangkan faktor abiotik adalah faktor lingkungan (faktor tidak hidup). 9 Verifikasi Infeksi PeVYV pada Tanaman Wortel yang Memperlihatkan Gejala Penyakit Daun Merah Infeksi virus berhasil diverifikasi dengan menggunakan RT-PCR (Gambar 2). PeVYV merupakan virus RNA utas tunggal (ssrna), oleh karena itu perlu disintesis cdna terlebih dahulu melalui reaksi RT. Verifikasi infeksi PeVYV berhasil dilakukan atau diamplifikasi menggunakan pasangan primer spesifik PeVYV. Hasil visualisasi menunjukan bahwa virus target teramplifikasi sekitar 650 basepair (bp) sesuai dengan yang disebutkan dalam Rahayuningsih (2013). M C3 C4 C5 C6 C7 L3 L6 L1 L2 L4 G1 G2 G5 G6 G7 (-) ± 650 bp Gambar 2 Hasil reverse transcription-polymerase chain reaction menggunakan primer spesifik PeVYV terhadap sampel tanaman wortel bergejala daun merah yang diperoleh dari Cipanas, Cianjur (C); Lembang, Bandung Barat (L); dan Cikajang, Garut (G); M: Marker DNA 1 Kb; (-): kontrol negatif/tanaman sehat. Berdasarkan hasil RT-PCR, sampel dari ketiga lokasi positif terinfeksi PeVYV. Hal tersebut berarti bahwa PeVYV sudah menyebar di daerah Cipanas, Lembang, dan Cikajang. Sampel dari Cipanas yang positif terinfeksi virus adalah sampel dengan kode C6 (ditandai dengan terlihatnya pita DNA) sedangkan empat lainya tidak terlihat pita DNA. Sampel dari Lembang yang positif adalah sampel dengan kode L2, sedangkan sampel lainya tidak memperlihatkan pita DNA. Hal ini tidak sebanding dengan presentase kejadian penyakit di lapangan. Seperti yang sudah dijelaskan sebelumnya bahwa tidak semua gejala yang muncul akibat infeksi PeVYV, bisa disebabkan penyakit lain seperti CMD atau faktor lainya. Sedangkan sampel dari Cikajang yang positif adalah sampel dengan kode G1, G2, G5, G6, dan G7. Semua sampel dari Cikajang yang dideteksi dengan RT-PCR positif terinfeksi virus. Hal ini sesuai dengan variasi gejala yang diperoleh dari daerah tersebut (lebih banyak dibandingkan sampel dari Cipanas dan Lembang).

20 10 Berdasarkan simptomatologi dan hasil verifikasi dengan RT-PCR, dikonfirmasi bahwa PeVYV telah tersebar di daerah sentra produksi wortel di Jawa Barat. Berdasarkan data bahwa semua sampel tanaman yang dikoleksi dari Cikajang terinfeksi PeVYV, dan hanya sebagian kecil sampel dari Cipanas dan Lembang yang terinfeksi virus, maka dapat diduga bahwa PeVYV mungkin lebih awal masuk ke daerah Cikajang (Garut) kemudian baru menyebar ke daerah produksi wortel yang lain.

21 11 PENUTUP Simpulan PeVYV ditemukan sudah tersebar di daerah sentra produksi wortel di Jawa Barat, yaitu Cipanas (Cianjur), Lembang (Bandung Barat), dan Cikajang (Garut). Berdasarkan jumlah sampel tanaman wortel bergejala daun merah yang terinfeksi PeVYV, diduga bahwa virus ini lebih awal masuk dan menyebar di daerah Cikajang (Garut), kemudian baru menyebar ke daerah lain di Jawa Barat. Saran Perlu dilakukan penelitian tentang kelimpahan serangga vektor terhadap kejadian penyakit dan kehilangan hasil di lapangan.

22 12 DAFTAR PUSTAKA Akin HS Virologi Tumbuhan. Yogyakarta (ID): Kanisius. Amalia AW Hubungan antara kejadian penyakit klorosis dan kerupuk dengan keberadaan dua spesies kutu kebul pada tanaman tomat [thesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. [BPS]Badan Pusat Statistik Luas panen, produksi, dan produktivitas wortel, [Internet]. Jakarta (ID): Badan Pusat Statistik; [diunduh 2013 November 02]. Tersedia pada: Dinas Pertanian Jawa Barat Produksi sayuran [Internet]. Bandung (ID): Dinas Pertanian Jawa Barat; [diunduh 2014 Maret 26]. Tersedia pada: Hasanah IR Identifikasi spesies Polerovirus pada tanaman wortel melalui analisis sekuen nukleotida gen coat protein [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Kurniawati F Karakterisasi dan ekspresi gen coat protein Tomato infectious chlorosis virus pada Escherechia coli [thesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Pasaribu P Analisis pendapatan dan faktor yang mempengaruhi produksi usahatani wortel di Kabupaten Tegal [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. [Puslitbanghorti]Pusat Penelitian dan Pengembangan Hortikultura Budidaya tanaman wortel [Internet]. Jakarta (ID): Departemen Pertanian; [diunduh 2013 November 11]. Tersedia pada: litbang.deptan.go.id/index.php?bawaan=berita/fullteks_berita&id=363. Raccah B and Fereres A Plants virus transmision by insect. Chichester (US): Encyclopedia of Life Sciences (ELS). John Wiley & Sons. Ltd. DOI: / A a pub2. Rahayuningsih T Identifikasi spesies Polerovirus penyebab penyakit klorosis pada tanaman cabai melalui sekuen nukleotida [skripsi]. Dept. Proteksi Tanaman IPB: Bogor. Rahman BB Sejarah dan budidaya wortel [Internet]. Jakarta (ID): Departemen Pertanian; [diunduh 2013 April 6]. Tersedia pada: Suastika G, Hartono S, Nyana IDN, Natsuaki T Laporan pertama tentang infeksi Polerovirus pada tanaman cabai di daerah Bali, Indonesia. J. Fitopatologi Indonesia. 8(5): Yonaha T, Toyosato T, Kawano S, Osaki T Pepper vein yellows virus, a novel luteovirus from bell pepper plants in Japan. Ann. Phytopathol. Soc. Jpn. 61:

23 13 RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Rembang pada tanggal 07 Juli 1992, anak pertama dari dua bersaudara dari pasangan Karjiman dan Suparsi. Tahun 2010 penulis menamatkan sekolah menengah atas di SMA Negeri 2 Rembang, dan pada tahun yang sama diterima di Institut Pertanian Bogor melalui Jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI). Selama belajar di IPB, penulis aktif mengikuti kegiatan-kegiatan kemahasiswaan. Anggota Komunitas Seni Budaya Masyarakat Roempoet ( ), pengurus Himpunan Mahasiswa Proteksi Tanaman (Himasita) ( ), pengurus Entomologi Club ( ). Tahun 2012 penulis magang di Laboratorium Virologi Tumbuhan IPB dan tahun 2013 magang di Balai Penyuluh Pertanian (BPP) Kecamatan Sumber, Kabupaten Rembang, Jawa Tengah. Selain itu, penulis juga pernah menjadi asisten praktikum mata kuliah Entomologi Umum (2013), asisten praktikum mata kuliah Pemanfaatan Pestidisida dalam Proteksi Tanaman (2014), dan menjadi delegasi dalam lomba cerdas cermat se- Indonesia dalam bidang perlindungan tanaman di UNPAD (2014). Selain aktif dibidang kemahasiswaan, penulis juga aktif dibidang Kewirausahaan. Penulis juga pernah didanai oleh DIKTI dalam Program Kreatifitas Mahasiswa bidang Kewirausahaan pada tahun 2013 dengan judul program Dokar Donat Bakar Berbahan Dasar Singkong Upaya Peningkatan Gengsi Singkong sebagai Alternatif Pangan.