UJI PERGANTIAN ANTAR SPESIES INANG Pyricularia grisea ASAL RUMPUT Digitaria ciliaris IKA MADONA PANDIA

Transkripsi

1 UJI PERGANTIAN ANTAR SPESIES INANG Pyricularia grisea ASAL RUMPUT Digitaria ciliaris IKA MADONA PANDIA DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2008

2 ABSTRAK IKA MADONA PANDIA. Uji Pergantian antar Spesies Inang Pyricularia grisea Asal Rumput Digitaria ciliaris. Dibimbing oleh UTUT WIDYASTUTI dan SRI LISTIYOWATI. Penyakit blas merupakan salah satu faktor biotik yang menyebabkan penurunan produksi padi. Beberapa jenis rumput di sekitar pertanaman padi yang terserang blas juga terserang penyakit blas. Penyakit ini disebabkan oleh Pyricularia grisea. Penelitian ini bertujuan mengetahui kemampuan isolat P. grisea asal rumput Digitaria ciliaris yang diambil dari Jasinga Bogor (R14J1) dalam menginfeksi spesies inang yang berbeda, dan mendeteksi perubahan genotipenya menggunakan penanda molekuler SCAR yaitu CUT1 dan PWL2. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat R14J1 mampu menginfeksi padi varietas Kencana bali, Cisokan dan rumput Panicum repens. Isolat 173 asal padi yang digunakan sebagai pembanding, mampu menginfeksi padi varietas Kencana bali dan Cisokan. Bercak pada pada Kencana bali, Cisokan dan Panicum repens yang diinfeksi isolat R14J1kemudian direisolasi. Isolat R14J1 awal memiliki ukuran spora yang berbeda dengan spora hasil reisolasi isolat R14J1 dari padi varietas Kencana bali, Cisokan dan P. repens. Spora isolat R14J1 awal memiliki ukuran yang lebih kecil dibanding spora hasil reisolasi isolat R14J1 dari Kencana bali, Cisokan dan P. repens. Amplifikasi isolat R14J1 awal dengan primer CUT1 menghasilkan fragmen DNA, namun tidak menghasilkan fragmen DNA yang diamplifikasi dengan primer PWL2. Sebaliknya, amplifikasi isolat R14J1 yang direisolasi dari Kencana bali dan Cisokan hanya memiliki fragmen DNA hasil amplifikasi dengan PWL2. Sedangkan isolat R14J1 hasil reisolasi dari P. repens memiliki penanda yang sama dengan isolat R14J1 awal. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa isolat R14J1 mampu menginfeksi padi varietas Kencana bali, Cisokan dan rumput Panicum repens. ABSTRACT IKA MADONA PANDIA. Test of Pyricularia grisea s Host Species Changing from Digitaria ciliaris Grass. Supervised by UTUT WIDYASTUTI and SRI LISTIYOWATI. Blast disease, caused by Pyricularia grisea, was one of biotic factors which decreasing rice production gradually. Blast disease on grasses which grow along rice area, show similar symptoms with rice. The aims of this research were to identifiy the ability of P. grisea from D. ciliaris which originated from Jasinga Bogor (R14J1 isolate) to infect Kencana Bali and Cisokan rice varieties and Panicum repens grass and analyze the genotype of others host by using SCAR molecular markers (CUTI and PWL2). The results showed that R14J1 was infected Kencana bali, Cisokan and P. repens, compare to control 173 isolate was infected Kencana bali and Cisokan only. P. grisea symptoms from Kencana Bali and Cisokan rice varieties and P. repens grass were reisolated. Spore size from R14J1 were smaller than from R14J1 reisolate from Kencana bali, Cisokan and P. repens. SCAR analysis revealed that DNA from both R14J1 isolate and R14J1 reisolated from P. repens, had amplicon from CUT1 primers, but not from PWL2 primers. On the other hand, DNA of R14J1 reisolated from Kencana bali and Cisokan, have amplicon from PWL2 primers only. Base on this result, we concluded R14J1 was able to infect infect Kencana Bali and Cisokan rice varieties and Panicum repens grass.

3 UJI PERGANTIAN ANTAR SPESIES INANG Pyricularia grisea ASAL RUMPUT Digitaria ciliaris IKA MADONA PANDIA Skripsi Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains pada Departemen Biologi DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2008

4 Judul : Uji Pergantian antar Spesies Inang Pyricularia grisea Asal Rumput Digitaria ciliaris Nama : Ika Madona Pandia NIM : G Menyetujui : Pembimbing I, Pembimbing II, (Dr. Ir. Utut Widyastuti, M.Si) (Dra. Sri Listiyowati, M.Si) NIP NIP Mengetahui : Dekan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor Dr. Drh. Hasim, DEA NIP Tanggal Lulus :

5 PRAKATA Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Kuasa, atas segala kasih-nya sehingga penulis dapat menyelesaikan karya ilmiah yang bertema Uji Pergantian antar Spesies Inang Pyricularia grisea Asal Rumput Digitaria ciliaris. Penelitian ini dibiayai oleh Proyek RUT XI atas nama Dr. Ir. Utut Widyastuti, M.Si. Terima kasih penulis ucapkan kepada Dr. Ir. Utut Widyastuti, M.Si dan Dra Sri Listiyowati, M.Si selaku pembimbing yang telah memberikan saran, bimbingan, dan motivasi. Ucapan terima kasih penulis sampaikan kepada Dr. Nisa Rachmania, M.Si selaku panitia karya ilmiah, dan Dr. Ir. R.R Dyah Perwitasari, M.Sc atas saran yang telah diberikan sehingga tulisan ini menjadi lebih baik. Ucapan terimakasih juga penulis sampaikan kepada Bapak, Ibu, Abang, Kakak, Adik, dan Keponakanku atas doa, kasih dan semangat yang diberikan. Terima kasih juga penulis sampaikan kepada teman-teman biologi 40 dan sahabat penulis Besty, Mami, Rut, Sari, Feri, Ria, Max, Ndunk, Kak Cyntia dan Andri atas semangatnya. Ungkapan terima kasih penulis sampaikan juga kepada Pak Joni, Pak Agus dan Pak Edi atas bantuannya. Terimakasih juga kepada rekan-rekan di lab, Zahro, Nyndia, Mba Rina, Mba Ella, Mba Pepi, Mba Popi, Mba Ratna, Mba Ammay, Mba Niken, Mba Ulfa, Mas Firda, Pak Muzuni, Pak Ulung, Pak Hadi, Pak Mulya, Bang Yasir, Bu Yohana, Bu Hanum, Bu Sih, Bu Panca, Bu Puji, Risky, Kak Jaya, Mba Rida, Kak Bahrelfi, dan Kak Hakim atas segala bantuan, semangat serta persahabatan yang hangat. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat bagi ilmu pengetahuan. Amin. Bogor, Juli 2008 Ika Madona Pandia

6 RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Berastagi pada tanggal 29 Juli 1985 dari Ayah Piama Pandia dan Ibu Malem Pagi Br Sinuhaji (alm). Penulis merupakan anak keenam dari delapan bersaudara. Pada tahun 2003 penulis lulus dari SMU N 1 Berastagi dan diterima di Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor, melalui jalur Seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru (SPMB). Selama masa perkuliahan penulis pernah melaksanakan praktik lapang di PT Unggul Mekarsari, Cileungsi, Bogor dengan judul Budidaya Manggis di Taman Wisata Mekarsari, Cileungsi, Bogor.

7 DAFTAR ISI Halaman DAFTAR GAMBAR... viii PENDAHULUAN... 1 Latar Belakang... 1 Tujuan Penelitian... 1 Waktu dan Tempat Penelitian... 1 BAHAN DAN METODE Bahan dan Alat... 1 Metode... 1 Peremajaan Isolat dan Produksi Spora... 1 Uji Kemampuan Infeksi... 2 Reisolasi Spora dan Identifikasi... 2 Analisis Molekuler... 2 HASIL Produksi Spora... 2 Kemampuan Infeksi... 3 Identifikasi Hasil Reisolasi Spora... 3 Analisis Molekuler... 3 PEMBAHASAN... 5 Produksi Spora... 5 Kemampuan Infeksi... 5 Identifikasi Hasil Reisolasi Spora... 6 Analisis Molekuler... 6 SIMPULAN... 6 SARAN... 6 DAFTAR PUSTAKA... 7

8 DAFTAR GAMBAR Halaman 1 Bercak blas daun di hari ke 9 setelah inokulasi dengan isolat P. grisea (R14J1) asal rumput pada padi varietas Kencana bali (A) dan Cisokan (B), serta rumput P. repens (C); Bercak blas daun di hari ke 7 setelah inokulasi dengan P. grisea ras 173 asal padi pada padi varietas Kencana bali (D) dan Cisokan (E). 4 2 Bentuk spora P. grisea: Isolat R14J1 (A) asal rumput, ras 173 asal padi (B), isolat reisolasi hasil inokulasi isolat R14J1 dari daun padi varietas Kencana Bali dan Cisokan, serta rumput P. repens (C, D, dan E), perbesaran 400 X 4 3 Visualisasi hasil amplifikasi DNA cendawan P. grisea berdasarkan primer CUT1 (A) dan PWL 2 (B)... 5