DAFTAR ISI AKSRAK... i KATA PENGANTAR... ii DAFTAR ISI... v DAFTAR TABEL... ix DAFTAR GAMBAR... x DAFTAR LAMPIRAN... xii BAB I PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang... 4 B. Rumusan Masalah... 4 C. Batasan Masalah... 4 D. Tujuan Penelitian... 5 E. Manfaat Penelitian... 6 BAB II KARAKTER BAKTERI A. hydrophila DAN DESKRIPSI IKAN GURAMI (Osphronemus gouramy)... 7 A. Deskripsi Bakteri Aermonas hydrophila... 7 B. Penyakit yang Ditimbulkan Bakteri A. hydrophila... 8 C. Teknik Dasar Biologi Molekular... 10 D. Identifikasi Bakteri A. hydrophila... 13 1. Identifikasi A. hydrophila secara biokimia... 13 a. Uji Rimler-Shotts... 13
b. Pewarnaan Gram... 15 c. Motilitas... 16 d. Uji Oksidasi... 16 e. Uji Oksidatif-Fermentatif... 17 2. Identifikasi A.hydrophila secara Molekular... 17 E. Hubungan Keragaman genotip A. hydrophila dengan Tingkat Patogenisitas... 18 F. Gen Virulen Bakteri A. hydrophila... 21 G. Deskripsi Ikan Gurami (Osphronemus gouramy)... 22 H. Serangan Bakteri A. hydrophila pada Ikan Gurami (Osphronemus gouramy)... 24 BAB III METODE PENELITIAN... 25 A. Jenis Penelitian... 25 B. Populasi dan Sampel... 25 C. Waktu dan Lokasi Penelitian... 25 D. Alat dan Bahan... 25 E. Prosedur Penelitian... 26 1. Sterilisasi Alat dan Bahan... 26 2. Isolasi Bakteri dari Air Kolam... 26 3. Identifikasi Bakteri Isolat AKS... 26 a. Identifikasi secara Biokimia... 27 1) Uji Rimler-Shotts... 27 2) Motilitas... 27
3) Uji Oksidasi... 27 4) Pewarnaan Gram... 27 5) Uji Oksidatif-fermentatif... 28 b. Idetifikasi secara Biologi Molekuler... 29 1) Isolasi DNA... 29 2) Mengukur Konsentrasi DNA... 31 3) Amplifikasi Gen Spesifik Bakteri A. hydrophila... 31 4. Deteksi Gen Virulen... 33 5. Elektroforesis Hasil PCR Gen Spesifik dan Gen Virulen A. hydrophila... 35 6. Cryoreservasi... 35 7. Pembuatan Kurva Tumbuh dan Kurva Baku Bakteri A. hydrophila Isolat AKS... 35 a. Kurva Tumbuh Bakteri A. hydrophila Isolat AKS... 35 b. Penentuan Umur Inokulum Bakteri A. hydrophila Isolat AKS... 36 c. Kurva Baku Bakteri A. hydrophila Isolat AKS... 38 8. Aklimasi Ikan Gurami (Osphronemus gouramy)... 39 9. Deteksi Hemolisis dan Revirulensi Bakteri A. hydrophila... 40 10. Uji Patogenisitas Bakteri A. hydrophila pada Ikan Gurami (Osphronemus gouramy)... 41 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN... 44 A. Isolasi Bakteri dari Air Kolam Sukabumi... 44
B. Identifikasi Bakteri Isolat AKS... 46 1. Identifikasi Bakteri Isolat AKS secara Morfologi dan Biokimia... 46 a. Uji Rimler-Shotts... 46 b. Pewarnaan Gram... 47 c. Motilitas... 48 d. Uji Oksidasi... 49 e. Uji Oksidastif-Fermentaif... 50 2. Identifikasi Bakteri Isolat AKS secara Biologi Molekular... 51 a. Konsentrasi DNA... 51 b. Elekteroforesis Hasil PCR Gen Spesifik A. hydrophila... 52 C. Ekelektroforesis Gen Virulen Bakteri A. hydrophila... 54 D. Kurva Tumbuh dan Kurva Baku Bakteri A. hydrophila... 57 1. Kurva Tumbuh Bakteri A. hydrophila Isolat AKS... 57 2. Penentuan Umur Inokulum... 58 3. Kurva Baku Bakteri A. hydrophila Isolat AKS... 59 E. Deteksi Hemolisis dan Revirulensi Bakteri A. hydrophila... 60 F. Uji Patogenisitas Bakteri A. hydrophila pada Ikan Gurami (Osphronemus gouramy)... 62 BAB V KESIMPUALAN DAN SARAN... 69 A. Kesimpulan... 69 B. Saran... 69 DAFTAR PUSTAKA... 70 LAMPIRAN... 76
DAFTAR TABEL Tabel Halaman 2.1 Karakter Gel Agarosa.... 12 2.2 Karakteristik Koloni Mikroorganisme yang dapat Tumbuh dalam Medium Rimler-Shotts... 14 2.3 Interpretasi Hasil Uji Oksidatif-Fermentatif.... 17 3.1 Komposisi Reaksi Amplifikasi Gen Spesifik A. hydrophila.... 32 3.2 Komposisi Reaksi Amplifikasi Gen Virulen A. hydrophila... 33 4.1 Jumlah Koloni Kuning dari Air Kolam Sukabumi pada Medium Rimler-Shotts... 46 4.2 Hasil Identifikasi Bakteri Isolat AKS (SNI, 2009)... 53 4.3 Hasil Spektrofotometri DNA Bakteri A. hydrophila... 53 4.4 Data Laju Pertumbuhan Spesifik Bakteri A. hydrophila Isolat AKS... 61 4.5 Hasil Pengamatan Jumlah Total Persentase Ikan Gurami yang Mati dari 0-96 Jam pada Berbagai Konsentrasi 62 4.6 Hasil Pengamatan Morfologi Ikan Gurami yang Mati Selama Pengamatan.... 63 4.7 Data Hasil Presentase Jumlah Ikan Gurami Yang Mati Untuk Penghitungan LD 50. 65
DAFTAR GAMBAR Gambar Halaman 2.1 Bakteri A. hydrophila... 8 2.2 Ikan Mas (Cyprinus carpio) yang Terserang A. hydrophila, Menyebabkan Penonjolan Sisik Ikan... 9 2.3 Ikan Mas (Carassius auratus) yang Terserang A. hydrophila, Menyebabkan Pembengkakan Pada Tubuh Ikan... 9 2.4 Ikan (Alosa sapidissima) yang terserang bakteri A. hydrophila.... 9 2.5 Proses Perbanyakan DNA dalam Mesin PCR... 11 2.6 Bakteri A. hydrophila pada Medium Rimler-Shotts... 14 3.1 Program Suhu PCR yang Digunakan dalam Proses Amplifikasi Gen Spesifik A. hydrophila... 32 3.2 Program Suhu PCR pada Proses Amplifikasi Gen act, alt, dan ast... 34 3.3 Program Suhu PCR pada Proses Amplifikasi Gen AerA.... 34 3.4 Proses Revirulensi Bakteri A. hydrophila Isolat AKS.. 40 3.5 Persamaan Kurva Baku A. hydrophila Isolat AKS... 41 3.6 Proses Pembuatan Dosis Penyuntikan... 42 4.1 Hasil Plate Count AKS... 44
4.2 Hasil Uji Rimler-Shotts... 49 4.3 Pewarnaan Gram... 50 4.4 Hasil Motilitas... 51 4.5 Hasil Uji Oksidasi... 51 4.6 Hasil Uji Oksidatif-Fermentatif... 52 4.7 Hasil Elektroforesis Gen Spesifik Bakteri A. hydrophila... 55 4.8 Hasil Elektroforesis Gen Virulen aera, act, alt, dan ast... 57 4.9 Kurva Tumbuh Bakteri A. hydrophila Isolat AKS... 60 4.10 Kurva Baku Bakteri A. hydrophila Isolat AKS... 60 4.11 A. hydrophila Isolat AKS yang Diinokulasikan pada Medium Blood Agar... 61 4.12 Foto Ikan Hasil Perlakuan dan Kontrol... 65
DAFTAR LAMPIRAN Lampiran Halaman 1. Protokol Pembuatan Medium Dan Larutan... 76 2. Daftar Alat Dan Bahan... 82 3. Data Kurva Tumbuh Dan Kurva Baku... 85 4. Cara Pembuatan Dosis Penyuntikan... 86 5. Hasil Dokumentasi Proses Aklimasi DanPenyuntikan Ikan Gurami... 87 6. Hasil Dokumentasi Ikan Gurami Yang Mati Pada Perlakuan... 89