NOTULENSI DISKUSI PHARM-C. Hari, tanggal : Sabtu, 23 Juli 2017 : WIB Tempat : Online (LINE Grup Pharm-C Kloter 1)

Transkripsi

1 NOTULENSI DISKUSI PHARM-C Hari, tanggal : Sabtu, 23 Juli 2017 Waktu : WIB Tempat : Online (LINE Grup Pharm-C Kloter 1) Pemateri : Anis Fitriani Tema Diskusi : Isolasi dan Pemanfaatan Bakteri Endofit Moderator : Hudiya Syadida Notulis : Devi Nathania Time keeper : Rosikh Ruhul Jumlah Peserta : 12 orang Pokok Bahasan : 1. Pemaparan materi diskusi 2. Diskusi (1 termin) Isi Pemaparan Materi : Tumbuhan tidak bersifat steril, melainkan ada mikroorganisme seperti bakteri dan jamur yang tumbuh pada jaringan tumbuhan (disebut mikroorganisme endofit). Adanya mikroorganisme tersebut tidak merugikan tumbuhan inang, melainkan membawa beberapa manfaat seperti melindungi tumbuhan inang dari parasit. Fakta ini memunculkan ide bahwa bakteri endofit memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai antibiotik, terutama bagi bakteri-bakteri yang telah resisten terhadap antibiotik tertentu. Untuk keperluan pengembangan bakteri endofit, diperlukan tahap isolasi dari tumbuhan inang terlebih dahulu. Berikut tahapan isolasi bakteri endofit dari tumbuhan

2 Dipilih tanaman yang akan diambil bakteri endofitnya, bagian tanaman dicuci Bagian tanaman dipotong 2-3 cm, direndam dalam aquadest Permukaan bagian didisinfeksi dengan alkohol 70% selama 30 detik dan HgCl 2 selama 2 menit Potongan direndam dalam aquadest, lalu dikeringkan Dipotong melintang dan diletakkan pada medium yang sesuai. Medium NA untuk bakteri dan medium PDA untuk fungi Dilakukan inkubasi pada suhu 25 o C hingga tumbuh bakteri/fungi Gambar 1 Media yang Telah Ditumbuhi Bakteri Endofit Setelah diisolasi, dilakukan uji aktivitas bakteri. Hal ini perlu dilakukan karena dalam suatu jaringan tumbuhan, mungkin terdapat lebih dari 1 bakteri. Oleh karena itu dilihat bakteri dengan aktivitas yang dinilai bagus untuk diidentifikasi lebih lanjut. Sebagai contoh dalam jurnal, terdapat 34 bakteri isolat. Dari 34 bakteri isolat, hanya 2 bakteri yang diidentifkasi karena menunjukkan aktivitas paling baik ( bakteri nomor 6 dan 33 )

3 Gambar 2 Tabel Uji Aktivitas 34 Bakteri Isolat Bakteri yang telah tumbuh dalam media selanjutnya diidentifikasi. Terdapat 3 teknik identifikasi bakteri endofit yaitu analisis biokimi, analisis DNA dengan PCR, dan analisis mikroskopik. Pada analisis biokimia, dilakukan pengujian terhadap endospora, hasil fermentasi, dan bagian lain dari bakteri. Analisis ini hanya dapat membedakan antara bakteri gram positif dan bakteri gram negatif.

4 Gambar 3 Tabel Analisis Biokimia Untuk analisis DNA dengan PCR, tahap awal dimulai dengan isolasi DNA bakteri. Tahap isolasi DNA bakteri dapat dilakukan dengan 3 teknik. 1. Pelisisan sel. Teknik ini menggunakan nuclei lysis solution yang dicampurkan dengan bakteri isolat dan diinkubasi. 2. Degradasi RNA dan presipitasi protein. Pada teknik ini, bakteri dicampurkan dengan RNAase dan dinkubasi. Kemudian ditambahkan protein precipitation solution, dilakukan vortex, dan disentrifugasi. 3. Presipitasi dan pelarutan DNA. Supernatan hasil presipitasi protein dihomogenkan dengan isopropanol dan disentrifugasi kembali. Endapan dikerinkan dan ditambahkan DNA rehidration solution, lalu diinkubasi dan disimpan. Setelah dilakukan isolasi DNA bakteri, maka analisis dilanjutkan pada tahap penambahan larutan dapar, primer DNA, MgCl, dntp, dan DNA polimerase. Kemudian dlakukan amplifiaksi dengan PCR dan hasil PCR dianalisis dengan metode elektroforesis. Digunakan dapat TAE dan gel agarosa sebagai sistem elektroforesis. Elektroforesis DNA hasil amplifikasi PCR dilakukan dalam tahapan berikut: 1. Gel agarosa dipanaskan dalam microwave hingga transparan, dan kemudian didiamkan hingga memadat.

5 2. Gel agarosa diletakkan dalam chamber dan ditambahkan dapar TAE. 3. Ditambahkan DNA sampel dan loading dye pada gel agarosa. 4. Alat elektroforesis diberi arus listrik 100V selama 30 menit. DNA akan bergerak dari muatan positif ke negatif. Gambar 4 Gel Agarosa Hasil Elektroforesis Analisis bakteri endofit yang ketiga adalah analisis mikroskopik. Pada analisis ini bakteri secara langsung dianalisis dengan bantuan mikroskop. Gambar 5 Analisis Mikroskopik Bakteri Endofit

6 SESI DISKUSI Pertanyaan 1 ( David Wijaya ) 1. Apakah ada cara identifiaksi bakteri yang lain selain dengan PCR? 2. Pada tahap identifikasi dengan PCR, dapar yang digunakan adalah TAE atau TEA? 3. Bagaimana cara mengisolasi DNA bakteri saat akan dilakukan identifikasi dengan PCR? Jawaban Pertanyaan 1 ( Anis Fitriani ) 1. PCR menjadi metode paling menguntungkan karena bersifat spesifik pada DNA bakteri tertentu. Selain 3 metode identifikasi yang telah dibahas, pemateri belum mendapatkan referensi lain. 2. Pada identifikasi dengan PCR digunakan dapar TAE (Tris HCl EDTA) 3. Ada 3 cara isolasi DNA bakteri seperti yang telah dipaparkan yaitu lisis sel, degradasi RNA dan presipitasi protein, serta presipitasi dan pelarutan DNA. Pertanyaan 2 ( Hilza ) 1. Apakah pada tahap isolasi bakteri dari tanaman perlu dilakukan proses ekstraksi tanaman atau proses lainnya? 2. Bagaimana tahap pemilihan tanaman yang akan digunakan? Jawaban Pertanyaan 2 ( Anis Fitriani ) 1. Tidak diperlukan ekstraksi tanaman. Cukup dengan pencucian tanaman dan pemotongan bagian tanaman. Potongan didesinfeksi dan diletakkan pada media. 2. Pemilihan tanaman bisa secara acak maupun dengan tanaman yang telah diteliti memiliki aktivitas antibakteri. Tanggapan Pertanyaan 2 ( Gusti Rizaldi ) 1. Isolasi bakteri endofit hanya menggunakan potongan kecil tanaman tetapi jamu di pasaran masih dianggap tidak ramah lingkungan karena menggunakan bagian tanaman. Bagaimana pendapat pemateri terhadap pernyataan tersebut? 2. Apakah kekurangan bakteri endofit jika dibandingkan obat herbal yang telah melewati banyak proses seperti pengumpulan bahan, pencucian, dsb?

7 Tanggapan Pertanyaan 2 ( Anis Fitriani ) 1. Tidak amannya jamu mungkin disebabkan senyawa toksik yang belum dapat dihilangkan selama proses pengolahan jamu. 2. Metode pemanfaatan bakteri endofit hanya digunakan untuk penemuan antibiotik baru sehingga tidak dapat langsung digunakan. Pertanyaan 3 ( Anggun N.S. ) 1. Dalam jurnal dijelaskan bahwa bakteri endofit diisolasi dari 3 lokasi berbeda. Apakah ada penelitian lebih lanjut terkait lokasi yang paling optimal dalam menghasilkan bakteri endofit? Apakah aktivitas bakteri endofit dipengaruhi oleh tempat tumbuh tanaman? 2. Dalam jurnal disebutkan bakteri isolat nomor 6 dan 33 memiliki aktivitas paling baik. Parameter apa yang digunakan sehingga kedua bakteri tsb. dianggap lebih baik aktivitasnya dibandingkan bakteri lainnya? Jawaban Pertanyaan 3 ( Anis Fitriani ) 1. Dalam jurnal tidak disebutkan lokasi mana yang menghasilkan bakteri endofit paling baik. 2. Isolat nomor 33 dianggap baik karena dapat menghambat pertumbuhan 6 jenis fungi. Sedangkan isolat nomor 6 ( sebagai perwakilan isolat nomor 5,7,8, dst) dianggap baik karena dapat menghambat pertumbuhan 4 jenis fungi ( pada tabel ). Tanggapan Pertanyaan 3 ( Anggun N.S. ) 1. Karena isolat nomor 6 menjadi perwakilan, pakah berarti isolat 5,7,8, dst memiliki aktivitas yang optimal? 2. Isolat nomor 23 memiliki aktivitas negatif pada 2 faktor ( sama dengan isolat nomor 6). Mengapa isolat nomor 23 tidak dikatakn optimum? Tanggapan Pertanyaan 3 ( Anis Fitriani ) 1. Aktivitas isolat 5,7,8, dst juga optimum seperti isolat Berdasarkan penjelasan peneliti, isolat 6 menghambat pertumbuhan 5 fungi ( pada tabel hanya ditulis 4). Sedangkan isolat 23 hanya menghambat pertumbuhan 4 jenis fungi. Dengan demikian isolat 6 lebih optimal dibandingkan isolat 23.