dokumen-dokumen yang mirip
II. BAHAN DAN METODE

ANALISIS RAGAM GENOTIP RAPD DAN FENOTIP TRUSS MORFOMETRIK TIGA POPULASI IKAN GABUS Channa striata (Bloch, 1793) TIA OKTAVIANI

III. HASIL DAN PEMBAHASAN

KARAKTERISTIK FENOTIPE MORFOMERISTIK DAN KERAGAMAN GENOTIPE RAPD (RANDOMLY AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA) IKAN NILEM (Osteochilus hasselti) DI JAWA BARAT

EVALUASI RAGAM GENETIK IKAN NILA HASIL SELEKSI BEST F4, F5 DAN NIRWANA II BERDASARKAN ANALISIS RAPD DAN TRUSS MORFOMETRIK PENI PITRIANI

III. HASIL DAN PEMBAHASAN M

III. HASIL DAN PEMBAHASAN

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK BEBERAPA POPULASI IKAN BATAK (Tor soro) DENGAN METODE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA (RAPD) 1

II. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR

KARAKTERISASI FENOTIPE DAN GENOTIPE TIGA POPULASI IKAN TENGADAK, Barbonymus schwanenfeldii

VARIASI GENETIK HIBRIDA IKAN GURAME DIANALISIS DENGAN MENGGUNAKAN MARKER RAPD

RAGAM GENOTIPE IKAN TENGADAK, Barbonymus schwanenfeldii (Bleeker 1854) PERSILANGAN POPULASI JAWA DAN KALIMANTAN BERDASARKAN RAPD

VARIASI GENETIK HASIL PERSILANGAN NILA BEST DENGAN RED NIFI DAN NIRWANA MENGGUNAKAN PENANDA RAPD

KARAKTERISIK FENOTIP MORFOMETRIK DAN GENOTIP RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) IKAN BETOK Anabas testudineus (Bloch, 1792) ULFAH FAYUMI

KARAKTERISTIK GENETIK ENAM POPULASI IKAN NILEM (Osteochilus hasselti) DI JAWA BARAT

Keragaman genotipe dan morfometrik ikan tengadak Barbonymus schwanenfeldii (Bleeker 1854) asal Sumatera, Jawa, dan Kalimantan

HASIL DAN PEMBAHASAN

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

BAB I PENDAHULUAN. A. Latar Belakang. Ikan lele merupakan salah satu jenis ikan air tawar yang memiliki 3 pasang

KARAKTERISTIK GENOTIPE HIBRIDA HUNA BIRU (Cherax albertisii) DENGAN HUNA CAPITMERAH (Cherax quadricarinatus)

HASIL DAN PEMBAHASAN

Loka Riset Pemuliaan dan Teknologi Budidaya Perikanana Air Tawar Jl. Raya Sukamandi No. 2, Subang

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Kalimantan Tengah

3. METODE PENELITIAN

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN

Otong Zenal Arifin, Estu Nugroho dan Rudhy Gustiano Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Jl. Sempur No. 1, Bogor

MATERI DAN METODE Waktu dan Tempat Materi Sapi Perah FH

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode

KARAKTERISASI RAGAM GENETIK IKAN SEPAT (Trichogaster pectoralis) BERDASARKAN ANALISIS RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA) DAN MORFOMETRIK

Keragaman Molekuler pada Tanaman Lili Hujan (Zephyranthes spp.) Molecular Variance in Rain Lily (Zephyranthes spp.)

Irin Iriana Kusmini, Rudy Gustiano, dan Mulyasari. Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Jl. Raya Sempur No. 1, Bogor

HERITABILITAS, RESPON SELEKSI DAN GENOTIP DENGAN RAPD PADA IKAN NILA F3 (Oreochromis niloticus)

Mahasiswa Pascasarjana Institut Pertanian Bogor 2 Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

KERAGAMAN TIGA POPULASI IKAN TAMBAKAN (Helostoma temminckii) DENGAN METODE RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA) DAN KARAKTER MORFOMETRIK

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

BAB III METODE PENELITIAN

ABSTRAK Polimorfisme suatu lokus pada suatu populasi penting diketahui untuk dapat melihat keadaan dari suatu populasi dalam keadaan aman atau

HASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%.

SKRIPSI. ANALISIS POPULASI GENETIK PASAK BUMI (Eurycoma longifolia Jack) BERDASARKAN PENANDA RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

BAB I PENDAHULUAN. negara kepulauan yang terdiri dari tujuh belas ribu pulau. Pulau yang satu dengan

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK MUTAN JARAK PAGAR (Jatropha curcas L.) HASIL PERLAKUAN MUTAGEN KOLKISIN BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER RAPD

HASIL DAN PEMBAHASAN

LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA

PENENTUAN VARIASI GENETIK IKAN BATAK (Tor soro) DARI SUMATERA UTARA DENGAN METODE ANALISIS RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA (RAPD)

PENDAHULUAN. Keragaman genetik ikan endemik butini... (Jefry Jack Mamangkey)

MATERI DAN METODE. Materi. Tabel 1. Sampel Darah Sapi Perah dan Sapi Pedaging yang Digunakan No. Bangsa Sapi Jenis Kelamin

Gambar 5. Hasil Amplifikasi Gen Calpastatin pada Gel Agarose 1,5%.

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode

SKRIPSI. Oleh: ROSLINA HULU / AGROEKOTEKNOLOGI-BPP

III. MATERI DAN METODE. Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim

BAB III METODE PENELITIAN

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

BAB III METODE PENELITIAN

LAMPIRAN. Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer

BAB III BAHAN DAN METODE

SELEKSI PRIMER UNTUK ANALISIS KERAGAMAN GENETIK JENIS BITTI (Vitex coffassus)

I. PENDAHULUAN. Management of Farm Animal Genetic Resources. Tujuannya untuk melindungi dan

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7

METODE PENELITIAN. Tabel 1 Sampel yang digunakan dalam penelitian

HASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 10. Hasil ekstraksi DNA daun

BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat

FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI

SELEKSI YANG TEPAT MEMBERIKAN HASIL YANG HEBAT

MATERI DAN METODE. Materi

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK KAYU AFRIKA (Maesopsis eminii Engl.) BERDASARKAN PENANDA RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD) YULISTIA WULANDARI

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4

I. PENDAHULUAN. Jenis kelamin menjadi salah satu studi genetik yang menarik pada tanaman

I. PENDAHULUAN. Fauna (CITES), P. pruatjan masuk ke dalam daftar Appendix I yang dinyatakan

KERAGAMAN GENETIK POPULASI INDUK ABALONE (Haliotis diversicolor) ASAL SELAT BALI DENGAN MENGGUNAKAN PENANDA Random Amplified Polimorphic DNA (RAPD)

BAB III METODE PENELITIAN

ABSTRACT. Genetic Relationship offour DwarfCoconut Populations Based on RAPD (Ram/QmA""lijkdPolymoT]Jhic DNA) SALEHA HANNUM

BAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel

KARAKTERISTIK FENOTIPE MORFOMERISTIK DAN KERAGAMAN GENOTIPE RAPD (RANDOMLY AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA) IKAN NILEM (Osteochilus hasselti) DI JAWA BARAT

METODE. Materi. Tabel 1. Jumlah Sampel DNA yang Digunakan dan Asal Pengambilan Sampel Darah.

515 Keragaan pertumbuhan benih Cherax... (Irin Iriana Kusmini)

BAB I PENDAHULUAN. Indonesia merupakan salah satu negara tropis dan diketahui memiliki level

KERAGAMAN GENETIK IKAN KELABAU PADI (Osteochilus schlegeli Blkr) ASAL PERAIRAN UMUM KALIMANTAN BARAT BERDASARKAN ANALISIS KARAKTER MORFOMETRIK

GARIS BESAR PROGRAM PEMBELAJARAN (GBPP)

BAB III METODE PENELITIAN

KERAGAMAN GENETIK AREN ASAL SULAWESI TENGGARA BERDASARKAN MARKA RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA

III. BAHAN DAN METODE

BAB I PENDAHULUAN. Eleotridae merupakan suatu Famili ikan yang di Indonesia umum dikenal

KERAGAMAN GENETIK NILAM (Pogostemon cablin Benth) YANG DIBUDIDAYAKAN DI BALI BERDASARKAN MARKA RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD)

II. MATERI DAN METODE. Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di

ANALISIS VARIASI GENOTIPE IKAN KELABAU (Osteochilus kelabau) DENGAN METODE MITOKONDRIA-RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (RFLP)

BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan Metode Isolasi C. gloeosporioides dari Buah Avokad

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu

BAB III METODE PENELITIAN

DAFTAR ISI ABSTRAK KATA PENGANTAR. DAFTAR GAMBAR DAFTAR LAMPIRAN.

bio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian

BAB I PENDAHULUAN. Famili Columbidae merupakan kelompok burung dengan ciri umum tubuh

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Indonesia

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. mahoni dan mimba. Hasil seleksi primer yang dilakukan terhadap 13 primer spesifik dari

II. METODOLOGI. a) b) Gambar 1 a) Ikan nilem hijau ; b) ikan nilem were.

HALAMAN JUDUL HALAMAN PENGESAHAN PERNYATAAN KEASLIAN PENULISAN PRAKATA DAFTAR ISI DAFTAR GAMBAR DAFTAR TABEL DAFTAR LAMPIRAN INTISARI ABSTRACT BAB I

JMHT Vol. XV, (3): , Desember 2009 Artikel Ilmiah ISSN:

4. HASIL DAN PEMBAHASAN

Transkripsi:

ANALISIS RAGAM GENOTIP RAPD DAN FENOTIP TRUSS MORFOMETRIK PADA TIGA POPULASI IKAN GABUS [Channastriata(Bloch, 1793)]* [Analysis of Genotype Variation and Truss Morphometricof Three Populations of Snakehead Fish [Channa striata (Bloch, 1793)] Rudhy Gustiano 1, Tia Oktaviani 2, Dinar Tri Soelistyowati 3, Irin Iriana Kusmini 4,Wahyutomo 4 dan Gleni Hasan Huwoyon 4 1 Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Budidaya Laut, Gondol, Bali; 2 Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan-IPB, Bogor; 3 Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Tawar, Bogor; 4 Balai Budidaya Air Tawar Mandi Angin, Kalimantan Selatan E-mail: rgustiano@yahoo.com ABSTRACT In order to manage genetic resources for aquaculture development of snakehead fishchannastriata(bloch, 1793), genetic variability of three populations from different geographical areas is needed to be understood. The purpose of this study was to identify the genotype and fenotype of snakehead fish from Jawa, Sumatera and Kalimantan using RAPD and Truss morphometric. RAPD method used OPA-02, OPA- 04 and OPA-07 primers. While twenty one measurement of truss morphometric was done on the body of fish observed. The results showed that population from Java had higher percentage of polymorphism and heterozygosity than those of Sumatera and Kalimantan, accounted for 83.33% and 0.3655 respectively. Population from Kalimantan and Sumatera had the lowest genetic distance of 0.1170. Meanwhile, the highest genetic distance (0.1908) was observed between population from Kalimantan and Java. Interpopulation relation based on the similarity of truss morphometric population from Sumatera and Kalimantan was 50%. However, those populations had similarity of 24.96% with population from Java. Coefficient variation of morphometric data showed that variation of population from Kalimantan was higher than those of Jawa and Sumatera. Key words: RAPD, morphometric, snakehead fish, Channa ABSTRAK Dalam rangka pengelolaan sumber genetik jangka panjang dan pengembangan budidaya untuk kelestarian ikan gabus{channastriata (Bloch, 1793)} maka evaluasi sumber daya genetik populasi berdasarkan lokasi geografis perlu dilakukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman genotip dan fenotip ikan gabus yang berasal dari Pulau Jawa, Sumatera dan Kalimantan menggunakan metode RAPD dan truss morfometrik. Metode dilakukan dengan mengukur 21 karakter pada tubuh ikan yang diamati. Hasil yang diperoleh memperlihatkan bahwa ikan gabus Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas yang lebih tinggi dibandingkan populasi dari Sumatera dan Kalimantan, yaitu sebesar 83,33% dan 0,3655. Populasi Kalimantan dengan Sumatera memiliki nilai jarak genetik paling rendah yaitu sebesar 0,1170. Sedangkan nilai jarak tertinggi adalah antara populasi Kalimantan dan Jawa yaitu sebesar 0,1908. Hubungan interpopulasi berdasarkan kemiripan pengukuran truss morfometrik dari populasi Sumatera dan Kalimantan mencapai 50%. Tingkat kemiripan populasi Jawa dengan Sumatera dan Kalimantan adalah sebesar 24,96%. Koefisien keragaman fenotip morfometrik populasi Kalimantan memiliki nilai yang lebih tinggi dibandingkan dengan populasi dari Jawa dan Sumatera. Kata kunci: RAPD, morfometrik, ikan gabus, Channa PENDAHULUAN Channa striata (Bloch, 1793) yang dikenal dengan beberapa nama lokal seperti gabus, haruan, gapo, delek atau jilo adalah salah satu ikan asli perairan Indonesia yang merupakan ikan konsumsi penting. Ikan gabus ini bernilai ekonomis. Di daerah Banjar, Kalimantan Selatan, harga ikan gabus ini berkisar Rp 25.000 Rp 60.000 per kilogram (Bijaksana, 2010). Tingginya harga ikan gabus tidak lepas dari tradisi dan adat masyarakat di Kalimantan untuk mengkonsumsi ikan ini. Selain itu,analisa daging ikan gabus menyatakan bahwa kandungan proteinnya hingga 70% dan albumin sebesar 21%. Menurut Shafri dan Abdul (2012), kandungan albumin yang tinggi dapat mempercepat proses penyembuhan luka, ketahanan tubuh, anti nyeri, anti jamur dan anti bakteri. Untuk kegiatan budidaya, ikan gabus sudah sejak lama dipelihara di Kalimantan, Sumatera, serta Sulawesi dengan cara membesarkan benih dari alam. Sedangkan upaya pembenihannya secara terkontrol kini telah dilakukan di lahan gambut Pulang Pisau, Kalimantan Tengah. Dalam rangka pengelolaan sumber genetik jangka panjang dan pengembangan *Diterima: 02 Agustus 2013 - Disetujui: 06 Oktober 2013 325

Gustiano et al. -Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa striata budidaya untuk kelestarian ikan gabus maka evaluasi sumber daya genetik populasi ikan gabus berdasarkan lokasi geografis perlu dilakukan. Keragaman genet ik m empengaruhi kemampuan adaptasi suatu populasi dalam merespon perubahan lingkungan untukdapat hidup, baik dihabitat asli maupun di luar lingkungan alaminya. Populasi dengan keragaman genetik yang tinggi memiliki peluang hidup yang lebih tinggi, karena banyak alternatif gen atau kombinasi gen yang tersedia untuk merespon perubahan kondisi lingkungan yang dihadapi (Dunham, 2011). Informasi keragaman sumber daya genetik suatu populasi merupakan titik tolak dalam melakukan program budidaya yang lestari melalui program pemuliaan. Random Amplified Polymhorpic DNA (RAPD) melalui teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah salah satu carauntuk mengetahui ragam genotip (Dunham, 2011). Metode RAPD memiliki beberapa keunggulan diantaranya mampu mendeteksi sekuen nukleotida hanya dengan menggunakan satu primer, polimorfismenya tinggi, dan dapat digunakan tanpa mengetahui latar belakang genom sebelumnya. Keragaman genetik dapat pula diidentifikasi berdasarkan variasi fenotip morfologi diantaranya dengan metode truss morfometrik (Booksteinet al., 1985). Informasi dan data morfologi tetap dibutuhkan karena dapat dijadikan marka yang dapat dilihat secara langsung dan mudah dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genotip dan fenotip ikan gabus yang berasal dari Pulau Jawa, Sumatera, dan Kalimantan menggunakan metode RAPD dan truss morfometrik. BAHAN DAN CARA KERJA Ikan gabus yang digunakan pada penelitian ini berasal dari Pulau Jawa (Parung), Sumatera (Jambi), dan Kalimantan Selatan (Banjar). Jumlah sampel yang digunakan untuk analisis RAPD adalah sebanyak 10 ekor setiap populasi. Sedangkan untuk pengukuran karakteristik morfometrik, jumlah sampel yang digunakan sebanyak 22 ekor untuk populasi gabus Jawa, 14 ekor untuk Sumatera, dan 30 ekor untuk Kalimantan. Ekstraksi DNA menggunakan sirip ikan sebanyak 5-10 mg dibilas dengan akuades sebanyak dua kali dan dikeringkan dengan kertas pengering. Sirip dimasukkan ke dalam tabung eppendorf 1,5 ml, dilisis dengan menambahkan larutan urea sebanyak 500 μl dan protein kinase (K) 10 μl, kemudian divortex hingga homogen dan diinkubasi pada suhu 37 C selama 24 jam atau sampai sirip hancur. Setelah diinkubasi, ditambahkan larutan phenol: chloroform: isoamilalkohol (PCL) dengan perbandingan 25:24:1 sebanyak 1000 μl, divortex dan disentrifugasi dengan kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit. Supernatan yang terbentuk dipindahkan ke dalam tabung baru dan ditambahkan etanol 90% sebanyak 1000 μl dan Na-asetat sebanyak 10 μl yang kemudian divortex dan disentrifugasi dengan kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit. Setelah disentrifugasi, supernatan dibuang dan pellet DNA dikering anginkan hingga etanol menguap. Terakhir pellet DNA dilarutkan dengan menambahkan rehydration solution atau TE-EDTA buffersebanyak 100 μl. Selanjutnya, DNA disimpan pada suhu 2-8 C. Proses amplifikasi DNA dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) diawali dengan seleksi primer. Pengujian primer OPA-02, OPA-03, OPA-04, OPA-07, OPA-11, OPA-20, dan OPC-05 dengan PCR melalui pre denaturasi 94ºC selama 5 menit, denaturasi suhu 94ºC selama 40 detik, annealing 35ºC selama 1 menit, elongasi 72ºC selama 2 menit, elongasi akhir 72 ºC selama 7 menit, dan proses penstabilan 4ºC selama 3 menit. Proses PCR berlangsung sebanyak 40 siklus (Hassanien et al., 2004). Hasil PCR memperlihatkan bahwa OPA-02, OPA-04, dan OPA-07 menghasilkan amplifikasi DNA lebih banyak dibandingkan primer-primer yang lain. Tabel 1. Deskripsi sekuen primer RAPD pada amplifikasi DNA ikan gabus. Primer Urutan Basa (5-3 ) OPA-02 GAAACGGGTG OPA-04 AATCGGGCTG OPA-07 TGCCGAGCTG 326

Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan metode PCR dengan komposisi bahan 1 μl DNA template, 1 μl primer, 10,5 μl akuades,dan 12,5 μl taq polymerase dengan volume total sebanyak 25 μl. Setelah itu semua bahan divortex dan disentrifus lalu dimasukkan ke dalam mesin TAKARA PCR Thermal Cycler TP650. Gambar 1. Pengukuran karakter truss morfometrik Tabel 2. Deskripsi 21 karakter truss morfometrik ikan gabus No Bidang Truss Kode Deskripsi Jarak 1 Kepala A1 Ujung mulut bagian atas - bagian akhir tulang kepala 2 A2 Ujung mulut bagian atas - ujung bawah operculum 3 A3 Ujung bawah operculum - awal sirip perut 4 A4 Bagian akhir tulang kepala - awal sirip perut 5 A5 Ujung mulut bagian atas - awal sirip perut 6 A6 Ujung bawah operculum - bagian akhir tulang kepala 7 Tengah Tubuh B1 Bagian akhir tulang kepala - awal sirip punggung 8 B2 Awal sirip perut - awal sirip anal 9 B3 Awal sirip punggung - awal sirip anal 10 B4 Awal sirip perut - awal sirip punggung 11 B5 Bagian akhir tulang kepala - awal sirip anal 12 Tubuh Belakang C1 Awal sirip punggung - akhir sirip punggung 13 C2 Awal sirip anal - akhir sirip anal 14 C3 Akhir sirip punggung - akhir sirip anal 15 C4 Awal sirip punggung- akhir sirip anal 16 C5 Awalsirip anal - akhirsirippunggung 17 Pangkal ekor D1 Akhir sirip punggung - awal sirip ekor atas 18 D2 Akhir sirip anal - awal sirip ekor bawah 19 D3 Awal sirip ekor atas - awal sirip ekor bawah 20 D4 Akhir sirip punggung - awal sirip ekor bawah 21 D5 Akhir sirip anal awal sirip ekor atas 327

Gustiano et al. -Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa striata Keragaman genetik dianalisis menggunakan program TFPGA (Tools for Population Genetic Analysis) (Miler, 1997). Sedangkan hubungan kedekatan interpopulasi dianalisis berdasarkan jarak genetik dengan program UPGMA (Unweight Pair Methods Arithmetic) dan disajikan dalam bentuk dendrogram. Data pengukuran morfometrik dikonversi ke dalam rasio, setiap pengukuran dan dibagi dengan panjang standar. Data rasio ukuran dianalisis menggunakan analisa pengelompokkan (cluster analysis) untuk mengevaluasi keragaman intrapopulasi dan interpopulasi ikan gabus. Analisis keragaman morfologis antar lokasi dilakukan secara deskriptif dengan membandingkan koefisien keragaman (CV) (Falconer dan MacKay, 1996; Tave, 1993; Gjedrem, 2005). HASIL Amplifikasi DNA menggunakan tiga primer, yaitu OPA-02, OPA-04, dan OPA-07 pada ketiga populasi ikan gabus (Gambar 2, 3 dan 4) memperlihatkan bahwa DNA teramplifikasi pada setiap lokus populasi dan bervariasi dalam jumlah situs. Keragaman profil RAPD yang meliputi jumlah dan ukuran fragmen DNA pada 3 populasi ikan gabus (Tabel 3) menunjukkan jumlah fragmen dari tigalokus RAPD pada ketiga populasi berkisar 13 sampai 27 fragmen dengan kisaran ukuran 120 hingga 3000 bp. Gambar 2. Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA-02 Gambar 3. Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA-04 328

Gambar 4. Amplifikasi DNA ikan gabus menggunakan primer OPA-07 Persentase polimorfisme dan heterozigositas pada ketiga populasi ikan gabus (Tabel 4) memperlihatkan bahwa populasi Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas yang lebih tinggi dibandingkan populasi lainnya. Diikuti oleh ikan gabus Kalimantan dan Sumatera. Uji perbandingan berpasangan Fst pada tiga lokus dari ketiga populasi ikan gabus (Tabel 5) menunjukkan perbedaan keragaman genetik yang nyata antara populasi Jawa dengan Sumatera dan Kalimantan (P 0,05). Namun tidak terdapat perbedaan yang nyata antara populasi gabus Kalimantan dengan Sumatera (P>0,05). Untuk jarak genetik masing masing populasi ikan gabus (Tabel 6), populasi Kalimantan dan Sumatera memiliki nilai terdekat. Sedangkan nilai terjauh adalah antara populasi Kalimantan dan Jawa (Gambar 5). Populasi Sumatera dengan gabus Kalimantan membentuk 1 cluster, sedangkan populasi gabus Jawa terpisah. Tabel 3. Jumlah dan ukuran fragmen DNA (OPA-02, OPA-04, OPA-07) 3 populasi ikan gabus. Populasi Ikan Gabus Jumlah Fragmen Kisaran Ukuran Fragmen (bp) Jawa 13 25 120-3000 Sumatera 17 25 120-2000 Kalimantan 19 27 120-3000 Tabel 4. Persentase polimorfisme dan heterozigositas 3 populasi ikan gabus Populasi Ikan Gabus Polimorfisme (%) Heterozigositas Jawa 83,3333 0,3655 Sumatera 69,4444 0,2811 Kalimantan 80,5556 0,3252 Tabel 5. Uji perbandingan berpasangan Fst pada 3 lokus PopulasiIkanGabus Jawa Sumatera Kalimantan Jawa ***** ***** ***** Sumatera 0,0020* ***** ***** Kalimantan 0,0137* 0,1003 ***** 329

Gustiano et al. -Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa striata Tabel 6. Jarak genetik 3 populasi ikan gabus PopulasiIkanGabus Jawa Sumatera Kalimantan Jawa ***** ***** ***** Sumatera 0,1755 ***** ***** Kalimantan 0,1908 0,1170 ***** Gambar 5. Dendrogram hubungan kekerabatan tiga populasi ikan gabus berdasarkan keragaman OPA-02,OPA-04, OPA-07.1= Gabus Jawa; 2= Gabus Sumatera; 3= Gabus Kalimantan Gambar 6. Dendrogram hubungan interpopulasi tiga populasi ikan gabus berdasarkan kemiripan 21 karakter truss morfometrik Hubungan karakter morfometrik tiga populasi ikan gabus (Gambar 6) menunjukkan kemiripan yang besar antara populasi Sumatera dan Kalimantan. Sedangkan populasi Jawa memiliki kemiripan yang lebih kecil dengan populasi Sumatera dan Kalimantan. Hubungan interpopulasi berdasarkan kemiripan morfometrik dari populasi Sumatera dan Kalimantan mencapai 50%, dan tingkat kemiripan populasi Jawa dengan dua populasi lainnya mencapai 24,96%. Koefisien keragaman karakter (CV, Gambar 7) ikan gabus jawa berkisar antara 0,031-0,315, populasi gabus sumatera berkisar 0,024-0,163, dan populasi gabus kalimantan berkisar 0,157-0,329. 330

Gambar 7. Koefisien Keragaman (CV) pada 21 karakter morfometrik PEMBAHASAN Adanya perbedaan jumlah fragmen dan kisaran situs fragmen sangat menentukan tingkat polimorfisme. Secara umum, perbedaan polimorfisme pita DNA yang dihasilkan tergantung pada situs penempelan primer dan dapat digunakan untuk memberikan gambaran mengenai tingkat keragaman genetik suatu populasi. Dalam penelitian ini metode yang digunakan Ambak et al. (2006) tidak dapat digunakan karena waktu penempelan terlalu cepat dibandingkan dengan Hassanien et al. (2004). Populasi ikan gabus Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas paling tinggi dibandingkan populasi lainnya. Heterozigositas menunjukkan potensi kemampuan adaptasi terhadap lingkungannya, karena semakin tinggi heterozigositas maka semakin banyak gen yang terlibat dalam menyumbangkan tingkat kebugaran suatu populasi (Kapuscinski dan Jacobson, 1987; Kirpichnikov, 1981; Tave, 1993). Kondisi keragaman genetik dipengaruhi oleh ukuran populasi dan sistem pengembangbiakan yang dilakukan. Ukuran populasi yang besar dan persilangan bebas (acak) dapat mempertahankan ragam genetik (Falconer dan MacKay, 1996). Sebaliknya ukuran populasi yang terbatas dan silang dalam dapat menyebabkan reduksi ragam genetik karena penghanyutan (drift) (Allendorf dan Utter, 1979; Hallerman, 2003). Berdasarkan hasil yang diperoleh, ketiga populasi ikan gabus yang diamati memiliki nilai polimorfisme dan heterozigositas yang tinggi dan diharapkan memiliki peluang hidup yang lebih baik untuk beradaptasi terhadap perubahan lingkungan. Uji perbandingan berpasangan Fst menunjukkan perbedaan keragaman genetik yang nyata antara populasi Sumatera dengan Jawa, dan antara populasi Kalimantan dengan Jawa. Sedangkan populasi Kalimantan dengan Sumatera tidak berbeda nyata. Hasil uji Fst memberikan indikasi bahwa populasi ikan gabus di Jawa telah dikelola lebih baik dibandingkan dengan di Kalimantan dan Sumatera yang masih sangat alami. Akibat perdagangan yang intensitasnya tinggi di Jawa, kemungkinan perpaduan populasi-populasi yang berada di Jawa telah dapat meningkatkan keragaman genetik melalui outbreeding yang dapat memberikan penyisipan gen asing. Analisa pengelompokkan memperlihatkan bahwa jarak genetik populasi ikan gabus Kalimantan dan Sumatera lebih dekat dibandingkan dengan populasi dari Jawa (Gambar 5). Secara umum semakin rendah jarak genetik diantara populasipopulasi yang diamati, maka semakin banyak kemiripan antar populasi tersebut. Jarak genetik yang dekat antar populasi ini menunjukan adanya aliran 331

Gustiano et al. -Analisis Ragam Genotip RAPD dan Fenotip Truss Morfometrik Tiga Populasi Ikan Gabus Channa striata genetik antar populasi tersebut, serta adanya interaksi genetik dari reproduksi. Sedangkan kemiripan fenotip dapat memberikan arti bahwa kondisi lingkungan Kalimantan dan Sumatera lebih serupa dan tidak memberikan kontribusi terhadap perbedaan sebagaimana dikemukakan oleh Gustiano dan Pouyaud (2005). Untuk analisa RAPD, pada populasi gabus Sumatera diduga telah terjadi penghanyutan genkarena ukuran populasinya yang kecil akibat tingkat eksploitasi berlebih, dan sudah mulai banyak yang dibudidayakan sehingga menyebabkan terjadinya penurunan ragam genetik.penghanyutan gen adalah pencuplikan materi genetik yang berlangsung tidak biasa pada saat pembentukan gamet dan fertilisasi sehingga menyebabkan menurunnya keragaman genetik suatu populasi. Penghanyutan gen terjadi jika sebagian kecil dari populasi terpisah dari populasi asal yang besar. Populasi kecil yang terpisah ini akan membawa sebagian kecil keragaman genetik dari populasi asalnya sehingga kedua populasi itu akan memiliki gene pool yang berbeda (Allendorf dan Utter, 1979). Penghanyutan gen dapat pula terjadi karena sebagian besar populasi mati sehingga populasi yang tersisa akan membentuk populasi baru. Akibatnya populasi baru akan memiliki gene pool yang lebih terbatas dibanding dengan populasi asal. Populasi gabus Kalimantan memiliki koefisien keragaman lebih tinggi dibanding dua populasi lainnya. Fenomena ini dapat terjadi karena adanya ekspresi fenotip pada populasi gabus Kalimantan yang dipengaruhi oleh lingkungannya. Menurut Tave (1993), koefisien keragaman fenotip dipengaruhi oleh faktor genetik, lingkungan, dan interaksi genetis dengan lingkungan. Nilai koefisien variasi suatu karakter mengindikasikan tingkat variabilitas karakter yang bersangkutan pada suatu populasi. Tingkat variabilitas suatu karakter fenotip mencerminkan variabilitas genotip populasi tersebut dan sekaligus menggambarkan variabilitas genetiknya (Falconer and MacKay, 1996; Gjedrem, 2005). Nilai variabiltas genetik berhubungan dengan proporsi gen-gen homozigot dan heterozigot. Semakin banyak proporsi gen yang homozigot maka variabilitas genetiknya semakin rendah. Sebaliknya, semakin banyak proporsi gen yang heterozigot maka variabilitas genetiknya semakin tinggi. KESIMPULAN Ikan gabus Jawa memiliki persentase polimorfisme dan heterozigositas yang lebih tinggi dibandingkan populasi gabus Kalimantan dan gabus Sumatera, yaitu masing-masing sebesar 83,33% dan 0,3655. Populasi ikan gabus Kalimantan dan gabus Sumatera memiliki nilai jarak genetik paling rendah yaitu sebesar 0,1170. Sedangkan nilai jarak tertinggi tedapat pada populasi ikan gabus Kalimantan dan gabus Jawa yaitu sebesar 0,1908. Hubungan interpopulasi berdasarkan kemiripan karakter truss dari gabus Sumatera dan gabus Kalimantan mencapai 50%, dan tingkat kemiripan gabus Jawa dengan dua populasi lainnya mencapai 24,96%. Koefisien keragaman fenotif morfometrik ikan gabus Kalimantan memiliki koefisien keragaman yang lebih tinggi dibanding dua populasi lainnya. DAFTAR PUSTAKA Allendorf FW and FM Utter. 1979. Population Genetics. In: Fish Physiology 8: Bioenergetics and Growth.WS Hoar, DJ Randall and JR Brett (Eds),407 454. Academic Press, NY. Ambak MA, MAB Abol, I Patimah and MT Bui. 2006. Genetic variation of snakehead fish (Channa striata) population using random amplified polymorphic DNA. Biotechnol. 5, 104-110. Bijaksana U. 2010. Kajian fisiologi reproduksi ikan gabus, Channa striata Blkr di dalam wadah dan perairan rawa sebagai upaya domestikasi. Disertasi. Sekolah Pascasarjana-Institut Pertanian Bogor. Bookstein FL, B Chernoff, R Elder, J Humphries, G Smith and R. Strauss. 1985. Morphometric in Evolutiany Biology. Academy of Natural Sciences of Philadelphia 15, 1-277. Dunham RA. 2011. Aquaculture and Fisheries Biotechnology: Genetic Approach. CAB International, 456. Wellingford, UK. Falconer FS and TFC MacKay. 1996. Introduction to Quantitative Genetics, 464. Longman, England. Gjedrem T. 2005. Selection and Breeding Program in Aquaculture, 364. Akvaforsk, As, Norway. Gustiano R and L Pouyaud. 2005. Phenetic analysis of 28 species pangasiid catfishes from Asia. Zuriat 16, 66-72. Hallerman EM. 2003. Population Genetics: Principles and Applications for Fisheries Scientist, 458. American Fisheries Society.University of California, USA 332

Hassanien HA, E Mohumad, O Ali and I Hania. 2004. Genetic diversity of Nile tilapia population revealed by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). Aquacult. Res. 35, 587-593. Kapuscinski AR and LD Jacobson. 1987. Genetic guide lines for fisheries management. University of Minnesota, Minnesota Sea Grant College Program, Sea Grant Research Report 17, 1-66. Kirpichnikov VS. 1981. Genetic Bases of Fish Selection, 410. Springer Verlag, Berlin. Miler P. 1997. Tools for population genetic analyses (TFPGA): A window program for the analysis of allozymes and molecular population genetic data, 30. Northern California University. USA. Shafri MA and M Abdul. 2012. Therapeutic potential of haruan (Channa striata): from food to medicinal uses. Mal. J. Nutr. 18, 125-136. Strauss RE and FL Bookstein. 1982. The truss: body form reconstructions in morphometrics. Syst. Zool. 31, 113-135. Tave D. 1993. Genetics for Fish Hatchery Managers, 415. Kluwer Acad. Publ. Netherland. 333