LAMPIRAN 93
94 Lampiran1 Proses pengolahan pada delapan produsen tempe yang diamati. EMP (Bogor) WJB (Bogor) MLGS (Malang) MLGA (Malang) SDJD (Sidoarjo) SDJK (Sidoarjo) HTN (Ambon) WHR (Ambon) Kedelai direbus (masak) Rebus kedelai sampai masak Kedelai direbus hanya sampai mendidih Kedelai direbus sampai ½ masak Kedelai direbus 1 Kedelai direndam air suam-suam kuku (1/2 hari) Kedelai direndam air panas 1 jam Kedelai direndam air panas 1 Rendam se (sampai asam) Dinginkan & rendam sampai bengkak Giling & saring Rendam 1 Giling Rendam se Digodok 1 hari Rendam se Rendam 1 Rebus sampai masak Cuci sampai hilang asamnya Rebus sampai air mendidih saja Rendam se Ganti air, direbus sampai masak Dinginkan & beri Cuci dan rebus Rebus sampai masak Angkat, tiriskan Tiriskan sampai kering Tiriskan & beri Ganti air, rebus sampai masak Dinginkan & beri Simpan se di tong Tiriskan & beri Angkat, tiriskan Beri & tepung beras Beri dan kemas Cetak di meja, ditindih Tiris & dinginkan seharian Gelar di rak, dirindih Dinginkan, beri bahan tambahan Bungkus dengan karung plastic baru se Beri & tepung beras Fermentasi 2-3 hari Fermentasi 2 hari (sampai putih) Fermentasi 1 Campur dengan Fermentasi 2 Hari Cuci & tiriskan Cuci & tiris Fermentasi 2-3 hari Cetak, tindih dan Fermentasi 2 hari Cetak di rak & Fermentasi 1 Cetak di rak & Fermentasi 1
95 Lampiran 2 BARISA type yang ditemukan dalam jumlah yang melimpah pada tempe WJB EMP HTN WHR MLGA MLGS SDJD SDJK SIZE % SIZE % SIZE % SIZE % SIZE % SIZE % SIZE % SIZE % 175,29 ± 0,01 1,17 263,28 ± 0,17 5,79 305,64 ± 0,01 1,67 329,22 ± 0,04 17,14 272,56 ± 0,09 6,89 272,64 ± 0,02 1,69 272,66 ± 0,03 1,014 272,67 ± 0,03 3,05 301,10 ± 0,06 2,07 281,34 ± 0,23 10,57 311,42 ± 00 13,06 330,26 ± 0,02 17,83 273,46 ± 0,08 6,59 273,78 ± 0,01 2,28 273,79 ± 0,03 2,39 273,64 ± 0,03 5,97 305,60 ± 0,05 5,38 300,80 ± 0,06 9,091 325,55 ± 0,04 16,21 332,03 ± 0,03 12,64 279,77 ± 00 4,55 279,37 ± 0,04 2,14 280,18 ± 0,05 2,53 280,20 ± 0,05 2,31 311,41 ± 0,06 10,21 375,87 ± 0,14 10,19 326,46 ± 0,04 18,88 333,06 ± 0,03 2,89 306,30 ± 0,02 7,41 280,20 ± 0,04 5,10 306,29 ± 0,03 5,25 288,01 ± 0,04 1,57 399,42 ± 0,06 6,71 387,38 ± 0,41 7,98 327,97 ± 0,04 9,39 432,88 ± 0,08 10,16 307,29 ± 0,03 1,32 281,52 ± 0,12 5,09 326,70 ± 0,01 3,87 305,66 ± 0,03 2,71 407,14 ± 0,06 1,24 394,19 ± 0,07 1,62 328,98 ± 0,04 2,01 433,87 ± 0,06 9,09 328,27 ± 0,20 8,81 306,18 ± 0,13 6,77 328,28 ± 0,01 6,34 306,34 ± 0,03 5,44 408,10 ± 0,06 4,24 456,29 ± 0,15 9,67 408,14 ± 0,05 7,36 522,56 ± 0,08 1,63 329,38 ± 0,01 1,54 307,25 ± 0,03 1,43 329,30 ± 0,04 2,17 357,31 ± 0,04 2,28 418,31 ± 0,06 3,80 476,45 ± 0,07 5,89 416,30 ± 0,02 5,55 524,58 ± 0,06 3,66 330,42 ± 0,01 1,76 312,70 ± 0,02 4,07 357,30 ± 0,04 1,35 364,80 ± 0,06 3,86 426,58 ± 0,07 6,10 477,51 ± 0,07 8,057 418,64 ± 0,01 1,41 526,61 ± 0,12 7,67 364,52 ± 0,16 8,048 357,20 ± 0,07 3,55 366,72 ± 0,27 6,20 365,92 0,01 1,24 433,80 ± 0,19 1,07 536,79 ± 0,06 4,95 426,65 ± 0,05 7,13 365,72 ± 0,07 1,61 365,53 ± 0,93 1,28 380,61 ± 00 2,88 380,64 ± 0,05 1,73 456,72 ± 0,06 2,12 829,73 ± 0,24 15,66 492,46 ± 0,04 7,56 380,53 ± 00 1,96 376,55 ± 0,04 1,50 382,17 ± 0.05 3,58 382,46 ± 0,16 5,25 490,88 ± 0,02 1,71 387,81 ± 0,15 4,01 380,48 ± 0,21 3,02 383,03 ± 0,1 4,16 387,85 ± 0,01 2,07 495,91 ± 0,01 27,64 418,49 ± 0,05 1,68 404,96 ± 0,02 3,18 387,83 ± 0,03 1,36 398,79 ± 0,00 1,77 497,63 ± 0,01 2,09 423,30 ± 0,05 7,77 406,14 ± 0,06 1,67 418,16 ± 0,08 1,43 405,08 ± 0,02 1,60 514,39 ± 0,13 1,32 437,55 ± 0,03 1,07 410,88 ± 0,10 2,01 423,65 ± 0,07 6,61 423,64 ± 0,08 7,46 526,48 ± 0,06 1,83 456,96 ±0,04 1,90 423,76 ± 0,17 5,94 431,42 ± 0,05 2,77 431,45 ± 0,05 4,87 505,12 ± 0,02 1,36 478,08 ± 0,08 1,87 504,81 ± 0,06 1,30 452,44 ± 0,02 1,85 509,87 ± 0,01 2,44 492,71 ± 0,11 10,97 508,11 ± 0,08 1,25 462,43 ± 0,05 1,45 526,79 ± 0.05 1,57 495,55 ± 0,06 3,11 688,18 ± 0,25 4,962 508,11 ± 0,03 1,02 689,20 ± 0,07 1,66 497,20 ± 00 2,23 689,39 ± 0,13 7,58 571,77 ± 0,04 1,42 508,87 ± 0,08 3,056 702,30 ± 0,13 5,27 577,43 ± 0,05 1,97 509,77 ± 0,12 2,53 689,23 ± 0,19 7,96 577,35 ± 0,15 1,14 702,64 ± 0,11 1,65 689,13 ± 0,12 1,54 703,98 ± 0,22 1,50 753,26 ± 0,13 5,24
96 Lampiran 3 FARISA type yang ditemukan dalam jumlah yang melimpah dan berulang (dishading) pada tempe MLGS-FARISA MLGA-FARISA SDJD-FARISA SDJK-FARISA WJB-FARISA EMP-FARISA HTN-FARISA WHR-FARISA Rata-Rata Size % Area Rata-Rata Size % Area Rata-Rata Size % Area Rata-Rata Size % Area Rata-Rata Size % Area Rata-Rata Size % Area Rata-Rata Size % Area Rata-Rata Size %Area 277,54 ± 0,00 0,71 277,56 ± 0,05 0,77 277,60 ± 0,06 0,67 277,59 ± 0,05 0,93 277,48 ± 0,01 0,26 277,23 ± 0,01 0,82 152,65 ± 0,08 0,11 274,44 ± 0,06 0,24 278,41 ± 0,04 0,28 278,43 ± 0,05 0,30 278,47 ± 0,01 0,32 278,50 ± 0,05 0,38 278,32 ± 0,06 0,18 278,08 ± 0,05 0,25 156,48 ± 0,12 0,38 275,57 ± 0,07 0,351 279,44 ± 0,04 0,45 279,46 ± 0,00 0,49 279,46 ± 0,01 0,63 279,52 ± 0,04 0,71 279,36 ± 0,06 0,46 279,11 ± 0,00 0,57 276,50 ± 0,06 0,076 276,52 ± 0,01 0,366 280,38 ± 0,00 0,82 280,38 ± 0,00 0,86 280,40 ± 0,04 0,93 280,45 ± 0,01 0,91 280,30 ± 0,00 0,86 280,07 ± 0,06 0,81 277,52 ± 0,06 0,24 277,48 ± 0,06 1,27 283,44 ± 0,00 0,43 283,44 ± 0,01 0,48 283,46 ± 0,02 0,48 283,48 ± 0,01 0,51 283,30 ± 0,00 0,50 283,10 ± 0,07 0,44 278,37 ± 0,00 0,10 278,36 ± 0,01 0,52 285,53 ± 0,05 0,99 285,52 ± 0,03 0,99 285,60 ±0,01 1,36 285,60 ± 0,01 1,28 285,43 ± 0,06 1,90 285,24 ± 0,02 1,10 279,42 ± 0,06 0,23 279,39 ± 0,00 0,91 286,49 ± 0,00 0,79 286,51 0,03 0,78 286,54 ± 0,03 1,17 286,58 ± 0,01 1,10 286,40 ± 0,01 1,85 286,23 ± 0,03 0,85 280,37 ± 0,06 0,31 280,30 ± 0,00 1,29 385,24 ± 0,06 1,10 491,48 ± 0,10 7,71 377,06 ± 0,03 2,62 363,31 ± 0,15 3,17 379,23 ± 0,06 14,54 378,01 ± 0,10 5,75 283,38 ± 0,06 0,12 282,33 ± 0,01 0,57 412,83 ± 0,05 3,91 508,80 ± 0,02 1,23 378,94 ± 0,16 7,00 377,19 ± 0,17 9,45 471,58 ± 0,05 1,23 459,42 ± 0,06 1,16 285,44 ± 0,05 0,35 283,34 ± 0,01 0,68 473,38 ± 0,04 1,44 517,59 ± 0,11 8,24 518,33 ± 0,04 7,51 378,72 ± 0,13 6,77 486,32 ± 0,43 28,76 471,18 ± 0,09 1,17 286,41 ± 0,07 0,30 285,46 ± 0,02 1,75 518,64 ± 0,09 5,86 518,69 ± 0,04 8,85 526,35 ± 0,23 12,33 379,42 ± 0,09 8,72 526,36 ± 0,07 30,99 508,51 ± 0,09 1,68 471,76 ± 0,07 6,40 286,44 ± 0,06 1,49 520,99 ± 0,05 4,74 526,59 ± 0,10 3,99 528,70 ± 0,12 9,86 518,28 ± 0,05 1,79 528,26 ± 0,08 7,13 525,98 ± 0,04 6,41 489,13 ± 0,03 1,89 459,68 ± 0,11 1,81 523,86 ± 0,08 3,79 532,75 ± 0,06 1,05 534,58 ± 0,05 0,47 526,57 ± 0,02 5,08 534,70 ± 0,09 0,99 534,43 ± 0,05 1,07 498,62 ± 0,06 5,64 490,80 ± 0,17 5,36 525,94 ± 0,12 8,02 534,54 ± 0,09 1,99 573,78 ± 0,06 4,32 528,32 ± 0,18 14,42 592,68 ± 0,02 1,19 525,94 ± 0,10 26,95 508,96 ± 0,00 2,45 527,03 ± 0,08 8,84 643,33 ± 0,49 10,57 591,74 ± 0,11 1,63 534,63 ± 0,05 0,59 681,31 ± 0,23 11,44 534,72 ± 0,03 0,254 526,38 ± 0,11 11,21 528,56 ± 0,04 2,054 682,37 ± 0,20 6,53 682,64 ± 0,18 10,66 573,73 ± 0,05 6,92 685,46 ± 0,26 29,04 593,33 ± 0,06 5,11 528,52 ± 0,17 39,90 534,59 ± 0,02 0,95 685,15 ± 0,13 10,74 684,83 ± 0,17 14,22 713,67 ± 0,06 10,04 713,18 ± 0,22 2,44 685,16 ± 0,13 44,74 532,86 ± 0,13 1,90 542,37 ± 0,18 1,06 693,17 ± 0,08 1,78 737,71 ± 0,13 1,11 534,68 ± 0,06 1,85 593,34 ± 0,05 12,93 564,56 ± 0,12 1,37 614,24 ± 0,05 1,73 586,51 ± 0,10 1,08 693,22 ± 0,04 1,14 603,23 ± 0,13 1,55
97 Lampiran 4. Matriks Sorensen s Similarity coefficient komunitas OTU BARISA WJB EMP HTN WHR MLGA MLGS SDJD SDJK WJB EMP 0,186047 HTN 0,316667 0,192771 WHR 0,483221 0,125 0,271845 MLGA 0,420455 0,244604 0,230769 0,503145 MLGS 0,320856 0,333333 0,22695 0,247059 0,406091 SDJD 0,16185 0,132353 0,141732 0,179487 0,382514 0,412371 SDJK 0,126437 0,145985 0,125 0,089172 0,282609 0,317949 0,563536 Lampiran 5. Matriks Sorensen s Similarity coefficient komunitas OTU FARISA MLGS MLGA SDJD SDJK WJB EMP HTN WHR MLGS MLGA 0,606897 SDJD 0,48996 0,618474 SDJK 0,498141 0,587361 0,614035 WJB 0,276243 0,331492 0,442857 0,3625 EMP 0,5 0,637681 0,570213 0,611765 0,323353 HTN 0,195402 0,195402 0,255639 0,169935 0,307692 0,225 WHR 0,34555 0,397906 0,546667 0,423529 0,585366 0,440678 0,293333
98 Lampiran 6 Identitas bakteri hasil analisis sequencing dari gen 16S rrna yang berhasil dikloning ke vektor pgemt-easy. Klon Spesies % Identity 16S EMP 3-3 16S EMP 3-5 16S EMP 3-6 16S EMP 3-7 16S EMP 3-8 16S EMP 3-9 16S EMP 3-10 16S EMP 3-11 16S EMP 3-12 16S EMP 3-16 16S EMP 3-17 16S EMP 3-18 16S EMP 3-21 16S EMP 3-22 16S EMP 3-23 16S EMP 3-26 16S EMP 3-27 16S EMP 3-28 16S EMP 3-29 16S EMP 3-31 16S EMP 3-33 Azospirilum amazonense (HM485596.1) Azospirilum amazonense (HM485596.1) Azospirilum amazonense (HM485596.1) Lactobacillus mucosae (AB425911.1) Lactobacillus fermentum (AB26052.1) Lactobacillus fermentum (EF101306.1) orientalis (HM217982.1) Lactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckii (FJ915697.1) Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (FJ915697.1) (AJ419841.1) Novospingobium sp. (AB377503.1) Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (CP002341.1) Lactobacillus mucosae (FR693800.1) Lactobacillus fermentum (EU825658.1) Klon Spesies % Identity 16S SDJD 1-1 Klebsiella pneumonia subsp. Pneumonia (CP000647.1) 91% 16S SDJD 1-2 Uncultured Klebsiella sp. (GQ416564.1) 16S SDJD 1-3 Uncultured Klebsiella sp. (GQ416300.1) 92% 16S SDJD 1-4 Uncultured Klebsiella sp. (GQ416025.1) 16S SDJD 1-5 Uncultured Klebsiella sp. (GQ416564.1) 16S SDJD 1-6 Klebsiella pneumonia subsp. Pneumonia (AP006725.1) 16S SDJD 1-7 Enterobacter sp. (EF419181.1) 16S SDJD 1-8 Uncultured Klebsiella sp.(gq418077.1) 16S SDJD 1-9 Klebsiella sp (GU374010.1) 16S SDJD 1-10 Uncultured Klebsiella sp. (GQ416561.1) 16S SDJD 1-11 Klebsiella pneumonia (HQ907956.1) 16S SDJD 1-12 Enterobacter sp. (HQ413276.1) 16S SDJD 1-13 Klebsiella sp. (HM352371.1) 16S SDJD 1-14 Serratia sp. (JF513189.1) 16S SDJD 1-15 Uncultured Klebsiella sp. (GQ416029) 16S SDJD 1-16 Klebsiella pneumonia (JN545035.1) 16S SDJD 1-17 Serratia sp. (JF513189.1) 90% 16S SDJD 1-19 Klebsiella sp. (HM352315.1) 16S SDJD 1-20 Uncultured Klebsiella sp. (GQ416025.1) 16S SDJD 1-21 Uncultured Klebsiella sp. (GQ416553.1) 16S SDJD 1-22 Acinetobacter baumanii (JN668097.1)
99 16S EMP 3-34 16S EMP 3-41 16S EMP 3-42 16S EMP 3-43 16S EMP 3-44 16S EMP 3-45 16S EMP 3-46 16S EMP 3-47 pasterianus (BAC601000075.1) Sphingomonas (HM536969.1) sp. (FN397903.1) sp. (FN397903.1) 94% 16S SDJD 1-25 Acinetobacter baumanii. (JQ839145.1) 16S SDJD 1-26 Cronobacter sakazaki (GU122210.1) 16S SDJD 1-28 Klebsiella pneumonia (GQ259887.2) 93% 16S SDJD 1-29 Klebsiella sp. (GQ415998.1) 91% 16S SDJD 1-30 Uncultured Klebsiella sp.(gq415922.1) 16S SDJD 1-31 Klebsiella pneumonia (AB680063.1) 16S SDJD 1-32 Cronobacter sakazaki (GU227685.1) 93% 16S SDJD 1-33 Cronobacter sakazaki (FJ906925.1) 94%