HASIL DAN PEMBAHASAN
|
|
- Ari Kusuma
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi RNA Total RNA total M. malabathricum telah berhasil diisolasi melalui modifikasi metode Chang et al. (1993). Modifikasi dilakukan pada larutan penyangga dengan peningkatan konsentrasi β-mercaptoetanol sampai 200μl dan penambahan 1% PVP (Polivinil polivirolidon) dan pada fase ekstraksi yaitu menggunakan fenol ph 9. Pengujian hasil isolasi RNA total menunjukkan rendemen antara μg/g bahan tumbuhan. Analisis kemurnian RNA melalui metode spektrofotometri menunjukkan nilai rasio absorban pada panjang gelombang 260nm dan 280nm sebesar 1.87 hingga 1.9 (Tabel 1). Menurut Farrel (1993) jika nilai rasio absorban pada panjang gelombang 260nm dan 280nm berkisar maka RNA total yang diisolasi adalah murni yang bebas dari kontaminan protein. No. Tabel 1 Data hasil isolasi RNA total Bahan Tumbuhan Nilai Absorbansi λ 260 λ 280 Rasio Absorbansi (λ 260 /λ 280) Rendemen RNA (μg/g bahan tumbuhan) 1 Akar Daun Daun pucuk Pengujian keutuhan RNA dengan elektroforesis menunjukkan adanya dua pita dominan pada RNA total yang diisolasi dari akar, daun tua dan daun pucuk. Dua pita dominan ini kemungkinan adalah RNA ribosomal (rrna) 28S dan 18S (Gambar 5). Munculnya pita rrna dalam bentuk utuh mengindikasikan bahwa RNA total yang telah berhasil diisolasi adalah utuh. 28S 18S Gambar 5. Hasil elektroforesis RNA total. RNA total dari (1) akar, (2) daun, (3) daun pucuk
2 Sintesis cdna total cdna total M. malabathricum L. berhasil disintesis dengan RNA total sebagai cetakan (template) melalui proses transkripsi balik dua langkah. Keberhasilan sintesis cdna dan kualitas mrna diuji dengan PCR menggunakan primer spesifik gen aktin sebagai kontrol. Hasil visualisasi PCR cdna dengan primer actin (Gambar 6) menunjukkan hasil amplifikasi sekitar 450bp yang berarti sintesis cdna total melalui transkripsi balik berlangsung dengan baik karena daerah yang diamplifikasi adalah hanya cdna ekson1-ekson2 bukan DNA ekson1 - ekson2 dari gen aktin yang berukuran sekitar 600 pb. RNA total yang diisolasi memiliki kualitas bagus karena dapat digunakan untuk mensintesis cdna dan bersih dari kontaminasi DNA. M pb 500 pb Hasil PCR cdna dengan primer aktin Gambar 6. Pita cdna ekson1-ekson2 aktin hasil PCR. cdna (1) daun tua, (2) daun pucuk, (3) akar sebagai cetakan Isolasi fragmen cdna MmFSNR melalui PCR Fragmen berukuran 700 pb berhasil diisolasi dengan menggunakan cdna daun M. malabathricum dan primer spesifik yang selanjutnya disebut sebagai MmFSNR (Gambar 7). 1 2 M 700 pb 1000 pb Gambar 7. Pita fragmen cdna MmFSNR hasil PCR. (1) cetakan cdna akar, (2) cetakan cdna daun, M=1 kb ladder 19
3 Pengklonan fragmen MmFSNR ke dalam plasmid pgem-t Easy Fragmen MmFSNR berhasil diligasikan dalam plasmid pgem-t Easy pada gen lacz. Hasil ligasi kemudian diintroduksikan ke dalam E coli galur DH5α dan diseleksi menggunakan media yang mengandung antibiotik ampisilin, IPTG dan X-gal. E. coli yang membawa plasmid rekombinan tumbuh dalam bentuk koloni putih karena ketidakmampuannya mengekspresikan enzim β-galaktosidase yang memecah substrat Xgal menjadi berwarna biru dengan adanya induksi IPTG terhadap promoter gen lacz (Gambar 8). Hal ini terjadi karena menyisipnya fragmen MmFSNR ditengah-tengah gen lacz. Keberadaan sisipan kemudian dikonfirmasi melalui PCR terhadap koloni putih. PCR terhadap koloni putih menghasilkan fragmen berukuran 700 pb sesuai fragmen MmFSNR yang disisipkan ke dalam plasmid tersebut sebelumnya. Sisipan cdna yang terdapat di dalam plasmid yang ada dalam koloni dievaluasi dengan pengurutan DNA (DNA sequencing). (a) (b) M 1000 pb 700 pb Gambar 8. Hasil transformasi E. coli DH5α dan PCR terhadap koloni putih. (a) Seleksi biru putih koloni E. coli DH5α yang ditransformasi dengan hasil ligasi pgem T Easy dan MmFSNR, (b) Hasil PCR terhadap koloni DH5α putih 20
4 Analisis fragmen MmFSNR Hasil pengurutan nukleotida fragmen cdna sisipan menunjukkan bahwa DNA sisipan MmFSNR berukuran 700 pb (Lampiran 1 dan 2). Urutan DNA MmFSNR termasuk posisi primer dan situs pengklonan pada pgem -T Easy, disajikan dalam Gambar 9. T7 GCGGAGTCCATGCTGCTGCTGCTAGGTGGCGCTTGAATTCGATTATGGATATTGATCACGGCA GATAAGCGGCGGGCGAGGGCGATGATGCTTTATGGGGTTTCTTGAGATTTTGCTTTTGATCCC GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGAAGGGGGGAGGGGGATGGAGCC TCCGAGGGGATTCCTGCCTACCCTCGCCAAGTTCTTACTCTTCCTCCCCTATTTCCTCGGCTTATT GCTCCTTGGCACCCTCAAGGGAGTCGTCATCTGCCCTTTCTCTTGCCTTATCCTCACCGTCGGCA ACACCGGCGTCGTCCTGTGCATGTGGCCCGTCCACTTCCTCTGGACGTATTACTCCATCTTGAGG GCTAGGATTATCGGCCCCATCCTGAAGTTTCTCCTCTTTATTACCCTGCCTGTTCCGTTGATCTTG TGGCCGGTGGTTGCTATCCTCGGGAGTGTCTCTGGAGGCCTCGCGTTCGGCTTTCTTTCTCCTAT CTTCGCTACTTTCGAGGCAGTAGGGAAGGGGAAGGCCAACGATGTGTTCCACTGCTTTTATGA TGGAACGTGGAGCACAATTGAGCGGAGCATGACCATCGTGAGGGACTTTTGGGACATTTGTTG CCATTCATATTTCTCAATCGTGAATGAGCTGCGGAATCAAGAGCCTACCGGTGGGAAGTACTAC GAGATCAGATTGTTGTACCTTCCTTTGCCTGACGTGGTTATAATCACTAGTGAATTCGC Keterangan Hitam : DNA sisipan Merah : Primer spesifik A1 F dan A1 R Hijau : Situs restriksi Eco RI Kuning : Situs restriksi Spe I Biru : Bagian dari vektor pgem T Easy Gambar 9. Hasil pengurutan DNA sisipan (MmFSNR) pada pgem -T Easy menggunakan primer T7 Analisis situs pemotongan enzim restriksi terhadap fragmen MmFSNR menunjukkan bahwa fragmen ini tidak mengandung situs EcoR1 sehingga situs EcoR1 dapat digunakan untuk mengeluarkan sisipan fragmen MmFSNR dari vektor pengklonan plasmid pgem-t Easy. Analisis peta restriksi pada fragmen MmFSNR berguna sebagai dasar informasi dalam konstruksi gen SNR dan secara umum penting diketahui untuk melakukan rekayasa genetika. Peta restriksi fragmen MmFSNR disajikan pada Gambar
5 Gambar 10. Peta restriksi MmFSNR Analisis kesejajaran lokal berdasarkan nukleotida menggunakan program BLASTN ( menunjukkan bahwa fragmen MmFSNR mempunyai kemiripan sebesar 65% dengan mrna dari unknown protein At3g27390 Arabidopsis thaliana (Tabel 2). Tabel 2. Hasil analisis kemiripan sekuen nukleotida MmFSNR dengan program BLASTN ( Align. DB:ID Source Length Score Identities Positives EO 1 EM_EST:CN ABPB004005HT (ABPB) M E-38 root tips Malus x domestica cdna clone ABPB004005, mrna sequence. 2 EM_EST:CN ABPB001620HT (ABPB) M ,9E-38 root tips Malus x domestica cdna clone ABPB001620, mrna sequence. 3 EM_EST:CX UCRPT01_5_003_D08_T3 Poncirus E-35 trifoliate CTV-chalanged cdna library - UCRPT01-UCR2 citrus trifoliate cdna clone UCRPT01_003_T3D08, mrna sequence. 4 EM_EST:FS Lotus japonicus cdna, clone: LjFL E CB12, 5 -end sequence. 5 EM_PL:BT Arabidopsis thaliana Unknown E-35 protein (At3g27390) mrna, complete cds. in:nucleotide Sequence Genomes Ontologies Protein Sequence 6 EM_EST: FS Lotus japonicus cdna, clone: LjFL E AG09, 5 -end sequence. 7 EM_EST: FS Lotus japonicus cdna, clone: LjFL3-013-AG06, 5 -end sequence E-34 22
6 Berdasarkan analisis kesejajaran ganda (multiple sequence alignment) menggunakan ClustalW pada program Bioedit versi 7.0.0, DNA sisipan MmFSNR mempunyai kesamaan dengan sekuen nukleotida SNR dari padi (Os02g ) dan Medicago truncantula yang dimulai dari nukleotida ke 133 dari primer yang digunakan untuk mengisolasi fragmen MmFSNR (Gambar 11). Gambar 11. Hasil analisis kesejajaran ganda nukleotida MmFSNR dengan nukleotida SNR padi dan M. truncantula Fragmen 132 nukleotida di ujung 5 dari MmFSNR tidak mempunyai kemiripan baik dengan SNR dari padi (OsSNR) maupun SNR dari M. truncantula (MtSNR). Karena tidak mempunyai kesamaan dengan OsSNR dan MtSNR, bagian nukleotida MmFSNR yang berbeda tersebut yakni 132 pasang basa dari primer, dihilangkan dan hasilnya disebut sebagai MmFSNRcut. Fragmen nukleotida MmFSNRcut selanjutnya dianalisis kembali menggunakan program BLASTN untuk melihat apakah pemotongan 132 basa berpengaruh terhadap hasil analisis kemiripan DNA sisipan dengan database sekuen di GenBank. Analisis kesejajaran lokal berdasarkan nukleotida menggunakan program BLASTN ( menunjukkan bahwa fragmen MmFSNRcut mempunyai kemiripan sebesar 66% atau hanya meningkatkan 1% 23
7 dari nilai kemiripan sebelumnya dengan mrna dari unknown protein At3g27390 A. thaliana (Tabel 3). Pemotongan 132 pasang basa pada sekuen MmFSNR ternyata tidak menghasilkan pengaruh nyata dalam pencarian hasil kemiripan DNA sisipan dengan database sekuen dalam GenBank. Tabel 3 Hasil analisis kemiripan sekuen nukleotida MmFSNRcut dengan program BLASTN ( Align. DB:ID Source Length Score Identities Positives EO 1 EM_EST:CN Brassica oleraceae var. achephala E-32 mrna, clone: KALE-009K18, 5 end sequence. in: Ontologies 2 EM_EST:CN Arabidopsis thaliana Unknown E-32 protein (At3g27390) mrna, complete cds. 3 EM_EST:CX vsu-ars_011439_li10contig_ E-32 VSU-ARS-L10 Phaseolus acutifolius cdna, mrna sequence. 4 EM_EST:FS Brassica oleraceae var. achephala E-31 mrna, clone: KALE-084E22, 5 end sequence. 5 EM_PL:BT Pv026B_M13F_E05. ab1 Phaseolus E-31 vulgaris cv Early gallatin Phaseolus vulgaris cdna, mrna sequence. in:nucleotide Sequence Genomes Ontologies Protein Sequence 6 EM_EST:CN Brassica oleraceae var. achephala E-31 mrna, clone: KALE-016H10, 5 end sequence. 7 EM_EST:FS Brassica oleraceae var. achephala E-31 mrna, clone: KALE-154D20, 5 end sequence. 8 EM_EST:GW CA00-XXFR-022-C01-CB.F Coffea E-33 arabica FR2 Coffea arabica cdna cloneca00-xx-fr2-022-c01-cb mrna sequence 9 EM_EST:HO vsuars_011439_li110contig_15980_vsu E-33 _ARS-L10 Phaseolus acutifolius cdna, mrna sequence 10 EM_EST :DK Brassica oleracea var.acephala E-32 mrna, clone KALE-009K18, 5 end sequence 11 EM_EST:DK Brassica oleracea var.acephala E-32 mrna, clone KALE-0016H10, 5 end sequence 12 EM_EST:DK Brassica oleracea var.acephala mrna, clone KALE-154D20, 5 end sequence E-32 24
8 Hasil deduksi asam amino menunjukkan bahwa MmFSNR menyandi 232 asam amino (Gambar 12). ATGG ATA TTG ATC ACG GCA GAT AAG CGG CGG GCG AGG GCG ATG ATG 46 1 Trp Ile Leu Ile Thr Ala Asp Lys Arg Arg Ala Arg Ala Met Met CTT TAT GGG GTT TCT TGA GAT TTT GCT TTT GAT CCC GAA GAA GAA Leu Tyr Gly Val Ser End Asp Phe Ala Phe Asp Pro Glu Glu Glu GAA GAA GAA GAA GAA GAA GGA GAA GAA GAA GGG GGG AGG GGG ATG Glu Glu Glu Glu Glu Glu Gly Glu Glu Glu Gly Gly Arg Gly Met GAG CCT CCG AGG GGA TTC CTG CCT ACC CTC GCC AAG TTC TTA CTC Glu Pro Pro Arg Gly Phe Leu Pro Thr Leu Ala Lys Phe Leu Leu TTC CTC CCC TAT TTC CTC GGC TTA TTG CTC CTT GGC ACC CTC AAG Phe Leu Pro Tyr Phe Leu Gly Leu Leu Leu Leu Gly Thr Leu Lys GGA GTC GTC ATC TGC CCT TTC TCT TGC CTT ATC CTC ACC GTC GGC Gly Val Val Ile Cys Pro Phe Ser Cys Leu Ile Leu Thr Val Gly AAC ACC GGC GTC GTC CTG TGC ATG TGG CCC GTC CAC TTC CTC TGG Asn Thr Gly Val Val Leu Cys Met Trp Pro Val His Phe Leu Trp ACG TAT TAC TCC ATC TTG AGG GCT AGG ATT ATC GGC CCC ATC CTG Thr Tyr Tyr Ser Ile Leu Arg Ala Arg Ile Ile Gly Pro Ile Leu AAG TTT CTC CTC TTT ATT ACC CTG CCT GTT CCG TTG ATC TTG TGG Lys Phe Leu Leu Phe Ile Thr Leu Pro Val Pro Leu Ile Leu Trp CCG GTG GTT GCT ATC CTC GGG AGT GTC TCT GGA GGC CTC GCG TTC Pro Val Val Ala Ile Leu Gly Ser Val Ser Gly Gly Leu Ala Phe GGC TTT CTT TCT CCT ATC TTC GCT ACT TTC GAG GCA GTA GGG AAG Gly Phe Leu Ser Pro Ile Phe Ala Thr Phe Glu Ala Val Gly Lys GGG AAG GCC AAC GAT GTG TTC CAC TGC TTT TAT GAT GGA ACG TGG Gly Lys Ala Asn Asp Val Phe His Cys Phe Tyr Asp Gly Thr Trp AGC ACA ATT GAG CGG AGC ATG ACC ATC GTG AGG GAC TTT TGG GAC Ser Thr Ile Glu Arg Ser Met Thr Ile Val Arg Asp Phe Trp Asp ATT TGT TGC CAT TCA TAT TTC TCA ATC GTG AAT GAG CTG CGG AAT Ile Cys Cys His Ser Tyr Phe Ser Ile Val Asn Glu Leu Arg Asn CAA GAG CCT ACC GGT GGG AAG TAC TAC GAG ATC AGA TTG TTG TAC Gln Glu Pro Thr Gly Gly Lys Tyr Tyr Glu Ile Arg Leu Leu Tyr CTT CCT TTG CCT GAC GTG GTT ATA Leu Pro Leu Pro Asp Val Val Gambar 12. Deduksi asam amino dari urutan nukleotida fragmen cdna MmFSNR Hasil kesejajaran berdasarkan urutan asam amino dengan program BLASTP ( menunjukkan bahwa MmFSNR mempunyai kesamaan 53% dengan protein Uncharacterized membrane protein GN : At3g27390 OS : Arabidopsis thaliana (Uniprot : Y3739_ARATH) dan 47% dengan protein Steroid Nuclear Reseptor dari M. truncantula (Tabel 4). 25
9 Tabel 4 Hasil analisis kemiripan sekuen deduksi asam amino MmFSNR dengan program BLASTP ( Align. DB:ID Source Length Score Identities Positives EO 1 TR:B9SLS8_RICCO Putative uncharacterized protein E-54 OS=Ricinus communis GN=RCOM_ PE=4 SV=1 in: Nucleotide Sequences Ontologies 2 TR:D7SPY0_VITVI Whole genome shotgun sequence of E-52 line PN40024, scaffold_219.assembly12x (Fragment) OS=Votis vinifera GN=VIT_ PE=4 SV=1 in: Nucleotide Sequence Literature Protein Sequence Ontologies 3 TR:D7LPF9_ARALL Putative uncharacterized protein E-51 OS=Arabidopsis lyrata subsp. lyrata GN=ARALYDRAFT_ PE=4 SV=1 in: Nucleotide Sequences Ontologies 4 SP:Y3739_ARATH Uncharacterized membrane protein E-50 AT3g27390 OS=Arabidopsis thaliana GN= AT3g27390 PE=4 SV=2 in:gene Expression Nucleotide Sequences Genomes Ontologies Literature Protein Sequences 5 TR:B9GIX9_POPTR Predicted protein OS=Populus E-47 trichocarpa GN=POPTRDRAFT_ PE=4 SV=1 in: Nucleotide Sequences Genomes literature Ontologies 6 TR:D7MJ54_ARALL Putative uncharacterized protein E-45 OS=Arabidopsis lyrata subsp. lyrata GN=ARALYDRAFT_ PE=4 SV=1 7 TR:Q84K38_ARATH Putative uncharacterized protein E-45 At5g40640 OS=Arabidopsis thaliana GN=At5g40640 PE=2 SV=1 8 TR:Q9FM34_ARATH DBJlBAA OS=Arabidopsis E-45 thaliana PE=4 SV=1 9 TR:C5YAV96_SORBI Putative uncharacterized protein E-44 Sb06g OS=Sorghum bicolor GN= Sb06g PE=4 SV=1 in: Nucleotide Sequences Genomes literature Ontologies 10 TR:B8AVJ1_ORYSI Putative uncharacterized protein E-44 OS=Oryza sativa subsp. indica GN= Osl_16361 PE=4 SV=1 in: Nucleotide Sequences Genomes literature Ontologies 11 TR:Q7FAW5_ORYSJ OSJNBa0081L15.3 protein OS=Oryza E-33 sativa subsp. japonica GN= OSJNBa0081L15.3 PE=2 SV=1 in: Nucleotide Sequences Genomes literature Ontologies 12 TR:Q2HU72_MEDTR Steroid nuclear receptor, ligand binding protein OS=Medicago truncantula GN=MtrDRAFT_AC149208g42v2 PE=4 SV=2 in: Nucleotide Sequences Ontologies E-43 Adapun hasil kesejajaran terhadap deduksi asam amino dari fragmen sisipan yang sudah dihilangkan 132 pasang basa dari primer (MmFSNRcut) 26
10 dengan program BLASTP menunjukkan bahwa MmFSNRcut mempunyai kesamaan 61% dengan protein Uncharacterized membrane protein GN : At3g27390 OS : A. thaliana (Uniprot : Y3739_ARATH) dan 54% dengan protein SNR dari M. truncantula (Gambar 16). Tabel 5 Hasil analisis kemiripan sekuen deduksi asam amino dari nukleotida MmFSNRcut dengan program BLASTP ( Align. DB:ID Source Length Score Identities Positives EO 1 TR:B9SLS8_RICCO Putative uncharacterized protein E-69 OS=Ricinus communis GN=RCOM_ PE=4 SV=1 in: Nucleotide Sequences Ontologies 2 TR:D7SPY0_VITVI Whole genome shotgun sequence of line E-67 PN40024, scaffold_219.assembly12x (Fragment) OS=Votis vinifera GN=VIT_ PE=4 SV=1 in: Nucleotide Sequence Literature Protein Sequence Ontologies 3 TR:D7LPF9_ARALL Putative uncharacterized protein E-66 OS=Arabidopsis lyrata subsp. lyrata GN=ARALYDRAFT_ PE=4 SV=1 in: Nucleotide Sequences Ontologies 4 SP:Y3739_ARATH Uncharacterized membrane protein E-64 AT3g27390 OS=Arabidopsis thaliana GN= AT3g27390 PE=4 SV=2 in:gene Expression Nucleotide Sequences Genomes Ontologies 5 TR:B9GIX9_POPTR Predicted protein OS=Populus trichocarpa E-60 GN=POPTRDRAFT_ PE=4 SV=1 in: Nucleotide Sequences Genomes literature Ontologies 6 TR:Q9FM34_ARATH Dbj BAA OS=Arabidopsis E-59 thaliana PE=4 SV=1 7 TR:Q64K36_ARATH Putative uncharacterized protein E-59 At5g40640 OS=Arabidopsis thaliana GN=At5g40640 PE=2 SV=1 8 TR:D7MJ54_ARALL Putative uncharacterized protein E-59 OS=Arabidopsis lyrata subsp. lyrata GN=ARALYDRAFT_ PE=4 SV=1 9 TR:C5YAV96_SORBI Putative uncharacterized protein E-59 Sb06g OS=Sorghum bicolor GN= Sb06g PE=4 SV=1 in: Nucleotide Sequences Genomes literature Ontologies 10 TR:Q7FAW5_ORYSJ OSJNBa0081L15.3 protein OS=Oryza E-59 sativa subsp. japonica GN= OSJNBa0081L15.3 PE=2 SV=1 in: Nucleotide Sequences Genomes literature 11 TR:B8AVJ1 _ORYSI Putative uncharacterized protein E-57 OS=Oryza sativa subsp. indica GN= Osl_16361 PE=4 SV=1 12 TR:Q2HU72_MEDTR Steroid nuclear receptor, ligand binding protein OS=Medicago truncantula GN=MtrDRAFT_AC149208g42v2 PE=4 SV=2 in: Nucleotide Sequences Ontologies E-57 27
11 Pemotongan 132 pb pada sekuen nukleotida ternyata meningkatkan nilai kemiripan identity terhadap masing-masing protein tersebut sebesar 8% dan 7% dibandingkan tanpa pemotongan. Penyejajaran sekuen (sequence alignment) adalah sebuah prosedur untuk membandingkan dua pasang urutan (pair-wise alignment) atau lebih (multiple sequence alignment) dengan pencarian serangkaian karakter individu atau pola-pola karakter yang berada dalam urutan atau ordo (order) yang sama dalam sekuen (Mount 2001). Gambar 13. Hasil penyejajaran deduksi asam amino dari nukleotida MmFSNRcut dengan protein At3g27390 dan SNR dari M. truncantula 28
12 Analisis penyejajaran sekuen berguna untuk menghasilkan kemungkinan terbaik atau kesejajaran optimal untuk menemukan berbagai informasi baik informasi fungsional, struktural maupun informasi evolusioner dari suatu sekuen biologi. Sekuen-sekuen yang sangat mirip atau sama dalam bahasa analisis sekuen, kemungkinan mempunyai kesamaan fungsi, mempunyai peran pengaturan yang sama (bila menyangkut molekul DNA), atau mempunyai fungsi biokimia dan struktur tiga dimensi yang sama (bila menyangkut sekuen protein). Hasil analisis penyejajaran deduksi asam amino dari nucleotida MmFSNRcut masingmasing dengan protein At3g27390 dan protein SNR dari M. truncantula disajikan dalam Gambar 13. Hasil analisis hidrofobisitas antara protein MmFSNR, MtSNR dengan protein At3g27390 dari A. thaliana menunjukkan bahwa ketiganya mempunyai pola yang sama (Gambar 14). Analisis hidrofobisitas protein berguna untuk mengetahui area hidrofob dan hidrofil dari urutan asam amino sebuah protein, yang lebih lanjut dapat digunakan untuk menduga area dimana kemungkinan protein tersebut berada. Gambar 14. Perbandingan hidrofobisitas fragmen protein putatif MmFSNR, MtSNR dan At3g27390 Dengan adanya kemiripan berdasarkan peptida SNR dari M. malabathricum (MmFSNR) dengan SNR M. truncantula (MtSNR), maka SNR M. 29
13 malabathricum diduga memiliki peran dan fungsi yang mirip dengan SNR pada M. truncantula. SNR merupakan salah satu faktor transkripsi yang berperan mengatur pengikatan RNA polimerase terhadap DNA. Faktor transkripsi didefinisikan sebagai protein yang mengikat pada sekuen spesifik DNA yang mampu mengaktifkan atau menekan proses transkripsi (Germain et al. 2003). Menurut Udvardi et al. (2007), pada tanaman, perkembangan dan diferensiasi sel dan organ secara primer diatur pada level transkripsi gen yang dikendalikan oleh faktor transkripsi dan protein-protein lain yang dapat mengaktifkan RNA polimerase untuk menempel pada DNA yang akan ditranskripsikan. Proses inilah yang menentukan kemampuan tanaman untuk tumbuh, berkembang dan melakukan proses reproduksi sekaligus di saat yang bersamaan berhasil mengatasi berbagai cekaman lingkungan ekstrim. SNR sebagai faktor transkripsi pada melastoma diduga memainkan peran sebagai reseptor xenobiotik yang mendeteksi senyawa xenobiotik dan menginduksi beragam aktivitas enzimatik dan transporter untuk mendetoksifikasi senyawa berbahaya semacam Al. Sebagaimana diketahui melastoma adalah akumulator Al bahkan pertumbuhan dan penyerapan hara pada melastoma yang justru semakin meningkat dengan keberadaan Al (Osaki et al. 1997), padahal Al sangat beracun bagi tanaman. Menurut Morel et al. (2000), ketika berikatan dengan sebuah ligan senyawa xenobiotik, NR berperan penting dalam induksi enzim-enzim detoksifikasi semacam MDR, Sitokrom P 450, GST, maupun MRP. Richard et al. (1998) menyatakan bahwa GST yang dikenal sebagai antioksidan pada Arabidopsis thaliana diinduksi oleh Al. Sasaki et al. (2002) menyatakan ekspresi MDR pada barley diinduksi oleh Al. Oleh sebab itu, toleransi terhadap Al kemungkinan berhubungan dengan ekspresi gen faktor transkripsi seperti SNR. Menurut Shen dan Schulze-lefert (2007) pada tanaman, NR diduga berperan signifikan dalam sensor imunitas. Lintasan pensinyalan didalamnya paralel dengan mekanisme kontrol regulator pada reseptor steroid hewan. Hasil penyejajaran asam amino MmFSNR juga menunjukkan adanya kemiripan sebesar 53% dengan protein At3g Protein At3g27390 adalah salah satu protein yang diekspresikan akibat induksi flagelin, dan diprediksi terkait dengan pensinyalan awal terhadap elisitor pada A. thaliana (Benschop et al. 2007). 30
14 Flagelin adalah salah satu elisitor umum yang dikeluarkan oleh patogen. Sebagai senyawa berbahaya bagi tanaman, flagelin dapat disebut sebagai senyawa xenobiotik yang memicu respon pertahanan dari tanaman. SNR melastoma diduga juga memainkan peran terkait respon lanjut tanaman terhadap elisitor sebagai senyawa berbahaya bagi tanaman. Hal ini sejalan dengan hasil penelitian bahwa Melastoma malabathricum L. menghasilkan metabolit berbasis stachyurin, kompleks tannin malabathrin A, E dan F (Yoshida et al. 2010) bagian dari tanin kompleks (flavono-elagitanin) yang merupakan senyawa metabolit sekunder yang bersifat antioksidatif, anti tumor dan anti bakteri (Yoshida et al. 2000). 31
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Isolasi RNA Total RNA total sengon diisolasi dengan reagen Trizol dari jaringan xylem batang sengon yang tua (berumur 5-10 tahun) dan bibit sengon yang berumur 3-4 bulan.
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN 28S 18S
4 (http://www.tools.neb.com/nebcutter2/htm). Analisis kesamaan, filogenetik, dan profil berdasarkan urutan nukleotida dan deduksi asam amino dengan Mt2 dari spesies lain menggunakan program MAFFT ver.6.0.
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi RNA total RNA total dari ujung akar G. max kultivar Slamet telah berhasil diisolasi. Kuantifikasi RNA total dengan spektrofotometer menunjukkan bahwa rendemen isolasi RNA total
Lebih terperinciBAB IV Hasil dan Pembahasan
BAB IV Hasil dan Pembahasan Bab ini akan membahas hasil PCR, hasil penentuan urutan nukleotida, analisa in silico dan posisi residu yang mengalami mutasi dengan menggunakan program Pymol. IV.1 PCR Multiplek
Lebih terperinciGambar 1. Skema penggolongan HIV-1 [Sumber: Korber dkk. 2001: ]
75 Gambar 1. Skema penggolongan HIV-1 [Sumber: Korber dkk. 2001: 22--25.] Gambar 2. Struktur virus HIV-1 [Sumber: Henriksen 2003: 12.] 76 Keterangan: 5 LTR : daerah 5 Long Terminal Region gag : gen gag
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar
Lebih terperinciBAB V HASIL DAN PEMBAHASAN
21 BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN Pada penelitian sebelumnya diperoleh kerangka baca terbuka gen IFNα2b yang mengandung tiga mutasi dengan lokasi mutasi yang letaknya berjauhan, sehingga mutagenesis terarah
Lebih terperinciANALISIS GEN PENYANDI HEMAGLUTININ VIRUS HIGHLY PATHOGENIC AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 ISOLAT UNGGAS AIR
ANALISIS GEN PENYANDI HEMAGLUTININ VIRUS HIGHLY PATHOGENIC AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N ISOLAT UNGGAS AIR ABSTRACT Avian influenza viruses (AIV) subtype H5N isolated from waterfowls in West Java pose the
Lebih terperinciIsolasi dan Karakterisasi Gen Penyandi Protein Permukaan VP28 White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada Udang Windu (Penaeus monodon Fabricius, 1798)
Isolasi dan Karakterisasi Gen Penyandi Protein Permukaan VP28 White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada Udang Windu (Penaeus monodon Fabricius, 1798) Asmi Citra Malina 1, Andi Aliah Hidayani 1 dan Andi Parenrengi
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi Fragmen DNA Penyandi CcGH Mature Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna GH ikan mas telah berhasil diisolasi. Hal ini ditunjukkan dengan adanya pita DNA pada ukuran
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Skrining Pseudomonas sp. AZM-1 mikroba pelarut fosfat Mikroba yang membawa gen pelarut fosfat adalah Pseudomonas sp. AZM-1. Peremajaan kembali mikroba hasil isolasi dilakukan dengan
Lebih terperinciHasil dan Pembahasan
BAB IV Hasil dan Pembahasan Hasil yang diperoleh dari tahapan penelitian akan dijelaskan pada bab ini. Dimulai dengan amplifikasi gen katg, penentuan urutan nukleotida (sequencing), dan diakhiri dengan
Lebih terperinciMUTASI GEN. Perubahan Struktur dan Ekspresi Gen
MUTASI GEN Perubahan Struktur dan Ekspresi Gen Mutasi : Mutasi >< Perubahan Fisiologi Perubahan pada bahan genetik yang menyebabkan perubahan ekspresinya Terjadi perubahan pada tingkat metabolisme Perubahan
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
Lebih terperinciBAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian Bentuk desain penelitian yang akan digunakan adalah bentuk deskriptif molekuler potong lintang untuk mengetahui dan membandingkan kekerapan mikrodelesi
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE,
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE, NIPPONBARE, DAN BATUTEGI Isolasi DNA genom padi dari organ daun padi (Oryza sativa L.) kultivar Rojolele, Nipponbare,
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Total Tumbuhan Isolasi DNA total merupakan tahap awal dari pembuatan pustaka genom. DNA dipisahkan dari bahan-bahan lain yang ada dalam sel. DNA total yang diperlukan untuk
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Waktu dan Tempat
BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilakukan terhadap sampel yang dikoleksi selama tujuh bulan mulai September 2009 hingga Maret 2010 di Kabupaten Indramayu. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Hasil
11 secara perlahan beberapa kali kemudian segera ditambah dengan 400 μl larutan buffer netralisasi (1.32 M natrium asetat ph 4.8), divorteks dan disentrifugasi pada suhu 4 0 C dengan kecepatan 10 000 rpm
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal.
HASIL DAN PEMBAHASAN Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal. Dalam perkembangannya, organ reproduktif mengalami perubahan yang mengakibatkan terjadinya perbedaan fenotipe antara kelapa
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
19 HASIL DAN PEMBAHASAN Vektor Kloning Protein rgh Isolasi Plasmid cdna GH. Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna; El-mGH, Og-mGH dan Cc-mGH berhasil diisolasi dari bakteri konstruksi E. coli DH5α dengan
Lebih terperinciPERAN ISOFORM TAp73 DAN STATUS GEN p53 TERHADAP AKTIFITAS htert PADA KARSINOMA SEL SKUAMOSA RISBIN IPTEKDOK 2007
PERAN ISOFORM TAp73 DAN STATUS GEN p53 TERHADAP AKTIFITAS htert PADA KARSINOMA SEL SKUAMOSA RISBIN IPTEKDOK 2007 LATAR BELAKANG p53 wt
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Pemotongan Parsial dan Penyisipan Nukleotida pada Ujung Fragmen DNA Konstruksi pustaka genom membutuhkan potongan DNA yang besar. Untuk mendapatkan fragmen-fragmen dengan ukuran relatif
Lebih terperinciPokok Bahasan: Ekspresi gen
Pokok Bahasan: Ekspresi gen Sub Pokok Bahasan : 3.1. Regulasi Ekspresi 3.2. Sintesis Protein 3.1. Regulasi ekspresi Pengaruh suatu gen dapat diamati secara visual misalnya pada anggur dengan warna buah
Lebih terperinciPENENTUAN POHON FILOGENETIK BAKTERI XILANOLITIK SISTEM ABDOMINAL RAYAP TANAH BERDASARKAN 16S rrna
PENENTUAN POHON FILOGENETIK BAKTERI XILANOLITIK SISTEM ABDOMINAL RAYAP TANAH BERDASARKAN 16S rrna SKRIPSI SEPTHIA DWI SUKARTININGRUM DEPARTEMEN KIMIA FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI UNIVERSITAS AIRLANGGA
Lebih terperinciGambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.]
Gambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.] Gambar 2. Struktur organisasi promoter pada organisme eukariot [Sumber: Gilbert 1997: 1.] Gambar 3.
Lebih terperinciISOLASI DAN PENGKLONAN FRAGMEN cdna GEN PENYANDI PROTEIN STEROID NUCLEAR RECEPTOR DARI Melastoma malabathricum L. AGUSTINA SENJAYANI
ISOLASI DAN PENGKLONAN FRAGMEN cdna GEN PENYANDI PROTEIN STEROID NUCLEAR RECEPTOR DARI Melastoma malabathricum L. AGUSTINA SENJAYANI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2011 PERNYATAAN
Lebih terperinciKROMOSOM, GEN, DAN DNA
KROMOSOM, GEN, DAN DNA Kompetensi Dasar: Mahasiswa dapat menjelaskan hubungan antara kromosom, gen, dan DNA Menjelaskan proses replikasi, transkripsi, dan translasi Membuat peta pikiran tentang kromosom,
Lebih terperinciT25 Oktober 2013 Kelas Reguler Sore Prodi Agroteknologi UMBY Dosen : Tyastuti Purwani
T25 Oktober 2013 Kelas Reguler Sore Prodi Agroteknologi UMBY Dosen : Tyastuti Purwani DASAR-DASAR GENETIKA OLEH: SUHERMAN, Ph.D Perkembangbiakan Makhluk Hidup Aseksual ; keturunannya berkembang menjadi
Lebih terperinciKLONING GEN PENYANDI SUKROSA SINTASE DARI TANAMAN SENGON (Paraserianthes falcataria) HARTATI G
KLONING GEN PENYANDI SUKROSA SINTASE DARI TANAMAN SENGON (Paraserianthes falcataria) HARTATI G451030041 SEKOLAH PASCA SARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2007 Kloning Gen Penyandi Sukrosa Sintase Dari
Lebih terperinciPengertian TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN. Cloning DNA. Proses rekayasa genetik pada prokariot. Pemuliaan tanaman konvensional: TeknologiDNA rekombinan:
Materi Kuliah Bioteknologi Pertanian Prodi Agroteknologi Pertemuan Ke 9-10 TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Ir. Sri Sumarsih, MP. Email: Sumarsih_03@yahoo.com Weblog: Sumarsih07.wordpress.com Website: agriculture.upnyk.ac.id
Lebih terperinciBAB IV ISOLASI, PENGKLONAN, DAN EKSPRESI GEN PENYANDI COPPER/ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE PADA Melastoma malabathricum L.
BAB IV ISOLASI, PENGKLONAN, DAN EKSPRESI GEN PENYANDI COPPER/ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE PADA Melastoma malabathricum L. Abstrak Melastoma malabathricum L. merupakan tanaman asli Asia Tenggara yang toleran
Lebih terperinciBAB III ISOLASI FRAGMEN cdna DARI GEN PENYANDI AKTIN DARI Melastoma malabathricum L.
BAB III ISOLASI FRAGMEN cdna DARI GEN PENYANDI AKTIN DARI Melastoma malabathricum L. Abstrak Melastoma malabathricum L. adalah tumbuhan akumulator aluminium (Al) yang dapat tumbuh baik pada tanah asam
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN bp bp bp
HASIL DAN PEBAHASAN Purifikasi dan Pengujian Produk PCR (Stilbena Sintase) Purifikasi ini menggunakan high pure plasmid isolation kit dari Invitrogen. Percobaan dilakukan sesuai dengan prosedur yang terdapat
Lebih terperinciII. BAHAN GENETIK DAN EKSPRESI GEN
A. Latar Belakang A.1. Bahan Genetik II. BAHAN GENETIK DAN EKSPRESI GEN DNA: Deoxyribo Nucleic Acid, merupakan bahan dasar genetik yang terbentuk dari tiga komponen yaitu: 1. Basa, yang merupakan bahan
Lebih terperinciProtein. Kuliah Biokimia ke-3 PROTEIN
Protein Kuliah Biokimia ke-3 PS Teknologi Hasil Pertanian Univ.Mulawarman Krishna P. Candra, 2015 PROTEIN Protein berasal dari kata latin Proteus (penting) Makromolekul yang dibentuk dari satu atau lebih
Lebih terperinciSTRUKTUR DNA DAN RNA
STRUKTUR DNA DAN RNA MATERIAL GENETIKA Informasi genetika dari organisme dibawa dalam bentuk molekul DNA yang pada beberapa makhluk / organisme dalam bentuk RNA yang kemudian akan dipindahkan dalam bentuk
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Produksi Protein Rekombinan Hormon Pertumbuhan (rgh)
11 BAHAN DAN METODE Penelitian ini terdiri atas 2 tahapan utama, yaitu produksi protein rekombinan hormon pertumbuhan (rgh) dari ikan kerapu kertang, ikan gurame, dan ikan mas, dan uji bioaktivitas protein
Lebih terperinciHasil dan Pembahasan
Bab IV Hasil dan Pembahasan Lumbrokinase merupakan enzim fibrinolitik yang berasal dari cacing tanah L. rubellus. Enzim ini dapat digunakan dalam pengobatan penyakit stroke. Penelitian mengenai lumbrokinase,
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
24 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Hasil 4.1.1 Perhitungan Kepadatan Artemia dan Kutu Air serta Jumlah Koloni Bakteri Sebanyak 1,2 x 10 8 sel bakteri hasil kultur yang membawa konstruksi gen keratin-gfp ditambahkan
Lebih terperinciMETODE Waktu dan Tempat Materi Sampel DNA Primer
METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan September 2010 sampai dengan bulan Pebruari 2011. Penelitian dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak Bagian Pemuliaan dan Genetika
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Isolasi Promoter -Aktin Ikan Mas Promoter -Aktin dari ikan mas diisolasi dengan menggunakan metode PCR dengan primer yang dibuat berdasarkan data yang ada di Bank Gen. Panjang
Lebih terperinciTUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA
TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA Oleh: Gregorius Widodo Adhi Prasetyo A2A015009 KEMENTERIAN RISET TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS PERTANIAN PROGRAM
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN Waktu dan Tempat Penelitian Bahan Metode penelitian Isolasi RNA total
METODE PENELITIAN Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilakukan mulai bulan Februari 2005 hingga bulan Maret 2008 di Laboratorium Biologi Molekuler dan Seluler Tanaman dan Laboratorium BIORIN (Biotechnology
Lebih terperinciIndikator 30. Urutan yang sesuai dengan sintesis protein adalah
Indikator 30 1. Fase-fase sintesis protein: 1) RNAd meninggalkan inti menuju ribosom 2) RNAt mengikat asam amino yang sesuai 3) RNAd dibentuk di dalam inti oleh DNA 4) Asam amino berderet sesuai dengan
Lebih terperinciAsam nukleat dan Protein Aliran informasi genetik
Asam nukleat dan Protein Aliran informasi genetik Pustaka: Glick, BR and JJ Pasternak, 2003, Molecular Biotechnology: Principles and Applications of Recombinant DNA, ASM Press, Washington DC, hal. 23-46
Lebih terperinciBAHAN PENYUSUN GENETIK
Materi Kuliah Bioteknologi Pertanian Prodi Agribisnis Pertemuan Ke 4 BAHAN PENYUSUN GENETIK Ir. Sri Sumarsih, MP. Email: Sumarsih_03@yahoo.com Weblog: Sumarsih07.wordpress.com Website: agriculture.upnyk.ac.id
Lebih terperinciBIOTEKNOLOGI PERTANIAN TEORI DASAR BIOTEKNOLOGI
BIOTEKNOLOGI PERTANIAN TEORI DASAR BIOTEKNOLOGI The Central Dogma of Molecular biology Replikasi DNA: adalah proses penggandaan pita DNA dengan menggunakan DNA tetua sebagai cetakan; Proses ini berlangsung
Lebih terperinciBIO306. Prinsip Bioteknologi
BIO306 Prinsip Bioteknologi KULIAH 7. PUSTAKA GENOM DAN ANALISIS JENIS DNA Konstruksi Pustaka DNA Pustaka gen merupakan sumber utama isolasi gen spesifik atau fragmen gen. Koleksi klon rekombinan dari
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI TEKNIK PCR OVERLAPPING 1. Sintesis dan amplifikasi fragmen ekson 1 dan 2 gen tat HIV-1 Visualisasi gel elektroforesis
Lebih terperinciKloning Domain KS dan Domain A ke dalam Sel E. coli DH5α. Analisis Bioinformatika. HASIL Penapisan Bakteri Penghasil Senyawa Antibakteri
3 selama 1 menit, dan elongasi pada suhu 72 0 C selama 1 menit. Tahap terakhir dilakukan pada suhu 72 0 C selama 10 menit. Produk PCR dielektroforesis pada gel agarosa 1 % (b/v) menggunakan tegangan 70
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Penggandaan dan penyediaan asam amino menjadi amat penting oleh karena senyawa tersebut dipergunakan sebagai satuan penyusun protein. Kemampuan jasad hidup untuk membentuk
Lebih terperinciGambar 2 Vektor pengklonan pgem T Easy
BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan dari bulan September 2007 sampai dengan bulan April 2008. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan Laboratorium
Lebih terperinciTRANSLASI. Sintesis Protein
TRANSLASI Sintesis Protein TRANSLASI TRANSLASI : adalah proses penterjemahan informasi genetik yang ada pada mrna kedalam rantai polipeptida/protein Informasi genetik pada mrna berupa rangkaian basa atau
Lebih terperinciBab IV Hasil dan Pembahasan
32 Bab IV Hasil dan Pembahasan Penggunaan α-amilase dalam beberapa sektor industri mengalami peningkatan dan sekarang ini banyak diperlukan α-amilase dengan sifat yang khas dan mempunyai kemampuan untuk
Lebih terperinciV. GENETIKA MIKROORGANISME
V. GENETIKA MIKROORGANISME Genetika merupakan suatu cabang ilmu yang membahas tentang sifat-sifat yang diturunkan oleh suatu organisme. Penelaahan genetika secara serius pertama kali dilakukan oleh Gregor
Lebih terperinciSINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI
SINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI 0304040257 UNIVERSITAS INDONESIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN 1. Konstruksi vektor over-ekspresi gen OsWRKY 1.1 Amplifikasi dan purifikasi fragmen gen OsWRKY76
HASIL DAN PEMBAHASAN Kegiatan rekayasa genetik tanaman keberhasilannya tergantung pada beberapa hal, diantaranya adalah gen yang akan diintroduksikan, metode transformasi, sistem regenerasi tanaman dan
Lebih terperinciABSTRAK DAN EXECUTIVE SUMMARY PENELITIAN FUNDAMENTAL. TAHUN ANGGARAN 2014 (Tahun ke 1 dari rencana 2 tahun)
Kode/Nama Rumpun Ilmu: 307/Ilmu Kedokteran Dasar dan Biomedis ABSTRAK DAN EXECUTIVE SUMMARY PENELITIAN FUNDAMENTAL TAHUN ANGGARAN 2014 (Tahun ke 1 dari rencana 2 tahun) KLONING DAN ANALISIS SEKUEN DBLβC2-VAR
Lebih terperinci3 BAHAN DAN METODE. Waktu dan Tempat
13 3 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan pada bulan April 2012 hingga Januari 2013, bertempat di Laboratorium Kultur Jaringan serta Laboratorium BIORIN (Biotechnology Research Indonesia-the
Lebih terperincibio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian
III. METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian 1.1. Peralatan Penelitian Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, beaker glass, cool box, labu
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Penelitian tentang identifikasi gen angiotensin converting enzyme (ACE)
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN Penelitian tentang identifikasi gen angiotensin converting enzyme (ACE) insersi/ delesi (I/D) dilakukan pada 100 pasien hipertensi yang berobat di poli jantung rumah sakit dr.
Lebih terperinciISOLASI DAN KARAKTERISASI cdna GEN PENYANDI METALLOTHIONEIN TIPE 2 DARI Melastoma malabathricum L. THESIAWATY DIAN FAUZIAH
ISOLASI DAN KARAKTERISASI cdna GEN PENYANDI METALLOTHIONEIN TIPE 2 DARI Melastoma malabathricum L. THESIAWATY DIAN FAUZIAH DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN
Lebih terperinciISOLASI DAN KARAKTERISASI cdna GEN PENYANDI METALLOTHIONEIN TIPE 2 DARI Melastoma malabathricum L. THESIAWATY DIAN FAUZIAH
ISOLASI DAN KARAKTERISASI cdna GEN PENYANDI METALLOTHIONEIN TIPE 2 DARI Melastoma malabathricum L. THESIAWATY DIAN FAUZIAH DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN
Lebih terperinciBAB VII PEMBAHASAN UMUM
BAB VII PEMBAHASAN UMUM Tumbuhan yang hidup di tanah asam umumnya adalah tumbuhtumbuhan yang dapat beradaptasi dengan lingkungan tersebut. Salah satu jenis tumbuhan yang banyak dijumpai pada Tanah Podsolik
Lebih terperinciPEMBUATAN DNA REKOMBINAN
PEMBUATAN DNA REKOMBINAN 1 Nama enzim restriksi o Berdasarkan nama organisme dari mana enzim diisolasi, mis.: n Eco dari Escherichia coli n Hin dari Haemophilus influenzae n Hae dari Haemophilus aegyptius
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN
III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan November 2007 hingga Juli 2009, bertempat di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik Departemen
Lebih terperinciPENYORTIRAN PROTEIN INTRASELULAR
PENYORTIRAN PROTEIN INTRASELULAR PENYORTIRAN PROTEIN INTRASELULAR Achmad Farajallah, Bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi FMIPA IPB Setiap organel sel yang mengalami pertumbuhan
Lebih terperinciPENYORTIRAN PROTEIN INTRASELULAR
PENYORTIRAN PROTEIN INTRASELULAR PENYORTIRAN PROTEIN INTRASELULAR Achmad Farajallah, Bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi FMIPA IPB Setiap organel sel yang mengalami pertumbuhan
Lebih terperinciKAJIAN MOLEKULER LUMBA-LUMBA HIDUNG BOTOL (Tursiops sp.) ASAL LAUT JAWA BERDASAR URUTAN GEN CYTOCHROME C OXIDASE SUB-UNIT II (COX II)
Jurnal Kedokteran Hewan P-ISSN : 1978-225X; E-ISSN : 2502-5600 Rini Widayanti dan Yuda Heru Fibrianto KAJIAN MOLEKULER LUMBA-LUMBA HIDUNG BOTOL (Tursiops sp.) ASAL LAUT JAWA BERDASAR URUTAN GEN CYTOCHROME
Lebih terperinciREGULASI SINTESIS PROTEIN
REGULASI SINTESIS PROTEIN Berdasarkan ekspresi gen 1. Gen teregulasi/terkendali (regulated gene) ekspresi gen tergantung keadaan lingkungan Contoh: gen yang terlibat dalam metabolisme laktosa 2. Gen tidak
Lebih terperinciReplikasi Gen Ekspresi genetik
SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIK Replikasi Gen Ekspresi genetik Pertemuan ke 4 1882, Walther Flemming menemukan kromosom adalah bagian dari sel yang ditemukan Mendel 1887, Edouard-Joseph-Louis-Marie van
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciSaya telah melihat cara membuat strand dna ini di internet dan akhirnya,,,, inilah hasilnya
Untuk menghasilkan bahan 3D saya ini, bahan yang telah saya gunakan adalah kertas berwarna, dawai, double tape, gabus dan pelekat. Bahan-bahan ini merupakan bahan yang mudah untuk dicari dan semestinya
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciIII. BAHAN DAN METODE
11 III. BAHAN DAN METODE 3.1 Ikan Uji Larva ikan gurame diperoleh dari pembenihan di Desa Ciherang Kec. Darmaga, Kab. Bogor. Larva dipelihara dalam akuarium berukuran 1,0x0,5x0,5 m 3 dengan kepadatan sekitar
Lebih terperinciDASAR REKAYASA GENETIKA
DASAR REKAYASA GENETIKA Rekayasa = manipulasi = modifikasi = perubahan bahan genetik (perubahan & pemindahan gen) Cara: 1. Persilangan seksual (perkawinan) 2. Hibridisasi somatik 3. Mutasi 4. Teknologi
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif
Lebih terperinciBAB III. SUBSTANSI GENETIK
BAB III. SUBSTANSI ETIK Kromosom merupakan struktur padat yg tersusun dr komponen molekul berupa protein histon dan DNA (kumpulan dr kromatin) Kromosom akan tampak lebih jelas pada tahap metafase pembelahan
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN. Survei dan Pendataan
METODE PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Kegiatan identifikasi penyebab penyakit umbi bercabang pada wortel dilakukan di Laboratorium Nematologi dan Laboratorium Virologi Departemen Proteksi Tanaman
Lebih terperinciPhylogenetic Tree dari Empat Isolat Edwardsiella Tarda di Indonesia
Biota Vol. 16 (2): 348 353, Juni 2011 ISSN 0853-8670 Phylogenetic Tree dari Empat Isolat Edwardsiella Tarda di Indonesia Phylogenetic Tree from Four Isolates of Edwardsiella tarda in Indonesia Siti Narwiyani
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Saat ini, seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, yang
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penelitian Saat ini, seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, yang berpengaruh langsung pada diversifikasi produk pangan menyebabkan beranekaragamnya
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Tempat dan Waktu Penelitian. Metode Penelitian
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Pengambilan sampel dilakukan pada 3 lokasi yang berbeda, yaitu: Dusun Sidomukti, Desa Kopeng, Kecamatan Getasan, Kabupaten Semarang pada ketinggian 1200-1400
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
17 4 HASIL DAN PEMBAHASAN Konstruksi plasmid biner pmsh1-lisozim Konstruksi plasmid biner dilakukan dengan meligasi gen lisozim ayam dan pmsh1. Plasmid hasil ligasi berukuran 13.449 pb (Gambar 5A kolom
Lebih terperinciBIOMOLEKUL II PROTEIN
KIMIA KELAS XII IPA - KURIKULUM GABUNGAN 22 Sesi NGAN BIOMOLEKUL II PROTEIN Protein dan peptida adalah molekul raksasa yang tersusun dari asam α-amino (disebut residu) yang terikat satu dengan lainnya
Lebih terperinciBABm METODE PENELITIAN
BABm METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian analitik dengan desain cross-sectioned, yaitu untuk mengetahui apakah terdapat perbedaan distnbusi genotipe dan subtipe VHB
Lebih terperinciURAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan
URAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan sekuen non kode (sekuen yang tidak mengalami sintesis
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Transformasi, Kokultivasi, dan Regenerasi
26 HASIL DAN PEMBAHASAN Transformasi, Kokultivasi, dan Regenerasi Konstruksi vektor ekspresi yang digunakan pada penelitian ini adalah p35scamv::tclfy. Promoter p35s CaMV digunakan dalam penelitian ini
Lebih terperinciSampel DNA kelapa sawit (normal dan abnormal) Isolasi DNA sampel. Proses PCR-RAPD. Sequencing. Analisis hasil sequencing
LAMPIRAN 16 Lampiran 1 Alur penelitian Sampel DNA kelapa sawit (normal dan abnormal) Isolasi DNA sampel Proses PCR-RAPD Isolasi fragmen hasil PCR-RAPD Sequencing Analisis hasil sequencing 17 Lampiran 2
Lebih terperinciISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU
ISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU Della Rinarta, Roza Elvyra, Dewi Indriyani Roslim Mahasiswa Program
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Latar Belakang
pertanian. BAB I PENDAHULUAN Latar Belakang Lahan asam merupakan salah satu lingkungan yang membatasi produksi Sekitar 50% lebih dari lahan pertanian di dunia adalah lahan asam (Bot et al. 2000). Sementara
Lebih terperinciKEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN DIREKTORAT JENDERAL PENDIDIKAN MENENGAH DIREKTORAT PEMBINAAN SEKOLAH MENENGAH ATAS
KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN DIREKTORAT JENDERAL PENDIDIKAN MENENGAH DIREKTORAT PEMBINAAN SEKOLAH MENENGAH ATAS Test Seleksi Calon Peserta International Biology Olympiad (IBO) 2014 2 8 September
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari 2012 sampai bulan Juli 2012, yang bertempat di Laboratorium Genetika dan Biologi Molekuler Jurusan Biologi
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. pb M 1 2. pb M 1 2. pb M 1 2. (a) (b) pb M 1 2. pb M pb M 1 2. pb M (d) (e) (c)
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi dan Visualisasi DNA Endo-β- 1,4- glukanase C. curvignathus Amplifikasi DNA ekson 1 dan 5 CcEG menggunakan pasangan primer eksternal (Tabel 2) dan masing-masing menunjukkan
Lebih terperinciBAB II KLASIFIKASI MAKHLUK HIDUP DAN POHON FILOGENETIK
BAB II KLASIFIKASI MAKHLUK HIDUP DAN POHON FILOGENETIK 2.1 Klasifikasi Makhluk Hidup Sistem klasifikasi organisme memiliki dua pandangan besar yaitu sistem klasifikasi Fenetik dan Filogeni. Sistem klasifikasi
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Virus Hepatitis B Gibbon Regio Pre-S1 Amplifikasi Virus Hepatitis B Regio Pre-S1 Hasil amplifikasi dari 9 sampel DNA owa jawa yang telah berstatus serologis positif terhadap antigen
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil
Lebih terperinciVI. PEMBAHASAN UMUM Rhizobium Sebagai Agen Tranformasi Genetika Alternatif
VI. PEMBAHASAN UMUM Rhizobium Sebagai Agen Tranformasi Genetika Alternatif Transformasi genetika merupakan teknik yang rutin digunakan saat ini untuk mentransfer berbagai sifat penting pada tanaman dan
Lebih terperinci