ANALISIS GEN PENYANDI HEMAGLUTININ VIRUS HIGHLY PATHOGENIC AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 ISOLAT UNGGAS AIR
|
|
- Shinta Muljana
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 ANALISIS GEN PENYANDI HEMAGLUTININ VIRUS HIGHLY PATHOGENIC AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N ISOLAT UNGGAS AIR ABSTRACT Avian influenza viruses (AIV) subtype H5N isolated from waterfowls in West Java pose the known characteristic of highly pathogenic strains, with polybasic amino acid sequence of cleavage site QRERRRKKR and QRESRRKKR. This research aimed to analyze the important domains of hemagglutinin (HA) gene of those isolates. Fragment of HA gene was amplified using RT-PCR method with specifically-designed primer pairs and sequenced using dideoxy termination method with ABI automatic sequencer (Applied Biosystems). Multiple alignment of nucleotide and deduced amino acid sequences were analyzed using ClustalW of MEGA-3. program. Some of biological domains of HA, i.e. antigenic sites, receptor binding pocket, and glycosylation sites of the isolates were polymorphic. The viruses also pose conserved glutamine (Q) and glisin (G) residues at the known receptor binding site, at the position and 4 respectively. All findings clearly show that waterfowl might act as evolution site of the virus, while it preserves the avian receptor specificity. Key words: antigenic sites, glycosylation sites, receptor binding pocket, AIV H5N, waterfowls ABSTRAK Virus avian influenza (VAI) subtipe H5N yang diisolasi dari unggas air di Jawa Barat bersifat patogenik dengan pola asam amino daerah pemotongan HA QRERRRKKR dan QRESRRKKR. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis domain-domain penting gen penyandi hemaglutinin (HA) isolat-isolat tersebut. Fragmen gen HA diamplifikasi dengan metode RT-PCR menggunakan pasangan primer yang didisain khusus, dan disekuensing dengan metode dideoksi dengan ABI automatic sequencer (Applied Biosystems). Runutan nukleotida hasil sekuensing dan asam amino turunannya disepadankan dengan ClustalW dari program MEGA 3.. Domain asam amino daerah antigenik, posisi glikosilasi dan kantong pengikat reseptor virus yang dianalisis menunjukkan adanya polimorfisme. Sedangkan domain residu pengikat reseptor, semua isolat mempunyai glutamin (Q) dan glisin (G) berturut-turut pada asam amino nomor dan 4. Temuan-temuan tersebut menunjukkan dengan jelas bahwa unggas air berperan sebagai tempat evolusi virus AI, namun spesifisitas reseptor avian α-,3neuacgal masih tetap dipertahankan. Kata kunci: daerah antigenik, posisi glikosilasi, kantong pengikat reseptor, VAI H5N, unggas air
2 7 PENDAHULUAN Patogenesitas virus avian influenza (VAI) secara molekuler ditentukan berdasarkan sekuen asam amino daerah pemotongan (cleavage site) HA. Daerah pemotongan hemaglutinin (HA) bersifat spesifik dan spesifisitas jenis protease membatasi distribusi jaringan yang dapat diinfeksi virus ini (Munch et al. 00). Meskipun VAI H5N secara molekuler bersifat patogenik, namun patogenesitasnya berbeda-beda pada setiap spesies hospes bahkan pada spesies hospes yang sama (Hulse et al. 004). Selain ditentukan oleh sekuen asam amino daerah pemotongan HA, patogenesitas virus ditentukan oleh residu asam amino pada beberapa domain HA (Plotkin & Dushoff 003; Hulse et al. 004). Domain-domain dimaksud antara lain adalah daerah antigenik, kantong pengikat reseptor, residu pengikat reseptor dan posisi glikosilasi. Daerah antigenik dan posisi glikosilasi fungsinya berkaitan erat dengan pertahanan terhadap respon imun hospes, sementara kantong pengikat reseptor dan posisi glikosilasi fungsinya berkaitan dengan daya adaptasi pada hospes dan patogenesitas strain (Hulse et al. 004; Gambaryan et al. 006; Smith et al. 006a; Stevens et al. 006). Daerah antigenik adalah asam amino sebagai target pengenalan dan netralisasi oleh antibodi. Substitusi asam amino pada daerah antigenik meningkatkan potensi terjadinya hanyutan antigenik (antigenic drift), karena berkaitan dengan mekanisme virus untuk menghindar dari respon imun hospes. Substitusi ini disebabkan tekanan seleksi untuk menghindar dari respon antibodi hospes, termasuk penghindaran pengenalan antibodi yang terbentuk akibat vaksinasi (Plotkin & Dushoff 003; Smith et al. 004; Campitelli et al. 006). Posisi glikosilasi adalah sekuen asam amino yang berpotensi sebagai tempat penempelan oligosakarida. Penempelan oligosakarida ini sangat penting dalam orientasi pelipatan HA untuk berikatan dengan reseptor sel atau antibodi. Substitusi asam amino pada posisi glikosilasi merupakan strategi virus untuk mask (menutup) atau unmask (membuka) daerah antigenik dari pengenalan antibodi sel hospes (Rajakumar et al. 990; Hoffmann et al 005; Campitelli et al. 006; Stevens et al. 006). Penambahan glikan pada posisi berdekatan dengan asam amino residu pengikat reseptor dapat mengubah efisiensi ikatan HA pada
3 7 reseptor sel (Mishin et al. 005). Sekuen asam amino yang berpotensi sebagai posisi penempelan oligosakarida adalah sekuen asam amino dengan pola NXT dan NXS (Hoffman et al. 005; Smith et al. 006a; Stevens et al. 006). Residu pengikat reseptor adalah asam amino yang berikatan secara langsung dengan reseptor sel hospes. Substitusi asam amino pada residu pengikat reseptor menyebabkan perubahan spesifisitas reseptor. Bagian dari HA yang berikatan dengan reseptor adalah asam amino nomor dan 4 (penomoran menurut H5). Glikoprotein HA virus influenza strain manusia yang mempunyai asam amino leusin pada posisi dan serin pada 4 hanya dapat berikatan dengan asam sialat α-,6neuacgal. Sementara HA virus influenza strain unggas yang mempunyai asam amino glutamin pada posisi dan glisin pada 4 hanya dapat berikatan dengan asam sialat α-,3neuacgal (Vines et al. 998; Zhou et al. 999; Suzuki et al. 000; Leung 007). Kantong pengikat reseptor adalah asam amino yang terlibat mempertahankan integritas struktur residu pengikat reseptor. Substitusi asam amino kantong pengikat reseptor menyebabkan perubahan pelipatan protein sehingga mengubah afinitas ikatan virus pada reseptor (Harvey et al. 004; Gambaryan et al. 006; Auewarakul et al. 007). VAI strain avian yang mengalami perubahan afinitas pada reseptor hospes berpeluang memunculkan strain virus yang berafinitas tinggi pada sel mamalia (Campitelli et al. 006). Adaptasi selalu dilakukan virus influenza, baik adaptasi terhadap tekanan imun maupun adaptasi pada spesies hospes baru (Taubenberger et al. 005). Adaptasi merupakan kekuatan utama dari evolusi. Perbedaan spesies hospes dan perbedaan tekanan menyebabkan pebedaan kecepatan evolusi virus influenza (Brown et al. 00). Keberadaan daerah antigenik, kantong pengikat reseptor dan posisi glikosilasi menyebabkan subunit HA mempunyai tingkat substitusi nonsinonim lebih tinggi dibanding substitusi sinonim (Plotkin & Dushoff 003). Kecepatan mutasi substitusi nonsinonim gen HA sebesar 5,7 x0-3 per posisi per tahun (Bush et al. 999). Meskipun tingkat mutasi HA paling tinggi dibanding protein lain, namun pada bagian-bagian tertentu dari HA bersifat stabil pada semua influenza A (Wagner et al. 005). Disamping domain-domain di atas, terdapat suatu domain yang dikenal sebagai peptida fusi. Domain ini berperan pada fusi membran saat infeksi virus
4 73 influenza ke dalam sel hospes, sehingga berperan dalam patogenesis virus. Domain ini diketahui bersifat stabil pada semua influenza A (Cross et al. 00). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis domain-domain penting gen penyandi hemaglutinin virus HPAI H5N isolat unggas air, seperti daerah antigenik, kantong pengikat reseptor, residu pengikat reseptor, posisi glikosilasi dan peptida fusi. Primer yang digunakan adalah dua pasang primer yang didisain khusus untuk mengamplifikasi nukleotida nomor sampai dengan nomor 00 dari gen HA. METODE PENELITIAN RNA dari 9 isolat VAI subtipe H5N asal unggas air di Jawa Barat diekstraksi dengan Trizol LSReagent (Invitrogen) sesuai manual. RT-PCR dilakukan dengan menggunakan Superscript TM III One-step RT-PCR system. Reaksi PCR dibuat sebanyak 50 μl dengan komposisi 5 μl x reaction mix, μl primer forward (0 μm), μl primer reverse (0 μm), μl Superscript III RT/Platinum Taq Mix, 3 μl sampel RNA dan ultrapure H O sampai volume 50 μl. Primer yang digunakan untuk mengamplifikasi gen H5 adalah pasang primer yang didisain khusus, yaitu primer HA0-HA645 yang mengamplifikasi nukleotida -645, dan primer HA548-HA5 yang mengamplifikasi nukleotida (Tabel 0). Program PCR untuk primer HA0-HA645 adalah 45 o C reaksi RT 60 menit, predenaturasi 95 o C 5 menit, 35 siklus terdiri dari denaturasi 95 o C 30 detik, anneling 55 o C 30 detik, ekstensi 7 o C 40 detik, dan post ekstensi 7 o C 0 menit. Program PCR untuk primer HA548-HA5 menggunakan suhu anneling 5 o C. Isolat yang tidak dapat diamplifikasi dengan primer HA0-HA645, dilakukan amplifikasi menggunakan primer H5-55F-H5-699R dengan anneling 50 o C. Adanya pita DNA spesifik hasil PCR diidentifikasi dengan elektroforesis pada gel agarose %.
5 74 Tabel 0. Sekuen nukleotida primer untuk mengamplifikasi gen HA Primer Sekuen basa Fragmen gen Produk (bp) a HA0: 5 ATGGAGAAAATAGTGCTTCTTCTTGC 3 HA645: 5 GGAAATATAGGTGGTTGGGTTTTG 3 a HA548F: 5 CCAACCRAGARGATCTTTTGG 3* HA5R: 5 AYRGCCTCAAACTGAGTGTTC 3* 3 b H5-55F: 5 ACACATGCYCARGACATACT 3* H5-699R: 5 CTYTGRTTYAGTGTTGATGT 3* H5 (basa -645) H5 (bada 548-5) H5 (basa ) * Y=(CT), R=(AG) b Lee et al. (00) a didisain oleh Dr. Drh. IGN Mahardika & Drh. R. Susanti, MP PCR dengan pasangan primer H5-55F dan H5-699R menghasilkan pita DNA target dan pita-pita nonspesifik, sehingga dilakukan purifikasi dengan Wizard SV Gel and PCR Clean-Up System (Promega) sesuai manual. Pita DNA target pada gel elektroforesis dipotong dan dimasukkan pada tabung 5 ml, kemudian ditambah membrane binding solution sebanyak 0µl/0mg gel. Setelah divortek, diinkubasi pada suhu o C sampai gel terlarut sempurna. Larutan gel dimasukkan pada SV minicolumn (pada tabung koleksi), diinkubasi pada suhu kamar selama menit, dan disentrifuse pada 6000 g selama menit. Tabung koleksi dan larutan isinya dibuang, SV minicolumn dipindahkan pada tabung koleksi baru. Pada SV minicolumn dimasukkan 700 ul membrane wash solution, kemudian disentrifus 6000 g selama menit. Larutan di dalam tabung koleksi dibuang, SV minicolumn kembali dimasukkan pada tabung koleksi. Pada SV minocolumn dimasukkan 500 µl membrane wash solution, kemudian disentrifus pada 6000 g selama menit. Larutan di dalam tabung koleksi dibuang, SV minicolumn kembali dimasukkan pada tabung koleksi, kemudian disentrifus pada 6000 g selama menit. SV minicolumn dipindahkan ke tabung,5 ml yang bersih, kemudian dimasukkan 50 µl nuclease free water. Setelah diinkubasi pada suhu kamar selama menit, SV minocolumn disentrifus 6000 g selama menit. DNA hasil purifikasi yang terdapat pada tabung,5 ml selanjutnya disimpan pada suhu -0 o C. Sekuensing dilakukan di st BASE Malaysia dengan metode dideoksi menggunakan ABI automatic sequencer (Applied Biosystems). Runutan
6 75 nukleotida gen hemaglutinin hasil sekuensing dan turunan asam aminonya disepadankan dengan program ClustalW (MEGA 3.) (Kumar et al. 004), dan didokumentasikan di GenBank. HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil PCR gen HA pada 9 isolat VAI subtipe H5N menggunakan primer HA0-HA645 yang mengamplifikasi nukleotida sampai 645, dan primer HA548- HA5 yang mengamplifikasi nukleotida 548 sampai 5, berturut-turut terlihat pada Gambar 8 dan Gambar 9. Sebanyak 4 isolat VAI H5N (IPB6-RS, IPB7-RS, IPB8-RS, IPB9-RS) tidak dapat diamplifikasi dengan primer HA0-HA645, sehingga dilakukan amplifikasi dengan primer H5-55F-H5-699R (Gambar 0). bp M P bp Gambar 8. Elektroforegram RT-PCR dengan primer HA0dan HA645 (produk 645bp). Sumur M: DNA ladder 00bp. Sumur P: Kontrol positif VAI subtipe H5. Sumur -3:VAI isolat unggas air subtipe H5N
7 76 bp M P bp Gambar 9. Elektroforegram RT-PCR dengan primer HA548 dan HA5 (produk 667bp). Sumur M: DNA ladder 00bp. Sumur P: Kontrol positif VAI subtipe H5. Sumur -: VAI isolat unggas air subtipe H5N bp M P 545 bp Gambar 0. Elektroforegram RT-PCR dengan primer H5-55F dan H5-699R (produk 545bp). Sumur M: DNA ladder 00bp. Sumur P: Kontrol positif VAI subtipe H5. Sumur -5: VAI isolat unggas air subtipe H5N Sekuen nukleotida penyandi protein HA dari 9 virus AI subtipe H5N isolat unggas air dalam penelitian ini dapat diakses di GenBank dengan nomor akses EF64665-EF Sekuen nukleotida unggas air yang disepadankan dengan nukleotida Gs/GD//96 (Lampiran dan 3) menunjukkan bahwa jumlah kodon substitusi bervariasi dari 3 sampai 50, dan jumlah substitusi nonsinonim bervariasi dari 5-8 (Tabel ). Tingkat mutasi yang tinggi akibat lemahnya mekanisme proofreading dari RdRp, menyebabkan perubahan nukleotida terjadi terus menerus. Kecepatan mutasi HA lebih tinggi dibanding NA karena NA bukan
8 77 merupakan determinan antigenik utama dan jumlah NA pada permukaan virion hanya /5 jumlah HA (Plotkin & Dushoff 003). Protein internal tidak berperan dalam pengikatan dengan reseptor sel hospes dan tersembunyi dari antibodi, sehingga protein ini lebih stabil dibanding glikoprotein permukaan (Plotkin & Dushoff 003; Berkhoff et al. 005). Struktur dan fungsi protein internal juga sangat mendasar sehingga tidak menguntungkan virus jika mutasi terjadi secara cepat. Hal ini menyebabkan VAI menghadapi konflik intragenom tentang kecepatan mutasi. Gen tertentu dan residu spesifik dalam genom tersebut mengalami seleksi untuk berubah. Sementara gen lain mengalami seleksi pemurnian untuk tidak berubah (Plotkin & Dushoff 003). Substitusi nonsinonim disebabkan oleh tekanan seleksi tergantung frekuensi, artinya semakin sering mengalami tekanan semakin tinggi kecepatan untuk substitusi nonsinonim (Plotkin & Dushoff 003). Adanya tekanan seleksi akan menyebabkan munculnya varian dengan tingkat efektivitas replikasi yang tinggi (Jong et al. 000). Lima virus AI subtipe H5N isolat unggas air (IPB-RS s/d IPB5-RS), mengalami substitusi nonsinonim 3 asam amino kantong pengikat reseptor. Sebanyak substitusi nonsinonim pada isolat IPB6-RS, 0 diantaranya merupakan daerah antigenik, posisi glikosilasi dan kantong pengikat reseptor. Dari 7-8 substitusi nonsinonim pada 3 isolat virus (IPB7-RS, IPB8-RS dan IPB9-RS), 6 substitusi diantaranya merupakan daerah antigenik, posisi glikosilasi dan kantong pengikat reseptor. Tabel. Jumlah substitusi sinonim dam nonsinonim gen hemaglutinin virus avian influenza subtipe H5N isolat unggas air No Isolat Jumlah kodon yang terbaca Jumlah Substitusi Jumlah Substitusi Sinonim Jumlah Substitusi Nonsinonim IPB-RS (Entok) IPB-RS (Angsa) IPB3-RS (Itik) IPB4-RS (Angsa) IPB5-RS (Entok) IPB6-RS (Itik) IPB7-RS (Angsa) IPB8-RS (Itik) IPB9-RS (Itik)
9 78 Virus AI subtipe H5N garis Asia menunjukkan jumlah asam amino yang mengalami seleksi positif meningkat dari tahun ke tahun, terutama pada daerah antigenik, posisi glikosilasi dan kantong pengikat reseptor. Hal ini kemungkinan berhubungan dengan peningkatan patogenesitas dan kemampuan virus untuk transmisi ke manusia (Campitelli et al. 006). Mekanisme virus untuk menghindar dari sistem imun hospes merupakan tekanan untuk mutasi secara gradual sehingga muncul strain-strain virus baru yang secara imunologik berbeda (hanyutan antigenik) (Munch et al. 00; Smith et al. 004). Hanyutan antigenik berjalan lambat namun progresif dan cenderung menimbulkan penyakit yang terbatas pada suatu kawasan tertentu (Tumpey et al. 00; Swayne & Suarez 003). Seperti organisme lainnya, substitusi sinonim pada virus influenza juga berkaitan dengan kelimpahan trna (Plotkin & Dushoff 003; Lavler & Kotlar 005; Wu & Freeland 005). Semakin banyak trna, kecepatan translasi semakin cepat. Namun, mengingat translasi mrna virus menggunakan mekanisme translasi sel hospes, substitusi sinonim ini lebih dikarenakan seleksi penyesuaian terhadap penggunaan kodon (codon usage) sel hospes (Garmory et al. 003). Daerah antigenik (antigenic sites) Sekuen nukleotida gen hemaglutinin dan turunan asam aminonya dari 9 VAI subtipe H5N isolat unggas air terlihat pada Gambar -9. Asam amino daerah antigenik pada 5 isolat VAI unggas air (IPB-RS s/d IPB5-RS) sama dengan isolat Gs/GD//96. Isolat VAI IPB6-RS mengalami substitusi nonsinonim pada 4 asam amino daerah antigenik (N45D, S84N, H38Q dan R40S), sementara 3 isolat VAI unggas air lainnya (IPB7-RS, IPB8-RS dan IPB9-RS) mengalami substitusi nonsinonim pada 8 asam amino daerah antigenik (N45D, S84N, A86T, N4D, H38L, R40S, S4P dan K89R) (Tabel ).
10 79 Tabel. Asam amino daerah antigenik pada hemaglutinin virus avian influenza subtipe H5N isolat unggas air Isolat Daerah antigenik * Gs/GD//96 N A S A S N H S Y H R S S K K S A IPB-RS (entok) N A S A S N H S Y H R S S K K S A IPB-RS (angsa) N A S A S N H S Y H R S S K K S A IPB3-RS (itik) N A S A S N H S Y H R S S K K S A IPB4-RS (angsa) N A S A S N H S Y H R S S K K S A IPB5-RS (entok) N A S A S N H S Y H R S S K K S A IPB6-RS (itik) D A N A S N H S Y Q S S S K K S A IPB7-RS (angsa) D A N T S D H S Y L S P S R K S A IPB8-RS (itik) D A N T S D H S Y L S P S R K S A IPB9-RS (itik) D A N T S D H S Y L S P S R K S A * Penomoran menurut H5. (Guan et al. 004; Hoffman et al. 005; WHO 005b; Campitelli et al. 006; Smith et al. 006a) Substitusi asam amino pada daerah antigenik meningkatkan potensi terjadinya hanyutan antigenik, karena berkaitan dengan mekanisme virus untuk menghindar dari respon imun hospes. Substitusi ini disebabkan tekanan seleksi untuk menghindar dari respon antibodi hospes, termasuk penghindaran pengenalan antibodi yang terbentuk akibat vaksinasi atau infeksi sebelumnya (Plotkin & Dushoff 003; Smith et al. 004; Campitelli et al. 006). Substitusi asam amino pada daerah antigenik merupakan salah satu pendorong evolusi gen hemaglutinin (Shih et al. 007). Substitusi asam amino 38 dan 40 juga berhubungan dengan patogenesitas virus, karena asam amino ini juga terlibat dalam ikatan dengan reseptor (Hulse et al. 004). Substitusi N4S, L38Q dan K89R pada genotipe Z kemungkinan berhubungan dengan adaptasi virus pada mamalia (Guan et al. 004). Daerah antigenik pada asam amino 89 (R atau K) pada isolat unggas air dalam penelitian ini sama dengan isolat Hongkong, Vietnam dan Singapura (Hoffman et al. 005). Daerah antigenik pada asam amino 45, 84, 86, 4, 38, 40 dan 4 pada isolat unggas air dalam penelitian ini menunjukkan adanya polimorfisme. Daerah antigenik A-E pada asam amino 86, 38, 40 dan 4 isolat unggas dan manusia di Indonesia dan Vietnam mengalami seleksi positif (Smith et al. 006a). Analisis sekuen asam amino subunit HA pada virus
11 80 influenza A tahun berhasil mengidentifikasi 95 substitusi pada 63 asam amino, dan 57 substitusi diantaranya adalah asam amino daerah antigenik (Shih et al. 007). Posisi glikosilasi (glycosilation sites) Posisi glikosilasi dari VAI H5N isolat unggas air menunjukkan bahwa asam amino nomor dan pada 5 isolat unggas air (IPB-RS s/d IPB5-RS) tidak berpotensi sebagai tempat penempelan oligosakarida. Asam amino isolat unggas air IPB6-RS mengalami substitusi pada A56T, sehingga terbentuk sekuen N-S-T pada asam amino yang berpotensi sebagai posisi glikosilasi. Akibat substitusi pada A86T dan A56T pada 3 VAI isolat unggas air (IPB7-RS, IPB8-RS, IPB9-RS) menginduksi munculnya posisi glikosilasi pada asam amino dan (Tabel 3). Tabel 3. Sekuen asam amino hemaglutinin virus avian influenza subtipe H5N isolat unggas air yang berpotensi sebagai posisi glikosilasi Posisi glikosilasi* Isolat Gs/GD//96 NNS NVT - - NNT NPT NSS IPB-RS (entok) NNS NVT - - NNT NPT NSS IPB-RS (angsa) NNS NVT - - NNT NPT NSS IPB3-RS (itik) NNS NVT - - NNT NPT NSS IPB4-RS (angsa) NNS NVT - - NNT NPT NSS IPB5-RS (entok) - - NNT NPT NSS IPB6-RS (itik) - NST NNT NPT NSS IPB7-RS (angsa) NPT NST NNT NPT NSS IPB8-RS (itik) NPT NST NNT NPT NSS IPB9-RS (itik) NPT NST NNT NPT NSS * Penomoran menurut H5. (Matrosovich et al. 999; WHO 005b; Campitelli et al. 006; Gambaryan et al. 006; Smith et al. 006a; Stevens et al. 006).
12 8 Posisi glikosilasi pada asam amino posisi dan berdekatan dengan daerah antigenik dan residu pengikat reseptor, sehingga mempengaruhi afinitas ikatan pada reseptor dan mekanisme virus menghindar respon imun hospes (Matrosovich et al. 999; WHO 005b; Campitelli et al. 006; Gambaryan et al. 006; Smith et al. 006a). Substitusi pada A56T pada VAI H5N garis Asia dihubungkan dengan adaptasi virus pada hospes unggas darat dan meningkatkan virulensi pada unggas darat ini (WHO 005b; Smith et al. 006a; Stevens et al. 006). Posisi glikosilasi pada asam amino merupakan mekanisme VAI untuk menghindar pengenalan daerah antigenik oleh antibodi (WHO 005b; Smith et al. 006a). Kantong pengikat reseptor (receptor binding pocket) Kantong pengikat reseptor adalah asam amino yang terlibat mempertahankan integritas struktur residu pengikat reseptor. Secara struktural, terdapat 3 elemen dasar kantong pengikat reseptor VAI H5N yaitu α-helix (asam amino HA 88-90), loop-30 (asam amino HA 34-38) dan loop-0 (asam amino HA -8) (Stevens et al. 006). Substitusi asam amino kantong pengikat reseptor menyebabkan perubahan struktur sekunder protein sehingga mempengaruhi afinitas ikatan virus pada reseptor (Harvey et al. 004; Gambaryan et al. 006; Auewarakul et al. 007). Virus AI strain avian yang mengalami perubahan afinitas pada reseptor hospes berpeluang memunculkan strain virus yang berafinitas tinggi pada reseptor sel mamalia (Campitelli et al. 006). Virus AI subtipe H5N isolat unggas air (IPB-RS, IPB-RS, IPB3-RS, IPB4-RS dan IPB5-RS), mengalami 3 substitusi nonsinonim pada asam amino kantong pengikat reseptor (L75M, EK dan P7S). VAI H5N isolat IPB6- RS mengalami 7 substitusi nonsinonim asam amino kantong pengikat reseptor (D94N, T08I, D6E, H38Q, R40S, EK dan P7S). Tiga VAI H5N isolat unggas air (IPB7-RS, IPB8-RS, IPB9-RS) mengalami substitusi nonsinonim pada 0 asam amino pembentuk kantong pengikat reseptor (D94S, T08I, N4D, D6E, H38L, R40S, D83N, K89R, EK dan P7S) (Tabel 4).
13 8 Tabel 4. Asam amino pembentuk kantong pengikat reseptor pada hemaglutinin virus avian influenza subtipe H5N isolat unggas air Isolat Kantong pengikat reseptor * Gs/GD//96 D D T N D S G S H R W I L H D E T K L E P K G Q S G A IPB-RS (entok) D D T N D S G S H R W I M H D E T K L K S K G Q S G A IPB-RS (angsa) D D T N D S G S H R W I M H D E T K L K S K G Q S G A IPB3-RS (itik) D D T N D S G S H R W I M H D E T K L K S K G Q S G A IPB4-RS (angsa) D D T N D S G S H R W I M H D E T K L K S K G Q S G A IPB5-RS (entok) D D T N D S G S H R W I M H D E T K L K S K G Q S G A IPB6-RS (itik) N D I N E S G S Q S W I L H D E T K L K S K G Q S G A IPB7-RS (angsa) S D I D E S G S L S W I L H N E T R L K S K G Q S G A IPB8-RS (itik) S D I D E S G S L S W I L H N E T R L K S K G Q S G A IPB9-RS (itik) S D I D E S G S L S W I L H N E T R L K S K G Q S G A * Penomoran menurut H5. (Hulse et al. 004; WHO 005b; Campitelli et al. 006; Gambaryan et al. 006; Smith et al. 006a; Stevens et al. 006) Patogenesitas VAI H5N pada hospes sangat dipengaruhi oleh susunan asam amino kantong pengikat reseptor. VAI H5N dengan asam amino D97, I08, E6, L38, K dan S7 menunjukkan fenotipe highly pathogenic, sementara asam amino T08, D6, H/Q38 menunjukkan fenotipe patogenik moderat (Hulse et al. 004). Tiga VAI H5N isolat unggas air (IPB7-RS, IPB8-RS dan IPB9-RS) kemungkinan mempunyai fenotipe patogenik tinggi, karena mempunyai asam amino kantong pengikat reseptor khas D97, I08, E6, L38, K dan S7 (Tabel 4). Sementara 5 VAI H5N isolat unggas air lainnya (IPB-RS s/d IPB5-RS) mempunyai asam amino khas (T08, D6, H38) penanda fenotipe patogenik moderat. Fenotipe patogenesitas VAI H5N isolat unggas air dalam penelitian ini perlu dikaji lebih lanjut dengan uji biologis. Residu pengikat reseptor (receptor binding sites) Residu pengikat reseptor pada VAI H5N isolat unggas air dalam penelitian ini adalah glutamin (Q) dan glisin (G) berturut-turut pada asam amino nomor dan 4 (Tabel 4). Residu pengikat reseptor seperti itu dianggap spesifik berikatan dengan reseptor avian α-,3neuacgal (Gambaryan et al. 006; Smith et al. 006a; Leung 007).
14 83 Peptida fusi (fusion peptide) Peptida fusi adalah peptida yang berperan pada fusi membran saat infeksi virus influenza ke dalam sel hospes. Sekuen asam amino peptida fusi yang terdapat pada ujung N subunit HA dari VAI H5N isolat unggas air dalam penelitian ini terdiri dari 3 asam amino kaya glisin, yaitu GLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYG. Sekuen peptida fusi VAI H5N isolat unggas air dalam penelitian ini sama dengan isolat VAI H5N penyebab wabah di Asia. Jika dibandingkan dengan peptida fusi virus influenza penyebab pandemi flu di Hongkong tahun 968 (GLFGAIAGFIENGWEGMIDGWYG), peptida fusi ini hanya mengalami substitusi 3 asam amino selama hampir 40 tahun (Cross et al. 00; Smith et al. 006a). Peptida ini bersifat stabil pada semua influenza A (Cross et al. 00). Adanya variasi domain-domain spesifik daerah antigenik, posisi glikosilasi dan kantong pengikat reseptor pada VAI H5N isolat unggas air dalam penelitian ini, mengindikasikan bahwa unggas air merupakan tempat evolusi bagi virus ini. Liu (007) menyatakan bahwa virus influenza tidak selamanya bersifat stasis secara evolusioner pada hospes alami, dan biologi virus dapat berubah secara dramatis pada unggas air domestik. VAI subtipe H5N pada unggas air di Cina secara progresif menunjukkan peningkatan patogenesitas pada hewan model mencit (Chen et al. 004). Strurm-Ramirez et al (005) juga melaporkan bahwa VAI H5N isolat itik di Asia tahun tidak hanya bereplikasi pada saluran pencernaan tetapi juga pada saluran respirasi bagian atas. Dengan demikian, evolusi biologis secara in vivo VAI H5N isolat unggas air dalam penelitian ini perlu diteliti lebih lanjut.
15 84 SIMPULAN Domain asam amino daerah antigenik, posisi glikosilasi dan kantong pengikat reseptor virus avian influenza subtipe H5N isolat unggas air yang dianalisis menunjukkan adanya polimorfisme. Sedangkan pada domain residu pengikat reseptor, semua isolat mempunyai glutamin (Q) dan glisin (G) berturutturut pada asam amino nomor dan 4. Temuan-temuan tersebut menunjukkan dengan jelas bahwa unggas air berperan sebagai tempat evolusi virus AI, namun spesifisitas reseptor avian α-,3neuacgal masih tetap dipertahankan. SARAN Perlu segera dilakukan penelitian lebih lanjut evolusi biologis virus avian influenza subtipe H5N isolat unggas air secara in vivo.
16 85 HA ATG GAG AAA ATA GTG CTT CTT CTT GCA ATA GTC AGT CCT GTT AAA AGT GAT CAG ATT TGC M E K I V L L L A I V S P V K S D Q I C 4 ATT GGT TAC CAT GCA AAC AAC TCG ACA GAG CAG GTT GAC ACA ATA ATG GAA AAG AAC GTT I G Y H A N N S T E Q V D T I M E K N V 4 ACT GTT ACA CAT GCC CAA GAC ATA CTG GAA AAG ACA CAC AAC GGG AAG CTC TGC GAT CTA T V T H A Q D I L E K T H N G K L C D L 44 AAT GGA GTG AAG CCT CTC ATT TTG AGA GAT TGT AGT GTA GCT GGA TGG CTC CTC GGA AAC N G V K P L I L R D C S V A G W L L G N 64 CCT ATG TGT GAC GAA TTC ATC AAT GTG CCG GAA TGG TCT TAC ATA GTG GAG AAG GCC AGT P M C D E F I N V P E W S Y I V E K A S 84 CCA GCC AAT GAC CTC TGT TAC CCA GGG GAT TTC AAC GAC TAT GAA GAA CTG AAA CAC CTA P A N D L C Y P G D F N D Y E E L K H L 04 TTG AGC AGC ACA AAC CAT TTT GAG AAA ATT CAG ATC ATC CCC AAA AGT TCT TGG TCC AAT L S S T N H F E K I Q I I P K S S W S N 4 CAT GAT GCC TCA TCA GGG GTG AGC TCA GCA TGT CCA TAC CAT GGG AGG TCC TCC TTT TTC H D A S S G V S S A C P Y H G R S S F F 44 AGA AAT GTG GTA TGG CTT ATC AAA AAG AAC AGT GCA TAC CCA ACA ATA AAG AGG AGC TAC R N V V W L I K K N S A Y P T I K R S Y 64 AAT AAT ACC AAC CAA GAA GAT CTT TTG GTA ATG TGG GGG ATT CAC CAT CCT AAT GAT GCG N N T N Q E D L L V M W G I H H P N D A 84 GCA GAG CAG ACA AAG CTC TAT CAA AAC CCA ACC ACC TAT ATT TCC ATT GGG ACA TCA ACA A E Q T K L Y Q N P T T Y I S I G T S T 04 CTA AAC CAG AGA TTG GTA CCA AAA ATA GCT ACT AGA TCC AAA GTA AAC GGG CAA AGT GGA L N Q R L V P K I A T R S K V N G Q S G 4 AGG ATG GAG TTC TTC TGG ACA ATT TTA AAA CCT AAT GAT GCA ATC AAC TTC GAG AGT AAT R M E F F W T I L K P N D A I N F E S N 44 GGA AAT TTC ATT GCT CCA GAA TAT GCA TAC AAA ATT GTC AAG AAA GGG GAC TCA GCA ATT G N F I A P E Y A Y K I V K K G D S A I 64 ATG AAA AGT GAA TTG GAA TAT GGT AAC TGC AAC ACC AAG TGT CAA ACT CCA ATG GGG GCG M K S E L E Y G N C N T K C Q T P M G A 84 ATA AAC TCT AGT ATG CCA TTC CAC AAC ATA CAC CCT CTC ACC ATC GGG GAA TGC CCC AAA I N S S M P F H N I H P L T I G E C P K 304 TAT GTG AAA TCA AAC AGA TTA GTC CTT GCG ACT GGA CTC AGA AAT ACC CCT CAA AGA GAG Y V K S N R L V L A T G L R N T P Q R E 34 HA AGA AGA AGA AAA AAG AGA GGA CTA TTT GGA GCT ATA GCA GGT TTT ATA GAG GGA GGA TGG R R R K K R G L F G A I A G F I E G G W 4 CAG GGA ATG GTA GAT GGT TGG TAT GGG TAC CAC CAT AGC AAT GAG CAG GGG AGT GGG TAC Q G M V D G W Y G Y H H S N E Q G S G Y 34 GCT GCA GAC AAA GAA TCC ACT CAA AAG GCA ATA GAT GGA GTC ACC AAT AAG GTC AAC TCA A A D K E S T Q K A I D G V T N K V N S 54 ATT ATT GAC AAA ATG AAC ACT CAG GTT GAA GGC TAT I I D K M N T Q V E G Y 66 : daerah antigenic : residu pengikat reseptor :kantong pengikat reseptor : daerah pemotongan : batas subunit HA : peptida fusi Garis bawah: posisi glikosilasi : signal promoter Gambar. Gen penyandi hemaglutinin dan turunan asam aminonya virus isolat A/muscovy duck/klapanunggal/ipb-rs/006(h5n)
17 86 HA ATG GAG AAA ATA GTG CTT CTT CTT GCA ATA GTC AGT CTT GTT AAA AGT GAT CAG ATT TGC M E K I V L L L A I V S L V K S D Q I C 4 ATT GGT TAC CAT GCA AAC AAC TCG ACA GAG CAG GTT GAC ACA ATA ATG GAA AAG AAC GTT I G Y H A N N S T E Q V D T I M E K N V 4 ACT GTT ACA CAT GCC CAA GAC ATA CTG GAA AAG ACA CAC AAC GGG AAG CTC TGC GAT CTA T V T H A Q D I L E K T H N G K L C D L 44 AAT GGA GTG AAG CCT CTC ATT TTG AGA GAT TGT AGT GTA GCT GGA TGG CTC CTC GGA AAC N G V K P L I L R D C S V A G W L L G N 64 CCT ATG TGT GAC GAA TTC ATC AAT GTG CCG GAA TGG TCT TAC ATA GTG GAG AAG GCC AGT P M C D E F I N V P E W S Y I V E K A S 84 CCA GCC AAT GAC CTC TGT TAC CCA GGG GAT TTC AAC GAC TAT GAA GAA CTG AAA CAC CTA P A N D L C Y P G D F N D Y E E L K H L 04 TTG AGC AGC ACA AAC CAT TTT GAG AAA ATT CAG ATC ATC CCC AAA AGT TCT TGG TCC AAT L S S T N H F E K I Q I I P K S S W S N 4 CAT GAT GCC TCA TCA GGG GTG AGC TCA GCA TGT CCA TAC CAT GGG AGG TCC TCC TTT TTC H D A S S G V S S A C P Y H G R S S F F 44 AGA AAT GTG GTA TGG CTT ATC AAA AAG AAC AGT GCA TAC CCA ACA ATA AAG AGG AGC TAC R N V V W L I K K N S A Y P T I K R S Y 64 AAT AAT ACC AAC CAA GAA GAT CTT TTG GTA ATG TGG GGG ATT CAC CAT CCT AAT GAT GCG N N T N Q E D L L V M W G I H H P N D A 84 GCA GAG CAG ACA AAG CTC TAT CAA AAC CCA ACC ACC TAT ATT TCC ATT GGG ACA TCA ACA A E Q T K L Y Q N P T T Y I S I G T S T 04 CTA AAC CAG AGA TTG GTA CCA AAA ATA GCT ACT AGA TCC AAA GTA AAC GGG CAA AGT GGA L N Q R L V P K I A T R S K V N G Q S G 4 AGG ATG GAG TTC TTC TGG ACA ATT TTA AAA CCT AAT GAT GCA ATC AAC TTC GAG AGT AAT R M E F F W T I L K P N D A I N F E S N 44 GGA AAT TTC ATT GCT CCA GAA TAT GCA TAC AAA ATT GTC AAG AAA GGG GAC TCA GCA ATT G N F I A P E Y A Y K I V K K G D S A I 64 ATG AAA AGT GAA TTG GAA TAT GGT AAC TGC AAC ACC AAG TGT CAA ACT CCA ATG GGG GCG M K S E L E Y G N C N T K C Q T P M G A 84 ATA AAC TCT AGT ATG CCA TTC CAC AAC ATA CAC CCT CTC ACC ATC GGG GAA TGC CCC AAA I N S S M P F H N I H P L T I G E C P K 304 TAT GTG AAA TCA AAC AGA TTA GTC CTT GCG ACT GGG CTC AGA AAT AGC CCT CAA AGA GAG Y V K S N R L V L A T G L R N S P Q R E 34 HA AGA AGA AGA AAA AAG AGA GGA CTA TTT GGA GCT ATA GCA GGT TTT ATA GAG GGA GGA TGG R R R K K R G L F G A I A G F I E G G W 4 CAG GGA ATG GTA GAT GGT TGG TAT GGG TAC CAC CAT AGC AAT GAG CAG GGG AGT GGG TAC Q G M V D G W Y G Y H H S N E Q G S G Y 34 GCT GCA GAC AAA GAA TCC ACT CAA AAG GCA ATA GAT GGA GTC ACC AAT AAG GTC AAC TCA A A D K E S T Q K A I D G V T N K V N S 54 ATT ATT GAC AAA ATG AAC ACT CAG GTT GAG GCT I I D K M N T Q V E A 65 : daerah antigenik : residu pengikat reseptor :kantong pengikat reseptor :daerah pemotongan : batas subunit HA :peptida fusi Garis bawah: posisi glikosilasi :signal promoter Gambar. Gen penyandi hemaglutinin dan turunan asam aminonya virus isolat A/goose/Bojonggenteng/IPB-RS/006(H5N)
18 87 HA GAG AAA ATA GTG CTT CTT CTT GCA ATA GTC AGT CTT GTT AAA AGT GAT CAG ATT TGC ATT E K I V L L L A I V S L V K S D Q I C I 5 GGT TAC CAT GCA AAC AAC TCG ACA GAG CAG GTT GAC ACA ATA ATG GAA AAG AAC GTT ACT G Y H A N N S T E Q V D T I M E K N V T 5 GTT ACA CAT GCC CAA GAC ATA CTG GAA AAG ACA CAC AAC GGG AAG CTC TGC GAT CTA AAT V T H A Q D I L E K T H N G K L C D L N 45 GGA GTG AAG CCT CTC ATT TTG AGA GAT TGT AGT GTA GCT GGA TGG CTC CTC GGA AAC CCT G V K P L I L R D C S V A G W L L G N P 65 ATG TGT GAC GAA TTC ATC AAT GTG CCG GAA TGG TCT TAC ATA GTG GAG AAG GCC AGT CCA M C D E F I N V P E W S Y I V E K A S P 85 GCC AAT GAC CTC TGT TAC CCA GGG GAT TTC AAC GAC TAT GAA GAA CTG AAA CAC CTA TTG A N D L C Y P G D F N D Y E E L K H L L 05 AGC AGC ACA AAC CAT TTT GAG AAA ATT CAG ATC ATC CCC AAA AGT TCT TGG TCC AAT CAT S S T N H F E K I Q I I P K S S W S N H 5 GAT GCC TCA TCA GGG GTG AGC TCA GCA TGT CCA TAC CAT GGG AGG TCC TCC TTT TTC AGA D A S S G V S S A C P Y H G R S S F F R 45 AAT GTG GTA TGG CTT ATC AAA AAG AAC AGT GCA TAC CCA ACA ATA AAG AGG AGC TAC AAT N V V W L I K K N S A Y P T I K R S Y N 65 AAT ACC AAC CAA GAA GAT CTT TTG GTA ATG TGG GGG ATT CAC CAT CCT AAT GAT GCG GCA N T N Q E D L L V M W G I H H P N D A A 85 GAG CAG ACA AAG CTC TAT CAA AAC CCA ACC ACC TAT ATT TCC ATT GGG ACA TCA ACA CTA E Q T K L Y Q N P T T Y I S I G T S T L 05 AAC CAG AGA TTG GTA CCA AAA ATA GCT ACT AGA TCC AAA GTA AAC GGG CAA AGT GGA AGG N Q R L V P K I A T R S K V N G Q S G R 5 ATG GAG TTC TTC TGG ACA ATT TTA AAA CCT AAT GAT GCA ATC AAC TTC GAG AGT AAT GGA M E F F W T I L K P N D A I N F E S N G 45 AAT TTC ATT GCT CCA GAA TAT GCA TAC AAA ATT GTC AAG AAA GGG GAC TCA GCA ATT ATG N F I A P E Y A Y K I V K K G D S A I M 65 AAA AGT GAA TTG GAA TAT GGT AAC TGC AAC ACC AAG TGT CAA ACT CCA ATG GGG GCG ATA K S E L E Y G N C N T K C Q T P M G A I 85 AAC TCT AGT ATG CCA TTC CAC AAC ATA CAC CCT CTC ACC ATC GGG GAA TGC CCC AAA TAT N S S M P F H N I H P L T I G E C P K Y 305 GTG AAA TCA AAC AGA TTA GTC CTT GCG ACT GGA CTC AGA AAT ACC CCT CAA AGA GAG AGA V K S N R L V L A T G L R N T P Q R E R 35 HA AGA AGA AAA AAG AGA GGA CTA TTT GGA GCT ATA GCA GGT TTT ATA GAG GGA GGA TGG CAG R R K K R G L F G A I A G F I E G G W Q 5 GGA ATG GTA GAT GGT TGG TAT GGG TAC CAC CAT AGC AAT GAG CAG GGG AGT GGG TAC GCT G M V D G W Y G Y H H S N E Q G S G Y A 35 GCA GAC AAA GAA TCC ACT CAA AAG GCA ATA GAT GGA GTC ACC AAT AAG GTC AAC TCA ATT A D K E S T Q K A I D G V T N K V N S I 55 ATT GAC AAA ATG AAC ACT CAG GTT GAG GCT I D K M N T Q V E A 65 :daerah antigenik : residu pengikat reseptor :kantong pengikat reseptor :daerah pemotongan : batas subunit HA : peptida fusi Garis bawah: posisi glikosilasi : signal promoter Gambar 3. Gen penyandi hemaglutinin dan turunan asam aminonya virus isolat A/duck/Leuwiliang/IPB3-RS/006(H5N)
19 88 HA AAA ATA GTG CTT CTT CTT GCA ATA GTC AGT CTT GTT AAA AGT GAT CAG ATT TGC ATT GGT K I V L L L A I V S L V K S D Q I C I G 6 TAC CAT GCA AAC AAC TCG ACA GAG CAG GTT GAC ACA ATA ATG GAA AAG AAC GTT ACT GTT Y H A N N S T E Q V D T I M E K N V T V 6 ACA CAT GCC CAA GAC ATA CTG GAA AAG ACA CAC AAC GGG AAG CTC TGC GAT CTA AAT GGA T H A Q D I L E K T H N G K L C D L N G 46 GTG AAG CCT CTC ATT TTG AGA GAT TGT AGT GTA GCT GGA TGG CTC CTC GGA AAC CCT ATG V K P L I L R D C S V A G W L L G N P M 66 TGT GAC GAA TTC ATC AAT GTG CCG GAA TGG TCT TAC ATA GTG GAG AAG GCC AGT CCA GCC C D E F I N V P E W S Y I V E K A S P A 86 AAT GAC CTC TGT TAC CCA GGG GAT TTC AAC GAC TAT GAA GAA CTG AAA CAC CTA TTG AGC N D L C Y P G D F N D Y E E L K H L L S 06 AGC ACA AAC CAT TTT GAG AAA ATT CAG ATC ATC CCC AAA AGT TCT TGG TCC AAT CAT GAT S T N H F E K I Q I I P K S S W S N H D 6 GCC TCA TCA GGG GTG AGC TCA GCA TGT CCA TAC CAT GGG AGG TCC TCC TTT TTC AGA AAT A S S G V S S A C P Y H G R S S F F R N 46 GTG GTA TGG CTT ATC AAA AAG AAC AGT GCA TAC CCA ACA ATA AAG AGG AGC TAC AAT AAT V V W L I K K N S A Y P T I K R S Y N N 66 ACC AAC CAA GAA GAT CTT TTG GTA ATG TGG GGG ATT CAC CAT CCT AAT GAT GCG GCA GAG T N Q E D L L V M W G I H H P N D A A E 86 CAG ACA AAG CTC TAT CAA AAC CCA ACC ACC TAT ATT TTC ATT GGG ACA TCA ACA CTA AAC Q T K L Y Q N P T T Y I F I G T S T L N 06 CAG AGA TTG GTA CCA AAA ATA GCT ACT AGA TCC AAA GTA AAC GGG CAA AGT GGA AGG ATG Q R L V P K I A T R S K V N G Q S G R M 6 GAG TTC TTC TGG ACA ATT TTA AAA CCT AAT GAT GCA ATC AAC TTC GAG AGT AAT GGA AAT E F F W T I L K P N D A I N F E S N G N 46 TTC ATT GCT CCA GAA TAT GCA TAC AAA ATT GTC AAG AAA GGG GAC TCA GCA ATT ATG AAA F I A P E Y A Y K I V K K G D S A I M K 66 AGT GAA TTG GAA TAT GGT AAC TGC AAC ACC AAG TGT CAA ACT CCA ATG GGG GCG ATA AAC S E L E Y G N C N T K C Q T P M G A I N 86 TCT AGT ATG CCA TTC CAC AAC ATA CAC CCT CTC ACC ATC GGG GAA TGC CCC AAA TAT GTG S S M P F H N I H P L T I G E C P K Y V 306 AAA TCC AAC CGA TTA GTC CTT GCG ACT GGA CTC AGA AAT ACC CCT CAA AGA GAG AGA AGA K S N R L V L A T G L R N T P Q R E R R 36 HA AGA AAA AAG AGA GGA CTA TTT GGA GCT ATA GCA GGT TTT ATA GAG GGA GGA TGG CAG GGA R K K R G L F G A I A G F I E G G W Q G 6 ATG GTA GAT GGT TGG TAT GGG TAC CAC CAT AGC AAT GAG CAG GGG AGT GGG TAC GCT GCA M V D G W Y G Y H H S N E Q G S G Y A A 36 GAC AAA GAA TCC ACT CAA AAG GCA ATA GAT GGA GTC ACC AAT AAG GTC AAC TCA D K E S T Q K A I D G V T N K V N S 54 :daerah antigenik : residu pengikat reseptor :kantong pengikat reseptor :daerah pemotongan : batas subunit HA :peptida fusi Garis bawah: posisi glikosilasi :signal promoter Gambar 4. Gen penyandi hemaglutinin dan turunan asam aminonya virus isolat A/goose/Leuwiliang/IPB4-RS/006(H5N)
20 89 HA ACA CAT GCT CAG GAC ATA CTG GAA AAG ACA CAC AAC GGG AAG CTC TGC GAT CTA AAT GGA T H A Q D I L E K T H N G K L C D L N G 46 GTG AAG CCT CTC ATT TTG AGA GAT TGT AGT GTA GCT GGA TGG CTC CTC GGA AAC CCT ATG V K P L I L R D C S V A G W L L G N P M 66 TGT GAC GAA TTC ATC AAT GTG CCG GAA TGG TCT TAC ATA GTG GAG AAG GCC AGT CCA GCC C D E F I N V P E W S Y I V E K A S P A 86 AAT GAC CTC TGT TAC CCA GGG GAT TTC AAC GAC TAT GAA GAA CTG AAA CAC CTA TTG AGC N D L C Y P G D F N D Y E E L K H L L S 06 AGC ACA AAC CAT TTT GAG AAA ATT CAG ATC ATC CCC AAA AGT TCT TGG TCC AAT CAT GAT S T N H F E K I Q I I P K S S W S N H D 6 GCC TCA TCA GGG GTG AGC TCA GCA TGT CCA TAC CAT GGG AGG TCC TCC TTT TTC AGA AAT A S S G V S S A C P Y H G R S S F F R N 46 GTG GTA TGG CTT ATC AAA AAG AAC AGT GCA TAC CCA ACA ATA AAG AGG AGC TAC AAT AAT V V W L I K K N S A Y P T I K R S Y N N 66 ACC AAC CAA GAA GAT CTT TTG GTA ATG TGG GGG ATT CAC CAT CCT AAT GAT GCG GCA GAG T N Q E D L L V M W G I H H P N D A A E 86 CAG ACA AAG CTC TAT CAA AAC CCA ACC ACC TAC ATT TCC GTT GGA ACA TCA ACA ATA AAT Q T K L Y Q N P T T Y I S V G T S T I N 06 CAA AGG TTG GTA CCA AAA ATA GCT ACT AGA TCC AAA GTA AAC GGG CAA AGT GGA AGG ATG Q R L V P K I A T R S K V N G Q S G R M 6 GAG TTC TTC TGG ACA ATT TTA AAA CCT AAT GAT GCA ATC AAC TTC GAG AGT AAT GGA AAT E F F W T I L K P N D A I N F E S N G N 46 TTC ATT GCT CCA GAA TAT GCA TAC AAA ATT GTC AAG AAA GGG GAC TCA GCA ATT ATG AAA F I A P E Y A Y K I V K K G D S A I M K 66 AGT GAA TTG GAA TAT GGT AAC TGC AAC ACC AAG TGT CAA ACT CCA ATG GGG GCG ATA AAC S E L E Y G N C N T K C Q T P M G A I N 86 TCT AGT ATG CCA TTC CAC AAC ATA CAC CCT CTC ACC ATC GGG GAA TGC CCC AAA TAT GTG S S M P F H N I H P L T I G E C P K Y V 306 AAA TCA AAC AGA TTA ATC CTT GCG ACT GGA CTC AGA AAT ACC CCT CAA AGA GAG AGA AGA K S N R L I L A T G L R N T P Q R E R R 36 HA AGA AAA AAG AGA GGA CTA TTT GGA GCT ATA GCA GGT TTT ATA GAG GGA GGA TGG CAG GGA R K K R G L F G A I A G F I E G G W Q G 6 ATG GTA GAT GGT TGG TAT GGG TAC CAC CAT AGC AAT GAG CAG GGG AGT GGG TAC GCT GCA M V D G W Y G Y H H S N E Q G S G Y A A 36 GAC AAA GAA TCC ACT CAA AAG GCA ATA GAT GGA GTC ACC AAT AAG GTC AAC TCG D K E S T Q K A I D G V T N K V N S 54 :daerah antigenik : residu pengikat reseptor :kantong pengikat reseptor :daerah pemotongan : batas subunit HA : peptida fusi Garis bawah: posisi glikosilasi Gambar 5. Gen penyandi hemaglutinin dan turunan asam aminonya virus isolat A/muscovy duck/cileungsi/ipb5-rs/006(h5n)
21 90 HA ACA CAT GCT CAA GAC ATA CTG GAA AAG ACA CAC AAC GGG AAG CTC TGC GAT CTA GAT GGA T H A Q D I L E K T H N G K L C D L D G 46 GTG AAG CCT CTA ATT TTG AGA GAT TGT AGT GTA GCT GGA TGG CTC CTC GGA AAC CCA ATG V K P L I L R D C S V A G W L L G N P M 66 TGT GAC GAA TTC ATC AAT GTG CCG GAA TGG TCT TAC ATA GTG GAG AAG GCC AAT CCA GCC C D E F I N V P E W S Y I V E K A N P A 86 AAT GAC CTC TGT TAC CCA GGG AAT TTC AAC GAC TAT GAA GAA CTG AAA CAC CTA TTG AGC N D L C Y P G N F N D Y E E L K H L L S 06 AGA ATA AAC CAT TTT GAG AAA ATT CAA ATC ATC CCC AAA AGT TCT TGG TCC AAT CAT GAA R I N H F E K I Q I I P K S S W S N H E 6 GCC TCA TCA GGG GTG AGC TCA GCA TGT CCA TAC CAG GGA AGT TCC TCC TTT TTT AGA AAT A S S G V S S A C P Y Q G S S S F F R N 46 GTG GTA TGG CTT ATC AAA AAG AAC AGT ACA TAC CCA ACA ATA AAG AGG AGC TAC AAT AAT V V W L I K K N S T Y P T I K R S Y N N 66 ACC AAC CAA GAA GAT CTT TTG GTA CTG TGG GGA ATT CAC CAT CCT AAT GAT GCG GCA GAG T N Q E D L L V L W G I H H P N D A A E 86 CAG ACA AAG CTA TAT CAA AAC CCA ACC ACC TAT ATT TCC GTT GGA ACA TCA ACA CTA AAC Q T K L Y Q N P T T Y I S V G T S T L N 06 CAA AGA TTG GTA CCA AAA ATA GCT ACT AGA TCC AAA GTA AAC GGG CAA AGT GGA AGG ATG Q R L V P K I A T R S K V N G Q S G R M 6 GAG TTC TTC TGG ACA ATT TTA AAA CCT AAT GAT GCA ATC AAC TTC GAG AGT AAT GGA AAT E F F W T I L K P N D A I N F E S N G N 46 TTC ATT GCT CCA GAA TAT GCA TAC AAA ATT GTC AAG AAA GGG GAC TCA GCA ATT ATG AAA F I A P E Y A Y K I V K K G D S A I M K 66 AGT GAA TTG GAA TAT GGT AAC TGC AAC ACC AAG TGT CAA ACT CCA ATG GGG GCG ATA AAC S E L E Y G N C N T K C Q T P M G A I N 86 TCT AGT ATG CCA TTC CAC AAC ATA CAC CCT CTC ACC ATC GGG GAA TGC CCC AAA TAT GTG S S M P F H N I H P L T I G E C P K Y V 306 AAA TCA AAC AGA TTA GTC CTT GCG ACT GGG CTC AGA AAT AGC CCT CAA AGA GAG AGA AGA K S N R L V L A T G L R N S P Q R E R R 36 HA AGA AAA AAG AGA GGA CTA TTT GGA GCT ATA GCA GGT TTT ATA GAA GGA GGA TGG CAG GGG R K K R G L F G A I A G F I E G G W Q G 6 ATG GTA GAT GGT TGG TAT GGG TAC CAC CAT AGC AAT GAG CAG GGG AGT GGG TAC GCT GCA M V D G W Y G Y H H S N E Q G S G Y A A 36 GAC AAA GAA TCC ACT CAA AAG GCA ATA GAT GGA GTC ACC AAT AAG GTC AAC TCA ATT ATT D K E S T Q K A I D G V T N K V N S I I 56 GAC AAA ATG AAC ACT CAG GTT GAG GCT ATA AAA D K M N T Q V E A I K 67 :daerah antigenik : residu pengikat reseptor :kantong pengikat reseptor :daerah pemotongan : batas subunit HA : peptida fusi Garis bawah: posisi glikosilasi Gambar 6. Gen penyandi hemaglutinin dan turunan asam aminonya virus isolat A/duck/Nagrak/IPB6-RS/006(H5N)
22 9 HA ACA CAT GCT CAA GAC ATA CTG GAA AAG ACA CAC AAC GGG AAG CTC TGC GAT CTA GAT GGA T H A Q D I L E K T H N G K L C D L D G 46 GTG AAG CCT CTA ATT TTA AGA GAT TGT AGT GTA GCT GGA TGG CTC CTC GGG AAC CCA ATG V K P L I L R D C S V A G W L L G N P M 66 TGT GAC GAA TTC ATC AAT GTA CCG GAA TGG TCT TAC ATA GTG GAG AAG GCC AAT CCA ACC C D E F I N V P E W S Y I V E K A N P T 86 AAT GAC CTC TGT TAC CCA GGG AGT TTC AAC GAC TAT GAA GAA CTG AAA CAC CTA TTG AGC N D L C Y P G S F N D Y E E L K H L L S 06 AGA ATA AAC CAT TTT GAG AAG ATT CAA ATC ATC CCC AAA AGT TCT TGG TCC GAT CAT GAA R I N H F E K I Q I I P K S S W S D H E 6 GCC TCA TCA GGA GTG AGC TCA GCA TGT CCA TAC CTG GGA AGT CCC TCC TTT TTT AGA AAT A S S G V S S A C P Y L G S P S F F R N 46 GTG GTA TGG CTT ATC AAA AAG AAC AGT ACA TAC CCA ACA ATA AAG AAA AGC TAC AAT AAT V V W L I K K N S T Y P T I K K S Y N N 66 ACC AAC CAA GAA GAT CTT TTG GTA CTG TGG GGA ATT CAC CAT CCT AAT AAT GCG GCA GAG T N Q E D L L V L W G I H H P N N A A E 86 CAG ACA AGG CTA TAT CAA AAC CCA ACC ACC TAT ATT TCC ATT GGG ACA TCA ACA CTA AAC Q T R L Y Q N P T T Y I S I G T S T L N 06 CAA AGA TTG GTA CCA AAA ATA GCT ACT AGA TCC AAA GTA AAC GGG CAA AGT GGA AGG ATG Q R L V P K I A T R S K V N G Q S G R M 6 GAG TTC TTC TGG ACA ATT TTA AAA CCT AAT GAT GCA ATC AAC TTC GAG AGT AAT GGA AAT E F F W T I L K P N D A I N F E S N G N 46 TTC ATT GCT CCA GAA TAT GCA TAC AAA ATT GTC AAG AAA GGG GAC TCA GCA ATT ATG AAA F I A P E Y A Y K I V K K G D S A I M K 66 AGT GAA TTG GAA TAT GGT AAC TGC AAC ACC AAG TGT CAA ACT CCA ATG GGG GCG ATA AAC S E L E Y G N C N T K C Q T P M G A I N 86 TCT AGT ATG CCA TTC CAC AAC ATA CAC CCT CTC ACC ATC GGG GAA TGC CCC AAA TAT GTG S S M P F H N I H P L T I G E C P K Y V 306 AAA TCA AAC AGA TTA GTC CTT GCG ACT GGA CTC AGA AAT ACC CCT CAA AGA GAG AGA AGA K S N R L V L A T G L R N T P Q R E R R 36 HA AGA AAA AAG AGA GGA CTA TTT GGA GCT ATA GCA GGT TTT ATA GAG GGA GGA TGG CAG GGA R K K R G L F G A I A G F I E G G W Q G 6 ATG GTA GAT GGT TGG TAT GGG TAC CAC CAT AGC AAT GAG CAG GGG AGA GGG TAC GCT GCA M V D G W Y G Y H H S N E Q G R G Y A A 36 GAC AAA GAA TCC ACT CAA AAG GCA ATA GAT GGA GTC ACC AAT AAG GTC AAC TCA ATT ATT D K E S T Q K A I D G V T N K V N S I I 56 GAC AAA ATG AAC ACC D K M N T 60 :daerah antigenik : residu pengikat reseptor :kantong pengikat reseptor :daerah pemotongan : batas subunit HA : peptida fusi Garis bawah: posisi glikosilasi Gambar 7. Gen penyandi hemaglutinin dan turunan asam aminonya virus isolat A/goose/Klapanunggal/IPB7-RS/006(H5N)
23 9 HA ACA CAT GCT CAG GAC ATA CTG GAA AAG ACA CAC AAC GGG AAG CTC TGC GAT CTA GAT GGA T H A Q D I L E K T H N G K L C D L D G 46 GTG AAG CCT CTA ATT TTA AGA GAT TGT AGT GTA GCT GGA TGG CTC CTC GGG AAC CCA ATG V K P L I L R D C S V A G W L L G N P M 66 TGT GAC GAA TTC ATC AAT GTA CCG GAA TGG TCT TAC ATA GTG GAG AAG GCC AAT CCA ACC C D E F I N V P E W S Y I V E K A N P T 86 AAT GAC CTC TGT TAC CCA GGG AGT TTC AAC GAC TAT GAA GAA CTG AAA CAC CTA TTG AGC N D L C Y P G S F N D Y E E L K H L L S 06 AGA ATA AAC CAT TTT GAG AAG ATT CAA ATC ATC CCC AAA AGT TCT TGG TCC GAT CAT GAA R I N H F E K I Q I I P K S S W S D H E 6 GCC TCA TCA GGA GTG AGC TCA GCA TGT CCA TAC CTG GGA AGT CCC TCC TTT TTT AGA AAT A S S G V S S A C P Y L G S P S F F R N 46 GTG GTA TGG CTT ATC AAA AAG AAC AGT ACA TAC CCA ACA ATA AAG AAA AGC TAC AAT AAT V V W L I K K N S T Y P T I K K S Y N N 66 ACC AAC CAA GAA GAT CTT TTG GTA CTG TGG GGA ATT CAC CAT CCT AAT AAT GCG GCA GAG T N Q E D L L V L W G I H H P N N A A E 86 CAG ACA AGG CTA TAT CAA AAC CCA ACC ACC TAT ATT TCC ATT GGG ACA TCA ACA CTA AAC Q T R L Y Q N P T T Y I S I G T S T L N 06 CAG AGA TTG GTA CCA AAA ATA GCT ACT AGA TCC AAA GTA AAC GGG CAA AGT GGA AGG ATG Q R L V P K I A T R S K V N G Q S G R M 6 GAG TTC TTC TGG ACA ATT TTA AAA CCT AAT GAT GCA ATC AAC TTC GAG AGT AAT GGA AAT E F F W T I L K P N D A I N F E S N G N 46 TTC ATT GCT CCA GAA TAT GCA TAC AAA ATT GTC AAG AAA GGG GAC TCA GCA ATT ATG AAA F I A P E Y A Y K I V K K G D S A I M K 66 AGT GAA TTG GAA TAT GGT AAC TGC AAC ACC AAG TGT CAA ACT CCA ATG GGG GCG ATA AAC S E L E Y G N C N T K C Q T P M G A I N 86 TCT AGT ATG CCA TTC CAC AAC ATA CAC CCT CTC ACC ATC GGG GAA TGC CCC AAA TAT GTG S S M P F H N I H P L T I G E C P K Y V 306 AAA TCA AAC AGA TTA GTC CTT GCG ACT GGA CTC AGA AAT ACC CCT CAA AGA GAG AGA AGA K S N R L V L A T G L R N T P Q R E R R HA AGA AAA AAG AGA GGA CTA TTT GGA GCT ATA GCA GGT TTT ATA GAG GGA GGA TGG CAG GGA R K K R G L F G A I A G F I E G G W Q G 6 ATG GTA GAT GGT TGG TAT GGG TAC CAC CAT AGC AAT GAG CAG GGG AGT GGG TAC GCT GCA M V D G W Y G Y H H S N E Q G S G Y A A 36 GAC AAA GAA TCC ACT CAA AAG GCA ATA GAT GGA GTC ACC AAT AAG GTC AAC TCA ATT ATT D K E S T Q K A I D G V T N K V N S I I 56 GAC AAA ATG AAC ACT CAG GTT GAG GCT ATA D K M N T Q V E A I 66 :daerah antigenik : residu pengikat reseptor :kantong pengikat reseptor :daerah pemotongan : batas subunit HA : peptida fusi Garis bawah: posisi glikosilasi Gambar 8. Gen penyandi hemaglutinin dan turunan asam aminonya virus isolat A/duck/Parung/IPB8-RS/006(H5N)
24 93 HA ACA CAT GCT CAA GAC ATA CTG GAA AAG ACA CAC AAC GGG AAG CTC TGC GAT CTA GAT GGA T H A Q D I L E K T H N G K L C D L D G 46 GTG AAG CCT CTA ATT TTA AGA GAT TGT AGT GTA GCT GGA TGG CTC CTC GGG AAC CCA ATG V K P L I L R D C S V A G W L L G N P M 66 TGT GAC GAA TTC ATC AAT GTA CCG GAA TGG TCT TAC ATA GTG GAG AAG GCC AAT CCA ACC C D E F I N V P E W S Y I V E K A N P T 86 AAT GAC CTC TGT TAC CCA GGG AGT TTC AAC GAC TAT GAA GAA CTG AAA CAC CTA TTG AGC N D L C Y P G S F N D Y E E L K H L L S 06 AGA ATA AAC CAT TTT GAG AAG ATT CAA ATC ATC CCC AAA AGT TCT TGG TCC GAT CAT GAA R I N H F E K I Q I I P K S S W S D H E 6 GCC TCA TCA GGA GTG AGC TCA GCA TGT CCA TAC CTG GGA AGT CCC TCC TTT TTT AGA AAT A S S G V S S A C P Y L G S P S F F R N 46 GTG GTA TGG CTT ATC AAA AAG AAC AGT ACA TAC CCA ACA ATA AAG AAA AGC TAC AAT AAT V V W L I K K N S T Y P T I K K S Y N N 66 ACC AAC CAA GAA GAT CTT TTG GTA CTG TGG GGA ATT CAC CAT CCT AAT AAT GCG GCA GAG T N Q E D L L V L W G I H H P N N A A E 86 CAG ACA AGG CTA TAT CAA AAC CCA ACC ACC TAT ATT TCC ATT GGG ACA TCA ACA CTA AAC Q T R L Y Q N P T T Y I S I G T S T L N 06 CAG AGA TTG GTA CCA AAA ATA GCT ACT AGA TCC AAA GTA AAC GGG CAA AGT GGA AGG ATG Q R L V P K I A T R S K V N G Q S G R M 6 GAG TTC TTC TGG ACA ATT TTA AAA CCT AAT GAT GCA ATC AAC TTC GAG AGT AAT GGA AAT E F F W T I L K P N D A I N F E S N G N 46 TTC ATT GCT CCA GAA TAT GCA TAC AAA ATT GTC AAG AAA GGG GAC TCA GCA ATT ATG AAA F I A P E Y A Y K I V K K G D S A I M K 66 AGT GAA TTG GAA TAT GGT AAC TGC AAC ACC AAG TGT CAA ACT CCA ATG GGG GCG ATA AAC S E L E Y G N C N T K C Q T P M G A I N 86 TCT AGT ATG CCA TTC CAC AAC ATA CAC CCT CTC ACC ATC GGG GAA TGC CCC AAA TAT GTG S S M P F H N I H P L T I G E C P K Y V 306 AAA TCA AAC AGA TTA GTC CTT GCG ACT GGA CTC AGA AAT ACC CCT CAA AGA GAG AGA AGA K S N R L V L A T G L R N T P Q R E R R 36 HA AGA AAA AAG AGA GGA CTA TTT GGA GCT ATA GCA GGT TTT ATA GAG GGA GGA TGG CAG GGA R K K R G L F G A I A G F I E G G W Q G 6 ATG GTA GAT GGT TGG TAT GGG TAC CAC CAT AGC AAT GAG CAG GGG AGT GGG TAC GCT GCA M V D G W Y G Y H H S N E Q G S G Y A A 36 GAC AAA GAA TCC ACT CAA AAG GCA ATA GAT GGA GTC ACC AAT AAG GTC AAC TCA ATT ATT D K E S T Q K A I D G V T N K V N S I I 56 GAC AAA ATG AAC ACT CAG GTT GAG GCA TAT D K M N T Q V E A Y 66 :daerah antigenik : residu pengikat reseptor :kantong pengikat reseptor :daerah pemotongan : batas subunit HA :peptida fusi Garis bawah: posisi glikosilasi Gambar 9. Gen penyandi hemaglutinin dan turunan asam aminonya virus isolat A/duck/Parung/IPB9-RS/006(H5N)
Analisis Molekuler Gen Penyandi Hemaglutinin Virus Highly Pathogenic Avian Influenza Subtipe H5N1 Isolat Unggas Air
Analisis Molekuler Gen Penyandi Hemaglutinin Virus Highly Pathogenic Avian Influenza Subtipe H5N1 Isolat Unggas Air R. SUSANTI 1, R.D. SOEJOEDONO 2, I-G.N.K. MAHARDIKA 3, I-W.T. WIBAWAN 2 dan M.T. SUHARTONO
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Waktu dan Tempat
BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilakukan terhadap sampel yang dikoleksi selama tujuh bulan mulai September 2009 hingga Maret 2010 di Kabupaten Indramayu. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium
Lebih terperinciJurnal. Pusat Penelitian dan Pengembangan Peternakan Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian Departemen Pertanian ISSN
ISSN 0853-7580 1 Jurnal Terakreditasi dengan nilai B No. 43/DIKTI/Kep/2008 Terakreditasi dengan nilai A NO. 53lAKRED-LIPI/P2MBI/l a2006 Volume 13 Nomclr 3 2008 @ Pusat Penelitian dan Pengembangan Peternakan
Lebih terperinciBAB IV Hasil dan Pembahasan
BAB IV Hasil dan Pembahasan Bab ini akan membahas hasil PCR, hasil penentuan urutan nukleotida, analisa in silico dan posisi residu yang mengalami mutasi dengan menggunakan program Pymol. IV.1 PCR Multiplek
Lebih terperinciGambar 1. Skema penggolongan HIV-1 [Sumber: Korber dkk. 2001: ]
75 Gambar 1. Skema penggolongan HIV-1 [Sumber: Korber dkk. 2001: 22--25.] Gambar 2. Struktur virus HIV-1 [Sumber: Henriksen 2003: 12.] 76 Keterangan: 5 LTR : daerah 5 Long Terminal Region gag : gen gag
Lebih terperinciBAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian Bentuk desain penelitian yang akan digunakan adalah bentuk deskriptif molekuler potong lintang untuk mengetahui dan membandingkan kekerapan mikrodelesi
Lebih terperinciIsolasi dan Karakterisasi Gen Penyandi Protein Permukaan VP28 White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada Udang Windu (Penaeus monodon Fabricius, 1798)
Isolasi dan Karakterisasi Gen Penyandi Protein Permukaan VP28 White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada Udang Windu (Penaeus monodon Fabricius, 1798) Asmi Citra Malina 1, Andi Aliah Hidayani 1 dan Andi Parenrengi
Lebih terperinciANALISIS MOLEKULER FRAGMEN GEN PENYANDI HEMAGLUTININ VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DARI UNGGAS AIR R. SUSANTI
ANALISIS MOLEKULER FRAGMEN GEN PENYANDI HEMAGLUTININ VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DARI UNGGAS AIR R. SUSANTI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2008 PERNYATAAN MENGENAI DISERTASI
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Isolasi RNA Total RNA total sengon diisolasi dengan reagen Trizol dari jaringan xylem batang sengon yang tua (berumur 5-10 tahun) dan bibit sengon yang berumur 3-4 bulan.
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian Rancangan Percobaan
13 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian telah dilakukan mulai bulan Juni 2008 sampai Januari 2009. Pengambilan sampel DOC dilakukan di gudang keberangkatan domestik dan kedatangan international
Lebih terperinciMETODE Waktu dan Tempat Materi Sampel DNA Primer
METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan September 2010 sampai dengan bulan Pebruari 2011. Penelitian dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak Bagian Pemuliaan dan Genetika
Lebih terperinciPENENTUAN POHON FILOGENETIK BAKTERI XILANOLITIK SISTEM ABDOMINAL RAYAP TANAH BERDASARKAN 16S rrna
PENENTUAN POHON FILOGENETIK BAKTERI XILANOLITIK SISTEM ABDOMINAL RAYAP TANAH BERDASARKAN 16S rrna SKRIPSI SEPTHIA DWI SUKARTININGRUM DEPARTEMEN KIMIA FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI UNIVERSITAS AIRLANGGA
Lebih terperinciBABm METODE PENELITIAN
BABm METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian analitik dengan desain cross-sectioned, yaitu untuk mengetahui apakah terdapat perbedaan distnbusi genotipe dan subtipe VHB
Lebih terperinciIDENTIFIKASI PATOGENESITAS VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 ISOLAT UNGGAS AIR BERDASARKAN SEKUEN ASAM AMINO BAGIAN CLEAVAGE SITE HEMAGLUTININ
IDENTIFIKASI PATOGENESITAS VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 ISOLAT UNGGAS AIR BERDASARKAN SEKUEN ASAM AMINO BAGIAN CLEAVAGE SITE HEMAGLUTININ ABSTRACT Identification of pathotype of Avian Influenza Virus
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA Klasifikasi, Morfologi dan Nomenklatur Virus Influenza
TINJAUAN PUSTAKA Klasifikasi, Morfologi dan Nomenklatur Virus Influenza Virus influenza penyebab penyakit flu adalah virus anggota famili Orthomyxoviridae (ICTV 2006). Virus ini dibagi menjadi influenza
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA. Btetapi banyak juga ditemukan isolat asal burung dari subtipe H5 dan H7B Byang
TINJAUAN PUSTAKA Virus Avian Influenza Virus influenza terdiri dari beberapa tipe yaitu tipe A, tipe B dan tipe C. Virus tipe A menyerang hewan, tetapi dapat menyebabkan epidemik pada manusia. Sementara
Lebih terperinciRiandini Aisyah 1, Widya Asmara 2, Tri Wibawa 3
Analisis Molekuler Gen Polymerase Basic 2 (PB 2) Virus Avian Influenza H5N1 yang Diisolasi dari Unggas Asal Purworejo, Jawa Tengah dan Bantul, Yogyakarta Riandini Aisyah 1, Widya Asmara 2, Tri Wibawa 3
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN. Survei dan Pendataan
METODE PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Kegiatan identifikasi penyebab penyakit umbi bercabang pada wortel dilakukan di Laboratorium Nematologi dan Laboratorium Virologi Departemen Proteksi Tanaman
Lebih terperinciVIRUS AVIAN INFLUENZA & DINAMIKA MOLEKULERNYA
Diterbitkan oleh Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Semarang Gedung D5, Kampus Sekaran Gunungpati Phone : (024) 8508112 Website : http://mipa.unnes.ac.id R. Susanti VIRUS
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Tempat dan Waktu Penelitian. Metode Penelitian
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Pengambilan sampel dilakukan pada 3 lokasi yang berbeda, yaitu: Dusun Sidomukti, Desa Kopeng, Kecamatan Getasan, Kabupaten Semarang pada ketinggian 1200-1400
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi RNA Total RNA total M. malabathricum telah berhasil diisolasi melalui modifikasi metode Chang et al. (1993). Modifikasi dilakukan pada larutan penyangga dengan peningkatan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi RNA total RNA total dari ujung akar G. max kultivar Slamet telah berhasil diisolasi. Kuantifikasi RNA total dengan spektrofotometer menunjukkan bahwa rendemen isolasi RNA total
Lebih terperinciABSTRAK DAN EXECUTIVE SUMMARY PENELITIAN FUNDAMENTAL. TAHUN ANGGARAN 2014 (Tahun ke 1 dari rencana 2 tahun)
Kode/Nama Rumpun Ilmu: 307/Ilmu Kedokteran Dasar dan Biomedis ABSTRAK DAN EXECUTIVE SUMMARY PENELITIAN FUNDAMENTAL TAHUN ANGGARAN 2014 (Tahun ke 1 dari rencana 2 tahun) KLONING DAN ANALISIS SEKUEN DBLβC2-VAR
Lebih terperinciVISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum
VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum Pendahuluan Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik
Lebih terperinciDAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR...... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... INTISARI... ABSTRACT... PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang...
Lebih terperinciKAJIAN MOLEKULER LUMBA-LUMBA HIDUNG BOTOL (Tursiops sp.) ASAL LAUT JAWA BERDASAR URUTAN GEN CYTOCHROME C OXIDASE SUB-UNIT II (COX II)
Jurnal Kedokteran Hewan P-ISSN : 1978-225X; E-ISSN : 2502-5600 Rini Widayanti dan Yuda Heru Fibrianto KAJIAN MOLEKULER LUMBA-LUMBA HIDUNG BOTOL (Tursiops sp.) ASAL LAUT JAWA BERDASAR URUTAN GEN CYTOCHROME
Lebih terperincibio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian
III. METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian 1.1. Peralatan Penelitian Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, beaker glass, cool box, labu
Lebih terperinciBAB V HASIL DAN PEMBAHASAN
21 BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN Pada penelitian sebelumnya diperoleh kerangka baca terbuka gen IFNα2b yang mengandung tiga mutasi dengan lokasi mutasi yang letaknya berjauhan, sehingga mutagenesis terarah
Lebih terperinciMAKALAH PRASIDANG. Nama / NPM
MAKALAH PRASIDANG Judul Pembimbing Nama / NPM : Identifikasi Mutasi pada Daerah DNA Polimerase dan HBsAg Virus Hepatitis B : 1. Sri Agung Fitri Kusuma, M.Si., Apt. 2. Debbie S Retnoningrum, Ph.D. 3. Tina
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil
Lebih terperinciPhylogenetic Tree dari Empat Isolat Edwardsiella Tarda di Indonesia
Biota Vol. 16 (2): 348 353, Juni 2011 ISSN 0853-8670 Phylogenetic Tree dari Empat Isolat Edwardsiella Tarda di Indonesia Phylogenetic Tree from Four Isolates of Edwardsiella tarda in Indonesia Siti Narwiyani
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Saat ini, seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, yang
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penelitian Saat ini, seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, yang berpengaruh langsung pada diversifikasi produk pangan menyebabkan beranekaragamnya
Lebih terperinciVARIASI GEN CYT B MITOKONDRIA PADA IKAN BELIDA EVI ALFIAH TAUKHID G
VARIASI GEN CYT B MITOKONDRIA PADA IKAN BELIDA EVI ALFIAH TAUKHID G34062381 DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2011 ii VARIASI GEN CYT B MITOKONDRIA
Lebih terperinci2. TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Virus Influenza A
3 2. TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Virus Influenza A Virus influenza penyebab penyakit flu adalah virus anggota famili Orthomyxoviridae (Boyce et al. 2009). Famili Orthomyxoviridae terdiri atas lima genus yaitu
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari 2012 sampai bulan Juli 2012, yang bertempat di Laboratorium Genetika dan Biologi Molekuler Jurusan Biologi
Lebih terperinci3. METODE PENELITIAN
29 3. METODE PENELITIAN 3.1. Lokasi dan Waktu Penelitian Lokasi penelitian meliputi Laut Sulawesi, Selat Makassar, Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo, Laut Maluku dan Teluk Tomini (Gambar
Lebih terperinciV. GENETIKA MIKROORGANISME
V. GENETIKA MIKROORGANISME Genetika merupakan suatu cabang ilmu yang membahas tentang sifat-sifat yang diturunkan oleh suatu organisme. Penelaahan genetika secara serius pertama kali dilakukan oleh Gregor
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. bertujuan untuk menidentifikasi gen angiotensin converting enzyme (ACE)
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif yang bertujuan untuk menidentifikasi gen angiotensin converting enzyme (ACE) insersi/ delesi
Lebih terperinciKolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria
Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria Ria Maria (G34090088), Achmad Farajallah, Maria Ulfah. 2012. Karakterisasi Single Nucleotide Polymorphism Gen CAST pada Ras Ayam Lokal. Makalah Kolokium
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN 28S 18S
4 (http://www.tools.neb.com/nebcutter2/htm). Analisis kesamaan, filogenetik, dan profil berdasarkan urutan nukleotida dan deduksi asam amino dengan Mt2 dari spesies lain menggunakan program MAFFT ver.6.0.
Lebih terperinciIndikator 30. Urutan yang sesuai dengan sintesis protein adalah
Indikator 30 1. Fase-fase sintesis protein: 1) RNAd meninggalkan inti menuju ribosom 2) RNAt mengikat asam amino yang sesuai 3) RNAd dibentuk di dalam inti oleh DNA 4) Asam amino berderet sesuai dengan
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. sekitar 9,1%, usia tahun sebesar 8,13%. pada anak dengan frekuensi kejadian 4-6 kasus/1.000 anak (Nelson, 2000).
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Anak merupakan individu yang berada dalam satu rentang perubahan perkembangan yang dimulai dari bayi hingga remaja. Masalah kesehatan anak merupakan salah satu masalah
Lebih terperinciPERAN ISOFORM TAp73 DAN STATUS GEN p53 TERHADAP AKTIFITAS htert PADA KARSINOMA SEL SKUAMOSA RISBIN IPTEKDOK 2007
PERAN ISOFORM TAp73 DAN STATUS GEN p53 TERHADAP AKTIFITAS htert PADA KARSINOMA SEL SKUAMOSA RISBIN IPTEKDOK 2007 LATAR BELAKANG p53 wt
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Penelitian tentang identifikasi gen angiotensin converting enzyme (ACE)
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN Penelitian tentang identifikasi gen angiotensin converting enzyme (ACE) insersi/ delesi (I/D) dilakukan pada 100 pasien hipertensi yang berobat di poli jantung rumah sakit dr.
Lebih terperinciMUTASI GEN. Perubahan Struktur dan Ekspresi Gen
MUTASI GEN Perubahan Struktur dan Ekspresi Gen Mutasi : Mutasi >< Perubahan Fisiologi Perubahan pada bahan genetik yang menyebabkan perubahan ekspresinya Terjadi perubahan pada tingkat metabolisme Perubahan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
34 HASIL DAN PEMBAHASAN Pada penelitian ini jenis sampel diambil berupa serum dan usap kloaka yang diperoleh dari unggas air yang belum pernah mendapat vaksinasi AI dan dipelihara bersama dengan unggas
Lebih terperinciISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU
ISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU Della Rinarta, Roza Elvyra, Dewi Indriyani Roslim Mahasiswa Program
Lebih terperinci* ABSTRAK
AMPLIFIKASI DAN IDENTIFIKASI MUTASI PADA FRAGMEN 0,5 KB GEN rpob ISOLAT 134 Mycobacterium tuberculosis MULTIDRUG RESISTANT DENGAN METODE NESTED POLYMERASE CHAIN REACTION Made Dharmesti Wijaya 1) *, I Nengah
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciBAB 4. METODE PENELITIAN
BAB 4. METODE PENELITIAN Penelitian penanda genetik spesifik dilakukan terhadap jenis-jenis ikan endemik sungai paparan banjir Riau yaitu dari Genus Kryptopterus dan Ompok. Penelitian ini bertujuan untuk
Lebih terperinciSaya telah melihat cara membuat strand dna ini di internet dan akhirnya,,,, inilah hasilnya
Untuk menghasilkan bahan 3D saya ini, bahan yang telah saya gunakan adalah kertas berwarna, dawai, double tape, gabus dan pelekat. Bahan-bahan ini merupakan bahan yang mudah untuk dicari dan semestinya
Lebih terperinciIdentifikasi Type Human Papillomavirus (HPV) pada Penderita Kanker Serviks
Jurnal Sains Farmasi & Klinis, 3(1), 54-63 Jurnal Sains Farmasi & Klinis (p- ISSN: 2407-7062 e-issn: 2442-5435) diterbitkan oleh Ikatan Apoteker Indonesia - Sumatera Barat homepage: http://jsfkonline.org
Lebih terperinciAnalisis Sekuen Probe Gena Shiga Like Toxin-2 dari Isolat Lokal Escherichia coli O157:H7
ISSN : 1411-8327 Analisis Sekuen Probe Gena Shiga Like Toxin-2 dari Isolat Lokal Escherichia coli O157:H7 (PROBE SEQUANCE ANALYSIS OF SHIGA LIKE TOXIN-2 GEN FROM ESCHERICHIA COLI O157:H7 LOCAL ISOLATES)
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan
30 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan menggunakan primer NA. Primer NA dipilih karena protein neuraminidase,
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. A. Latar Belakang. unggas yang dibudidayakan baik secara tradisional sebagai usaha sampingan
1 I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Peternakan unggas di Indonesia memegang peran penting bagi masyarakat untuk memenuhi kebutuhan protein hewani. Hal ini terlihat dari banyaknya jenis unggas yang dibudidayakan
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan Metode Isolasi C. gloeosporioides dari Buah Avokad
15 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Balai Besar Karantina Pertanian (BBKP) Tanjung Priok Wilayah Kerja Bogor, mulai bulan Oktober 2011 sampai Februari 2012. Bahan
Lebih terperinciVARIATION OF T2R38 GENE ENCODING PTC BITTER TASTE RECEPTOR IN LEAF-EATING MONKEY LAURENTIA HENRIETA PERMITA SARI PURBA
VARIATION OF T2R38 GENE ENCODING PTC BITTER TASTE RECEPTOR IN LEAF-EATING MONKEY LAURENTIA HENRIETA PERMITA SARI PURBA DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. A. Latar Belakang Masalah
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Masalah Pemerintah pusat dan pemerintah daerah selain berkewajiban menjamin keamanan produk obat dan makanan, saat ini juga mulai berupaya untuk menjamin kehalalan produk
Lebih terperinciMetodologi Penelitian. Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini.
Bab III Metodologi Penelitian Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini. III.1 Rancangan Penelitian Secara garis besar tahapan penelitian dijelaskan pada diagram
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
18 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian ini merupakan jenis penelitian deskriptif. Penelitian deskriptif merupakan penelitian yang bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran
Lebih terperinciII. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR
II. BAHAN DAN METODE Ikan Uji Ikan uji yang digunakan adalah ikan nila hibrida hasil persilangan resiprok 3 strain BEST, Nirwana dan Red NIFI koleksi Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Sempur, Bogor.
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Uji Kuantitas DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan Spektrofotometer Pengujian kualitas DNA udang jari (Metapenaeus
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. influenza tipe A termasuk dalam famili Orthomyxoviridae. Virus AI tergolong
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Avian influenza (AI) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus influenza tipe A termasuk dalam famili Orthomyxoviridae. Virus AI tergolong virus RNA (Ribonucleic acid)
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian Bahan Penelitian
BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilakukan pada bulan Juli 2010 sampai Juli 2011 di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian dan Laboratorium
Lebih terperinciIsolasi DNA Total Dan Optimasi Suhu Annealing Untuk Primer COX2 Pada Ikan Ompok eugeneiatus (Vaillant 1893) Asal Sungai Indragiri Hulu Riau
Isolasi DNA Total Dan Optimasi Suhu Annealing Untuk Primer COX2 Pada Ikan Ompok eugeneiatus (Vaillant 1893) Asal Sungai Indragiri Hulu Riau JESSICA RODEARNI SARAGIH 1 *, ROZA ELVYRA 1, DEWI INDRIYANI ROSLIM
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan IPB dan Laboratorium Terpadu,
Lebih terperinciAnalisis Sekuen Gen Tubulin-β Isotipe 1 Cacing Haemonchus contortus Isolat Resisten terhadap Benzimidazole pada Domba di Indonesia
Jurnal AgroBiogen 4(2):45-50 Analisis Sekuen Gen Tubulin-β Isotipe 1 Cacing Haemonchus contortus Isolat Resisten terhadap Benzimidazole pada Domba di Indonesia Dyah Haryuningtyas 1 dan Wayan T. Artama
Lebih terperinciPEMODELAN BIPLOT PADA KLASIFIKASI DATA METAGENOM DENGAN K-MERS SEBAGAI EKSTRAKSI CIRI DAN LVQ SEBAGAI CLASSIFIER RINDI ANTIKA
PEMODELAN BIPLOT PADA KLASIFIKASI DATA METAGENOM DENGAN K-MERS SEBAGAI EKSTRAKSI CIRI DAN LVQ SEBAGAI CLASSIFIER RINDI ANTIKA DEPARTEMEN ILMU KOMPUTER FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT
Lebih terperinciII. BAHAN GENETIK DAN EKSPRESI GEN
A. Latar Belakang A.1. Bahan Genetik II. BAHAN GENETIK DAN EKSPRESI GEN DNA: Deoxyribo Nucleic Acid, merupakan bahan dasar genetik yang terbentuk dari tiga komponen yaitu: 1. Basa, yang merupakan bahan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Titrasi Virus Isolat Uji Berdasarkan hasil titrasi virus dengan uji Hemaglutinasi (HA) tampak bahwa virus AI kol FKH IPB tahun 3 6 memiliki titer yang cukup tinggi (Tabel ). Uji HA
Lebih terperinciMETODE. Materi. Tabel 1. Jumlah Sampel DNA yang Digunakan dan Asal Pengambilan Sampel Darah.
METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Produksi Protein Rekombinan Hormon Pertumbuhan (rgh)
11 BAHAN DAN METODE Penelitian ini terdiri atas 2 tahapan utama, yaitu produksi protein rekombinan hormon pertumbuhan (rgh) dari ikan kerapu kertang, ikan gurame, dan ikan mas, dan uji bioaktivitas protein
Lebih terperinciGambar Penerapan metode..., Anglia Puspaningrum, FMIPA UI, 2008
Gambar 52 Gambar 1. Hasil elektroforesis Escherichia coli ATCC 25922 yang diisolasi menggunakan CTAB dan diamplifikasi dengan PCR [lajur 1 dan lajur 2]. 650 pb 500 pb Gambar 2. Hasil elektroforesis sampel
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan
Lebih terperinciOPTIMASI SUHU ANNEALING PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI DNA GEN LINAMARASE
OPTIMASI SUHU ANNEALING PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI DNA GEN LINAMARASE Fitri Ramsela 1, Dewi Indriyani Roslim 2, Herman 2 1 Mahasiswa Program Studi S1 Biologi 2 Dosen Genetika Jurusan Biologi Fakultas Matematika
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN. Tempat dan Waktu. Bakteri Uji. Bahan dan Media
39 METODE PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian dilakukan di Laboratorium Patogen dan Bioteknologi Pangan (Southeast Asian Food and Agricultural Science and Technology) SEAFAST Center, Institut Pertanian
Lebih terperinciLAPORAN HIBAH PENELITIAN STRATEGIS NASIONAL Tahun Anggaran 2009
Bidang: Ketahanan Pangan LAPORAN HIBAH PENELITIAN STRATEGIS NASIONAL Tahun Anggaran 2009 JUDUL PENELITIAN : Kajian Molecular 16S RNA Khamir Laut Isolate Baru untuk Bioprospekting Pengembangan Pakan dan
Lebih terperinciKROMOSOM, GEN, DAN DNA
KROMOSOM, GEN, DAN DNA Kompetensi Dasar: Mahasiswa dapat menjelaskan hubungan antara kromosom, gen, dan DNA Menjelaskan proses replikasi, transkripsi, dan translasi Membuat peta pikiran tentang kromosom,
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Tempat dan Waktu
15 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Nematologi, Laboratorium Virologi Tumbuhan Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor dan Laboratorium
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN A. LATAR BELAKANG. Saat ini, pelaksanaan sistem jaminan halal menjadi isu global.
BAB I PENDAHULUAN A. LATAR BELAKANG Saat ini, pelaksanaan sistem jaminan halal menjadi isu global. Mengkonsumsi makanan halal adalah suatu keharusan bagi setiap Muslim. Dalam al Qur an, disebutkan makanlah
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur
20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension
Lebih terperinciIdentifikasi Lamun Di Perairan Pulau Panjang Dan Perairan Pantai Sancang Menggunakan Primer rbcl Dan matk
Identifikasi Lamun Di Perairan Pulau Panjang Dan Perairan Pantai Sancang Menggunakan Primer rbcl Dan matk Yuanita Prastika Wuri, M. Untung Kurnia A., Titin Herawati Universitas Padjadjaran Abstrak Barkoding
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi. Tabel 1. Sampel Darah Sapi Perah dan Sapi Pedaging yang Digunakan No. Bangsa Sapi Jenis Kelamin
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini berlangsung
Lebih terperinciPengembangan penanda molekuler untuk deteksi Phytophthora palmivora pada tanaman kakao
Menara Perkebunan, 2006 74(2), 86-95. Pengembangan penanda molekuler untuk deteksi Phytophthora palmivora pada tanaman kakao Development of molecular marker for the detection of Phytophthora palmivora
Lebih terperinciMATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Materi Sampel Pengambilan Sampel Ekstraksi DNA Primer
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juni hingga Nopember 2010. Penelitian dilakukan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetik Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Amplifikasi Gen Mx Amplifikasi gen Mx telah berhasil dilakukan. Hasil amplifikasi gen Mx divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita yang
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Metode penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran, atau lukisan secara
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN. Kerangka Konsep. Kerangka konsep yang dibangun dalam penelitian ini digambarkan sebagai. berikut :
25 METODE PENELITIAN Kerangka Konsep berikut : Kerangka konsep yang dibangun dalam penelitian ini digambarkan sebagai Manajemen Unggas di TPnA - Keberadaan SKKH - Pemeriksaan - Petugas Pemeriksa - Cara
Lebih terperinciIdentifikasi Brucella abortus Isolat Lokal dengan Brucella abortus Strain Specific-Polymerase Chain Reaction
Jurnal Veteriner September 2014 Vol. 15 No. 3 : 306-311 ISSN : 1411-8327 Identifikasi Brucella abortus Isolat Lokal dengan Brucella abortus Strain Specific-Polymerase Chain Reaction (IDENTIFICATION OF
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dipaparkan hasil dari tahap-tahap penelitian yang telah dilakukan. Melalui tahapan tersebut diperoleh urutan nukleotida sampel yang positif diabetes dan sampel
Lebih terperinci3 BAHAN DAN METODE. Waktu dan Tempat
13 3 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan pada bulan April 2012 hingga Januari 2013, bertempat di Laboratorium Kultur Jaringan serta Laboratorium BIORIN (Biotechnology Research Indonesia-the
Lebih terperinciIII. BAHAN DAN METODE
11 III. BAHAN DAN METODE 3.1 Ikan Uji Larva ikan gurame diperoleh dari pembenihan di Desa Ciherang Kec. Darmaga, Kab. Bogor. Larva dipelihara dalam akuarium berukuran 1,0x0,5x0,5 m 3 dengan kepadatan sekitar
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. menjelaskan bahwa DNA Barcode dapat memberikan kontribusi yang kuat. untuk penelitian taksonomi dan keanekaragaman hayati.
1 I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Kajian molekuler DNA Barcode dapat memberi banyak informasi diantaranya mengenai penataan genetik populasi, hubungan kekerabatan dan penyebab hilangnya keanekaragaman
Lebih terperinciAMINO ACID ANALYSIS OF FUSION (F) GENE AND PREDICTION OF EPITOPE B-CELL NEWCASTLE DISEASE SURABAYA ISOLATE AS VACCINE CANDIDATE
The Veterinary Medicine International Conference 2017 Volume 2017 Conference Paper AMINO ACID ANALYSIS OF FUSION (F) GENE AND PREDICTION OF EPITOPE B-CELL NEWCASTLE DISEASE SURABAYA ISOLATE AS VACCINE
Lebih terperinciSuraya Chairunisa, Priyo Wahyudi, Supandi Fakultas Farmasi dan Sains Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka
MOLECULAR IDENTIFICATION USING PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) AND DNA SEQUENCING OF STRAIN DETERMINATION PATHOGENIC BACTERIA CAUSE ACUTE RESPIRATORY INFECTION (Klebsiella pneumoniae) IDENTIFIKASI MOLEKULAR
Lebih terperinciHasil dan Pembahasan
BAB IV Hasil dan Pembahasan Hasil yang diperoleh dari tahapan penelitian akan dijelaskan pada bab ini. Dimulai dengan amplifikasi gen katg, penentuan urutan nukleotida (sequencing), dan diakhiri dengan
Lebih terperinci